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結(jié)締組織生長因子和金屬蛋白酶組織抑制因子-1 RNA干擾靶位的篩選*

2011-09-20 06:41:42蔣玉鳳張建軍劉加群孫華麗
實用肝臟病雜志 2011年4期
關(guān)鍵詞:靶位膠原生長因子

蔣玉鳳 黃 飛 張建軍 劉加群 孫華麗

肝纖維化是多種原因引起的慢性肝損傷所共有的病理學改變,是細胞外基質(zhì)(extracellular matrix,ECM)合成增多、降解不足而在肝內(nèi)過量沉積的結(jié)果[1]。TGF-β及其信號傳導途徑在肝纖維化發(fā)生機制中起著關(guān)鍵作用,TGF-β信號誘導結(jié)締組織生長因子(connective tissue growth factor,CTGF) 的表達而促進ECM的合成,誘導金屬蛋白酶組織抑制因子-1(tissue inhibitor of metalloproteinase-1,TIMP-1)表達,阻斷基質(zhì)金屬蛋白酶(matrix metalloproteinase,MMPs)對 ECM 的降解[2~4]。RNA 干擾是目前最有效的基因沉默技術(shù),能特異性抑制靶基因的轉(zhuǎn)錄,進而下調(diào)相應(yīng)蛋白水平及功能。RNAi靶序列的選擇很關(guān)鍵,所以,RNA干擾實驗通常需要針對一個基因設(shè)計多個靶序列的小干擾RNA(small interfering RNA,siRNA),以找到最有效的 siRNA 序列[5,6]。本研究旨在針對CTGF和TIMP-1目的基因分別設(shè)計3條siRNA,通過轉(zhuǎn)染肝星狀細胞(hepatic stellate cell,HSC)以篩選有效的抑制序列,為進一步研究CTGF和TIMP-1在肝纖維化發(fā)生中的作用以及探索肝纖維化的基因治療奠定基礎(chǔ)。

材料與方法

一、細胞與試劑 大鼠HSC-T6由我院中心實驗室凍存;新生小牛血清購自杭州四季青公司;RNA抽提試劑TRIZOL購自上海生工公司;CTGF、TIMP-1RNA干擾序列由上海生工公司合成;CTGF、TIMP-1、GAPDH、I型前膠原(Procol-α1)、無關(guān)序列(silence)引物由上海博尚生物技術(shù)有限公司合成;逆轉(zhuǎn)錄試劑盒和熒光定量PCR試劑盒購自FINNZYMES公司;轉(zhuǎn)染試劑KeyGenTransIII購自凱基生物科技發(fā)展公司;III型前膠原、粘連蛋白、透明質(zhì)酸放射免疫分析試劑盒購自上海海研醫(yī)學生物技術(shù)有限公司;TGF-β1購自美國Cytokines公司。

二、大鼠CTGF和TIMP-1基因干擾靶位設(shè)計 在NCBI Gen Bank數(shù)據(jù)庫中,在線查詢大鼠CTGF和TIMP-1基因序列。CTGF基因序列的Accession number為 AF120275;TIMP-1基因序列的Accession number為NM-053819。然后,在晶賽公司網(wǎng)站在線設(shè)計RNA干擾靶位,通過計算機軟件,各選取3段,同時設(shè)計陽性對照(GAPDH/r基因干擾靶位)和陰性對照(無關(guān)干擾序列),見表1。

表1 基因靶序列

三、PCR引物的設(shè)計 ①大鼠CTGF(預(yù)計產(chǎn)物483bp):上游引物:5’-GCCTCGCCTTGGTGCTCCTCCTCT-3’;下游引物:5’-TGCGGTCCTTGGGCTCATCACAC-3’;②大鼠 TIMP-1(預(yù)計產(chǎn)物 308bp):上游引物:5’-GCGCCCTTTGCATCTCTGG-3’,下游引物:5’-TCGCTGCGGTTCTGGGACTT-3’;③大鼠看家基因GAPDH(預(yù)計產(chǎn)物 570bp):上游引物:5’-CATAGACAAGATGGTGAAGG-3’,下游引物:5’-TCCACAGTCTTCTGAGTGGC-3’;④大鼠 Procol-α1(預(yù)計產(chǎn)物409bp):上游引物:5’-AGCCCCTCAACCCCCAGCCTACTT-3’,下游引物:5’-CCCACCCCACCCCTTCACAGAGAT-3’。

四、dsRNA轉(zhuǎn)染TGF-β1活化的HSC 分組轉(zhuǎn)染已經(jīng)TGF-β1刺激活化的HSC:每組5μg dsRNA分別與490μl無血清無抗生素的低糖DMEM培養(yǎng)液混勻后,再加入10μl轉(zhuǎn)染試劑KeyGenTrans III,最終獲得500μl的轉(zhuǎn)染復合物,加入細胞培養(yǎng)液中,37℃、5%CO2孵育、轉(zhuǎn)染細胞 48h。分組:CTGF-1、CTGF-2、CTGF-3、TIMP-1-1、TIMP-1-2、TIMP-1-3、CTGF-1/TIMP-1-1、CTGF-1/TIMP-1-2、CTGF-1/TIMP-1-3、CTGF-2/TIMP-1-1、CTGF-2/TIMP-1-2、CTGF-2/TIMP-1-3、CTGF-3/TIMP-1-1、CTGF-3/TIMP-1-2、CTGF-3/TIMP-1-3、陰性對照組(no-sense)和空白對照組(不加dsRNA)。每組設(shè)3個復孔,取均值。

五、HSC總RNA的抽提與逆轉(zhuǎn)錄成cDNA 分別進行細胞裂解和RNA的分離、沉淀、洗脫、再溶解,并逆轉(zhuǎn)錄成cDNA。

六、目的基因相對表達量的檢測 采用熒光定量 PCR法,反應(yīng)體系如下:DyNAmo YBRGreenMastermi×25μl,上下游引物各 2μl,cDNA 5μl,滅菌水 16μl,總體積 50μl。各反應(yīng)管放入熒光定量PCR儀(iCycler,BIO-RAD),按以下條件擴增:94℃,5min→(94℃,30s→60℃,30s→72℃,45s)×40個循環(huán)→72℃,10min。在PCR循環(huán)第2步72℃時收集熒光信號,由計算機軟件自動分析、計算出Ct值。采用比較閾值法[7]計算待測目的基因的相對表達量,設(shè)陰性對照目的基因的表達量為1,則所得比值為實驗組相對于陰性對照組基因表達量的倍數(shù)。然后,按照下列公式計算抑制率。

七、肝纖維化指標檢測 收集轉(zhuǎn)染48小時后HSC培養(yǎng)上清液,檢測III型前膠原(procollagen type-III,PCIII)、透明質(zhì)酸(hexadecenoic acid,HA)、粘連蛋白(laminin,LN)含量,使用智能放免測量儀(SN-695B)完成定量分析。

結(jié)果

一、RNA干擾對靶基因及其下游產(chǎn)物Procolα1mRNA表達的影響 見表2。

表2 各干擾組對靶基因和procol-α1mRNA表達的抑制作用

二、肝纖維化指標的變化 見表3。

表3 各干擾組PCIII、HA和LN水平(ng/ml)的變化

討論

TGF-β及其信號轉(zhuǎn)導途徑在肝纖維化發(fā)生機制中起著關(guān)鍵作用[8~10]。CTGF 和 TIMP-1 是 TGF-β 信號通路之下游分子,前者促進ECM合成,后者抑制ECM降解,在肝纖維化發(fā)生過程中發(fā)揮協(xié)同促進作用。

本實驗?zāi)康脑谟诓捎冕槍閷SC活化的關(guān)鍵因子CTGF和TIMP-1的siRNA雙重干擾,阻斷CTGF和TIMP-1的促肝纖維化形成作用,以探討肝纖維化的發(fā)病機制和防治方法。

我們針對每條目的基因分別設(shè)計了3個siRNA干擾候選靶位,分別轉(zhuǎn)染或不同組合后轉(zhuǎn)染經(jīng)TGF-β1刺激活化的大鼠肝星狀細胞,結(jié)果顯示每組CTGF-dsRNA可高效抑制CTGF及其下游產(chǎn)物procol-α1的表達,每組TIMP-1-dsRNA也可高度抑制TIMP-1及其下游產(chǎn)物procol-α1的表達,但不同的干擾靶位干擾效果有較大差異。CTGF和TIMP-1不同靶位RNA聯(lián)合干擾后,對 CTGFmRNA、TIMP-1mRNA 和 procol-α1mRNA 表達的抑制效果較單獨干擾的抑制效果更強,說明聯(lián)合應(yīng)用針對一個基因的多個siRNA,或同時干擾幾個基因,阻斷其生命周期的多個環(huán)節(jié),能產(chǎn)生協(xié)同作用,并有可能減少由于點突變造成的對iRNA治療的耐受。另外,我們發(fā)現(xiàn)聯(lián)合干擾后,CTGF-3/TIMP-1-3組對CTGFmRNA和TIMP-1mRNA的抑制作用最強,而對procol-α1mRNA的抑制作用最強的卻是CTGF-2/TIMP-1-3組,可能與iRNA抑制的靶基因有關(guān),尚需以后做進一步的研究證實。肝纖維化指標檢測也提示CTGF-3組和TIMP-1-3組單獨抑制PC III型、HA、LN最佳,而聯(lián)合干擾時,以CTGF-2/TIMP-1-3組對III型膠原、HA、LN的抑制作用最強。

由于機體的復雜性,ECM的合成和降解還受到許多因素的影響。因此,應(yīng)進一步觀察CTGF和TIMP-1與TGF-β信號轉(zhuǎn)導的關(guān)系,不僅有助于進一步闡明CTGF和TIMP-1在肝纖維化發(fā)生中的作用機制,也可能為肝纖維化的防治研究提供重要的途徑。

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