伍輝吉,趙 丹,陳濟(jì)鐺,張溢珊,朱婉君,張濟(jì)培*
(1.佛山科學(xué)技術(shù)學(xué)院 生命科學(xué)與工程學(xué)院,廣東 佛山528231;2.佛山萬(wàn)牧洲生物科技有限公司,廣東 佛山 528231)
星狀病毒(astroviruses,AstV)為無(wú)囊膜,單股正鏈RNA病毒,基因組全長(zhǎng)約為6.8~7.9 kb[1]。5′非編碼區(qū)(5′UTR)開(kāi)始緊接著3個(gè)開(kāi)放閱讀框(ORF1a、ORF1b、ORF2)、3′非編碼區(qū)(3′UTR)以及多聚腺苷酸尾巴(poly-A tail),其中ORF1a與ORF1b編碼非結(jié)構(gòu)蛋白,ORF2編碼衣殼蛋白(capsid protein,CP)[2]。國(guó)際病毒分類學(xué)委員會(huì)(ICTV)根據(jù)感染宿主的不同將星狀病毒科劃分為2個(gè)不同的病毒屬:哺乳動(dòng)物星狀病毒屬(Mamastrovirus,MAstV)和禽星狀病毒屬(Avastrovirus,AAstV),并規(guī)定ORF2全長(zhǎng)氨基酸序列的平均氨基酸遺傳距離為0.576~0.741,可劃分為不同種的星狀病毒[3]。ORF2編碼的衣殼蛋白,包括保守的N端和高變的C端,N端主要為衣殼殼體蛋白結(jié)構(gòu)域,C端主要為纖突蛋白(Spike)結(jié)構(gòu)域,是病毒主要的免疫原性蛋白[4]。YORK等[5-7]的研究均顯示通過(guò)重組系統(tǒng)表達(dá)的衣殼蛋白C端具有良好的免疫原性及反應(yīng)性。
2015年以來(lái),中國(guó)山東、河南、河北、湖南、廣東、福建、黑龍江等地雛鵝群中相繼暴發(fā)致死性雛鵝內(nèi)臟痛風(fēng)。YUAN等[8-10]均于出現(xiàn)痛風(fēng)癥狀的雛鵝體內(nèi)分離獲得2型鵝星狀病毒(GoAstV-2),并通過(guò)病例復(fù)制試驗(yàn)證實(shí)2型鵝星狀病毒與雛鵝致死性內(nèi)臟痛風(fēng)相關(guān)。目前針對(duì)雛鵝致死性內(nèi)臟痛風(fēng)大多處于對(duì)癥治療階段,尚無(wú)有效商品化疫苗用于雛鵝致死性內(nèi)臟痛風(fēng)的防控,嚴(yán)重威脅我國(guó)養(yǎng)鵝產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。
本試驗(yàn)對(duì)實(shí)驗(yàn)室分離鑒定保存的1株鵝星狀病毒的ORF2即衣殼蛋白基因進(jìn)行序列測(cè)定,通過(guò)同源比對(duì)、系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建、氨基酸平均遺傳距離計(jì)算了解分離株分子進(jìn)化情況。通過(guò)推導(dǎo)的氨基酸序列,預(yù)測(cè)衣殼蛋白纖突結(jié)構(gòu)(Spike)并通過(guò)生物信息學(xué)分析了解Spike蛋白的變異情況、理化性質(zhì)及結(jié)構(gòu)特征。運(yùn)用pET-30a表達(dá)載體及BL21(DE3)表達(dá)菌株完成Spike重組蛋白表達(dá)質(zhì)粒的構(gòu)建及初步表達(dá),免疫新西蘭白兔獲得Spike蛋白多克隆抗體,以期為鵝星狀病毒Spike蛋白功能研究、血清學(xué)檢測(cè)方法的建立以及亞單位疫苗的制備奠定理論基礎(chǔ)。
1.1 毒株與衣殼蛋白來(lái)源毒株由佛山科學(xué)技術(shù)學(xué)院禽病研究所2018年11月從廣東省肇慶市發(fā)生雛鵝痛風(fēng)的鵝廠中采集的組織樣品中分離獲得,命名為AstV/goose/Guangdong/1811LHC/2018,簡(jiǎn)稱LHC株。鵝星狀病毒衣殼蛋白由佛山科學(xué)技術(shù)學(xué)院禽病研究所以LHC株為模板構(gòu)建原核表達(dá)質(zhì)粒表達(dá)并純化獲得。
1.2 主要試劑TransZol Up Plus RNA Kit,BL21(DE3) Chemically Competent Cell(北京全式金生物技術(shù)公司);PrimeScript Ⅱ 1st Strand cDNA Synthesis Kit,TaKaRa LA Taq,E.coliDH5α Competent Cells,PMD18-T Vector(寶日生物技術(shù)(北京)公司);Gel Extraction Kit(200)(OMEGA公司);pET-30a(+)(優(yōu)寶生物科技公司);限制性內(nèi)切酶NdeⅠ,XhoⅠ,T4連接酶(New England Biolabs 公司);His標(biāo)簽蛋白純化試劑盒,IPTG(碧云天生物技術(shù)公司);His標(biāo)簽鼠單克隆抗體、HRP標(biāo)記的羊抗鼠IgG(康為世紀(jì)公司);HRP標(biāo)記的羊抗兔IgG(武漢三鷹生物技術(shù)公司);弗氏完全佐劑和弗氏不完全佐劑(Sigma 公司)。
1.3 衣殼蛋白基因序列測(cè)定與分析根據(jù)GenBank中保存的鵝源星狀病毒全基因序列(AXI69840)針對(duì)編碼衣殼蛋白的ORF2設(shè)計(jì)特異性擴(kuò)增引物JD256:5′-AGTCGGGCCCGACTTCT-3′;JD257:5′-CTGTACCCTCGATCCTACTCG-3′,預(yù)期擴(kuò)增片段大小為2 215 bp。運(yùn)用TransZol Up Plus RNA Kit試劑盒提取病毒總RNA,PrimeScr-ipt Ⅱ 1st Strand cDNA Synthesis Kit進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄獲得cDNA。運(yùn)用引物JD256/JD257以cDNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳后,Gel Extraction Kit(200)試劑盒對(duì)目的條帶進(jìn)行回收純化。回收后的產(chǎn)物與PMD18-T載體連接并轉(zhuǎn)化至DH5α感受態(tài)細(xì)胞,均勻涂布于含氨芐的LB平板上。篩選出的陽(yáng)性克隆菌株送至生工測(cè)序,測(cè)序結(jié)果上傳至NCBI。
應(yīng)用EditSeq對(duì)測(cè)得序列進(jìn)行ORF定位,并推導(dǎo)獲得LHC株衣殼蛋白氨基酸序列。應(yīng)用Conserved Domain Search進(jìn)行保守結(jié)構(gòu)域分析,MegAlign對(duì)LHC株與GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中已有的星狀病毒衣殼蛋白氨基酸序列做相似性分析,MEGA 7.0對(duì)其進(jìn)行遺傳距離分析并繪制系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。
1.4 纖突蛋白理化特性分析根據(jù)Conserved Domain Search保守結(jié)構(gòu)域分析結(jié)果推導(dǎo)獲得纖突蛋白編碼序列,并通過(guò)ExPAsy服務(wù)器的Protaram程序分析纖突蛋白理化性質(zhì),I-TASSER進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),ESpript對(duì)LHC株纖突蛋白與其他鵝星狀病毒進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)及氨基酸序列多重比對(duì)。
1.5 纖突蛋白的原核表達(dá)及純化根據(jù)LHC株測(cè)序結(jié)果針對(duì)Spike基因序列設(shè)計(jì)特異性擴(kuò)增引物。HJ-F1: 5′-TCTCATATGCAGGTTACACCCTCG-CTT-3′;HJ-R1:5′-TTGCTCGAGGTCAGTCTCA-TCTTCCGCTGT-3′,引入雙酶切位點(diǎn)NdeⅠ和XhoⅠ,預(yù)期目的片段大小為711 bp。運(yùn)用引物HJ-F1/HJ-R1以1.3所獲cDNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,PCR產(chǎn)物膠回收,獲得含有雙酶切位點(diǎn)的編碼纖突蛋白的cDNA片段,分別對(duì)回收的纖突蛋白cDNA片段與原核表達(dá)載體pET-30a(+)(Kan+)進(jìn)行NdeⅠ和XhoⅠ內(nèi)切酶雙酶切處理后回收,并將回收后載體與片段以1∶3混合后加入T4連接酶,16℃恒溫連接過(guò)夜,連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化至DH5α感受態(tài)細(xì)胞,均勻涂布于卡那霉素抗性平板。通過(guò)雙酶切鑒定與測(cè)序驗(yàn)證獲得重組質(zhì)粒命名為pET-30a-Spike。
pET-30a-Spike重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化至大腸桿菌BL-21表達(dá)菌株,篩選陽(yáng)性菌株接種至Kan+(50 mg/L)LB肉湯,振蕩培養(yǎng)過(guò)夜的菌液按1∶100接種至新鮮Kan+LB肉湯,振蕩培養(yǎng)(37℃,200 r/min)至D600值為0.6左右,加入IPTG(終濃度1 mmol/L)37℃、100 r/min誘導(dǎo)表達(dá)6 h。含pET-30a(+)的對(duì)照菌株進(jìn)行同步誘導(dǎo)表達(dá)。重組纖突蛋白預(yù)期大小為26.8 kDa,C端含有His標(biāo)簽。培養(yǎng)好的菌液離心后用PBS重懸,超聲破碎后再離心,分別收集上清和沉淀,SDS-PAGE電泳分析重組蛋白的可溶性。
經(jīng)SDS-PAGE電泳進(jìn)行初步鑒定后,按照His標(biāo)簽蛋白純化試劑盒說(shuō)明書(shū)對(duì)目的蛋白進(jìn)行純化。純化后的蛋白以1∶2 000比例稀釋的抗His的鼠單克隆抗體為一抗,1∶10 000比例稀釋的HRP標(biāo)記的羊抗鼠IgG為二抗進(jìn)行Western blot驗(yàn)證。運(yùn)用截留相對(duì)分子質(zhì)量(MWCO)為10 kDa的蛋白超濾管對(duì)純化后的纖突蛋白溶液進(jìn)行離心濃縮后加入適量PBS再離心進(jìn)行纖突蛋白溶液的脫鹽和緩沖液更換,并運(yùn)用BCA蛋白濃度測(cè)定試劑盒測(cè)定纖突蛋白濃度,計(jì)算蛋白得率。
1.6 纖突蛋白多克隆抗體的制備及鑒定選擇8周齡,雌性,新西蘭兔作為免疫動(dòng)物。初次免疫:取0.4 mg 蛋白加PBS至總體積500 μL,與等量弗氏完全佐劑混勻并乳化后,皮下分點(diǎn)注射(4個(gè)部位,兩側(cè)腹股溝和腋窩);初免14 d后二次免疫:取0.2 mg 蛋白加PBS至500 μL,與等量弗氏不完全佐劑混勻并乳化后,皮下注射;二免14 d 后第3次免疫:取0.1 mg蛋白加入100 μL PBS,不加佐劑,靜脈注射。于第2次加強(qiáng)免疫后7 d 耳緣靜脈采血,分離血清。 分別以原核表達(dá)的衣殼蛋白與纖突蛋白為抗原,1∶2 000比例稀釋的兔抗纖突蛋白血清為一抗,1∶10 000比例稀釋HRP標(biāo)記的羊抗兔IgG為二抗,進(jìn)行Western blot 驗(yàn)證。
2.1 衣殼蛋白序列測(cè)定及分子進(jìn)化分析衣殼蛋白基因PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳后在凝膠自動(dòng)成像系統(tǒng)中于2 200 bp左右可見(jiàn)單一高亮條帶(圖1),大小與預(yù)期相符。測(cè)序結(jié)果經(jīng)ORF定位顯示LHC株衣殼蛋白基因全長(zhǎng)2 115 nt,共編碼704個(gè)氨基酸殘基,相對(duì)分子質(zhì)量約為77.6 kDa,其中第39~406位氨基酸殘基為預(yù)測(cè)的衣殼蛋白N端,構(gòu)成衣殼內(nèi)側(cè)的殼體蛋白,第425~665位氨基酸殘基為預(yù)測(cè)的衣殼蛋白C端,為殼體外側(cè)的纖突蛋白。
M.DL5000 DNA Marker;1.衣殼蛋白基因PCR擴(kuò)增產(chǎn)物
衣殼蛋白氨基酸序列相似性分析顯示,分離株LHC與鵝星狀病毒2型(GoAstV-2)參考株相似性最高,達(dá)97.8%~99.2%,與火雞2型星狀病毒(TAstV-2)、鵝1型星狀病毒(GoAstV-1)、火雞1型星狀病毒(TAstV-1)、鴨1型星狀病毒(DAstV-1)、鴨2型星狀病毒(DAstV-2)、雞星狀病毒(CAstV)以及禽腎炎病毒(ANV)參考株之間的相似性均低于60%。氨基酸平均遺傳距離結(jié)果顯示,分離株LHC與GoAstV-2參考株的平均距離為0.011,而與GoAstV-1、TAstV-1、TAstV-2、DAstV-1、DAstV-2、CAstV以及ANV參考株間的平均遺傳距離均大于0.284,其中與TAstV-2間的平均遺傳距離最小,為0.566(表1)。系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)顯示,分離株LHC與GoAstV-2型參考株處于同一分支,與TAstV-2、DAstV-1距離較近,而與2014年從湖南腸炎型病鵝中分離到的鵝星狀病毒[11](FLX株)及其他禽星狀病毒距離較遠(yuǎn)(圖2)。
圖2 分離株LHC衣殼蛋白氨基酸序列系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)(▲表示分離株)
2.2 纖突蛋白理化特性分析Conserved Domain Search保守結(jié)構(gòu)域分析結(jié)果提示衣殼蛋白第425~665位氨基酸殘基為纖突蛋白,共241個(gè)氨基酸殘基。ProtParam Tool理化特性分析結(jié)果顯示纖突蛋白等電點(diǎn)為4.47,在大腸桿菌體內(nèi)的半衰期為10 h,親水平均系數(shù)為-0.417。纖突蛋白氨基酸序列多重比對(duì)結(jié)果顯示LHC株與2014—2018年于湖南、廣東、安徽、山東等地分離到GoAstV-2享有很高的序列以及結(jié)構(gòu)相似性,氨基酸序列相似性達(dá)96.3%~99.2%,僅出現(xiàn)個(gè)別氨基酸位點(diǎn)發(fā)生點(diǎn)突變。均具有3個(gè)α螺旋,11個(gè)β折疊,2個(gè)無(wú)規(guī)卷曲以及9個(gè)TT轉(zhuǎn)角(圖3)。
圖3 分離株纖突蛋白氨基酸序列與不同時(shí)間不同地區(qū)分離到的GoAstV-2參考株間的多重比對(duì)
2.3 纖突蛋白基因的擴(kuò)增與重組質(zhì)粒的鑒定運(yùn)用引物HJ-F1/HJ-R1進(jìn)行PCR擴(kuò)增,產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳,可見(jiàn)于750 bp附近有1條高亮的單一熒光條帶,大小與預(yù)期相符(圖4)。
M.DL5000 DNA Marker; 1.纖突蛋白基因PCR擴(kuò)增產(chǎn)物
pET-30a-Spike重組質(zhì)粒經(jīng)NdeⅠ、XhoⅠ雙酶切后,酶切產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳,可見(jiàn)分別于700,5 000 bp附近出現(xiàn)2條高亮條帶,大小均與預(yù)期相符。質(zhì)粒測(cè)序結(jié)果進(jìn)一步驗(yàn)證 pET-30-Spike構(gòu)建成功(圖5)。
M.DL15000 DNA Marker;1.pET-30a-Spike重組質(zhì)粒雙酶切產(chǎn)物;2.pET-30a空載質(zhì)粒雙酶切對(duì)照
2.4 纖突蛋白原核表達(dá)及鑒定如圖6所示,目的蛋白得到了正確表達(dá),于25 kDa 附近出現(xiàn)特異性蛋白條帶,與預(yù)期大小相符,目的蛋白大部分以可溶性形式存在于上清中,少部分以包涵體形式存在沉淀中, BL21(DE3)菌株誘導(dǎo)對(duì)照與轉(zhuǎn)化有pET-30a空載的BL21(DE3)的誘導(dǎo)對(duì)照均未出現(xiàn)與目的蛋白大小一致的蛋白條帶。
M.蛋白質(zhì)相對(duì)分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn);1.Spike重組蛋白破碎后上清;2.Spike重組蛋白破碎后沉淀;3.BL21(DE3)菌株對(duì)照上清;4.BL21(DE3)菌株對(duì)照沉淀;5.含pET-30a空載的對(duì)照上清;6.含pET-30a空載的對(duì)照沉淀
Spike重組蛋白經(jīng)His標(biāo)簽鎳柱純化后,如圖7所示于25 kDa附近有單一的目的蛋白條帶表明已得到了高純度的Spike重組蛋白,純化后的蛋白紫外分光光度法測(cè)得質(zhì)量濃度為2.1 g/L。Spike重組蛋白Western blot結(jié)果顯示,經(jīng)化學(xué)發(fā)光顯色在25 kDa 附近出現(xiàn)單一清晰目的條帶,大小與預(yù)期相符。
M.蛋白質(zhì)相對(duì)分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn);1~4.Spike重組蛋白純化產(chǎn)物
2.5 纖突蛋白多克隆抗體的鑒定用兔抗纖突蛋白的血清作為一抗分別對(duì)纖突蛋白與衣殼蛋白進(jìn)行檢測(cè),免疫前血清作為陰性對(duì)照,如圖8所示以兔抗纖突蛋白的血清作為一抗分別于25,78 kDa出現(xiàn)特異的纖突蛋白與衣殼蛋白條帶,免疫前血清作為一抗的陰性抗體對(duì)照未出現(xiàn)蛋白條帶,表明表達(dá)的纖突蛋白具有良好的免疫原性,兔抗纖突蛋白抗體能特異性識(shí)別2型鵝型狀病毒衣殼蛋白,制備的兔抗多克隆抗體具有良好的反應(yīng)活性。
M.預(yù)染的蛋白質(zhì)相對(duì)分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn);1.以1∶2 000的兔抗纖突蛋白的血清為一抗的被特異性識(shí)別的纖突蛋白(28.6 kDa);2.以1∶2 000的兔抗纖突蛋白的血清為一抗的被特異性識(shí)別的衣殼蛋白蛋白(78 kDa);3.以免疫前血清作為一抗未被特異性識(shí)別的纖突蛋白
2014年,LIU等[11]在湖南一群表現(xiàn)為腸炎與零星死亡的寧鄉(xiāng)白鵝群中分離到第1株鵝星狀病毒2型毒株,命名為HN1G(KY807085)。2017年以來(lái)中國(guó)山東、湖南、廣東、河南、黑龍江等地雛鵝群相繼暴發(fā)致死性內(nèi)臟痛風(fēng),姜曉寧等[12]于表現(xiàn)為痛風(fēng)的雛鵝中分離到鵝星狀病毒2型毒株,并通過(guò)病例復(fù)制試驗(yàn)證實(shí)致病病原為鵝2型星狀病毒。NIU等[13]從中國(guó)6省采集了4~21日齡病鵝樣品共計(jì)189份,檢出鵝源星狀病毒2型陽(yáng)性樣品154份,檢出率高達(dá)81.5%,提示鵝星狀病毒2型已在中國(guó)雛鵝群中形成廣泛傳播。本試驗(yàn)于2018年分離獲得的LHC株分子進(jìn)化分析顯示該分離株為鵝源星狀病毒2型毒株,與2014—2018年中國(guó)不同地區(qū)分離到的2型鵝源型狀病毒序列相似性達(dá)97.8%~99.2%,其中與2014年分離到HN1G株相似性為97.8%;表明2014—2018年中國(guó)不同地區(qū)間的鵝星狀病毒2型毒株尚未發(fā)生明顯變異,與正鏈RNA病毒進(jìn)化速率特征相符。
星狀病毒衣殼蛋白包括保守的N端和高變的C端,N端主要為衣殼殼體蛋白結(jié)構(gòu)域,C端主要為纖突蛋白結(jié)構(gòu)域。LEE等[14]運(yùn)用桿狀病毒表達(dá)系統(tǒng)獲得雞星狀病毒重組衣殼蛋白,免疫SPF雞可獲得中和抗體。通過(guò)推導(dǎo)的LHC株衣殼蛋白氨基酸序列分析其保守結(jié)構(gòu)域,結(jié)果顯示第425~665位氨基酸殘基為衣殼蛋白纖突結(jié)構(gòu),LHC株與鵝星狀病毒2型參考株纖突蛋白多重比對(duì)結(jié)果顯示,2014—2018年不同地區(qū)分離到的鵝星狀病毒2型毒株的纖突蛋白享有很高的序列以及結(jié)構(gòu)相似性,僅出現(xiàn)個(gè)別氨基酸位點(diǎn)發(fā)生點(diǎn)突變,表明2014—2018年中國(guó)不同地區(qū)間的鵝星狀病毒2型毒株纖突蛋白尚未發(fā)生明顯變異。以LHC株為模板構(gòu)建鵝星狀病毒2型毒株纖突蛋白原核表達(dá)質(zhì)粒,并進(jìn)行初步表達(dá),重組纖突蛋白可溶性分析結(jié)果顯示目的蛋白大部分以可溶性形式存在于上清中,少部分以包涵體形式存在沉淀中,與纖突蛋白親水性預(yù)測(cè)結(jié)果基本相符。免疫新西蘭白兔分離血清獲得多克隆抗體,以倍比稀釋的兔抗纖突蛋白的血清作為一抗對(duì)星狀病毒纖突蛋白及衣殼蛋白進(jìn)行Western blot檢測(cè),結(jié)果顯示抗體稀釋度達(dá)1∶2 000時(shí)仍可見(jiàn)清晰的纖突蛋白與衣殼蛋白條帶,表明制備的兔抗纖突蛋白多克隆抗體具有良好的免疫原性及反應(yīng)活性。
本試驗(yàn)運(yùn)用分子生物學(xué)方法測(cè)定了分離株LHC的衣殼蛋白基因,同源性、系統(tǒng)發(fā)育分析及氨基酸平均遺傳距離計(jì)算結(jié)果均表明分離株為鵝星狀病毒2型毒株,2014—2018年中國(guó)不同地區(qū)間的鵝星狀病毒2型毒株尚未發(fā)生明顯變異。成功構(gòu)建鵝星狀病毒2型纖突蛋白原核表達(dá)質(zhì)粒,并表達(dá)獲得具有生物活性的重組纖突蛋白,免疫新西蘭白兔獲得具有反應(yīng)活性的多克隆抗體,為鵝星狀病毒纖突蛋白功能研究、血清學(xué)檢測(cè)方法的建立以及亞單位疫苗的制備奠定理論基礎(chǔ)。