閆墨,劉帥兵,王楷斌,陳銘哲,楊闊
(天津醫(yī)科大學(xué)第二醫(yī)院泌尿外科,天津市泌尿外科研究所,天津 300211)
睪丸生殖細(xì)胞瘤雖然只占男性腫瘤總數(shù)的1%~2%,但是卻在15~35歲男性中有著較高的發(fā)病率,是該年齡段男性最常見(jiàn)的惡性實(shí)體腫瘤[1]。睪丸生殖細(xì)胞瘤可分為精原細(xì)胞瘤和非精原細(xì)胞瘤。精原細(xì)胞瘤和非精原細(xì)胞瘤分別占總病例數(shù)的60%和40%。Ⅰ期精原細(xì)胞瘤患者的5年特異性生存率可高達(dá)99.6%,且放化療對(duì)其有極佳的治療效果,但是Ⅱ期、Ⅲ期患者的總生存率則低至50%,同時(shí)伴隨著相對(duì)較大比例的復(fù)發(fā)[2-3]。
腫瘤細(xì)胞為了自身增殖和適應(yīng)環(huán)境的需要,細(xì)胞內(nèi)部的生物合成和代謝途徑均會(huì)發(fā)生適應(yīng)性的變化[4]。脂代謝作為諸多代謝途徑的一種,在腫瘤細(xì)胞膜生物合成、細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、脂化反應(yīng)以及細(xì)胞代謝供能等方面發(fā)揮重要作用,通常在轉(zhuǎn)變?yōu)閻盒员硇偷哪[瘤中,會(huì)發(fā)生較大的變化[5]。脂肪酸結(jié)合蛋白1(fatty acid binding protein,F(xiàn)ABP1)分子量為14 kD,是一種可溶性蛋白,由127個(gè)氨基酸構(gòu)成,主要在脂肪酸的攝取、運(yùn)輸、代謝和細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)運(yùn)等方面發(fā)揮功能,同時(shí)在調(diào)節(jié)脂代謝以及細(xì)胞信號(hào)通路中也起到非常重要的作用。Wu等[6]發(fā)現(xiàn)FABP1在腎透明細(xì)胞癌中與轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子-β1(TGF-β1)、過(guò)氧化物酶體增殖物激活受體α(PPAR α)和脂蛋白脂肪酶(LPL)共表達(dá),且可以作為重要的腎透明細(xì)胞癌腫瘤標(biāo)志物;Liu等[7]發(fā)現(xiàn),F(xiàn)ABP1表達(dá)隨胃癌的進(jìn)展逐漸降低,同時(shí)伴隨著不良的預(yù)后,而這種不良的預(yù)后可能與其調(diào)節(jié)胃癌發(fā)展過(guò)程中的免疫微環(huán)境的作用相關(guān)。
筆者通過(guò)分析精原細(xì)胞瘤相關(guān)表達(dá)譜數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)FABP1在Ⅱ期、Ⅲ期精原細(xì)胞瘤中有明顯的表達(dá)升高,這能顯著影響患者的無(wú)進(jìn)展生存。另外,F(xiàn)ABP1與脂代謝相關(guān)基因顯著相關(guān),不同表達(dá)的樣本中的免疫浸潤(rùn)也有明顯差異,這將有助于理解精原細(xì)胞瘤進(jìn)展過(guò)程中FABP1的作用機(jī)制。
1.1 數(shù)據(jù)資料下載與組織標(biāo)本獲取 從TCGA(The C ancer Genome Atlas,https://portal.gdc.cancer.gov/)和GTEx(Genotype-Tissue Expression Program,https://commonfund.nih.gov/gtex)下載精原細(xì)胞瘤(n=156)及睪丸正常組織(n=165)RNA-seq、臨床生存及甲基化數(shù)據(jù),以上為剔除缺失RNA與臨床數(shù)據(jù)后最終納入分析的數(shù)量。從GSEA(Gene Set Enrichment Analysis,http://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp)獲取的代謝相關(guān)基因集分別為甘油酯代謝(GLYCEROLIPID_METABOLIC_PROCESS)、脂蛋白生物合成(LIPOPROTEIN_BIOSYNTHETIC_PROCESS)、脂蛋白代謝(LIPOPROTEIN_METABOLIC_PROCESS)、膜脂質(zhì)代謝(MEMBRANE_LIPID_METABOLIC_PRO CESS)、磷脂生物合成(PHOSPHOLIPID_BIOSYN THETIC_PROCESS)以及磷脂代謝(PHOSPHOLIPID_METABOLIC_PROCESS),ISBN:0198506732。收 集病理科石蠟包埋的不同級(jí)別精原細(xì)胞瘤組織,每組3例。醫(yī)院倫理委員會(huì)(NO.KY2014K112)批準(zhǔn)這項(xiàng)研究并且所有患者均簽署了知情同意書。
1.2 脂代謝相關(guān)差異基因篩選DESeq2包(v1.26.0)用來(lái)對(duì)Ⅰ期(n=80)以及Ⅱ、Ⅲ期(n=58)精原細(xì)胞瘤樣本RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析,篩選標(biāo)準(zhǔn)為|log2(FC)|≥1且P.adj<0.05,同時(shí)對(duì)差異分析得到的基因用Ensembl101(http://ftp.ensembl.org/pub/release-101/gtf/homo_sapiens/)進(jìn)行分子類型的注釋。將獲取的差異表達(dá)基因(DEGs)與GSEA中6組代謝相關(guān)基因集中的基因取交集,得到在精原細(xì)胞瘤進(jìn)展過(guò)程中與脂代謝相關(guān)的差異表達(dá)基因(MRGs)。
1.3 免疫組織化學(xué)法檢測(cè) 按照通用型二步法免疫組化試劑盒(PV-9000)說(shuō)明書中操作對(duì)FABP1(1∶500,Anti-Rabbit,Proteintech Group)進(jìn)行染色。由3名經(jīng)驗(yàn)豐富的病理科醫(yī)師分別在相同條件下各自閱片,每張片子隨機(jī)選取5個(gè)高倍鏡視野觀察,目標(biāo)細(xì)胞胞漿出現(xiàn)淡黃色至棕黃色為陽(yáng)性染色。根據(jù)染色強(qiáng)度對(duì)切片進(jìn)行評(píng)價(jià):陰性或未染色(無(wú)著色);弱陽(yáng)性(淺黃色);中等陽(yáng)性(黃色或者黃褐色);強(qiáng)陽(yáng)性(棕色)。
1.4 MRGs的相關(guān)性、共表達(dá)、甲基化以及免疫浸潤(rùn)分析 將1.2分析得到的MRGs進(jìn)行相關(guān)性分析,共表達(dá)分析及甲基化分析。GSVA包[8](v1.34.0)和estimate包[9](v1.0.13)用來(lái)分析精原細(xì)胞瘤RNA-Seq數(shù)據(jù),評(píng)估精原細(xì)胞瘤患者TME中基質(zhì)細(xì)胞比例和免疫細(xì)胞的浸潤(rùn)情況。相關(guān)系數(shù)的絕對(duì)值范圍0~1,絕對(duì)值小于0.3為弱相關(guān)或不相關(guān);絕對(duì)值介于0.3~0.5為一般相關(guān)程度;絕對(duì)值介于0.5~0.8為中等程度相關(guān);絕對(duì)值大于0.8為強(qiáng)相關(guān)。
1.5 生存分析Survival包(v3.2-10)用來(lái)進(jìn)行生存資料的統(tǒng)計(jì)分析,survminer包(v0.4.9)用于生存數(shù)據(jù)的可視化。
1.6 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理R(v3.6.3)用于數(shù)據(jù)整理、統(tǒng)計(jì)分析與可視化。由Pearson秩和檢驗(yàn)進(jìn)行相關(guān)性分析。生存數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)方法為Cox回歸。P<0.05表示差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
2.1 DEGs與MRGs分析結(jié)果 對(duì)精原細(xì)胞瘤RNA-seq數(shù)據(jù)分析后,共注釋出56 493個(gè)基因,其中編碼mRNA 19 577個(gè),lnRNA 14 077個(gè),miRNA 1 448個(gè)。滿足差異基因篩選條件的mRNA編碼基因共有1 865個(gè),其中上調(diào)基因1 462個(gè),下調(diào)基因403個(gè)(圖1A)。去除GSEA下載的6組脂代謝相關(guān)基因集中的重復(fù)基因后獲得691個(gè)脂代謝相關(guān)基因,與DEGs取交集后共有65個(gè)MRGs,見(jiàn)圖1B。MRGs FABP1的log2(FC)=5.96,P.adj=1.63E-27,差異倍數(shù)與P值極為顯著;FABP1在Ⅱ/Ⅲ期精原細(xì)胞瘤中有著明顯的表達(dá)差異(P<0.001,圖1C);免疫組化結(jié)果顯示FABP1在高級(jí)別精原細(xì)胞瘤中有著更高的表達(dá)水平(圖1D)。
圖1 DRGs和MRGs的差異表達(dá)基因篩選Fig 1 Differential expression genes screening in DRGs and MRGs
2.2 FABP1與MRGs的相關(guān)性、共表達(dá)及甲基化分析 從MRGs中篩選出差異顯著上調(diào)基因堿性鞘磷脂酶(ENPP7)、載脂蛋白A2(APOA2)、磷脂酶A2 XII B(PLA2G12B)、載脂蛋白B(APOB)、載脂蛋白A4(APOA4)、細(xì)胞色素P450 2W1(CYP2W1)、載脂蛋白H(APOH)、載脂蛋白C3(APOC3)、二?;视图っ甫剩―GKK)和下調(diào)基因超長(zhǎng)鏈脂肪酸延伸酶3(ELOVL3)、二?;视蚈-?;D(zhuǎn)移酶2樣蛋白6(DGAT2L6)、二?;视蚈-酰基轉(zhuǎn)移酶2樣蛋白4(DGAT2L4、AWAT2)、甘油激酶2(GK2),相關(guān)性分析結(jié)果顯示FABP1與各基因均有顯著的相關(guān)關(guān)系(P<0.01,圖2A)。精原細(xì)胞瘤樣本中FABP1與上調(diào)MRGs共表達(dá)分析結(jié)果按照相關(guān)性強(qiáng)弱進(jìn)行排序,F(xiàn)ABP1與各基因均有顯著的共表達(dá)關(guān)系(P<0.001,圖2B);除APOB和APOA4和FABP1有強(qiáng)相關(guān)關(guān)系外,其余各指標(biāo)均與FABP1有中等相關(guān)強(qiáng)度;熱圖顯示在低表達(dá)FABP1的精原細(xì)胞瘤樣本中,各指標(biāo)的表達(dá)低,高表達(dá)FABP1樣本中各指標(biāo)的表達(dá)高,顯示出表達(dá)的一致性。下調(diào)MRGs的DNA甲 基 化 分 析 表 明 除 了GK2,ELOVL3、DGAT2L6、AWAT2在不同的甲基化探針中均存在較高程度的DNA甲基化(P<0.001,圖3)。
圖3 表達(dá)下調(diào)的MRGs在不同甲基化探針中的甲基化水平Fig 3 Methylation levels of down-regulated MRGs in different methylation probes
2.3 FABP1的免疫浸潤(rùn)分析24種免疫細(xì)胞的免疫浸潤(rùn)分析結(jié)果表明,F(xiàn)ABP1的表達(dá)與自然殺傷(NK)細(xì)胞、NK CD56 bright細(xì)胞、肥大細(xì)胞、γδ(gamma-delta,Tgd)T細(xì)胞、未成熟樹突狀(iDC)細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和樹突狀(DC)細(xì)胞存在顯著正相關(guān)(P<0.01,圖2C),其中與NK細(xì)胞,NK CD56 bright細(xì)胞存在中等強(qiáng)度以上相關(guān);FABP1和NK CD56dim bright細(xì)胞、活化樹突狀(aDC)細(xì)胞、輔助性T細(xì)胞17(Th17)、調(diào)節(jié)性T細(xì)胞(Treg)、細(xì)胞毒性細(xì)胞、B細(xì)胞、T細(xì)胞、中央記憶型T細(xì)胞和輔助性T細(xì)胞存在顯著負(fù)相關(guān)(P<0.01,圖2C),其中與中央記憶型T細(xì)胞和輔助性T細(xì)胞的相關(guān)性強(qiáng)度較強(qiáng)。精原細(xì)胞瘤中與腫瘤微環(huán)境相關(guān)的基質(zhì)細(xì)胞與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的結(jié)果顯示高表達(dá)FABP1較低表達(dá)的腫瘤樣本,基質(zhì)得分高,而免疫浸潤(rùn)得分與估計(jì)得分低(圖2D)。
圖2 FABP1與MRGs的相關(guān)性、共表達(dá)以及免疫浸潤(rùn)分析Fig 2 Correlation,co-expression and immune infiltration analysis between FABP1 and MRGs
2.4 生存分析結(jié)果 高FABP1表達(dá)患者的無(wú)進(jìn)展生存期較短。FABP1共表達(dá)脂代謝基因PLA2G12B、APOB、APOA2、APOC3、APOA4和CYP2W1的 生 存 結(jié)果與FABP1一致;而在精原細(xì)胞瘤中低表達(dá)的MRGs如DGAT2L6與AWAT2則顯示相反的生存結(jié)果(P<0.01,圖4)。
圖4 FABP1與各指標(biāo)高低表達(dá)組無(wú)進(jìn)展生存期比較的生存曲線Fig 4 Survival curve of comparison of progression-free survival time in FABP1 and other genes high-low expression group
睪丸生殖細(xì)胞瘤作為15~35歲年輕男性中發(fā)病率較高的實(shí)體惡性腫瘤,因其發(fā)病的特殊性,往往對(duì)該年齡段男性的正常生活造成較大影響,除導(dǎo)致不育外,甚至?xí)够颊弋a(chǎn)生不良預(yù)后而死亡,精原細(xì)胞瘤作為其中重要的類型更應(yīng)給予足夠的關(guān)注[10]。因?yàn)棰衿诰?xì)胞瘤患者具有極佳的生存率,所以為了在精原細(xì)胞瘤進(jìn)展過(guò)程中鑒別其有無(wú)向高級(jí)別腫瘤進(jìn)展的傾向,將TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中Ⅱ期、Ⅲ期與Ⅰ期精原細(xì)胞瘤作差異表達(dá)分析篩選出FABP1及相關(guān)脂代謝相關(guān)差異基因。同時(shí)分析了FABP1與MRGs的相關(guān)性與共表達(dá)關(guān)系,MRGs在不同甲基化探針中甲基化的情況,不同表達(dá)的FABP1與腫瘤中免疫細(xì)胞的免疫浸潤(rùn)關(guān)系以及表達(dá)FABP1與MRGs患者的生存差異。筆者認(rèn)為,F(xiàn)ABP1可能通過(guò)調(diào)節(jié)腫瘤細(xì)胞與腫瘤微環(huán)境中免疫細(xì)胞的脂代謝途徑,增強(qiáng)腫瘤細(xì)胞的增殖與轉(zhuǎn)移能力,減弱免疫細(xì)胞對(duì)腫瘤細(xì)胞的殺傷作用,從而介導(dǎo)精原細(xì)胞瘤的進(jìn)展。FABP1具有成為鑒別精原細(xì)胞瘤進(jìn)展以及潛在治療靶點(diǎn)的標(biāo)志物的潛力。
細(xì)胞增殖是腫瘤的共性,而腫瘤的轉(zhuǎn)移往往意味著預(yù)后不良,在此過(guò)程中,腫瘤細(xì)胞通常具有特征性的脂代謝變化,需要脂肪酸來(lái)合成細(xì)胞膜和細(xì)胞活動(dòng)所需的信號(hào)分子[11-12]。Nieman等[13]發(fā)現(xiàn),F(xiàn)ABP4在卵巢癌網(wǎng)膜轉(zhuǎn)移灶中較原發(fā)性卵巢癌中表達(dá)增多,作為腫瘤細(xì)胞中脂質(zhì)運(yùn)輸?shù)慕橘|(zhì),在腫瘤生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移過(guò)程中起到關(guān)鍵作用。FABP1在Ⅱ期、Ⅲ期精原細(xì)胞瘤中差異表達(dá)升高極為明顯,通過(guò)分析FABP1與其MRGs之間的共表達(dá)與相關(guān)關(guān)系,發(fā)現(xiàn)FABP1與APOB、APOA4、PLA2G12B、APOC3、APOA2、DGKK、CYP2W1、ENPP7共表達(dá),這些基因編碼蛋白參與脂質(zhì)運(yùn)輸和細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞信號(hào)的傳遞;FABP1與ELOVL3、DGAT2L6、DGAT2L4、AWAT2和GK2呈負(fù)相關(guān),對(duì)下調(diào)的MRGs進(jìn)行甲基化分析,其中ELOVL3、DGAT2L6、AWAT2有較高的甲基化水平。DAGT可通過(guò)增加脂質(zhì)的存儲(chǔ)來(lái)減少可用脂質(zhì)[11]。Bagnato等[14]發(fā)現(xiàn)DGAT1在人成纖維細(xì)胞中過(guò)表達(dá)可降低其增殖與侵襲性;而ELOVL3則能夠參與形成脂滴、調(diào)控脂類合成以及增強(qiáng)脂肪細(xì)胞脂肪酸氧化能力[12]。綜上所述,F(xiàn)ABP1可能通過(guò)與脂代謝相關(guān)基因共同作用,增強(qiáng)精原細(xì)胞瘤細(xì)胞對(duì)脂肪酸攝入的同時(shí),增加可用脂質(zhì)以及減少脂肪酸氧化,進(jìn)而提高腫瘤細(xì)胞的增殖與遷移能力。
腫瘤免疫微環(huán)境是腫瘤細(xì)胞周圍存在的免疫細(xì)胞以及具有免疫調(diào)節(jié)功能的物質(zhì)的總稱,是腫瘤微環(huán)境的重要組成部分[15]。腫瘤免疫微環(huán)境在腫瘤發(fā)生、發(fā)展中發(fā)揮重要的調(diào)節(jié)作用,如促進(jìn)腫瘤細(xì)胞免疫耐受以及腫瘤免疫逃逸等[16]。在調(diào)控過(guò)程中,腫瘤細(xì)胞不是簡(jiǎn)單地增長(zhǎng),而是在積極主動(dòng)的調(diào)整自身,與免疫細(xì)胞相互影響,采取各種策略如限制免疫細(xì)胞獲取營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)來(lái)使腫瘤免疫延后、改變乃至完全停止,在晚期腫瘤中,這種機(jī)制會(huì)變得尤其精妙且復(fù)雜[4,17]。同樣,免疫細(xì)胞也會(huì)發(fā)生改變來(lái)適應(yīng)腫瘤發(fā)展,例如惡性腫瘤細(xì)胞和調(diào)節(jié)性T細(xì)胞可以驅(qū)動(dòng)T細(xì)胞發(fā)生衰老。衰老的T細(xì)胞表現(xiàn)出不平衡的脂代謝。這種不平衡的脂代謝會(huì)改變脂質(zhì)種類和T細(xì)胞中脂滴的積累[18]。通過(guò)生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),脂代謝基因FABP1在精原細(xì)胞瘤中具有較高的差異表達(dá),并可能通過(guò)調(diào)節(jié)脂代謝來(lái)發(fā)揮特定的作用。這一過(guò)程同樣可能發(fā)生在其腫瘤免疫微環(huán)境中。筆者首先通過(guò)ssGSEA算法評(píng)估了FABP1與24種免疫細(xì)胞的浸潤(rùn),發(fā)現(xiàn)在高表達(dá)FABP1樣本中存在更高比例的NK細(xì)胞及NK CD56 bright細(xì)胞浸潤(rùn);在低表達(dá)FABP1樣本中存在更高比例的輔助性T細(xì)胞與中央記憶型T細(xì)胞浸潤(rùn)。接著利用estimate算法評(píng)估精原細(xì)胞瘤中各成分情況,發(fā)現(xiàn)高表達(dá)FABP1的腫瘤中基質(zhì)成分升高,這與基質(zhì)細(xì)胞能夠支持腫瘤生長(zhǎng)是一致的;免疫浸潤(rùn)及腫瘤細(xì)胞比例均降低,說(shuō)明免疫微環(huán)境在精原細(xì)胞瘤不同階段中產(chǎn)生了較大的變化,在Ⅰ期主要以適應(yīng)性免疫細(xì)胞為主,而在Ⅱ、Ⅲ期以固有免疫細(xì)胞為主,且免疫浸潤(rùn)程度顯著降低,F(xiàn)ABP1可能在這一過(guò)程中通過(guò)調(diào)節(jié)脂肪酸代謝發(fā)揮關(guān)鍵作用,高表達(dá)FABP1的腫瘤細(xì)胞與免疫細(xì)胞競(jìng)爭(zhēng)性攝取脂肪酸,從而改變精原細(xì)胞瘤的免疫微環(huán)境。
FABP1與相關(guān)MRGs的Kaplan-Meier生存曲線差異顯著,這意味著可以通過(guò)針對(duì)相關(guān)靶點(diǎn)來(lái)改善患者預(yù)后,延長(zhǎng)生存時(shí)間。綜上所述,本研究認(rèn)為精原細(xì)胞瘤在進(jìn)展過(guò)程中可能發(fā)生脂肪酸代謝重編程,腫瘤細(xì)胞以FABP1為代表與MRGs相互作用,通過(guò)調(diào)控腫瘤細(xì)胞的脂質(zhì)運(yùn)輸與細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)導(dǎo)信號(hào)的合成來(lái)增強(qiáng)腫瘤的增殖與遷移能力,在此過(guò)程中,腫瘤細(xì)胞競(jìng)爭(zhēng)性攝取脂肪酸,改變腫瘤免疫微環(huán)境,進(jìn)而降低患者預(yù)后,這為理解FABP1在腫瘤進(jìn)展中發(fā)揮的作用具有一定的啟發(fā)。脂代謝在精原細(xì)胞瘤細(xì)胞中的具體機(jī)制,還需要進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)研究,探索FABP1作為潛在的診斷標(biāo)志物與治療靶點(diǎn)在其中發(fā)揮的具體作用以及其與免疫調(diào)節(jié)的關(guān)系,為精原細(xì)胞瘤的發(fā)生進(jìn)展提供理論依據(jù)。
天津醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào)2022年6期