唐修君，樊艷鳳，賈曉旭，葛慶聯(lián)，陸俊賢，唐夢君，韓威，高玉時(shí)

基于線粒體DNA D-loop區(qū)的肉雞品種遺傳多樣性和起源分析

唐修君1,2，樊艷鳳1，賈曉旭1，葛慶聯(lián)1，陸俊賢1，唐夢君1，韓威1，高玉時(shí)1

1中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院家禽研究所/江蘇省家禽遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，江蘇揚(yáng)州 225015；2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院，南京 210095

【目的】探討不同生長速度雞品種（配套系）線粒體DNA D-loop區(qū)全序列遺傳多樣性和起源特性，為肉雞品種選育和溯源提供理論依據(jù)?！痉椒ā恳圆煌L速度的8個(gè)黃羽肉雞配套系（中快速型5個(gè)、慢速型3個(gè)）、2個(gè)地方雞種（固始雞、藏雞）、2個(gè)引進(jìn)雞種（隱性白羽雞、安卡雞）、1個(gè)白羽肉雞（羅斯308）、817雜交肉雞以及1個(gè)高產(chǎn)蛋雞配套系（大午褐殼蛋雞）共計(jì)15個(gè)雞種為研究對(duì)象，采集血液提取DNA后進(jìn)行PCR擴(kuò)增，對(duì)15個(gè)雞種共683個(gè)個(gè)體mtDNA D-loop區(qū)全序列進(jìn)行測序，使用DnaSP 5.10軟件分析各個(gè)雞種遺傳多樣性和單倍型特點(diǎn)，使用MEGA 4.0軟件計(jì)算種間遺傳距離，構(gòu)建不同單倍型與紅色原雞之間NJ系統(tǒng)發(fā)育樹，分析起源和親緣關(guān)系?！窘Y(jié)果】15個(gè)雞種線粒體D-loop區(qū)全序列大小為1 231—1 232bp，序列長度為1 231 bp的個(gè)體在859 bp處存在C堿基缺失。683個(gè)個(gè)體共檢測到45個(gè)變異位點(diǎn)，組合為53個(gè)單倍型，可以分為A、B、C和E共4個(gè)單倍型群，其中中快速型肉雞、817雜交肉雞以及高產(chǎn)蛋雞均是E單倍型為優(yōu)勢單倍型（≥48.89%）；慢速型黃羽肉雞中鴻光黑雞優(yōu)勢單倍型為B單倍型，京海黃雞優(yōu)勢單倍型為A單倍型，雪山雞4種單倍型相對(duì)均衡，3個(gè)慢速型黃羽肉雞配套系E單倍型比例≤38.46%；地方雞種中固始雞的單倍型為A和C型，藏雞的單倍型為A和B型。15個(gè)雞種單倍型多樣度（）分布在0.496—0.853，核苷酸多樣度（）分布在0.00146—0.00673，遺傳多樣性相對(duì)豐富的品種（配套系）是新興矮腳黃雞、雪山雞、京海黃雞和羅斯308；遺傳多樣性程度相對(duì)較低的品種（配套系）是藏雞、高產(chǎn)蛋雞、安卡雞、新興麻雞4號(hào)和墟崗黃雞1號(hào)。15個(gè)雞種Kiumura雙參數(shù)距離范圍為0.0016—0.0113，其中羅斯308種內(nèi)遺傳距離最大，而817雜交肉雞和高產(chǎn)蛋雞的種內(nèi)遺傳距離最??；種間遺傳距離最大為高產(chǎn)蛋雞與藏雞之間，最小為高產(chǎn)蛋雞與817雜交肉雞之間；中快速型黃羽肉雞配套系相互之間遺傳距離相對(duì)較小，而與慢速型黃羽肉雞配套系以及地方雞種之間遺傳距離相對(duì)較大；京海黃雞和鴻光黑雞均是與藏雞遺傳距離最小。聚類分析顯示，A、B單倍型群與紅色原雞滇南亞種交叉聚為一枝；E單倍型與紅色原雞印度亞種交叉聚為一枝；C單倍型群與紅色原雞印度亞種、滇南亞種、指名亞種以及印尼亞種交叉聚為一枝?！窘Y(jié)論】不同生長速度雞種之間線粒體D-loop區(qū)遺傳多樣性程度差異較大；E單倍型與肉雞生長速度具有較強(qiáng)的相關(guān)性，中快速型群體均以E單倍型為優(yōu)勢單倍型，而慢速型群體E單倍型比例均低于40%；我國家雞群體具有多個(gè)紅色原雞母系起源，顯示其在中性選擇下被馴化。研究結(jié)果為肉雞品種選育和溯源以及資源化開發(fā)利用提供了理論依據(jù)。

雞；線粒體DNA；D-loop區(qū)；遺傳多樣性；遺傳起源

0 引言

【研究意義】近年來，隨著冷鮮雞產(chǎn)業(yè)的不斷發(fā)展，一些不法商家為了謀取利益，往往以生長速度快、肉品質(zhì)等級(jí)較低的品種冒充品質(zhì)較高等級(jí)的品種，以次充好、以假亂真的現(xiàn)象時(shí)有發(fā)生，而消費(fèi)者卻對(duì)冷鮮雞的品質(zhì)和來源難以準(zhǔn)確區(qū)分和鑒別[1]。特別是隨著大批肉雞配套系的成功培育，人們對(duì)家禽品種的需求越來越多元化，如何培育出滿足不同消費(fèi)者需求的肉雞品種是育種工作者的當(dāng)務(wù)之急。前期研究發(fā)現(xiàn)線粒體D-loop區(qū)單倍型在不同雞種（配套系）中差異較大，本研究旨在通過對(duì)不同生長速度類型雞種線粒體D-loop區(qū)遺傳多樣性和單倍型特點(diǎn)進(jìn)行研究，探討線粒體D-Loop區(qū)單倍型與肉雞生長速度的相關(guān)性，為雞品種溯源提供分子標(biāo)簽，為肉雞選育和開發(fā)利用提供理論基礎(chǔ)?！厩叭搜芯窟M(jìn)展】線粒體DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）為動(dòng)物核外遺傳物質(zhì)，屬于母系遺傳，由于其進(jìn)化速度相對(duì)較快且不易發(fā)生DNA重組等優(yōu)點(diǎn)，已被廣泛用作動(dòng)物遺傳起源、系統(tǒng)發(fā)育和品種鑒定研究[2-4]。線粒體控制區(qū)又稱D-環(huán)區(qū)（D-loop區(qū)），是一段非編碼區(qū)，其進(jìn)化速率為線粒體其他區(qū)域的5—10倍，是研究親緣關(guān)系較近的群體起源進(jìn)化和種質(zhì)鑒定理想的分子標(biāo)記[5-6]，目前已成功應(yīng)用于馬[7]、水牛[8]、山羊[9]、驢[10]、鴿[11]、鴨[12]和雞[13]等物種的遺傳多樣性和起源進(jìn)化研究，而且研究者發(fā)現(xiàn)以全序列替代高變區(qū)進(jìn)行物種遺傳多樣性研究，信息更為齊全，結(jié)果更為準(zhǔn)確。趙倩君等[14]通過測序技術(shù)分析了8個(gè)綿羊品種59個(gè)個(gè)體線粒體D-loop全序列遺傳多樣性，并通過系統(tǒng)發(fā)育和網(wǎng)絡(luò)進(jìn)化分析其母系起源和系統(tǒng)進(jìn)化。高玉時(shí)等[15]基于線粒體D-loop全序列分析了安義瓦灰雞的遺傳多樣性和起源進(jìn)化。隨著對(duì)線粒體D-loop區(qū)全序列的不斷深入研究，人們關(guān)注的已不僅僅是其遺傳多樣性，更多的焦點(diǎn)集中于對(duì)線粒體單倍型（世系）的劃分。LIU等[16]對(duì)世界家雞mtDNA D-loop區(qū)進(jìn)行深入研究，揭示了家雞和紅色原雞由A、B、C、D、E、F、G、H和I型等9個(gè)母系世系構(gòu)成，其中A型和B型在東亞和東南亞地區(qū)普遍存在，C型為東亞特有，D型主要發(fā)生在非洲、南亞、東南亞和東亞，E型在南亞和歐美商品雞中普遍存在，F(xiàn)型和G型只限于分布在中國云南地區(qū)，I型主要分布在中國云南地區(qū)，H型只在東亞有少量分布。MIAO等[17]基于家雞線粒體全基因組序列構(gòu)建了mtDNA系統(tǒng)發(fā)育樹，對(duì)世界各地大樣本線粒體D-loop區(qū)序列進(jìn)行了重新分析，確定世界家雞及其近緣種紅色原雞可以劃分為A、B、C、D、E、F、G、H、I、W和X等世系?！颈狙芯壳腥朦c(diǎn)】以往的研究對(duì)象主要為地方品種，且關(guān)注點(diǎn)基本集中于“從哪里來”，即在雞種的遺傳多樣性和起源進(jìn)化方面，取得了諸多成就。但對(duì)于“到哪里去”關(guān)注度較低，即對(duì)配套系的研究少之又少，迄今為止對(duì)線粒體優(yōu)勢單倍型與雞生長速度相關(guān)性的研究還未見相關(guān)報(bào)道?！緮M解決的關(guān)鍵問題】本研究針對(duì)我國特殊的消費(fèi)特性，擬選擇市場上具有代表性的雞種15個(gè)，包括快速型、中速型和慢速型黃羽肉雞（上市日齡分別為60 d以內(nèi)、65—90 d以及95 d以上，上市體重1.5—2.0 kg）、白羽肉雞（上市日齡35 d左右，上市體重2.5—3.0 kg）、地方雞種（上市日齡120 d以上，上市體重1.5—2.0 kg）以及占有市場一定比例的817雜交肉雞（上市日齡在40—52 d，上市體重1.3—1.8 kg）和淘汰高產(chǎn)蛋雞（日齡在500 d左右，體重約2.0 kg）等，通過PCR和測序技術(shù)，分析不同生長速度類型肉雞群體線粒體D-Loop區(qū)全序列突變位點(diǎn)情況以及遺傳多樣性和單倍型特性，探討基于線粒體D-Loop區(qū)單倍型區(qū)分不同生長速度類型肉雞品種（配套系）的可行性，通過與19條紅色原雞序列的聚類分析探究不同雞種的遺傳起源，為肉雞配套素選育、品種改良和溯源以及開發(fā)利用提供參考依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料

以不同生長速度黃羽肉雞配套系8個(gè)（中快速型：墟崗黃雞1號(hào)、新廣鐵腳麻雞、新興麻雞4號(hào)、良鳳花雞、新興矮腳黃雞；慢速型：雪山雞、京海黃雞、鴻光黑雞）、地方雞種2個(gè)（固始雞、藏雞）、引進(jìn)雞種2個(gè)（隱性白、安卡）、白羽肉雞1個(gè)（羅斯308）、817雜交肉雞以及淘汰高產(chǎn)蛋雞1個(gè)共計(jì)15個(gè)雞種為研究對(duì)象，翅靜脈采血，ACD抗凝。各雞種相關(guān)信息見表1。

1.2 試驗(yàn)方法

1.2.1 總DNA提取 基因組DNA提取采用常規(guī)的酚/氯仿法[18]，0.8%瓊脂糖（Promega，美國）凝膠電泳檢測DNA提取效果。

1.2.2 引物合成 根據(jù)GenBank數(shù)據(jù)庫中公布的紅色原雞線粒體控制區(qū)全序列（序列號(hào): NC_007235），利用Primer Premier 5.0軟件設(shè)計(jì)篩選特異性引物1對(duì)，PF：5'-AAACACCCAAACTCAC TAAC-3'；PR：5'-CACTGGGATGCGGATACTTGC-3'，交由生工生物工程（上海）股份有限公司合成。

1.2.3 PCR擴(kuò)增和測序 50 μL擴(kuò)增體系：2×PCRMaster Mix（大連寶生物公司）25 μL，10 μmol·L-1上下游引物（上海生工生物工程公司）各1.5 μL，DNA模板2 μL，滅菌雙蒸水20 μL。

PCR擴(kuò)增條件：95℃預(yù)變性5 min；95℃變性30 s，55℃退火60 s，72℃延伸60 s，共30個(gè)循環(huán)；72℃延伸10 min。

反應(yīng)完畢后，PCR產(chǎn)物采用1.0%瓊脂糖（Promega，美國）凝膠電泳檢測，測序工作由生工生物工程（上海）股份有限公司完成，所有序列均采用雙向一代Sanger雙向測序，引物擴(kuò)增序列全長為1 586 bp。

表1 15個(gè)雞種來源和采樣數(shù)

1.3 數(shù)據(jù)處理和分析

測序結(jié)果經(jīng) DNAStar 5.02 軟件SeqMan程序拼接后，剪去多余片段序列后通過BioEdit軟件與GenBank中紅色原雞（Gallus gallus）參考序列逐堿基比對(duì)。利用DnaSP 5.10 軟件統(tǒng)計(jì)遺傳多態(tài)性信息，包括突變位點(diǎn)總數(shù)（total number of mutations）、單倍型數(shù)（number of haplotype）、單倍型多樣度（haplotypediversity, Hd）、平均核苷酸差異（average number of nucleotide differences, K）以及核苷酸多樣度（nucleotide diversity, Pi）等[19]。利用MEGA 4.0軟件計(jì)算種內(nèi)和種間遺傳距離，采用鄰接法構(gòu)建基于Kimura 2模型的系統(tǒng)發(fā)育樹（neighbor-jointing, NJ）[20]，與Genbank數(shù)據(jù)庫中公開發(fā)表的紅色原雞線粒體控制區(qū)全序列進(jìn)行聚類分析，模型參數(shù)bootstrap選用1 000次重復(fù)。采用Network 10.1軟件構(gòu)建中介網(wǎng)絡(luò)圖（median-joining）（www.fluxus- technology.com）。

2 結(jié)果

2.1 15個(gè)雞種線粒體控制區(qū)序列分析

對(duì)15個(gè)雞種683個(gè)個(gè)體PCR產(chǎn)物測序結(jié)果進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)D-loop區(qū)全序列大小為1 231—1 232 bp，1 231 bp個(gè)體在859 bp處存在C堿基缺失，共檢測到45個(gè)變異位點(diǎn)，變異位點(diǎn)數(shù)占分析位點(diǎn)總數(shù)的3.65%，其中單一多態(tài)位點(diǎn)5處，分別位于211、238、321、354和711 bp；其余突變位點(diǎn)均為簡約信息位點(diǎn)。突變類型以轉(zhuǎn)換為主，僅在252和391 bp處分別為A-T顛換和A-C顛換，其余均為轉(zhuǎn)換，其中T-C轉(zhuǎn)換26處，A-G 轉(zhuǎn)換17處。堿基組成分析顯示T、C、A和G 4種堿基含量分別為33.5%、26.5%、26.6%和13.4%，其中A+T含量為60.1%，G+C含量為39.9%。

2.2 15個(gè)雞種線粒體控制區(qū)單倍型分析

對(duì)683個(gè)個(gè)體進(jìn)行單倍型分析，發(fā)現(xiàn)45個(gè)突變位點(diǎn)共有53種單倍型，劃分為A、B、C和E共4個(gè)單倍型群（分支），其中A單倍型群包括11個(gè)單倍型（分別表示為A1—A11），B單倍型群包括20個(gè)單倍型（分別表示為B1—B20），C單倍型群包括7個(gè)單倍型（分別表示為C1—C7），E單倍型群包括15個(gè)單倍型（分別表示為E1—E15）。各單倍型數(shù)量及在品種間的分布見表2。其中，單倍型E2出現(xiàn)頻率最高，共計(jì)11個(gè)品種159個(gè)個(gè)體；其次是單倍型C1，共出現(xiàn)85次（9個(gè)品種）；第三是單倍型E1，共出現(xiàn)82次（9個(gè)品種）；第四是單倍型A2，共出現(xiàn)52次（4個(gè)品種）。

進(jìn)一步分析顯示，中、快速型黃羽肉雞品種E單倍型為優(yōu)勢單倍型，比例較高，其中墟崗黃雞1號(hào)、新廣鐵腳麻雞、新興麻雞4號(hào)、良鳳花雞和新興矮腳黃雞E單倍型占比分別為80.00%、65.79%、85.45%、77.36%和50.00%；慢速型黃羽肉雞品種雪山雞、京海黃雞和鴻光黑雞E單倍型占比相對(duì)較低，其中鴻光黑雞優(yōu)勢單倍型為B單倍型，占比76.62%（59/77）；京海黃雞優(yōu)勢單倍型為A單倍型，占比50.00%（20/40）；雪山雞4種單倍型相對(duì)較為均衡。地方雞種固始雞和藏雞樣本中未發(fā)現(xiàn)E單倍型，固始雞主要為A和C單倍型，占比分別為53.42%和46.58%；藏雞主要為A和B單倍型，占比分別為34.21%和65.79%。引進(jìn)雞種隱性白羽雞和安卡雞E單倍型占比也較高，分別為48.89%和89.66%，羅斯308 E單倍型為50.00%，與隱性白羽雞含量相當(dāng)。817雜交肉雞和高產(chǎn)蛋雞E單倍型比例均為100%。結(jié)果見表3。

表2 15個(gè)雞種線粒體D-loop區(qū)單倍型數(shù)量分布

續(xù)表2 Continued table 2

表3 不同雞種D-Loop區(qū)全序列單倍型匯總

2.3 15個(gè)雞種線粒體控制區(qū)遺傳多樣性和遺傳距離

本研究中15個(gè)雞種遺傳多樣性結(jié)果見表4，其中核苷酸多樣度和單倍型多樣度的表示方式為平均值±標(biāo)準(zhǔn)差。由表可見，總體單倍型多樣度（）為0.901 ± 0.006，分布在0.496—0.853，其中最高為京海黃雞，其次為新興矮腳黃雞、鴻光黑雞、良鳳花雞和雪山雞，值均在0.8以上；最低為藏雞，值在0.5以下；墟崗黃雞1號(hào)、高產(chǎn)蛋雞、新興麻雞4號(hào)、安卡雞和固始雞值均在0.5—0.6?？傮w核苷酸多樣度（）為0.00646±0.00011，分布在0.00146—0.00673，其中最高為羅斯308，其次為雪山雞和新興矮腳黃雞，值均在0.006以上；最低為高產(chǎn)蛋雞，其次為817雜交肉雞、安卡雞、新興麻雞4號(hào)、墟崗黃雞1號(hào)和藏雞，值均在0.0035以下；其余雞種值在0.004—0.006。15個(gè)雞種平均核苷酸差異（）分布趨勢與核苷酸多樣度完全一致。除817雜交肉雞之外，其余雞種單倍型多樣度與核苷酸多樣度之間基本吻合。

15個(gè)雞種種內(nèi)和種間平均遺傳距離結(jié)果見表5，種內(nèi)遺傳距離范圍為0.0015—0.0068，最小為817雜交肉雞和高產(chǎn)蛋雞，最大為羅斯308，其次為雪山雞和新興矮腳黃雞，分別為0.0062和0.0061。種間遺傳距離大小體現(xiàn)了雞種之間親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近，最大為高產(chǎn)蛋雞與藏雞之間（0.0113），最小為高產(chǎn)蛋雞與817雜交肉雞之間（0.0016）。中快速型黃羽肉雞（墟崗黃雞1號(hào)、新廣鐵腳麻雞、新興麻雞4號(hào)、良鳳花雞和新興矮腳黃雞）、引進(jìn)雞種（安卡雞和隱性白羽雞）、817肉雜雞以及高產(chǎn)蛋雞之間遺傳距離相對(duì)較小，范圍為0.0023—0.0059；而這些雞種與慢速型黃羽肉雞（京海黃雞和鴻光黑雞）、地方雞種（固始雞和藏雞）之間遺傳距離相對(duì)較大，范圍為0.0062—0.0113。京海黃雞、鴻光黑雞、固始雞和藏雞均是與高產(chǎn)蛋雞遺傳距離最大，分別為0.0092、0.0107、0.0087和0.0113；京海黃雞和鴻光黑雞均是與藏雞遺傳距離最小，分別為0.0058和0.0053。

2.4 系統(tǒng)進(jìn)化樹和中介網(wǎng)絡(luò)圖的構(gòu)建

由構(gòu)建的NJ系統(tǒng)進(jìn)化樹（圖1）看出，15個(gè)雞種683個(gè)個(gè)體擁有的53種單倍型很明顯地分成了A、B、C和E等4個(gè)支系，分別含有118、129、102和334條序列。用Network10.1構(gòu)建的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖也證實(shí)了這一點(diǎn)（圖2），中介網(wǎng)絡(luò)圖主要有4個(gè)進(jìn)化枝，分別以A2、B1、C1和E2為中心節(jié)點(diǎn)，這4種單倍型在各自的單倍型類群里出現(xiàn)的頻率最高。

表4 15個(gè)雞種D-Loop區(qū)序列變異位點(diǎn)數(shù)、平均核苷酸差異和核苷酸多樣度

表5 基于Kimura雙參數(shù)模型計(jì)算的15個(gè)雞種品種內(nèi)和品種間平均遺傳距離

A、B、C、E 分別表示D-loop區(qū)的單倍型類型 A, B, C and E stood for haplotype type of D-loop region

同時(shí)，本研究從NCBI下載了19條紅色原雞的D-loop區(qū)全長序列，結(jié)合所發(fā)現(xiàn)的53種單倍型683條序列，采用K2P模型構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹（圖3）。A、B、C和E單倍型在發(fā)育樹中形成了4個(gè)大枝，2個(gè)原雞海南亞種的個(gè)體（GGJ1、GGJ2）單獨(dú)形成一枝。11種A單倍型和20種B單倍型僅與原雞滇南亞種聚為一枝，其中A單倍型群均與滇南亞種GGS5（GU261695）交叉聚為一枝；B單倍型群均與滇南亞種GGS1（NC007235）和GGS8（GU261704）2條序列交叉聚為一枝。15種E單倍型均與紅色原雞印度亞種（GGM1、GGM3和GGM4）交叉聚為一枝。7種C單倍型聚類形成C單倍型群，并與印度亞種（GGM2，GU261707）、滇南亞種（GGS10，GU261716）、指名亞種（GGG1，AB007725；GGG2，NC007236）以及印尼亞種（GGB，NC007237）等4種紅色原雞亞種5條序列聚為一枝。

3 討論

3.1 15個(gè)雞種mtDNA控制區(qū)序列結(jié)構(gòu)

15個(gè)雞種683個(gè)個(gè)體線粒體D-loop區(qū)全序列為1 231—1 232 bp，其中1 231 bp的個(gè)體在859 bp處存在C堿基缺失。全序列共檢測到45個(gè)變異位點(diǎn)，突變位點(diǎn)從133 bp到1 215 bp，高變區(qū)主要集中在211—446 bp，長度占全長的19.2%（236/1 232），集中了75.6%（34/45）的堿基變異。國內(nèi)外有關(guān)雞線粒體控制區(qū)的研究大都集中在高變區(qū)[21-22]，本研究結(jié)果顯示，除了高變區(qū)外，在序列的其余部位還存在24.4%（11/45）的堿基變異?？梢?，利用線粒體D-loop區(qū)全序列進(jìn)行核苷酸多態(tài)性分析可以獲得更為全面的信息。堿基組成分析顯示，雞線粒體D-loop區(qū)富含A/T堿基，含量為60.1%，可能為了RNA聚合酶等特異分子的快速識(shí)別，堿基和密碼子的使用均具有一定的偏向性，密碼子第三位T的使用頻率最高。

A1-A11、B1-B20、C1-C7、E1-E15均表示單倍型類型 A1-A11, B1-B20, C1-C7 and E1-E15 all stood for haplotype type

3.2 15個(gè)雞種mtDNA控制區(qū)單倍型特征

本研究共發(fā)現(xiàn)53個(gè)單倍型，按照雞線粒體DNA單倍型分類通用標(biāo)準(zhǔn)[16-17]，可以分為A、B、C和E共4個(gè)單倍型群（分支），分別有118、129、102和334個(gè)個(gè)體。由構(gòu)建的NJ系統(tǒng)進(jìn)化樹和Network中介網(wǎng)絡(luò)圖均可以看出，683個(gè)個(gè)體明顯地分成了A、B、C和E等4個(gè)支系。研究顯示，中、快速型黃羽肉雞、引進(jìn)雞種、白羽肉雞以及817雜交肉雞和高產(chǎn)蛋雞優(yōu)勢單倍型均為E單倍型，而慢速型黃羽肉雞E單倍型占比相對(duì)較低，本研究中鴻光黑雞優(yōu)勢單倍型為B單倍型，占比76.62%；京海黃雞優(yōu)勢單倍型為A單倍型，占比50.00%。有文獻(xiàn)記載，線粒體E分支前世與紅色原雞印度亞種（）親緣關(guān)系較近，可能起源于印度周邊地區(qū)；而今為印度半島、中東和歐洲大陸地方雞種的主要單倍型，在中國少數(shù)地方品種中也能檢測到，但是所占比例均較低，至今為止未發(fā)現(xiàn)占絕對(duì)優(yōu)勢（比例在80%以上）的品種[23-24]。本研究涉及到的地方雞種（固始雞和藏雞）所采集的樣本中未發(fā)現(xiàn)E單倍型，固始雞主要為A和C單倍型，所占比例相當(dāng)；藏雞主要為A和B單倍型，所占比例分別為34.21%和65.79%，說明這兩個(gè)雞種在長期的進(jìn)化過程中受外來雞種入侵機(jī)會(huì)較小，可能跟當(dāng)?shù)亟煌ú槐慊蛘吒呱缴罟刃纬傻奶烊桓綦x屏障有關(guān)，導(dǎo)致外來雞種難以進(jìn)入，保護(hù)了品種的獨(dú)有特性。而E單倍型在中快速型肉雞以及高產(chǎn)蛋雞中普遍存在，揭示了歐美商品雞包括安卡和隱性白羽雞等快速型肉雞以及白來航等高產(chǎn)蛋雞在這些商品肉雞和蛋雞配套系的培育過程中貢獻(xiàn)較大。由于線粒體母系遺傳的獨(dú)有特性，在今后的育種工作中，可以根據(jù)育種目標(biāo)，選擇合適的母系，加快培育出滿足消費(fèi)者需求的品種（配套系）。

GGG，原雞指名亞種；GGS，原雞滇南亞種；GGM，原雞印度亞種；GGJ，原雞海南亞種；GGB，原雞印尼亞種

進(jìn)一步分析顯示，E分支所有單倍型共334個(gè)個(gè)體均在1 214 bp處存在C-T突變，而B分支所有單倍型共129個(gè)個(gè)體均在1215bp處存在A-G突變，結(jié)合數(shù)據(jù)庫中上千條序列也得出類似結(jié)論。在實(shí)際應(yīng)用中，可以省去測序步驟，利用變異位點(diǎn)酶切等SNP檢測方法來區(qū)分不同個(gè)體單倍型，既經(jīng)濟(jì)而且易于操作。

3.3 15個(gè)雞種mtDNA 控制區(qū)遺傳多樣性

遺傳多樣性大小一般用平均核苷酸差異（）、核苷酸多樣度（）以及單倍型多樣度（）來表示。和是評(píng)價(jià)一個(gè)群體遺傳多樣性和分化程度的主要指標(biāo)，值和值越大，表明群體的遺傳多樣性越豐富，而遺傳變異越大，則群體選擇潛力也越大[25-26]。本研究15個(gè)雞種中值最大的為京海黃雞，其次為新興矮腳黃雞、鴻光黑雞、良鳳花雞和雪山雞，值均在0.8以上，說明這些雞種遺傳多樣性相對(duì)較為豐富，還可以經(jīng)過進(jìn)一步選育提優(yōu)；墟崗黃雞1號(hào)、高產(chǎn)蛋雞和新興麻雞4號(hào)值均在0.5—0.6，說明這些雞種遺傳多樣性處于中等水平；藏雞值最低，可見藏雞質(zhì)量性狀遺傳趨于穩(wěn)定，選擇潛力相對(duì)較小，據(jù)資料顯示[27]藏雞主要采用保護(hù)區(qū)和基因庫保護(hù)，自2002年開始已經(jīng)過多個(gè)世代選育，目前群體的遺傳特性和生產(chǎn)性能保持相對(duì)穩(wěn)定。15個(gè)雞種平均核苷酸差異（）分布趨勢與核苷酸多樣度完全一致。不同雞種線粒體D-loop區(qū)遺傳多態(tài)性程度不一，揭示了各品種（配套系）遺傳資源保護(hù)以及選育程度不同。另外，本研究中除了817雜交肉雞之外，其余雞種單倍型多樣度與核苷酸多樣度之間基本吻合，這可能與817雜交肉雞的選育模式和程度有關(guān)，今后可以考慮進(jìn)一步加強(qiáng)選育，從而穩(wěn)定該配套系的遺傳性狀。

種間遺傳距離大小體現(xiàn)了雞種之間親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近，本研究中Kiumura雙參數(shù)距離結(jié)果顯示，中快速型黃羽肉雞、引進(jìn)雞種、817雜交肉雞以及高產(chǎn)蛋雞之間遺傳距離相對(duì)較小，親緣關(guān)系較近；而這些雞種與慢速型黃羽肉雞、地方雞種之間遺傳距離相對(duì)較大，親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。而慢速型黃羽肉雞京海黃雞和鴻光黑雞均是與藏雞親緣關(guān)系最近，京海黃雞、鴻光黑雞、固始雞和藏雞均是與高產(chǎn)蛋雞親緣關(guān)系最遠(yuǎn)。

3.4 15個(gè)雞種系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系和母系起源

自達(dá)爾文提出紅色原雞為家雞（）祖先這一假說以來，家雞究竟起源于紅色原雞5個(gè)亞種中的哪一種，迄今為止學(xué)術(shù)界還沒有明確定論。FUMIHITO等[28]提出家雞的唯一祖先是生活在泰國及其周邊地區(qū)的原雞指名亞種（）。KANGINAKUDRU等[29]研究表明在家雞的進(jìn)化過程中，生活在印度及其周邊地區(qū)的原雞滇南亞種（）和印度亞種（）也同樣作出了貢獻(xiàn)。

本研究結(jié)合所發(fā)現(xiàn)的53種單倍型683條序列和從NCBI下載的19條紅色原雞D-loop區(qū)全長序列，構(gòu)建了K2P模型系統(tǒng)發(fā)育樹，結(jié)果顯示，A、B分支中的所有單倍型包括11種A單倍型和20種B單倍型均僅與原雞滇南亞種交叉聚為一枝，以往的研究顯示A、B單倍型為我國地方雞種的主要單倍型[30]，推測滇南亞種在中國地方雞種形成過程中母系貢獻(xiàn)較大。E分支中的所有單倍型均與原雞印度亞種交叉聚為一枝，本研究中E單倍型在中國培育的中快速肉雞和高產(chǎn)蛋雞中比例較高，而E單倍型在南亞和西方商品雞中普遍存在，驗(yàn)證了我國快長型雞種在培育過程中引入了外來雞種血液。C分支母系起源較為豐富，7種C單倍型與指名亞種、滇南亞種、印度亞種以及印尼亞種（）等4種紅色原雞亞種交叉聚為一枝，推測擁有C單倍型的家雞在長期的選育過程中，通過引入或者遷移等方式受到多種原雞血液的入侵，從而逐漸形成具有獨(dú)特個(gè)性的群體。

4 結(jié)論

在15個(gè)雞種683個(gè)個(gè)體線粒體D-loop區(qū)全序列共發(fā)現(xiàn)45個(gè)突變位點(diǎn)和53種單倍型以及A、B、C和E共4個(gè)單倍型群。不同單倍型與肉雞生長速度相關(guān)，中快速型群體以E單倍型為優(yōu)勢單倍型，慢速型群體E單倍型比例相對(duì)較低。A、B單倍型群均起源于滇南亞種，E單倍型群起源于印度亞種，C單倍型群具有印度亞種、滇南亞種、指名亞種和印尼亞種等多個(gè)起源。E單倍型均在1 214 bp處存在C-T突變，B單倍型均在1 215 bp處存在A-G突變，不同群體線粒體D-loop區(qū)遺傳多態(tài)性差異不一，均具有各自的特異位點(diǎn)和特異單倍型。研究結(jié)果為肉雞品種選育和溯源以及資源化開發(fā)利用提供了理論依據(jù)。

[1] 趙華, 范梅華. 活雞向冰鮮雞消費(fèi)轉(zhuǎn)型亟需解決的六大問題. 中國畜牧雜志, 2015(16): 8-10, 14.

ZHAO H, FAN M H. Six problems need to solve during the consumption of chilled chicken replacing live chicken. Chinese Journal of Animal Science, 2015(16): 8-10, 14. (in Chinese)

[2] ARMSTRONG E, IRIARTE A, MARTINEZ A M, FEIJOO M, VEGA-PLA J L, DELGADO J V, POSTIGLIONI A. Genetic diversity analysis of the Uruguayan Creole cattle breed using microsatellites and mtDNA markers. Genetics and molecular research, 2013, 12(2): 1119-1131.

[3] ASATO Y, OSHIRO M, MYINT C K, YAMAMOTO Y I, KATO H, MARCO J D, MIMORI T, GOMEZ E A L, HASHIGUCHI Y, UEZATO H. Phylogenic analysis of the genusby cytochrome b gene sequencing. Experimental Parasitology, 2009, 121(4): 352-361. doi:10.1016/j.exppara.2008.12.013

[4] 李雪娟, 黃原, 雷富民. 山鷓鴣屬鳥類線粒體基因組的比較及系統(tǒng)發(fā)育研究. 遺傳, 2014(9):912-920.

LI X J, HUANG Y, LEI F M. Comparative and phylogenomic analyses on mitochondrial genomes ofspecies. Hereditas, 2014(9):912-920.(in Chinese)

[5] MALTSEV A N, STAKHEEV V V, BOGDANOV A S, FOMINA E S, KOTENKOVA E V. Phylogenetic relationships of intraspecific forms of the house mouse: Analysis of variability of the control region (D-loop) of mitochondrial DNA. Doklady Biological Sciences, 2015, 465(1): 285-288.

[6] TAKASU M, ISHIHARA N, TOZAKI T, KAKOI H, MAEDA M, MUKOYAMA H. Genetic diversity of maternal lineage in the endangered kiso horse based on polymorphism of the mitochondrial DNA D-loop region. Journal of Veterinary Medical Science, 2014, 76(11): 1451-1456.

[7] 張濤, 路宏朝.寧強(qiáng)矮馬線粒體DNA D-loop區(qū)的遺傳多樣性. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué), 2012, 45(8): 1587-1594.

ZHANG T, LU H Z. Genetic diversity of mitochondrial DNA D-loop sequences in Ningqiang pony. Scientia Agricultura Sinica, 2012, 45(8):

[8] 齊國強(qiáng), 昝林森, 張桂香, 王志剛, 王均輝, 韓旭. 中國部分地方水牛品種mtDNA D-loop區(qū)遺傳多樣性與起源研究. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào), 2008(1): 7-11.

QI G Q, ZAN L S, ZHANG G X, WANG Z G, WANG J H, HAN X. Mitochondrial DNA D-loop genetic diversity and origin of some Chinese domestic buffalo breeds. Chinese Journal of Animal and Veterinary Sciences, 2008(1): 7-11. (in Chinese)

[9] 武艷平, 關(guān)偉軍, 趙倩君, 何曉紅, 浦亞斌, 霍俊宏, 敖紅, 李奎, 馬月輝. 山羊線粒體DNA D-loop區(qū)部分序列變異位點(diǎn)分析. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào), 2008, 39(8): 1137-1141. doi:10.3321/j.issn: 0366-6964. 2008.08.023.

WU Y P, GUAN W J, ZHAO Q J, HE X H, PU Y B, HUO J H, AO H, LI K, MA Y H. Analysis on partial sequence of mitochondrial DNA D-loop region variation position of goat. Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2008, 39(8): 1137-1141. doi:10.3321/j.issn: 0366-6964.2008.08.023. (in Chinese)

[10] 鄭立, 劉延鑫, 趙緒永, 靳雙星, 鄧紅雨, 劉太宇. 河南3個(gè)驢種mtDNA D-loop區(qū)序列多態(tài)性及起源進(jìn)化分析. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版), 2011(4): 29-34.

ZHENG L, LIU Y X, ZHAO X Y, JIN S X, DENG H Y, LIU T Y. Analysis of phylogenetic relationship and genetic diversity of mtDNA D-loop in three Henan donkey breeds. Journal of Northwest A & F University (Natural Science Edition), 2011(4): 29-34. (in Chinese)

[11] LEE J C, TSAI L C, LIAO S P, LINACRE A, HSIEH H M. Evaluation of the polymorphic D-loop ofin forensic applications. Electrophoresis, 2010, 31(23/24): 3889-3894. doi:10. 1002/elps.201000414.

[12] 李慧芳, 朱文奇, 楊寧, 宋衛(wèi)濤, 王繼文, 徐文娟, 王強(qiáng), 陳寬維. 家鴨、媒鴨和野鴨mtDNA D-loop區(qū)的遺傳變異. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào), 2011, 42(9): 1213-1219.

LI H F, ZHU W Q, YANG N, SONG W T, WANG J W, XU W J, WANG Q, CHEN K W. The genetic variation of the mtDNA D-loop region in domestic ducks,ducks and wild ducks. Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2011, 42(9): 1213-1219. (in Chinese)

[13] 周蓉李佳琦李鈾劉迺發(fā)房峰杰施麗敏王瑩. 基于線粒體DNA的大石雞種群遺傳變異. 生物多樣性, 2012, 20(4): 451-459. doi:10. 3724/SP.J.1003.2012.09221.

ZHOU R, LI J Q, LI Y, LIU N F, FANG F J, SHI L M, WANG Y.Genetic variation in rusty-necklaced partridge () detected by mitochondrial DNA. Biodiversity Science, 2012, 20(4): 451-459. doi:10.3724/SP.J.1003.2012.09221. (in Chinese)

[14] 趙倩君, 關(guān)偉軍, 郭軍, 喬海云, 何曉紅, 浦亞斌, 傅寶玲, 敖紅, 李奎, 馬月輝. 中國7個(gè)綿羊品種mtDNA D-loop區(qū)序列的系統(tǒng)發(fā)育與起源研究. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào), 2008(4): 417-422.

ZHAO Q J, GUAN W J, GUO J, QIAO H Y, HE X H, PU Y B, FU B L, AO H, LI K, MA Y H. Origin and phylogenetics of seven Chinese sheep breeds based on D-loop sequence. Chinese Journal of Animal and Veterinary Sciences, 2008(4): 417-422. (in Chinese)

[15] 高玉時(shí), 賈曉旭, 唐修君, 唐夢君, 樊艷鳳, 陸俊賢, 顧榮, 葛慶聯(lián), 蘇一軍. 基于線粒體基因組D-loop區(qū)全序列分析安義瓦灰雞遺傳多樣性及其起源進(jìn)化關(guān)系. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào), 2015, 23(7): 940-944. doi:10.3969/j.issn.1674-7968.2015.07.011.

GAO Y S, JIA X X, TANG X J, TANG M J, FAN Y F, LU J X, GU R, GE Q L, SU Y J. The genetic diversity and origin analysis of Anyi tile-like chickens (domestiaus) based on mitochondrial DNAD-loop sequence. Journal of Agricultural Biotechnology, 2015, 23(7): 940-944. doi:10.3969/j.issn.1674-7968.2015.07.011. (in Chinese)

[16] LIU Y P, WU G S, YAO Y G, MIAO Y W, LUIKART G, BAIG M, BEJA-PEREIRA A, DING Z L, PALANICHAMY M G, ZHANG Y P. Multiple maternal origins of chickens: out of the Asian jungles. Molecular Phylogenetics and Evolution, 2006, 38(1): 12-19.

[17] MIAO Y W, PENG M S, WU G S, OUYANG Y N, YANG Z Y, YU N, LIANG J P, PIANCHOU G, BEJA-PEREIRA A, MITRA B, PALANICHAMY M G, BAIG M, CHAUDHURI T K, SHEN Y Y, KONG Q P, MURPHY R W, YAO Y G, ZHANG Y P. Chicken domestication: an updated perspective based on mitochondrial genomes. Heredity, 2013, 110(3): 277-282.

[18] 薩姆布魯克J, 拉塞爾D W.分子克隆實(shí)驗(yàn)指南: 第三版. 北京: 科學(xué)出版社, 2002, 461-512.

SAMBROOK J, RUSSELL D W. Molecular cloning：a laboratory manual: the third edition. Science Press. Beijing. 2002, 461-512. (in Chinese)

[19] ROZAS J, SáNCHEZ-DELBARRIO J C, MESSEGUER X, ROZAS R. DnaSP, DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods. Bioinformatics (Oxford, England), 2003, 19(18): 2496-2497. doi:10.1093/bioinformatics/btg359.

[20] TAMURA K, DUDLEY J, NEI M, KUMAR S. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution, 2007, 24(8): 1596-1599. doi:10. 1093/molbev/msm092.

[21] 包文斌, 束婧婷, 王存波, 張紅霞, Steffen Weigend, 陳國宏. 中國家雞和紅色原雞mtDNA控制區(qū)遺傳多態(tài)性及系統(tǒng)進(jìn)化分析. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào), 2008, 39(11): 1449-1459. doi:10.3321/j.issn: 0366-6964. 2008.11.001.

BAO W B, SHU J T, WANG C B, ZHANG H X, WEIGEND S, CHEN G H. Investigation on genetic diversity and systematic evolution in Chinese domestic fowls and red jungle fowls by analyzing the mtDNA control region. Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2008, 39(11): 1449-1459. doi:10.3321/j.issn: 0366-6964.2008. 11.001. (in Chinese)

[22] DANA N, MEGENS H J, CROOIJMANS R P M A, HANOTTE O, MWACHARO J, GROENEN M A M, ARENDONK J A M V. East Asian contributions to Dutch traditional and western commercial chickens inferred from mtDNA analysis. Animal Genetics, 2010, 42, 125-133.

[23] LYIMO C M, WEIGEND A, MSOFFE P L, HOCKING P M, SIMIANER H, WEIGEND S. Maternal genealogical patterns of chicken breeds sampled in Europe. Animal Genetics, 2015, 46(4): 447-451.

[24] OSMAN S A M, YONEZAWA T, NISHIBORI M. Origin and genetic diversity of Egyptian native chickens based on complete sequence of mitochondrial DNAregion. Poultry Science, 2016, 95(6): 1248-1256.

[25] SMITH M A, WOODLEY N E, JANZEN D H, HALLWACHS W, HEBERT P D. DNA barcodes reveal cryptic host-specificity within the presumed polyphagous members of a genus of parasitoid flies (Diptera: Tachinidae). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2006, 103(10): 3657-3662. doi:10.1073/pnas.0511318103.

[26] 潘建飛, 史兆國, 成述儒, 王川, 趙生國. 甘肅主要馬群體遺傳多樣性及系統(tǒng)發(fā)育研究. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào), 2014, 22(2): 210-218. doi:10.3969/j.issn.1674-7968.2014.02.010.

PAN J F, SHI Z G, CHENG S R, WANG C. The study of genetic diversity and phylogenetic evolution in indigenous horses () of Gansu. Journal of Agricultural Biotechnology, 2014, 22(2): 210-218. doi:10.3969/j.issn.1674-7968.2014.02.010. (in Chinese)

[27] 中國畜禽遺傳資源志家禽志. 北京: 中國農(nóng)業(yè)出版社, 2011, 331-333.

Animal genetic resources in China Poultry. China agriculture press. Beijing. 2011, 331-333. (in Chinese)

[28] FUMIHITO A, MIYAKE T, SUMI S, TAKADA M, OHNO S, KONDO N. One subspecies of the red junglefowl () suffices as the matriarchic ancestor of all domestic breeds. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA. 1994, 91, 12505-12509.

[29] KANGINAKUDRU S, METTA M, JAKATI R D, NAGARAJU J. Genetic evidence from Indian red jungle fowl corroborates multiple domestication of modern day chicken. BMC Evolutionary Biology, 2008, 8: 174. doi:10.1186/1471-2148-8-174.

[30] 賈曉旭, 唐修君, 樊艷鳳, 陸俊賢, 黃勝海, 葛慶聯(lián), 高玉時(shí), 韓威. 華東地區(qū)地方雞品種mtDNA控制區(qū)遺傳多樣性. 生物多樣性, 2017, 25(5): 540-548. doi:10.17520/biods.2017012.

JIA X X, TANG X J, FAN Y F, LU J X, HUANG S H, GE Q L, GAO Y S, HAN W. Genetic diversity of local chicken breeds in East China based on mitochondrial DNA D-loop region. Biodiversity Science, 2017, 25(5): 540-548. doi:10.17520/biods.2017012. (in Chinese)

Genetic Diversity and Origin Characteristics of Chicken Species Based on Mitochondrial DNA D-loop Region

TANG XiuJun1,2, FAN YanFeng1, JIA XiaoXu1, GE QingLian1, LU JunXian1, TANG MengJun1, HAN Wei1, GAO YuShi1

1Institute of Poultry, Chinese Academy of Agricultural Sciences/Key Laboratory for Poultry Genetics and Breeding of Jiangsu Province, Yangzhou 225125, Jiangsu;2College of Animal Science and Technology, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095

【Objective】The purpose of this study was to investigate the genetic diversity and origin characteristics of the whole sequence of mitochondrial DNA D-loop region in chicken breeds (complete set line) with different growth rates, so as to provide a theoretical basis for breeding and traceability of broiler breeds. 【Method】15 broiler breeds with different growth rates were used as research materials, including eight yellow-feathered broiler lines (5 medium-fast and 3 slow lines), two local chicken breeds (Gushi chicken and Tibetan chicken), two introduced chicken breeds (Recessive White and Anka), one white-feathered broiler (Ross 308), 817 hybrid broiler and one commercial layer line (Dawu Brown Eggshell Hens). Chicken blood was collected, and DNA was PCR amplified. The full sequences of mtDNA D-loop region of 683 individuals from 15 chicken breeds were sequenced, and the genetic diversity and haplotype characteristics of each chicken breed were analyzed using DnaSP 5.10 software. The genetic distance between breeds was calculated using MEGA 4.0 software, and then a phylogenetic tree was constructed between different haplotypes and the red original chicken. 【Result】The full sequence size of the D-loop region of 15 chicken breeds ranged from 1 231 to 1 232 bp, and individuals with sequence length of 1 231 bp had C-base deletion at 859 bp. 45 variant loci were detected in 683 individuals, which were combined into 53 haplotypes and could be divided into four haplotype groups, including A, B, C and E. Among them, the medium-fast broilers, 817 hybrid broilers and high-yielding laying hens were all haplotype E as the dominant haplotype (≥48.89%); the dominant haplotypes were B haplotypes for Hongguang black chickens, A haplotypes for Jinghai yellow chickens, and four haplotypes were relatively balanced for Xueshan chickens (the proportion of E haplotypes ≤38.46% for three chicken breeds); the haplotypes of local chicken breeds were A and C haplotypes for Gushi chickens and A and B haplotypes for Tibetan chickens. The genetic diversity of the 15 chicken breeds ranged from 0.496 to 0.853 forand from 0.00146 to 0.00673 for. The relatively rich genetic diversity was found in the Xinxing Dwarf Yellow Chicken, Xueshan Chicken, Jinghai Yellow Chicken and Ross 308; the relatively low genetic diversity was found in the Tibetan Chicken, the High Laying Chicken, the Anka Chicken, the Xinxing partridge Chicken No. 4 and the Xugang Yellow Chicken No. 1. The range of Kiumura two-parameter distance of 15 chicken breeds was 0.0016-0.0113, among which the intra-breed genetic distance of Ross 308 was the largest while the intra-breed genetic distance of 817 hybrid broiler and high-yielding chicken was the smallest; the inter-breed genetic distance was the largest between high-yielding chicken and Tibetan chicken, and the smallest between high-yielding chicken and 817 hybrid broiler; the genetic distance between medium-fast broiler was relatively small while the genetic distance between medium-fast broiler, slow-fast and local chicken breeds was relatively large; the genetic distance between Jinghai and local chicken breeds was relatively large. Cluster analysis showed that the haplotypes A, B, andwere clustered in one group. Haplotype E andwere clustered in another group. Haplotype C was clustered with four subspecies of jungle fowl, including,,and. 【Conclusion】The genetic diversity of mitochondrial D-loop region varied among different chicken breeds; E haplotypes were strongly correlated with broiler growth rate, and E haplotypes were the dominant haplotypes in all medium and fast populations, while the proportion of E haplotypes in slow populations was less than 40%; the national chicken population had multiple red proto-chicken maternal origins, indicating that it was domesticated under neutral selection. The results of the study provided a theoretical basis for broiler breed selection and tracing as well as resource exploitation.

chicken; mitochondrial DNA; D-loop region; genetic diversity; genetic origin

2020-08-14；

2021-10-15

國家自然科學(xué)基金（31702079，31672382，31501917，31372277）、江蘇省六大人才高峰資助項(xiàng)目（NY-011）、江蘇省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)—重點(diǎn)及面上項(xiàng)目（BE2018363）、江蘇省家禽遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室資助項(xiàng)目（JQLAB-ZZ-202002）

唐修君，E-mail：tangxj0918@126.com。樊艷鳳，E-mail：fanyanfeng@126.com。唐修君和樊艷鳳為同等貢獻(xiàn)作者。通信作者高玉時(shí)，E-mail：gaoys100 @sina.com

（責(zé)任編輯 林鑒非）