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miRNA 單核苷酸多態(tài)性與HBV 感染相關疾病關系的研究進展

2021-03-25 23:51:52盟,
關鍵詞:易感性等位基因染色體

倪 盟, 曾 雷

(吉林大學第一醫(yī)院表觀遺傳藥物研究所,吉林 長春 130021)

乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染是世界最常見的慢性病毒感染之一。HBV 感染可能導致急性和慢性乙型肝炎,是誘導肝硬化和肝細胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的主要風險因素[1]。目前全球約有2.57 億HBV 攜帶者,每年約有100萬人死于HBV 感染相關的肝臟疾?。?]。在中國,盡管乙肝疫苗接種的推廣和整體醫(yī)療水平的提高使總體乙肝感染率逐年降低,但中國仍有約9 000萬HBV 攜帶者,是世界上HBV 感染最嚴重的國家之一,因此HBV 所造成的社會危害不容忽視[3]。

微小RNA(microRNA,miRNA)是一類內(nèi)源性的非編碼RNA,長度為19~25個核苷酸,廣泛存在于真核生物和病毒的基因組中。miRNA 通過堿基互補配對的方式與靶基因結(jié)合,起到轉(zhuǎn)錄后調(diào)控靶基因表達和蛋白質(zhì)翻譯穩(wěn)態(tài)的作用。自1993年在秀麗隱桿線蟲體內(nèi)首次發(fā)現(xiàn)miRNA 以來,迄今為止,在人類基因組上已發(fā)現(xiàn)超過2 000種miRNA,調(diào)控約60% 的人類基因,在病毒復制、免疫應答和腫瘤發(fā)生中起重要的調(diào)節(jié)作用。已有研究[4-5]表 明:miRNA在HBV與宿主的相互關系中發(fā)揮重要作用,miRNA 影響HBV 在細胞中的復制和基因表達,而HBV 則可通過調(diào)節(jié)宿主miRNA 的表達為自身復制提供有利的條件。在HBV 感染相關疾病中,miRNA 異常表達和宿主的遺傳因素與疾病的發(fā)生發(fā)展密切相關[6]。

單個核苷酸變異所引起的基因組水平的DNA序列多態(tài)性,即miRNA 單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)是最常見的可遺傳變異,是導致miRNA 失調(diào)的重要因素之一,也是影響個體疾病遺傳易感性的重要因素[7]。miRNA 的SNPs 主 要從兩方面 影響miRNA 功能[8]:①影響pri-miRNA 或pre-miRNA 的加工和成熟,從而導致成熟miRNA 表達量的異常;②影響miRNA識別其mRNA 靶序列的能力或通過影響miRNA-靶標雙鏈體的形成,使miRNA 靶向錯誤的mRNA。miRNA 的SNPs 與HBV 感染等疾病密切相關,是HBV 感染相關肝病的潛在診斷分子標志物。目前已有較多綜述總結(jié)了miRNA 在HBV 相關肝病中的作用,但目前尚無關于miRNA 的SNPs 與HBV 相關肝病關系的綜述。本研究對miRNA 的SNPs 與HBV 相關疾病易感性的關系及其潛在發(fā)病機制進行綜述,為發(fā)現(xiàn)HBV 相關疾病新的生物標志物和替代治療方案提供依據(jù)。

1 miRNA 的SNPs 與HBV 感染 的關系

HBV 利用宿主和病毒因素完成復制并建立感染過程,因此HBV 感染可能引起急性和慢性乙型肝炎。miRNA 參與調(diào)節(jié)HBV 誘導的慢性炎癥反應,由于不同種類的miRNA 在HBV 感染中的作用不同,因此不同種類miRNA的SNPs與HBV感染的相關性也存在差異。

1.1 miRNA的SNPs與HBV易感性的關系

miR-146a 位于 人類染色體5q33.3,是Toll 樣受體(Toll-like receptors,TLR)等免疫調(diào)控途徑中的負調(diào)控因子,是誘導自身免疫病發(fā)病的重要因素。研究[9]顯示:腫瘤壞死因子α(tumor necrosis factor- α,TNF- α)、脂多糖或白細胞介素1β(IL-1β)等炎性因子均可誘導miR-146a 的表達,HBV 感染也可以促進體外miR-146a 轉(zhuǎn)錄,而miR-146a 通過靶向降低STAT1 和ZEB2 等基因的表達,促 進HBV 復 制[10-13]。rs2910164(C>G)是 位 于miR-146a 的pre-miRNA區(qū)域的SNPs,與乳腺癌[14]、胃癌[15]和HCC[16]等癌癥的發(fā)病風險相關。JIANG 等[17]收集了中國湖北省251例HBV慢性感染的急性肝衰竭(acute-on-chronic hepatitis B liver failure,ACLF-HBV)患者和466例慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者的臨床資料,對miR-146a 基因rs2910164 SNPs 進行研究的結(jié)果顯示:rs2910164 位點GG 基因型與ACLF-HBV 易感性降低相關,并且與攜帶CC 和CG 基因型個體比較,攜帶GG 基因型的個體外周血單個核細胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)中 成熟miR-146a 的表達水平升高,血清TNF-α 水平降低,患者存活率升高。然而,SAYYAD 等[18]對伊朗266例CHB 和172例急性HBV 感染后自發(fā)清除病毒(spontaneous viral clearance,SVC)患者及266名健康對照者rs2910164 的SNPs 研究表明:在慢性HBV 感染患者中,GG 基因型是主要基因型,G 是主要等位基因,并與伊朗人群的HBV 易感性相關。沙特阿拉伯的一項研究[19]得到了與伊朗研究一致的結(jié)果,并且還發(fā)現(xiàn)miR-30a rs1358379 的等位基因C 、miR-149 基因rs2292832 的等位基因T 和miR-196a 基因rs11614913 的等位基因G 也與HBV 感染相關。上述研究結(jié)果顯示了miR-146a 基因rs2910164 SNPs 在不同地域和種族之間對HBV病毒易感性的差異。

miR-21基因位于人類染色體17q23.1,在HCC 患者中表達水平升高,并與HBV 介導的HCC復發(fā)之間有明顯關聯(lián)。WU 等[20]在中國山東省進行肝切除手術后63例HBV 相關的HCC、17例HCC 和13名健康對照者的miR-21 基因rs1292037(A>G)SNP 研究中發(fā)現(xiàn):在HCC 患者中,與攜帶AG+GG 基因型的個體比較,攜帶AA 基因型的患者白細胞中miR-21 基因表達水平明顯降低,對HBV 的易感性降低。

miR-100 基因位于人類染色體的11q24.1,其外周血基因表達水平與HBV DNA 水平呈正相關關系,可以增加肝癌細胞中HBsAg 和HBeAg 的分泌量和HBV DNA的復制量。miR-100 可以通過靶向胰島素樣生長因子1 受體(IGF-1R)/磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)/哺乳動物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)/Unc-51 樣激酶1(Unc-51-like kinase 1,ULK1)信號通路,誘導細胞自噬從 而 促進HBV 復制[21]。miR-100基因的rs1834306(T/C)SNPs 位于其pri-miRNA 區(qū)域,與多種腸道疾病易感性相關[22]。TAREK 等[23]對埃及100例HBV 感染者和100名健康對照者進行rs1834306 SNPs 與HBV 感染關聯(lián)性的研究結(jié)果顯示:與對照組比較,盡管HBV 患者的miR-100表達水平升高,但miR-100基因rs1834306(T/C)SNPs 的基因型和等位基因頻數(shù)分布比較差異無統(tǒng)計學意義(P>0.05),表明雖然有些miRNA 在HBV 感染中發(fā)揮重要作用,但其SNPs 卻不影響HBV的易感性。

1.2 miRNA 的SNPs 與HBV持續(xù)感染的關系

miR-323b 基因位于人類染色體的14q32.31,可以激活NF-κB途徑[24],也可以抑制H1N1甲型流感病毒和HBV 的復制[25]。YU 等[26]選擇韓國1035例慢性HBV攜帶者(chronic carrier,CC)和404例HBV 自然康復患者(spontaneously recovered,SR),研究miRNA-323b 基 因premiRNA 區(qū)域的rs56103835(C>T)SNP 在HBV感染中的作用,結(jié)果顯示:與SR組比較,CHB組研究對象rs56103835 SNP 與HBV 的持續(xù)感染明顯相關,miRNA-323b 基因SNPs 質(zhì)粒轉(zhuǎn)染明顯增加了細胞中HBV DNA 水平,表明rs56103835 SNPs通過增強HBV 復制,促進HBV 的持續(xù)感染。

miR-604 基因位于人類染色體10p11.23,rs2368392(C>T)SNPs 位 于miR-604 的primiRNA區(qū)域。目前關于miR-604 基因與rs2368392 SNPs 的研究較少,其作用機制有待探討。JAE 等[27]收集了韓國首爾404例HBV SR、313例CHB 患者、305例HBV 陽性肝硬化患者和417例HBV 陽性的HCC患者資料,進行病例對比研究發(fā)現(xiàn):miR-604 基因的SNPs 也與HBV 的持續(xù)感染相關。miR-604基因rs2368392 的SNPs中具有等位基因T 的個體HBV 感染持續(xù)性較高,這表明等位基因T 可能是HBV 慢性感染的危險基因。與HBV 陽性HCC 患者比較,未發(fā)展為HCC的CHB患者中T等位基因頻數(shù)分布更高,表明T等位基因可能是CHB發(fā)展為HCC的保護性基因,rs2368392 的SNPs 與CHB 發(fā)展為肝硬化或HBeAg 清除之間無明顯關聯(lián)。

2 miRNA 的SNPs 與HBV清除的關系

miRNA 的SNPs除與HBV感染相關,也與HBV清除相關。SAYYAD 等[18]對伊朗266例 慢性HBV感染者、172例SVC 患者和266名健康對照者進行了miR-146a基因rs2910164的SNPs研究結(jié)果表明:在慢性HBV感染患者中,CC基因型和C等位基因與伊朗人群SVC 相關。AL-QAHTANI等[19]對沙特阿拉伯人群中miRNA 的SNPs 與HBV 清除的相關性研究結(jié)果表明:miR-149基因rs2289030、miR-146a基因rs2910164、miR-196a2基因rs11614913 和miR-30a 基 因rs1358379 SNPs 與HBV 清除相關。另外,雖然miR-423 rs6505162的C等位基因與HBV清除相關,但次要等位基因A與HBV易感性不相關。

miR-219 基因位于人類染色體6p21,在HBV感染中的作用尚不明確,有待于進一步探討。CHEONG 等[28]選擇了韓國首爾市404例HBV SR、313例CHB 患者、305例HBV 陽性肝硬化患者和417例HBV陽性的HCC患者,開 展 對miR-219 基因SNPs 的研究,結(jié)果顯示: miR-219 基因SNPs 與HBV清除相關,其中rs421446(C/T)、rs107822(A/G)和rs213210(C/T)SNPs 是miR-219-1 基因中pri-miRNA 區(qū)域研究較多的3個SNPs 位點,rs421446 SNPs T 等位基因與HBV清除率密切相關,rs107822 SNPs G等位基因與HBV清除率相關,但rs213210SNPs與HBV 清除率無明顯相關。另外rs421446、rs107822 和rs213210 的SNPs與韓國人群患HCC風險之間未發(fā)現(xiàn)關聯(lián)。

3 miRNA 的SNPs 與HCC 的關系

miRNA 的SNPs 與HCC 的關聯(lián)性研究主要集中 在miR-196a2、miR-149、miR-499 和miR-146a基因的SNPs 上。miR-196a2 基因位于人類染色體12q13.13,在腫瘤組織中其表達水平升高,并通過抑制其IκBα、p27、netrin 和FOXO1 等靶基因的轉(zhuǎn)錄,促進腫瘤的發(fā)生。研究[29]顯示: miR-196a2 mRNA 在肝癌組織中的表達水平高于癌旁組織,并促進肝癌細胞的增殖。miR-196a2 pre-miRNA 中rs11614913 T 等位基因與降低miR-196a 的表達水平 相 關。QI 等[30]在來自上海的560例慢性HBV 感染患者(其中361例為HCC)和391名健康對照者中對miR-196a2 基因rs11614913(T>C)SNPs 的研究結(jié)果表明: 在所有患者中,rs11614913 與HBV-HCC 無明顯相關性。但是在男性患者中,與攜帶CC基因型和C 等位基因的個體比較,攜帶TT 基因型和T 等位基因的個體患HCC 風險明顯升高。可見,與女性患者比較,男性患者的HCC 易感因素與遺傳因素相關。

miR-149基因位于人類染色體2q37.3,可以抑制脂多糖(lipopolysaccharides,LPS)誘導的肝臟炎癥和DEN 誘導的肝細胞癌,并通過拮抗信號傳導及轉(zhuǎn)錄激活蛋白3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)和核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)信號通路發(fā)揮抗炎癥和抗癌作用[31-32]。LIU 等[33]對江蘇省327名HCC和327名健康對照者miR-149 基因C>T SNPs 進行研究,Logistic 回歸分析結(jié)果顯示:miR-149基因CC基因型和C 等位基因與HCC 風險相關,并且攜帶miR-149 基因TC+CC 基因型的HBV 感染者患HCC 的風險增 加。WANG 等[34]收集了上海市993例HCC 患者和992名健康對照者進行miRNA的SNPs 研究卻得到相反的結(jié)論:與CC 基因型比較,miR149 基因的TC+TT 基因型增加了患HCC的風險,并且還增加了患HBV-HCC 的風險;miR608 基因rs4919510 與HCC 發(fā)病風險之間不相關。PRATEDRAT 等[35]對泰國104例HCC患者、90例CHB 患者和95名健康對照者的研究結(jié)果表明: miR-149基因rs2292832 和miR-101-1基因rs7536540 不影響泰國人群患HCC 的風險。miR-149 的SNPs 與HBV-HCC 易感性的研究結(jié)論尚不一致,仍有待進一步探討。

miR-499 基因位于人類染色體20q11.22,miR-499 基因及其SNPs 在HBV 感染及相關肝病發(fā)生發(fā)展進程中的研究較少。目前miR-499 基因rs3746444 SNPs 存 在A>G 和C>T2種情況。ZOU 等[36]對比來自中國河南省的185例HCC 患者和203名健康對照者miR-499 基因rs3746444(A>G)基因分型顯示: rs3746444 的GG基因型與HCC發(fā)病風險降低相關。XIANG等[37]對來自中國重慶市100例HCC患者(HBV 陰 性27例 和HBV陽性73例)、100例CHB 和100名健康成年人進行病例-對照研究結(jié)果顯示:在HCC組和HBV陽性的HCC患者中,miR-499 C 等位基因的頻數(shù)分布明顯高于對照組,與攜帶miR-499 基因TT 基因型患者比較,攜帶miR-499 基因CC 基因型患者與HCC 風險和HBV-HCC 風險升高相關。

目前許多研究同時進行miR-196a2、miR-149、miR-499 和miR-146a 基因多態(tài)性與HCC關聯(lián)性的研究,但得到的結(jié)果并不一致。LI 等[38]對中國重慶市266例HCC 患者和266名健康對照者的4種miRNA 的SNPs 的研究結(jié)果顯示: 與攜帶miR-196a2 基因rs11614913 的CC 基因型的個體比較,攜帶TT 基因型個體和攜帶TT+CT 基因型個體患HCC的風險分別增加了2.29倍和1.36倍,攜帶miR-196a2基因rs11614913 的CT+TT基因型的HBV感染者發(fā)生HCC的風險增加,另 外3種miRNA 的SNPs 與HCC發(fā)病無明顯關聯(lián);KIM 等[39]對韓國首爾159例HCC 患者和201名健康對照者的病例-對照研究結(jié)果表明:miR-499 基因AG+GG 基因型與HCC 和HBV-HCC 發(fā)生風險降低相關,miR-149基因的CT+CC基因型也與患HCC 和HBV-HCC風險降低相關。但 其 余2種miRNA 的SNPs 與HCC 患病風險不相關;FAROKHIZADEH 等[40]對比伊朗100例HCC 患者和120名健康對照者的研究結(jié)果顯示: miR-499 A>G、miR-149 C>T 和miR-196a 2T>C 與女性HCC 發(fā)病和HBV-HCC發(fā)展有關;WANG 等[41]收集20 項研究中HCC 病例11 821例和健康對照者(15 359名)進行Meta分析的結(jié)果表明:miR-146a基因rs2910164 和miR-34b/c 基因rs4938723 SNPs與HCC發(fā)生風險相關,miR-196a2 基因rs11614913和miR-149 基 因rs2292832 SNPs 與 患HBV-HCC 風險相關。

miR-143 位于人類染色體5q32,在多種腫瘤組織呈低水平表達,以增強HBV感染引起的HCC 轉(zhuǎn)移,也可通過靶向KRAS 和c-Myc 等基因促進細胞凋 亡。YIN 等[42]對4種主要的miRNA 的SNPs 以及miR-143 啟動子區(qū)域SNPs影響HBV 相關的HCC 發(fā)生機制進行研究顯示:HBV 感染激活NF- κB 和rs4705342等位基因C增強 了miR-143與NF-κB結(jié)合的親和力,并 以NF-κB劑量依賴的方式增強啟動子的轉(zhuǎn)錄。miR-143 基因表達水平的升高導致下游靶基因ORP8 表達水平降低,使肝癌細胞凋亡的敏感性降低,最終導致HBV 相關的患HCC 的風險增加。

4 miRNA 的SNPs 與肝硬化的關系

目前關于miRNA 的SNPs 與肝硬化的關系研究較少,目前僅在沙特阿拉伯地區(qū)有研究開展。AL-QAHTANI 等[19]收 集了585例無癥狀HBV感染者、222例活動性HBV 感染者和145例診斷為肝硬化或肝硬化+HCC 的HBV 感染患者,進行miRNA 的SNPs 與HBV 感染相關肝病易感性的關聯(lián)研究顯示: miR-26a1 基因rs7372209、miR-608 rs4919510、miR-149 基 因rs2292832 和miR-30a 基因rs1358379 的SNPs 均與HBV 發(fā)展為肝硬化或肝硬化及HCC 相關。

本研究介紹了不同miRNA 的SNPs 在HBV 相關疾病發(fā)生發(fā)展過程的復雜調(diào)控作用,研究結(jié)果與病例樣本的基因序列、樣本數(shù)量、年齡結(jié)構、性別差異、地域分布和種族群體等多種因素有關,上述因素的不同會導致研究結(jié)果的不一致。此外,吸煙和飲酒等生活習慣、HCV 等病毒感染和抗病毒藥物治療等環(huán)境因素均會對病患體內(nèi)肝臟等多個器官造成損害,也會造成研究結(jié)果的差異[43-44]。miRNA的SNPs 與HBV感染、肝硬化和HCC 易感性密切相關,但是目前其與肝硬化的相關性研究較少,有待進一步研究。目前關于miRNA的SNPs影響HBV感染相關疾病易感性機制的的報道較少。研究[21,24]顯示:miRNA 的SNPs 通過影響炎性因子或炎癥信號通路來調(diào)節(jié)疾病易感性,這為探討miRNA的SNPs作用機制提供了理論基礎。但miRNA 的SNPs 能否作為臨床遺傳學檢驗標志,miRNA 的SNPs 參與調(diào)控的HBV 感染、肝硬化和肝癌的特異性及敏感性等問題,有待于未來通過多病例大數(shù)據(jù)的樣本,以及多地域和多位點的綜合研究來證實。

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