鄭葉子 王丹 潘咪 王艷玲 安麗君
(1. 西北農(nóng)林科技大學(xué)旱區(qū)作物逆境生物學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,楊凌 712100;2. 西北農(nóng)林科技大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,楊凌 712100)
細(xì)胞命運(yùn)決定與植物器官發(fā)育與形態(tài)建成密切相關(guān),因此了解其潛在的調(diào)控機(jī)制一直以來是植物發(fā)育生物學(xué)研究的熱點(diǎn)。表皮毛是植物地上部組織表皮細(xì)胞向外突出形成的一種特殊結(jié)構(gòu),是研究植物細(xì)胞命運(yùn)決定優(yōu)良模型系統(tǒng)[1-3]。擬南芥葉片表皮毛是由特定的表皮細(xì)胞分化形成的單細(xì)胞結(jié)構(gòu),其在葉片上呈現(xiàn)規(guī)律的分布,相鄰表皮毛之間通常間隔三個或四個表皮細(xì)胞,在野生型中很少出現(xiàn)表皮毛簇的現(xiàn)象[4-5]。目前的研究已經(jīng)確定了許多遺傳因子參與這一過程[3,6],其中GLABROUS 1(GL1)是一個關(guān)鍵組成[1,7-8]。GL1編碼R2R3 MYB 類型的轉(zhuǎn)錄因子,正調(diào)控表皮毛發(fā)生,GL1功能缺失的植株幾乎不能形成表皮毛[1,7,9]。然而,在野生型中過表達(dá)GL1會抑制表皮毛的形成[8,10],表明GL1轉(zhuǎn)錄本的相對劑量在表皮毛形成具有重要作用。此外,研究發(fā)現(xiàn)GL1在葉片所有的表皮細(xì)胞中都有表達(dá),在成熟的表皮毛中沒有表達(dá),表明在表皮毛的發(fā)育過程中GL1的表達(dá)受到嚴(yán)格調(diào)控。之前的研究表明GL1的表達(dá)受細(xì)胞周期調(diào)控,在gl3-sst sim突變體中,GL1能夠在成熟表皮毛中高表達(dá),并且CYCD3;1的表達(dá)水平升高能夠維持幼嫩葉片中GL1的表達(dá)[11],但是具體的調(diào)節(jié)機(jī)制仍然不明了。本研究中我們篩選和鑒定了GL1的兩個新等位突變體f08-01(gl1-44)和vat002-07(gl1-45),并且證實(shí)位于GL13'非編碼區(qū)的153 bp 序列對于GL1的表達(dá)至關(guān)重要,它可能充當(dāng)反式作用因子對GL1進(jìn)行轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的平臺,旨對進(jìn)一步解析GL1在植物表皮毛細(xì)胞命運(yùn)決定中的作用奠定基礎(chǔ)。
本研究使用的擬南芥野生型為Columbia-0(Col-0)生態(tài)型,f08-01abs3-1D突變體是在擬南芥abs3-1DEMS 誘變庫中篩選得到[12],而vat002-07 var2突變體是在以葉色突變體var2為背景的T-DNA activation tagging 突變體庫中獲得[13]。為了清除abs3-1D和var2遺傳背景,分別得到f08-01和vat002-07的單突變體,將f08-01 abs3-1D和vat002-07 var2植株分別與Col-0 野生型植株連續(xù)雜交3 代,并對得到的f08-01和vat002-07單突變體的表皮毛表型進(jìn)行鑒定。
所有的植物均生長在植物培養(yǎng)間中,溫度為22± 1℃下,光照條件為24 h 持續(xù)光照,光強(qiáng)度約為100 μmol·m-2·s-1。
1.2.1 表皮毛表型分析 在不同發(fā)育階段中,使用SZ61 體視顯微鏡(Olympus)觀察不同基因型的表皮毛在葉片和花序莖上的分布規(guī)律。為了統(tǒng)計(jì)蓮座葉上的表皮毛數(shù)目,將不同基因型植物種子分別播種在營養(yǎng)土上,在培養(yǎng)間生長至4 周大時(shí),將蓮座葉按葉序(第3 片-第10 片)進(jìn)行分離,然后首先在SZ61 體視顯微鏡(Olympus)下統(tǒng)計(jì)每片葉子上的表皮毛數(shù)目,其次將對應(yīng)的葉片用Canoscan 9000F(Canon)掃描,計(jì)算葉面積;最后用葉片上表皮毛的總數(shù)量除以相應(yīng)的葉面積得到單位面積表皮毛數(shù),即表皮毛密度。對于主花序莖上表皮毛數(shù)量的統(tǒng)計(jì),待在培養(yǎng)間生長的不同基因型植物主莖生長到約18 cm 高時(shí),統(tǒng)計(jì)第一個節(jié)間從底部向上2 cm 處1 cm 長度中的表皮毛數(shù)量。每個基因型至少使用15 株獨(dú)立的植物,所有實(shí)驗(yàn)至少重復(fù)2 次,數(shù)據(jù)以平均值±標(biāo)準(zhǔn)差表示,采用t檢驗(yàn)評估野生型和突變體之間的差異,***:P<0.001。
1.2.2F08-01和VAT002-07基因的克隆 對于F08-01基因的分離采用圖位克隆的方法,首先通過BSA法(Bulk segregation analysis),利用分布在擬南芥5條染色體上的已知的分子標(biāo)記對突變基因進(jìn)行粗定位,確定與突變基因連鎖的染色體區(qū)間及其所在的染色體;其次查閱連鎖區(qū)間內(nèi)的基因注釋,推測可能的突變基因;最后,以f08-01突變體基因組DNA為模板,擴(kuò)增可能的突變基因序列進(jìn)行測序,確定突變位點(diǎn)。由于vat002-07突變體來自T-DNA 插入突變庫,所以我們首先通過抗除草劑(Basta)抗性處理,確定突變基因與T-DNA 連鎖;其次利用TAIL-PCR 對突變基因進(jìn)行分離,最后以vat002-07突變體基因組DNA 為模板,通過PCR 擴(kuò)增靶基因的全基因組序列并進(jìn)行測序,確定T-DNA 的插入位點(diǎn)。所用引物見表1。
1.2.3 遺傳互補(bǔ)實(shí)驗(yàn) 為了確認(rèn)克隆得到的突變基因是造成f08-01和vat002-07植物突變表型產(chǎn)生的原因,進(jìn)行了遺傳互補(bǔ)實(shí)驗(yàn)。首先分別構(gòu)建了4 個植物二元表達(dá)載體PGL1∷GL1,PGL1:GL13'Δ(GL13'Δ表示包含有GL13'非編碼區(qū)序列的DNA 片段)和P35S∷GL1以及PGL1:GL13'm(GL13'm表示GL13'非編碼區(qū)中的153 bp 序列中的E2F 結(jié)合位點(diǎn)缺失),其次通過花序侵染法將這些表達(dá)載體分別轉(zhuǎn)入到f08-01和vat002-07中,通過抗生素抗性篩選和基因組PCR 鑒定確定陽性轉(zhuǎn)化植物,利用T3 代植株檢測表皮毛發(fā)育模式及GL1基因的表達(dá)水平。每次轉(zhuǎn)化至少觀察20 個轉(zhuǎn)基因株系,選擇其中2 個株系用于詳細(xì)分析。所用引物見表1。
1.2.4 放線菌酮(Cycloheximide,CHX)處理和mRNA 積累檢測 CHX 處理實(shí)驗(yàn)參考文獻(xiàn)[14]進(jìn)行,具體步驟為首先將不同基因型植物種子分別播種在固體MS 培養(yǎng)基表面無菌培養(yǎng)12 d;然后將幼苗分別轉(zhuǎn)移到液體MS 中適應(yīng)生長2 d;最后將幼苗分別轉(zhuǎn)移至新的含有100 μm CHX的液體MS中進(jìn)行處理,2 h 后收集樣本進(jìn)行mRNA 水平檢測。
利用實(shí)時(shí)熒光定量RT-PCR(Real-time qRTPCR)檢測GL1mRNA 的表達(dá)水平。收集處理過的不同基因型背景的幼苗,Trizol 法提取葉片總RNA 并進(jìn)行DNaseI 處理,然后利用Transcriptor First Strand cDNA Synthesis Kit(Roche)合成第一鏈互補(bǔ)cDNA作為模板進(jìn)行real time qRT-PCR,以ACTIN2基因作為內(nèi)參。
表1 所用引物序列表
為了發(fā)掘控制植物表皮毛形成的新遺傳因子,我們采用非定向篩選的方法進(jìn)行了大規(guī)模的正向遺傳篩選,其中在以株型突變體abs3-1D為背景的EMS 誘變庫中獲得了一株幾乎沒有表皮毛形成植物,將其命名為f08-01abs3-1D;同時(shí)在以葉色突變體var2為背景的T-DNA activation tagging 突變體庫中發(fā)現(xiàn)一株表皮毛數(shù)量明顯減少的植物,將其命名為vat002-07var2。通過檢測自交植物的表皮毛表型確認(rèn)f08-01abs3-1D和vat002-07var2的表皮毛缺陷表型能穩(wěn)定遺傳后,將f08-01abs3-1D和vat002-07var2突變體分別與Col-0 進(jìn)行雜交以去除abs3-1D和var2的遺傳背景,獲得f08-01和vat002-07突變體。通過表型鑒定發(fā)現(xiàn)f08-01和vat002-07突變體的表皮毛表型分別與f08-01 abs3-1D和vat02-07var2相似,與野生型相比,f08-01和vat002-07蓮座葉的表皮毛數(shù)量顯著減少(圖1-A-C),與此一致的是,f08-01和vat002-07花序梗上的表皮毛數(shù)量也顯著低于野生型(圖1-D-F),這些結(jié)果表明,F(xiàn)08-01和VAT002-07突變基因可能是表皮毛形成的正調(diào)控因子。此外,定量統(tǒng)計(jì)分析顯示,f08-01的表皮毛缺陷表型比vat002-07更嚴(yán)重,因?yàn)樵趂08-01的前5 片蓮座葉中幾乎沒有表皮毛(圖1-G),與在蓮座葉中的表型相似,f08-01主花序莖上的表皮毛數(shù)量也顯著少于vat002-07(圖1-H)。
圖1 f08-01 和vat002-07 突變體的表皮毛表型
由于f08-01和vat002-07的表皮毛發(fā)生缺陷十分明顯,暗示F08-01和VAT002-07基因是調(diào)控表皮毛形成的重要調(diào)控因子,因此我們首先對F08-01和VAT002-07基因進(jìn)行了克隆。對于F08-01基因的克隆采用圖位克隆法進(jìn)行。粗定位結(jié)果表明F08-01位點(diǎn)與III 號染色體上的分子標(biāo)記MFE16#1 和T21C14#1 連鎖,該染色體區(qū)間的長度為2 501 kb(圖2-A)。通過在擬南芥數(shù)據(jù)庫中篩查此區(qū)間中的基因,發(fā)現(xiàn)At3g27920基因在此區(qū)間內(nèi),該基因編碼GL1蛋白。由于之前的研究顯示GL1強(qiáng)的功能缺失突變體表現(xiàn)為無表皮毛形成[1,7,9],因此推測f08-01突變體的表皮毛缺陷表型可能是由GL1基因突變引起的。為了驗(yàn)證此種推測,對f08-01突變體中GL1基因的全序列進(jìn)行了測序,結(jié)果表明f08-01中GL1基因第3 個外顯子中發(fā)生了C 到T 的突變(圖2-A),導(dǎo)致編碼的氨基酸由谷氨酰胺(Gln)突變?yōu)榻K止密碼子,致使GL1 蛋白合成提前終止(圖2-A)。
采用TAIL-PCR 方法克隆VAT002-07突變基因。首先對vat002-07植株進(jìn)行抗除草劑谷膦酸鹽(Basta)處理,結(jié)果發(fā)現(xiàn)所有的植株在處理后仍然存活,表明突變位點(diǎn)與T-DNA 連鎖,接著以vat002-07植株的基因組DNA 為模板進(jìn)行TAIL-PCR,經(jīng)過4 輪PCR 后,在凝膠上檢測到11 條清晰條帶(圖2-B)。對這些片段分別進(jìn)行測序并將測序結(jié)果提交NCBI 數(shù)據(jù)庫進(jìn)行同源性比對,發(fā)現(xiàn)一個序列與擬南芥GL1基因5'端非翻譯區(qū)顯著相似(圖2-C 和2-D),這表明vat002-07的表皮毛表型可能是由于GL1基因的 T-DNA 插入導(dǎo)致。為了進(jìn)一步驗(yàn)證之前的假設(shè),從vat002-07BC2 群體中隨機(jī)選擇4 株植物,通過基因組PCR 對T-DNA 插入基因型進(jìn)行分析。當(dāng)使用引物GL1 R 和LB1 進(jìn)行PCR 時(shí)出現(xiàn)清晰條帶,表明該植物攜帶T-DNA(圖2-E 和2-F)。對這些PCR 片段測序后,發(fā)現(xiàn)插入位點(diǎn)與TAIL-PCR 結(jié)果一致。
為了進(jìn)一步證實(shí)f08-01和vat002-07中GL1基因的突變是表皮毛發(fā)生缺陷的原因,進(jìn)行了遺傳互補(bǔ)實(shí)驗(yàn)。結(jié)果表明轉(zhuǎn)基因植株在蓮座葉和主序莖上的表皮毛表型與野生型植株非常相似(圖3-A),同時(shí)還檢測了轉(zhuǎn)基因植物中GL1的表達(dá)水平,發(fā)現(xiàn)f08-01和vat002-07中GL1基因的表達(dá)水平顯著降低,而轉(zhuǎn)基因植物中GL1的轉(zhuǎn)錄本明顯升高(圖3-B和3-C)。
綜合上述結(jié)果,我們確認(rèn)F08-01和VAT002-07就是GL1,f08-01和vat002-07是GL1的新等位突變體,因此將f08-01和vat002-07重命名為gl1-44和gl1-45。
圖2 F08-01 和VAT002-07 突變位點(diǎn)的克隆
圖3 f08-01 和vat002-07 突變體的遺傳互補(bǔ)
在遺傳互補(bǔ)實(shí)驗(yàn)中我們發(fā)現(xiàn)GL1的3'非編碼區(qū)對其生物學(xué)功能至關(guān)重要。當(dāng)在gl1-45植物中表達(dá)由GL1自身啟動子驅(qū)動的GL1完整開放閱讀框(ORF)時(shí),不能回復(fù)其表皮毛缺陷表型(圖4-A),同時(shí)以CaMV 35S 啟動子驅(qū)動GL1表達(dá)時(shí),也不能回復(fù)gl1-45突變體的表型(圖4-A),而當(dāng)以GL1自身啟動子驅(qū)動包含GL13'非編碼區(qū)的153 bp(從終止密碼子下游1 028 bp 開始)的GL1表達(dá)時(shí)能成功回復(fù)gl1-45的表皮毛缺陷(圖3-A),這表明在表皮毛發(fā)育過程中,3'非編碼區(qū)對GL1的功能至關(guān)重要。
Wenger 和Marks[11]提 出GL13' 非 編 碼 區(qū) 的153 bp 片段末端存在兩個反向重疊的潛在E2F 轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn),可是介導(dǎo)對于GL1的轉(zhuǎn)錄激活。因此,為了揭示GL13'非編碼區(qū)的功能,特別是這153 bp 區(qū)間的生物學(xué)功能,我們將這153 bp中的E2F 結(jié)合位點(diǎn)∷進(jìn)行了突變,構(gòu)建了植物表達(dá)載體PGL1∷GL13'm,并將其轉(zhuǎn)入了gl1-44植物中,結(jié)果發(fā)現(xiàn)E2F 結(jié)合位點(diǎn)缺失時(shí)仍然可以成功回復(fù)gl1-44突變體的表皮毛缺陷表型(圖4-B),這提示153 bp 中E2F 結(jié)合位點(diǎn)可能與GL1的功能無關(guān)。大量的研究表明真核生物中基因的3'非編碼區(qū)參與對基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,介導(dǎo)mRNA 和蛋白的穩(wěn)定性。為此,我們檢測了P35S∷GL1gl1-45和PGL1∷GL1gl1-45轉(zhuǎn)基因植物中GL1的表達(dá)水平。與野生型植株相比,P35S∷GL1gl1-45和PGL1∷GL1 gl1-45植株中GL1的表達(dá)水平明顯降低(圖4-C)。為進(jìn)一步研究P35S∷GL1 gl1-45植株中GL1mRNA 水平下降是由于翻譯依賴的 mRNA 降解還是轉(zhuǎn)錄激活失敗導(dǎo)致,我們對P35S∷GL1 gl1-45和PGL1∷GL1 gl1-45植物進(jìn)行了100 μmol/L CHX 處理,結(jié)果發(fā)現(xiàn)野生型植物處理2 h 后,GL1mRNA 顯著累積(圖4-C),而P35S∷GL1 gl1-45轉(zhuǎn)基因植物中GL1mRNA積累量約為野生型中的4 倍(圖4-C),這表明P35S∷GL1 gl1-45中GL1mRNA 的減少降解可能是由于翻譯依賴的RNA 降解機(jī)制引起。相比較之下,PGL1∷GL1 gl1-45植物中GL1mRNA 積累量雖然能被檢測到,但其GL1mRNA 水平仍處在一個低水平(圖4-C),表明P35S∷GL1 gl1-45持續(xù)低水平的GL1表達(dá)可能是轉(zhuǎn)錄激活失敗導(dǎo)致。綜合以上研究結(jié)果,我們認(rèn)為GL1的3'非編碼區(qū)可能同時(shí)作為轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控和轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控的平臺,從而微調(diào)GL1的表達(dá),實(shí)現(xiàn)其精確的生物學(xué)功能。
對于多細(xì)胞生物來說,構(gòu)成不同組織和器官的不同類型細(xì)胞其命運(yùn)的正確決定對植物的發(fā)育至關(guān)重要,為了研究植物細(xì)胞命運(yùn)決定的分子調(diào)控機(jī)制,實(shí)驗(yàn)室前期建立了以植物表皮毛為系統(tǒng)的研究體系。表皮毛是由表皮組織發(fā)育而來的特化結(jié)構(gòu),在不同的物種或同一物種的不同組織中的表皮毛會呈現(xiàn)出不同的形態(tài)特征[15]。在擬南芥中,表皮毛是單細(xì)胞發(fā)育形成的結(jié)構(gòu),主要分布在蓮座葉的上表皮、下表皮,花序莖以及萼片上,是研究植物細(xì)胞命運(yùn)決定的優(yōu)良模式系統(tǒng)[4]。本研究中通過大規(guī)模的遺傳篩選獲得了兩株具有明顯表皮毛形成缺陷的突變體。通過基因克隆和遺傳互補(bǔ)實(shí)驗(yàn),確認(rèn)本研究中篩選獲得的這兩株突變體是GL1基因的兩個新等位突變體,因此分別將其命名為gl1-44和gl1-45。
GL1是控制植物表皮毛形成的核心基因。最開始發(fā)現(xiàn)的GL1功能缺失突變體gl1-1是由于GL1基因功能完全缺失導(dǎo)致的,其地上部所有組織都沒有表皮毛產(chǎn)生[9]。GL1 蛋白包含兩個與MYB 蛋白同源性的DNA 結(jié)合域的重復(fù)序列(從第14 到第117氨基酸殘基)[9],表明GL1 的主要功能可能主要是結(jié)合和激活下游基因的表達(dá),但是研究發(fā)現(xiàn)在MYB結(jié)構(gòu)域之外的其他區(qū)域的突變也可以導(dǎo)致嚴(yán)重的表皮毛缺陷,如本研究中發(fā)現(xiàn)的gl1-44和gl1-45。gl1-44表皮毛缺陷是由于GL1中與MYB 結(jié)構(gòu)域相鄰的第3 個外顯子發(fā)生了突變,gl1-45中是由于5'非編碼區(qū)插入T-DNA,兩種突變都導(dǎo)致了GL1轉(zhuǎn)錄本積累明顯減少。這些數(shù)據(jù)表明GL1的整體表達(dá)水可能是最初表皮毛形成的關(guān)鍵,此外還可能需要其他順式作用元件來精確調(diào)控GL1表達(dá)。
在互補(bǔ)實(shí)驗(yàn)中,我們發(fā)現(xiàn)GL1的3'非編碼區(qū)對于GL1的表達(dá)至關(guān)重要,暗示GL1的3'非編碼區(qū)具有一定的生物學(xué)功能。本研究中使用CaMV 35S 啟動子組成型表達(dá)GL1,也不能回復(fù)gl1-45的表皮毛發(fā)育缺陷表型,這表明GL13'非編碼區(qū)可能對GL1表達(dá)的轉(zhuǎn)錄激活及其mRNA 的穩(wěn)定性至關(guān)重要。Wenger 和Marks[11]指出,在GL1的3'非編碼區(qū)的一個153 bp 區(qū)間中存在兩個反向重疊的潛在的E2F 結(jié)合位點(diǎn),但是我們的研究表明E2F 的結(jié)合位點(diǎn)可能不是GL1功能的關(guān)鍵;Oppenheimer 等[7]提出,托葉特異的轉(zhuǎn)錄因子能夠激活GL1的轉(zhuǎn)錄,因此基于ChIP-seq 的數(shù)據(jù),我們預(yù)測了GL1潛在的反式作用因子,結(jié)果發(fā)現(xiàn)有兩個轉(zhuǎn)錄因子ABF2 和ABF4 能夠與GL13' 非編碼區(qū)的153 bp 片段結(jié)合。ABF2 和ABF4 屬于b-ZIP 轉(zhuǎn)錄因子,最初被確定為ABA 響應(yīng)元件(ABRE)結(jié)合因子(ABFs),用于調(diào)節(jié)包含ABRE 的基因的表達(dá)以響應(yīng)ABA[16]。然而,最近的研究表明ABFs 也能夠轉(zhuǎn)錄激活發(fā)育調(diào)節(jié)因子。ABF3 和ABF4 能夠靶向結(jié)合抑制開花整合SUPPRESSOR OF OVEREXPRESSON OF CONSTANS1(SOC1)基因的表達(dá),促進(jìn)干旱條件下的開花[17]。此外,也有研究報(bào)道指出一類早期基因(IEGs)的翻譯會依賴mRNA 的降解[18]。IEGs 表達(dá)的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控能夠確保短暫的蛋白質(zhì)的產(chǎn)生,這可能對于保護(hù)機(jī)體免受一些不受細(xì)胞周期控制的事件的發(fā)生至關(guān)重要[19]。大量的研究表明,GL1 可能是一個IEG,因?yàn)樵诒砥っ陌l(fā)育和響應(yīng)不同信號的過程中,GL1 僅在特定范圍表達(dá)[1,7,11],并且本研究發(fā)現(xiàn)P35S∷GL1 gl1-45 轉(zhuǎn)基因植株中抑制翻譯能夠顯著增強(qiáng)GL1 mRNA 的積累(圖4-C),所以進(jìn)一步深入研究ABF2 和ABF4 與GL1 的直接結(jié)合以及GL1 mRNA 的翻譯依賴衰退機(jī)制,將有助于進(jìn)一步剖析GL1 在表皮毛形成中的生物學(xué)功能。
圖4 GL1 的3'非編碼區(qū)對其表達(dá)的影響
本研究通過大規(guī)模的遺傳篩選,獲得了兩個植物表皮毛形成的關(guān)鍵控制基因GL1的新等位突變體gl1-44和gl1-45,并且通過初步的藥理學(xué)實(shí)驗(yàn)證明GL1 基因3'非編碼區(qū)的153 bp 序列對于GL1的表達(dá)至關(guān)重要,它可能充當(dāng)反式作用因子對GL1進(jìn)行轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的平臺,精確調(diào)控GL1的表達(dá),從而實(shí)現(xiàn)其特定的生物學(xué)功能。