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蓮草直胸跳甲短神經(jīng)肽F 受體基因sNPFR的克隆及表達(dá)分析

2024-04-23 22:47王康趙雪瑩霍楠胡軍王苑馨楊軍賈棟
山西農(nóng)業(yè)科學(xué) 2024年1期
關(guān)鍵詞:基因克隆

王康 趙雪瑩 霍楠 胡軍 王苑馨 楊軍 賈棟

摘要:為明確蓮草直胸跳甲(Agasicles hygrophila)短神經(jīng)肽F 受體AhsNPFR 功能及其表達(dá)特點(diǎn),為探索蓮草直胸跳甲生防作用奠定理論基礎(chǔ),利用PCR 技術(shù)克隆鑒定蓮草直胸跳甲AhsNPFR 基因并進(jìn)行生物信息學(xué)分析,通過(guò)實(shí)時(shí)熒光定量PCR 技術(shù)分析其在蓮草直胸跳甲不同發(fā)育時(shí)期和組織中的時(shí)空表達(dá)譜。結(jié)果表明,克隆獲得基因AhsNPFR 全長(zhǎng)1 669 bp,開(kāi)放閱讀框1 257 bp,編碼418 個(gè)氨基酸;預(yù)測(cè)其蛋白質(zhì)分子質(zhì)量為48.11 ku,理論等電點(diǎn)為8.21,AhsNPFR 具有7 個(gè)典型保守跨膜結(jié)構(gòu)域,屬于GPCRs 家族,系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析表明,其與玉米根螢葉甲Diabrotica virgifera virgifera sNPFR 親緣關(guān)系最近。AhsNPFR 基因在不同發(fā)育階段均有表達(dá),在1 齡幼蟲(chóng)中的表達(dá)量最高,是卵中表達(dá)量的9.06 倍;在卵中表達(dá)量最低;雌成蟲(chóng)的表達(dá)量顯著高于雄成蟲(chóng)。AhsN ?PFR 基因在不同組織中均有表達(dá),在3 齡幼蟲(chóng)后腸中顯著高表達(dá),是脂肪體表達(dá)量的12.21 倍;在雌雄成蟲(chóng)后腸顯著高表達(dá),并在所有組織中均沒(méi)有雌雄表達(dá)差異。

關(guān)鍵詞:蓮草直胸跳甲;短神經(jīng)肽F 受體基因sNPFR;基因克隆;發(fā)育時(shí)期表達(dá);組織表達(dá)

中圖分類(lèi)號(hào):S476.2文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A 文章編號(hào):1002?2481(2024)01?0137?08

神經(jīng)肽是一類(lèi)重要的信號(hào)分子,在昆蟲(chóng)的生長(zhǎng)發(fā)育、繁殖和行為等多種生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用[1]。昆蟲(chóng)神經(jīng)肽作為配體通過(guò)與同源的G 蛋白偶聯(lián)受體(G protein-coupled receptors,GPCRs)相互作用介導(dǎo)其生物學(xué)功能[2]。短神經(jīng)肽F(shortneuropeptide F,sNPF)是最初通過(guò)神經(jīng)肽F(neuro?peptide F,NPF)C 末端抗體在馬鈴薯甲蟲(chóng)Leptino?tarsa decemlineata 和沙漠蝗蟲(chóng)Schistocerca gregaria中鑒定得到的一類(lèi)NPF 短肽[3-4],這些NPF 短肽僅由8~10 個(gè)氨基酸組成,而不是無(wú)脊椎動(dòng)物NPF 典型的36~40 個(gè)氨基酸[5],基于其羧基末端的RLRF酰胺序列類(lèi)似于無(wú)脊椎動(dòng)物的NPF 的RPRF 基序[6],因此,命名為sNPF。

與大多數(shù)神經(jīng)肽信號(hào)系統(tǒng)相同,sNPF 也是通過(guò)激活其特異性短神經(jīng)肽F 受體(short neuropep?tide F receptor,sNPFR),進(jìn)而引發(fā)細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)機(jī)制發(fā)揮系列功能[7]。sNPFR 首次在黑腹果蠅中發(fā)現(xiàn)[8],隨后在紅火蟻Solenopsis invicta 和岡比亞按蚊Anopheles gambiae 中相繼克隆出來(lái)[9-10]。sNPF 信號(hào)系統(tǒng)在昆蟲(chóng)的晝夜節(jié)律[11]、生長(zhǎng)發(fā)育[12]、寄主定位[13-14]、取食等生理過(guò)程中發(fā)揮重要作用,尤其在昆蟲(chóng)取食中的調(diào)控作用引起相關(guān)研究者的廣泛關(guān)注。在黑腹果蠅Drosophila melanogaster 中,DmsNPF及其受體DmsNPFR 的表達(dá)能促進(jìn)取食量增加及體型增大,相反RNA 干擾二者的功能后果蠅的取食量減少且體型變小[15-16]。華山松大小蠹Dendrocto?nus armandi 中敲除DasNPF 及其受體DasNPFR后,幼蟲(chóng)和雌雄成蟲(chóng)的取食量均減少[17]。與上述昆蟲(chóng)相反,在沙漠飛蝗S. gregaria 中,SgsNPF 及其受體SgsNPFR 的敲除反而會(huì)導(dǎo)致取食量增加[18-19]。大量研究表明,昆蟲(chóng)頭部和腸道是sNPFR 的主要表達(dá)部位,但在其他組織部位如中樞神經(jīng)系統(tǒng)(cen?tral nervous system,CNS)、觸角、脂肪體、馬氏管等也都有表達(dá)[10,17,20],關(guān)于sNPFR 的表達(dá)部位目前還沒(méi)有明確結(jié)論。

蓮草直胸跳甲Agasicles hygrophila 是世界惡性雜草喜旱蓮子草Alternanthera philoxeroides 的專(zhuān)食性天敵昆蟲(chóng)[21-23]。本研究擬基于神經(jīng)肽sNPF信號(hào)系統(tǒng)與昆蟲(chóng)的寄主定位及取食密切相關(guān)的特性,克隆鑒定蓮草直胸跳甲sNPF 信號(hào)系統(tǒng)的sNPFR 基因,檢測(cè)其在不同發(fā)育階段及組織的表達(dá)模式,旨在為后續(xù)深入研究蓮草直胸跳甲專(zhuān)一性定位寄主與取食的分子調(diào)控機(jī)制提供理論基礎(chǔ)。

1材料和方法

1.1 試驗(yàn)材料

供試蓮草直胸跳甲采自華南農(nóng)業(yè)大學(xué),后飼養(yǎng)于山西農(nóng)業(yè)大學(xué)生物安全與生物防治實(shí)驗(yàn)室養(yǎng)蟲(chóng)室。飼養(yǎng)條件為:溫度(25±1)℃ ,相對(duì)濕度為85%±5%,光周期14L∶10D。幼蟲(chóng)飼養(yǎng)于玻璃培養(yǎng)皿(直徑15 cm,高2.5 cm),成蟲(chóng)飼養(yǎng)于養(yǎng)蟲(chóng)罐(直徑12 cm,高17 cm)。

喜旱蓮子草采自浙江省玉環(huán)縣,現(xiàn)種植于太谷區(qū)山西農(nóng)業(yè)大學(xué)生物安全與生物防治基地。

1.2 試驗(yàn)方法

1.2.1 昆蟲(chóng)樣品收集

基因克隆樣品為蓮草直胸跳甲不同發(fā)育階段的混合樣本。各發(fā)育階段的取樣分別為:1 日齡卵,1 日齡的1、2、3 齡幼蟲(chóng),1 日齡蛹和雌雄成蟲(chóng)。其中,3 齡幼蟲(chóng)組織的取樣為:頭、前腸、中腸、后腸、馬氏管、脂肪體;雌雄成蟲(chóng)取樣為:觸角、頭、前腸、中腸、后腸、馬氏管、脂肪體。以上樣本均3 次生物學(xué)重復(fù),液氮速凍,-80 ℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2.2 RNA 的提取與cDNA 合成

總RNA 使用Trizol 試劑(TaKaRa,大連)提取,通過(guò)超微量蛋白核酸分析儀(BioDrop,Cambridge,UK)測(cè)定濃度,1% 瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)質(zhì)量。以1 μg RNA 為模板,采用HiScript? Ⅲ 1stStrand cDNA Synthesis Kit(+gDNA wiper)試劑盒(Vazyme,南京)的步驟合成cDNA 第1 鏈,-20 ℃?zhèn)溆谩?/p>

1.2.3 AhsNPFR 的克隆鑒定與序列分析

基于課題組的蓮草直胸跳甲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)[24],利用Primer5.0 設(shè)計(jì)目的基因的擴(kuò)增引物(表1),以1.2.2 合成cDNA 為模板,利用Phanta? Max Super-FidelityDNA Polymerase 試劑盒(Vazyme,南京)進(jìn)行PCR擴(kuò)增。PCR 反應(yīng)體系為:2×Phanta Max Buffer10 μL,引物AhsNPFR-F/AhsNPFR-R 各0.8 μL,1 ? cDNA 1 μL,Phanta MAX Super-Fidelity DNApolymerase 0.5 μL,dNTP Mix 0.4 μL,加ddH2O 至20 μL。PCR反應(yīng)條件為:95 ℃預(yù)變性3 min;95 ℃變性15 s,48 ℃退火15 s,72 ℃延伸2 min,35 個(gè)循環(huán);徹底延伸5 min。PCR 產(chǎn)物用1% 瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),通過(guò)M5 Gel Extraction Kit(Mei5bio,Beijing,China)進(jìn)行回收,連接于pEASY?-Blunt3 CloningVector(Trans Gen Biotech,北京),轉(zhuǎn)入TOP10 感受態(tài)細(xì)胞(ANGYUBIO,上海),菌液送上海生工生物工程有限公司測(cè)序。

利用NCBI ORF(Open Reading Frame)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder)預(yù)測(cè)AhsNPFR 基因的開(kāi)放閱讀框,DNAMAN 進(jìn)行多序列比對(duì),ExPASy-ProtParam(http://web. expasy. org/prot?param/)預(yù)測(cè)等電點(diǎn)及蛋白質(zhì)分子量大小,DeepT?MHMM(https://dtu. biolib. com/DeepTMHMM)預(yù)測(cè)跨膜結(jié)構(gòu)域,InterPro(https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence/)預(yù)測(cè)保守結(jié)構(gòu)域與蛋白家族。通過(guò)MEGA 7.0 采用鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù),重復(fù)1 000 次。

1.2.4 AhsNPFR 基因的表達(dá)模式分析

以1.2.2合成cDNA 為qPCR 模板,通過(guò)BeaconDesign 7.0設(shè)計(jì)AhsNPFR 特異性引物,以18S 核糖體蛋白(RPS18)[25]作為不同發(fā)育階段和不同組織處理的內(nèi)參基因進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR(表1)。qPCR 所使用的儀器為ABI7500(Applied Biosystems,F(xiàn)os?ter City,CA,USA)。反應(yīng)體系為:2?ChamQ Uni?versal SYBR qPCR Master Mix 10 μL,上下游引物各0.8 μL,10 ? cDNA 1 μL,加ddH2O 至20 μL。qPCR 反應(yīng)條件為:95 ℃ 預(yù)變性3 min;95 ℃ 變性10 s,55 ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s,40 個(gè)循環(huán)。不同發(fā)育階段和各組織樣品分別設(shè)置3 次生物學(xué)重復(fù)和3 次技術(shù)重復(fù)。

1.3 數(shù)據(jù)分析

qPCR 相對(duì)表達(dá)量數(shù)據(jù)采用2-ΔΔCt[26]法進(jìn)行分析,使用SPSS 26.0 軟件進(jìn)行單因素方差分析(one-way ANOVA),Tukey?s HSD 進(jìn)行多重比較差異分析,差異顯著性標(biāo)準(zhǔn)為P<0.05。所得結(jié)果采用平均值± 標(biāo)準(zhǔn)誤表示,柱狀圖均由GraphPadPrism 8 繪制。

2結(jié)果與分析

2.1 AhsNPFR 基因克隆鑒定

克隆獲得了1 個(gè)短神經(jīng)肽受體基因,產(chǎn)物經(jīng)1% 瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),得到與預(yù)期長(zhǎng)度一致的目的片段(圖1),其開(kāi)放閱讀框ORF 長(zhǎng)1 257 bp,編碼418 個(gè)氨基酸(圖2),命名為AhsNPFR(Gen?Bank 登錄號(hào)為OQ550102)。

2.2 序列與系統(tǒng)發(fā)育分析

蓮草直胸跳甲AhsNPFR 蛋白質(zhì)分子質(zhì)量為48.11 ku,等電點(diǎn)(pI)為8.21;結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)顯示,在38—297 位氨基酸殘基之間具有GPCRs 家族的保守結(jié)構(gòu)域,屬于GPCRs 家族;多序列比對(duì)結(jié)果(圖3)顯示,蓮草直胸跳甲AhsNPFR 氨基酸序列與其他5 種鞘翅目昆蟲(chóng)的sNPFR 序列相似性最高,為72.15%~87.22%,其中,與玉米根螢葉甲Di?abrotica virgifera virgifera 相似性最高(87.22%),與鱗翅目昆蟲(chóng)家蠶Bombyx mori 相似性次之(52.34%),與雙翅目昆蟲(chóng)黑腹果蠅D. melanogaster相似性最低(38.83%)。根據(jù)與其他昆蟲(chóng)sNPFR共有的7 個(gè)典型保守跨膜結(jié)構(gòu)域,克隆序列應(yīng)該為AhsNPFR 基因。

將蓮草直胸跳甲sNPFR 氨基酸序列與鞘翅目、鱗翅目、雙翅目和半翅目等其他26 種昆蟲(chóng)進(jìn)行多序列比對(duì),構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù),結(jié)果如圖4 所示,蓮草直胸跳甲AhsNPFR 與其他鞘翅目昆蟲(chóng)聚為一支;其中與玉米根螢葉甲DvsNPFR、光肩星天牛AgsNPFR 和馬鈴薯甲蟲(chóng)LdsNPFR 親緣關(guān)系較近;其他目昆蟲(chóng)也能分別聚類(lèi),符合分類(lèi)學(xué)關(guān)系。

2.3 AhsNPFR 基因在蓮草直胸跳甲不同發(fā)育階段的表達(dá)模式

通過(guò)qPCR 分析了AhsNPFR 基因在蓮草直胸跳甲不同發(fā)育階段內(nèi)的表達(dá)水平。結(jié)果表明,AhsNPFR 基因在蓮草直胸跳甲各發(fā)育階段均有表達(dá),其中幼蟲(chóng)期(1~3 齡幼蟲(chóng))和成蟲(chóng)期(雌雄成蟲(chóng))的表達(dá)量均顯著高于卵期和蛹期(P<0.05),1、3 齡幼蟲(chóng)表達(dá)量顯著高于2 齡幼蟲(chóng),雌成蟲(chóng)表達(dá)量顯著高于雄成蟲(chóng)(P<0.05)。AhsNPFR 在1~3 齡幼蟲(chóng)、蛹、雌、雄成蟲(chóng)的相對(duì)表達(dá)量分別是卵期AhsNPFR表達(dá)量的9.05 倍、6.16 倍、8.03 倍、3.20 倍、8.84 倍和5.55 倍(圖5)。

2.4 AhsNPFR 基因在蓮草直胸跳甲不同組織的表達(dá)模式

通過(guò)qPCR 分析了AhsNPFR 基因在蓮草直胸跳甲3 齡幼蟲(chóng)不同組織的表達(dá)水平,結(jié)果表明(圖6),AhsNPFR 基因在3 齡幼蟲(chóng)各組織均有表達(dá),其中后腸的表達(dá)量最高,顯著高于其他組織,是脂肪體表達(dá)量的12.21 倍(P<0.05);在頭、前腸、中腸和馬氏管的表達(dá)量間沒(méi)有顯著差異(P>0.05);在脂肪體的表達(dá)量最低。

通過(guò)qPCR 分析了AhsNPFR 基因在蓮草直胸跳甲雌雄成蟲(chóng)不同組織的表達(dá)水平,結(jié)果表明(圖7),AhsNPFR 基因在蓮草直胸跳甲雌雄成蟲(chóng)各個(gè)組織均有表達(dá),且表達(dá)模式相似,后腸的表達(dá)量均顯著高于其他組織(P<0.05);觸角、頭、前腸、中腸、馬氏管、脂肪體的表達(dá)量沒(méi)有顯著差異,雌雄成蟲(chóng)相同組織中表達(dá)量差異不顯著(P>0.05)。

3結(jié)論與討論

本研究克隆了蓮草直胸跳甲sNPFR 基因全長(zhǎng)序列,其開(kāi)放閱讀框編碼418 個(gè)氨基酸殘基,具有GPCRs 家族的保守結(jié)構(gòu)域。目前,已鑒定的節(jié)肢動(dòng)物短神經(jīng)肽受體sNPFR 均屬于GPCRs 家族[18],主要典型特征為含有7 個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)域。本研究結(jié)果顯示,蓮草直胸跳甲AhsNPFR 也含有7 個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)域,并且與其它昆蟲(chóng)sNPFR 的保守結(jié)構(gòu)域高度保守。系統(tǒng)發(fā)育分析也表明該基因可用于物種的進(jìn)化關(guān)系研究。

蓮草直胸跳甲AhsNPFR 基因在幼蟲(chóng)和成蟲(chóng)期的表達(dá)量顯著高于卵和蛹期,1 齡幼蟲(chóng)表達(dá)量最高。有研究表明,在豌豆蚜Acyrthosiphon pisum 中,ApsNPFR 在若蟲(chóng)和成蟲(chóng)中都有表達(dá),且1 齡若蟲(chóng)表達(dá)量最高,敲除ApsNPFR 后,刺探電位圖譜(EPG)結(jié)果顯示,豌豆蚜A. pisum 刺吸植物的次數(shù)和刺吸時(shí)間顯著減少[27]。在黑腹果蠅中,DmsNPFR的過(guò)表達(dá)導(dǎo)致取食量增加[16]。由此可見(jiàn),sNPFR 在調(diào)控昆蟲(chóng)取食中發(fā)揮重要功能作用,蓮草直胸跳甲是喜旱蓮子草的專(zhuān)食性天敵昆蟲(chóng),我們推測(cè),AhsNPFR 也可能與蓮草直胸跳甲取食密切相關(guān),但其功能還需后續(xù)基因干擾及行為試驗(yàn)驗(yàn)證。另外發(fā)現(xiàn),蓮草直胸跳甲雌成蟲(chóng)AhsNPFR 表達(dá)量顯著高于雄成蟲(chóng),相關(guān)結(jié)果在其它文獻(xiàn)未見(jiàn)報(bào)道,推測(cè)可能為蓮草直胸跳甲雌成蟲(chóng)取食量高于雄成蟲(chóng)的重要分子基礎(chǔ)。

AhsNPFR 基因在蓮草直胸跳甲3 齡幼蟲(chóng)和雌雄成蟲(chóng)后腸中顯著高表達(dá)。有研究表明,在華山松大小蠹D. armandi 中,DasNPFR 基因在頭和中腸組織中顯著高表達(dá),功能驗(yàn)證表明其主要與取食相關(guān)[17]。在橘小實(shí)蠅Bactrocera dorsalis 中,BdsN ?PFR 在觸角和中樞神經(jīng)系統(tǒng)顯著高表達(dá),通過(guò)CRISPR/Cas9 敲除BdsNPFR,發(fā)現(xiàn)該蟲(chóng)定位寄主能力變?nèi)?;EAG 反應(yīng)中,對(duì)3 種氣味物質(zhì)的電生理反應(yīng)均顯著降低[28]。家蠶B. mori sNPF 的3 個(gè)同源受體(BNGR-A7、BNGR-A10 和BNGR?A11)在不同組織中表達(dá)模式不同,其中BNGR?A7 僅在成蟲(chóng)頭部高表達(dá),BNGR?A10 在幼蟲(chóng)和蛹的馬氏管中高表達(dá),而在成蟲(chóng)馬氏管中表達(dá)量較低,BNGRA11在幼蟲(chóng)和成蟲(chóng)的馬氏管、中腸和精巢中表達(dá)量較高,而在蛹期的卵巢中相對(duì)表達(dá)量較高[20]。由此可見(jiàn),短神經(jīng)肽受體sNPFR 在不同昆蟲(chóng)的調(diào)控模式可能不同。本研究中檢測(cè)了AhsNPFR 基因在蓮草直胸跳甲觸角、頭、前腸、中腸、后腸、馬氏管和脂肪體的表達(dá)情況,但仍有不足。有文獻(xiàn)報(bào)道,sN ?PFR 在昆蟲(chóng)中樞神經(jīng)系統(tǒng)中顯著高表達(dá)[27],由于技術(shù)原因,沒(méi)有檢測(cè)AhsNPFR 在中樞神經(jīng)系統(tǒng)CNS中的表達(dá)情況。

本研究克隆鑒定了蓮草直胸跳甲AhsNPFR 基因,明確了AhsNPFR 基因在蓮草直胸跳甲不同發(fā)育時(shí)期和不同組織的表達(dá)模式,為進(jìn)一步解析短神經(jīng)肽受體AhsNPFR 調(diào)控蓮草直胸跳甲的取食調(diào)控機(jī)制奠定依據(jù),也為蓮草直胸跳甲生防世界惡性雜草喜旱蓮子草提供一些新的思路。

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