王 蕊,楊正飛
(寧夏醫(yī)科大學(xué)中醫(yī)學(xué)院,寧夏銀川 750004)
缺血性卒中(cerebral infarction,CI)是栓子阻塞血管,使入顱血流量減少,引起腦組織供血障礙,繼而出現(xiàn)相應(yīng)神經(jīng)功能受損的一類疾病,嚴(yán)重危害人類健康[1-3]。此外,CI 常會(huì)誘發(fā)其他器官的損害,尤以心臟損害多見,后者表現(xiàn)為心律失常、心肌損害、心電圖改變、心肌酶譜異常甚至急性心肌梗死[4-7],進(jìn)而加重病情,影響患者預(yù)后。目前,對(duì)CI 后誘發(fā)心功能障礙的機(jī)制研究較少[8],迄今尚未闡明。因此,本研究從GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取MCAO 小鼠與Sham 小鼠左心室的基因芯片數(shù)據(jù),分析二者存在的差異基因,以期分析缺血性卒中后誘導(dǎo)出現(xiàn)心功能障礙的機(jī)制,并為腦卒中相關(guān)心功能障礙的治療提供依據(jù);同時(shí),為其他相關(guān)疾病的研究提供思路。
以美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心(NCBI)的GEO DataSets 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)為檢索對(duì)象,檢索時(shí)間截止于2019 年12 月,以“Cerebral infarction and cardiac dysfunction”為關(guān)鍵詞進(jìn)行檢索,獲取24、72 h 兩個(gè)時(shí)間點(diǎn)MCAO 小鼠與Sham 小鼠左心室中基因芯片數(shù)據(jù)GSE102558。
下載基因芯片數(shù)據(jù)GSE102558,并通過(guò)R 語(yǔ)言軟件進(jìn)行編程、分析,設(shè)定篩選條件logFC 絕對(duì)值≥1,校正P<0.05,獲取這兩個(gè)時(shí)間點(diǎn)MCAO 小鼠與Sham 小鼠左心室中的差異表達(dá)基因;同時(shí),利用R語(yǔ)言軟件繪制差異基因的火山圖和前20 位差異基因的熱圖。
利用DAVID 6.8(https://david.ncifcrf.gov/)在線分析工具,對(duì)24 h 和72 h 的MCAO 小鼠與Sham小鼠左心室中的差異表達(dá)基因進(jìn)行GO 功能富集分析和KEGG 通路富集分析[9]。其中,以小鼠為物種篩選條件,設(shè)置Select Identifier 為“Official Gene Symbol”,List Type 為“Gene List”,選擇生物過(guò)程、細(xì)胞組成和分子功能模塊對(duì)差異基因進(jìn)行GO 功能富集分析;同時(shí),選擇Pathways 進(jìn)行KEGG 通路富集分析。最后,運(yùn)用Omicshare(http://www.omicshare.com/tools/Home/Index/index.html)在線分析工具對(duì)富集分析結(jié)果進(jìn)行可視化。
本研究為避免如品種、年齡等因素對(duì)基因表達(dá)的干擾,故根據(jù)小鼠品系、鼠齡、分組以及取樣部位相同的原則對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選,最終選擇8 周齡C57BL/6J 小鼠,取樣部位為左心室。經(jīng)篩選,符合要求的數(shù)據(jù)顯示,Sham-24 h 組、MCAO-24 h 組、Sham-72 h 及MCAO-72 h 組均具有6 個(gè)樣本數(shù)據(jù);具體樣本數(shù)據(jù)信息見表1。
表1 樣本數(shù)據(jù)信息Tab 1 Sample data information
對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行整理,將缺血24 h 和72 h 的數(shù)據(jù)按Sham 組和MCAO 組進(jìn)行分組,使用R 語(yǔ)言軟件對(duì)整理的數(shù)據(jù)進(jìn)行一致性評(píng)價(jià),選擇相關(guān)系數(shù)>0.9 的樣本,確保準(zhǔn)確檢測(cè)到缺血性卒中誘導(dǎo)后出現(xiàn)心功能障礙的差異基因;對(duì)Sham 組及MCAO 組數(shù)據(jù)進(jìn)行分析后,發(fā)現(xiàn)缺血后24 h 和72 h 的Sham 組和MCAO 組樣本數(shù)據(jù)中差異基因分別有187 個(gè)和51 個(gè)(圖1),圖中紅色圓點(diǎn)代表上調(diào)基因,綠色圓點(diǎn)代表下調(diào)基因,黑色圓點(diǎn)代表未變化的基因;分別列出調(diào)控最顯著的前20 位差異基因及表達(dá)值(圖2),圖中顏色越紅代表基因表達(dá)值變化越大。結(jié)果顯示,缺血24 h 變化最顯著的前10 位差異基因分別 為 :Nr4a1、Tacc2、Pnpla2、Aplnr、Arrdc2、Map3k6、Itgb6、Cblb、Tuba4a 和Bnip3;缺血72h 變化最顯著的前10 位差異基因分別為:Myh7、Gm12295、Itgb6、C130080G10Rik、Hmgcs2、Cmss1、Lrrc52、Fam107a、Lcn2 和Aplnr。其中,Aplnr、Itgb6兩個(gè)基因在24 h 與72 h 均發(fā)生變化。
圖1 差異基因的火山圖Fig 1 Volcanic map of differential genes
圖2 前20 位差異基因的熱圖Fig 2 Heat map of the first 20 differential genes
對(duì)24、72 h 缺血性卒中誘導(dǎo)后出現(xiàn)心功能障礙的差異基因影響的生物過(guò)程、細(xì)胞組成和分子功能,運(yùn)用DAVID 6.8 在線分析工具對(duì)差異基因進(jìn)行GO 功能富集分析后,得出具體結(jié)果如下:
在缺血后24 h,得到100 個(gè)GO 條目,篩選P<0.05 作為顯著性富集,得到56 條具有顯著意義的條目:在生物過(guò)程方面,有30 條(53.57%)顯著富集條目,涉及整合素介導(dǎo)的細(xì)胞黏附負(fù)調(diào)控、膠原纖維組織、細(xì)胞死亡的正向調(diào)節(jié)及細(xì)胞凋亡過(guò)程的負(fù)調(diào)節(jié)等;在細(xì)胞組成方面,有11 條(19.63%)顯著富集條目,主要涉及線粒體膜、細(xì)胞外基質(zhì)及細(xì)胞質(zhì)等;在分子功能方面,有15 條(26.78%)顯著富集條目,主要涉及轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)區(qū)序列特異性DNA 結(jié)合、轉(zhuǎn)錄因子活性及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合等。
在缺血后72 h,得到23 個(gè)GO 條目,篩選P<0.05 作為顯著性富集,得到14 條具有顯著意義的條目:在生物過(guò)程方面,有9 條(64.28%)顯著富集條目,涉及活性氧的種類代謝過(guò)程、肌肉收縮、細(xì)胞基質(zhì)附著力、自噬細(xì)胞死亡、整合素介導(dǎo)的信號(hào)通路及程序性細(xì)胞死亡的正向調(diào)節(jié)等;在細(xì)胞組成方面,有4 條(28.57%)顯著富集條目,主要涉及MHCⅡ類蛋白復(fù)合物、蛋白質(zhì)的細(xì)胞外基質(zhì)、質(zhì)膜外側(cè)的錨定成分和膜錨定成分;在分子功能方面,有1 條(7.14%)顯著富集條目,主要涉及整合素結(jié)合。結(jié)果見圖3。
圖3 前10 位GO 功能富集Fig 3 Top 10 of GO function enrichment
運(yùn)用DAVID 6.8 在線分析工具對(duì)差異基因進(jìn)行KEGG 通路富集分析,得出具體結(jié)果如下。
缺血后24 h,共富集到9 條通路,篩選P<0.05作為顯著性富集,得到5 條顯著富集通路,主要涉及的信號(hào)通路是癌癥中的小RNA、生理節(jié)律、HTLV-I 感染、PI3K-Akt 信號(hào)通路和化學(xué)致癌性。
缺血后72 h,共富集到4 條通路,篩選P<0.05作為顯著性富集,得到3 條顯著富集通路,主要涉及的信號(hào)通路是PI3K-Akt 信號(hào)通路、酮體的合成與降解、細(xì)胞外基質(zhì)-受體相互作用。
運(yùn)用Omicshare 在線分析工具對(duì)富集分析結(jié)果進(jìn)行可視化,結(jié)果見圖4。
圖4 差異基因的KEGG 通路富集分析Fig 4 KEGG pathway enrichment analysis of differential genes
自1937 年,Dozzy 首次對(duì)腦血管病可伴心臟功能障礙進(jìn)行報(bào)道以來(lái),越來(lái)越多的學(xué)者證實(shí)了腦血管病可導(dǎo)致心肌損害,出現(xiàn)心肌酶升高、心律失常、心肌損傷及急性心肌梗死等臨床表現(xiàn),即出現(xiàn)腦心綜合征[5]。目前,隨著腦梗死患者越來(lái)越多,腦心綜合征的發(fā)病率已占所有急性腦梗死患者的78.3%[10],并成為腦卒中患者急性期猝死的主要原因[11],但由于其機(jī)制尚不清楚,臨床上只能對(duì)癥處理,故療效差,治療上較被動(dòng)[12]。因此,對(duì)缺血性卒中后誘發(fā)心功能障礙的機(jī)制進(jìn)行研究將成為今后重要的研究課題。
本研究利用公共數(shù)據(jù)庫(kù)(GEO),獲得缺血性卒中后誘發(fā)心功能障礙的差異表達(dá)基因及相關(guān)通路。結(jié)果表明:隨著腦缺血時(shí)間的延長(zhǎng),在缺血后24 h和72 h,會(huì)出現(xiàn)不同的差異表達(dá)基因,其中,Aplnr、Itgb6 兩個(gè)基因在24 h 與72 h 均發(fā)生差異表達(dá)。Aplnr 是一個(gè)典型的G 蛋白偶聯(lián)受體,是apelin 的唯一受體,存在于冠狀動(dòng)脈和肺血管的內(nèi)皮細(xì)胞和平滑肌細(xì)胞以及心肌與多區(qū)域的腦組織中;Aplnr 主要通過(guò)G 蛋白的亞基(Gαi 或Gαq)來(lái)介導(dǎo)信號(hào),Gαi有助于PI3K/AKT 的活化和ERK 的激活,Gαq 有助于PLCβ/PKC 的激活;在心肌與腦組織缺血、缺氧早期,會(huì)促進(jìn)Aplnr 的表達(dá),從而通過(guò)激活PI3K/AKT 和ERKs 信號(hào)通路抑制細(xì)胞凋亡和促進(jìn)血管新生[13]。Itgb6 可調(diào)節(jié)擴(kuò)散、遷移、細(xì)胞外基質(zhì)降解等細(xì)胞基本功能[14]。對(duì)差異基因做進(jìn)一步的GO 功能富集與KEGG 通路富集發(fā)現(xiàn),腦缺血的不同時(shí)間段會(huì)引起心臟發(fā)生不同的生物學(xué)功能及信號(hào)通路改變,而PI3K-Akt 信號(hào)通路是兩個(gè)時(shí)間段都會(huì)涉及的共同信號(hào)通路,因此,可以預(yù)測(cè)出PI3K-Akt 信號(hào)通路為缺血性卒中后誘導(dǎo)出現(xiàn)心功能障礙的主要通路。在PI3K-Akt 信號(hào)通路中,磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)廣泛存在于心肌細(xì)胞,參與生理病理過(guò)程,如細(xì)胞凋亡、壞死,細(xì)胞自噬,細(xì)胞存活與分化等[15],PI3K 分為Ⅰ類、Ⅱ類和Ⅲ類,其中,Ⅰ類在多種通路中發(fā)揮作用。蛋白激酶B(Akt)是一種廣泛存在于人體各組織中的絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶,存在Akt1、Akt2 和Akt3 三種亞型[16],其中,Akt1 和Akt3 廣泛表達(dá)于人體細(xì)胞,Akt2 主要在肝臟和骨骼肌等組織中表達(dá)[17,18],而Akt 被認(rèn)為是PI3K-Akt 信號(hào)通路的關(guān)鍵。研究表明,PI3K-Akt 信號(hào)通路可通過(guò)多種機(jī)制調(diào)節(jié)心血管功能[19],如Sun 等[20]研究發(fā)現(xiàn),PI3K-Akt 信號(hào)通路具有心臟保護(hù)作用,激活PI3K-Akt 信號(hào)通路,可改善心肌損傷,并抑制心臟肥大的發(fā)生;Ogita 等[21]通過(guò)實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),激活PI3K-Akt 信號(hào)通路可改善冠狀動(dòng)脈灌注、心臟收縮及心肌代謝功能。因此,PI3K-Akt 信號(hào)通路與心臟功能調(diào)節(jié)密切相關(guān),主要通過(guò)影響心肌細(xì)胞存活、增殖、凋亡以及心肌細(xì)胞能量代謝及調(diào)節(jié),血管再生等方面,實(shí)現(xiàn)對(duì)心臟的調(diào)節(jié)作用。當(dāng)發(fā)生腦梗死時(shí),腦部血流量減少,引起腦水腫,損害島葉皮質(zhì)及皮質(zhì)下聯(lián)合纖維,使血液中兒茶酚胺的含量增加,也可通過(guò)影響神經(jīng)、體液等多方面因素影響心臟功能,從而引起腦心綜合征[22]。同時(shí),本研究預(yù)測(cè)結(jié)果得出:缺血性卒中后通過(guò)影響PI3K-Akt 信號(hào)通路的心臟調(diào)節(jié)作用,引起心臟功能障礙。
綜上所述,缺血性卒中后誘導(dǎo)出現(xiàn)心功能障礙的機(jī)制主要涉及PI3K-Akt 信號(hào)通路。當(dāng)心肌持續(xù)缺血時(shí),該通路對(duì)抑制心肌細(xì)胞凋亡和減緩心功能惡化速度等方面具有積極的作用[23]。因此,研發(fā)調(diào)控PI3K-Akt 信號(hào)通路的相關(guān)藥物,可能是治療缺血性卒中后誘導(dǎo)出現(xiàn)心功能障礙的重要方向。
海南醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào)2021年23期