胡延波,車麗妍,王超男,于 娜,李 靜,李 平,井 波,齊 萌
(塔里木大學(xué)動物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院/新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團(tuán)塔里木動物疫病診斷與防控工程實(shí)驗(yàn)室,新疆 阿拉爾 843300)
奇異變形桿菌(Proteus mirabilis)是革蘭陰性桿菌,有鞭毛,多呈短桿狀或絲狀,廣泛分布于自然環(huán)境、人和動物黏膜及消化道中,主要引起人和動物腹瀉、尿道炎和腎盂腎炎,可導(dǎo)致宿主菌血癥和敗血癥[1-2]。豬感染該菌后出現(xiàn)精神沉郁、厭動喜臥、食欲減退、體溫升高、腹瀉和嘔吐等臨床癥狀,嚴(yán)重時可造成敗血癥導(dǎo)致死亡[3]。近年來,奇異變形桿菌感染的病例在規(guī)?;i場時有發(fā)生,造成一定經(jīng)濟(jì)損失。Chinnam 等[4]采集印度安得拉邦克里希納區(qū)及其周邊地區(qū)163 份豬直腸拭子,采用形態(tài)學(xué)觀察和PCR 法分離鑒定出9 株奇異變形桿菌,分離率為5.52%(9/163);Qu 等[5]采集浙江省9 個養(yǎng)殖場的541 份豬直腸拭子,采用形態(tài)學(xué)觀察和PCR 法分離鑒定出30 株奇異變形桿菌,分離率為5.55%(30/541);劉妍罕等[6]自貴州省15 份野豬肝臟樣本中分離出6 株奇異變形桿菌,對多種抗菌藥物呈現(xiàn)不同程度耐藥;葛強(qiáng)等[7]報道自廣西壯族自治區(qū)98 份病死豬病料樣本中分離鑒定出21 株奇異變形桿菌,均表現(xiàn)多重耐藥。該研究旨在分離鑒定新疆維吾爾自治區(qū)某規(guī)?;B(yǎng)殖場腹瀉仔豬糞便中的奇異變形桿菌,對其進(jìn)行藥物敏感性試驗(yàn)及毒力基因檢測,以期為豬奇異變形桿菌病的防治提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
1.1.1 腹瀉仔豬糞便的采集
2021 年12 月,新疆維吾爾自治區(qū)阿克蘇地區(qū)某規(guī)模化豬場 (存欄800 頭母豬)25 日齡仔豬出現(xiàn)水樣腹瀉,使用無菌棉拭子經(jīng)肛門采集4 頭仔豬的糞便樣本,置于1.5 mL 無菌離心管內(nèi),送至實(shí)驗(yàn)室,24 h 內(nèi)進(jìn)行細(xì)菌培養(yǎng)。
1.1.2 主要試劑
胰酪大豆胨液體培養(yǎng)基(TSB)、胰酪大豆胨固體培養(yǎng)基(TSA)和木糖賴氨酸脫氧膽酸鹽瓊脂培養(yǎng)基(XLD)購自青島海博生物技術(shù)有限公司;細(xì)菌基因組DNA 提取試劑盒、2×EasyTaq PCR SuperMix(+dye),購自北京全式金生物技術(shù)股份有限公司;DL 2 000 DNA Marker,購自寶日醫(yī)生物技術(shù)(北京)有限公司;藥敏紙片,購自杭州微生物試劑有限公司。革蘭染色液參考《獸醫(yī)微生物學(xué)實(shí)驗(yàn)指導(dǎo)》[8]配制。
1.1.3 主要儀器設(shè)備
PCR 儀為美國Bio-Rad 公司產(chǎn)品;瓊脂糖凝膠電泳儀為北京六一生物科技有限公司產(chǎn)品;凝膠成像系統(tǒng)為美國ProteinSimple 公司產(chǎn)品;微量移液器為德國Eppendorf 公司;臺式高速離心機(jī)為湖南赫西儀器裝備有限公司產(chǎn)品。
1.2.1 細(xì)菌的分離與形態(tài)學(xué)觀察
將無菌采集的4 份腹瀉仔豬糞便分別接種于TSB 液體培養(yǎng)基中,37 ℃培養(yǎng)24 h 后,蘸取菌液在XLD 培養(yǎng)基上進(jìn)行劃線分離接種;37 ℃培養(yǎng)24 h 后,挑取單個菌落在TSA 培養(yǎng)基進(jìn)行純化培養(yǎng)。純化后,肉眼觀察菌落形態(tài)結(jié)構(gòu),挑取單個菌落,進(jìn)行革蘭染色,采用普通光學(xué)顯微鏡觀察細(xì)菌的形態(tài)結(jié)構(gòu),參考《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊》(第八版)進(jìn)行形態(tài)學(xué)觀察與鑒定。
1.2.2 分離菌株基因組DNA 的提取及SSU rDNA 的PCR 擴(kuò)增
挑取純化后的單個菌落,置于TSB 液體培養(yǎng)基中,37 ℃振蕩培養(yǎng)24 h 后,在超凈工作臺中吸取1 mL 菌液,置于滅菌處理過的1.5 mL 離心管內(nèi),按照細(xì)菌基因組DNA 提取試劑盒操作步驟提取細(xì)菌DNA。
參考蘇治國等[9]報道的細(xì)菌核糖體小亞基(ribosomal small subunit ribosomal RNA,SSU rRNA)基因(SSU rDNA)通用引物序列進(jìn)行設(shè)計,上游引物序列為:5'-AGAGTTTGATCMTGGCTCA-3',下游引物序列為:5'-TACGGYTACCTTGTTACGACT-3',目的片段為1 400 bp,引物由蘇州金維智生物科技有限公司合成。PCR 反應(yīng)體系為25 μL:2×EasyTaq PCR Super Mix 12.5 μL,濃度為20 μmol/L 的上、下游引物各0.5 μL,DNA 模板1 μL,ddH2O 10.5 μL。反應(yīng)條件為:94 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃變性30 s,56 ℃退火30 s,72 ℃延 伸2 min,35 個循環(huán);72 ℃延伸10 min。以高壓滅菌的雙蒸水作為陰性對照,PCR 擴(kuò)增結(jié)束后,取5 μL產(chǎn)物通過10 g/L 瓊脂糖凝膠電泳檢測,在凝膠成像系統(tǒng)內(nèi)拍照保存。
1.2.3 分離菌株的SSU rDNA 序列分析及系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建
將PCR 陽性產(chǎn)物送至蘇州金維智生物科技有限公司進(jìn)行雙向測序,將所獲細(xì)菌的SSU rDNA序列進(jìn)行拼接后,在NCBI 數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行BLAST搜索,根據(jù)序列比對結(jié)果,鑒定細(xì)菌種類。從NCBI數(shù)據(jù)庫中下載與分離菌株序列同源性較高的奇異變形桿菌、潘氏變形桿菌(Proteus penneri)和豪氏變形桿菌(Proteus hauseri)等細(xì)菌的SSU rDNA 序列,以我國新疆雙峰駝源肺炎克雷伯菌(GenBank登錄號:KT361422)的SSU rDNA 序列為外群序列,使用MEGA 7.0 軟件,鄰接法構(gòu)建菌株的系統(tǒng)發(fā)育樹,其可靠性用Bootstrap 分析檢測,進(jìn)行1 000個重復(fù)。
1.2.4 分離菌株的毒力基因檢測
參考蘇治國等[9]報道的細(xì)菌毒力基因ureC、pmfA、zapA、mrpA、atfA、atfC 和ucaA 進(jìn)行引物設(shè)計,引物由蘇州金維智生物科技有限公司合成,引物序列、退火溫度和目的片段見表1。PCR 反應(yīng)體系為25 μL:2×EasyTaq PCR Super Mix 12.5 μL,濃度為20 μmol/L 的上、下游引物各0.5 μL,DNA 模板1 μL,ddH2O 10.5 μL。反應(yīng)條件同“1.2.2”項(xiàng)下。PCR 擴(kuò)增結(jié)束后,取5 μL 產(chǎn)物通過10 g/L 瓊脂糖凝膠電泳檢測,在凝膠成像系統(tǒng)內(nèi)拍照保存。
表1 細(xì)菌毒力基因的引物序列、退火溫度和目的片段
1.2.5 分離菌株的藥物敏感性試驗(yàn)
分別取分離純化后的菌液100 μL,在MHA 培養(yǎng)基上均勻涂布,將12 種藥敏片緊貼于平板上,37 ℃培養(yǎng)12 h,參照美國臨床和實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)協(xié)會(Clinical and Laboratory Standards Institute,CLSI)抗微生物藥物敏感性試驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn),根據(jù)抑菌圈大小對分離菌株進(jìn)行藥物敏感性試驗(yàn)結(jié)果判斷[10]。
在XLD 培養(yǎng)基上,有3 株分離菌呈淡黃色菌落,四周平滑,有光澤,中心呈黑色(見圖1A);挑取單菌落進(jìn)行革蘭染色,普通光學(xué)顯微鏡下觀察,可見細(xì)菌呈紅色,為兩端鈍圓和短桿狀的革蘭陰性菌(見圖1B)。經(jīng)形態(tài)學(xué)觀察,初步鑒定分離株屬變形桿菌屬。
圖1 分離株形態(tài)學(xué)觀察結(jié)果
基于細(xì)菌通用SSU rDNA 引物,對3 株分離菌的基因組DNA 樣本進(jìn)行PCR 擴(kuò)增,結(jié)果顯示,均成功擴(kuò)增出1 400 bp 左右的片段,與目的片段大小一致(見圖2)。
圖2 基于細(xì)菌SSU rDNA 的PCR 擴(kuò)增結(jié)果
3 株細(xì)菌分離株SSU rDNA 的PCR 產(chǎn)物經(jīng)測序、序列比對和BLAST 搜索,與我國廣東省獰貓?jiān)雌娈愖冃螚U菌分離株SSU rDNA 序列(GenBank登錄號:CP053718)同源性均為100%,與印度家蠅源奇異變形桿菌分離株序列(GenBank 登錄號:HQ407319)、我國深圳豬源奇異變形桿菌分離株序列(GenBank 登錄號:KF051776)和我國新疆牛源奇異變形桿菌分離株序列 (GenBank 登錄號:JQ975907)同 源 性 分 別 為99.70%、99.90% 和100%。結(jié)合形態(tài)學(xué)觀察結(jié)果和序列比對結(jié)果,3 株分離菌均鑒定為奇異變形桿菌。
基于SSU rDNA 構(gòu)建的種系進(jìn)化樹發(fā)現(xiàn),該研究所獲奇異變形桿菌序列與我國云南省豬源、河北省豬源、河南省雞源、黑龍江省牛源、黑龍江省貂源、廣東省獰貓?jiān)春陀《壬窖蛟雌娈愖冃螚U菌的序列同處于一個進(jìn)化支,形成一個亞群分支;與我國深圳豬源、加拿大牛源、哥倫比亞人源奇異變形桿菌的序列存在亞群分化;其他種類變形桿菌聚類形成一個進(jìn)化支;提示豬源奇異變形桿菌可能存在一定的遺傳變異(見圖3)。
圖3 奇異變形桿菌分離菌株基于SSU rDNA 序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹
采用PCR 法檢測3 株分離菌的7 個毒力基因,結(jié)果顯示,3 株分離株均能擴(kuò)增出ureC(375 bp)、pmfA(534 bp)、zapA(493 bp)、mrpA(410 bp)、atfA(365 bp)、atfC(472 bp)和ucaA(587 bp)基因條帶,目的片段大小與預(yù)期一致(見圖4)。
根據(jù)CLSI 藥敏試驗(yàn)判定標(biāo)準(zhǔn),3 株奇異變形桿菌分離株均對諾氟沙星、麥迪霉素、紅霉素、多黏菌素B、復(fù)方新諾明、克林霉素、慶大霉素、氯霉素、頭孢噻吩、四環(huán)素和米諾環(huán)素產(chǎn)生了耐藥性;分離株2 和分離株3 對頭孢西丁敏感,分離株1呈中介(見表2)。
表2 奇異變形桿菌的藥物敏感性試驗(yàn)結(jié)果
近年來,有關(guān)奇異變形桿菌多重耐藥菌株的報道中,除對呋喃妥因、四環(huán)素和多黏菌素天然耐藥外,對β-內(nèi)酰胺類、喹諾酮類藥物的耐藥性也不斷增多[11]。黎娜銘等[12]調(diào)查發(fā)現(xiàn)貴州省野豬源奇異變形桿菌對慶大霉素、諾氟沙星和氯霉素等藥物敏感,對氨芐西林、頭孢唑林、頭孢拉定、四環(huán)素、多西環(huán)素、呋喃唑酮等6 種藥物呈現(xiàn)不同程度耐藥;鄧紅玉等[13]調(diào)查發(fā)現(xiàn)福建省豬源奇異變形桿菌對四環(huán)素和諾氟沙星敏感,對阿米卡星、復(fù)方新諾明、紅霉素、卡那霉素、青霉素、鏈霉素、奧復(fù)星等7 種藥物呈現(xiàn)不同程度耐藥;馬婷婷等[14]調(diào)查發(fā)現(xiàn)廣西壯族自治區(qū)豬源奇異變形桿菌對頭孢西丁、頭孢他啶、大觀霉素、氨曲南等藥物敏感,對慶大霉素、氧氟沙星、左氟沙星等21 種藥物呈現(xiàn)不同程度耐藥。該研究發(fā)現(xiàn),分離到的3 株奇異變形桿菌均對諾氟沙星、麥迪霉素等11 種藥物產(chǎn)生了不同程度耐藥性,分離株2 和分離株3 對頭孢西丁敏感,分離株1 對頭孢西丁呈中介。研究結(jié)果提示不同地區(qū)豬源奇異變形桿菌耐藥性存在一定差異,應(yīng)結(jié)合該地區(qū)的具體養(yǎng)殖用藥情況,及時采集病料進(jìn)行實(shí)驗(yàn)室診斷和藥敏試驗(yàn),進(jìn)行針對性用藥。
尹有勤等[15]調(diào)查發(fā)現(xiàn),通遼地區(qū)1 株豬源奇異變形桿菌攜帶8 種毒力基因,分別為ureC、zapA、mrpA、ucaA、pmfA、atfA、atfC 和rsbA;Sun 等[16]從東北地區(qū)犬、貂、牛和家禽等4 種動物的614 份腹瀉糞便樣本中分離鑒定176(28.66%)株奇異變形桿菌,其中162(92.05%)株分離菌具有生物膜,其致病力明顯強(qiáng)于無生物膜的分離菌,研究結(jié)果發(fā)現(xiàn),奇異變形桿菌生物膜的形成與ureC、zapA、rsmA、hmpA、mrpA、atfA 和pmfA 等 基 因 顯 著 相關(guān)。該研究檢測發(fā)現(xiàn),分離鑒定的3 株豬源奇異變形桿菌攜帶7 種毒力基因,其中ureC、zapA、pmfA、mrpA 和atfA 等5 種毒力基因均與生物膜形成相關(guān),提示具有較強(qiáng)的毒力。
該研究自新疆某養(yǎng)殖場腹瀉仔豬糞便樣本中分離到3 株奇異變形桿菌。分離菌攜帶7 種毒力基因,具有多重耐藥性。研究結(jié)果提示該養(yǎng)殖場應(yīng)合理用藥,加強(qiáng)對仔豬奇異變形桿菌病的防治。