南麗 姜丹 孔咪咪
(寧波海爾施基因科技有限公司 浙江 寧波 315800)
鉑類藥物是目前臨床上最常用的腫瘤化療藥物之一,包括順鉑、卡鉑和奧沙利鉑等。據(jù)統(tǒng)計,在我國抗癌化療治療方案中,以順鉑為主或有順鉑參加配伍的方案占所有化療方案的70% ~80%。但在鉑類藥物的臨床應(yīng)用中,卻存在治療有效率低和副作用大的問題,而且存在顯著的個體差異。研究表明,人群對鉑類藥物的個體差異與多個單核苷酸多態(tài)性(SNP)密切相關(guān)。其中6 個基因的8 個SNP 位點:TPMT 的rs1142345 和rs18004601 位點、ERCC1 rs116152、XRCC1 rs254873、COMT 的rs4646316和rs93323771 位點、GSTP1 rs16954 及XPC rs22280015 尤其重要,用藥前檢測這些位點,可協(xié)助醫(yī)生評估順鉑治療后毒性風(fēng)險、對患者是否有效及治療后生存時間、總體生存時間及死亡風(fēng)險。
本研究開發(fā)了一種用于鉑類用藥指導(dǎo)的多重基因檢測試劑盒(以下簡稱:鉑類試劑盒),同步特異性擴(kuò)增與鉑類用藥相關(guān)的6 個基因8 個SNP 位點的等位基因類型,為醫(yī)生和患者提供了一種鉑類用藥指導(dǎo)的新型檢測方案。
1.1 DNA 提取:以抗凝靜脈血作為樣本進(jìn)行DNA 提取。DNA 提取在自動化提取工作站Smart LabAssist-32(臺灣圓點奈米技術(shù)有限公司)上完成。試劑盒使用"核酸自動提取試劑盒(磁珠法)"(寧波海爾施基因科技,貨號:1060055)。
1.2 PCR 擴(kuò)增:PCR 擴(kuò)增反應(yīng):鉑類PCR 預(yù)混液16μL、Taq DNA 聚合酶2μL、樣品DNA /鉑類陽性對照2μL?;靹蚝蟀匆韵聹囟冗M(jìn)行熱循環(huán)反應(yīng):94℃3 分鐘;94℃30 秒,60℃30 秒,70℃30 秒,共35 個循環(huán);72℃3 分鐘;4℃保存產(chǎn)物。
1.3 DNA 片段分離:采用遺傳分析儀(3500/3130,美國生命公司或GeXP,美國貝克曼庫爾特公司)進(jìn)行DNA 片段分離,詳見說明書。
鉑類試劑盒檢測人DNA 樣品,因每個SNP 位點有可能出現(xiàn)2 個基因型峰,故共可能出現(xiàn)12 -20 個特征峰,其中8 -16 個為SNP 特征峰、3 個人DNA 內(nèi)參特征峰(BC-1、BC-3、BC-4)和1 個PCR 反應(yīng)內(nèi)參pcDNA特征峰(圖1)。鉑類陽性對照檢測結(jié)果應(yīng)出現(xiàn)全部20 個特征峰。
圖1、本試劑盒檢測人基因組DNA 結(jié)果舉例。共出現(xiàn)16 個特征峰:8 個SNP 位點有4 個雜合子(XRCC1、TPMT-1、TPMT-2 和XPC),即12 個基因型峰和4 個內(nèi)參峰。
目前常用的SNP 檢測方法:qPCR 法的優(yōu)點是靈敏度高、準(zhǔn)確性強,其缺點是通量低且探針成本高;DNA 芯片有高通量等優(yōu)點,其缺點為成本昂貴、靈敏度低、重復(fù)性差且準(zhǔn)確性低;Sanger 測序法是SNP 分析金標(biāo)準(zhǔn),能發(fā)現(xiàn)已知SNP 和未知SNP,缺點是工作量大,周期長,多位點檢測累計價格相對昂貴。
本研究提供了一種快速、準(zhǔn)確同步檢測多個SNP 位點用于指導(dǎo)鉑類用藥指導(dǎo)的新方法。目前,國內(nèi)外尚無類似的研究報道。
[1] Ross CJ,et al.Genetic variants in TPMT and COMT are associated with hearing loss in children receiving cisplatin chemotherapy.Nat Genet.2009 Dec;41(12):1345 -9.
[2] Yan L,et al.Association between polymorphisms of ERCC1 and survival in epithelial ovarian cancer patients with chemotherapy.Pharmacogenomics.2012 Mar;13(4):419 -27.
[3] Khrunin A,et al.Pharmacogenomics of cisplatin-based chemotherapy in ovarian cancer patients of different ethnic origins.Pharmacogenomics.2012 Jan;13(2):171 -8.
[4] McLeod HL,et al.Pharmacogenetic predictors of adverse events and response to chemotherapy in metastatic colorectal cancer:results from North American Gastrointestinal Intergroup Trial N9741.J Clin Oncol.2010 Jul 10;28(20):3227 -33.
[5] Sakano S,et al.Nucleotide excision repair gene polymorphisms may predict acute toxicity in patients treated with chemoradiotherapy for bladder cancer.Pharmacogenomics.2010 Oct;11(10):1377 -87.