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獼猴桃多胺氧化酶基因家族的鑒定及表達(dá)分析

2023-11-14 11:34:58謝羽恬張新業(yè)蘇彥蘋張澤銀褚卓棟孫艷香
河南農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年10期
關(guān)鍵詞:軟棗共線性儲(chǔ)藏

謝羽恬,張新業(yè),2,3,蘇彥蘋,3,吳 雙,張澤銀,褚卓棟,3,馮 雪,3,孫艷香,3

(1.廊坊師范學(xué)院生命科學(xué)學(xué)院,河北 廊坊 065000;2.河北省動(dòng)物多樣性重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,河北 廊坊 065000;3.廊坊市資源植物與應(yīng)用生物技術(shù)研發(fā)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,河北 廊坊 065000)

多胺(PA)是一類含有2 個(gè)或以上氨基的低分子質(zhì)量脂肪族胺類化合物,廣泛分布于生物體內(nèi)[1],其能夠參與植物生長(zhǎng)發(fā)育的整個(gè)過(guò)程,且與逆境脅迫響應(yīng)密切相關(guān)[2]。根據(jù)氨基數(shù)目的不同,可將PA分為二元胺[如腐胺(Put)]、三元胺[如亞精胺(Spd)]、四元胺[如精胺(Spm)]等[3]。

植物細(xì)胞內(nèi)的PA 濃度可以通過(guò)生物合成、降解代謝及跨膜運(yùn)輸?shù)韧緩竭M(jìn)行精準(zhǔn)調(diào)控,對(duì)于維持植物正常的生長(zhǎng)發(fā)育至關(guān)重要[4-5]。PA 主要通過(guò)二胺氧化酶(DAO,EC 1.4.3.6)及多胺氧化酶(PAO,EC 1.5.3.11)進(jìn)行氧化分解[6]。DAO 內(nèi)含有Cu2+,又稱銅胺氧化酶(CuAO),能夠催化Put降解產(chǎn)生4-氨基丁醛、H2O2和氨,其在擬南芥中亦可催化Spd的降解代謝[7]。PAO以FAD作為輔因子[1],一方面能夠通過(guò)末端分解代謝催化Spd、Spm 生成1,3-二氨基丙烷(DAP)、H2O2及4-氨基丁醛或N-(3-氨基丙基)-4-氨基丁醛,另一方面又可通過(guò)反向轉(zhuǎn)化途徑將Spm、Spd 分別轉(zhuǎn)化為Spd、Put,并生成3-氨基丙醛和H2O2[8-9]。

PAO 編碼基因通常以基因家族的形式存在于植物基因組中。到目前,擬南芥(Arabidopsis thaliana)[10]、水稻(Oryza sativa)[11]、甜橙(Citrus sinensis)[12]、番茄(Solanum lycopersicum)[13]、蘋果(Malus pumila)[14]、茶樹(shù)(Camellia sinensis)[15]、小麥(Triticum aestivum)[9]、桃(Prunus persica)[16]、荔枝(Litchi chinensis)[17]、玉米(Zea mays)[18]、辣椒(Capsicum annuum)[19]等物種內(nèi)的PAO 基因家族已被鑒定,成員數(shù)目多為4~10 個(gè),但不同物種間個(gè)數(shù)存在差異。如桃、擬南芥、水稻、荔枝中PAO 基因的數(shù)目分別為4、5、7、10 個(gè),而小麥中則鑒定到30 個(gè)PAO 基因。研究表明,PAO 通過(guò)參與PA 的末端分解代謝或反向轉(zhuǎn)化途徑來(lái)調(diào)節(jié)植物生命活動(dòng)[17]。棉花GhPAO 能將Spm 轉(zhuǎn)化為Spd,在擬南芥中過(guò)表達(dá)GhPAO能夠提高H2O2、水楊酸、植保素含量及黃萎病抗性,而沉默GhPAO可降低棉花黃萎病抗性[20]。擬南芥AtPAO5 催化PA 的反向轉(zhuǎn)化,其功能缺失后,可以提高擬南芥抗鹽性[21],在水稻中則存在相反的機(jī)制,過(guò)表達(dá)OsPAO3能夠增加水稻胚芽鞘中的PA 含量,降低H2O2的過(guò)度積累及Na+濃度,從而提高水稻萌發(fā)期的抗鹽性[22]。甜橙CsPAO4 能夠催化Spd、Spm 降解產(chǎn)生DAP 及H2O2,并促進(jìn)鹽脅迫條件下煙草種子萌發(fā)[23]。在桃果實(shí)成熟過(guò)程中,PpePAO1表達(dá)水平顯著升高,過(guò)表達(dá)該基因可使煙草的Spd、Spm 含量顯著降低,推測(cè)其可能參與PA的末端分解代謝[16]。

獼猴桃隸屬獼猴桃科獼猴桃屬,是多年生雌雄異株落葉藤本植物,其果實(shí)富含維生素、礦物質(zhì)及其他營(yíng)養(yǎng)成分,因此有“水果之王”的美譽(yù)。獼猴桃果實(shí)皮薄多汁,采后具有典型的呼吸躍變,因此在貯藏期間易軟化,不耐儲(chǔ)存,嚴(yán)重影響其貯藏、貨架壽命及商品價(jià)值。研究表明,內(nèi)源較高的PA 含量或外施PA 有利于延長(zhǎng)獼猴桃的采后保鮮期[24]。PAO 是PA 降解代謝的關(guān)鍵酶,對(duì)維持植物內(nèi)源PA平衡具有重要作用。因此,挖掘、鑒定PAO 家族成員對(duì)于獼猴桃鮮果的采后貯藏、保鮮及運(yùn)輸具有重要意義。截至目前,中華獼猴桃(Actinidia chinensis)Hongyang[25]、Red5[26]及毛花獼猴桃(Actinidia erianth)White[27]的基因組數(shù)據(jù)已經(jīng)公布,為PAO家族成員的鑒定工作奠定了基礎(chǔ)。本研究擬利用已公布的獼猴桃基因組序列及廊坊師范學(xué)院資源植物與應(yīng)用生物技術(shù)研發(fā)團(tuán)隊(duì)前期獲得的軟棗獼猴桃(Actinidia arguta)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),對(duì)獼猴桃PAO 家族成員進(jìn)行鑒定、分析,并探究它們?cè)讷J猴桃果實(shí)發(fā)育及采后貯藏過(guò)程中的表達(dá)情況。

1 材料和方法

1.1 試驗(yàn)材料及轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)獲得

從廊坊師范學(xué)院軟棗獼猴桃種質(zhì)資源圃內(nèi)選擇生長(zhǎng)健壯、長(zhǎng)勢(shì)相似、無(wú)病蟲害的軟棗獼猴桃龍成2 號(hào)植株,于花后135 d 摘取大小均勻、無(wú)機(jī)械損傷及病蟲害的果實(shí),并在采收當(dāng)天運(yùn)回實(shí)驗(yàn)室,室溫下分別放置0、3、6、9 d,果實(shí)去皮,將果肉切成小塊,液氮速凍后,埋于足量干冰內(nèi)寄送至北京諾禾致源科技股份有限公司,將各樣本的RNA 混合后基于Pacbio平臺(tái)進(jìn)行三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。

1.2 獼猴桃PAO家族成員的鑒定及特征分析

中華獼猴桃、毛花獼猴桃蛋白質(zhì)序列下載自獼猴桃基因組數(shù)據(jù)庫(kù)(http://kiwifruitgenome.org/home)[28]。以AtPAO[10]及OsPAO[11]蛋白質(zhì)序列作為查詢序列,分別對(duì)中華獼猴桃、毛花獼猴桃蛋白質(zhì)序列及軟棗獼猴桃全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行BLAST 比對(duì)(E-value:1×10-5),比對(duì)結(jié)果去除冗余,并利用SMART 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://smart.embl.de/)及CD-Search工具(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi)進(jìn)行分析,剔除結(jié)構(gòu)不完整的序列,從而獲得中華獼猴桃、毛花獼猴桃、軟棗獼猴桃PAO 家族成員。利用在線工具Compute pI/Mw(https://web.expasy.org/compute_pi/)分析獼猴桃PAO 蛋白的分子質(zhì)量、理論等電點(diǎn)。從獼猴桃基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中提取中華獼猴桃及毛花獼猴桃PAO 的基因及CDS 序列,利用在線工具GSDS 2.0(http://gsds.gao-lab.org/)繪制基因結(jié)構(gòu)圖。分別利用SignalP-4.1(https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-4.1)[29]和TMHMM-2.0(https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0)[30]預(yù)測(cè)信號(hào)肽和跨膜區(qū)。利用WoLF PSORT(https://wolfpsort.hgc.jp/)對(duì)獼猴桃PAO蛋白進(jìn)行亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)。

1.3 獼猴桃PAO家族成員的系統(tǒng)進(jìn)化分析

利用MEGA 6 軟件[31]中內(nèi)置的ClustalW 程序?qū)?lái)自獼猴桃、擬南芥[10]、水稻[11]、甜橙[12]、棉花[20]、玉米[32]、大麥(Hordeum vulgare)[33]的PAO 進(jìn)行氨基酸序列比對(duì),使用TBtools[34]軟件中的Simple MSA Trimmer 程序修剪比對(duì)結(jié)果,最后基于Neighbor-Joining 法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(shù),校驗(yàn)參數(shù)Bootstrap重復(fù)1 000次。

1.4 獼猴桃PAO家族成員結(jié)構(gòu)分析

利用在線程序MEME(http://meme-suite.org/tools/meme)對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行保守基序分析,并將鑒定到的保守基序在Pfam 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.ebi.ac.uk/interpro/)中注釋,利用在線程序CD-Search 獲取蛋白質(zhì)保守結(jié)構(gòu)域信息,利用TBtools基于系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)對(duì)保守基序、保守結(jié)構(gòu)域進(jìn)行可視化。

1.5 獼猴桃PAO基因共線性分析

利用TBtools軟件中的One Step MCScanX 程序,基于中華獼猴桃、毛花獼猴桃的基因組及gff3 注釋文件,對(duì)獼猴桃PAO 基因進(jìn)行共線性分析。利用TBtools 軟件中的Simple Ka/Ks Calculator 程序計(jì)算共線性基因?qū)Φ耐x替換率(Synonymous substitutions rates,Ks)、非同義替換率(Nonsynonymous substitution rates,Ka)以及Ka/Ks 值,并以此分析獼猴桃PAO基因進(jìn)化過(guò)程中的選擇壓力[35-36]。

1.6 獼猴桃PAO基因表達(dá)分析

從獼猴桃基因組數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站獲取中華獼猴桃轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),分析AcPAO基因在授粉后20、120、127 d 和盛花后147、168、175、224、231 d 果實(shí)中的表達(dá)情況及其對(duì)不同儲(chǔ)藏溫度的響應(yīng)情況[37-39]。

利用RNAprep Pure 多糖多酚植物總RNA 提取試劑盒(天根公司)提取龍成2 號(hào)莖、葉及不同儲(chǔ)藏時(shí)間(采摘后室溫放置0、3、6、9 d)果實(shí)的總RNA,經(jīng)濃度及純度測(cè)定后,利用PrimeScriptTMRT reagent Kit with gDNA Eraser(TaKaRa)反轉(zhuǎn)錄試劑盒合成cDNA,以軟棗獼猴桃Actin基因[40](表1)作為內(nèi)參,利用熒光定量PCR 技術(shù)分析軟棗獼猴桃AaPAO基因(表1)的組織表達(dá)模式及其在不同儲(chǔ)藏時(shí)間的表達(dá)情況。反應(yīng)體系為20.0 μL,包含cDNA 模板1.0 μL,上、下游引物各0.5 μL,2×SYBR Green qPCR Mix(艾德萊公司)10.0 μL,ddH2O 8.0 μL。反應(yīng)程序:95 ℃2 min;95 ℃15 s,63 ℃20 s,72 ℃25 s,40 個(gè)循環(huán)。試驗(yàn)設(shè)置3 次生物學(xué)重復(fù),利用2-ΔΔCt法計(jì)算基因相對(duì)表達(dá)量。

表1 引物信息Tab.1 Primers information

2 結(jié)果與分析

2.1 獼猴桃PAO家族成員的鑒定及特征分析

利用BLAST 檢索,從中華獼猴桃、毛花獼猴桃及軟棗獼猴桃中各鑒定到4、4、5 個(gè)PAO 基因,分別命名為AcPAO1—4、AePAO1—4、AaPAO1—5(表2)。AcPAO1—4分別位于中華獼猴桃0、5、11、19 號(hào)染色體上,基因長(zhǎng)度分別為7 985、7 418、7 766、9 837 bp。AePAO1—4分別位于毛花獼猴桃12、15、20、21 號(hào)染色體上,基因長(zhǎng)度分別為7 562、8 088、1 722、7 448 bp。除AePAO3只含有1 個(gè)內(nèi)含子外,其余的AcPAO及AePAO成員均含有9 個(gè)內(nèi)含子(圖1)。AcPAO、AePAO、AaPAO分別編碼490~496、420~496、475~496個(gè)氨基酸。AcPAO、AePAO、AaPAO 的分子質(zhì)量分別為54.33~55.85、45.74~55.92、52.67~55.92 ku,等電點(diǎn)(pI)分別為5.34~5.74、5.39~5.77、5.29~5.79。SignalP-4.1、TMHMM-2.0 預(yù)測(cè)結(jié)果表明,AcPAO、AePAO、AaPAO 序列中均不含有信號(hào)肽和跨膜區(qū)。WoLF PSORT 預(yù)測(cè)結(jié)果表明,AcPAO、AaPAO 主要定位在過(guò)氧化物酶體,而AePAO 在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、液泡、細(xì)胞質(zhì)、過(guò)氧化物酶體中均有分布。

圖1 AcPAO、AePAO基因結(jié)構(gòu)Fig.1 Gene structures of AcPAO and AePAO

表2 獼猴桃PAO基因家族成員基本信息Tab.2 The information of PAO gene family in kiwifruit

2.2 獼猴桃PAO家族成員的系統(tǒng)進(jìn)化分析

為了解獼猴桃PAO 家族成員的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系,利用MEGA 6 構(gòu)建了來(lái)自擬南芥(AtPAO1—5)、水稻(OsPAO1—7)、玉米(MPAO)、大麥(BPAO1—2)、甜橙(CsPAO4)、棉花(GhPAO)及獼猴桃9個(gè)物種共30個(gè)PAO 蛋白的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(shù)。如圖2 所示,AePAO3 與CsPAO4、AcPAO2 與AePAO1、AaPAO2與 AaPAO3、AcPAO4 與 AaPAO1、AcPAO3 與AaPAO4、AcPAO1 與AePAO2 親緣關(guān)系最近,首先聚為一支;30 個(gè)PAO 蛋白可以劃分為3 個(gè)類群,類群Ⅰ內(nèi)成員數(shù)目最少,包含OsPAO1、AtPAO5、AePAO3、CsPAO4,類群Ⅱ內(nèi)成員數(shù)目最多,包括3個(gè)AcPAO、2個(gè)AePAO、4個(gè)AaPAO、3個(gè)AtPAO、3個(gè)OsPAO,類群Ⅲ包含AcPAO1、AePAO2、AaPAO5、GhPAO、AtPAO1、MPAO及3個(gè)OsPAO、2個(gè)BPAO。

圖2 獼猴桃及其他物種PAO蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化分析Fig.2 The phylogenetic tree of PAO proteins derived from kiwifruit and other species

2.3 獼猴桃PAO家族成員結(jié)構(gòu)分析

為了進(jìn)一步闡明獼猴桃PAO 家族成員的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),利用TBtools 基于系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù),對(duì)獼猴桃PAO 蛋白的保守基序及結(jié)構(gòu)域進(jìn)行可視化。如圖3所示,利用MEME 程序在獼猴桃PAO 蛋白中檢測(cè)到6種保守基序(motif1—6);除AePAO3 只含有motif1、4、6 三種保守基序外,其余成員則含有全部的6 個(gè)motif;利用CD-Search 程序在獼猴桃PAO 蛋白中鑒定到3 種保守結(jié)構(gòu)域(PLN02568、PLN02268、PLN02676),三者均被注釋為多胺氧化酶。如圖4 所示,基于獼猴桃PAO 的多序列比對(duì)結(jié)果,對(duì)家族成員共有的保守基序進(jìn)行了展示,motif1長(zhǎng)度為50 aa,motif4 長(zhǎng)度為41 aa,motif6 長(zhǎng)度為38 aa,motif1、4 在Pfam 數(shù)據(jù)庫(kù)中均被注釋為含黃素的胺氧化還原酶;此外,AcPAO2—4、AePAO4、AaPAO1—4 的C 端均含有過(guò)氧化物酶體引導(dǎo)信號(hào)(PTS)保守基序(S/A/C)(K/R/H)(L/M)[12],與其亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)結(jié)果相一致(表2)。

圖3 獼猴桃PAO蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化(A)、保守基序(B)、保守結(jié)構(gòu)域(C)分析Fig.3 Phylogenetic tree(A),motifs(B)and conserved domains(C)analysis of kiwifruit PAO proteins

圖4 獼猴桃PAO蛋白多序列比對(duì)Fig.4 Multiple sequence alignment of kiwifruit PAO proteins

2.4 獼猴桃PAO基因共線性分析

在AcPAO、AePAO間共檢測(cè)到4 對(duì)共線性基因,分別是AcPAO1/AePAO2、AcPAO2/AePAO1、AcPAO3/AePAO4、AcPAO4/AePAO1,且AcPAO2、AcPAO4與AePAO1均存在共線性關(guān)系。為了闡明選擇壓力在獼猴桃PAO 基因家族進(jìn)化過(guò)程中的作用,對(duì)共線性基因?qū)Φ腒a、Ks及Ka/Ks值進(jìn)行計(jì)算,4對(duì)共線性基因間的Ka/Ks值均小于1,表明它們?cè)谶M(jìn)化過(guò)程中經(jīng)歷了較強(qiáng)的純化選擇(表3)。

表3 獼猴桃PAO共線性基因間Ka/Ks分析Tab.3 Ka/Ks values of collinearity gene pairs in kiwifruint PAO gene family

2.5 獼猴桃PAO基因表達(dá)分析

基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)對(duì)AcPAO進(jìn)行表達(dá)分析。圖5A所示的是中華獼猴桃品種Hongyang 果實(shí)生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中AcPAO的表達(dá)變化情況。AcPAO1在3 個(gè)時(shí)間點(diǎn)基本無(wú)表達(dá),AcPAO2在授粉后20 d 的表達(dá)量最高,分別是授粉后120、127 d 表達(dá)量的7.77、6.24倍,AcPAO4與AcPAO2表達(dá)趨勢(shì)相似,而AcPAO3的表達(dá)量隨發(fā)育進(jìn)程呈先降低后升高的趨勢(shì)。圖5B所示的是AcPAO在中華獼猴桃品種Hort16A 果實(shí)不同成熟期的表達(dá)變化情況。AcPAO1在5 個(gè)時(shí)間點(diǎn)基本無(wú)表達(dá),AcPAO2表達(dá)量變化不明顯,AcPAO3的表達(dá)量呈現(xiàn)先升高后降低趨勢(shì),AcPAO4在盛花后147、168、175 d 的表達(dá)量較高,在224、231 d 表達(dá)量較低。圖5C 所示的是Hort16A 果實(shí)在0、3、8、10、12、14、16 ℃及室溫(RT)下儲(chǔ)藏2 d 后AcPAO的表達(dá)情況。AcPAO1基本無(wú)表達(dá),AcPAO2、AcPAO4在不同溫度下的表達(dá)量差異較小,AcPAO3在0、3、8 ℃條件下表達(dá)量較高,在12、14、16 ℃及室溫條件下表達(dá)量較低,呈先升高后降低趨勢(shì),說(shuō)明AcPAO3對(duì)儲(chǔ)藏溫度的變化有一定響應(yīng)。

圖5 基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的AcPAO表達(dá)分析Fig.5 Expression analysis of AcPAO based on transcriptome data

利用熒光定量PCR 技術(shù)分析了AaPAO在軟棗獼猴桃不同組織及儲(chǔ)藏階段的表達(dá)情況。AaPAO1、AaPAO3、AaPAO4、AaPAO5在莖、葉、果實(shí)中均有表達(dá),AaPAO1、AaPAO4、AaPAO5在莖中表達(dá)量最高,果實(shí)中表達(dá)量最低,AaPAO3則在葉中表達(dá)量最高(圖6A)。AaPAO1、AaPAO3、AaPAO5的表達(dá)量在儲(chǔ)藏過(guò)程中呈現(xiàn)先升高后降低的趨勢(shì),AaPAO4的表達(dá)量則逐漸降低(圖6B)。

圖6 AaPAO在不同組織(A)及不同儲(chǔ)藏時(shí)間(B)的表達(dá)分析Fig.6 Expression analysis of AaPAO across different tissues(A)and storage time(B)

3 結(jié)論與討論

植物體內(nèi)PA 的動(dòng)態(tài)平衡主要依賴合成及分解代謝來(lái)維持,在植物生長(zhǎng)發(fā)育及響應(yīng)逆境脅迫過(guò)程中具有重要作用[1],PAO 能夠催化PA 的末端分解代謝及反向轉(zhuǎn)化途徑[19],PAO 通常由成員數(shù)目較少的小基因家族編碼[12]。到目前為止,越來(lái)越多的植物PAO 基因被克隆、鑒定,但未見(jiàn)關(guān)于獼猴桃PAO 基因全基因組鑒定、結(jié)構(gòu)特征、表達(dá)分析的系統(tǒng)報(bào)道。本研究從基因組水平鑒定了獼猴桃PAO 基因,分析其編碼蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)、系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)及其在獼猴桃果實(shí)生長(zhǎng)發(fā)育、儲(chǔ)藏過(guò)程中的表達(dá)情況。

經(jīng)鑒定,中華獼猴桃、毛花獼猴桃、軟棗獼猴桃中分別存在4、4、5 個(gè)PAO 基因,與擬南芥[10]、水稻[11]、桃[16]中PAO 基因數(shù)目相近,表明獼猴桃PAO亦為小基因家族。系統(tǒng)進(jìn)化分析將來(lái)自擬南芥、水稻、玉米、大麥、甜橙、棉花及獼猴桃的30 個(gè)PAO 蛋白劃分為3 個(gè)類群,13 個(gè)獼猴桃PAO 蛋白在3 個(gè)類群內(nèi)均有分布,AePAO3 屬于類群Ⅰ,AcPAO2—4、AaPAO1—4、AePAO1、AePAO4 屬于類群Ⅱ,AcPAO1、AePAO2、AaPAO5 歸屬于類群Ⅲ,同一類群內(nèi)多數(shù)成員的亞細(xì)胞定位、motif及保守結(jié)構(gòu)域分析結(jié)果亦具有相似的規(guī)律特征,如AcPAO2—4、AaPAO1—4 及AePAO4 均定位于過(guò)氧化物酶體,都含有保守結(jié)構(gòu)域PLN02268 及motif1—6;AcPAO1、AePAO2、AaPAO5 定位于液泡,含有保守結(jié)構(gòu)域PLN02676 及6 種motif,這與在番茄[41]、蘋果[14]、荔枝[17]中的研究結(jié)果一致。共線性分析表明,AcPAO、AePAO間存在4對(duì)共線性基因,且Ka/Ks值均小于1,說(shuō)明在進(jìn)化過(guò)程中受到了純化選擇,且高度保守,具有相似的功能[42-44]。

李會(huì)等[41]和GHOLIZADEH 等[9]根據(jù)多物種間系統(tǒng)進(jìn)化分析,分別對(duì)番茄SlPAO、小麥TaPAO 蛋白的功能進(jìn)行推測(cè),指出SlPAO1 及TaPAO7、10、11 作用于PA的末端分解代謝,SlPAO2—8及TaPAO2—5、8、9 則可能催化PA 的反向轉(zhuǎn)化途徑。前人研究結(jié)果表明,AtPAO2、3[10]、OsPAO3—5[11,45]能夠催化PA的反向轉(zhuǎn)化途徑。根據(jù)系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系,AcPAO2—4、AaPAO1—4、AePAO1、AePAO4 與它們屬于同一類群。因此,它們之間可能具有相似的功能。甜橙CsPAO4[12,23]雖然催化PA 的末端分解,卻與催化反向轉(zhuǎn)化的AtPAO5[46]、OsPAO1[47]歸于一類,與本研究結(jié)果一致。此外,類群Ⅲ中的AtPAO1[5]、GhPAO[20]及OsPAO7[48]也是分別催化反向轉(zhuǎn)化和末端分解代謝。因此,本研究后續(xù)的重要任務(wù)是對(duì)獼猴桃PAO蛋白開(kāi)展功能研究,并探究其作用機(jī)制。

近年來(lái),越來(lái)越多的研究表明,PA 在肉質(zhì)果成熟、衰老及品質(zhì)調(diào)節(jié)方面具有重要作用[49]。收獲前及采后施用PA 能夠有效延遲芒果(Mangifera indica)、桃、歐洲李(Prunus domestica)、蘋果果實(shí)的成熟并延長(zhǎng)貨架期[50]。草莓FaPAO5能夠催化Spm、Spd 降解,并負(fù)向調(diào)控果實(shí)成熟[51]。桃PpePAO1基因被沉默后,Spd 含量顯著升高,延緩果實(shí)軟化,而其在番茄中過(guò)表達(dá)后,Spd、Spm含量降低,促進(jìn)果實(shí)軟化[52]。本研究利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)及熒光定量PCR技術(shù)對(duì)獼猴桃果實(shí)發(fā)育及儲(chǔ)藏過(guò)程中PAO 基因的表達(dá)變化進(jìn)行了分析。AcPAO1在中華獼猴桃果實(shí)中基本無(wú)表達(dá),可能在果實(shí)發(fā)育、成熟、儲(chǔ)藏過(guò)程中作用不大。AcPAO2、AcPAO4在授粉后20 d 的表達(dá)量最高,隨后降低,與桃PpPAO4的表達(dá)變化趨勢(shì)一致,而AcPAO3則與PpPAO2、PpPAO3[53]的情況相似,表達(dá)量隨生長(zhǎng)發(fā)育進(jìn)程呈先降低后升高的趨勢(shì),但在果實(shí)成熟、軟化過(guò)程中,AcPAO3的表達(dá)量呈現(xiàn)先升高后降低趨勢(shì),并對(duì)不同儲(chǔ)藏溫度存在一定響應(yīng)。AaPAO基因在被測(cè)組織中均有表達(dá),但在不同組織間的表達(dá)量存在差異,除AaPAO4表達(dá)量隨儲(chǔ)藏時(shí)間延長(zhǎng)逐漸降低外,其余3 個(gè)成員的表達(dá)量在儲(chǔ)藏過(guò)程中呈現(xiàn)先升高后降低的趨勢(shì)。

本研究首次從3 個(gè)獼猴桃物種的基因組/轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中對(duì)PAO 基因家族進(jìn)行了鑒定,初步確定了13個(gè)獼猴桃PAO基因。它們?cè)诮Y(jié)構(gòu)上較為保守,均含有PAO 蛋白保守結(jié)構(gòu)域。表達(dá)分析結(jié)果表明,它們當(dāng)中的某些成員在獼猴桃果實(shí)成熟及儲(chǔ)藏軟化過(guò)程中具有一定作用。這些試驗(yàn)結(jié)果可為后續(xù)獼猴桃PAO基因的功能研究提供參考。

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