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突變EGFR PROTAC降解劑的設(shè)計與合成及活性研究

2023-03-28 06:52劉婷梅李文鎮(zhèn)張義文
關(guān)鍵詞:泛素孔板配體

劉婷梅,楊 瑜,王 欣,李文鎮(zhèn),張義文

四川大學(xué)華西醫(yī)院 腫瘤中心(成都 610041)

近年來,癌癥的死亡率逐年上升,肺癌所占的比例更是居高不下[1-4]。其中,非小細(xì)胞肺癌是一種與表皮生長因子受體基因(EGFR)密切相關(guān)的典型惡性腫瘤,嚴(yán)重危害著人類的健康[5-6]。EGFR是一種受體酪氨酸激酶(RTK)[7],由氨基末端胞外結(jié)構(gòu)域、跨膜結(jié)構(gòu)域和細(xì)胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域組成[8-9],在多種腫瘤組織中表達(dá),并通過與表皮生長因子等配體的結(jié)合來抑制腫瘤細(xì)胞凋亡。EGFR 酪氨酸激酶抑制劑的出現(xiàn)為肺癌病人帶來了曙光,可是一代又一代的上市藥物在治療一段時間后都出現(xiàn)了耐藥性[10-12]。

癌細(xì)胞可以輔助其它現(xiàn)有的RTK 信號通路,使受抑制的RTK繼續(xù)作為一個節(jié)點存在從而恢復(fù)下游的致癌信號,因此直接把RTK 降解而不是對激酶活性的抑制,可能是一種會產(chǎn)生更持久、完整的下游信號失活的策略[13],同時也直接避免了基因突變導(dǎo)致的耐藥。近幾年,PROTAC 憑借其可降解“不可成藥”的靶點而備受關(guān)注。其利用雙功能化合物與靶蛋白和E3 泛素連接酶形成三元復(fù)合物[14-15],能將靶蛋白泛素化標(biāo)記并降解,理論上能完美的避開基因突變而導(dǎo)致的耐藥性問題,并且還具備適用范圍廣、選擇性高、劑量小和毒副作用小等優(yōu)點,是靶向治療領(lǐng)域中一個很有前景的方向[16-18]。本研究選擇了目前處于臨床I 期的對EGFR19del以及EGFRL858R均有效的藥物AZD-3759 作為靶蛋白配體[18],E3泛素連接酶則選擇了VHL這個已被報道適用于PROTAC 的配體,設(shè)計合成了7 個化合物,并評價了其活性。

1 材料與方法

1.1 實驗試劑

CCK8(Sigma),E746-A750del抗體(CST),周期檢測試劑盒(BD Phamingen RPMI),PIPA 裂解液(上海雅酶生物科技有限公司),BSA(Solarbio),超敏化學(xué)發(fā)光液(CST);其他試劑均為市場售分析純。

1.2 主要儀器

Bruker-AMX 400 核磁共振儀(德國布洛克公司),Agilent ESI-TOF 高分辨質(zhì)譜儀(美國麥克柔曼斯公司),瓊脂糖凝膠電泳儀(君意),酶標(biāo)儀(Bio-Rad),流式細(xì)胞儀(艾森),高速離心機(jī)(Eppendorf),化學(xué)發(fā)光儀(上海勤翔)。

1.3 化合物合成

以對EGFR19del和EGFRL858R均有效的藥物AZD-3759 作為靶蛋白配體進(jìn)行修飾,選擇靠近溶劑側(cè)的哌嗪環(huán)的氮連接linker,E3 泛素連接酶配體選擇VHL;linker主要是不同長度的PEG鏈或不同長度的直碳鏈,設(shè)計合成7個化合物,具體合成路線見圖1、圖2。

圖1 VHL的合成試劑和條件Figure 1 Synthetic reagents and conditions for VHL

圖2 EGFR19del突變型PROTAC化合物的合成試劑及條件Figure 2 Reagents and conditions for the synthesis of EGFR19del mutant PROTAC compounds

1.4 藥理實驗方法

1.4.1 CCK8 抗腫瘤細(xì)胞增殖實驗 將對數(shù)生長的細(xì)胞接種到96孔板,每孔約3 000個,37 ℃恒溫培養(yǎng)24 h。將待測化合物按一定濃度梯度分別加入96孔板,每個濃度3 個復(fù)孔,設(shè)置3 個DMSO 對照組以及3 個只接種細(xì)胞的完全空白對照。在化合物對細(xì)胞作用96 h后每孔加入15 μL CCK-8 試劑,孵箱內(nèi)避光1.25 h 后測定450 nm 下的OD值。最后用GraphPad Prism8 擬合IC50值[19]。

1.4.2 Western blot蛋白降解實驗

1.4.2.1 蛋白樣品的制備 細(xì)胞接種于6 孔板,每孔約50萬細(xì)胞,培養(yǎng)24 h待細(xì)胞貼壁。棄去原培養(yǎng)基,將其換為無血清培養(yǎng)基8 h 后加入相應(yīng)化合物。作用24 h后拿出培養(yǎng)板,先將帶細(xì)胞的培養(yǎng)基吸到BD 管,各加入500 μL胰酶,放入孵箱10 min,離心(3 000 r,3 min),離心后倒掉液體,加入1 mL PBS,并將離心成團(tuán)的細(xì)胞輕輕吹起,轉(zhuǎn)移到EP 管再離心,進(jìn)行兩次。洗滌后的細(xì)胞加入裂解液和1%蛋白酶抑制劑(300+3 μL),裂解5 min吹打細(xì)胞,到10 min結(jié)束,然后4 ℃離心(15 000 r,10 min)。蛋白定量。取40 μL 蛋白上清,加入10 μL SDS-PAGE 上樣緩沖液,煮沸10 min,放-20 ℃?zhèn)溆?。根?jù)得到的蛋白濃度及10 μg 上樣量計算所需上樣體積。

1.4.2.2 SDS-PAGE 凝膠電泳和轉(zhuǎn)膜 將電泳后的膠取出,根據(jù)目標(biāo)條帶和內(nèi)參位置切下所需要的部分,小心轉(zhuǎn)移到鋪好4 層濾紙的負(fù)極三明治模具上,趕走氣泡。剪下PVDF 膜做好標(biāo)記,用甲醇浸泡15 s,然后放至轉(zhuǎn)移緩沖液中平衡然后放到膠上,趕走氣泡,再鋪上4 層濾紙。裝配好轉(zhuǎn)膜三明治放進(jìn)電泳槽,轉(zhuǎn)膜電壓設(shè)置為100 V,內(nèi)參和目的蛋白分別轉(zhuǎn)1 h 和2 h。然后在5 %脫脂牛奶的TBST 緩沖液中室溫封閉1 h。

1.4.2.3 免疫雜交染色 用TBST 洗滌封閉好的PVDF膜3次,每次約5 min。加入一抗并用雜交膜封閉,4 ℃震蕩孵育過夜后用TBST 洗滌封閉好的PVDF 膜3 次,每次10 min。按說明書配置二抗,雜交袋中室溫孵育30 min再轉(zhuǎn)到37 ℃震蕩30 min,繼續(xù)用TBST洗滌3次,TBS洗滌1次。最后配置顯影液,顯影曝光拍照[20-21]。

1.4.3 流式實驗探究PROTAC分子抗增殖機(jī)理 細(xì)胞處理:培養(yǎng)PC-9細(xì)胞,細(xì)胞用胰酶消化10 min,終止消化,離心重懸計數(shù),鋪到6 孔板。用不同濃度化合物(0、0.01、0.1、0.5、1 μM)處理細(xì)胞。檢測:將化合物作用32 h后的細(xì)胞離心,PBS洗滌,加入預(yù)冷的70%乙醇4°C過夜。將周期檢測試劑盒中的RnaseA 和PI按1:9配置,現(xiàn)配現(xiàn)用細(xì)胞離心并用PBS洗滌,加入500 μL配置好的染液,上機(jī)檢測[22]。

2 結(jié)果

2.1 目標(biāo)化合物的制備

通過上述反應(yīng)路線,制備了7個目標(biāo)化合物,分別是AZDV-P1、AZDV-P2、AZDV-P3、AZDV-5、AZDV-7、AZDV-9 和AZDV-10,目標(biāo)化合物均用核磁和質(zhì)譜等波譜手段進(jìn)行表征。

2.2 化合物對腫瘤細(xì)胞的抗增殖活性

用CCK-8檢測目標(biāo)化合物對PC-9、H1975和A549等3 種腫瘤細(xì)胞的半數(shù)抑制濃度(IC50),AZD-3759 作為陽性對照,實驗結(jié)果如表1所示。

表1 AZDV系列化合物對不同腫瘤細(xì)胞的抗增殖活性(n=3,IC50±SD)Table 1 Antiproliferative activity of AZDV series compounds on different tumor cells(n=3,IC50±SD)

2.3 化合物引起蛋白降解

為了探究上述抗增殖活性較好的3 個PROTAC 化合物(AZDV-P1、AZDV-9 和AZDV-10)以及陽性對照化合物是否有引起EGFR蛋白降解的效果,從8~5 000 nM 設(shè)置了6 個濃度,用Western Blot 對其進(jìn)行驗證,實驗結(jié)果如圖3A 所示。為了確認(rèn)PROTAC 化合物是否表現(xiàn)出“勾效應(yīng)”,對效果較好的兩個化合物(AZDV-P1和AZDV-10)從0.01~5 000 nM 設(shè)計了9 個濃度,實驗結(jié)果如圖3B所示。

圖3 不同濃度化合物處理后EGFR19del蛋白的表達(dá)情況Figure 3 Expression of EGFR19del protein after treatment with different concentrations of compounds

2.4 化合物作用機(jī)理探究

為了探究化合物發(fā)揮作用機(jī)理并結(jié)合前人所做研究中PROTAC 化合物的作用機(jī)理,用細(xì)胞流式儀進(jìn)行了化合物AZDV-9和AZDV-P1阻滯細(xì)胞周期的探究,實驗結(jié)果如圖4、圖5所示。

圖4 AZDV-9對細(xì)胞周期的影響Figure 4 Effects of AZDV-9 on the cell cycle

圖5 AZDV-P1對細(xì)胞周期的影響Figure 5 Effects of AZDV-P1 on the cell cycle

3 討論

從表1 可以看出,AZDV 系列化合物對PC-9 細(xì)胞(EGFR19del)的IC50值均小于1 μM,其中AZDV-9 和AZDV-P1的IC50值在10 nM左右,AZDV-10為81.1 nM,均高于AZD-3759 的IC50值(5.6 nM)。為進(jìn)一步了解AZDV系列化合物的選擇性,檢測了其對雙突變細(xì)胞系H1975(EGFRT790M/L858R)以及野生型A549(EGFRwt)的抑制效果,發(fā)現(xiàn)效果遠(yuǎn)不如PC-9 細(xì)胞,10 μM 以內(nèi)僅個別化合物抑制率達(dá)到50%,也說明該系列化合物選擇性較好。

從圖3A可以看出化合物AZD-3759和AZDV-9幾乎沒有降解效果,而化合物AZDV-P1 和AZDV-10 均能導(dǎo)致靶蛋白降解,但是在低濃度下降解效果較好,增加濃度效果反而減弱。對于兩個沒有蛋白降解的化合物,AZD-3759 不是PROTAC 化合物,本身是通過與ATP競爭結(jié)合EGFR阻斷下游通路發(fā)揮作用,所以不會引起蛋白降解;對于AZDV-9推測它的IC50較低主要是抑制劑本身發(fā)揮作用(而不是PROTAC 效應(yīng)的結(jié)果)。AZDV-P1和AZDV-10均能引起蛋白降解,且能觀測到勾效應(yīng)??傊?,通過蛋白降解實驗對PROTAC 化合物進(jìn)行驗證,表明AZDV-P1 和AZDV-10 均能引起蛋白降解,并且觀測到了勾效應(yīng)。

從圖4、圖5 可以看出,AZDV-P1 有效且也能觀測到勾效應(yīng),能將周期阻滯在G1 期。AZDV-9 效果不太明顯,這方面跟WB 結(jié)果比較吻合,說明AZDV-9 發(fā)揮作用的方式可能不是PROTAC效應(yīng)。

4 結(jié)論與啟示

19 號外顯子突變中最常見的就是746~750 位密碼子缺失,約占EGFR總的突變類型的40%~50%[23],并且作為一線治療首選的上市一代和二代藥對19 號外顯子突變病人效果顯著,美中不足的是很快就發(fā)生耐藥性[24-25]。本研究設(shè)計并合成一系列靶向EGFR的PROTAC 化合物,對化合物的抗腫瘤活性和機(jī)制進(jìn)行了探究,結(jié)果顯示AZDV-P1 和AZDV-10 均能引起蛋白降解,并觀測到了勾效應(yīng)。這一研究結(jié)果或能為克服EGFR耐藥提供一個新的方向。

(利益沖突無)

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