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QIAamp DNA Investigator 試劑盒提取腐敗肋軟骨1例

2020-03-17 05:21:16
廣東公安科技 2020年4期
關(guān)鍵詞:親權(quán)肋軟骨檢材

(廣東正孚法醫(yī)毒物司法鑒定所,廣東廣州 510663)

1 案例檢驗(yàn)

1.1 檢材來(lái)源

受交警委托,本單位受理了1 例在交通事故身亡的死者肋軟骨,要求將死者與疑似父母進(jìn)行親權(quán)鑒定。送檢的肋軟骨呈淡黃色,表面附著灰褐色腐肉。

1.2 DNA提取

先去除肋軟骨周圍的腐敗組織等表面垢物,用滅菌超純水沖洗干凈。用干凈手術(shù)刀片切除四周后從深中部切取5mm×5mm×1mm 共2份肋軟骨,放入1.5mL 離心管中,分別用Chelex-100 法和QIAamp DNA Investigator 試劑盒(硅珠法)進(jìn)行提取。

1.2.1 Chelex-100法

加入300μL 5%Chelex-100、10mg/mL 蛋白酶K 10μL,56℃消化2h,期間多次渦旋混勻,置于98℃加熱煮沸10min,13000r/min 離心5min,取上清備用。

1.2.2 硅珠法

按照德國(guó)QIAGEN 公司的QIAamp DNA Investigator試劑盒說(shuō)明書(shū)進(jìn)行DNA提取操作。

1.3 DNA擴(kuò)增及電泳

選用Thermo Fisher 公司的華夏白金試劑盒,擴(kuò)增體系為15μL,取DNA上清2μL,加入Master Mix 6μL、Primer Mix 6μL、PnG Buffer 1μL。同時(shí)設(shè)置陰陽(yáng)性對(duì)照。

擴(kuò)增參數(shù):95℃變性1min;94℃3s、59℃16s、65℃29s,30 個(gè)循環(huán);60℃終延伸15 min;4℃保存?zhèn)溆?。擴(kuò)增產(chǎn)物在3130XL遺傳分析儀上電泳,數(shù)據(jù)經(jīng)GeneMapper ID-X 軟件進(jìn)行分析。

2 結(jié)果

2.1 采用Chelex-100法和QIAamp DNA Investigator 試劑盒法提取腐敗肋軟骨DNA,結(jié)果顯示,用Chelex-100法提取的DNA未得到有效擴(kuò)增(見(jiàn)圖1);而用硅珠法提取的DNA,包括1 個(gè)Amelogin 位點(diǎn)、1 個(gè)Y-Indel 位點(diǎn)在內(nèi),共25個(gè)基因座獲得成功分型(見(jiàn)圖2)。

2.2 將死者肋軟骨STR 分型數(shù)據(jù)與疑似父母的分型結(jié)果進(jìn)行比對(duì)分析,死者所有基因座上的等位基因均能從疑似父母雙方找到來(lái)源,按照GB/T37223-2018進(jìn)行親權(quán)指數(shù)的計(jì)算,累積親權(quán)指數(shù)CPI均大于10000,達(dá)到認(rèn)定親權(quán)關(guān)系的標(biāo)準(zhǔn)。

圖1 Chelex-100法

3 討論

對(duì)于新鮮肋軟骨,直接擴(kuò)增法或Chelex-100法便可成功獲得STR分型[1~3]。但在實(shí)際檢案中發(fā)現(xiàn)[4],肋軟骨的腐敗程度與年齡、死亡時(shí)間、離體時(shí)間、保存條件等相關(guān),可表現(xiàn)為色澤、氣味等方面的變化。兒童、嬰幼兒因其體內(nèi)水分比例較成年人高,故死后變化發(fā)展較快,肋軟骨腐敗程度較成年人要高。死者年齡越大,肋軟骨鈣化程度越高,色澤上常呈黃色。死亡或離體時(shí)間較長(zhǎng)且保存不當(dāng)?shù)睦哕浌且踩菀壮霈F(xiàn)腐敗,在色澤上多表現(xiàn)為灰黑色,且常在微生物的分解下產(chǎn)生難聞的氣味。提取肋軟骨DNA前,首先通過(guò)最直觀的色澤與色味可初步判斷肋軟骨是否有腐敗跡象,以便高效選擇適宜的DNA提取方法。

本單位受理的該例肋軟骨,來(lái)自一名兒童,檢材表面附著大量灰褐色組織,有氣味產(chǎn)生,提示已出現(xiàn)腐敗,狀態(tài)較差。采用Chelex-100 法未能獲得有效STR 分型的原因,很可能是檢材因腐敗而攜帶了較多影響下一步PCR 反應(yīng)的抑制物,而Chelex-100 法純化該類腐敗檢材DNA 的能力有限,故未獲得足量純度高的DNA 模板,最終導(dǎo)致擴(kuò)增失敗。而QIAamp DNA Investigator 試劑盒的原理是硅珠法。該法通過(guò)裂解消化,過(guò)二氧化硅膜柱子特異吸附,反復(fù)漂洗等純化步驟,洗脫后的DNA較純,利于下一步擴(kuò)增。這也是該例腐敗肋軟骨更換試劑盒提取方法后成功檢出STR分型的重要原因。

圖2 硅珠法

實(shí)驗(yàn)中還須注意幾點(diǎn):(1)切取的肋軟骨切片大小須適中,厚度應(yīng)小于1mm,并適當(dāng)剪碎以促進(jìn)DNA釋放;(2)根據(jù)檢材狀態(tài),嚴(yán)重腐敗的肋軟骨要適當(dāng)增加取材量;(3)為減少抑制物的影響,應(yīng)盡量選取腐敗程度較小的中間部位。本案中筆者用手術(shù)刀片切除肋軟骨表面灰褐色腐敗部分,為避免帶入刀片上附著的腐敗組織,更換了新的刀片再切取中間部位;(4)必要時(shí)增大擴(kuò)增體系以降低抑制物的濃度。

綜上所述,提取肋軟骨的DNA,要注意結(jié)合案情,盡量了解死者的年齡、死亡時(shí)間、環(huán)境因素等,并觀察肋軟骨的色澤,以便更好地判斷肋軟骨的腐敗情況,從而選擇更合適的提取方法。對(duì)于腐敗肋軟骨,可直接選用包含純化步驟的提取方法(如硅珠法、磁珠法等),既可保證檢出率,又可避免多次檢驗(yàn),減少檢材浪費(fèi),縮短檢驗(yàn)時(shí)間。

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