馬 慧 李樹民 (內(nèi)蒙古醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院,內(nèi)蒙古 呼和浩特 010059)
學(xué)習(xí)和記憶是不同而又密切聯(lián)系的神經(jīng)生物學(xué)活動,學(xué)習(xí)是獲得新知識的過程,而記憶是將學(xué)到的知識加以保留的過程。學(xué)習(xí)和記憶是大腦的重要功能之一,有著十分復(fù)雜的生物學(xué)機(jī)制。學(xué)習(xí)記憶的分子生物學(xué)調(diào)控機(jī)制大致可分為增強(qiáng)學(xué)習(xí)記憶的正調(diào)控機(jī)制和抑制學(xué)習(xí)記憶形成的負(fù)調(diào)控機(jī)制兩大類〔1〕。近年來,學(xué)習(xí)記憶的調(diào)控機(jī)制又有了新的突破,即表觀遺傳修飾。隨著表觀遺傳學(xué)研究的不斷深入及方法日趨成熟,表觀遺傳學(xué)與學(xué)習(xí)記憶之間的密切關(guān)系已引起廣泛關(guān)注。
1.1 表觀遺傳學(xué)簡介 表觀遺傳學(xué)(epigenetics)是傳統(tǒng)遺傳學(xué)的分支,由英國科學(xué)家Waddington〔2〕最早提出,其涵義為在DNA序列不發(fā)生改變的情況下,基因的表達(dá)與功能發(fā)生改變,并產(chǎn)生可遺傳的表型。表觀遺傳學(xué)是經(jīng)典遺傳學(xué)的補(bǔ)充與進(jìn)一步的發(fā)展,涉及何時、何地以何種方式去應(yīng)用遺傳學(xué)信息的概念〔3〕。表觀遺傳學(xué)的問世,大大豐富了傳統(tǒng)遺傳學(xué)的內(nèi)容,使我們認(rèn)識到基因組包括兩類遺傳信息:即DNA序列遺傳信息及表觀遺傳學(xué)信息。人體及細(xì)胞正常功能的維持是這兩種信息互相作用、保持平衡的結(jié)果,如果這兩種因素的任何一種表達(dá)失衡,都有可能導(dǎo)致疾病的發(fā)生。因此,表觀遺傳學(xué)研究是生命科學(xué)中一個普遍而又極其重要的新的研究領(lǐng)域,它不僅對基因的表達(dá)、調(diào)控、遺傳有重要作用〔2,3〕,而且在生命發(fā)育〔4〕、腫瘤發(fā)生〔5,6〕、炎癥〔7~9〕、衰老及再生醫(yī)學(xué)〔10,11〕、免疫〔12〕、血管新生〔13〕、變性性疾病的發(fā)生與防治中起著極其重要的作用〔10~11〕。
1.2 表觀遺傳學(xué)的主要調(diào)節(jié)機(jī)制 目前,表觀遺傳學(xué)的主要調(diào)節(jié)機(jī)制有:DNA 甲基化〔14〕,組蛋白修飾〔15〕,染色質(zhì)重塑及非編碼RNA等幾種調(diào)節(jié)機(jī)制〔16〕。
1.2.1 DNA甲基化 DNA甲基化是由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶催化S腺苷甲硫氨酸作為甲基供體,將胞嘧啶轉(zhuǎn)化為5-甲基胞嘧啶的反應(yīng)。CG二核苷酸是最主要的甲基化位點,人類的CpG以兩種形式存在,一是分散于DNA中,另一種是CpG結(jié)構(gòu)高度聚集的CpG島。正常組織中分散于DNA中的CpG 70%~90%的位點通常是甲基化的,而位于基因啟動子區(qū)的健康人基因組中CpG島處于非甲基化的狀態(tài),CpG島的甲基化可直接導(dǎo)致相關(guān)基因的沉默。DNA甲基化一般與基因沉默有關(guān),而去甲基化與基因活化有關(guān)。甲基化與去甲基化可由不同的酶來催化。甲基化能改變基因的構(gòu)型,從而影響轉(zhuǎn)錄因子的轉(zhuǎn)錄,而影響該基因的表達(dá)。
1.2.2 組蛋白修飾 組蛋白是染色質(zhì)基本結(jié)構(gòu)-核小體中的重要組成部分,它能發(fā)生乙?;?、甲基化、磷酸化、泛素化、糖基化等不同類型的共價修飾,引起染色質(zhì)結(jié)構(gòu)改變和基因轉(zhuǎn)錄活性變化。其中,乙?;亲钤绨l(fā)現(xiàn)且研究最為深入的組蛋白修飾方式。組蛋白乙?;诮M蛋白乙?;D(zhuǎn)移酶(HATs)和組蛋白去乙?;?HDACs)的調(diào)節(jié)作用下處于動態(tài)平衡狀態(tài)。組蛋白經(jīng)乙?;揎椖苁谷旧|(zhì)結(jié)構(gòu)變得松散、轉(zhuǎn)錄因子更易于與基因啟動子區(qū)相互結(jié)合并促進(jìn)基因轉(zhuǎn)錄和表達(dá)。因此,HATs能夠促進(jìn)基因的轉(zhuǎn)錄,相反,HDACs能夠誘導(dǎo)染色質(zhì)固縮和基因沉默。
1.2.3 染色質(zhì)重塑 染色質(zhì)位置和結(jié)構(gòu)的變化稱為染色質(zhì)重塑(remodeling)。核小體連接處密集的染色質(zhì)絲發(fā)生松解時,染色質(zhì)解壓縮,與基因轉(zhuǎn)錄有關(guān)的啟動子區(qū)中的順式作用元件被暴露,這種狀態(tài)有利于轉(zhuǎn)錄因子與之結(jié)合。研究表明,主要由兩類結(jié)構(gòu)介導(dǎo)染色體重塑:一類是ATP依賴型核小體重塑復(fù)合體,通過水解作用改變核小體構(gòu)型;另一類是組蛋白修飾復(fù)合體,主要通過對核心組蛋白N端尾部的共價修飾進(jìn)行催化。
1.2.4 非編碼RNA 非編碼RNA包括長鏈非編碼RNA和短鏈非編碼RNA。長鏈非編碼RNA常在基因組中建立單等位基因表達(dá)模式,在核糖核蛋白復(fù)合物中充當(dāng)催化中心,對染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的改變發(fā)揮著重要的作用。短鏈RNA(又稱小RNA)在基因組水平對基因表達(dá)進(jìn)行調(diào)控,其可介導(dǎo)mRNA的降解,誘導(dǎo)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的改變,決定著細(xì)胞的分化命運(yùn),還對外源的核酸序列有降解作用以保護(hù)本身的基因組。而常見的短鏈RNA為小干涉 RNA(short interfering RNA,siRNA)和微小 RNA(microRNA,miRNA)〔17〕。
2.1 DNA甲基化修飾 根據(jù)記憶儲存時間長短的不同,可分為短期記憶(short-term memory,STM)和長期記憶(long-term memory,LTM)。Miller等〔18,19〕首先提出 DNA 甲基化可能在長期記憶形成過程中起著關(guān)鍵作用的假說,他們通過條件性恐懼記憶研究表明DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶DNMT的活性與長期記憶和LTP有關(guān)。而DNMT抑制劑5-AZA或zebularin可以逆轉(zhuǎn)甲基化并使記憶抑制基因PP1表達(dá)下調(diào),從而阻礙了恐懼記憶的形成〔18〕。有趣的是,海馬內(nèi)的DNA甲基化水平在24 h內(nèi)又回到了基礎(chǔ)水平,而此時恐懼記憶仍然保持了下來。這表明在海馬區(qū),DNA甲基化可能不是一個維持記憶的機(jī)制,而是一種基因瞬時表達(dá)的調(diào)控機(jī)制。不只是恐懼記憶,可卡因介導(dǎo)的條件性記憶形成也需要海馬內(nèi)的基因甲基化水平改變〔20〕。
有研究發(fā)現(xiàn),在出生后的Emx1小鼠前腦背部的興奮性神經(jīng)元中如果進(jìn)行DNMT1和DNMT3a的雙敲除,細(xì)胞體積會減小,同時LTP受損,LTD加強(qiáng),空間記憶和恐懼記憶的形成能力受損,然而只敲除DNMT1或DNMT3a都不會有以上的異?,F(xiàn)象發(fā)生〔21〕。此外還發(fā)現(xiàn),雙敲小鼠前腦中免疫相關(guān)基因表達(dá)水平上升,甲基化水平下降。尤其是參與神經(jīng)可塑性和干擾素調(diào)節(jié)途徑的蛋白Stat1,在神經(jīng)元中表現(xiàn)出mRNA水平的上升和甲基化水平的下降。這些結(jié)果表明,DNA甲基化可能通過影響突觸相關(guān)蛋白的表達(dá)來調(diào)控突觸可塑性和記憶,而DNMT1和DNMT3a在興奮性神經(jīng)元中可能具有互補(bǔ)的作用。
條件性恐懼記憶的形成最初依賴于海馬,但經(jīng)歷了約3 w的鞏固時間后,記憶開始依賴于前額葉皮質(zhì),包括前扣帶回,并獨(dú)立于海馬〔22〕。為了研究記憶的維持是否確實需要DNA甲基化參與,Miller等〔23〕開始著眼于前扣帶回而非海馬區(qū)。在經(jīng)歷了恐懼環(huán)境后,鈣調(diào)磷酸酶(CaN)基因的高甲基化水平維持了至少30 d,相應(yīng)的,其mRNA和蛋白水平的下降也維持了至少1個月。當(dāng)訓(xùn)練29 d后,將DNMT抑制劑注射入前扣帶回發(fā)現(xiàn),CaN表達(dá)水平下降和記憶保持的現(xiàn)象均被破壞,此結(jié)果說明前扣帶回中DNA甲基化和去甲基化處于動態(tài)平衡的狀態(tài),且為記憶維持所必需。
2.2 組蛋白修飾與染色質(zhì)重塑 LTP參與了突觸可塑性的形成,在學(xué)習(xí)記憶中起著重要作用。LTP經(jīng)誘導(dǎo)后,細(xì)胞內(nèi)Ca2+激活各種蛋白激酶,這些蛋白激酶包括CaM依賴蛋白激酶Ⅱ(CaMKⅡ)、蛋白激酶C(PKC)和蛋白激酶A(PKA),后者與cAMP結(jié)合進(jìn)入細(xì)胞核,使cAMP反應(yīng)元件結(jié)合蛋白(CREB)磷酸化,調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄和新的蛋白質(zhì)合成。Levenson等〔24〕證明海馬CA1區(qū)組蛋白H3的乙?;芸謶执碳さ恼{(diào)節(jié),該效應(yīng)依賴于NMDA受體和ERK信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路,抑制ERK信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路可以阻斷H3乙?;饔?。結(jié)果表明,染色質(zhì)構(gòu)型重塑參與了長時程記憶的形成以及海馬LTP。
CREB結(jié)合蛋白(CBP)缺失,導(dǎo)致大鼠在空間位置、條件性恐懼記憶以及新事物認(rèn)知實驗測試中表現(xiàn)記憶缺失,給予HDAC抑制劑處理后,又可形成正常的長時程記憶,而且還可以增強(qiáng)正常大鼠的記憶〔24,25〕,進(jìn)一步證明染色質(zhì)構(gòu)型重塑在學(xué)習(xí)和記憶過程中具有重要作用。激活蛋白激酶途徑可以導(dǎo)致記憶的形成,恐懼條件下細(xì)胞外信號調(diào)節(jié)蛋白激酶途徑被激活,增加了海馬CA1區(qū)的組蛋白H3磷酸乙?;?,導(dǎo)致了記憶的形成。在上述的學(xué)習(xí)和記憶模型中并沒有觀察到組蛋白H4乙?;硪粋€引起染色質(zhì)激活的標(biāo)志,表明組蛋白H3乙?;瘶?biāo)記了一個慢性的穩(wěn)定的事件,而H4乙?;瘶?biāo)記了一個比較急性的動態(tài)改變。而破壞乙?;福瑫档痛笫笤谛率挛镎J(rèn)知、水迷宮中的空間記憶及對恐懼環(huán)境感知測試中多種形式的學(xué)習(xí)和記憶能力〔25〕。相反地,通過化學(xué)抑制劑阻斷去乙?;割惪商岣邔W(xué)習(xí)和記憶行為的測試水平。這些研究共同表明依賴于神經(jīng)傳遞的活動如經(jīng)驗等使組蛋白乙?;?,是學(xué)習(xí)和記憶的必需條件。
2.3 非編碼RNA 對果蠅的研究已經(jīng)表明,miRNAs可以作用于許多神經(jīng)轉(zhuǎn)錄因子,在神經(jīng)系統(tǒng)中參與細(xì)胞命運(yùn)的決定、神經(jīng)連接、細(xì)胞形狀和黏附以及突觸的功能〔26〕,大腦可以形成新的突觸或者重新形成突觸,加強(qiáng)重要的突觸鏈接,形成新的連接,減弱不重要的連接,依賴這種方式生物可以進(jìn)行學(xué)習(xí)并適應(yīng)周圍的環(huán)境。哺乳動物樹突蛋白的局部合成對于突觸可塑性是必要的,而這些是學(xué)習(xí)和記憶的分子基礎(chǔ)〔27〕。與突觸蛋白的合成有關(guān)基因都是miRNAs的潛在靶基因,miRNAs可以根據(jù)突觸活性的改變來調(diào)控局部翻譯,進(jìn)而調(diào)控突觸的生長和強(qiáng)度〔28〕。
最近的一項研究表明,miR-134可以影響大腦細(xì)胞之間建立突觸連接,并因此而影響生物的學(xué)習(xí)記憶能力。在這項研究中研究人員利用大鼠證明了miR-134可以調(diào)控樹突棘的大小,當(dāng)神經(jīng)細(xì)胞在miR-134存在的情況下樹突數(shù)量會減少,從而減弱突觸的形成。當(dāng)miR-134被抑制后,樹突數(shù)量就會增加,突觸的連接也因此加強(qiáng)〔29〕。進(jìn)一步的實驗研究表明:miR-134可以起到抑制Limk1基因表達(dá)的作用,這個基因是促進(jìn)樹突形成的。還有報道顯示,當(dāng)成年小鼠前腦Dicer1基因(參與miRNA的加工和miRNA:RISC的裝配)敲除后,小鼠表現(xiàn)為全體腦特異性miRNA進(jìn)行性缺失、學(xué)習(xí)和記憶能力增強(qiáng)、神經(jīng)元樹突棘呈增長的絲狀偽足樣外觀,并且BDNF、MMP-9等突觸可塑性相關(guān)蛋白的表達(dá)量明顯增多〔30〕,這也表明在哺乳動物中miRNA在學(xué)習(xí)和記憶過程中也發(fā)揮著關(guān)鍵的作用。
1 湯 洋.學(xué)習(xí)記憶的分子生物學(xué)機(jī)制研究進(jìn)展〔J〕.南昌大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版),2010;50(3):116-8.
2 Waddington CH.The epigenotype〔J〕.Endeavour,1942;1(1):18-20.
3 Bonasio R,Tu S,Reinberg D.Molecular signals of epigenetic states〔J〕.Science,2010;330(6004):612-6.
4 Miyanari Y,Torres-Padilla ME.Epigenetic regulation of reprogrammingfactors towards pluripotency in mouse preimplantation development〔J〕.Curr Opin Endocrinol Diabet Obes,2010;17(6):500-6.
5 Costa FF.Epigenomics in cancer management〔J〕.Cancer Manag Res,2010;2:255-65.
6 Dalgliesh GL,F(xiàn)urge K,Greenman C,et al.Systematic sequencing of renal carcinoma reveals inactivation of histone modifying genes〔J〕.Nature,2010;463(7279):360-3.
7 Huber LC,Stanczyk J,Jungel A,et al.Epigenetics in inflammatory rheumatie diseases〔J〕.Arthfit Rheum,2007;56(11):3523-31.
8 Ospelt C,Reedquist KA,Gay S,et al.Inflammatory memories:Isepigenetics the missing link to persistent stromal cell activation in rheumatoid arthritis〔J〕.Autoimmun Rev,2011;10(9):519-24.
9 Bayarsaihan D.Epigenetic mechanisms in inflammation〔J〕.J Dent Res,2011;90(1):9-17.
10 Rodriguez RS,F(xiàn)ernandez-M JL.Fernandez AF,et al.Epigenetie regulation of aging〔J〕.Discov Med,2010;10:225-33.
11 Brunmeir R,Lagger S,Seiser C.Histone deacetylase HDAC1/HDAC2-controlled embryonic development and cell differentiation〔J〕.Int Dev Biol,2009;53(2-3):275-89.
12 Fernandez-Morera JL,Calvanese V,Rodflguez-Rodero S,et al.Epigenetic regulation of the immune system in health and disease〔J〕.Tissue Antigens,2010;76:431-9.
13 Chen S,Sang N.Histone deacetylase inhibitors:the epigenetic therapeutics that repress hypoxia-inducible factors〔J〕.J Biomed Biotechnol,2011;2(3):243-7.
14 Iyer LM,Abhiman S,Aravind L.Natural history of eukaryotic DNA methylation systems〔J〕.Prog Mol Biol Transl Sci,2011;101:25-104.
15 Hassig CA,Schreiber SL.Nuclear histone acetylases and deacetylases and transcriptional regulation:HATs off to HDACs〔J〕.Curt Opin Chem Biol,1997;1(3):300-8.
16 Suh N,Blelloch R.Small RNAs in early mammalian development:from gametes to gastrolation〔J〕.Development,2011;138(9):1653-61.
17 孫永健,陳小強(qiáng),陳 寧.表觀遺傳學(xué)的分子機(jī)制及其研究進(jìn)展〔J〕. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué),2008;36(33):14450-2,14510.
18 Miller CA,Sweatt JD.Covalent modification of DNA regulates memory formation〔J〕.Neuron,2007;53(6):857-69.
19 Levenson JM,Roth TL,Lubin FD,et al.Evidence that DNA(cytosine-5)methyltransferase regulates synaptic plasticity in the hippocampus〔J〕.J Biol Chem,2006;281(23):15763-73.
20 Han J,Li Y,Wang D,et al.Effect of 5-aza-2-deoxycytidine microinjecting into hippocampus and prelimbic cortex on acquisition and retrieval of cocaine-induced place preference in C57BL/6 mice〔J〕.Eur J Pharmacol,2010;642(1/3):93-8.
21 Feng J,Zhou Y,Campbell SL,et al.Dnmt1 and Dnmt3a maintain DNA methylation and regulate synaptic function in adult forebrain neurons〔J〕.Nat Neurosci,2010;13(4):423-30.
22 Frankland PW,Bontempi B,Talton LE,et al.The involvement of the anterior cingulated cortex in remote contextual fear memory〔J〕.Science,2004;304(5672):881-3.
23 Miller CA,Gavin CF,White JA,et al.Cortical DNA methylation maintains memory〔J〕.Nat Neurosci,2010;13(6):664-6.
24 Levenson JM,Oriordan KJ,Brown KD,et al.Regulation of histone acetylation during memory formation in the hippocampus〔J〕.J Biol Chem,2004;279(39):40545-59.
25 Levenson JM,Sweatt JD.Epigenetic mechanisms in memory formation〔J〕.Nature Rev Neurosci,2005;6(2):108-18.
26 Enright AJ,John B,Gaul U,et al.Micro-RNA targets in Drosophila〔J〕.Genome Biol,2003;5(1):R1.
27 Sutton MA,Schuman EM.Local translational control in dendrites and its role in long-term synaptic plasticity〔J〕.J Neurobiol,2005;64(1):116-31.
28 Klein ME,Impey S,Goodman RH.Role reversal:the regulation of neuronal gene expression by microRNAs〔J〕.Curr Opin Neurobiol,2005;15:507-13.
29 Schratt GM,Tuebing F.A brain-specific microRNA regulates dendriticspine development〔J〕.Nature,2006;439(7074):283-9.
30 Konopka W,Kiryk A,Novak M,et al.MicroRNA loss enhances learning and memory in mice〔J〕.J Neurosci,2010;30(44):14835-42.