茍 陽,楊武晨,楊 程 綜述,彭賢貴 審校
(第三軍醫(yī)大學(xué)新橋醫(yī)院血液科,重慶400037)
血液系統(tǒng)腫瘤包括髓系和淋系兩大類,最常見的髓系腫瘤有骨髓增殖性腫瘤(myeloproliferative neoplasm,MPN),骨髓增生異常綜合征(myelodysplastic syndrome,MDS)和急性髓系白血?。╝cute myeloid leukemia,AML)等。環(huán)境、年齡、機體本身等因素作用使得細(xì)胞的分化阻滯、異常增殖發(fā)生在機體造血的不同階段,引起不同血液系統(tǒng)腫瘤亞型的產(chǎn)生。近年來,隨著二代測序[1],單細(xì)胞分析技術(shù)[2],基因芯片,基因表達(dá)譜分析等基因分析技術(shù)及異種移植技術(shù)等動物實驗技術(shù)[3]的成熟應(yīng)用,腫瘤細(xì)胞的基因特征、基因表達(dá)變化過程和致病特征已經(jīng)越來越清晰。關(guān)于腫瘤基因相關(guān)致病機制的研究主要有腫瘤干細(xì)胞(cancer stem cell,CSC)[4]和克隆演變理論[5],本文將重點闡述克隆演變理論在髓系腫瘤發(fā)病機制中的應(yīng)用。
Nowell[6]在1976年首先提出腫瘤是由多步驟的體細(xì)胞突變形成,經(jīng)過不斷克隆選擇的一個進(jìn)化的過程,以后的眾多研究也證實了這一點[7-8]。細(xì)胞在不斷的分裂過程中,都有可能發(fā)生基因突變,發(fā)生突變的細(xì)胞與未發(fā)生突變的細(xì)胞對環(huán)境的適應(yīng)能力不一樣,適應(yīng)力強的細(xì)胞優(yōu)勢生長,某種基因突變賦予細(xì)胞的生存優(yōu)勢可用適應(yīng)度值定量,適應(yīng)度值越大,越利于細(xì)胞生長。Bozic等[9]用公式估計當(dāng)腫瘤中某種突變的適應(yīng)度大于0.4%時,這個突變即為主導(dǎo)突變,其余的為過客突變。同一個細(xì)胞克隆具有相同的生長能力,細(xì)胞生長過程中多個主導(dǎo)突變的系列出現(xiàn)則可能產(chǎn)生多個細(xì)胞克隆群體。若最終的細(xì)胞克隆依次來源于相同的母細(xì)胞,則為線性克隆演變模式;若來源于不同的母細(xì)胞,則為分支模式。
移植的成功首先證實了造血干細(xì)胞(hematopoietic stem cell,HSC)的存在,造血也自此被描述為是由HSC 不斷分化、發(fā)育、成熟為各系的造血前體細(xì)胞及各階段的成熟細(xì)胞的過程。在造血過程中,若隨機發(fā)生的某種突變在某種環(huán)境中的適應(yīng)度值大,則可能導(dǎo)致某個克隆群體的過度生長。當(dāng)這種基因突變發(fā)生在僅有增殖能力(如成熟細(xì)胞)的細(xì)胞上時,這些突變將隨著細(xì)胞死亡而丟失;但如果該種基因突變能使細(xì)胞的自我更新能力增加或發(fā)生在有自我更新能力的細(xì)胞上(如HSC 和造血前體細(xì)胞),則具有突變的細(xì)胞群體會不斷壯大,正常細(xì)胞群體不斷縮小,最終導(dǎo)致腫瘤形成。
二代測序可通過VAF值[10]及Miller等[11]分析方法直接判斷樣本中的細(xì)胞克隆數(shù),通過細(xì)胞表面標(biāo)志分離特定的細(xì)胞類型結(jié)合體外培養(yǎng)單克隆技術(shù),單細(xì)胞技術(shù)等對初診與復(fù)發(fā)的、慢性與急性的髓系腫瘤,以及MDS與AML 前后的樣本基因組進(jìn)行比較分析等,都可得到腫瘤的克隆演變情況,更多的遺傳學(xué)上的克隆分析方法也在越來越多地應(yīng)用到腫瘤的研究中[5]。
2.1 髓系腫瘤的克隆結(jié)構(gòu) 在各種髓系腫瘤中,AML平均基因突變數(shù)最多,MDS次之,MPN 最少,分別約為13.0、1.8、0.6個突變/樣本[12-14]?;蛲蛔冸S著細(xì)胞分裂而發(fā)生,眾多的基因突變類型決定了最終腫瘤多克隆的存在(不同的細(xì)胞克隆基因突變類型不一樣)。克隆結(jié)構(gòu)最復(fù)雜為AML,MDS 次之,MPN 最簡單。200個AML患者中超過50%有1個主克隆和1~3個亞克?。?2];在313個具有2個以上突變的MDS患者中,62%的患者為單克隆,34%有亞克隆存在[15];大部分MPN患者只有1個基因突變,為單克隆的存在[14]。
2.2 髓系腫瘤的克隆演變模式 在多克隆存在的情況下,AML、MDS和MPN 均有線性克隆演變模式和分支模式。有研究證明1個MDS患者中僅存在線性模式[16]。在6個雙克隆MDS中,3個樣本中CD34-細(xì)胞的基因突變與CD34+細(xì)胞的突變相同,說明這些CD34-細(xì)胞由突變的CD34+細(xì)胞來源,而另外有3 個則不是,證明線性模式與分支模式均存在[17]。在8個具有多基因突變的MPN 中,4個為線性模式,4個為分支模式,且其基因突變克隆演變圖可以被完整描繪出[14]。AML的轉(zhuǎn)化與復(fù)發(fā)也與克隆狀態(tài)有關(guān)。對7個MDS和轉(zhuǎn)化的AML 比較說明AML 的轉(zhuǎn)化與1個亞克隆的過度生長有關(guān)[18]。AML復(fù)發(fā)后與復(fù)發(fā)前對比分析說明AML 的復(fù)發(fā)可能為主要克隆增加額外突變,或亞克隆增加突變進(jìn)展導(dǎo)致[19-21]。
2.3 髓系腫瘤的克隆演變原因及發(fā)病機制 不同的突變基因在不同環(huán)境下的不同增殖優(yōu)勢導(dǎo)致不同的腫瘤克隆形成。多克隆結(jié)構(gòu)的存在取決于多種優(yōu)勢基因突變類型的先后出現(xiàn),若突變賦予的細(xì)胞的生長優(yōu)勢強,則細(xì)胞傾向于線性增長模式,若2個基因突變賦予細(xì)胞的生長優(yōu)勢都不是很強,則可能導(dǎo)致分支結(jié)構(gòu)的產(chǎn)生[5]。通常不能事先知道某種基因突變在某種環(huán)境中賦予的細(xì)胞的增殖優(yōu)勢有多大,但可以通過腫瘤的克隆結(jié)構(gòu)與相應(yīng)突變基因的功能推測這些基因突變的作用大小。
2.3.1 具有決定性意義的基因突變 極小部分髓系腫瘤有特異的基因突變,如BCR-ABL、AML1-ETO、MLL-AF9、NUPHOXA9、PML-RARα,對于這些腫瘤和基因研究最為清楚。將含有這些特定基因突變的細(xì)胞植入免疫抑制的小鼠體內(nèi)能直接誘導(dǎo)小鼠類似人類相應(yīng)白血病的產(chǎn)生[22-24],這些特定的基因突變往往決定著細(xì)胞重要的生化反應(yīng)過程。而直接誘導(dǎo)小鼠白血病產(chǎn)生的具有特定基因突變的細(xì)胞類型可以是CD34+CD38-的細(xì)胞[25],也可能是CD34+CD38+和CD34-細(xì)胞,或者它們的混合物[26],說明即使是一些很關(guān)鍵的基因突變也不是單獨存在于HSC 上就能引起白血病,還需要后期突變和后期細(xì)胞的參與。小鼠模型中2個基因突變比單個突變能更快更高地植入引起AML 的產(chǎn)生[27-29],持續(xù)緩解患者體內(nèi)AML1-ETO 持續(xù)存在,但需要其他基因的參與才能引起發(fā)?。?0],這些事實也說明了上述觀點。但是這些腫瘤的克隆結(jié)構(gòu)一般都比較簡單。
在慢性髓系白血?。╟hronic myeloid leukemia,CML)和AML-M3中,BCR-ABL 和PML-RARα的突變均發(fā)生在HSC上[29]??梢酝茰y,由于PML-RARα基因的表達(dá)對早幼粒細(xì)胞的分化阻滯影響較大,故最終腫瘤中有大量早幼粒細(xì)胞異常的克隆群體;而BCR-ABL基因的表達(dá)對細(xì)胞的分化阻滯影響不大,而可以促進(jìn)各階段粒細(xì)胞的過度增殖,故最終腫瘤中各階段粒細(xì)胞數(shù)都特別多。
2.3.2 克隆演變基因改變的出現(xiàn)順序 大部分的白血病無法由基因突變的細(xì)胞直接誘導(dǎo)產(chǎn)生,一個患者常具有多種不太特異的基因突變類型,髓系腫瘤基因突變類型根據(jù)功能大概分為幾大 類[12],信 號 途 徑 成 分:如ABL、CBL、FGFR1、FLT3、JAK2、KIT、LNK、MPL、PDGFR、PTPN11、RAS;轉(zhuǎn)錄因子:如CEBPA、GATA2、RARA、IKZF1、RUNX1、ETV6、NPM1;表觀遺傳學(xué)調(diào)控基因:如ASXL1、MLL、DNMT3A、EZH2、TET2、SUZ12、MYST3、UTX;抑癌基因:如TP53、WT1、CDKN2A;剪接體成分:如SF3B1、SRSF2、U2AF1、ZRSR2;其余少量分類不是很明確。
同一功能類基因突變一般不同時出現(xiàn),如信號途徑突變的基因常不同時出現(xiàn),但表觀遺傳學(xué)中ASXL1和EZH2,TET2等突變可同時出現(xiàn);不同類基因突變常同時出現(xiàn),信號途徑基因突變和表觀遺傳學(xué)基因突變、表觀遺傳學(xué)基因突變和剪接體成分相關(guān)基因突變常同時出現(xiàn),如CBL/KIT 常出現(xiàn)在CBF AML 中,DNMT3A 和FLT3、NPM1同時出現(xiàn),U2AF1 和ASXL1同時出現(xiàn)[31]。
在眾多的基因突變類型和突變細(xì)胞中,很重要的一點就是尋找起始突變或早期突變。起始突變與白血病細(xì)胞克隆的演變及后期突變的獲得密切有關(guān)。具有一些重要的早期突變的HSC或前體造血細(xì)胞也被稱為白血病前干細(xì)胞[32-33]。表觀遺傳學(xué)相關(guān)突變是早期突變中比較重要的一種。(1)調(diào)節(jié)甲基化狀態(tài)的甲基化相關(guān)基因,如IDH1/2,DNMT3A,EZH2,ASXL-1作為早期突變出現(xiàn)的頻率比較大[34];(2)在HSC的基因突變類型中,表觀遺傳學(xué)的改變速度比基因改變的速度要高幾個數(shù)量級[31];(3)CPG 的甲基化與去甲基化狀態(tài)、組蛋白甲基化、染色體構(gòu)象改變等可直接廣泛影響多種基因的表達(dá);(4)甲基化相關(guān)基因缺失的小鼠模型都表現(xiàn)出了細(xì)胞增殖能力增強[35-38],這可以賦予突變細(xì)胞一個生存優(yōu)勢。
表觀遺傳學(xué)相關(guān)基因改變常為早期突變,但也可為晚期突變,其余各類基因突變的出現(xiàn)順序不十分明確。AML患者中,F(xiàn)LT3-ITD常為晚期出現(xiàn)的突變,而NPM1、TET2、SKP2、SMC1A 等可能為早期突變[33];MPN 中,TET2、DNMT3A 先于JAK2V617F突變出現(xiàn),IDH1后出現(xiàn),CALR為早期突變[39];MDS患者中,SF3B1和GATA2基因突變先于TET2和EZH2突變的出現(xiàn)[40]。
基因突變的出現(xiàn)是隨機的,環(huán)境因素決定哪些基因突變可以被選擇保留,后出現(xiàn)的突變可被先出現(xiàn)的突變驅(qū)使產(chǎn)生,起始突變尤為重要,而多克隆的出現(xiàn)源于每一步出現(xiàn)的突變的幾種可能性,決定總共需要幾個這樣的突變和可能的組合很重要[31]。
眾多的腫瘤學(xué)研究證實腫瘤是一個符合達(dá)爾文自然選擇理論的一個多步驟進(jìn)化演變過程[5-8]。在多種腫瘤中,髓系腫瘤的基因突變數(shù)最少[41],克隆演變過程也最簡單。不同的突變基因在不同環(huán)境下的不同增殖優(yōu)勢致使不同的腫瘤克隆形成。突變基因?qū)?xì)胞生理生化特性影響大,相應(yīng)腫瘤的產(chǎn)生將有一個快速和簡單的克隆演變過程,反之較復(fù)雜[42]。起始于HSC上的某些個特異的基因突變?nèi)鏐CR-ABL、PML-RARA、AML1-ETO、MLL重排等對細(xì)胞增殖分化影響比較大,與特定的已知的髓系腫瘤亞型直接相關(guān),且多為單克隆結(jié)構(gòu)。JAK2突變、CALR 突變和MPL突變可通過影響共同的JAKSTAT 信號途徑來導(dǎo)致MPN 的形成[43],也多為單克隆結(jié)構(gòu)。大部分的AML及MDS沒有特異的基因突變,但多有前述五大類基因突變中的一類或幾類。各類基因突變對細(xì)胞的生理生化功能的影響強弱不一樣,在不同個體中出現(xiàn)的先后順序不一樣,在同一腫瘤中出現(xiàn)的克隆群體也可能不一樣,相對而言,表觀遺傳學(xué)改變相關(guān)基因多可出現(xiàn)在克隆演變早期[33-34]。信號途徑改變(JAK2-STAT 以外的)、轉(zhuǎn)錄因子及表觀遺傳學(xué)改變常伴隨且高頻出現(xiàn)在AML 中,常為多克隆結(jié)構(gòu);剪接體相關(guān)突變及甲基化相關(guān)基因突變在MDS和慢性粒單核細(xì)胞白血?。╟hronic myelomonocytic leukemia,CMML)中出現(xiàn)頻率很高,與其病態(tài)造血及增殖優(yōu)勢密切相關(guān)[44],可為多克隆結(jié)構(gòu)。
CML、AML-M3等基因突變和克隆結(jié)構(gòu)簡單的腫瘤通過突變基因藥物靶向治療,可以取得很好的療效;而對于多克隆多基因突變的腫瘤細(xì)胞群體來說,針對于含有某種基因突變的某個細(xì)胞克隆群體的靶向治療將不能達(dá)到良好療效。相反,一個克隆群體的殺滅將利于另一個克隆群體的增長,導(dǎo)致耐藥的產(chǎn)生。因而,刻畫出每個患者的基因突變的腫瘤細(xì)胞的克隆進(jìn)化圖,將利于最終真正有針對性地進(jìn)行每個患者的靶向治療。
[1] Stratton MR.Exploring the genomes of cancer cells:progress and promise[J].Science,2011,331(6024):1553-1558.
[2] Van Loo P,Voet T.Single cell analysis of cancer genomes[J].Curr Opin Gene Dev,2014,24(1):82-91.
[3] Mc Cormack E,Bruserud?,Gjertsen BT.Animal models of acute myelogenous leukaemia-development,application and future perspectives[J].Leukemia,2005,19(5):687-706.
[4] Dick JE.Stem cell concepts renew cancer research[J].Blood,2008,112(13):4793-4807.
[5] Greaves M,Maley CC.Clonal evolution in cancer[J].Nature,2012,481(7381):306-313.
[6] Nowell PC.The clonal evolution of tumor cell populations[J].Science,1976,194(4260):23-28.
[7] Merlo LM,Pepper JW,Reid BJ,et al.Cancer as an evolutionary and ecological process[J].Nat Rev Cancer,2006,6(12):924-935.
[8] Pepper JW,Scott Findlay C,Kassen R,et al.Cancer research meets evolutionary biology[J].Evol Appl,2009,2(1):62-70.
[9] Bozic I,Antal T,Ohtsuki H,et al.Accumulation of driver and passenger mutations during tumor progression[J].Proc Nat Acad Sci USA,2010,107(43):18545-18550.
[10] Jiao W,Vembu S,Deshwar AG,et al.Inferring clonal evolution of tumors from single nucleotide somatic mutations[J].BMC Bioi,2014,15(1):35.
[11] Miller CA,White BS,Dees ND,et al.Sciclone:Inferring clonal architecture and tracking the spatial and temporal patterns of tumor evolution[J].PLoS Comput Biol,2014,10(8):e1003665.
[12] Cancer Genome Atlas Research Network.Genomic and epigenomic landscapes of adult de novo acute myeloid leukemia[J].N Engl J Med,2013,368(22):2059.
[13] Walter MJ,Shen D,Shao J,et al.Clonal diversity of recurrently mutated genes in myelodysplastic syndromes[J].Leukemia,2013,27(6):1275-1282.
[14] Lundberg P,Karow A,Nienhold R,et al.Clonal evolution and clinical correlates of somatic mutations in myeloproliferative neoplasms[J].Blood,2014,123(14):2220-2228.
[15] Papaemmanuil E,Gerstung M,Malcovati L,et al.Clinical and biological implications of driver mutations in myelodysplastic syndromes[J].Blood,2013,122(22):3616-3627.
[16] Bejar R,Stevenson K,Abdel-Wahab O,et al.Clinical effect of point mutations in myelodysplastic syndromes[J].N Engl J Med,2011,364(26):2496-2506.
[17] Xu L,Gu ZH,Li Y,et al.Genomic landscape of CD34+hematopoietic cells in myelodysplastic syndrome and gene mutation profiles as prognostic markers[J].Proceed Nat Acad Sci,2014,111(23):8589-8594.
[18] Walter MJ,Shen D,Ding L,et al.Clonal architecture of secondary acute myeloid leukemia[J].New Engl J Med,2012,366(12):1090-1098.
[19] Parkin B,Ouillette P,Li Y,et al.Clonal evolution and devolution after chemotherapy in adult acute myelogenous leukemia[J].Blood,2013,121(2):369-377.
[20] Ding L,Ley TJ,Larson DE,et al.Clonal evolution in relapsed acute myeloid leukaemia revealed by whole-genome sequencing[J].Nature,2012,481(7382):506-510.
[21] Kr?nke J,Bullinger L,Teleanu V,et al.Clonal evolution in relapsed NPM1-mutated acute myeloid leukemia[J].Blood,2013,122(1):100-108.
[22] Zhao RC,Jiang Y,Verfaillie CM.A model of human p210 BCR/ABL-mediated chronic myelogenous leukemia by transduction of primary normal human CD34+cells with a BCR/ABL-containing retroviral vector[J].Blood,2001,97(8):2406-2412.
[23] Horton SJ,Huntly BJP.Recent advances in acute myeloid leukemia stem cell biology[J].Haematologica,2012,97(7):966-974.
[24] McCormack E,Bruserud O,Gjertsen BT.Review:genetic models of acute myeloid leukaemia[J].Oncogene,2008,27(27):3765-3779.
[25] Bonnet D,Dick JE.Human acute myeloid leukemia is organized as a hierarchy that originates from a primitive hematopoietic cell[J].Nature medicine,1997,3(7):730-737.
[26] Matsushita H,Yahata T,Sheng Y,et al.In vivo analysis of PML-RARA in a humanized mouse model[J].Blood,2014,124(21):1020-1020.
[27] Mupo A,Celani L,Dovey O,et al.A powerful molecular synergy between mutant Nucleophosmin and Flt3-ITD drives acute myeloid leukemia in mice[J].Leukemia,2013,27(9):1917.
[28] Kelly LM,Kutok JL,Williams IR,et al.PML/RARαand FLT3-ITD induce an APL-like disease in a mouse model[J].Proc Nat Acad Sci,2002,99(12):8283-8288.
[29] Welch JS,Ley TJ,Link DC,et al.The origin and evolution of mutations in acute myeloid leukemia[J].Cell,2012,150(2):264-278.
[30] Miyamoto T,Weissman IL,Akashi K.AML1/ETO-expressing nonleukemic stem cells in acute myelogenous leukemia with 8;21chromosomal translocation[J].Proc Nat Acad Sci,2000,97(13):7521-7526.
[31] Murati A,Brecqueville M,Devillier R,et al.Myeloid malignancies:mutations,models and management[J].BMC cancer,2012,12(1):304.
[32] Corces-Zimmerman MR,Hong WJ,Weissman IL,et al.Preleukemic mutations in human acute myeloid leukemia affect epigenetic regulators and persist in remission[J].Proc Nat Acad Sci,2014,111(7):2548-2553.
[33] Jan M,Snyder TM,Corces-Zimmerman MR,et al.Clonal evolution of preleukemic hematopoietic stem cells precedes human acute myeloid leukemia[J].Sci Transl Med,2012,4(149):149ra118.
[34] Siegmund KD,Marjoram P,Woo YJ,et al.Inferring clonal expansion and cancer stem cell dynamics from DNA methylation patterns in colorectal cancers[J].Proc Nat Acad Sci,2009,106(12):4828-4833.
[35] Challen GA,Sun D,Jeong M,et al.Dnmt3ais essential for hematopoietic stem cell differentiation[J].Nature genetics,2012,44(1):23-31.
[36] Moran-Crusio K,Reavie L,Shih A,et al.Tet2loss leads to increased hematopoietic stem cell self-renewal and myeloid transformation[J].Cancer cell,2011,20(1):11-24.
[37] Abdel-Wahab O,Adli M,LaFave LM, et al.ASXL1 mutations promote myeloid transformation through loss of PRC2-mediated gene repression[J].Cancer cell,2012,22(2):180-193.
[38] Kamminga LM,Bystrykh LV,de Boer A,et al.The Polycomb group gene EZH2prevents hematopoietic stem cell exhaustion[J].Blood,2006,107(5):2170-2179.
[39] Lundberg P,Karow A,Nienhold R,et al.Clonal evolution and clinical correlates of somatic mutations in myeloproliferative neoplasms[J].Blood,2014,123(14):2220-2228.
[40] Papaemmanuil E,Gerstung M,Malcovati L,et al.Clinical and biological implications of driver mutations in myelodysplastic syndromes[J].Blood,2013,122(22):3616-3627.
[41] Lawrence MS,Stojanov P,Polak P,et al.Mutational heterogeneity in cancer and the search for new cancer-associated genes[J].Nature,2013,499(7457):214-218.
[42] Grove CS,Vassiliou GS.Acute myeloid leukaemia:aparadigm for the clonal evolution of cancer?[J].Dis Model Mech,2014,7(8):941-951.
[43] Rampal R,Al-Shahrour F,Abdel-Wahab O,et al.Integrated genomic analysis illustrates the central role of JAK-STAT pathway activation in myeloproliferative neoplasm pathogenesis[J].Blood,2014,123(22):e123-133.
[44] Itzykson R,Kosmider O,Renneville A,et al.Clonal architecture of chronic myelomonocytic leukemias[J].Blood,2013,121(12):2186-2198.