劉藝云 鄧?yán)?岳慧穎 岳超 劉健華
(華南農(nóng)業(yè)大學(xué)獸醫(yī)學(xué)院,廣州 510642)
抗菌藥物在感染性疾病的治療過(guò)程中發(fā)揮了重要作用,但也給細(xì)菌帶來(lái)選擇性壓力。隨著抗菌藥物的廣泛使用,細(xì)菌耐藥性快速發(fā)展且新耐藥菌不斷出現(xiàn)。據(jù)估計(jì),全球每年因耐藥菌感染引起的死亡人數(shù)超過(guò)70萬(wàn),這對(duì)公共衛(wèi)生安全和人類健康構(gòu)成嚴(yán)重威脅[1],但新藥研發(fā)緩慢,臨床抗感染治療可選擇的抗菌藥物越來(lái)越少,因此急需探索新型抗菌策略對(duì)抗不斷復(fù)雜化的耐藥細(xì)菌感染。
質(zhì)粒等可移動(dòng)元件介導(dǎo)的耐藥基因(antimicrobial resistance genes,ARGs)水平傳播被認(rèn)為是導(dǎo)致耐藥性發(fā)展如此迅速的重要原因[2-3]。接合是質(zhì)粒在不同細(xì)菌間水平轉(zhuǎn)移ARGs的主要方式,抑制質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移將有助于控制耐藥基因的傳播,因此接合轉(zhuǎn)移抑制劑被認(rèn)為是耐藥性防控的有效策略之一,為解決耐藥性問(wèn)題提供了新思路,近年來(lái)受到廣泛關(guān)注[4-5]。本文將在概述質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移過(guò)程及其機(jī)制的基礎(chǔ)上,對(duì)目前已報(bào)道的接合抑制劑展開(kāi)綜述。
細(xì)菌耐藥性具有可遺傳性和可傳播性,即ARGs可通過(guò)垂直克隆和水平基因轉(zhuǎn)移兩種方式進(jìn)行傳播。垂直基因轉(zhuǎn)移(vertical gene transfer,VGT)是指細(xì)菌通過(guò)增殖分裂將其基因從親代傳遞給子代[6]。水平基因傳播(horizontal gene transfer,HGT)是指基因借助可移動(dòng)遺傳元件(mobile genetic elements,MGEs)在同一種屬細(xì)菌甚至不同種屬細(xì)菌間傳播,細(xì)菌之間的HGT主要有3種方式:轉(zhuǎn)化、轉(zhuǎn)導(dǎo)和接合[7]。MGEs包括質(zhì)粒、插入序列、轉(zhuǎn)座子和整合子等,其中質(zhì)粒可在不同菌種/菌株中進(jìn)行自我復(fù)制,且具有接合轉(zhuǎn)移的功能,這些特性使質(zhì)粒成為ARGs傳播的完美載體[3,8]。
現(xiàn)有研究表明,臨床上常見(jiàn)的重要耐藥基因,如碳青霉烯酶耐藥基因(blaNDM和blaKPC等)、超廣 譜 β 內(nèi) 酰 胺 酶(expanded-spectrum β-lactamase,ESBL)基因、黏菌素耐藥基因mcr-1和替加環(huán)素耐藥基因(tet(X4)和tmexCD1-toprJ1等)常位于質(zhì)粒上,攜帶耐藥基因的質(zhì)粒通過(guò)接合在不同細(xì)菌間轉(zhuǎn)移,導(dǎo)致ARGs在全球廣泛傳播和擴(kuò)散[7-8]。此外,質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移會(huì)誘發(fā)細(xì)菌基因調(diào)控,進(jìn)而將質(zhì)粒上的ARGs整合到細(xì)菌染色體基因組上,從而有效避免質(zhì)粒不相容性對(duì)ARGs水平轉(zhuǎn)移的抑制作用,加速了多重耐藥菌的出現(xiàn)[9-11]。攜帶ARGs質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移是導(dǎo)致細(xì)菌耐藥性迅速發(fā)展和越來(lái)越復(fù)雜的重要原因。
接合又稱接合轉(zhuǎn)移,是指質(zhì)?;蛘辖雍闲栽墓w細(xì)菌轉(zhuǎn)移至受體細(xì)菌的過(guò)程。
質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移過(guò)程非常復(fù)雜,需要許多基因產(chǎn)物的參與,主要包括轉(zhuǎn)移相關(guān)基因(transfer,tra)和轉(zhuǎn)移復(fù)制起始點(diǎn)(origin of transfer,oriT)(圖1-A)[12]。根據(jù)功能的不同,轉(zhuǎn)移相關(guān)基因tra可分為兩種組分:接合配對(duì)形成系統(tǒng)Mpf(mating pair formation,Mpf)和DNA 轉(zhuǎn)移和復(fù)制系統(tǒng)Dtr(DNA transfer and replication,Dtr)。根據(jù)水平轉(zhuǎn)移的能力和特性,質(zhì)??煞譃樽灾鬓D(zhuǎn)移型質(zhì)粒(又稱接合型質(zhì)粒conjugative plasmid)、可移動(dòng)型質(zhì)粒(mobilizable plasmid)和非接合型質(zhì)粒(non-conjugative plasmid)。其中,接合型質(zhì)粒一般能夠編碼接合轉(zhuǎn)移所需的所有蛋白,實(shí)現(xiàn)自身在細(xì)菌間接合轉(zhuǎn)移(圖1-B);可移動(dòng)質(zhì)粒只含有Dtr組分,需借助共棲接合型質(zhì)粒的Mpf系統(tǒng)所編碼的通道進(jìn)行接合轉(zhuǎn)移(圖1-B);非接合型質(zhì)粒無(wú)法進(jìn)行接合轉(zhuǎn)移,但可通過(guò)轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)導(dǎo)等方式進(jìn)行傳播和擴(kuò)散[7,12]。
圖1 可轉(zhuǎn)移質(zhì)粒遺傳結(jié)構(gòu)示意圖(修改自文獻(xiàn)[12])Fig. 1 Schematic diagram of the genetic constitution of transmissible plasmids(Modified based on the reference[12])
Mpf系統(tǒng)又稱為接合系統(tǒng),其編碼的蛋白組裝成復(fù)合跨膜蛋白和菌毛,建立細(xì)菌間蛋白質(zhì)和DNA轉(zhuǎn)移的通道(圖1-A和圖2)。根據(jù)蛋白同源性和功能相似性,Mpf系統(tǒng)分為8種類別,其中4種來(lái)自變形桿菌門并參與細(xì)菌DNA接合轉(zhuǎn)移,包括MPFT(根癌農(nóng)桿菌pTi質(zhì)粒virB系統(tǒng)所編碼)、MPFF(IncF型質(zhì)粒編碼)、MPFI(IncI型質(zhì)粒編碼)和 MPFG(以流感嗜血桿菌ICEHin1056為原型的整合接合性元件 integrative and conjugative elements, ICE)[13-14]。接合系統(tǒng)常被混淆為Ⅳ型分泌系統(tǒng)(type Ⅳ secretion system, T4SS),但實(shí)際上T4SS系統(tǒng)范疇更廣,包括3類系統(tǒng),即效應(yīng)蛋白轉(zhuǎn)移系統(tǒng)、DNA攝取分泌系統(tǒng)和DNA接合轉(zhuǎn)移系統(tǒng),因此質(zhì)粒的DNA接合轉(zhuǎn)移系統(tǒng)(Mpf系統(tǒng))只是T4SS的一種亞型[15-16]。下文將DNA接合轉(zhuǎn)移系統(tǒng)(Mpf系統(tǒng))簡(jiǎn)稱為T4SS系統(tǒng)。值得注意的是,雖然不同T4SS系統(tǒng)中的基因/蛋白名稱不同,但其所編碼的大多數(shù)蛋白功能相似、結(jié)構(gòu)高度同源,如IncF型質(zhì)粒編碼的TraBF、TraVF和 TraKF蛋白分別與pTi質(zhì)粒編碼的VirB10、VirB9和VirB7蛋白高度同源[14]。以VirB所編碼的T4SS系統(tǒng)為例(圖2),該系統(tǒng)是由VirB1-11蛋白組成的跨膜蛋白高分子復(fù)合體,根據(jù)蛋白位置和功能將其分為3個(gè)蛋白結(jié)構(gòu)域:性菌毛(pilus)、通道底部(channel bottom)和跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)通道(transmembrane transport channel)(圖2)。其中,菌毛由多個(gè)VirB2和小部分VirB5蛋白螺旋組裝而成;通道底部由六聚體ATP酶(VirB4和VirB11蛋白)組成,為菌毛的發(fā)生和底物運(yùn)輸提供能量;其余VirB蛋白組成跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)通道[17-18]。另外,還有偶聯(lián)蛋白(type Ⅳcoupling protein, T4CP),如VirD4,結(jié)合在T4SS轉(zhuǎn)運(yùn)通道內(nèi)膜上,可特異性識(shí)別松弛酶和松弛體蛋白等,且為底物運(yùn)輸提供能量[17]。
圖2 接合轉(zhuǎn)移的結(jié)構(gòu)模型和接合抑制劑的潛在靶點(diǎn)(修改自文獻(xiàn)[17])Fig. 2 Structure of conjugation and the potential targets of conjugation inhibitors(Modified based on the reference[17])
Dtr系統(tǒng)是接合型質(zhì)粒準(zhǔn)備轉(zhuǎn)移質(zhì)粒DNA的功能性組分,該組分系統(tǒng)包括轉(zhuǎn)移起始區(qū)(oriT)、松弛酶(relaxase)、松弛體(relaxosome)和多種輔助因子[19]。oriT位點(diǎn)是質(zhì)粒轉(zhuǎn)移的起始位點(diǎn),也是質(zhì)粒轉(zhuǎn)移后DNA末端重新環(huán)化的位點(diǎn)。松弛酶是Dtr系統(tǒng)的一個(gè)核心組成部分,是一種特殊的DNA內(nèi)切核酸酶[20]。松弛體由許多種蛋白組成(如IncF質(zhì)粒所編碼的TraY、TraM、TraI蛋白和宿主編碼的IHF蛋白),在幫助松弛酶與oriT結(jié)合中扮演著重要角色[20-21]。Dtr各組分的功能,將在下文質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移過(guò)程中進(jìn)行概述,在此不做贅述。
質(zhì)粒在細(xì)菌間的接合轉(zhuǎn)移主要由松弛酶、偶聯(lián)蛋白以及接合轉(zhuǎn)移T4SS系統(tǒng)共同調(diào)控,是一個(gè)多步驟的過(guò)程。由于革蘭陽(yáng)性菌和革蘭陰性菌細(xì)胞結(jié)構(gòu)存在一定差異,質(zhì)粒在這兩種細(xì)菌的接合轉(zhuǎn)移過(guò)程略有不同,下面以IncF質(zhì)粒在革蘭陰性菌接合轉(zhuǎn)移為例進(jìn)行介紹。
首先,供體菌的性菌毛游離端與受體細(xì)菌接觸,細(xì)菌之間通過(guò)性菌毛和跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)通道形成接合通道。隨后菌毛與受體菌接觸的信息傳遞給偶聯(lián)蛋白,激活松弛酶。被激活的松弛酶在松弛體協(xié)助下,特異性識(shí)別質(zhì)粒上oriT序列的nic位點(diǎn)并切開(kāi)磷酸二酯鍵,致使質(zhì)粒變成一條被切割的線狀單鏈DNA(T鏈)和一條未被切割的環(huán)化單鏈DNA。前者通過(guò)轉(zhuǎn)酯反應(yīng)(松弛酶將T鏈5'端的脫氧核苷酸鍵轉(zhuǎn)移至自身的酪氨酸上)與松弛酶共價(jià)鏈接,形成蛋白-DNA復(fù)合物(圖2);后者在供體菌細(xì)胞中通過(guò)滾環(huán)復(fù)制合成第二條DNA鏈,形成一個(gè)完整的質(zhì)粒。單鏈質(zhì)粒DNA與松弛酶形成蛋白-DNA復(fù)合物后,偶聯(lián)蛋白通過(guò)特異性識(shí)別松弛酶和松弛體以結(jié)合或募集蛋白-DNA復(fù)合物,隨后該復(fù)合物被轉(zhuǎn)運(yùn)至跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)通道上,轉(zhuǎn)運(yùn)到受體菌中(圖1-C和圖2)。研究者將T鏈轉(zhuǎn)移至受體菌的過(guò)程比喻為“拍即送模型”[22]:松弛酶充當(dāng)T鏈(線狀單鏈DNA)的先導(dǎo)蛋白,通過(guò)轉(zhuǎn)運(yùn)通道從供體菌中被泵到受體菌中,T鏈搭著松弛酶的“便車”發(fā)生了轉(zhuǎn)移。T鏈到達(dá)受體菌后,松弛酶將nic位點(diǎn)識(shí)別為終止位點(diǎn)并進(jìn)行反向切口反應(yīng),分解共價(jià)蛋白-DNA復(fù)合物,T鏈再環(huán)化并通過(guò)滾環(huán)復(fù)制合成第二條DNA鏈,在受體細(xì)菌中形成一個(gè)完整的質(zhì)粒[23-24]。
接合抑制劑是一類靶向抑制質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的物質(zhì),可降低質(zhì)粒及其所攜帶耐藥基因在不同細(xì)菌間的傳播能力,對(duì)耐藥性防控具有重要的意義。目前已報(bào)道的接合抑制劑主要有天然產(chǎn)物、小分子化合物和納米材料等,其中天然產(chǎn)物包括脂肪酸類化合物和磷酸化多糖類抗生素。下面按照化合物的化學(xué)結(jié)構(gòu)和屬性(表1),對(duì)各類接合抑制劑分別進(jìn)行介紹。
參References獻(xiàn)文考[25][27][29][30][36][37][33][40][41][44][48]49][51][53][58][59][60][24][62]倍素*[倍2 d: 7.2-10.7: 350倍倍倍: IncI,)倍霉用A-B : 98數(shù)id 00倍eO 倍質(zhì)Fold reduction in plasm(6-25黃作 倍 *倍)倍pared to control)倍s : 40 μg/L A : IncW,的制 : 2 2-HD倍倍:98 NP降MoS2 : 1 ppm抑TZ): 90 PL 64有下IncH)2-H 52倍率倍(140 μmol/L)DA mol/L)(100 2 : 10)C倍IncX 2-BP mol/L)uO 982300 10 : 4: 100具)C5 0NP ol/L 倍s : 410 m頻0.1 g)@倍 (P和和倍合ol/L 55 μg/L ol/L.4 m和transfer frequency加移: 50-70添轉(zhuǎn)mm ol/L接0中合in): 1 000 Fe2+: 9 R-07 ol/L 4.E7: 20 mm 8-16 Fe2O3(00 CA mm mol/L F scFv-P)C 9 kv( )(0 8:100 DH粒和mol/L)料接(0IncFmm/M 0.5 m(1IncL.4 m50μm.3 m50 BA 00 10mm 50飼 對(duì) (1(510(1NP 20數(shù)cy due to inhibitor com倍的耐Antimicrobial resistance genes 降M-1,(0頻transfer frequen blaTE M-1,blaTE下率轉(zhuǎn)移id),tI1 p合-II X-M-15,blaCT-II, 接X(jué)-M-14,am因粒-2基hibitor s 3) 質(zhì)tet,3) 致藥TX blaCT -M C),tet(W blaC),str,tet(c(aatet(c(C),tet(Win aa 導(dǎo)劑reduction in plasm in ) 制fold抑類)c,合分cNIn IncF接的,劑ju gation-1組)a(IncI,移n of con 101(II)a(IncFI,IncI,)b(IncN,6(照制cH IncN R1對(duì)抑a, pKM InIncH)b-Iγ,和于IncF和比相on original article data(IncWIncX轉(zhuǎn)))c和,IncX,)IncP))orizatio(R388(IncW),IncI1合M101(IncN)IncP M101(IncN)IncP IncP M101(IncN)IncP粒Plasmids)值1 接IncP和R388(IncW)4(數(shù)IncL ateg 4(IncL 4(IncP RP 4-7(IncF的4((IncW/M)c pK 4(IB質(zhì)pK pK RP RP RP RP IncF R388(IncW)RP 一統(tǒng)表Table 1 C出換ly in this article based(IncF,/M算 文本菌氏菌,門沙據(jù)菌、 胞菌菌 菌菌菌 菌 菌 菌菌菌 單菌菌 菌 菌 菌菌菌數(shù)桿桿桿球球桿氏 桿 桿桿桿 假桿桿 桿 桿 桿桿桿始verted uniform腸 腸 腸腸腸腸 門 腸 腸腸腸 臭腸腸 腸 腸 腸腸腸原大 大 大糞糞大沙 大 大大大 惡大大 大 大 大大大的→→→→→→ → → →→→ →→→ → → →→→章文屬Species 菌菌菌 菌菌菌 菌 菌 菌菌菌 菌菌菌 菌 菌 菌菌菌桿 桿 桿 桿球桿 桿 桿 桿桿桿 桿桿桿 桿 桿 桿桿桿據(jù)腸 腸 腸 腸腸腸 腸 腸 腸腸腸 腸腸腸 腸 腸 腸腸腸根act ;d: values con:菌 大 大 大 大糞大 大 大 大大大 大大大 大 大 大大大;d烯 ) 響戊影B AD氫-H R-07 nano-T和e2O3有iO2,脫沒(méi)aic acids A(2)3,P)/2 e2+素:素油A)酸酸(2-B NP 85nano-F onents 霉霉料BA;c 39肪酸5u2+黃黃l2O3,和亞HC脂材MoS2 u2+,F(xiàn)米(P 體 酸 弱oderate impact; c: no imp酸(D基/軟)脂鹽)KSK8抗硝R-072,Ps / C微-0分Comp油酸2-炔Tanzaw 105055,2 2-溴nano-A外內(nèi)24 nano-SiO2 Fe2O3@CeO2 納 體子酸Fv-,C 亞 果體體BA UM C10,CuO N離NO3膦鏈由效組等雙單自:act; b: m( (衍抗類;b其類肼 物著顯別Categories 及 糖 酰物 合類多基生 化料 體 果ignificant imp酸化楊衍 類材 子 效:肪物 酸素 水其 肽米 離 他類 脂生 磷生 亞及 擬納 等 其 注Note: a: S:a
脂肪酸類化合物接合抑制劑是一類來(lái)源于海洋微生物和植物的提取物,最初是基于高通量接合篩選體系(high-throughput conjugation,HTC)得到,并經(jīng)接合試驗(yàn)證實(shí)該類化合物能夠抑制質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移[25]。Fernandez-Lopez等[25]研究者構(gòu)建含有熒光標(biāo)記的重組質(zhì)粒R388+lux(R388質(zhì)粒lac啟動(dòng)子下游插入lux報(bào)告基因),該質(zhì)粒在供體菌(含有l(wèi)acI抑制子)中不發(fā)光,只有R388+lux轉(zhuǎn)移到受體菌中(接合轉(zhuǎn)移發(fā)生)才發(fā)光,從而設(shè)計(jì)出高通量的HTC?;贖TC,研究人員篩選了植物提取物的化合物庫(kù),發(fā)現(xiàn)C18不飽和脂肪酸,如油酸(oleic acids)、亞油酸(linoleic acids)和脫氫戊烯酸(dehydrocrepenynic acid,DHCA),對(duì)R388質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移有明顯抑制作用,且該類化合物還能降低IncF型 R1質(zhì)粒和IncP 型RP4質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移效率。其中,亞油酸和DHCA對(duì)R388質(zhì)粒的抑制效果最明顯,800 μmol/L亞油酸和140 μmol/L的DHCA導(dǎo)致R388質(zhì)粒的接合頻率分別下降了200倍和 350 倍[25]。Li等[26]也發(fā)現(xiàn) 3 mmol/L 亞油酸可導(dǎo)致IncX4型mcr-1陽(yáng)性質(zhì)粒的接合頻率下降100倍。Lopatkin等[11]進(jìn)一步證實(shí)了亞油酸可降低質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移能力,發(fā)現(xiàn)0.35 μmol/L亞油酸即可抑制質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移,從而降低質(zhì)粒在菌群中的入侵和穩(wěn)定持留。另外,Getino等[27]以抑制活性最強(qiáng)的、具有2-炔基脂肪酸(2-alkynoic fatty acids,2-AFAs)骨架的DHCA為母核結(jié)構(gòu)(圖3),經(jīng)結(jié)構(gòu)優(yōu)化得到抑制活性更強(qiáng)的化合物,如2-棕櫚酸(2-hexadecynoic acid,2-HDA)和 2-硬脂酸(2-octadecynoic acid)。其中,2-HAD是具有一條16個(gè)碳原子鏈長(zhǎng)的2-烷基非飽和脂肪酸(圖3),對(duì)質(zhì)粒R388在不同菌種,如大腸桿菌、沙門菌、惡臭假單胞菌和根癌農(nóng)根菌間的接合轉(zhuǎn)移均有抑制作用。除此之外,2-HAD也能夠抑制多種質(zhì)粒在大腸桿菌間的接合轉(zhuǎn)移,如0.4 mmol/L的2-HAD導(dǎo)致IncF、IncW和 IncH質(zhì)粒的接合頻率下降100倍,較高濃度的2-HAD(1 mmol/L)導(dǎo)致IncI、IncL/M和 IncX的接合頻率下降6-25倍,但對(duì)IncN和IncP質(zhì)粒無(wú)影響。2-HAD在體內(nèi)也顯示出較好的抑制活性,當(dāng)2-HAD(1.6 μg/mg)添加在魚飼料或注入小鼠腸道內(nèi)(100 μg)時(shí),魚和小鼠腸道內(nèi)大腸桿菌間的耐藥質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移效率分別降低了10倍和50倍[28]。由于2-HAD對(duì)某些細(xì)菌和細(xì)胞有毒性,其成藥性存在問(wèn)題,研究者從海洋微生物中篩選出細(xì)胞毒性較小的tanzawaic acids類化 合 物, 如 tanzawaic acids A 和 B( 圖 3)[29]。0.4 mmol/L的tanzawaic acids B可導(dǎo)致IncF、IncW 的接合頻率下降100倍,IncFI、IncI、IncL/M、IncX 和IncH的接合頻率下降了2-10倍,同樣對(duì)IncN和IncP 質(zhì)粒無(wú)影響[29]。
圖3 脂肪酸類化合物的化學(xué)結(jié)構(gòu)Fig. 3 Chemical structure of fatty acid compounds
上述的脂肪酸均屬于非飽和脂肪酸,不飽和雙鍵或三鍵曾被認(rèn)為是此類化合物發(fā)揮抑制活性的必須結(jié)構(gòu)。García-Cazorla等[30]研究發(fā)現(xiàn)某些飽和脂肪酸,如2-溴軟脂酸(2-bromopalmitic acid)(圖3)具有類似的功能,100 μmol/L的2-溴軟脂酸導(dǎo)致質(zhì)粒R388的接合效率降低到對(duì)照組的2%左右。盡管上述脂肪酸類化合物結(jié)構(gòu)各異,但均能夠抑制VirB11及其同源蛋白(如質(zhì)粒R388編碼的TrwD蛋白)ATPase活性(圖2-C)[27,29-30],由此推測(cè)脂肪酸可能是通過(guò)與相關(guān)ATPase互作,從而發(fā)揮抑制質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的功能。
黃霉素(flavomycin)是一種動(dòng)物專用的磷酸多糖類抗生素,其化學(xué)結(jié)構(gòu)含有1個(gè)3-磷酸甘油酸單元、4-5個(gè)糖基和1個(gè)特殊的異戊烯基脂肪鏈(圖4),可通過(guò)干擾細(xì)胞壁肽聚糖的合成從而抑制細(xì)菌的繁殖,對(duì)革蘭陽(yáng)性桿菌具有良好的抑菌效果。由于該類抗生素?zé)o法穿透革蘭陰性菌的外膜,導(dǎo)致對(duì)革蘭陰性桿菌沒(méi)有殺菌效果。相較于黃霉素的抗菌特點(diǎn),其作為飼料添加劑提高飼料利用率、促進(jìn)畜禽生長(zhǎng)的作用更受關(guān)注。但由于藥物殘留、細(xì)菌耐藥性和環(huán)境污染等原因,自2020年1月起,我國(guó)全面禁止使用除中草藥外的所有藥物作為促生長(zhǎng)劑應(yīng)用于養(yǎng)殖業(yè)中[31],這極大限制了黃霉素的應(yīng)用。值得注意的是,陸續(xù)有文章報(bào)道黃霉素作為飼料添加劑降低了動(dòng)物排泄物中耐藥菌的數(shù)量[32-34],且能夠抑制質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移[32,35]。
圖4 黃霉素的化學(xué)結(jié)構(gòu)Fig. 4 Chemical structure of flavomycin
Riedl等[36]研究者通過(guò)體外接合試驗(yàn)的方法,研究黃霉素對(duì)攜帶萬(wàn)古霉素耐藥基因vanA質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的影響,發(fā)現(xiàn)黃霉素(8-16 mg/L)可降低萬(wàn)古霉素耐藥質(zhì)粒在糞腸球菌的接合轉(zhuǎn)移頻率(降低50-70倍)。隨后,Bogaard等[32]發(fā)現(xiàn)黃霉素可降低多重耐藥大腸桿菌在豬腸道中的數(shù)量,但該報(bào)道未評(píng)估黃霉素對(duì)耐藥質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移頻率的影響。后來(lái),Poole等[35]發(fā)現(xiàn)黃霉素顯著降低了質(zhì)粒在大腸桿菌間的接合轉(zhuǎn)移頻率,并發(fā)現(xiàn)增加黃霉素的預(yù)處理時(shí)間可更有效抑制質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移。Kudo等[37]研究者也發(fā)現(xiàn)黃霉素(2 mg/L)可降低產(chǎn)β內(nèi)酰胺酶質(zhì)粒在大腸桿菌間的接合轉(zhuǎn)移頻率(1.4-3.0倍),并再次證實(shí)該藥物(0.5 μg/L)可降低攜帶vanA基因的質(zhì)粒在糞腸球菌的接合轉(zhuǎn)移頻率(7.2-10.7倍)。最近的研究表明,黃霉素在體內(nèi)對(duì)細(xì)菌間質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移具有較好的抑制作用,當(dāng)黃霉素64 ppm添加到雞飼料或250-500 g/t添加到豬飼料時(shí),肉雞泄殖腔的耐藥沙門菌和保育豬糞便中四環(huán)素耐藥大腸桿菌都顯著性降低[33-34]。
顯然,上述研究均表明黃霉素具備成為有效接合抑制劑的潛力,為拓展該藥在養(yǎng)殖業(yè)中的應(yīng)用提供了新角度。已有的研究尚未系統(tǒng)比較和評(píng)估該藥物對(duì)不同耐藥質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的抑制效果,其抑制質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的作用機(jī)制也還有待于進(jìn)一步研究。
亞水楊基酰肼類衍生物接合抑制劑是一類蛋白變構(gòu)抑制劑,是通過(guò)細(xì)菌雙雜交系統(tǒng)高通量篩選得到的T4SS抑制劑[38],該類化合物的母體結(jié)構(gòu)是從假結(jié)核耶爾森氏菌中獲得[39]。在革蘭氏陰性菌中,VirB8蛋白以二聚體的形式參與構(gòu)建T4SS系統(tǒng)的高分子蛋白復(fù)合體,而亞水楊基酰肼類化合物可與VirB8蛋白結(jié)合,引起蛋白構(gòu)象變化且干擾蛋白相互作用,阻止VirB8蛋白二聚化,從而抑制T4SS活性[38]。Paschos等[40]進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)該類化合物可結(jié)合IncN型質(zhì)粒 pKM101編碼的TraE蛋白(VirB8的同源蛋白),導(dǎo)致質(zhì)粒pKM101接合轉(zhuǎn)移效率下降。在D8I-2化學(xué)結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)上優(yōu)化得到的多種化合物(B8I-16、BAR-072、BAR-073 和 UM-024)可顯著降低質(zhì)粒pKM101接合轉(zhuǎn)移,如BAR-072(50 μmol/L)導(dǎo)致質(zhì)粒pKM101接合轉(zhuǎn)移頻率下降了10倍,但是該類化合物對(duì)IncP 型RP4質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移無(wú)影響[40]。
在水楊基酰肼類基礎(chǔ)上,Casu等[41]經(jīng)化學(xué)結(jié)構(gòu)優(yōu)化得到了芳基羧酸類化合物(如小分子化合物239852和105055),該類化合物可有效抑制接合轉(zhuǎn)移系統(tǒng)的活性。化合物239852的結(jié)構(gòu)由2-呋喃羧酸和2-氯異煙酸組成,化合物105055具有相似的化學(xué)結(jié)構(gòu)(圖5),它們都能夠有效結(jié)合TraE蛋白,抑制TraE蛋白二聚體生成(圖2),其與TraE 的平衡解離常數(shù)分別為19.6 μmol/L和9.3 μmol/L,對(duì)質(zhì)粒pKM101在大腸桿菌間的接合轉(zhuǎn)移呈現(xiàn)出明顯抑制效果?;衔?39852和105055(50 μmol/L)聯(lián)用可導(dǎo)致質(zhì)粒pKM101的接合效率降低到對(duì)照組的45%左右,這兩個(gè)化合物與上述化合物BAR-072(50 μmol/L)聯(lián)用對(duì)質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的抑制效果更明顯,導(dǎo)致質(zhì)粒pKM101的接合效率降低到對(duì)照組的5%左右。但化合物239852和化合物105055對(duì)IncP型質(zhì)粒RP4的接合轉(zhuǎn)移仍沒(méi)有影響[41]。盡管不同質(zhì)粒所編碼的接合系統(tǒng)的組成蛋白具有高度同源性,但結(jié)構(gòu)上仍存在差異,這可能是亞水楊基酰肼類及其衍生物對(duì)不同類型質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移呈現(xiàn)出不同影響效果的原因。
圖5 亞水楊基酰肼類化合物的化學(xué)結(jié)構(gòu)Fig. 5 Chemical structure of salicylidene acylhydrazide compounds
擬肽類化合物接合抑制劑是研究者從化合物數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選得到的T4SS抑制劑,該類化合物具有稠合2-吡啶酮的基本結(jié)構(gòu)骨架(圖6)。在T4SS的菌毛裝配過(guò)程中,分子伴侶-引領(lǐng)蛋白通路(chaperone usher pathway,CUP)調(diào)控菌毛蛋白的組裝,而稠合2-吡啶酮能夠干擾 CUP 活性[42-43]。Shaffer等[44]發(fā)現(xiàn)擬肽類化合物,如化合物C10和KSK85,不僅能夠抑制幽門螺旋桿菌T4SS所介導(dǎo)效應(yīng)蛋白的轉(zhuǎn)運(yùn),兩者也能抑制質(zhì)粒在大腸桿菌間的接合轉(zhuǎn)移?;衔顲10和KSK85(150 μmol/L)都可導(dǎo)致質(zhì)粒pKM101的接合效率降低到對(duì)照組的25%左右,并分別導(dǎo)致IncF型質(zhì)粒R1-16的接合效率降低到對(duì)照組的50%和90%左右[44]。值得注意的是,化合物C10和KSK85僅在2-吡啶酮的萘取代基上相差一個(gè)甲氧基(圖6),但KSK85能夠阻礙T4SS相關(guān)菌毛結(jié)構(gòu)的組裝(圖2),而C10對(duì)菌毛的結(jié)構(gòu)沒(méi)有顯著影響。推測(cè)KSK85可能通過(guò)影響菌毛結(jié)構(gòu)完整性,從而降低質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移,而C10可能通過(guò)其他方式發(fā)揮作用。
圖6 擬肽類化合物的化學(xué)結(jié)構(gòu)Fig. 6 Chemical structure of peptidomimetic compounds
納米材料(nanoparticles,NPs)的基本組成單元是納米微粒,納米微粒尺寸(1-100 nm之間)介于原子簇和宏觀物體之間,具有表面效應(yīng)、小尺寸效應(yīng)、量子尺寸效應(yīng)和宏觀量子隧道效應(yīng)的基本特性。近年來(lái),隨著納米技術(shù)的發(fā)展,納米抗菌材料在抗細(xì)菌感染治療方面也展現(xiàn)出巨大的應(yīng)用前景,如多種金屬及金屬氧化物納米粒子通過(guò)破壞細(xì)菌蛋白質(zhì)和DNA、提高活性氧簇(reactive oxygen species,ROS)含量和破壞細(xì)胞膜完整性等機(jī)制發(fā)揮抗菌作用[45-46]。納米材料也能夠影響質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的效率,最初研究者發(fā)現(xiàn)多種納米材料(Nano-Al2O3、Nano-TiO2、Nano-SiO2和 Nano-Fe2O3)對(duì)質(zhì)粒RP4、RK2[47]和 pCF10的接合轉(zhuǎn)移有促進(jìn)作用,使質(zhì)粒接合頻率提高了近100倍,可能與此類納米材料(5-50 mmol/L)可提高細(xì)菌內(nèi)活性氧的含量和應(yīng)急反應(yīng)(SOS)有關(guān)[48]。隨后,多項(xiàng)研究表明其他納米材料(CuO NPs、Ag NPs)也可提高細(xì)菌內(nèi)活性氧含量和SOS反應(yīng)水平,并提高了質(zhì)粒在細(xì)菌間的接合轉(zhuǎn)移[49-50]。
近年來(lái),研究者陸續(xù)發(fā)現(xiàn)不同金屬、不同濃度的納米材料對(duì)質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的影響不同。Wang等[51]發(fā)現(xiàn)Fe2O3促進(jìn)RP4(IncP)質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移,MoS2對(duì)質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移無(wú)影響,而Fe2O3@MoS2復(fù)合納米材料(100 mg/L)可顯著抑制RP4在大腸桿菌向糞腸球菌、大腸桿菌與大腸桿菌間的質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移,其抑制效果分別高達(dá)10和100倍以上,該抑制活性主要是由于復(fù)合納米材料抑制接合轉(zhuǎn)移相關(guān)基因(trfA和trbB)和外膜孔道基因(ompA和ompC)的表達(dá)等。Parra等[52]發(fā)現(xiàn) 50 mg/L Cu NPs導(dǎo)致IncP質(zhì)粒從羅爾斯通氏菌轉(zhuǎn)移到惡臭假單胞菌的接合頻率降低到對(duì)照組的10%。另外,Yu等[53]研究發(fā)現(xiàn)高濃度的CeO2NPs(25和 50 mg/L)致使IncP型 RP4質(zhì)粒在大腸桿菌間的接合頻率提高到對(duì)照組的118%-123%,而較低濃度(1和 5 mg/L)導(dǎo)致質(zhì)粒的接合頻率降低到對(duì)照組的22%-26%。進(jìn)一步探究CeO2NPs抑制質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的機(jī)制發(fā)現(xiàn),低濃度CeO2NPs(1 mg/L)可降低細(xì)菌內(nèi)活性氧的積累、降低SOS反應(yīng)、減少胞外聚合物(extracellular polymeric substances,EPS)。EPS的存在可提高細(xì)胞間“接合通道”的穩(wěn)定性、降低接合轉(zhuǎn)移相關(guān)基因(如trbBp、trfAp基因)的表達(dá)水平,而高濃度CeO2NPs(50 mg/L)處理后的細(xì)菌則呈現(xiàn)出相反的結(jié)果[53]。類似的,Liu等[54]再次證明了納米硫化零價(jià)鐵可通過(guò)上述相似機(jī)制,顯著降低RP4從大腸桿菌向假單胞菌的轉(zhuǎn)移效率。
雖然目前已報(bào)道的金屬納米材料對(duì)質(zhì)粒轉(zhuǎn)移效率的影響有所差異,但根據(jù)上述數(shù)據(jù)可以發(fā)現(xiàn),當(dāng)納米材料抑制細(xì)菌SOS反應(yīng)時(shí),質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移效率下降。現(xiàn)有的研究表明,質(zhì)粒以單鏈DNA形式在細(xì)菌間進(jìn)行接合轉(zhuǎn)移時(shí),激發(fā)細(xì)菌SOS反應(yīng)有助于提高細(xì)菌基因組穩(wěn)定性,以確保質(zhì)粒在細(xì)菌間順利完成轉(zhuǎn)移[55-56]。由此推測(cè)納米材料通過(guò)抑制細(xì)菌SOS反應(yīng),導(dǎo)致質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移效率下降。另外,Crane等[57]研究者發(fā)現(xiàn)鋅(如鋅離子載體、吡硫鋅)通過(guò)抑制SOS反應(yīng),發(fā)揮其抑制質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的功能。綜上,納米材料可通過(guò)降低細(xì)菌SOS反應(yīng)、降低接合轉(zhuǎn)移相關(guān)基因表達(dá)和降低細(xì)菌間胞外聚合物含量等形式,導(dǎo)致質(zhì)粒的轉(zhuǎn)移效率降低。
等離子體(plasma)是氣體在高壓電場(chǎng)間被擊穿,致使原子及原子團(tuán)被電離而產(chǎn)生的正負(fù)離子組成的離子化氣體狀物質(zhì)。隨著等離子體技術(shù)的發(fā)展,等離子體已被廣泛運(yùn)用于材料、化工醫(yī)療等領(lǐng)域。等離子體環(huán)境可破壞細(xì)菌正常的生理功能,因此被用于醫(yī)療器械、食品、牙齒等的消毒與滅菌。最近,Li等[58]發(fā)現(xiàn),大腸桿菌經(jīng)等離子體(10 min,9 kV)處理后,其質(zhì)粒的接合頻率發(fā)生顯著下降。研究者還發(fā)現(xiàn)在表面等離子氧化條件下,添加NO3-、Cu2+、和Fe2+時(shí),98%質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移受到抑制,同時(shí)顯著消除了細(xì)菌的耐藥基因(如tet(C)、tet(W)、blaTEM-1和aac(3)-II基因)[59]。與納米材料抑制質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的機(jī)制相似,研究者證實(shí)了等離子體可降低細(xì)菌胞內(nèi)活性氧含量、ROS反應(yīng)、細(xì)胞間的黏附性(如胞外聚合物含量降低),從而導(dǎo)致質(zhì)粒接合頻率下降[59]。
除上述幾類抑制劑外,還有一些有苗頭的化合物,如松弛酶抑制劑。鑒于松弛酶是啟動(dòng)質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵因子,開(kāi)發(fā)以此為靶點(diǎn)的抑制劑,具有潛在的應(yīng)有前景。Lujan等[60]發(fā)現(xiàn)雙膦酸鹽能夠通過(guò)抑制供體菌松弛酶的活性(圖2),顯著性抑制F質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移。隨后Nash等[61]評(píng)估了雙膦酸鹽對(duì)不同質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的影響,發(fā)現(xiàn)雙膦酸鹽特異性抑制F質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移,而對(duì)質(zhì)粒R100和pCU1影響較小,并發(fā)現(xiàn)該化合物是金屬螯合物,主要發(fā)揮抑制細(xì)菌生長(zhǎng)的功能。單鏈Fv抗體是另一種以松弛酶為靶標(biāo)的接合抑制劑,Garcillán-Barcia等[24]發(fā)現(xiàn)單鏈Fv抗體能夠抑制質(zhì)粒R388松弛酶(TrwC)的活性,當(dāng)Fv抗體在受體細(xì)胞中表達(dá)時(shí),可降低質(zhì)粒在細(xì)胞間的接合頻率。
另外,還有其他類化合物也展現(xiàn)出具有抑制質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移的功能,如自由亞硝酸通過(guò)改變細(xì)菌胞內(nèi)鐵離子濃度、抑制接合轉(zhuǎn)移相關(guān)基因表達(dá),導(dǎo)致質(zhì)粒RP4在大腸桿菌間的接合轉(zhuǎn)移頻率顯著下降[62]。盡管有研究報(bào)道褪黑素可抑制質(zhì)粒的接合頻率[63],特別是導(dǎo)致攜帶mcr-1基因質(zhì)粒的接合頻率顯著性下降,但應(yīng)注意的是,褪黑素和黏菌素具有協(xié)同殺菌效果[64],mcr-1陽(yáng)性接合子的減少可能主要是由于兩個(gè)藥物同時(shí)篩選接合子時(shí)產(chǎn)生的協(xié)同殺菌作用所致,而非褪黑素抑制mcr-1質(zhì)粒轉(zhuǎn)移所致。
質(zhì)粒是耐藥基因傳播的主要載體之一,降低質(zhì)粒在細(xì)菌間的接合轉(zhuǎn)移效率,可有效防控耐藥基因/耐藥菌的傳播和擴(kuò)散。在松弛酶、偶聯(lián)蛋白以及接合轉(zhuǎn)移T4SS系統(tǒng)共同調(diào)控下,質(zhì)粒從供體細(xì)菌通過(guò)接合通道單向轉(zhuǎn)移至受體細(xì)菌中,致使質(zhì)粒攜帶的耐藥基因在不同細(xì)菌間傳播。接合抑制劑通過(guò)降低質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移能力,從而減緩耐藥基因/耐藥菌的擴(kuò)散,是一種有潛力的新型抗菌策略[4-5,19]。
目前多數(shù)接合抑制劑顯示出較好的抑制活性,主要是通過(guò)破壞T4SS系統(tǒng)所編碼轉(zhuǎn)移通道的結(jié)構(gòu)和功能的完整性,導(dǎo)致質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移能力下降,其中部分抑制劑,如脂肪酸類、亞水楊基酰肼類和擬肽類化合物等,是以某一類接合T4SS系統(tǒng)為靶標(biāo)篩選出來(lái)的化合物,只對(duì)特異質(zhì)粒有抑制活性,存在抑制譜較窄的問(wèn)題[27,29,40,44]。黃霉素在體外和體內(nèi)均顯示出較好的接合抑制活性,但其抑制機(jī)制還有待于進(jìn)一步研究[32-34]。金屬納米材料是近幾年報(bào)道較多、活性較強(qiáng)的接合抑制劑,主要是通過(guò)干擾細(xì)菌生理功能降低耐藥質(zhì)粒的傳播,沒(méi)有質(zhì)粒特異性,具有良好的應(yīng)用前景,但由于不同濃度金屬原材料對(duì)質(zhì)粒轉(zhuǎn)移的影響不同,不能忽視由其所帶來(lái)的潛在風(fēng)險(xiǎn)[51-54]。另外,接合轉(zhuǎn)運(yùn)通道和菌毛為膜蛋白復(fù)合體,蛋白分離純化難度較大,導(dǎo)致靶點(diǎn)不明確,難以明確構(gòu)效關(guān)系,存在難以優(yōu)化藥物結(jié)構(gòu)的缺陷。
盡管存在上述局限,接合抑制劑所具備的優(yōu)勢(shì)也不容忽視。抑制劑因不靶向細(xì)菌的生存與繁殖,對(duì)細(xì)菌選擇壓力小,具有不易誘導(dǎo)耐藥性產(chǎn)生的特點(diǎn)。再者,多數(shù)抑制劑的靶標(biāo)是T4SS系統(tǒng)的轉(zhuǎn)運(yùn)通道和菌毛(位于細(xì)菌外膜上)[4,17,44],規(guī)避了傳統(tǒng)抗菌藥物難以穿過(guò)細(xì)胞膜或被外排泵排出的問(wèn)題,具備較容易到靶標(biāo)的優(yōu)點(diǎn),展示了良好的應(yīng)用前景。隨著對(duì)T4SS系統(tǒng)結(jié)構(gòu)和功能的深入研究,該系統(tǒng)所編碼的蛋白組件不斷被分離純化和解析[65-67],靶向T4SS的小分子化合物設(shè)計(jì)和優(yōu)化工作將不斷提升,未來(lái)有望開(kāi)發(fā)更具成藥性的小分子接合抑制劑。