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煙臺(tái)地區(qū)3785例新生兒遺傳性耳聾基因位點(diǎn)篩查分析

2022-09-22 07:31張彥紅高凌云李穎斌馬莉劉日明
關(guān)鍵詞:遺傳性耳聾基因突變

張彥紅 高凌云 李穎斌 馬莉 劉日明

耳聾是我國(guó)常見的出生缺陷之一,給患者帶來了巨大的痛苦和生活不便。我國(guó)耳聾在新生兒中的發(fā)病率為1‰~3.47‰,遺傳因素致聾比例高達(dá)50%~60%[1]。目前,遺傳性耳聾相關(guān)基因很多,我國(guó)人群中耳聾基因的突變70%來源于GJB2、GJB3、SLC26A4和mt DNA 12S rRNA[2~6]。為了解煙臺(tái)地區(qū)新生兒耳聾基因的突變情況,本研究采用微陣列基因芯片方法篩查,并聯(lián)合Sanger測(cè)序進(jìn)行驗(yàn)證,探討耳聾基因篩查在預(yù)防新生兒遺傳性耳聾發(fā)生的意義。

1 資料與方法

1.1 研究對(duì)象

選取2017年11月1日~2021年6月30日煙臺(tái)毓璜頂醫(yī)院正常分娩的3785例新生兒作為研究對(duì)象,該研究經(jīng)院倫理委員會(huì)批準(zhǔn),監(jiān)護(hù)人接受新生兒遺傳性耳聾基因檢測(cè),并簽署知情同意書。按照《新生兒疾病篩查技術(shù)規(guī)范(2010 版)》和采血常規(guī)要求[7],采取新生兒足跟血制備濾紙干血斑,4 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2 儀器與試劑

采用15項(xiàng)遺傳性耳聾相關(guān)基因檢測(cè)試劑盒(微陣列芯片法)(北京博奧晶典生物技術(shù)有限公司,國(guó)械注準(zhǔn)20173401343)。芯片洗干儀(北京博奧晶典生物技術(shù)有限公司,晶芯SlideWasher 24),微陣列芯片掃描儀(北京博奧晶典生物技術(shù)有限公司,晶芯LuxScan 10K-B)。

1.3 方法

1.3.1 DNA提取 采用打孔器取1個(gè)直徑6 mm干血斑標(biāo)本,采用濾紙干血斑核酸提取試劑盒進(jìn)行基因組DNA提取。

1.3.2 PCR擴(kuò)增 按照被檢樣品數(shù)的3倍準(zhǔn)備200 μl八聯(lián)排管,并在管上標(biāo)記樣品編號(hào),3套管一一對(duì)應(yīng)。將融化后混勻的PCR擴(kuò)增試劑A、B、C按20 μl/管分別裝到3個(gè)PCR擴(kuò)增管中。向A、B、C3管擴(kuò)增試劑中分別加入5 μl樣品基因組DNA,作為PCR擴(kuò)增的模板,每份PCR反應(yīng)體系總體積為25 μl,在ABI 9700上進(jìn)行擴(kuò)增,擴(kuò)增條件:階段1:活化37℃ 10 min,95℃ 15 min;階段2:35個(gè)循環(huán)(95℃30 s;變溫速度 0.4 ℃/s;57 ℃ 30 s;變溫速度0.2 ℃/s;70℃ 45 s);降溫60 ℃ 10 min,12 ℃ 1 h。

1.3.3 芯片檢測(cè) 將PCR產(chǎn)物純化、雜交、芯片洗滌干燥(開啟芯片洗干儀,設(shè)置參數(shù):洗滌Ⅰ,42 ℃,洗滌1次,2 min,力度3;洗滌Ⅱ,42 ℃,洗滌2次,每次1 min,力度3)、使用晶芯?LuxScan?10K-B微陣列芯片掃描儀和晶芯?15項(xiàng)遺傳性耳聾基因檢測(cè)分析系統(tǒng)(微陣列芯片法)進(jìn)行信號(hào)讀取及判斷和結(jié)果判讀檢測(cè)結(jié)果由晶芯?十五項(xiàng)遺傳性耳聾基因檢測(cè)分析系統(tǒng)(微陣列芯片法)自動(dòng)判讀。

1.3.4 結(jié)果驗(yàn)證 對(duì)基因芯片檢測(cè)出現(xiàn)突變位點(diǎn)的樣本使用一代測(cè)序法(Sanger測(cè)序法)進(jìn)行驗(yàn)證。

1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

采用SPSS 23.0軟件對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。組間比較采用Pearson和似然比卡方檢驗(yàn),兩兩比較采用Bonferroni法,以P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 耳聾基因突變?cè)谛詣e中的分布情況

3785例新生兒遺傳性耳聾基因檢測(cè),總共檢出255例突變,總突變率為6.74%。3785例新生兒包括2135例男孩和1650例女孩,其突變攜帶率分別為6.93%(148/2135)和6.48%(107/1650),男孩略高于女孩,但無顯著差異(χ2=0.296,P=0.586)。

2.2 耳聾基因單基因突變檢測(cè)情況

3785例新生兒中,單基因雜合突變242例,突變率6.39%。其中GJB2突變攜帶者134例,攜帶率3.55%(134/3785);SLC26A4突變攜帶者85例,攜帶率2.25%(85/3785);GJB3突變攜帶者12例,攜帶率0.32%(12/3785);線粒體耳聾基因相關(guān)突變攜帶者11例,攜帶率0.29%(11/3785),其中8例1555 A>G同質(zhì)突變和3例1555 A>G異質(zhì)突變。對(duì)于煙臺(tái)地區(qū)新生兒耳聾基因單基因突變,GJB2突變率最高,其次是SLC26A4,GJB3和mt DNA 12S rRNA突變率最低,見表1。

表1 3785例新生兒耳聾基因單基因突變位點(diǎn)篩查結(jié)果

2.3 耳聾基因多位點(diǎn)突變檢測(cè)情況

3785例新生兒中,有13例耳聾基因雙位點(diǎn)突變,突變率0.34%(13/3785)。其中,6例非等位基因復(fù)合雜合突變(1例c.235delC/c.538 C>T、2例c.299_300delAT/IVS 7-2 A>G、1例c.299_300delAT/c .2168 A>G、1例c.235delC/IVS15+5 G>A和1例c.235delC/IVS 7-2 A>G),5例等位基因復(fù)合雜合突變(1例c.235delC/c.299_300delAT、3例c.2168 A>G/IVS 7-2 A>G和1例c.2168 A>G/C.1975G>C),2例核基因與線粒體基因復(fù)合變異(2例c.235delC/m.1555 A>G),見表2。

表2 3785例新生兒耳聾基因雙位點(diǎn)突變篩查結(jié)果

2.4 與山東省耳聾基因突變情況比較

為了解煙臺(tái)地區(qū)新生兒耳聾基因在山東省的突變情況,本研究匯總山東省各地區(qū)(煙臺(tái)、東營(yíng)、濟(jì)寧、淄博、濟(jì)南、威海)近5年新生兒耳聾基因的情況[6,8~11]。山東省各地區(qū)累計(jì)檢測(cè)102903例新生兒,共檢出耳聾基因 突變攜帶者5703例,總突變率5.54%,分別檢出2781例GJB2、2143例SLC26A4、414例GJB3、303例mtDNA 12S rRNA和62例多位點(diǎn)復(fù)合變異,其突變率分別是2.70%、2.08%、0.40%、0.29%和0.06%。對(duì)于新生兒耳聾基因總突變率和GJB2突變率,煙臺(tái)地區(qū)(6.74%,3.55%)顯著高于山東省平均突變情況(5.54%,2.70%;χ2=32.20,P<0.001);而SLC26A4、GJB3和mtDNA 12S rRNA基因突變率煙臺(tái)地區(qū)與山東省平均突變情況相比無顯著性差異(P>0.05)。針對(duì)相同的檢測(cè)方法(微陣列芯片檢測(cè)法)和篩查位點(diǎn)(4個(gè)基因15個(gè)位點(diǎn)),煙臺(tái)地區(qū)耳聾基因突變率與淄博地區(qū)比較,有顯著差異(χ2=81.22,P<0.001)。對(duì)于新生兒耳聾基因總突變率,煙臺(tái)地區(qū)(6.74%)明顯高于淄博地區(qū)(5.20%)(P<0.05)。對(duì)于GJB2基因突變率,煙臺(tái)地區(qū)(3.55%)與淄博地區(qū)(2.63%)相比,有顯著差異(P<0.05)。對(duì)于SLC26A4、GJB3和mtDNA 12S rRNA基因突變率,煙臺(tái)地區(qū)與淄博地區(qū)相比,均無顯著性差異(P>0.05)。總體而言,對(duì)于新生兒耳聾基因總突變率和GJB2基因突變率,煙臺(tái)地區(qū)明顯高于山東省平均突變率;對(duì)于SLC26A4、GJB3和mtDNA 12S rRNA基因突變率,與山東省平均突變率相比無差異(P>0.05),見表3。

表3 山東省各地區(qū)耳聾基因突變情況匯總[%(n)]

3 討論

耳聾是一種常見的感覺障礙性疾病,遺傳、環(huán)境因素或兩者共同作用,60%以上與遺傳因素有關(guān)[1]。遺傳性耳聾基因很多,截止目前耳聾基因至少有121個(gè)[2],其變異位點(diǎn)和遺傳模式存在高度異質(zhì)性,導(dǎo)致病因診斷的困難。因此,開展新生兒耳聾基因篩查,可早診斷、早治療,有效干預(yù)耳聾的發(fā)生,尤其是母系遺傳的藥物性耳聾基因和遲發(fā)型耳聾基因所致。

GJB2、GJB3、SLC26A4和線粒體mt DNA 12S rRNA是遺傳性耳聾常見的致病基因[2,12]。本研究利用微陣列芯片法檢測(cè)4個(gè)基因15個(gè)位點(diǎn),發(fā)現(xiàn)3785新生兒中有255例耳聾基因突變,突變率為6.74%,高于山東省耳聾基因平均突變情況(5.54%),也高于淄博地區(qū)報(bào)道的4個(gè)基因15個(gè)位點(diǎn)的耳聾突變率(5.20%)[9]??傮w上,煙臺(tái)地區(qū)新生兒耳聾基因的突變率高于山東省平均突變率,為煙臺(tái)地區(qū)新生兒預(yù)防遺傳性耳聾有一定指導(dǎo)意義。

我國(guó)人群中,GJB2基因是最常見的非綜合征型遺傳性耳聾突變基因,該基因位于13q11~q12,編碼縫隙連接蛋白26,屬于常染色體隱性遺傳[13]。GJB2基因突變導(dǎo)致聽力損失的個(gè)體化差異較大,但大部分患者可通過植入人工耳蝸改善聽力。本研究,煙臺(tái)地區(qū)GJB2基因突變率(3.55%),明顯高于淄博地區(qū)(2.63%)該基因的突變率[9],也高于山東省平均突變率水平(2.70%),也高于國(guó)內(nèi)人群流調(diào)GJB2基因突變率(2.42%)[1]。其中,以c.235delC檢出率最高,而c.35delG位點(diǎn)在本研究中僅檢測(cè)出1例。同時(shí),還檢出6例非等位基因復(fù)合雜合突變、2例核基因與線粒體復(fù)合突變和1例等位基因復(fù)合雜合突變。

SLC26A4基因位于7q31,含21個(gè)外顯子,編碼穿膜蛋白Pendrin,屬于常染色體隱性遺傳,其突變會(huì)導(dǎo)致先天性或遲發(fā)性耳聾,通常伴有前庭水管擴(kuò)大[14]。本研究篩查發(fā)現(xiàn)85例SLC26A4單基因雜合突變(2.25%),與山東省平均突變率(2.08%)無顯著差異;與淄博地區(qū)(1.88%)相比無顯著差異[9]。其中,煙臺(tái)地區(qū)IVS 7-2 A>G位點(diǎn)檢出率(1.32%)最高,這與國(guó)內(nèi)流調(diào)檢出率(1.34%)相一致[1],而c.1229 C>T位點(diǎn)僅檢出1例。同時(shí),檢出4例SLC26A4等位基因復(fù)合雜合突變(3例c.2168 A>G/IVS 7-2 A>G和1例c.2168 A>G/C.1975G>C)。

GJB3基因位于1p33~35,編碼縫隙連接蛋白31,該基因突變可導(dǎo)致高頻聽力損失或后天性耳聾[15]。攜帶GJB3基因c.538C>T位點(diǎn)雜合突變的35例攜帶者(年齡23~37歲)聽力正常[16]。本研究發(fā)現(xiàn)12例攜帶GJB3基因c.538C>T位點(diǎn)雜合的新生兒(0.32%),與山東省該基因的平均突變率(0.40%)相比無顯著性差異(P>0.05),與淄博地區(qū)報(bào)道相一致[9]。遺傳性耳聾基因篩查規(guī)范認(rèn)為,如果攜帶該基因變異者通過新生兒聽力初篩,建議進(jìn)入常規(guī)兒童保健流程,除非有聽力下降的表現(xiàn),否則不需要進(jìn)行定期聽力檢查[1]。因此,攜帶GJB3基因的新生兒聽力正常,可以不需要定期監(jiān)測(cè)聽力情況;若未通過,則需要進(jìn)一步行診斷性聽力檢查,以明確耳聾的病因。

線粒體耳聾相關(guān)基因變異(均質(zhì)性變異或異質(zhì)性變異)受檢者及母系家族成員均為藥物敏感個(gè)體,應(yīng)終生慎用氨基糖苷類抗生素,以避免藥物性耳聾的發(fā)生[17]。目前線粒體耳聾相關(guān)基因研究最多位點(diǎn)是mtDNA12S rRNA的mt.1555A>G和mt.1494C>T位點(diǎn)。本研究共檢出13例線粒體相關(guān)耳聾基因突變,均是mt.1555A>G位點(diǎn)的突變,mt.1494C>T位點(diǎn)未檢出。本研究mtDNA12S rRNA基因突變率(0.29%),與山東省該基因平均突變率(0.29%)相一致,與淄博地區(qū)報(bào)道的突變率也無統(tǒng)計(jì)學(xué)上的差異[9]。其中包括11例線粒體突變(8例均質(zhì)性突變和3例異質(zhì)性突變)和2例核基因與線粒體復(fù)合突變。對(duì)于線粒體耳聾相關(guān)基因突變的患者,避免使用氨基糖苷類抗生素,以防止藥物性耳聾的發(fā)生。

綜上所述,本研究通過對(duì)煙臺(tái)地區(qū)3785例新生兒進(jìn)行耳聾基因篩查,初步確定煙臺(tái)地區(qū)常見遺傳性耳聾基因的突變類型和突變率。發(fā)現(xiàn)煙臺(tái)地區(qū)耳聾基因總突變率明顯高于山東省平均突變率,尤其是GJB2基因的突變率要高于山東省其他地區(qū),將考慮擴(kuò)大研究新生兒的數(shù)量,結(jié)合聽力篩查,明確煙臺(tái)地區(qū)新生兒的耳聾情況。及時(shí)干預(yù)和治療,有效預(yù)防和減少耳聾的發(fā)生。

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