郭媛婷 張敏 楊玉潔 胡曉艷 杜淑輝

摘要：為明確翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子使用偏好性，從GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)下載翅果油樹(shù)葉綠體基因組序列，篩選出合適長(zhǎng)度的序列并進(jìn)行密碼子使用偏好及其影響因素分析；使用Codon W 軟件分析序列得出A3、T3、C3、G3、GC3、有效密碼子數(shù)（ENC）、相對(duì)同義密碼子使用度（RSCU）等重要參數(shù)，并進(jìn)行相關(guān)指數(shù)分析、中性繪圖分析、ENC-plot 繪圖分析、PR2-plot 分析及最優(yōu)密碼子的確定。結(jié)果表明，翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子不同位點(diǎn)上GC 含量分布差異較大，其大小表現(xiàn)為GC1（41.08%）>GC2（38.17%）>GC3（36.55%）；ENC 平均值為50.95，表明密碼子使用偏好性較弱；密碼子偏好使用A 或U 結(jié)尾，最終選出的20 個(gè)最優(yōu)密碼子也均以A 或U 結(jié)尾。中性繪圖和ENC-plot 繪圖分析發(fā)現(xiàn)，翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子內(nèi)部堿基組成之間不具有顯著相關(guān)性，選擇壓力遠(yuǎn)勝于突變壓力；PR2-plot 繪圖分析表明，在突變壓力之外翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子使用還受到了強(qiáng)烈外界壓力的影響，自然選擇是影響翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子使用模式的最主要因素。

關(guān)鍵詞：翅果油樹(shù)；葉綠體基因組；密碼子使用偏性；最優(yōu)密碼子

中圖分類號(hào)：S565.9 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A文章編號(hào)：1002?2481（2023）03?0233?08

自然界中，氨基酸的種類只有20 種，而密碼子的編碼方式多達(dá)64 種，這種現(xiàn)象的出現(xiàn)表明密碼子簡(jiǎn)并性的存在，然而同義密碼子在編碼同一種氨基酸時(shí)，并未得到平等的使用概率，這一現(xiàn)象的產(chǎn)生是由于存在密碼子使用偏好[1]。密碼子偏好性是生物在漫長(zhǎng)的進(jìn)化中不斷平衡自然環(huán)境和自身生存的結(jié)果。吳彥慶等[2]對(duì)幾種花同一基因進(jìn)行密碼子使用模式進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)，一定程度上密碼子使用模式的相似度能夠反映出物種間親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近，而不同物種間密碼子的使用模式差別明顯。另外，在大量基因?qū)嶒?yàn)中發(fā)現(xiàn)，由于宿主基因密碼子偏好的制約，外源基因的表達(dá)量受到極大影響。因此，分析密碼子使用規(guī)律是進(jìn)行基因工程和物種進(jìn)化研究的前提[3]。

葉綠體是植物光合作用中心，葉綠體基因組是細(xì)胞核外另一個(gè)較為獨(dú)立的遺傳體系，其基因組規(guī)模小、拷貝數(shù)多，進(jìn)化速率適中，遺傳性狀穩(wěn)定，較少發(fā)生基因重組，方便測(cè)序[4]，已被廣泛用于植物物種鑒定、系統(tǒng)發(fā)育、遺傳分析、基因工程等研究中[5-8]，其中對(duì)葉綠體基因組密碼子使用偏好性的研究則是探索葉綠體功能最基礎(chǔ)的一步。目前，胡曉艷等[9]已對(duì)酸棗葉綠體基因組密碼子使用模式進(jìn)行了深入探索，發(fā)現(xiàn)其密碼子偏好性存在并非由單一因素造成。李薇等[10]對(duì)銀杏葉綠體基因組密碼子進(jìn)行篩選，得到11 個(gè)最優(yōu)密碼子。類似的研究在秋茄[11]、巨桉[12]、白毛銀露梅[13]、金蓮花[14]等多種植物中都已進(jìn)行，結(jié)果表明，不同植物葉綠體基因組密碼子偏好性差異較大且影響因素也不盡相同。

翅果油樹(shù)（Elaeagnus mollis）是胡頹子科（Elaeagnaceae）胡頹子屬（Elaeagnus）的小喬木或落葉灌木，種仁出油率較高（約30%），富含維生素E。因翅果油樹(shù)是我國(guó)一種珍貴的特有古生物種且野生群落分布較少，1999 年被列為國(guó)家二級(jí)瀕危樹(shù)種，目前，其僅出現(xiàn)在晉、陜、豫三省[15]。當(dāng)前，翅果油樹(shù)的相關(guān)研究多集中在生物學(xué)特性[16]、栽培育苗[17]及開(kāi)發(fā)利用[18]等方面，關(guān)于葉綠體的研究卻少之又少。

本研究通過(guò)分析翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子的堿基使用模式及其成因，探索翅果油樹(shù)葉綠體基因組的內(nèi)在表達(dá)與遺傳規(guī)律，旨在為后續(xù)翅果油樹(shù)基因改造和選育優(yōu)良品系提供參考依據(jù)。

1材料和方法

1.1 數(shù)據(jù)來(lái)源

從NCBI 公共數(shù)據(jù)庫(kù)中下載翅果油樹(shù)葉綠體基因組序列（NC_036932），共包括85 條蛋白質(zhì)編碼序列（Coding sequence，CDS）[9]。為避免偶然性編碼的概率增大，去除長(zhǎng)度過(guò)短（小于300 bp）和重復(fù)的編碼序列以降低分析誤差，最終得到50 條滿足要求的翅果油樹(shù)葉綠體基因序列用于后續(xù)密碼子使用偏好性分析。

1.2 研究方法

1.2.1 密碼子相關(guān)偏性指數(shù)分析 使用Codon W軟件對(duì)已篩選出的合適長(zhǎng)度的50 條翅果油樹(shù)葉綠體CDS 序列進(jìn)行計(jì)算分析，得出密碼子末位堿基的A、T、G、C 含量（A3、T3、G3、C3）、有效密碼子數(shù)（ENC，Effective number of codon）、相對(duì)同義密碼子使用度（RSCU，Relative synonymous codon usage）。

其中，ENC 的取值范圍為20～61，通常將中間值45作為衡量其密碼子偏好性強(qiáng)弱的標(biāo)準(zhǔn)，數(shù)值越低偏性則越強(qiáng)，即ENC=20 表示該基因的每個(gè)氨基酸都只使用了唯一一個(gè)密碼子進(jìn)行編碼；當(dāng)ENC=61 時(shí)，每個(gè)氨基酸平均使用其每一個(gè)同義密碼子[19]。RSCU 的取值以1 為臨界值，此時(shí)該密碼子在同義密碼子中不具使用偏性，通常此時(shí)其同義密碼子的RSCU 值也為1，它們被自己所編碼的氨基酸平均使用；而RSCU>1 表示在同義密碼子中該密碼子使用頻次相對(duì)較多，偏好性更強(qiáng)；RSCU<1則與之相反[20]。

分別計(jì)算50 條CDS 序列中密碼子3 個(gè)位點(diǎn)堿基GC 的含量，分別記為GC1、GC2、GC3，求得GC1、GC2 的均值記為GC12，計(jì)算GC1、GC2、GC3 的平均值記為GCall。

1.2.2 中性繪圖分析 以GC3為橫坐標(biāo)、GC12為縱坐標(biāo)繪制散點(diǎn)圖，并添加回歸線（趨勢(shì)線）。通過(guò)回歸系數(shù)的值來(lái)判斷突變及選擇壓力對(duì)密碼子使用偏好形成的影響程度。若回歸系數(shù)趨近1，密碼子不同位置堿基組成具有顯著相關(guān)性，它們之間相互影響作用極大，突變是造成翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子使用偏好的首要因素；反之，則說(shuō)明密碼子末位堿基種類與前2 位不具明顯相關(guān)性，密碼子內(nèi)部各堿基具備獨(dú)立性，某一位點(diǎn)堿基的突變并不會(huì)關(guān)聯(lián)影響到其他位點(diǎn)的堿基，外界選擇壓力對(duì)翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子偏好性的影響更為突出[21]。

1.2.3 ENC-plot 繪圖分析 以ENC 值為縱坐標(biāo)、GC3 為橫坐標(biāo)在平面內(nèi)繪出基因散點(diǎn)圖進(jìn)行有效密碼子數(shù)分析，并在圖中添加ENC 期望曲線：ENC 期望=2+GC3+29/（GC32+（1－GC3）2）[22]。通過(guò)比較各基因的實(shí)際散點(diǎn)分布與期望曲線的相對(duì)距離，推斷翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子偏好性的成因，若散點(diǎn)落在期望曲線上或附近，則認(rèn)為密碼子使用偏好性僅受到或主要受到堿基突變引起，而自然選擇對(duì)其影響微乎其微；若散點(diǎn)嚴(yán)重偏離曲線，則表明自然選擇對(duì)其影響更加深遠(yuǎn)[23-24]。依據(jù)公式ENC 比值=（ENC 期望-ENC 實(shí)際）/ENC 期望[25]列出ENC 比值頻數(shù)分布表，通過(guò)比較ENC 比值的大小以及出現(xiàn)頻率可進(jìn)一步確定影響密碼子使用偏性的主要因素，若ENC 比值較小且出現(xiàn)頻率高，表明密碼子使用偏性主要受突變影響，反之，則自然選擇效應(yīng)是主要作用。

1.2.4 PR2-plot 繪圖分析 以G3/（G3+C3）為橫坐標(biāo)、A3/（A3+T3）為縱坐標(biāo)在平面內(nèi)繪制散點(diǎn)圖，并添加網(wǎng)格線，中心位置代表密碼子末位堿基使用頻率U=A、G=C。如果只受到唯一因素（堿基突變）影響，4 種堿基的使用頻率相同，散點(diǎn)會(huì)均勻分布在坐標(biāo)平面內(nèi)，反之，則說(shuō)明密碼子的使用偏好性同時(shí)受到自然選擇和突變等多種因素的影響；若散點(diǎn)分布于網(wǎng)格上半部分，該基因密碼子末位堿基使用頻率為A>T，若分布在網(wǎng)格的左半部分，則C>G[3]。

1.2.5 最優(yōu)密碼子的確定 以有效密碼子數(shù)值為依據(jù)，對(duì)50 條翅果油樹(shù)編碼序列進(jìn)行排序，從ENC值較大和較小的一端各取5 條基因序列，ENC 值較小的一組則密碼子偏好性強(qiáng)，定義為高表達(dá)基因庫(kù)；ENC 值較大的一組密碼子偏好性弱，定義為低表達(dá)基因庫(kù)，取二者RSCU 值差值，記為△RSCU，滿足△RSCU≥0.08 則視其為高表達(dá)密碼子，滿足RSCU>1 則視其為高頻密碼子，篩選出同時(shí)符合上述2 個(gè)條件的密碼子，定義為最優(yōu)密碼子[9]。由于色氨酸（Trp）和蛋氨酸（Met）都僅有一個(gè)編碼密碼子，分別為UGG、AUG，而3 個(gè)終止密碼子UAG、UAA、UGA 不編碼蛋白，因此在進(jìn)行RSCU 分析時(shí)排除這5 個(gè)不具偏好性的密碼子[13]。

1.3 數(shù)據(jù)分析

使用Excle 軟件和SPSS 26.0 軟件對(duì)Codon W得出的相關(guān)數(shù)據(jù)進(jìn)行表格匯總和繪圖分析。

2結(jié)果與分析

2.1 翅果油樹(shù)密碼子相關(guān)偏性指數(shù)分析

翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子相關(guān)偏性指數(shù)分析結(jié)果如表1 所示，統(tǒng)計(jì)篩選得到的50 條基因序列，GC1 平均值為41.08%，GC2 平均值為38.17%，GC3 平均值為36.55%，發(fā)現(xiàn)密碼子不同位置堿基組成的GC 含量有較大差異，末位堿基的GC 含量少于前2 位堿基的GC 含量，但3 個(gè)堿基位點(diǎn)上C、G 均不是優(yōu)勢(shì)堿基，且平均GC 含量（GCall）為38.60%，說(shuō)明翅果油樹(shù)葉綠體基因編碼更偏愛(ài)使用A、U 堿基；ENC 值的范圍為39.54～61.00，平均值為50.95，50 條翅果油樹(shù)葉綠體基因序列中，ENC>45 的有41 條，說(shuō)明其密碼子偏好性較弱。

從表2 可以看出，GC1、GC2、GC3 三者之間均未發(fā)現(xiàn)明顯的相關(guān)性，相互獨(dú)立存在，且ENC 只與GC3 存在極顯著相關(guān)（P<0.01），因此，判定密碼子末位上的堿基組成（GC3）可用于代表整個(gè)密碼子的使用偏好。圖1 通過(guò)分析比較各密碼子相對(duì)同義密碼子使用度，得到28 個(gè)RSCU>1 的密碼子，其中，多達(dá)25 個(gè)密碼子以A 或U 結(jié)尾，僅有3 個(gè)密碼子以G 或C 結(jié)尾，表明翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子更喜好以A 或U 結(jié)尾。分別篩選出每種氨基酸編碼使用頻率最高的優(yōu)勢(shì)密碼子，共18 個(gè)，它們之中僅有1 個(gè)以C 結(jié)尾，其余皆以A 或U 結(jié)尾，再次證明翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子存在以A 或U 為末位堿基的使用偏好。

2.2 最優(yōu)密碼子分析

通過(guò)最優(yōu)密碼子分析得出（表3），有28 個(gè)密碼子RSCU>1，24 個(gè)密碼子△ RSCU≥0.08，經(jīng)篩選發(fā)現(xiàn)，同時(shí)滿足這2 個(gè)條件的最優(yōu)密碼子多達(dá)20 個(gè)，分別為UUU、UUA、CUU、AUU、GUU、AGU、CCU、CCA、ACU、GCU、GCA、UAU、CAU、CAA、AAU、AAA、GAU、GAA、AGA、GGA，其中以U結(jié)尾的有12 個(gè)，以A 結(jié)尾的有8 個(gè)。

2.3 中性繪圖分析

中性繪圖分析結(jié)果如圖2 所示，GC12 與GC3 的回歸系數(shù)為-0.144 8，相關(guān)系數(shù)為-0.288 0，結(jié)合表2 結(jié)果進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)密碼子第1、2 位堿基和第3 位堿基的組成規(guī)律不具明顯相關(guān)性，可見(jiàn)，其密碼子內(nèi)部某一位點(diǎn)堿基的突變并不會(huì)對(duì)其他位點(diǎn)造成顯著影響，翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子偏好性的形成更多考慮為自然選擇效應(yīng)的影響作用。

2.4 ENC-plot 繪圖分析

ENC-plot 繪圖分析結(jié)果顯示（圖3），基因散點(diǎn)分布趨于分散，且大部分距離標(biāo)準(zhǔn)ENC 曲線的位置較遠(yuǎn)，表明ENC 實(shí)際值和ENC 期望值有較大差異。ENC 比值頻數(shù)分布如表4 所示，有15 個(gè)基因ENC 比值在-0.05～0.05 范圍內(nèi)，占比30%，距ENC期望值較近或與期望值一致；其余35 個(gè)基因位于此區(qū)間外，占比70%，距離期望值較遠(yuǎn)，這與ENCplot繪圖分析結(jié)果相符。絕大多數(shù)散點(diǎn)的偏離，依然說(shuō)明翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子使用偏性主要受到自然選擇效應(yīng)的作用。

2.5 PR2-plot 繪圖分析

PR2-plot 分析結(jié)果如圖4 所示，散點(diǎn)在坐標(biāo)軸平面內(nèi)的4 個(gè)區(qū)域中均有分布，相對(duì)而言分布于右上方的散點(diǎn)數(shù)量最多，表明翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子末位堿基使用頻次A 大于T、G 大于C。已知若堿基突變影響是密碼子偏好形成的唯一因素，則A、T、C、G 這4 種堿基的使用概率應(yīng)是一致的，散點(diǎn)分布的不均勻再次說(shuō)明除了突變影響之外，翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子還受到了較強(qiáng)的外界選擇影響。

3結(jié)論與討論

本研究通過(guò)分析ENC 值和RASU 值確定了翅果油樹(shù)葉綠體密碼子的20 種最優(yōu)密碼子。ENC 平均值為50.95，不僅說(shuō)明翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子使用偏好性較弱，也解釋了為何最優(yōu)密碼子會(huì)多達(dá)20 個(gè)，這與白毛銀露梅[13]、酸棗[9]等的研究結(jié)果一致。同時(shí)翅果油樹(shù)葉綠體基因組中密碼子末位堿基存在明顯的偏好現(xiàn)象，符合前人得出的雙子葉植物密碼子末位堿基偏好使用A/U 的規(guī)律[26]。

此外研究發(fā)現(xiàn)，自然選擇和突變是密碼子使用偏好性形成的2 個(gè)重要因素[9]。本研究通過(guò)中性繪圖、ENC-plot 和PR2-plot 說(shuō)明翅果油樹(shù)葉綠體基因組密碼子主要受自然選擇的影響，這與白毛銀露梅[13]及灰毛漿果楝[27]相似，而秋茄[11]和籽粒莧[28]主要受突變影響，這可能是由于成熟周期較短使得植物體內(nèi)基因累積變異程度較大，從而增加突變的影響程度。翅果油樹(shù)由于野生種群分布極少，引得全國(guó)各地都在積極地進(jìn)行人工引種栽培，試圖選育優(yōu)良品種，這也間接加劇了選擇壓力的影響。野生翅果油樹(shù)表型豐富，而本研究試驗(yàn)材料單一，并未證實(shí)不同表型翅果油樹(shù)密碼子的使用模式是否一致，也未有線索顯示翅果油葉綠體中較高的維生素E 含量是否與其密碼子的使用模式有關(guān)。

本研究通過(guò)對(duì)葉綠體基因組序列進(jìn)行分類統(tǒng)計(jì)和繪圖分析，探索其內(nèi)部的密碼子偏好性與堿基使用規(guī)律，旨在為后續(xù)提高外源基因的表達(dá)效率、系統(tǒng)進(jìn)化等研究提供重要依據(jù)。進(jìn)一步研究將有望利用基因改造突破翅果油樹(shù)遺傳與育種上的難點(diǎn)，有效降低其瀕危程度。

參考文獻(xiàn)：

［1］ GONZALEZ D L，GIANNERINI S，ROSA R. On the origin of

degeneracy in the genetic code[J]. Interface Focus，2019，9（6）：

20190038.

［2］ 吳彥慶，李志遠(yuǎn)，趙大球，等. 幾種植物花分生組織決定基因

APETALA1 密碼子使用模式比較[J]. 園藝學(xué)報(bào)，2017，44（3）：

504-514.

WU Y Q，LI Z Y，ZHAO D Q，et al. Comparative analysis of

codon usage patterns in APETALA1 gene across several plant

species[J]. Acta Horticulturae Sinica，2017，44（3）：504-514.

［3］ 楊國(guó)鋒，蘇昆龍，趙怡然，等. 蒺藜苜蓿葉綠體密碼子偏好性分

析[J]. 草業(yè)學(xué)報(bào)，2015，24（12）：171-179.

YANG G F，SU K L，ZHAO Y R，et al. Analysis of codon usage

in the chloroplast genome of Medicago truncatula[J]. Acta

Prataculturae Sinica，2015，24（12）：171-179.

［4］ 楊祥燕，蔡元保，譚秦亮，等. 菠蘿葉綠體基因組密碼子偏好性

分析[J]. 熱帶作物學(xué)報(bào)，2022，43（3）：439-446.

YANG X Y，CAI Y B，TAN Q L，et al. Analysis of codon usage

bias in the chloroplast genome of Ananas comosus[J]. Chinese

Journal of Tropical Crops，2022，43（3）：439-446.

［5］ ZHANG Z L，ZHANG Y，SONG M F，et al. Species identification

of Dracaena using the complete chloroplast genome as a

super-barcode[J]. Frontiers in Pharmacology，2019，10：1441.

［6］ HUO Y M，GAO L M，LIU B J，et al. Complete chloroplast genome

sequences of four Allium species：comparative and phylogenetic

analyses[J]. Scientific Reports，2019，9：12250.

［7］ NGUYEN B V，GIANG V N L，WAMINAL N E，et al. Comprehensive

comparative analysis of chloroplast genomes from

seven Panax species and development of an authentication system

based on species-unique single nucleotide polymorphism

markers[J]. Journal of Ginseng Research，2020，44（1）：135-144.

［8］ CUI Y X，CHEN X L，NIE L P，et al. Comparison and phylogenetic

analysis of chloroplast genomes of three medicinal and edible

Amomum species[J]. International Journal of Molecular Sciences，

2019，20（16）：4040.

［9］ 胡曉艷，許艷秋，韓有志，等. 酸棗葉綠體基因組密碼子使用偏

性分析[J]. 森林與環(huán)境學(xué)報(bào)，2019，39（6）：621-628.

HU X Y，XU Y Q，HAN Y Z，et al. Codon usage bias analysis

of the chloroplast genome of Ziziphus jujuba var. spinosa[J].

Journal of Forest and Environment，2019，39（6）：621-628.

［10］ 李薇，王倩，胡曉艷，等. 銀杏葉綠體基因組密碼子使用偏性

分析[J]. 林業(yè)調(diào)查規(guī)劃，2021，46（6）：28-34.

LI W，WANG Q，HU X Y，et al. Codon usage bias in chloroplast

genome of Ginkgo biloba[J]. Forest Inventory and Planning，

2021，46（6）：28-34.

［11］ 趙森，鄧力華，陳芬. 秋茄葉綠體基因組密碼子使用偏好性分

析[J]. 森林與環(huán)境學(xué)報(bào)，2020，40（5）：534-541.

ZHAO S，DENG L H，CHEN F. Codon usage bias of chloroplast

genome in Kandelia obovata[J]. Journal of Forest and Environment，

2020，40（5）：534-541.

［12］ 王鵬良，吳雙成，楊利平，等. 巨桉葉綠體基因組密碼子偏好

性分析[J]. 廣西植物，2019，39（12）：1583-1592.

WANG P L，WU S C，YANG L P，et al. Analysis of codon

bias of chloroplast genome in Eucalyptus grandis[J]. Guihaia，

2019，39（12）：1583-1592.

［13］ 楊蕾，董澤陽(yáng)，王洋，等. 白毛銀露梅葉綠體全基因組密碼子

偏好性分析[J]. 分子植物育種，2022，20（4）：1095-1103.

YANG L，DONG Z Y，WANG Y，et al. Analysis on codon usage

bias of chloroplast genome in Potentilla glabra var. mandsh?

urica[J]. Molecular Plant Breeding，2022，20（4）：1095-1103.

［14］ 雷慧，李鴿，王娜玉. 金蓮花葉綠體基因組密碼子偏好性分析

[J]. 山西農(nóng)業(yè)科學(xué)，2019，47（8）：1300-1305，1445.

LEI H，LI G，WANG N Y. Analysis of codon usage bias in the

chloroplast genome of Trollius cbinensis Bunge[J]. Journal of

Shanxi Agricultural Sciences，2019，47（8）：1300-1305，1445.

［15］ 龐曉慧，張華新，劉濤. 我國(guó)特有珍稀植物翅果油樹(shù)開(kāi)發(fā)利用

的探討[J]. 林業(yè)資源管理，2006（3）：58-60，67.

PANG X H，ZHANG H X，LIU T. Study on development and

use of Elaeagnus mollis，an endemic species to China[J]. Forest

Resources Management，2006（3）：58-60，67.

［16］ 馮笑笑，李娟，陳僑僑，等. 翅果油樹(shù)種仁蛋白氨基酸組成分

析及營(yíng)養(yǎng)價(jià)值評(píng)價(jià)[J]. 食品科學(xué)，2016，37（22）：160-165.

FENG X X，LI J，CHEN Q Q，et al. Amino acid composition

and nutritional evaluation of proteins extracted from Elaeagnus

mollis[J]. Food Science，2016，37（22）：160-165.

［17］ 魏阿沙. 翅果油樹(shù)栽培技術(shù)[J]. 山西林業(yè)，2018（4）：22-23.

WEI A S. Cultivation techniques of Elaeagnus mollis[J]. Forestry

of Shanxi，2018（4）：22-23.

［18］ 張華新，龐小慧，劉濤. 我國(guó)特有珍稀植物——翅果油樹(shù)研究

與開(kāi)發(fā)進(jìn)展[J]. 生物質(zhì)化學(xué)工程，2006，40（S1）：303-308.

ZHANG H X，PANG X H，LIU T. Evolvement of research

and exploitation on Elaeagnus molli Diels， an endemic to China

[J]. Biomass Chemical Engineering，2006，40（S1）：303-308.

［19］ SUN X Y，YANG Q，XIA X H. An improved implementation

of effective number of codons（nc）[J]. Molecular Biology and

Evolution，2013，30（1）：191-196.

［20］ LI G，ZHANG L，DU N. Relative synonymous codon usage of

ORF1ab in SARS-CoV-2 and SARS-CoV[J]. Genes & Genomics，

2021，43（11）：1351-1359.

［21］ WANG L Y，XING H X，YUAN Y C，et al. Genome-wide

analysis of codon usage bias in four sequenced cotton species

[J]. PLoS One，2018，13（3）：e0194372.

［22］ CHEN S Y，ZHANG H，WANG X，et al. Analysis of codon

usage bias in the chloroplast genome of Helianthus annuus J-01

[J]. IOP Conference Series：Earth and Environmental Science，

2021，792（1）：012009.

［23］ ATA G，WANG H，BAI H X，et al. Edging on mutational

bias，induced natural selection from host and natural reservoirs

predominates codon usage evolution in Hantaan virus[J]. Frontiers

in Microbiology，2021，12：699788.

［24］ NYAYANIT D A，YADAV P D，KHARDE R，et al. Natural

selection plays an important role in shaping the codon usage of

structural genes of the viruses belonging to the Coronaviridae

family[J]. Viruses，2020，13（1）：3.

［25］ 李江飛，李熙顏，王瑜，等. 滇楸葉綠體基因組密碼子偏好性

分析[J]. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)，2022，41（4）：843-853.

LI J F，LI X Y，WANG Y，et al. Analysis on codon usage bias

of chloroplast genome in Catalpa fargesii[J]. Genomics and Applied

Biology，2022，41（4）：843-853.

［26］ 趙森，鄧力華，陳芬. 不同植物FERONIA 基因密碼子使用偏

好性分析[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)，2020，36（5）：1073-1081.

ZHAO S，DENG L H，CHEN F. Analysis on codon usage

preference of FERONIA genes in different plants[J]. Jiangsu

Journal of Agricultural Sciences，2020，36（5）：1073-1081.

［27］ 原曉龍，王毅，張勁峰. 灰毛漿果楝葉綠體基因組密碼子使用

特征分析[J]. 森林與環(huán)境學(xué)報(bào)，2020，40（2）：195-202.

YUAN X L，WANG Y，ZHANG J F. Characterization of codon

usage in Cipadessa cinerascens chloroplast genome[J]. Journal

of Forest and Environment，2020，40（2）：195-202.

［28］ 馮瑞云，梅超，王慧杰，等. 籽粒莧葉綠體基因組密碼子偏好

性分析[J]. 中國(guó)草地學(xué)報(bào)，2019，41（4）：8-15.

FENG R Y，MEI C，WANG H J，et al. Analysis of codon usage

in the chloroplast genome of grain amaranth（Amaranthus

hypochondriacus L.）[J]. Chinese Journal of Grassland，2019，41

（4）：8-15.