呂凱峰 王遠紅 張 偉 劉宏偉
1.黑龍江中醫(yī)藥大學研究生院,黑龍江哈爾濱 150040;2.黑龍江中醫(yī)藥大學附屬第一醫(yī)院皮膚科,黑龍江哈爾濱 150040;3.黑龍江中醫(yī)藥大學附屬第一醫(yī)院中醫(yī)兒科,黑龍江哈爾濱 150040
白癜風是一種典型的皮膚黏膜色素脫失性疾病,祖國醫(yī)學稱此病為“白癜”“白毋奏”,亦或“白疙”[1-2]。該病易于診斷,難于治療,且極大地影響患者的身心健康[3]。目前國內(nèi)白癜風患者發(fā)病率為0.1%~2.0%[4]。臨床上常用的治療方法包括激素、免疫抑制劑、光化學療法、手術(shù)療法等[5-8],效果均不理想,具有易復發(fā)和副作用的缺點[9]。中醫(yī)治療白癜風具有優(yōu)勢和特色,掃白靈、掃白茴風丸是王遠紅教授治療白癜風的代表性方劑[10-11],臨床效果令人滿意。但由于其具體藥效物質(zhì)及作用的靶標通路尚不明確,導致該方的臨床推廣受到了一定的限制。因此本研究應用中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學[12]探討掃白靈、掃白茴風丸中的重要藥對“菟絲子-淫羊藿”調(diào)治白癜風的主要活性成分和作用機制,同時為后續(xù)掃白靈、掃白茴風丸的實驗研究與臨床應用提供基礎(chǔ)生物學信息支撐。
依托中藥系統(tǒng)藥理學數(shù)據(jù)庫與分析平臺、中醫(yī)藥綜合數(shù)據(jù)庫、中藥癥候關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫、在線中醫(yī)藥生物信息學分析工具檢索菟絲子、淫羊藿的化學組成成分,通過數(shù)據(jù)庫初步篩選口服利用度(oral bioavail ability,OB)≥30%、類藥性(drug-likeness,DL)≥0.18 的潛在活性成分。篩選結(jié)束后,從數(shù)據(jù)庫中檢索活性成分相對應的靶標,由于檢索到的靶標目標存在命名不規(guī)范的問題,為標準化蛋白質(zhì)靶標信息,統(tǒng)一在UniProt 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫將化合物作用的蛋白質(zhì)靶標校正為基因標準化命名。
借助于在線人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫、靶向藥物數(shù)據(jù)庫、GeneCards、DrugBank 數(shù)據(jù)庫檢索與白癜風相關(guān)的疾病靶標。
將藥對、活性成分及靶標應用Cytoscape 3.7.2 軟件構(gòu)建“藥對-活性化合物-潛在靶標”聯(lián)系的網(wǎng)絡(luò)圖。
利用微生信在線作圖平臺(http://www.bioinformatics.com.cn/)繪制維恩圖,取交集,進而將交集靶標上傳STRING 數(shù)據(jù)庫,得到“菟絲子-淫羊藿”治療白癜風的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(protein-protein interaction,PPI)網(wǎng)絡(luò)模型,并導入Cytoscape 中進行可視化展示。
利用David 數(shù)據(jù)庫將上述交集靶標進行GO 功能及KEGG 通路富集分析,并借助微生信在線作圖平臺對富集結(jié)果進行可視化展示。
對“菟絲子-淫羊藿”活性成分進行挖掘及篩選,剔除重復數(shù)據(jù)后剩余主要有效成分31 個。見圖1。同時檢索并將兩味藥物活性成分的潛在靶標合并去重后共獲得222 個相關(guān)作用靶標蛋白。
圖1 “菟絲子-淫羊藿”主要活性成分及靶標
共獲得與白癜風相關(guān)的基因1198 個。設(shè)定Score大于中位數(shù)(score >0.63)為白癜風的潛在靶標,最終得到潛在靶標457 個。
“藥對-化合物-潛在治療靶標”網(wǎng)絡(luò)見圖2。篩選出槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-谷固醇、脫水淫羊藿素、芝麻素等重要化合物。
圖2 “藥對-化合物-潛在治療靶標”網(wǎng)絡(luò)
共得到共同靶標47 個,見圖3。進一步將交集靶標提交至STRING 數(shù)據(jù)庫,并排除游離的沒有聯(lián)系的2 個節(jié)點。得到“菟絲子-淫羊藿”-白癜風潛在靶標PPI 網(wǎng)絡(luò)圖,見圖4。將STRING 平臺獲取的靶標蛋白相互信息導入Cytoscape 中進行可視化展示,見圖5。其中顏色越發(fā)鮮明、節(jié)點形狀越大,則度值越大,度值越大證明在網(wǎng)絡(luò)中越重要。連線越粗,相互作用關(guān)系亦越大。其中排名靠前30 位、度值大的節(jié)點見圖6。
圖3 “菟絲子-淫羊藿”有效成分與白癜風疾病靶標交集維恩圖
圖4 “菟絲子-淫羊藿”-白癜風潛在靶標蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)
圖5 “菟絲子-淫羊藿”干預白癜風靶標的可視化分析
圖6 “菟絲子-淫羊藿”干預白癜風的核心靶標(度值前30)
45 個共同靶標進行GO 分析得到條目356 個,其中分子功能44 個、生物過程284 個、細胞組分28 個,見圖7。KEGG 通路富集分析共篩選出信號通路23 條,主要涉及TNF、T 細胞受體、Toll 樣受體、PI3K-Akt、FoxO、MAPK 等信號通路,見圖8。
圖7 “菟絲子-淫羊藿”干預白癜風潛在靶標的GO 富集分析
圖8 “菟絲子-淫羊藿”干預白癜風潛在靶標的KEGG 信號通路分析
由本研究的“藥對-化合物-靶標”網(wǎng)絡(luò)可知槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-谷固醇、脫水淫羊藿素、芝麻素度值較高,提示以上可能是“菟絲子-淫羊藿”治療白癜風的有效成分,并協(xié)同作用于多個靶標發(fā)揮效果。
PPI 網(wǎng)絡(luò)提示TP53、IL-6、TNF、VEGFA、MAPK1、PTGS2 等這些靶標度值較高,相關(guān)文獻已有對本研究預測的大部分潛在靶標與白癜風關(guān)系的報道[13-17]。本課題組前期通過觀察以“菟絲子-淫羊藿”藥對為主要成分的掃白靈干預白癜風發(fā)現(xiàn),試驗組血清中的IL-10、TNF 較對照組水平明顯升高,提示此藥對可能通過IL-10、TNF 等關(guān)鍵靶標發(fā)揮治療白癜風的作用[10-11]。
關(guān)鍵節(jié)點的KEGG 通路分析提示藥對可通過多條通路治療白癜風,且富集到的信號通路中多數(shù)已得到證實[18-19]。此外本研究富集到了許多看似與本病不相關(guān)的一些通路,但有研究表明,這些疾病之間有一定的內(nèi)在聯(lián)系[20-25]。這些通路可以幫助臨床醫(yī)師從多角度剖析本藥對治療白癜風患者的體內(nèi)途徑及白癜風與其他疾病間的內(nèi)在關(guān)聯(lián),如“菟絲子-淫羊藿”是否主要通過MAPK、PI3K-Akt、NF-κB 等潛在通路達到治療白癜風病的目的,肺結(jié)核病與白癜風發(fā)病是否具有一定相關(guān)性等。
綜上所述,“菟絲子-淫羊藿”治療白癜風通過多成分、多靶標、多通路[26]治療白癜風。本研究所得核心成分、靶標及通路與白癜風治療密切相關(guān)。同時,還發(fā)現(xiàn)了其他潛在活性成分,如山柰酚、木犀草素、β-谷固醇等,以及靶標,如TP53、IL-6、TNF 等,提示“菟絲子-淫羊藿”可以通過多靶標多通路治療白癜風,為其臨床開發(fā)利用提供理論基礎(chǔ)。