国产日韩欧美一区二区三区三州_亚洲少妇熟女av_久久久久亚洲av国产精品_波多野结衣网站一区二区_亚洲欧美色片在线91_国产亚洲精品精品国产优播av_日本一区二区三区波多野结衣 _久久国产av不卡

?

基于腫瘤基因組圖譜數(shù)據(jù)庫分析血管活性腸肽受體1基因在肺腺癌組織中的表達(dá)及其臨床意義

2022-05-18 01:49李曉博王華啟王云飛魏小婉張國俊
河南醫(yī)學(xué)研究 2022年9期
關(guān)鍵詞:抑制性髓系腺癌

李曉博,王華啟,王云飛,魏小婉,張國俊

(鄭州大學(xué)第一附屬醫(yī)院 呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科,河南 鄭州 450052)

人口老齡化、環(huán)境惡化、不良生活習(xí)慣等使全球癌癥負(fù)擔(dān)急劇增加。癌癥在中國也成為主要的死亡原因,病例數(shù)每年仍在上升,其中肺癌是我國乃至全世界發(fā)病率及病死率最高的癌癥[1]。2020年,在我國所有疾病中,肺癌病死率居第四,其中肺腺癌已經(jīng)超越肺鱗癌成為發(fā)病率最高的肺癌類型[2]。由于早期肺腺癌多無明顯的臨床癥狀,大多數(shù)患者初次就診時已經(jīng)處于晚期。目前常用于肺腺癌臨床診斷及早期篩查的指標(biāo)有甲狀腺轉(zhuǎn)錄因子1、NapsinA、細(xì)胞角蛋白7、白細(xì)胞分化抗原15等,但其特異度和靈敏度均欠佳,能夠反映預(yù)后的相關(guān)標(biāo)志分子也有待進(jìn)一步探索。早期肺腺癌常選擇手術(shù)治療,Ⅲ期多以放化療為主,Ⅳ期則以全身治療為主,可選擇放化療結(jié)合靶向治療及免疫治療。靶向治療及免疫療法已經(jīng)成為晚期肺腺癌的一線療法,雖然在臨床實踐中取得了一定的成績,但是患者易出現(xiàn)耐藥且5 a生存率仍然不高,所以積極尋找相關(guān)分子標(biāo)志物對于肺腺癌的診斷和治療有重要意義。血管活性腸肽(vasoactive intestinal peptide,VIP)參與肺上皮和腸上皮平滑肌松弛,具有營養(yǎng)神經(jīng)的作用,能夠促進(jìn)外周神經(jīng)元存活并抑制損傷后神經(jīng)元的死亡[3],可以通過上調(diào)P53,下調(diào)核因子-κB、血管內(nèi)皮生長因子、CD-34表達(dá)水平抑制人腎細(xì)胞癌A498細(xì)胞的增殖及轉(zhuǎn)移[4],同時也具有免疫調(diào)節(jié)功能,是巨噬細(xì)胞、B細(xì)胞、T細(xì)胞的特異性趨化因子和激活因子[5-6],并且能抑制腫瘤壞死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白細(xì)胞介素6(interleukin-6,IL-6)、IL-12、巨噬細(xì)胞炎癥蛋白1(macrophage inflammatory protein 1,MIP-1)、MIP-2在內(nèi)的多種促炎因子及趨化因子的產(chǎn)生[4],促進(jìn)抗炎細(xì)胞因子IL-10、IL-1R 等 拮 抗 劑 的 產(chǎn) 生,其 中TNF-α、IL-12、MIP-1、MIP-2、IL-10主要通過血管活性腸肽受體1(vasoactive intestinal peptide receptor 1,VIPR1)調(diào)節(jié)[7]。VIPR1是VIP最主要的作用受體,主要存在于人腦的一些區(qū)域,也在大鼠和人類肺巨噬細(xì)胞、肺靜脈血管平滑肌和從支氣管至呼吸性細(xì)支氣管的氣道上皮中表達(dá)[8]。VIPR1在不同腫瘤組織中呈不同表達(dá),在乳腺癌組織中的表達(dá)量高于正常乳腺組織的5倍[9],在胰腺癌[10]、肝癌[11]、甲狀腺癌[12]、非小細(xì)胞肺癌[13]腫瘤組織中的表達(dá)量則低于正常組織。在乳腺癌中VIP作用于VIPR1能引起癌細(xì)胞增殖[14],而肝細(xì)胞癌中,高表達(dá)VIPR1患者的預(yù)后相對較好[11]。越來越多研究證明VIPR1在人類癌癥的鑒別及治療中起重要作用,如在前列腺癌中拮抗VIP與VIPR1的結(jié)合能抑制腫瘤細(xì)胞生長[11],在乳腺癌中作為分子靶點進(jìn)行腫瘤組織功能成像及靶向化療[15]。在肺腺癌中上調(diào)VIPR1基因的表達(dá)能抑制H1299細(xì)胞的生長[16-17]。近年來,免疫治療日益成為肺癌治療的熱點,其效果也與腫瘤微環(huán)境中的免疫細(xì)胞浸潤有關(guān)。目前尚無VIPR1基因在肺腺癌免疫浸潤中的作用的相關(guān)研究,所以本研究擬通過多種生物信息學(xué)方法對VIPR1基因在肺腺癌中的作用進(jìn)行研究,并挖掘其對免疫細(xì)胞浸潤模式的影響,為臨床提供新的免疫相關(guān)基因的預(yù)后標(biāo)志物。

1 資料與方法

1.1 數(shù)據(jù)資料收集及整理分析從腫瘤基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)數(shù)據(jù)庫下載肺腺癌患者轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和臨床病理數(shù)據(jù)(535例為腫瘤樣本,59例為正常對照樣本),分析腫瘤組織和正常組織基因表達(dá)的差異,通過單因素Cox回歸分析探討VIPR1表達(dá)水平與肺腺癌患者總生存時間的關(guān)系。選取T分期、M分期、N分期、年齡、性別、臨床分期作為肺腺癌臨床病理特征。用箱線圖顯示正常組和腫瘤組基因表達(dá)的差異。

1.2 基因富集分析采用GSEA 4.0.1軟件分析探索與VIPR1相關(guān)的重要信號通路。根據(jù)VIPR1表達(dá)水平分為高表達(dá)組及低表達(dá)組。通過基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)網(wǎng) 站 獲 取c2.cp.kegg.v7.4.symbols.gmt數(shù)據(jù)集。采用缺省加權(quán)富集統(tǒng)計方法進(jìn)行富集分析并設(shè)置隨機組合次數(shù)為1 000次。

1.3 免疫浸潤評估采用CIBERSORT(http://cibersort.stanford.edu/)估算肺腺癌組織及正常肺組織中22種免疫細(xì)胞的組成。通過反卷積算法,采用CIBERSORT軟件基于標(biāo)準(zhǔn)化的基因表達(dá)數(shù)據(jù)計算復(fù)雜細(xì)胞中的免疫細(xì)胞組成,并給出計算結(jié)果的可信度,將P<0.05作為計算所得結(jié)果可靠。

1.4 VIPR1與免疫浸潤細(xì)胞關(guān)系分析通過TIMER 2.0數(shù)據(jù)庫(http://timer.cistrome.org/)的Immune板塊分析VIPR1表達(dá)水平與CD4+T細(xì)胞、B細(xì)胞、中性粒細(xì)胞、髓系抑制性細(xì)胞等免疫細(xì)胞浸潤的關(guān)系,在所有計算結(jié)果中選擇腫瘤類別為肺腺癌,保存并下載所需結(jié)果至本地計算機。

1.5 統(tǒng)計學(xué)方法采用R 4.1.0軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。采用Wilcoxon秩和檢驗比較肺腺癌組織和正常肺組織中VIPR1的表達(dá),采用單因素方差分析比較不同TNM分期肺腺癌組織中VIPR1的表達(dá)水平,采用Spearman相關(guān)性檢驗分析兩組間的相關(guān)性,通過Kaplan-Meier曲線分析VIPR1與總生存期的關(guān)系,并采用log-rank法進(jìn)行檢驗。檢驗水準(zhǔn)α=0.05。

2 結(jié)果

2.1 VIPR1基因在肺腺癌組織和正常組織中的表達(dá)通過TCGA公共數(shù)據(jù)庫分析VIPR1在肺腺癌組織及正常肺組織中的差異,結(jié)果顯示VIPR1在正常肺組織中的表達(dá)水平較肺腺癌組織高,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.05)。見圖1。

圖1 VIPR1基因在肺腺癌組織和正常組織中的表達(dá)

2.2 VIPR1基因高表達(dá)組和低表達(dá)組的預(yù)后VIPR1高表達(dá)組患者的預(yù)后較低表達(dá)組好(P<0.05)。見圖2。

圖2 VIPR1高低表達(dá)組的預(yù)后分析

2.3 VIPR1基因表達(dá)水平與肺腺癌患者的臨床病理特征關(guān)系根據(jù)VIPR1在肺腺癌組織中表達(dá)的中位值,將患者分為高表達(dá)組(267例)和低表達(dá)組(268例),其中,部分患者的性別(22例)、年齡(41例)、T分期(25例)、N分期(34例)、M 分期(166例)、臨床分期(30例)、生存狀態(tài)(23例)信息不完整,未對該部分患者相關(guān)信息分析。進(jìn)一步分析肺腺癌中VIPR1表達(dá)與臨床病理特征的關(guān)系,結(jié)果顯示VIPR1的表達(dá)與患者的生存狀態(tài)(P<0.001)、N 分 期(P=0.010)、臨 床 分 期(P=0.011)有關(guān),與性別、年齡、T分期、M 分期無關(guān)(P>0.05)。見表1。

表1 不同臨床特征肺腺癌患者VIPR1的表達(dá)[n(%)]

2.4 VIPR1低表達(dá)組的功能富集分析通過VIPR1表達(dá)的中位數(shù)將肺腺癌患者分為高、低表達(dá)組,GSEA富集分析結(jié)果表明,VIPR1低表達(dá)樣本富集在一些信號通路中,如細(xì)胞周期通路、P53信號通路、DNA復(fù)制通路、RNA降解通路等。見表2。

表2 VIPR1低表達(dá)組基因功能富集分析

2.5 肺腺癌和正常組織中免疫細(xì)胞浸潤情況肺癌組織與正常組織中免疫細(xì)胞的浸潤構(gòu)成存在差異。肺腺癌組織中幼稚B細(xì)胞、漿細(xì)胞、激活的CD4+T細(xì)胞、濾泡輔助T細(xì)胞、調(diào)節(jié)性T細(xì)胞、γδT細(xì)胞、M1型巨噬細(xì)胞、靜息的樹突狀細(xì)胞浸潤水平較正常肺組織高(P<0.05),而正常肺組織靜息的CD4+T細(xì)胞、靜息的NK細(xì)胞、單核細(xì)胞、M0型巨噬細(xì)胞、M2型巨噬細(xì)胞、激活的樹突狀細(xì)胞、靜息的肥大細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞、中性粒細(xì)胞的浸潤水平高于肺腺癌組織(P<0.05);在兩種組織中均未發(fā)現(xiàn)幼稚的CD4+T細(xì)胞;記憶B細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞、激活的NK細(xì)胞、激活的肥大細(xì)胞在肺腺癌組織和正常組織中的浸潤水平比較,差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)。見圖3。

圖3 正常肺組織與肺腺癌組織中免疫細(xì)胞組成的差異

2.6 VIPR1基因表達(dá)水平與免疫浸潤細(xì)胞表達(dá)相關(guān)性通過TIMER 2.0分析發(fā)現(xiàn),VIPR1基因的表達(dá)水平與髓系抑制性細(xì)胞的浸潤水平(相對水平)呈負(fù)相關(guān)(r=-0.488,P<0.001)。見圖4。

圖4 VIPR1表達(dá)水平與免疫浸潤水平的相關(guān)性

3 討論

在中國,肺癌給國家?guī)砹藰O大的經(jīng)濟負(fù)擔(dān),肺癌的預(yù)防、診斷、治療仍是當(dāng)今的一大難題。目前肺腺癌尚無有效的分子標(biāo)志物及治療靶點,探討肺腺癌的生物學(xué)發(fā)病機制及分子治療靶點有重要意義。本研究通過TCGA數(shù)據(jù)庫分析發(fā)現(xiàn),肺腺癌組織的VIPR1表達(dá)水平低于正常肺組織。肺腺癌中VIPR1高表達(dá)組的生存率優(yōu)于低表達(dá)組,這提示VIPR1可能是肺腺癌的一個重要的抑癌基因,這與Zhao等[16]發(fā)現(xiàn)的在H1299細(xì)胞中過表達(dá)VIPR1能夠抑制該細(xì)胞增殖、生長及侵襲的結(jié)果相符。進(jìn)一步分析VIPR1與肺腺癌臨床特征的關(guān)系,結(jié)果顯示,VIPR1的表達(dá)與患者的生存狀態(tài)、N分期、臨床分期相關(guān),在肺腺癌患者中VIPR1的低表達(dá)可能引起腫瘤組織淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移,這往往提示預(yù)后不良。

采用GSEA軟件分析預(yù)測與肺腺癌組織中VIPR1表達(dá)相關(guān)的信號通路,結(jié)果顯示低表達(dá)VIPR1組富集在細(xì)胞周期信號通路、P53信號通路、RNA降解通路、DNA復(fù)制通路、堿基切除修復(fù)等信號通路。這些通路主要影響遺傳物質(zhì)的表達(dá),基因突變往往是癌癥發(fā)生的重要原因。

VIPR1是VIP的主要受體,VIP可以抑制TNF-α、IL-6、血管內(nèi)皮生長因子的產(chǎn)生[4]。有研究表明,前列腺素E2、TNF-α、IL-6、IL-1、血管內(nèi)皮生長因子聯(lián)合粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子可以誘導(dǎo)健康受試者外周血分離的CD33+單核細(xì)胞分化成髓系抑制性細(xì)胞[18]。髓系抑制性細(xì)胞是由未成熟的髓系祖細(xì)胞發(fā)展而來,主要分為兩大類:單核髓系抑制性細(xì)胞和多形核髓系抑制性細(xì)胞[19]。抑制性免疫浸潤微環(huán)境是造成腫瘤細(xì)胞免疫逃逸、免疫治療效果不佳的主要原因之一,髓系抑制性細(xì)胞是構(gòu)成抑制性免疫浸潤微環(huán)境的主要細(xì)胞之一,可以抑制T細(xì)胞、B細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、樹突狀細(xì)胞的作用,并且能直接作用于上皮細(xì)胞促進(jìn)其生長及突變[20]。多形核髓系抑制性細(xì)胞可以產(chǎn)生活性氧,直接破壞T細(xì)胞抗原受體與主要組織相容性復(fù)合體結(jié)合,單核髓系抑制性細(xì)胞則可以消耗T細(xì)胞重要的營養(yǎng)物質(zhì),如L-精氨酸,從而抑制T細(xì)胞的功能。腫瘤組織高浸潤的髓系抑制性細(xì)胞能夠促進(jìn)腫瘤細(xì)胞血管、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移,其往往標(biāo)志著預(yù)后不良。Li等[21]關(guān)于三陰乳腺癌小鼠模型的研究顯示,多西環(huán)素可以減少多形核髓系抑制性細(xì)胞的浸潤從而增強程序性死亡受體1抑制劑的抗瘤活性進(jìn)而抑制腫瘤的生長。有研究顯示,髓系抑制性細(xì)胞可以抑制T細(xì)胞、B細(xì)胞的功能活性,并使急性炎癥轉(zhuǎn)變?yōu)槁匝装Y,發(fā)展為癌前狀態(tài),最終發(fā)展為癌癥,抑制髓系抑制性細(xì)胞的募集,進(jìn)而抑制肺癌的進(jìn)展[22-23]。有研究顯示,激活STAT3信號通路可以增加髓系抑制性細(xì)胞的浸潤,促進(jìn)乳腺癌的進(jìn)展轉(zhuǎn)移[24]。Xu等[25]研究表明,通過P53信號通路可誘導(dǎo)髓系抑制性細(xì)胞的凋亡,進(jìn)而抑制小鼠肺癌組織的生長。本研究通過TIMER分析發(fā)現(xiàn)VIPR1低表達(dá)能促進(jìn)髓系抑制性細(xì)胞在腫瘤組織的浸潤,兩者呈負(fù)相關(guān),所以推測VIPR1對預(yù)后的影響可能是通過改變腫瘤組織髓系抑制性細(xì)胞的浸潤引起的。

綜上所述,本研究通過分析VIPR1表達(dá)水平與肺腺癌患者臨床特征的關(guān)系、對免疫微環(huán)境的影響及預(yù)后發(fā)現(xiàn),VIPR1可能作為肺腺癌臨床預(yù)后評估的指標(biāo)及靶向治療的新靶點。本研究基于TCGA數(shù)據(jù)庫大樣本患者的臨床資料、轉(zhuǎn)錄組資料進(jìn)行分析,結(jié)果可信性較高。

猜你喜歡
抑制性髓系腺癌
抑制性建言影響因素研究評述與展望
伊達(dá)比星治療初治急性髓系白血病的價值探究
云南地區(qū)多結(jié)節(jié)肺腺癌EGFR突變及其臨床意義
小劑量地西他濱聯(lián)合CAG方案治療急性髓系白血病的臨床效果研究
十二指腸腺癌88例臨床特征及相關(guān)預(yù)后因素
以盆腔巨大包塊就診的宮頸微偏腺癌2例報告
基于髓病主于肝膽辨治神經(jīng)內(nèi)分泌疾病
吐哈油田神泉8區(qū)塊有機鹽鉆井液技術(shù)現(xiàn)場實踐
鉆井液及油氣層保護(hù)技術(shù)
術(shù)后抗幽門螺桿菌治療對Ⅲ期賁門腺癌預(yù)后的研究
武乡县| 千阳县| 北票市| 林口县| 吉木萨尔县| 彩票| 株洲县| 朔州市| 兴义市| 仪征市| 海晏县| 天气| 宁海县| 罗源县| 万载县| 青田县| 福鼎市| 福州市| 安丘市| 玉环县| 西乌| 张掖市| 吉木萨尔县| 延庆县| 灵寿县| 乌鲁木齐市| 神木县| 巨野县| 苗栗市| 渑池县| 两当县| 桃源县| 加查县| 苏尼特右旗| 温宿县| 介休市| 台前县| 天门市| 抚州市| 阳城县| 堆龙德庆县|