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CUT&Tag技術在代謝組織細胞的實驗操作

2022-11-21 07:49:50張子寅周燕萍孟卓賢
遺傳 2022年10期
關鍵詞:磁珠磁力文庫

張子寅,周燕萍,孟卓賢

實驗操作指南

CUT&Tag技術在代謝組織細胞的實驗操作

張子寅1,2,周燕萍1,2,孟卓賢1,2

1. 浙江大學醫(yī)學院病理學與病理生理學系,杭州 310058 2. 浙江大學醫(yī)學院浙江省疾病蛋白質組學重點實驗室,杭州 310058

染色體靶向切割和標簽化(clevage under target and tagment, CUT&Tag)技術利用Tn5轉座酶與Protein A/G的融合蛋白,引導Tn5酶至與靶蛋白結合的抗體附近,對靶蛋白結合的附近染色質區(qū)域進行切割,隨后通過標簽化處理對片段化染色質進行文庫制備,并利用高通量測序技術獲取特定位點或蛋白質結合位置的染色質信息。CUT&Tag技術在蛋白質和DNA相互作用的研究領域起到了重大作用,不僅可以了解組蛋白修飾發(fā)生的位置,而且可以明確轉錄因子結合的區(qū)域。相較于傳統(tǒng)的染色質免疫沉淀高通量測序(chromatin immunoprecipitation- sequencing, ChIP-seq)技術,CUT&Tag技術具有信噪比高、可重復性好、實驗周期短、細胞投入量低等優(yōu)點,在早期胚胎發(fā)育、干細胞、腫瘤以及表觀遺傳學等研究領域體現(xiàn)出巨大優(yōu)勢。本文將針對CUT&Tag在代謝組織細胞(以小鼠原代胰島細胞為例)的具體操作步驟進行描述,以提供一種研究代謝細胞的表觀遺傳學方法。

CUT&Tag;組蛋白修飾;操作步驟;代謝組織細胞

蛋白質與DNA的相互作用是基因轉錄調控的關鍵,也是啟動基因轉錄的前提。能夠與DNA互作的蛋白質主要包括組蛋白、轉錄因子、DNA甲基化酶和染色質重塑復合物等。為了研究蛋白質-DNA互作,科學家發(fā)明了很多方法:凝膠阻滯、DNaseⅠ足跡實驗、甲基化干擾、體內足跡、酵母雜交、ChIP- seq等。其中ChIP-seq可以真實、完整地反映結合在DNA序列上的靶蛋白,是一種研究蛋白質-DNA互作的傳統(tǒng)且經(jīng)典的方法[1]。但該技術需要投入大量細胞、步驟繁瑣、耗時較長、得到的數(shù)據(jù)背景較高且需要的測序量大、實驗重復性差,這些缺點限制了其在低起始細胞量實驗上的應用。因此,研究者在不斷尋找新的替代方法。CUT&Tag是近年興起的一種新型蛋白質–DNA相互作用研究方法[2],該方法利用Protein A/G能和抗體相互作用的原理,通過融合的Protein A/G-Tn5轉座子,將轉座體富集在靶抗體周圍的區(qū)域,從而實現(xiàn)目標特異性的片段化反應。相較于傳統(tǒng)的ChIP-seq,CUT&Tag操作相對簡單、無需甲醛交聯(lián)、信噪比較高、所需測序量少,且適用于極低起始量和單細胞的應用場景[3]。CUT&Tag的主要流程包括:(1)ConA beads和細胞結合;(2)表面活性劑digitonin透化細胞,并進行一抗和二抗孵育;(3)洗去多余的抗體,通過ProteinA/ G-Tn5轉座體使其結合在靶位點附近;(4)洗去多余的轉座體,通過鎂離子的活化轉座體作用,在37℃的條件下進行片段化反應;(5)加入SDS終止反應,乙醇沉淀DNA片段;(6)進行PCR建庫以及二代測序獲取文庫信息[4]。本文將以小鼠原代胰島細胞為例,針對CUT&Tag在代謝組織細胞的具體操作步驟進行描述。

1 儀器與材料

實驗所需的儀器、試劑和耗材詳見表1。

2 試劑配制

2.1 結合試劑(Binding buffer)

取200 μL 1 mol/L pH 7.9 HEPES、100 μL 1 mol/L KCl、10 μL 1 mol/L CaCl2、10 μL 1 mol/L MnCl2,使用雙蒸水定容至10 mL配制成Binding buffer。Binding buffer可在4℃保存6個月。

2.2 洗滌試劑(Wash buffer)

取1mL 1 mol/L pH 7.5 HEPES、1.5 mL 5 mol/L NaCl、12.5 μL 2 mol/L Spermidine、500 μL Protease inhibitor(100×),使用雙蒸水定容至50 mL配制成Wash buffer。Wash buffer試劑可在4℃保存1周。

2.3 毛地黃皂苷洗滌試劑(Dig-wash buffer)

取40 mL Wash buffer,加入400 μL 5% Digitonin,配制成Dig-wash buffer。Dig-wash buffer可在4℃保存2天。5% Digitonin需使用DMSO配制。

2.4 抗體結合試劑(Antibody buffer)

取2 mL Dig-wash buffer,加入8 μL 0.5 mol/L EDTA和20 μL 10% BSA,配制成Antibody buffer。Antibody buffer配制完后需置于冰上預冷,并保證現(xiàn)配現(xiàn)用。

2.5 毛地黃皂苷-300試劑(Dig-300 buffer)

取1 mL 1 mol/L pH7.5 HEPES、3 mL 5 mol/L NaCl、12.5 μL 2 mol/L Spermidine、100 μL 5% Dig-i-tonin、500 μL Protease inhibitor(100×),使用雙蒸水定容至50 mL配制成Dig-300 buffer。未添加5% Digitonin的Dig-300 buffer可于4℃放置1周,Digitonin應在使用當天加入,以減少沉淀的生成。

表1 CUT&Tag實驗所需的儀器、試劑及耗材信息

2.6 片段化試劑(Tagmentation buffer)

取5 mL Dig-300 buffer,加入50 μL 1 mol/L MgCl2配制成Tagmentation buffer。Tagmentation buffer需要現(xiàn)配現(xiàn)用。

3 細胞獲取及ConA beads處理

3.1 ConA beads預處理(以一個樣品為例,如有多個樣品可按倍數(shù)增加試劑用量)

3.1.1 取出10 μL混勻的ConA beads至1.5 mL EP管中。

3.1.2 加入100 μL Binding Buffer(按照體積比Binding Buffer:ConA beads=10∶1),輕輕吹打混勻ConA beads(請勿振蕩混勻)。

3.1.3 將EP管置于磁力架上,靜置2 min左右,待溶液澄清后棄盡上清。

3.1.4 重復步驟3.1.2、3.1.3一次。

3.1.5 加入10 μL Binding Buffer重懸ConA beads。

注意:

實驗操作過程中避免劇烈的震蕩,破壞磁珠完整性。

3.2 小鼠原代胰島細胞的準備

3.2.1 收取大約200個正常大小的小鼠胰島至新的1.5 mL EP管中,短暫離心(<100 ×)5 s,棄上清。

3.2.2 取2 mL TrypLE Express Enzyme至15 mL管中,轉移所有胰島至該15 mL管中。

3.2.3 于37℃水浴鍋中消化10 min,每隔1 min輕彈幾下15 mL管,使胰島完全重懸,每隔5 min,用1 mL移液槍緩慢吹打胰島8~10下,第一次吹打需使胰島完全解體至肉眼不可見。

3.2..4 加入4 mL 含2 mmol/L EDTA,0.5% BSA的PBS緩沖液以終止消化,將細胞于600 ×,室溫離心5 min,棄掉上清。

3.2.5 室溫條件下加入1 mL Wash Buffer重懸細胞,將細胞于600 ×室溫離心5 min,棄盡上清。

3.2.6 重復步驟3.2.5一次。

3.2.7 視所得細胞量加入0.5~1 mL Wash Buffer重懸細胞,進行細胞活力染色,計數(shù)并計算細胞活力,保證細胞活力在80%以上。

3.2.8 取適量細胞(本實驗適用的細胞投入量為60~ 100000個/樣品)于新的1.5 mL EP管中,使用Wash Buffer定容至100 μL。

注意:

1) 細胞活力對于實驗成功與否至關重要,一定要保證細胞的活力在80%以上,最好在90%以上。

2) 在進行細胞染色、計數(shù)等涉及到吸取細胞的過程前,需要混勻細胞,以確保細胞吸取數(shù)量的準確性。

3) 在細胞通透之前的所有步驟都在室溫下進行,使細胞受到的刺激最小化。

4 CUT&Tag文庫構建操作

4.1 ConA beads與細胞結合

4.1.1 低速振蕩含有細胞的EP管,同時加入10 μL混勻的ConA beads懸液,室溫下置于四維旋轉混合儀上旋轉孵育10 min。

4.1.2 短暫離心(<100 ×)收集反應液于管底,將EP管置于磁力架上,靜置2 min左右,待溶液澄清后棄盡上清。

注意:

1) 使用ConA beads前應進行預實驗計算beads富集效率。

2) ConA beads和細胞結合后的所有步驟應避免開蓋時間過長,否則會出現(xiàn)暴露于空氣導致beads干燥從而影響實驗結果。

4.2 孵育一抗

4.2.1 按照一定比例(1:50)配制含有目的一抗的Antibody buffer,置于冰上。

4.2.2 在ConA beads與細胞結合復合物中加入50 μL預冷的 Antibody Buffer,輕輕吹打混勻,置于冰上。

4.2.3 置于四維旋轉混合儀上旋轉室溫孵育2 h或4℃孵育過夜。

注意:

1) 四維旋轉混合儀轉動時,請確保液體一直保持在管的底部和側面,中途可輕彈管底混勻,緩解磁珠干結。

2) 每一次實驗需要設置陽性對照抗體(如H3Ace、H3K4me3)和陰性對照抗體(如Normal Rabbit IgG)

4.3 孵育二抗

4.3.1 短暫離心(<100 ×)收集反應液于管底,將EP管置于磁力架上,靜置2 min左右,待溶液澄清后棄盡上清。

4.3.2 按照一定比例(1∶100)配制含有目的二抗的Dig-wash Buffer。

4.3.3 在ConA beads與細胞結合復合物中加入100 μL Dig-wash Buffer,輕輕吹打混勻。

4.3.4 置于四維旋轉混合儀上旋轉室溫孵育1 h。

4.3.5 短暫離心(<100 ×)收集反應液于管底,將EP管置于磁力架上,靜置2 min左右,待溶液澄清后棄盡上清。

4.3.6 加入1 mL Dig-wash Buffer,輕輕吹打混勻。

4.3.7 重復步驟4.3.5、4.3.6兩次。

注意:

四維旋轉混合儀轉動時,請確保液體一直保持在管的底部和側面,中途可輕彈管底混勻,緩解磁珠干結。

4.4 pA/pG-Tn5 Transposase孵育

4.4.1 短暫離心(<100 ×)收集反應液于管底,將EP管置于磁力架上,靜置2 min左右,待溶液澄清后棄盡上清。

4.4.2 按照1∶100的比例配制含有Hyperactive pG/pA-Tn5 Transposase的Dig-300 Buffer(終濃度為0.04 μmol/L)。

4.4.3 在ConA beads與細胞結合復合物中加入100 μL pG/pA-Tn5-Dig-300 Buffer混合液,輕輕吹打混勻。

4.4.4 置于四維旋轉混合儀上旋轉室溫孵育1 h。

4.4.5 短暫離心(<100 ×)收集反應液于管底,將EP管置于磁力架上,靜置2 min左右,待溶液澄清后棄盡上清。

4.4.6 加入1 mL Dig-300 Buffer,輕輕吹打混勻。

4.4.7 重復步驟4.4.5、4.4.6兩次。

注意:

1) 四維旋轉混合儀轉動時,請確保液體一直保持在管的底部和側面,中途可輕彈管底混勻,緩解磁珠干結。

2) NaCl濃度的增加會減緩Hyperactive pG /pA-Tn5 Transposase與染色質可開放區(qū)域的結合。

3) Dig-300 Buffer加入后有可能會出現(xiàn)白色沉淀,不影響孵育和清洗。

4.5 激活轉座子,進行DNA片段化

4.5.1 短暫離心(<100 ×)收集反應液于管底,將EP管置于磁力架上,靜置2 min左右,待溶液澄清后棄盡上清。

4.5.2 加入 300 μL Tagmentation Buffer,輕輕吹打混勻。

4.5.3 37℃孵育1 h,期間可輕彈混勻2~3次。

4.6 DNA提取

4.6.1 室溫下,每個反應中加入10 μL 0.5 mol/L EDTA,3 μL 10% SDS和2.5 μL 20 mg/mL蛋白酶K,劇烈震蕩混勻,終止片段化反應。

4.6.2 短暫離心收集液體于管底,50℃孵育1 h(或者37℃孵育過夜)。

4.6.3 加入300 μL DNA抽提試劑(PCI,苯酚:氯仿:異戊醇=25∶24∶1,注意不要取到上層水相),上下劇烈搖晃10次,然后高速震蕩2 s。

4.6.4 16000 ×,室溫離心5 min。

4.6.5 小心吸取上層水相(約250 μL)至新的1.5 mL EP管中,加入300 μL氯仿,上下顛倒10次(請勿振蕩),16000 ×室溫離心5 min。

4.6.6 小心吸取上層水相(約180 μL)至新的1.5 mL EP管中,加入750 μL無水乙醇,上下顛倒10次,置于冰上。

4.6.7 冰上冷卻后,標記好離心方向,4℃,16000 ×離心15 min。

4.6.8 小心棄盡液體,并倒扣在紙巾上將液體瀝干。

4.6.9 加入1 mL預冷的無水乙醇漂洗,4℃,16000 ×離心5 min。

4.6.10 小心地倒出液體并在紙巾上瀝干后,在空氣中倒扣晾干。

4.6.11 待管干燥后,加入30 μL 1 × TE(10 mmol/L Tris-HCl[pH 8.0], 1 mmol/L EDTA, RNsseA)。

4.6.12 37℃孵育10 min。

4.6.13 直接進行后續(xù)步驟或置于-80 °C儲存。

注意:

無水乙醇沉淀DNA時往往沉淀物不可見,此時應小心棄盡上清,避免將沉淀物倒出。

4.7 文庫擴增

4.7.1 在PCR管中按如下體系配制50 μL PCR反應體系:30 μL片段化的DNA、7μL雙蒸水、10 μL 5×TAB、1 μL 20 μmol/L N5 index引物、1 μL 20 μmol/L N7 index引物、1 μL TAE。

注意:

CUT&Tag建庫過程使用雙端index引物,因此需在PCR體系中同時添加N5和N7 index引物,后續(xù)測序策略選擇雙端測序。

4.7.2 輕輕吹打混勻PCR體系,在PCR儀中進行如下反應:72℃ 3 min→98℃ 30 s→(98℃ 15 s、60℃30 s、72℃ 30 s)12~15個循環(huán)→72℃ 5 min→4℃保存。

注意:

1) 可根據(jù)實際情況或參考文獻選擇合適的擴增循環(huán)數(shù)。

2) 文庫產量與細胞類型、細胞投入量、靶蛋白的豐度及PCR的循環(huán)擴增產物存在一定關系,實驗時不宜追求過高的文庫產量而設置過高的PCR循環(huán)數(shù),防止因高PCR循環(huán)數(shù)引起過度擴增,使文庫DNA片段呈現(xiàn)大片段分布。

4.8 文庫純化

4.8.1 提前20 min將VAHTS DNA Clean Beads置于室溫平衡,隨后震蕩使其充分混勻,加60 μL VAHTSDNA Clean Beads 到上述PCR反應產物中,吹打混勻10次以上保證整個體系均勻。

4.8.2 室溫孵育5 min。

4.8.3 將反應管短暫離心并置于磁力架上分離磁珠和液體。

4.8.4 保持PCR管在磁力架上,待溶液澄清(約5 min),棄去上清,注意不要擾動到磁珠。

4.8.5 保持PCR管在磁力架上,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇,加入乙醇時不要擾動磁珠,孵育30 s后小心移除上清。

4.8.6 重復步驟4.8.5一次。

4.8.7 開蓋干燥3~5 min。

4.8.8 磁珠晾干后,將PCR管從磁力架上取出,加入22 μL 雙蒸水覆蓋磁珠,吹打混勻磁珠。

4.8.9 室溫孵育5 min(如果磁珠干燥開裂,適當延長孵育時間)。

4.8.10 將PCR管短暫離心收集置于磁力架中分離磁珠和液體,直到溶液澄清(約5 min)。

4.8.11 小心吸取20 μL上清轉移到新的EP管中。

注意:

不同地區(qū)環(huán)境干濕程度有差別,磁珠晾干時間不一,磁珠剛好晾干,表面無光澤即可。過度干燥會導致洗脫困難,未完全晾干會有酒精殘留影響后續(xù)實驗反應。該純化步驟也可以使用其他文獻報道的純化方式[5]。

5 文庫質量檢測

5.1 2%瓊脂糖凝膠電泳初步判斷文庫質量

一般而言,H3K4Me3的CUT&Tag文庫在凝膠電泳圖中呈現(xiàn)150~1000 bp的彌散樣條帶,而IgG的文庫則無明顯條帶(圖1)。

5.2 Qubit檢測文庫濃度

使用Qubit定量技術,對文庫進行濃度檢測。一般而言,組蛋白修飾的文庫所得DNA濃度偏高,而轉錄因子或其他靶蛋白所得文庫濃度會較低。檢測得到的文庫濃度只能反映是否含有DNA及其濃度,無法作為文庫構建成功的最終指標,需要經(jīng)過下一步的文庫片段分布檢測才可判斷文庫是否構建成功,也可以不進行濃度檢測,直接進行文庫片段分布檢測。

圖1 使用瓊脂糖凝膠電泳初步檢測小鼠原代胰島細胞的CUT&Tag文庫質量

5.3 文庫片段分布檢測

使用Agilent 2100 Bioanalyzer或等效產品,進行文庫長度分布檢測。一般而言,H3K4Me3的CUT&Tag文庫峰型圖呈現(xiàn)核小體倍數(shù)大小的階梯狀,而IgG的文庫峰應普遍很低(圖2)。

注意:

實驗中研究的靶蛋白不同,文庫峰型存在一定差異。研究組蛋白修飾的文庫峰型圖呈現(xiàn)核小體倍數(shù)大小的階梯狀;轉錄因子存在靶蛋白特異性,無固定峰型,在180~1000 bp之間有片段分布便可進行測序。

6 小鼠胰島細胞CUT&Tag測序、分析流程及典型結果

6.1 上機策略

樣品送至安諾優(yōu)達(北京)公司,使用Illumina測序平臺進行高通量測序,測序讀長為PE150。

6.2 分析流程

上游分析步驟參考弗雷德-哈欽森癌癥研究中心疫苗和傳染病部Ye Zheng提供的分析流程(https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/),做完peaks在基因轉錄起始位點(transcription start site, TSS)和轉錄終止位點(transcription end site, TES)附近的可視化富集分析后,可以得到如下代表熱圖結果(圖3)。同時使用IGV將校準后的bigwig文件可視化,可以得到H3K4Me3和IgG的peaks在小鼠基因附近分布的結果(圖4)。

圖2 使用LabChip Touch檢測小鼠原代胰島細胞的CUT&Tag文庫質量

7 結語

由于傳統(tǒng)的ChIP-seq實驗需要的高細胞投入量,導致在胰島領域研究蛋白質(轉錄因子)-DNA互作是一項極其困難的工作:為了拿到一個好的ChIP- seq實驗結果往往需要投入上百只實驗小鼠的胰島細胞[6]。而CUT&Tag這種新興的蛋白質-DNA互作研究方法的問世,則可以解決傳統(tǒng)ChIP-seq方法所需要的高細胞投入量、產生結果的低重復性、低信噪比等問題。自問世以來,CUT&Tag已經(jīng)被應用在多種細胞的研究中,但在小鼠原代胰島細胞中仍未被證實適用。本文描述了針對小鼠原代胰島細胞CUT&Tag的具體操作步驟,并利用本實驗室已成功測序的案例,提供了一種研究胰島細胞的表觀遺傳學方法,證明了CUT&Tag在胰島細胞中的可行性。與此同時,本實驗室以往的研究也表明CUT&Tag不僅可以檢測胰島細胞中組蛋白-DNA的互作,也可以用于研究胰島轉錄因子-DNA之間的互作[7,8]。

圖3 小鼠胰島細胞H3K4Me3和IgG的CUT&Tag peaks在基因轉錄起始位點(TSS)和轉錄終止位點(TES)周圍富集的熱圖

圖4 小鼠胰島細胞H3K4Me3和IgG的CUT&Tag peaks在Slc2a2基因周圍的分布

圖5 小鼠胰島細胞的CTCF CUT&Tag peaks在H3K4Me1、H3K4Me3 ChIP-seq數(shù)據(jù)中距離TSS-3到+3 kb區(qū)域的富集情況

Kaya-Okur等[2]在2019年最早介紹CUT&Tag技術的時,便比較了ChIP-seq和CUT&Tag在測序結果上的差異:當二者采用相同測序深度(8×106reads)時,CUT&Tag測到的組蛋白修飾基因位點約為ChIP-seq的20倍,同時CUT&Tag擁有比ChIP-seq更高的信噪比、更好的重復性。并且,Henikoff團隊通過CTCF 的CUT&Tag表明了其對于轉錄因子結合位點的檢測也更加靈敏[2]。在本文中,小鼠胰島細胞H3K4Me3的CUT&Tag所讀取到的peaks有大約1/2分布在啟動子區(qū)域,這和組蛋白H3K4Me3會和啟動子區(qū)域結合的特性一致,說明了該方法在小鼠胰島CUT&Tag測序上的準確性。而且,本實驗室之前的研究中也發(fā)現(xiàn)小鼠胰島CTCF的CUT&Tag結合位點在啟動子和增強子均有很強的結合(H3K4Me1和H3K4Me3 ChIP-seq數(shù)據(jù)來源于SRA數(shù)據(jù)庫:SRP000660)(圖5)。

綜上所述,本文為實現(xiàn)小鼠原代胰島細胞CUT&Tag提供了詳細的操作步驟和結果,為研究胰島細胞的蛋白質-DNA互作以及表觀遺傳學提供了一種可推廣的方法。

[1] Kidder BL, Hu GQ, Zhao KJ. ChIP-Seq: technical consid-erations for obtaining high-quality data., 2011, 12(10): 918–922.

[2] Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, Pledger ES, Bryson TD, Henikoff JG, Ahmad K, Henikoff S. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells., 2019, 10(1): 1930.

[3] Henikoff S, Henikoff JG, Kaya-Okur HS, Ahmad K. Efficient chromatin accessibility mapping in situ by nucleosome-tethered tagmentation., 2020, 9: e63274.

[4] Kaya-Okur HS, Janssens DH, Henikoff JG, Ahmad K, Henikoff S. Efficient low-cost chromatin profiling with CUT&Tag., 2020, 15(10): 3264–3283.

[5] Wei Y, Li K, Lu DR, Zhu HX. Optimization of CUT&Tag product recovery and library construction method., 2021, 43(4): 362–374.

韋曄, 李科, 盧大儒, 朱化星. CUT&Tag產物回收和建庫方法的優(yōu)化. 遺傳, 2021, 43(4): 362–374.

[6] Taylor BL, Liu FF, Sander M. Nkx6.1 is essential for maintaining the functional state of pancreatic beta cells., 2013, 4(6): 1262–1275.

[7] Qiao JT, Zhang ZY, Ji SH, Liu TL, Zhang XN, Huang YM, Feng WL, Wang KL, Wang JY, Wang SS, Meng ZX, Liu M. A distinct role of STING in regulating glucose homeostasis through insulin sensitivity and insulin secretion., 2022, 119(7): e2101848119.

[8] Wang RR, Qiu XY, Pan R, Fu HX, Zhang ZY, Wang QT, Chen HD, Wu QQ, Pan XW, Zhou YP, Shan PF, Wang SS, Guo GJ, Zheng M, Zhu LY, Meng ZX. Dietary intervention preserves β cell function in mice through CTCF-mediated transcriptional reprogramming., 2022, 219(7): e20211779.

The protocol of CUT&Tag for metabolic tissue cells

Ziyin Zhang1,2, Yanping Zhou1,2, Zhuo-Xian Meng1,2

Cleavage under target and tagment (CUT&Tag) is a technology that utilizes the fusion protein of Tn5 transposase and protein A/G which can guide Tn5 enzyme to the antibody bound to target protein and cleave the chromatin regions adjacent to target protein. Chromatin libraries are then tagged and sequenced by the high-throughput sequencing to obtain chromatin information at specific sites or protein binding locations. CUT&Tag technology plays an important role in the research of DNA and protein interactions. It can be used to understand the modifications of histone and the bindings of transcription factors. Compared with the traditional chromatin immunoprecipitation-sequencing (ChIP-seq) technology, the CUT&Tag has the strengths of high signal-to-noise ratio, good repeatability, short experimental period, and low cell input. It shows great advantages in early embryonic development, stem cells, cancer, epigenetics and other research fields. In this article, we described the protocol of CUT&Tag for metabolic tissue cells (mouse primary islet cells), to provide an epigenetic method for studying metabolic cells.

CUT&Tag; histone modification; protocol; metabolic cell

2022-08-01;

2022-09-20;

2022-10-03

國家自然科學基金重大研究計劃(編號:91857110),國家重點研究發(fā)展計劃(編號:2018YFA0800403、2016YFC1305303),國家自然科學基金(編號:81670740),國家優(yōu)秀青年科學基金(編號:81722012),浙江省自然科學基金(編號:LZ21H070001),浙江大學基礎醫(yī)學創(chuàng)新研究院、中央高校基本科研專項基金、杭州市醫(yī)學重點學科建設基金(編號:OO20200055)、王寬誠教育基金資助 [Supported by the Training Program of the Major Research Plan of the National Natural Science Foundation of China (No. 91857110), the National Key Research and Development Program of China (Nos. 2018YFA0800403, 2016YFC1305303), the National Natural Science Foundation of China (No. 81670740), the National Natural Science Fund for Excellent Young Scholars of China (No. 81722012), the Zhejiang Provincial Natural Science Foundation of China (No. LZ21H070001), the Innovative Institute of Basic Medical Sciences of Zhejiang University, and the Fundamental Research Funds for the Central Universities, the Construction Fund of Medical Key Disciplines of Hangzhou (No. OO20200055), and K.C. Wong Education Foundation]

張子寅,碩士研究生,專業(yè)方向:病理與病理生理學。E-mail: ziyinzhang@zju.edu.cn

孟卓賢,博士,教授,研究方向:病理與病理生理學。E-mail: zxmeng@zju.edu.cn

10.16288/j.yczz.22-253

(責任編委: 周紅文)

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磁珠固定化凝血酶的制備及其在槐米中活性化合物篩選中的應用
專家文庫
應用磁珠法檢測并提取尿液游離甲基化DNA
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