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基因芯片技術(shù)在腦膠質(zhì)瘤診療中的研究進(jìn)展

2014-03-30 16:32:52馬增翼
關(guān)鍵詞:基因芯片母細(xì)胞膠質(zhì)

馬增翼

(復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院 神經(jīng)外科,上海201907)

膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(glioblastoma multiforme,GBM)是起源于神經(jīng)外胚層的腫瘤,占成人顱內(nèi)腫瘤的25%,是神經(jīng)系統(tǒng)最常見(jiàn)的高度惡性腫瘤(WHO IV級(jí)),其生存期短,死亡率高,治療困難[1]。目前,普遍推薦的GBM標(biāo)準(zhǔn)治療方案是手術(shù)后同步放化療+6個(gè)療程的替莫唑胺(temozolomide,TMZ)化療,其平均 生 存 期 僅 12 ~ 15mon[2,3]。EORTC-NCIC(EORTC:歐洲癌癥研究治療組織;NCIC:加拿大國(guó)立癌癥研究院)隨機(jī)III期臨床試驗(yàn)結(jié)果提示:經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)治療后,GBM 總體平均生存期為14.6mon[4],結(jié)果均不盡人意。由此可見(jiàn),深入研究GBM發(fā)病機(jī)制,完善診療途徑,是現(xiàn)今GBM重要研究方向。

隨著人類基因組計(jì)劃的進(jìn)展,對(duì)膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的認(rèn)識(shí)也進(jìn)入到基因水平,2008年TCGA(The Cancer Genome Atlas,癌癥基因圖譜)發(fā)表的文章分析了GBM的3條關(guān)鍵信號(hào)通路[5],兩年后,其又結(jié)合臨床預(yù)后結(jié)果等,將GBM分為原神經(jīng)型、神經(jīng)型、經(jīng)典型和間質(zhì)型等四型[6]。期間大量的基因測(cè)序,DNA拷貝分析,基因表達(dá)譜篩查都使用了基因芯片技術(shù)—通過(guò)微加工技術(shù),對(duì)成千上萬(wàn)的腫瘤堿基順序進(jìn)行自動(dòng)化,高效率的分析。對(duì)GBM的分子表達(dá)特征進(jìn)行綜述,旨在為膠質(zhì)母細(xì)胞瘤診斷、治療以及預(yù)后有關(guān)的基因通路表達(dá)的研究拓展思路。

1 基因芯片簡(jiǎn)介

1.1 基因芯片技術(shù)與原理

基因芯片(genechip)(又稱DNA芯片,生物芯片)技術(shù)指通過(guò)微加工技術(shù),將大量特定序列的基因探針?lè)肿庸潭ㄓ谥С治锷虾?,與標(biāo)記的樣品分子進(jìn)行雜交,通過(guò)檢測(cè)每個(gè)探針?lè)肿拥碾s交信號(hào)強(qiáng)度進(jìn)而獲得樣品分子的數(shù)量和序列信息。之后隨著探針固相原位技術(shù)及照相平版印刷以及激光共聚焦顯微技術(shù)的引入,使得基因芯片技術(shù)以其快速、高效、自動(dòng)化平行處理等特點(diǎn),迅速在突變基因檢測(cè)、基因表達(dá)譜篩查、雜交測(cè)序等方面展露頭角。

基因芯片的原型是二十世紀(jì)八十年代中期提出的?;蛐酒臏y(cè)序原理是雜交測(cè)序方法:通過(guò)與一組已知序列的核酸探針進(jìn)行雜交,從而進(jìn)行核酸序列的測(cè)定。基因芯片可以分為三種主要類型:① 固定在聚合物基片上的核酸探針或cDNA片段,通常用同位素標(biāo)記的靶基因與其雜交,通過(guò)放射顯影檢測(cè)。②用點(diǎn)樣法固定在玻璃板上DNA探針陣列,多用于檢測(cè)DNA的變異。③ 硬質(zhì)表面直接合成的寡核苷酸探針陣列?;玖鞒贪ǎ盒酒脑O(shè)計(jì)與制備,樣品的制備標(biāo)記,生物分子雜交反應(yīng),信號(hào)的檢測(cè)。

1.2 基因芯片特點(diǎn)及在腦膠質(zhì)瘤中的應(yīng)用

基因芯片的優(yōu)點(diǎn)是能夠提高效率,減低單個(gè)芯片成本,特別適用于大規(guī)模的基因信息采集與分析。基因芯片可以同時(shí)將大量的核酸探針固定在支持物上,一次性的對(duì)大量樣品序列進(jìn)行檢測(cè)和分析,從而解決了傳統(tǒng)核酸印記雜交技術(shù)操作復(fù)雜、自動(dòng)化程度低、操作數(shù)量少等缺陷[6]。同時(shí),該技術(shù)還具有多種不同的應(yīng)用價(jià)值,如基因表達(dá)譜測(cè)序、實(shí)變檢測(cè)、多態(tài)性分析等。

腦膠質(zhì)瘤的發(fā)生、發(fā)展都伴隨著復(fù)雜的基因表達(dá)的改變。通過(guò)采用基因芯片技術(shù),可以高效的篩查與腫瘤侵襲力、分級(jí)等有關(guān)的基因表達(dá)異常及通路,了解表現(xiàn)形式和基因水平的內(nèi)在關(guān)聯(lián),從而在揭示出新的重要腫瘤相關(guān)基因的同時(shí),為進(jìn)一步基因靶向個(gè)體化治療尋求新的道路。

2 基因芯片在膠質(zhì)瘤基因分析研究中的應(yīng)用

2.1 膠質(zhì)母細(xì)胞瘤相關(guān)信號(hào)通路的研究

TCGA重點(diǎn)分析了3條GBM的核心通路:酪氨酸激酶受體(RTKs)信號(hào),P53信號(hào)肽和RB介導(dǎo)的控制細(xì)胞周期進(jìn)展通路。之后,對(duì)相關(guān)通路的研究進(jìn)展迅速。在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中,三條重要通路RTK/RAS/PI-3K、P53和 RB信號(hào)變化分別為88%、87%和78%,其中74%的異常在三個(gè)途徑同時(shí)存在,暗示著三條路徑的異常存在有一個(gè)共同的發(fā)病機(jī)制[5]。Karisa等在TCGA的基礎(chǔ)上通過(guò)對(duì)PTEN,TP53和RB1進(jìn)行后續(xù)研究發(fā)現(xiàn),PTEN、TP53和RB1通路的改變是在人腦膠質(zhì)瘤發(fā)病中肯定要發(fā)生的機(jī)制。他們通過(guò)誘導(dǎo)上述基因失活,發(fā)現(xiàn)在PI-3K和RB通路中,Pten或Rb基因的缺失是始發(fā)事件[7]。Karisa等通過(guò)使用伽馬分泌酶抑制劑(MRK-003)抑制腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)等方式,研究了GBM的NotchHedgehog,和 Wnt三個(gè)通路,也得出相似的結(jié)論:盡管抑制了Notch通路,并且伴隨有Wnt和Hedgehog通路的正向活化,GBM對(duì)長(zhǎng)期的MRK-003治療仍有部分耐藥[8],且各通路之間的關(guān)系還有待研究。深入了解已知各通路的相互聯(lián)系和對(duì)GBM發(fā)病機(jī)制的影響將會(huì)是重要研究方向。

2.2 膠質(zhì)母細(xì)胞瘤差異性基因表達(dá)的研究

在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中,染色體7的擴(kuò)增和染色體10的缺失是高頻發(fā)生的。典型的亞型除此之外還有EGFR的擴(kuò)增且缺失TP53的突變。原神經(jīng)亞型多有高富集的少突膠質(zhì)細(xì)胞標(biāo)記。此外,典型的亞型和鼠的星形細(xì)胞有很強(qiáng)的正相關(guān)。神經(jīng)亞型則顯示出一個(gè)少突膠質(zhì)細(xì)胞和星形細(xì)胞的區(qū)別,而且富集了神經(jīng)元的基因差別表達(dá)。間質(zhì)亞型則與星型膠質(zhì)細(xì)胞培養(yǎng)標(biāo)簽緊密關(guān)聯(lián)[9]。對(duì)于NF1基因的研究表明,盡管在人腦膠質(zhì)瘤中,NF1基因的突變只是一個(gè)小的系列[9],但在206例患者樣品中,至少47例存在NF1基因的失活或者缺失[5]。同時(shí),Morante等人研究發(fā)現(xiàn),減少CCAAT/增強(qiáng)子結(jié)合蛋白(C/E)b的表達(dá)可以抑制膠質(zhì)母細(xì)胞瘤細(xì)胞的生長(zhǎng)。C/E是一種和代謝、生長(zhǎng)發(fā)育、細(xì)胞分化和增殖相關(guān)的亮氨酸拉鏈轉(zhuǎn)錄因子。減少其表達(dá),可以讓GBM細(xì)胞停留在細(xì)胞周期的G0/G1的邊界,并減少了它們的轉(zhuǎn)化和遷移能力[10]。

2.3 膠質(zhì)母細(xì)胞瘤分型后的個(gè)體化治療前景

通過(guò)用分子和基因組技術(shù)對(duì)膠質(zhì)母細(xì)胞瘤分型的最大優(yōu)勢(shì)不僅在于可以對(duì)每個(gè)腫瘤患者進(jìn)行有針對(duì)性的個(gè)體化治療,同時(shí)可以幫助患者降低用藥風(fēng)險(xiǎn)。在多元化輔助治療的今天,根據(jù)亞型的不同,有針對(duì)性的為患者選擇放化療、免疫治療或者靶向治療提供非常堅(jiān)實(shí)的理論基礎(chǔ)。有12%的膠質(zhì)母細(xì)胞瘤和70%的神經(jīng)膠質(zhì)瘤存在IDH1突變。2009年,馬薩諸塞州劍橋Agios藥物制劑公司的科學(xué)家報(bào)道,突變的IDH1酶促進(jìn)產(chǎn)生了 (R)-2-hydroxyglutarate,一種和中樞神經(jīng)系統(tǒng)癌癥相關(guān)聯(lián)的代謝產(chǎn)物。這些科學(xué)家們正在尋找藥物抑制這種變異酶的活性[11]。其結(jié)果奠定了在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域個(gè)性化治療的基礎(chǔ),同時(shí)也為膠質(zhì)母細(xì)胞瘤亞型異種移植模型的建立提供支持。神經(jīng)膠質(zhì)瘤細(xì)胞逃避免疫系統(tǒng)的能力是一個(gè)阻礙免疫治療成功的重大障礙。Waldron等[12]報(bào)道,PTEN癌抑制基因缺失,聯(lián)合活化PI3K/Akt/mTOR通路,導(dǎo)致人神經(jīng)膠質(zhì)瘤表型誘導(dǎo)的T細(xì)胞自動(dòng)凋亡,說(shuō)明PTEN基因缺失的患者不適合聯(lián)合T細(xì)胞免疫治療。

目前,最大的輔助治療定義為同時(shí)放化療,或超過(guò)3個(gè)后續(xù)周期的化療。在注冊(cè)的臨床試驗(yàn)(http://clinicaltrials.gov/)中,Temozolomide(TMZ)被認(rèn)為是標(biāo)準(zhǔn)的治療方案,其中針對(duì)GBM的就有208項(xiàng)試驗(yàn)。但是根據(jù)TCGA的分型研究,典型亞型和間質(zhì)亞型的患者經(jīng)過(guò)上述治療明顯降低死亡率,但是對(duì)于神經(jīng)亞型只存在降低死亡率的趨勢(shì),而對(duì)于原神經(jīng)亞型沒(méi)有證據(jù)證明可以增加生存狀態(tài)[13]。一些專家以此為基礎(chǔ),完成了對(duì)整個(gè)基因組的甲基化綜合分析,同時(shí)完成了基因表達(dá)文庫(kù)后發(fā)現(xiàn),并不是每個(gè)患者都需要常規(guī)的手術(shù)及放療和替莫唑胺化療,MGMT甲基化的腫瘤患者,如果其TBX3,DGKI,和FSD1啟動(dòng)子在甲基化的狀態(tài),則不存在使用替莫唑胺化療的價(jià)值,而不建議使用[14]。根據(jù)Verhaak等的經(jīng)典分型,間質(zhì)亞型的GBMs對(duì)放療更加敏感,而經(jīng)典的GBMs對(duì)一線化療反應(yīng)更好[9],Ducray等[15]發(fā)現(xiàn),如果患者的P16缺失,那么無(wú)論其 MGMT啟動(dòng)子的甲基化情況如何,其輔助化療效果都是明顯的,如果P16基因存在,那么輔助化療只有對(duì)MGMT啟動(dòng)子甲基化的患者有效果。

基因芯片已經(jīng)廣泛用于人體腫瘤分析,其高效率、大信息量等特點(diǎn)遠(yuǎn)遠(yuǎn)優(yōu)越于傳統(tǒng)的基因分析法。通過(guò)基因芯片篩查膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的差異性表達(dá)基因,可以深入探討發(fā)病機(jī)制,還可以針對(duì)腫瘤分型進(jìn)行靶向個(gè)體化治療。通過(guò)基因芯片和臨床的緊密結(jié)合,在不遠(yuǎn)的將來(lái),攻克膠質(zhì)母細(xì)胞瘤會(huì)成為現(xiàn)實(shí)。

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