第三軍醫(yī)大學(xué)微生物學(xué)教研室是重慶市重點(diǎn)學(xué)科，重慶市微生物工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，軍隊(duì)“530”工程重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科，中國微生物學(xué)會(huì)醫(yī)學(xué)微生物學(xué)和免疫學(xué)專業(yè)委員會(huì)及重慶市微生物學(xué)會(huì)的掛靠單位；1978年成為第一批碩士點(diǎn)，1986年獲“微生物學(xué)與免疫學(xué)”博士點(diǎn)，1998年成為“病原生物學(xué)”博士點(diǎn)，2000年成為“微生物學(xué)”博士點(diǎn)，2005年成為“微生物與生物制藥”博士點(diǎn)。教研室現(xiàn)有編制人員22人，擁有教授4名，副教授4名，高級實(shí)驗(yàn)師3人，講師及實(shí)驗(yàn)師11人；隊(duì)伍中擁有全軍優(yōu)秀教師、全軍教學(xué)標(biāo)兵、校教學(xué)名師、教學(xué)明星及教輔明星等教學(xué)人才；獲全國優(yōu)博論文提名獎(jiǎng)、重慶市優(yōu)博論文、全軍優(yōu)博論文等5篇；醫(yī)學(xué)微生物學(xué)2008年獲解放軍總后勤部百門精品課程，2013年獲重慶市精品資源共享課；生物信息學(xué)2009年獲重慶市優(yōu)質(zhì)課程。學(xué)科在“噬菌體基因組學(xué)與功能基因組學(xué)”、“細(xì)菌致病機(jī)理及耐藥性”、“登革病毒致病機(jī)制及防護(hù)策略”和“生物信息學(xué)”四個(gè)科研方向上逐步形成了研究特色。“十一五”以來，獲得國家重大新藥創(chuàng)制、國家“863”、國家自然科學(xué)基金、重慶市重點(diǎn)課題、軍隊(duì)重點(diǎn)課題等34項(xiàng)，發(fā)表科研論文200余篇，其中SCI收錄期刊論文60余篇，總影響因子超過200，單篇最高影響因子13.623；申報(bào)國家發(fā)明專利15項(xiàng)，授權(quán)6項(xiàng)；獲國家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)（肽抗生素hPAB-β突變體的構(gòu)建與活性研究）、軍隊(duì)科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)（我國高致病性2型豬鏈球菌的分離鑒定、檢定分型和分子致病機(jī)理的研究）、二等獎(jiǎng)（登革病毒致病機(jī)理與防治策略的研究；重度創(chuàng)（燒）傷感染中補(bǔ)體的作用及其機(jī)制研究）、中華醫(yī)學(xué)一等獎(jiǎng)、中華預(yù)防醫(yī)學(xué)一等獎(jiǎng)等12項(xiàng)。