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輔激活因子及組蛋白協(xié)同乙?;揎棇F-κB亞基轉(zhuǎn)錄調(diào)控的影響

2020-02-16 11:58李爽王蕊王維王紅梅鄧禹
醫(yī)學(xué)綜述 2020年3期
關(guān)鍵詞:染色質(zhì)賴氨酸殘基

李爽,王蕊,王維,王紅梅,鄧禹

(1.天津中醫(yī)藥大學(xué),天津 301617; 2.重慶三峽醫(yī)藥高等專科學(xué)校附屬醫(yī)院皮膚科,重慶 404000;3.天津市中醫(yī)藥研究院附屬醫(yī)院皮膚科,天津 300120; 4.成都大學(xué)醫(yī)學(xué)院,成都610106)

核因子κB(nuclear factor-κB,NF-κB)在受到細(xì)胞因子[腫瘤壞死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白細(xì)胞介素(interleukin,IL)-1等]、病毒感染以及氧化應(yīng)激等不同信號刺激時激活,從而調(diào)控數(shù)百個目的基因的表達(dá)。在NF-κB的活化過程中伴有不同位點的磷酸化、乙?;?、甲基化以及泛素化等翻譯后修飾,在NF-κB的亞細(xì)胞定位、DNA結(jié)合力、轉(zhuǎn)錄活性等方面起著重要的調(diào)節(jié)作用,這些修飾決定了NF-κB在特定刺激下的輸出和應(yīng)答時間[1]。輔激活因子作為轉(zhuǎn)錄起始復(fù)合物組裝的組成部分和橋梁,其募集通過多種機制促進或抑制靶基因的轉(zhuǎn)錄,從而參與調(diào)控目的基因的表達(dá)。組蛋白尾部的氨基酸殘基也可被共價修飾,進而重塑染色質(zhì),從而參與調(diào)控基因的表達(dá)。在組蛋白的多種共價修飾中,以賴氨酸殘基的乙?;揎椬畛R?,并且在組蛋白上均可發(fā)生,其一直是表觀遺傳學(xué)的研究熱點,而輔因子中的輔助共激活因子的酶活性區(qū)具有組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶(histone acetyl transferase,HAT)活性,可作用于組蛋白N端的賴氨酸殘基,使其發(fā)生乙?;揎?,導(dǎo)致染色質(zhì)解離并重構(gòu),從而減弱組蛋白的抑制活性,促進靶基因轉(zhuǎn)錄[2]。現(xiàn)就輔激活因子和組蛋白的協(xié)同乙?;揎椩贜F-κB亞基轉(zhuǎn)錄調(diào)控中的作用予以綜述。

1 NF-κB信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路組成

NF-κB轉(zhuǎn)錄因子是免疫和炎癥反應(yīng)的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子,是由Rel家族構(gòu)成的二聚體蛋白,其構(gòu)成亞基分別是RelA(p65)、RelB、c-Rel、p105/p50(NF-κB1)和p100/p52(NF-κB2)。因各亞基的N端均有Rel同源結(jié)構(gòu)域,故統(tǒng)稱為NF-κB/Rel蛋白家族。RelA在細(xì)胞中的表達(dá)量最高,具有特殊的轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域,可調(diào)控下游多種靶基因的轉(zhuǎn)錄水平,參與細(xì)胞的多種生物學(xué)過程[3],是NF-κB家族研究的焦點。

在NF-κB轉(zhuǎn)錄的經(jīng)典調(diào)節(jié)途徑中,NF-κB的活性主要受NF-κB抑制性蛋白(inhibitor of κB,IκB)家族成員(包括IκBα、IκBβ和IκBε)的嚴(yán)格調(diào)控,其確保轉(zhuǎn)錄因子在非激活狀態(tài)下的細(xì)胞質(zhì)定位。細(xì)胞在休眠狀態(tài)下,NF-κB與IκB結(jié)合,并以三聚體的無活性形式存在于細(xì)胞質(zhì)中。IκB激酶(IκB kinases,IKK)包括IKKα、IKKβ和調(diào)節(jié)亞基IKKγ,在NF-κB的活化中起著重要作用。炎癥細(xì)胞因子、細(xì)菌感染或氧化應(yīng)激等激活I(lǐng)KK復(fù)合體,進而使IκB的兩個保守的絲氨酸殘基磷酸化,IκB被磷酸化,并在Skp1-Cullins-F-box蛋白復(fù)合物E3泛素化酶復(fù)合體的催化作用下發(fā)生多泛素化而被蛋白酶降解,IκB的降解導(dǎo)致p50-p65二聚體釋放,轉(zhuǎn)移到細(xì)胞核與相關(guān)的DNA基序列結(jié)合,并啟動相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄,這些靶基因產(chǎn)物參與調(diào)節(jié)炎癥反應(yīng)及免疫應(yīng)答[4]。

2 NF-κB亞基的乙?;?去乙?;揎?/h2>

NF-κB依賴性轉(zhuǎn)錄控制在多個水平受到調(diào)節(jié)。研究發(fā)現(xiàn),NF-κB異二聚體必須經(jīng)過翻譯后修飾才可以發(fā)揮調(diào)控靶基因轉(zhuǎn)錄的作用[5]??赡嫘缘囊阴;?去乙?;荖F-κB的一種關(guān)鍵翻譯后修飾,對NF-κB介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄反應(yīng)的強度和持久性起重要的調(diào)節(jié)作用。與染色質(zhì)上的DNA結(jié)合后,NF-κB亞基可將HAT和組蛋白脫乙酰酶(histone deacetylase,HDAC)招募到靶基因啟動子上,改變組蛋白的乙?;V,HDAC可將NF-κB亞基中的某些位點去乙酰化,與乙?;嗷プ饔茫{(diào)節(jié)該通路的活性。Chen等[6]研究證實RelA乙?;揎椀拇嬖?,并發(fā)現(xiàn)RelA的乙?;茉鰪奛F-κB與DNA的結(jié)合及其轉(zhuǎn)錄激活。異二聚體NF-κB蛋白的一個亞基p65可根據(jù)特定的乙?;嚢彼釟埢鰪娀驕p弱NF-κB信號。輔激活因子對NF-κB亞基中特定賴氨酸殘基的乙?;揎検潜匦璧?,對轉(zhuǎn)錄能力、與DNA結(jié)合的能力以及作用持續(xù)時間的調(diào)控起關(guān)鍵作用[7-12]。同時,組蛋白修飾中的乙?;腿ヒ阴;部蓪?dǎo)致染色質(zhì)重構(gòu),改變?nèi)旧|(zhì)的空間結(jié)構(gòu),影響p65的轉(zhuǎn)錄活性。

2.1輔激活因子的乙?;揎棇F-κB亞基的影響 NF-κB的轉(zhuǎn)錄激活需要多種含有HAT活性的輔激活因子,包括p300/CREB結(jié)合蛋白(CREB-binding protein,CBP)、p300/CBP相關(guān)因子(p300/CBP-associated factor,PCAF)、類固醇受體共激活因子1和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)及轉(zhuǎn)錄激活因子(signal transducers and activators of transcription,STAT)等,其中p300/CBP的乙?;荖F-κB轉(zhuǎn)錄激活所必需的[13]。當(dāng)炎癥信號轉(zhuǎn)導(dǎo)至核內(nèi),轉(zhuǎn)錄因子與基因啟動子序列結(jié)合后,可進一步募集輔激活因子,作用于組蛋白N端的賴氨酸殘基使其發(fā)生乙酰化修飾。HAT活性在調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄過程中起直接作用,通過結(jié)合在轉(zhuǎn)錄起始位點附近,使鄰近核小體中的核心組蛋白乙?;?,中和其部分正電荷,松弛組蛋白對DNA的結(jié)合,使染色質(zhì)重構(gòu),以轉(zhuǎn)錄裝置更易進入,進而激活轉(zhuǎn)錄。Deng等[14]在研究人肺成纖維細(xì)胞中凝血酶誘導(dǎo)的CC趨化因子配體2(chemokine C-C motif ligand 2,CCL2)表達(dá)的表觀遺傳調(diào)控機制中發(fā)現(xiàn),HAT p300抑制劑和通過干擾小RNA降低p300可減弱人肺成纖維細(xì)胞中凝血酶誘導(dǎo)的CCL2表達(dá)和組蛋白H3和H4乙?;?;研究進一步顯示,p300的減弱抑制了NF-κB p65的活化及其與CCL2啟動子的結(jié)合。以上研究表明,表觀遺傳失調(diào)和組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶與轉(zhuǎn)錄因子間的相互作用在凝血酶誘導(dǎo)CCL2表達(dá)的機制中發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。

蛋白激酶A在絲氨酸276處誘導(dǎo)p65磷酸化,增強了p300/CBP的募集[7]。p65在賴氨酸122和123上均被p300和PCAF乙?;琍CAF誘導(dǎo)的p65乙酰化有助于p65磷酸化和胃腺癌細(xì)胞中TNF-α和IL-6的進一步上調(diào)[8]。在p300/CBP和PCAF乙酰化的7個賴氨酸(賴氨酸122、123、218、221、310、314、315)中,賴氨酸310的乙?;荖F-κB轉(zhuǎn)錄活性所必需的。Hajmirza等[9]的研究表明,p300介導(dǎo)的p65在賴氨酸310處乙酰化時,溴結(jié)構(gòu)域蛋白4與p65相互作用,溴結(jié)構(gòu)域蛋白4會進一步募集并激活絲氨酸類激酶9,使RNA聚合酶Ⅱ磷酸化,并促進NF-κB靶基因的轉(zhuǎn)錄。有研究表明,絲氨酸536的磷酸化雖然不是完全必需的,但能通過p300介導(dǎo)顯著增強p65賴氨酸310的乙?;痆10]。而賴氨酸221或218處的乙?;瘯柚筃F-κB與IκBα的結(jié)合,從而延長NF-κB的活性持續(xù)時間,延遲IκBα的重新結(jié)合及返回細(xì)胞質(zhì)的時間。相比之下,HDAC3的去乙?;龠MNF-κB與IκBα結(jié)合,促進NF-κB從細(xì)胞核移動到細(xì)胞質(zhì)中,p300乙?;痯65的賴氨酸殘基314和315后,NF-κB復(fù)合物的轉(zhuǎn)錄活性不受影響,但卻提高了對下游靶基因啟動子的選擇性[11]。Li等[12]研究發(fā)現(xiàn),p300通過增強NF-κB與神經(jīng)型一氧化氮合酶啟動子的結(jié)合,參與NF-κB介導(dǎo)的神經(jīng)型一氧化氮合酶轉(zhuǎn)錄,使人神經(jīng)母細(xì)胞瘤SK-N-SH細(xì)胞中信使RNA和神經(jīng)型一氧化氮合酶蛋白增加。也有文獻(xiàn)表明,p300在調(diào)節(jié)NF-κB介導(dǎo)的誘導(dǎo)型一氧化氮合酶表達(dá)中充當(dāng)HAT和共激活因子[15]。 類固醇受體共激活因子-1在氨基酸759~1141上與p50特異性結(jié)合,同時p300的參與又進一步增強了NF-κB的轉(zhuǎn)錄水平,表明兩種共激活因子協(xié)同調(diào)節(jié)NF-κB的活性,并使其轉(zhuǎn)錄增強[16]。

STAT家族中STAT1的乙?;cp65形成復(fù)合物,從而降低p65與DNA結(jié)合的能力[17]。p300介導(dǎo)STAT3在賴氨酸370位點和賴氨酸383位點的乙酰化可以與RelA/p65形成最穩(wěn)定的蛋白復(fù)合物,促進其與DNA的結(jié)合和轉(zhuǎn)錄激活[18]。

2.2靶基因組蛋白的可逆乙?;揎棇F-κB亞基轉(zhuǎn)錄的影響 組蛋白是含量極其豐富的蛋白質(zhì),在真核細(xì)胞的細(xì)胞核中,組蛋白的量與DNA的量是相同的。大多數(shù)真核細(xì)胞含有5類不同的組蛋白:H1、H2A、H2B、H3、H4,是真核生物染色質(zhì)的重要組成部分,其N端尾部特定位點和殘基能發(fā)生甲基化、乙酰化、磷酸化、泛素化等共價修飾,而組蛋白乙?;揎椧恢笔潜碛^遺傳學(xué)研究的熱點,參與調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄因子的核定位,控制蛋白質(zhì)之間以及蛋白質(zhì)與DNA之間的相互作用[19]。組蛋白乙?;腔蜣D(zhuǎn)錄激活的重要標(biāo)志,組蛋白乙?;幱谝粋€動態(tài)平衡狀態(tài),由組蛋白HAT和HDAC共同調(diào)控。組蛋白是堿性極強的蛋白質(zhì),在中性pH環(huán)境中帶較強的正電荷。一般情況下,在HAT的作用下,組蛋白賴氨酸殘基端與乙酰輔酶A反應(yīng),發(fā)生乙?;揎?,減少了組蛋白尾部的正電荷,增加了負(fù)電荷,從而導(dǎo)致染色質(zhì)結(jié)構(gòu)從壓縮狀態(tài)轉(zhuǎn)變?yōu)樗缮顟B(tài),有利于DNA與組蛋白八聚體的解離,松弛核小體與基因調(diào)控區(qū)的結(jié)合,從而促進各種轉(zhuǎn)錄因子與其相應(yīng)的協(xié)同轉(zhuǎn)錄因子形成的轉(zhuǎn)錄蛋白復(fù)合物結(jié)合在下游靶基因的啟動子區(qū)域,激活基因的轉(zhuǎn)錄;而HDAC通過去除乙酰基團,導(dǎo)致染色質(zhì)結(jié)構(gòu)在空間上變得緊湊,抑制轉(zhuǎn)錄,使基因處于沉默狀態(tài)。當(dāng)HAT與HDAC之間的平衡發(fā)生改變時,疾病相關(guān)基因表達(dá)的失調(diào)可導(dǎo)致癌癥、自身免疫性疾病以及慢性炎癥等疾病的發(fā)生[20-22]。

目前組蛋白修飾可能主要通過兩種方式影響基因的表達(dá):一種是改變?nèi)旧|(zhì)的空間結(jié)構(gòu),使染色質(zhì)重塑,改變原有構(gòu)型,進而影響蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)與DNA的相互作用;另一種是通過形成特異性構(gòu)象進而影響酶的募集,這個過程同時受轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控。已有研究表明,組蛋白修飾異常會引起基因表達(dá)的改變,從而導(dǎo)致細(xì)胞表型和功能變化,影響炎癥相關(guān)基因的表達(dá),并與多種疾病(類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎、自身免疫性疾病、代謝綜合征、神經(jīng)變性疾病以及腫瘤等)的發(fā)病密切相關(guān),近年來逐漸成為疾病診斷治療研究的新靶點[23-26]。

在乙?;揎椫校ㄟ^輔助激活因子介導(dǎo)NF-κB乙?;率咕植咳旧|(zhì)結(jié)構(gòu)疏松,促進其與靶基因DNA的結(jié)合及轉(zhuǎn)錄激活外,NF-κB靶基因相關(guān)的組蛋白乙?;筛淖兘M蛋白尾部與DNA及相鄰核小體組蛋白尾部的相互作用,從而改變核小體的交聯(lián),導(dǎo)致其重塑,使之更易暴露NF-κB結(jié)合的啟動子區(qū)域,使促炎基因的轉(zhuǎn)錄激活成為可能[27]。Bagul等[28]探討白藜蘆醇在糖尿病心肌病動物心臟氧化應(yīng)激中的作用發(fā)現(xiàn),NF-κB p65活性增加,沉默信息調(diào)節(jié)因子(silence information regulator,SIRT)1活性降低,白藜蘆醇激活SIRT1,后者在p65賴氨酸310處去乙酰化,在組蛋白H3賴氨酸9處去乙?;?與還原型煙酰胺腺嘌呤二核苷酸氧化酶的轉(zhuǎn)錄有關(guān);Ghosh等[29]用轉(zhuǎn)化生長因子-β刺激正常人的成纖維細(xì)胞發(fā)現(xiàn),在Ⅰ型膠原α2鏈基因啟動子上誘導(dǎo)p300募集和組蛋白H4的乙?;^氧化物酶體增殖物激活受體γ通過阻止p300募集和組蛋白H4過度乙?;钄郤mad介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄反應(yīng),從而抑制轉(zhuǎn)化生長因子-β誘導(dǎo)的膠原基因表達(dá)。Huang等[30]研究發(fā)現(xiàn),用6-巰基嘌呤處理脂多糖活化的小膠質(zhì)細(xì)胞顯著減弱了TNF-α的產(chǎn)生,用染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)分析發(fā)現(xiàn),6-巰基嘌呤抑制脂多糖誘導(dǎo)的TNF-α啟動子周圍染色質(zhì)組蛋白H3的乙?;?,最終導(dǎo)致p65/p300介導(dǎo)的TNF-α基因轉(zhuǎn)錄減少。

以上研究表明,乙酰化調(diào)節(jié)許多參與NF-κB途徑的蛋白質(zhì)的功能,與NF-κB靶基因連接的組蛋白的乙酰化暴露了NF-κB結(jié)合的啟動子區(qū)域,使促炎基因轉(zhuǎn)錄激活。

2.3脫乙酰酶對NF-κB亞基活性的影響 核心組蛋白的去乙?;菇M蛋白的堿性尾緊密結(jié)合到附近核小體的DNA和組蛋白上,穩(wěn)定核小體,抑制轉(zhuǎn)錄。HDAC可分為四大類: Ⅰ 類HDAC包括HDAC1、2、3和8,組織分布廣泛,主要在細(xì)胞核內(nèi)發(fā)現(xiàn),存在核定位序列,無核輸出信號序列,而HDAC3同時具有核導(dǎo)入和輸出信號,因此細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核中都有定位;Ⅱ類HDAC可細(xì)分為ⅡA(HDAC4、5、7、9)和ⅡB (HDAC6和10)兩組,主要存在于細(xì)胞質(zhì)中,Ⅱ類HDAC可在細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核間穿梭,較Ⅰ類HDAC具有更強的組織分布特異性;Ⅲ 類HDAC可分為SIRT1~7,定位于細(xì)胞質(zhì)、細(xì)胞核以及線粒體中,并且需要煙酰胺腺嘌呤激活; Ⅳ 類HDAC只包含 HDAC11,這種蛋白質(zhì)可同時存在于Ⅰ和Ⅱ類HDAC中[31]。

有證據(jù)顯示,HDAC也可能負(fù)調(diào)控NF-κB的轉(zhuǎn)錄活性[32-34],而HDAC3、SIRT1、SIRT2等在去乙?;^程中發(fā)揮重要作用。NF-κB的反式激活功能是通過p65亞基與組蛋白HDAC的相互作用調(diào)控的。HDAC1~3在炎癥性疾病中具有多種作用,其中HDAC3具有特定的促炎作用,在單核細(xì)胞向炎癥部位募集和巨噬細(xì)胞因子的產(chǎn)生中起著重要作用。研究表明,HDAC3在p65的去乙?;?促進與IκBα的有效結(jié)合)中參與p65賴氨酸122、123、314和315上乙?;囊种芠35],是NF-κB介導(dǎo)的炎癥基因表達(dá)的重要激活因子,用去乙?;种苿┨幚砗蟀l(fā)現(xiàn),通過延遲IκBα的新合成可延長誘導(dǎo)的NF-κB的DNA結(jié)合活性。但Leus等[36]研究發(fā)現(xiàn),HDAC3的選擇性抑制劑RGFP966能減輕促炎基因在炎癥性肺疾病模型中的表達(dá),HDAC3抑制劑既不影響NF-κB p65的乙?;癄顟B(tài),也不影響組蛋白H3或組蛋白H4的乙?;癄顟B(tài)。以上研究說明,HDAC3抑制劑不是通過影響去乙?;饔茫峭ㄟ^抑制HDAC3的活性抑制NF-κB p65的轉(zhuǎn)錄活性,不同結(jié)果可能與疾病實驗?zāi)P秃鸵种苿┎煌嘘P(guān)。

在早期Ashburne等[37]通過結(jié)合實驗、免疫共沉淀法以及蛋白質(zhì)印跡法證明,HDAC1在體外可直接與p65亞基相作用,而HDAC2不直接與NF-κB相互作用,但可通過與HDAC1結(jié)合調(diào)節(jié)NF-κB的活性,使用Trichostatin A抑制HDAC的活性導(dǎo)致NF-κB調(diào)節(jié)的IL-8啟動子的高乙酰化,進而導(dǎo)致基因表達(dá)水平升高和TNF-α誘導(dǎo)表達(dá)的增加,但Trichostatin A不會抑制SIRT的活性。Kiernan等[38]則認(rèn)為,HDAC2和HDAC3可使p65去乙酰化,而HDAC1不能。以上研究結(jié)果不同可能與所用的抗體有關(guān)。Yeung等[39]發(fā)現(xiàn),SIRT1在賴氨酸310位點去乙?;痯65,終止NF-κB依賴性基因的表達(dá),從而影響NF-κB活化。Mishra和Kowluru[40]研究發(fā)現(xiàn),SIRT1過表達(dá)減弱了糖尿病誘導(dǎo)聚腺苷酸二磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶1在基質(zhì)金屬蛋白酶-9啟動子或NF-κB/活化蛋白1上的結(jié)合,表明SIRT1的過表達(dá)有助于維持線粒體穩(wěn)態(tài)。Yuan等[41]利用控制性皮質(zhì)撞擊損傷和細(xì)胞牽張損傷模型研究SIRT2抑制及基因敲除在創(chuàng)傷性腦損傷中的作用發(fā)現(xiàn),SIRT2抑制提高了p65乙?;秃宿D(zhuǎn)移水平,加強了與啟動子序列DNA結(jié)合的能力,提高了p65的轉(zhuǎn)錄活性,從而上調(diào)p65靶基因的表達(dá),而SIRT2敲除加重創(chuàng)傷性腦損傷后神經(jīng)功能障礙。

以上研究提示,HDAC參與NF-κB轉(zhuǎn)錄活性的調(diào)控,對炎癥介質(zhì)的產(chǎn)生、線粒體穩(wěn)態(tài)、細(xì)胞分化增殖等具有一定的影響。HDAC是轉(zhuǎn)錄抑制的主要表觀遺傳調(diào)節(jié)因子,HDAC抑制劑通過影響染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)和促進組蛋白乙酰化,調(diào)控蛋白的相互作用、穩(wěn)定性以及定位。HDAC抑制劑被廣泛用于腫瘤、神經(jīng)變性疾病以及炎癥等的治療,可有效調(diào)節(jié)細(xì)胞分化、細(xì)胞周期以及細(xì)胞凋亡。

3 小 結(jié)

乙?;贜F-κB通路中的重要調(diào)控作用已被證實。在多種癌癥、自身免疫性疾病以及炎癥性疾病中,NF-κB的轉(zhuǎn)錄活性與其高度修飾密不可分,其中輔激活因子乙酰化對轉(zhuǎn)錄激活的調(diào)控至關(guān)重要,組蛋白的可逆乙?;揎検筃F-κB對靶基因的特異性調(diào)控更加精確。但乙?;揎検且粋€動態(tài)過程,與其他翻譯后修飾密切相關(guān),其調(diào)控位點對基因進行誘導(dǎo)或抑制的機制目前尚不清楚,炎癥的調(diào)節(jié)機制極其復(fù)雜,需更進一步研究多個通路和多種修飾之間的精確關(guān)系。從表觀遺傳調(diào)控和染色質(zhì)修飾方面阻止持續(xù)激活的NF-κB發(fā)揮作用將是今后研究的重點。

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