朱麗晨,阮國添,馬輝,廖錫文,廖存,閆嶺,龔藝貞△
1 廣西醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院 廣西南寧 530021
2 廣西醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院結(jié)直腸肛門外科 廣西南寧 530021
3 廣西醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院肝膽外科 廣西南寧 530021
結(jié)直腸癌(colorectal cancer,CRC)是世界上最常見的惡性腫瘤之一[1]。根據(jù)2018年全球癌癥數(shù)據(jù)報道,全球2018年發(fā)生的新發(fā)癌癥病例超過180萬例,死亡人數(shù)為881 000例,近十年來中國的結(jié)直腸癌的發(fā)生率和死亡率均有上升趨勢[2]。結(jié)腸腺癌(colon adenocarcinoma,COAD)是結(jié)直腸癌最常見的病理類型之一(約占95%)[3]。然而目前現(xiàn)有的結(jié)腸腺癌的治療手段(包括手術(shù)和化療等綜合治療)仍然不能達到令人滿意的效果,結(jié)腸腺癌的五年生存率依然不容樂觀[4]。大部分患者發(fā)現(xiàn)和初診為結(jié)腸腺癌時已處于癌癥晚期,因此,現(xiàn)階段的醫(yī)療診治過程中晚就診、缺乏可靠的生物標(biāo)志物和不精準的治療靶點已成為治療結(jié)腸腺癌的主要障礙[5],而早期診斷和治療對于改善患者的預(yù)后和生活質(zhì)量至關(guān)重要。本研究從TCGA數(shù)據(jù)庫下載相關(guān)數(shù)據(jù),運用生物信息學(xué)技術(shù)分析和預(yù)測NMB基因?qū)Y(jié)腸腺癌的潛在的診斷和預(yù)后應(yīng)用價值,現(xiàn)報告如下。
從The Cancer Genome Atlas(TCGA:https://tcga-data.nci.nih.gov/,訪問時間:2018年12月29日)[6-7]公共數(shù)據(jù)庫下載有關(guān)神經(jīng)調(diào)節(jié)肽B基因(neuromedin B,NMB)的mRNA測序數(shù)據(jù)集及與之相一致的患者臨床參數(shù)資料。根據(jù)NMB基因表達量的中位數(shù)進行分組,分為高表達組和低表達組,然后通過整合的數(shù)據(jù)進行相關(guān)的診斷性和預(yù)后分析研究,另外我們還從公共網(wǎng)絡(luò)平臺Gene Expression Profiling Interactive Analysis(GEPIA:http://gepia.cancerpku.cn/index.html,訪問時間:2019年6月29日)[8-9]下載與NMB基因相關(guān)的表達量箱式圖和TNM分期小提琴圖。
選用SPSS 19.0統(tǒng)計學(xué)軟件對數(shù)據(jù)進行處理,t檢驗用于分析癌組織和癌旁正常組織中NMB基因的差異表達;單因素Kaplan-Meier生存分析用于獲得單因素P值(Log-rankP),單因素COX回歸模型用于獲得單因素風(fēng)險比(Hazard Ratio,HR)及95%置信區(qū)間 (95%confidence interval,95%CI),單因素生存分析有統(tǒng)計學(xué)意義的臨床參數(shù)進行校正后納入多因素COX回歸模型用于分析臨床參數(shù)與COAD生存預(yù)后的關(guān)系。以P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。通過GraphPad Prism 8.0.1軟件獲得癌組織和癌旁正常組織中NMB基因差異表達小提琴圖、診斷性ROC曲線圖和生存曲線圖。
從TCGA公共數(shù)據(jù)庫收集了456例COAD患者(其中包括480例癌組織和41例癌旁正常組織)的NMB基因的mRNA測序數(shù)據(jù)和與之相一致的臨床資料,然后將兩者進行整合,排除重復(fù)項和生存時間為0的患者,最后納入438例癌組織樣本和41例癌旁正常組織樣本,癌組織中mRNA表達量為(259.216±177.439),高于癌旁正常組織中的mRNA表達量(64.336±22.301),差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0001),見圖1A。然后從GEPIA公共網(wǎng)絡(luò)平臺下載了NMB基因的表達量的箱式圖(圖1B),由圖可見,NMB基因在癌組織中的中位表達量高于癌旁正常組織,與本文數(shù)據(jù)分析趨勢相一致,提示NMB基因在癌組織異常高表達。
以NMB基因mRNA在癌旁組織及癌旁正常組織中表達量繪制診斷性ROC曲線,結(jié)果表明NMB基因在結(jié)腸腺癌中有高診斷價值(P<0.0001,AUC=0.976,95%CI:0.963~0.990)。見圖1C。
將臨床參數(shù)年齡,性別和TNM分期進行單因素Kaplan-Meier生存分析,結(jié)果提示年齡和性別與COAD患者的總生存時間(overall suvival)無關(guān)(P>0.05),而TNM分期與COAD患者的總生存時間有關(guān)(P<0.01)。校正TNM分期后進行多因素Cox回歸分析結(jié)果表明NMB基因表達與COAD患者的總生存時間差異有統(tǒng)計學(xué)意義(AdjustedP=0.007,AdjustedHR=1.778,95%CI:1.167~2.710),見表 1。根據(jù)NMB基因表達量的高低繪制的生存曲線結(jié)果表明NMB基因低表達的COAD患者總生存時間長于高表達者(P=0.017),見圖1D。此外,從GEPIA網(wǎng)站下載在COAD患者NMB基因表達水平的病理分期圖,研究NMB基因與TNM分期和預(yù)后生存之間的相關(guān)性,發(fā)現(xiàn)NMB基因表達水平與TNM分期之間無相關(guān)性(P>0.05),見圖1E。變量賦值:以生存狀態(tài)(“生存”賦值0,“死亡”賦值1)為因變量,分別以性別(“男”賦值1,“女”賦值2)、年齡(“≤65歲”賦值1,“>65歲”賦值2)、TNM分期(“Ⅰ期”賦值1,“Ⅱ期”賦值2,“Ⅲ期”賦值3,“Ⅳ期”賦值4)以及NMB基因表達量(“低表達”賦值1,“高表達”賦值2)為自變量對影響COAD的因素進行單因素和多因素COX回歸模型分析。
圖1 NMB基因在COAD患者癌組織和癌旁正常組織中表TNM達情況及其在COAD患者癌組織中診斷價值分析、生存分析及與TNM分期的關(guān)系
表1 臨床參數(shù)與COAD患者預(yù)后關(guān)系的分析結(jié)果
癌癥的發(fā)生和發(fā)展是機體內(nèi)外多種因素調(diào)控的,內(nèi)環(huán)境的穩(wěn)態(tài)對于維持細胞正常的代謝和凋亡至關(guān)重要[10-11]。結(jié)腸腺癌是一種由基因調(diào)控的癌癥,癌基因的激活和抑癌基因的失活對于癌癥的發(fā)生發(fā)展尤為關(guān)鍵,但是目前與結(jié)腸腺癌有關(guān)的腫瘤標(biāo)志物研究比較少。NMB是鈴蟾肽樣的神經(jīng)肽家族成員之一,它最早是一種從兩棲類動物皮膚分離出來的十四肽[12-13]。NMB可以通過激活它的高親和力受體,在平滑肌收縮、外分泌與內(nèi)分泌分泌、炎癥和癌癥中發(fā)揮多種生理和病理功能[14-15]。有研究報道,NMB基因可調(diào)節(jié)包括肺癌[16]、結(jié)腸癌[17]和神經(jīng)膠質(zhì)瘤[18]在內(nèi)的幾種癌細胞系中的腫瘤細胞增殖,此外NMB還通過其受體在腫瘤的發(fā)生、侵襲和轉(zhuǎn)移過程中發(fā)揮著重要作用[19]。
在Matusiak等[17]在基因?qū)用嫔线\用RT-qPCR技術(shù)在結(jié)腸癌細胞系Caco-2、HT-29細胞,以及正常結(jié)腸上皮細胞NCM-460細胞中驗證NMB基因的表達,結(jié)果發(fā)現(xiàn)NMB在腸癌細胞系中的表達量高于正常結(jié)腸上皮;此外,免疫組化的結(jié)果也顯示NMB在腸癌細胞系中的表達量高于正常結(jié)腸上皮;且增值試驗中發(fā)現(xiàn)NMB高表達會促進細胞增殖。Park等[20]從Gene Expression Omnibus(GEO)數(shù)據(jù)庫中下載和分析28例乳腺癌組織和5例正常乳腺組織樣本的NMB-R mRNA的表達情況,結(jié)果發(fā)現(xiàn)前者的表達水平高于后者的;此外,研究還發(fā)現(xiàn)NMB-R的抑制劑PD168368可以降低MDA-MB-231乳腺癌細胞的遷移和侵襲能力,抑制了乳腺癌上皮間轉(zhuǎn)化。類似的結(jié)果也可以在非小細胞肺癌中發(fā)現(xiàn)[21]。本文的研究發(fā)現(xiàn)NMB基因在結(jié)腸腺癌組織中的表達高于癌旁正常組織,診斷性ROC曲線表明NMB基因有較高的診斷價值,并且生存析結(jié)果發(fā)現(xiàn)低表達的NMB基因提示有更好的預(yù)后,反之則增加結(jié)腸腺癌的死亡風(fēng)險。
綜上所述,NMB在結(jié)腸腺癌診斷和預(yù)后中有較高的價值,可能是一個潛在的生物學(xué)標(biāo)志物,但是仍需要進一步的體內(nèi)外研究證實。