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聾病遺傳咨詢專(zhuān)家共識(shí)

2022-04-19 08:57執(zhí)筆人關(guān)靜賀林楊仕明王秋菊
中華耳科學(xué)雜志 2022年2期
關(guān)鍵詞:受檢者變異遺傳

執(zhí)筆人:關(guān)靜賀林楊仕明王秋菊*

1中國(guó)人民解放軍總醫(yī)院耳鼻咽喉頭頸外科醫(yī)學(xué)部(北京 100853)

2國(guó)家耳鼻咽喉疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心(北京 100853)

3上海交通大學(xué)Bio-X研究院(上海 200030)

4蘇州BioX生命智能產(chǎn)業(yè)研究院(蘇州 215000)

5中國(guó)聾病基因組計(jì)劃(CDGP)/中國(guó)聾病單靶標(biāo)基因組計(jì)劃(HGPST-D)項(xiàng)目組

聽(tīng)覺(jué)在生命各個(gè)階段都發(fā)揮著重要作用,任何聽(tīng)功能下降都被稱為聽(tīng)力損失(Hearing Loss,HL),其嚴(yán)重程度可從輕度、中度、中重度、重度、極重度至完全聽(tīng)力損失/全聾[1],常被習(xí)慣性統(tǒng)稱為“聾病”,是常見(jiàn)的公共衛(wèi)生問(wèn)題。在全生命周期中,遺傳、生物、社會(huì)心理和環(huán)境等因素影響著聽(tīng)力損失的發(fā)生、性質(zhì)、程度及進(jìn)展。2015年中國(guó)遺傳學(xué)會(huì)遺傳咨詢分會(huì)(Chinese Board of Genetic Counseling,CBGC)聯(lián)合醫(yī)療、研究單位和基因檢測(cè)第三方共同開(kāi)展了“人類(lèi)單靶標(biāo)基因組計(jì)劃(Human Genome Project of Single Target,HGPST)”[2],旨在剖析和解讀某種特定遺傳性疾病的致病基因型與臨床表型之間的關(guān)系,為疾病遺傳檢測(cè)及診斷提供動(dòng)態(tài)參考數(shù)據(jù)?!爸袊?guó)聾病基因組計(jì)劃(Chinese Deafness Genome Project,CDGP)”是項(xiàng)目啟動(dòng)的首個(gè)HG-PST,也被稱為“中國(guó)聾病單靶標(biāo)基因組計(jì)劃(HG-PST-D)”。

中國(guó)聾病基因組計(jì)劃(CDGP)/中國(guó)聾病單靶標(biāo)基因組計(jì)劃(HGPST-D)實(shí)施中,發(fā)現(xiàn)聾病患者在遺傳學(xué)檢測(cè)的采集、處理、分析過(guò)程產(chǎn)生的生物信息數(shù)據(jù)和基因測(cè)序數(shù)據(jù)呈現(xiàn)幾何級(jí)增長(zhǎng),個(gè)體數(shù)據(jù)形態(tài)多樣化(如:文本數(shù)據(jù)、圖像數(shù)據(jù)等),數(shù)據(jù)與數(shù)據(jù)之間的關(guān)聯(lián)形式等也在不斷變化。面對(duì)與基因組學(xué)相關(guān)的“新醫(yī)學(xué)”疾病的診療,遺傳咨詢不但是聾病防控的有效手段,也日益成為臨床診療體系的重要組成部分。聾病遺傳咨詢是一個(gè)包含病史采集、遺傳檢測(cè)、遺傳診斷、結(jié)果解讀,明確疾病診斷、給予治療和預(yù)后的評(píng)估建議、預(yù)測(cè)遺傳風(fēng)險(xiǎn)、提供必要的社會(huì)心理支持的交流溝通過(guò)程[3]。2019-2021年國(guó)內(nèi)專(zhuān)刊先后發(fā)表了關(guān)于遺傳性耳聾的常見(jiàn)耳聾基因位點(diǎn)篩查規(guī)范、常見(jiàn)耳聾基因位點(diǎn)篩查技術(shù)專(zhuān)家共識(shí)及遺傳性非綜合征型耳聾的臨床實(shí)踐指南[4-6],對(duì)臨床醫(yī)生認(rèn)識(shí)遺傳性耳聾和開(kāi)展臨床實(shí)踐有一定的指導(dǎo)意義。

值得關(guān)注的是,醫(yī)學(xué)信息數(shù)據(jù)的更新速度早已遠(yuǎn)超于醫(yī)生的學(xué)習(xí)記憶和掌握速度,對(duì)于聾病遺傳咨詢的開(kāi)展及對(duì)基層單位的普及宣教工作等都迫切需要推進(jìn)一體化的數(shù)據(jù)管理體系,智能化采集存儲(chǔ)臨床信息與患者的基因數(shù)據(jù)整合分析,而這方面尚缺乏相關(guān)指南或共識(shí)意見(jiàn)參考。為了使檢測(cè)技術(shù)更加規(guī)范且有效地應(yīng)用于聾病遺傳診療及聾病遺傳咨詢領(lǐng)域,本文從適用人群、樣本采集、報(bào)告解讀、遺傳咨詢決策和人員資質(zhì)培訓(xùn)等方面給予建議(圖1)。通過(guò)本共識(shí),提升對(duì)聾病遺傳咨詢?nèi)鞒痰囊?guī)范化認(rèn)識(shí),逐步形成以傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)、基因組學(xué)和遺傳咨詢?yōu)橐惑w的“新醫(yī)學(xué)”臨床決策支持體系,提高聾病遺傳咨詢的臨床應(yīng)用。

圖1 聾病遺傳咨詢整體流程圖Fig.1 Flowchart of Genetic Counseling for Hearing Loss

1 聾病遺傳咨詢的適用人群

2021年《世界聽(tīng)力報(bào)告》將全生命周期的耳和聽(tīng)力保健劃分為四個(gè)階段:產(chǎn)前期、圍產(chǎn)期的孕產(chǎn)婦和新生兒聽(tīng)力保健及遺傳咨詢[1]。結(jié)合實(shí)際臨床咨詢中遇到的不同咨詢者家庭背景情況和上述關(guān)注內(nèi)容,推薦聾病遺傳咨詢的適用人群如下:

(1)孕前咨詢:聽(tīng)力正常夫妻,伴單方/雙方有聾病家族史;

(2)孕前咨詢:夫妻雙方中僅有一方為聾病患者且有家族史;

(3)孕前咨詢:無(wú)聾病家族史,聾啞夫妻;

(4)孕前咨詢:已生育患兒或檢測(cè)攜帶耳聾基因變異,擬再生育;

(5)產(chǎn)前咨詢:無(wú)聾病家族史,攜帶耳聾基因致病變異的孕婦;

(6)嬰幼兒期:常見(jiàn)耳聾基因致病位點(diǎn)篩查陽(yáng)性的家庭;

(7)散發(fā)或家族性不明原因的聾病患者及親屬;

(8)伴有其他系統(tǒng)疾病的綜合征型耳聾患者及親屬;

(9)臨床輔助檢查異常,提示先天遺傳疾病可能的患者及親屬。

隨著城鎮(zhèn)經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展,京津冀、長(zhǎng)三角和珠三角城市群的居民生活用電量逐漸上升,用電量差距越來(lái)越大。京津冀、長(zhǎng)三角和珠三角城市群的居民生活用電量及變化率見(jiàn)圖1。

2 檢測(cè)前的遺傳咨詢及檢測(cè)項(xiàng)目選擇

遺傳檢測(cè)的價(jià)值僅限于具有遺傳病因的疾病,但考慮到遺傳學(xué)本身的復(fù)雜性、檢測(cè)技術(shù)的局限性、檢測(cè)結(jié)果或然性等,檢測(cè)前進(jìn)行遺傳咨詢有助于受檢者充分知曉現(xiàn)階段可選擇的醫(yī)學(xué)技術(shù)及其利弊。基因檢測(cè)應(yīng)該遵循醫(yī)學(xué)倫理中的自愿、患者受益、不傷害和公平原則,并遵守國(guó)家法律法規(guī)和社會(huì)倫理。醫(yī)生在檢測(cè)前需要告知咨詢者關(guān)于基因檢測(cè)的性質(zhì)、目的、意義,根據(jù)咨詢者的需求提供相關(guān)檢測(cè)方法并介紹其檢測(cè)優(yōu)勢(shì)及局限性,給予受檢者或監(jiān)護(hù)人充足的時(shí)間認(rèn)真閱讀知情同意書(shū)并解答有關(guān)疑問(wèn)。未經(jīng)檢測(cè)前遺傳咨詢的受檢者不建議盲目進(jìn)行消費(fèi)級(jí)的基因檢測(cè)。

高通量測(cè)序技術(shù)和高通量微陣列技術(shù)的發(fā)展及基因檢測(cè)成本降低,已逐漸成為聾病遺傳診斷和風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)性篩查的重要工具?;蚧蚧蚪M上存在多種類(lèi)型的致病變異,最常見(jiàn)的是基因單核苷酸位點(diǎn)變異(Single nucleotide variant,SNV)、插入和缺失(InDel)和基因組拷貝數(shù)變異(Copy number variant,CNV),不同類(lèi)型的變異需要不同的檢測(cè)方法?;诙鷾y(cè)序(Next Generation Sequencing,NGS)的檢測(cè)包括單基因、基因包、臨床外顯子、全外顯子及全基因組等。但對(duì)于聾病相關(guān)基因存在高度同源基因或基因重組的基因,如STRC、OTOA等,建議優(yōu)先選擇或增加多重連接探針擴(kuò)增技術(shù)(Multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)進(jìn)行檢測(cè)[7,8]。

經(jīng)檢測(cè)前遺傳咨詢后,接受檢測(cè)的人員或其監(jiān)護(hù)人需要簽署知情同意書(shū),隨后進(jìn)行臨床病歷建檔、填寫(xiě)基因檢測(cè)申請(qǐng)單及樣本收集送檢。

3 臨床信息數(shù)據(jù)采集、樣本收集保存和運(yùn)輸

3.1 臨床信息數(shù)據(jù)采集

臨床醫(yī)師應(yīng)詳細(xì)詢問(wèn)患者的基本信息、現(xiàn)病史、既往史、家族史等情況,盡可能收集詳細(xì)的表型信息。推薦問(wèn)診內(nèi)容,采用標(biāo)準(zhǔn)結(jié)構(gòu)式問(wèn)診模式,至少包括圖2中46項(xiàng)。

圖2 臨床信息數(shù)據(jù)采集的結(jié)構(gòu)式問(wèn)診條目Fig.2 Structured inquiry items for clinical data collection

推薦通過(guò)在線填寫(xiě)“聾病遺傳咨詢與干預(yù)決策小程序”完成結(jié)構(gòu)式問(wèn)診信息的采集。程序中嵌入了可供選擇的信息,對(duì)于表型描述嵌入了匹配的中文版人類(lèi)表型標(biāo)準(zhǔn)用語(yǔ)(China human phenotype ontology,CHPO)等可供選擇的規(guī)范化術(shù)語(yǔ)信息,同時(shí)也預(yù)留補(bǔ)充信息的文本接口以及實(shí)驗(yàn)室檢查、影像學(xué)及其他檢查結(jié)果拍照上傳的接口。填寫(xiě)完畢后可快捷生成病歷電子文檔,能夠提高信息收集及結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)后期整理的效率。同時(shí)也建議醫(yī)生將受檢者相關(guān)的原始資料復(fù)印件保存在遺傳咨詢醫(yī)療檔案中。在線上填寫(xiě)程序中,必填項(xiàng)目設(shè)定了系統(tǒng)提醒,只有逐項(xiàng)完成才能進(jìn)入提交,從而避免臨床信息采集人為疏漏。

3.2 樣本收集保存和運(yùn)輸

對(duì)于聾病遺傳學(xué)臨床檢測(cè)建議采集含基因組DNA的外周靜脈血,采血前受檢者不需要空腹,建議遺傳檢測(cè)同時(shí)送檢受檢者和父母樣本。

3.2.1 采集管抗凝劑

采集管抗凝劑采用乙二胺四乙酸(EDTA)或檸檬酸鈉(即枸櫞酸鈉)。

3.2.2 采集操作及保存

按照標(biāo)準(zhǔn)外周血采集操作規(guī)范進(jìn)行:成人10-15ml;幼兒或兒童2-5ml。充分混勻后靜置,避免凝固,及時(shí)將采血管放入4℃冰箱中暫存;長(zhǎng)期保存應(yīng)置于-20℃,保存時(shí)間不超過(guò)2年,反復(fù)凍融不超過(guò)5次;DNA提取后可在-80℃下長(zhǎng)期保存,過(guò)程中也應(yīng)盡量避免反復(fù)凍融。

3.2.3 采集管材質(zhì)

采集管建議使用塑料材質(zhì)的抗凝管,避免使用玻璃材質(zhì),因?yàn)樵谶\(yùn)輸或-20℃長(zhǎng)期保存時(shí),玻璃材質(zhì)易出現(xiàn)爆管情況。

3.2.4 樣本運(yùn)輸

選擇冰袋或干冰低溫保存樣本,冷鏈運(yùn)輸寄送。

4 基因檢測(cè)報(bào)告解讀原則

測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展使得遺傳檢測(cè)在臨床實(shí)踐領(lǐng)域更加廣泛,已應(yīng)用于新生兒篩查、攜帶者篩查及疾病診斷等。正確的基因檢測(cè)報(bào)告是進(jìn)行遺傳咨詢的基礎(chǔ),而正確的檢測(cè)報(bào)告來(lái)自于可靠的數(shù)據(jù)分析。聾病遺傳學(xué)檢測(cè)常采用二代測(cè)序或芯片類(lèi)或單基因聚合酶鏈反應(yīng)(Polymerase chain reac-tion,PCR)等方法,每種基因檢測(cè)方法在用于臨床前均需要建立標(biāo)準(zhǔn)化流程和質(zhì)控措施,以保證獲得數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和可靠性。

建議檢測(cè)機(jī)構(gòu)參照2018年2月發(fā)表的《臨床基因檢測(cè)報(bào)告規(guī)范與基因檢測(cè)行業(yè)共識(shí)探討》[9]和團(tuán)體標(biāo)準(zhǔn)T/SZGIA4-2018《臨床單基因遺傳病基因檢測(cè)報(bào)告規(guī)范》,出具符合行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)和規(guī)范的檢測(cè)報(bào)告,報(bào)告中需要詳盡提供結(jié)論中致病變異的具體依據(jù)。

遺傳檢測(cè)中標(biāo)準(zhǔn)化變異解讀主要依據(jù)2015年美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)(American Col-lege of Medical Genetics and Genomics,ACMG)指南[10,11],但對(duì)于聾病遺傳檢測(cè)中發(fā)現(xiàn)與USH2A,SLC26A4,GJB2,MYO7A,CDH23,TECTA,COCH,KCNQ4,MYO6等9個(gè)基因相關(guān)變異時(shí),建議進(jìn)一步參考2018年和2021年ClinGen聾病臨床工作組(Hearing Loss Clinical Domain Working Group,HLCDWG)發(fā)表的特異性ACMG變異解讀指南[12,13],對(duì)候選變異經(jīng)過(guò)確認(rèn)性實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證后出具基因檢測(cè)報(bào)告。報(bào)告中的相關(guān)變異,以“致病”、“可疑致病”、“意義不明確”、“可能良性”、“良性”五類(lèi)分級(jí)描述。

5 檢測(cè)后的遺傳咨詢

臨床遺傳檢測(cè)作為一種輔助性技術(shù)可以用來(lái)確認(rèn)或排除可疑的致病基因、解釋家庭成員的基因信息和患病風(fēng)險(xiǎn),從而幫助患者及其家人進(jìn)行預(yù)防或采取干預(yù)措施。與傳統(tǒng)醫(yī)療報(bào)告相比,基因檢測(cè)結(jié)果復(fù)雜且難以理解,沒(méi)有適當(dāng)?shù)倪z傳咨詢可能會(huì)給受檢者帶來(lái)極大的困惑。

對(duì)于基因檢測(cè)結(jié)果不能明確相關(guān)致病基因變異的病例,建議酌情進(jìn)行更廣泛致病基因的檢測(cè)分析。對(duì)于能夠明確遺傳診斷的病例,臨床醫(yī)生盡量用通俗易懂的語(yǔ)言進(jìn)行遺傳咨詢,針對(duì)受檢者基因報(bào)告提供準(zhǔn)確的解釋及相關(guān)疾病知識(shí)的科普:

5.1 基因型與表型的關(guān)系

即使基因檢測(cè)發(fā)現(xiàn)“致病”或“可疑致病”變異,也不能直接應(yīng)用于臨床診斷,必須評(píng)估變異是否與患者的臨床表型一致,或?qū)⒁褕?bào)道攜帶類(lèi)似變異的患者主要癥狀與受檢患者進(jìn)行對(duì)比,或需要進(jìn)一步對(duì)受檢者和家庭人員進(jìn)行驗(yàn)證或排除診斷,針對(duì)性的解釋受檢者基因型是否可以明確解釋其表型。

分析患者表型特征與基因變異關(guān)系時(shí)還需注意:1.外顯不全:主要指攜帶顯性致病基因變異的家族人員表征并不相同,如PAX3基因是導(dǎo)致常染色體顯性遺傳性Waardenburg綜合征的常見(jiàn)病因,在同一個(gè)家族中攜帶相同基因變異,聽(tīng)力損失可以為單側(cè)或雙側(cè),也可以是正常聽(tīng)力或極重度聽(tīng)力損失;2.表現(xiàn)度:相同致病基因型可引起不同患兒的聽(tīng)力損失程度不同,如GJB2基因c.109G>A(p.Val37Ile),表型差異較大,該位點(diǎn)純合變異患者的聽(tīng)力損失可表現(xiàn)為輕度、中度或重-極重度,疾病發(fā)生時(shí)間可以是先天性或兒童遲發(fā)性。

5.2 疾病的遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估

如果家庭有再生育需求,評(píng)估再發(fā)風(fēng)險(xiǎn),提供生育方面的建議。對(duì)于攜帶明確致病基因變異相關(guān)的遺傳性聽(tīng)力損失患者,若有意愿并在符合倫理的前提下,要求進(jìn)行產(chǎn)前診斷或輔助生殖等,可根據(jù)相關(guān)共識(shí)或指南明確告知風(fēng)險(xiǎn),進(jìn)行相應(yīng)的指導(dǎo)或咨詢。

5.3 遺傳病的自然病史

是否存在其他系統(tǒng)受累的可能、疾病相關(guān)的研究進(jìn)展、必要的預(yù)防性措施及預(yù)后情況,給予隨訪觀察計(jì)劃的建議。如SLC26A4基因致病變異可導(dǎo)致大前庭水管綜合征(Large vestibular aqueduct syndrome,LVAS),部分LVAS患者在青春期后可能出現(xiàn)甲狀腺腫,即由兒童期的“擬”大前庭水管綜合征的診斷演變?yōu)镻endred綜合征(PDS),對(duì)于低齡的LVAS患兒,應(yīng)定期檢測(cè)甲狀腺功能并隨訪。

5.4 先證者家庭成員的患病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)

受檢者遺傳診斷后,如果基因檢測(cè)結(jié)果對(duì)其他家庭成員的疾病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)和預(yù)防具有明確的提示意義,有必要對(duì)家族中可能的基因變異攜帶者進(jìn)行遺傳學(xué)檢測(cè)和遺傳咨詢。但是否告知其他家庭成員,原則上由受檢者決定,如果受檢者未成年則由其監(jiān)護(hù)人決定。推薦其所有一級(jí)親屬進(jìn)行該基因變異的檢測(cè),基因檢測(cè)陽(yáng)性可以早期診斷尚無(wú)臨床癥狀的家族成員,并進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)管理,對(duì)于預(yù)防與治療更有價(jià)值。

6 遺傳咨詢師資質(zhì)培訓(xùn)

遺傳咨詢醫(yī)師作為解讀咨詢者基因密碼的專(zhuān)業(yè)人員,從事聾病遺傳咨詢的臨床醫(yī)生應(yīng)具備遺傳學(xué)的專(zhuān)業(yè)知識(shí)并接受遺傳咨詢的專(zhuān)業(yè)培訓(xùn)(包含繼續(xù)教育),以明確基因檢測(cè)目的、了解檢測(cè)方法及其局限性、知曉預(yù)期結(jié)果和可能的風(fēng)險(xiǎn),并知悉數(shù)據(jù)及樣本相關(guān)處理等內(nèi)容。目前在國(guó)內(nèi)尚無(wú)遺傳咨詢師這個(gè)職業(yè),遺傳咨詢都是由專(zhuān)科臨床醫(yī)生兼任,而大多數(shù)耳科醫(yī)生對(duì)基因診斷的作用及適用范圍欠缺規(guī)范性認(rèn)識(shí),存在對(duì)遺傳報(bào)告解讀不充分或過(guò)度解讀等問(wèn)題,從而限制了其在臨床診療中的合理應(yīng)用。因此,對(duì)于臨床中接觸或從事遺傳咨詢的相關(guān)醫(yī)務(wù)人員,需要定期或不定期的專(zhuān)業(yè)技術(shù)培訓(xùn)(包括:醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)、生物信息學(xué)、心理學(xué)、相關(guān)法律法規(guī)和醫(yī)學(xué)倫理學(xué)等)以更新其相關(guān)專(zhuān)業(yè)的知識(shí)和能力。中國(guó)遺傳學(xué)會(huì)遺傳咨詢分會(huì)主辦的系列“遺傳咨詢師初級(jí)培訓(xùn)班”、“遺傳咨詢師中級(jí)培訓(xùn)班”、“臨床遺傳咨詢能力專(zhuān)項(xiàng)培訓(xùn)高級(jí)班”,美國(guó)貝勒醫(yī)學(xué)院和香港中文大學(xué)主辦的“BCM-CUHK國(guó)際生殖遺傳培訓(xùn)課程”,國(guó)家耳鼻咽喉疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心主辦的系列“遺傳性耳聾臨床咨詢師培訓(xùn)班”和“全國(guó)耳聾基因診斷學(xué)習(xí)班”,以及“病例分享直播活動(dòng)”衛(wèi)星共享課程等線上線下相結(jié)合不同層次的繼續(xù)教育模式,對(duì)聾病遺傳咨詢?nèi)藛T搭建了遺傳咨詢交流平臺(tái)。然而在培養(yǎng)符合我國(guó)國(guó)情的遺傳咨詢從業(yè)人員,仍有待于制定規(guī)范化培訓(xùn)、考核、認(rèn)證及監(jiān)管體系以保障遺傳咨詢行業(yè)的健康發(fā)展。

7 總結(jié)與展望

聾病遺傳咨詢是幫助人們理解和適應(yīng)遺傳因素對(duì)聾病發(fā)生的作用,在此過(guò)程中認(rèn)識(shí)遺傳方式和遺傳再發(fā)風(fēng)險(xiǎn)、提供與聾病有關(guān)的多種求助渠道及干預(yù)措施,幫助減少遺傳性耳聾的發(fā)生與延續(xù),在聾病三級(jí)防控中發(fā)揮著無(wú)法替代的關(guān)鍵作用。本共識(shí)主要針對(duì)聾病遺傳咨詢的全流程全要素進(jìn)行規(guī)范和指導(dǎo)。隨著聾病遺傳學(xué)研究的不斷深入,患者全生命周期各階段的大量數(shù)據(jù)積累以及人工智能分析技術(shù)的快速融入,智能化遺傳咨詢決策系統(tǒng)正待上線,實(shí)時(shí)更新的動(dòng)態(tài)聾病遺傳咨詢知識(shí)圖譜將輔助臨床醫(yī)生提高聾病遺傳咨詢的精準(zhǔn)性,并以一種全新的醫(yī)學(xué)模式服務(wù)于未來(lái)的臨床實(shí)踐,使聾病防控邁入一個(gè)更新更高的階段。

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