霞爾巴提·哈布烈提 王蓉蓉 馬東來 張學
1中國醫(yī)學科學院基礎醫(yī)學研究所北京協(xié)和醫(yī)學院基礎學院麥庫西克-張孝騫協(xié)和遺傳醫(yī)學中心醫(yī)學分子生物學國家重點實驗室,北京100005;2中國醫(yī)學科學院北京協(xié)和醫(yī)學院北京協(xié)和醫(yī)院皮膚科100730
Werner 綜合征(WS)為白內(nèi)障-硬皮病-早老綜合征,是由WRN 基因突變引起的常染色體隱性遺傳疾病。臨床表現(xiàn)涉及多系統(tǒng)改變,過早衰老為其特征性表現(xiàn)。WS患者臨床表現(xiàn)多樣,異質(zhì)性較強,誤診率較高。我們報道1例以雙足第1 跖趾關(guān)節(jié)疼痛伴四肢皮膚變硬為主要表現(xiàn)的WS 患者及其WRN基因突變情況。
患者男,31歲,未婚。2018年8月來北京協(xié)和醫(yī)院皮膚科就診?;颊咦杂左w格瘦小,2003年起聲音音調(diào)變細而高伴嘶啞,并逐漸加重,于鄭州大學第一附屬醫(yī)院行纖維(電子)鼻咽喉鏡檢查,顯示雙側(cè)聲帶黏膜光滑、萎縮,活動可,閉合不嚴。2016年體檢時診斷為“白內(nèi)障”,并接受白內(nèi)障摘除術(shù),否認視物模糊史。2018 年初雙足第1 跖趾關(guān)節(jié)疼痛僵硬,伴雙足活動受限,于河南中醫(yī)藥大學第一附屬醫(yī)院行骨密度檢查,示雙手足骨質(zhì)疏松改變,跟腱處有鈣質(zhì)沉積。心臟彩超提示二、三尖瓣及主動脈瓣少量反流,左室舒張功能降低,心律失常(室性早搏),無自覺癥狀。飲食、二便正常。否認家族中其他成員有類似疾病,否認父母為近親結(jié)婚,1 姐和1兄均健康?;颊吒改敢讶ナ?,否認生前存在與其相同的臨床表現(xiàn)。體檢:一般情況可,發(fā)育欠佳,身高163 cm,體重52.5 kg,聲音嘶啞,全身皮膚光滑、發(fā)亮。皮下脂肪萎縮,以四肢為重。面部皮下脂肪萎縮,“小鳥樣”面容不明顯,四肢皮膚變硬,雙側(cè)第1跖趾關(guān)節(jié)外翻。見圖1。擬診:硬皮??;硬皮病相關(guān)綜合征。
1.基因組DNA提?。罕狙芯拷?jīng)北京協(xié)和醫(yī)院倫理委員會審核批準(015?2015),所有受試者均簽署知情同意書。抽取患者及其哥哥和姐姐外周血各6 ml于乙二胺四乙酸抗凝管中。各取200 μl 外周血,采用QIAGEN 外周血DNA 提取試劑盒(德國QIAGEN公司)提取外周血基因組DNA。同時提取來自北京協(xié)和醫(yī)院體檢中心的200 例健康對照DNA。
2.外周血RNA 的提取與反轉(zhuǎn)錄:取新鮮血250 μl 加入750 μl Trizol試劑,-80 ℃冰箱保存。采用Trizol法提取外周血總RNA,用TaKaRa PrimeScriptTMRT reagent Kit 反轉(zhuǎn)錄試劑盒(日本Takara 公司)進行逆轉(zhuǎn)錄,轉(zhuǎn)錄后的cDNA 置于-20 ℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>
3. 基因測序:取患者外周血基因組DNA 1 μg 送明碼(上海)生物科技有限公司進行WES 檢測,采用Agilent SureSelect All Human Exome library 系統(tǒng)捕獲目的片段并擴增,通過Illumina Hiseq X測序,并進行數(shù)據(jù)分析和可疑致病位點篩選。針對WES 篩選出來的變異位點設計引物,從USCS 基因數(shù)據(jù)庫(http://genome.ucsc.edu)獲取基因序列信息,利用Prime3 Input(version 0.4.0,http://bioinfo.ut.ee/primer3?0.4.0/)在線設計引物,引物序列見表1(WRN?24),對患者及其家人和200例健康對照進行Sanger測序驗證。
4.實時熒光定量PCR 檢測突變外顯子拷貝數(shù):利用實時熒光定量PCR 檢測患者及其哥哥、姐姐和2 例健康對照外周血基因組DNA中突變所在的外顯子拷貝數(shù),并對患者姐姐、患者及健康對照外周血RNA 逆轉(zhuǎn)錄后的cDNA 進行定量分析,引物序列見表1。使用Rotor?Gene 6000熒光定量PCR 系統(tǒng)(德國QIAGEN 公司)進行實時熒光定量PCR,反應條件:95°預變性30 s;95° 5 s、60° 10 s、72° 20 s,40 個循環(huán),并以2-△△Ct表示W(wǎng)RN基因mRNA的相對表達量。
WES 及Sanger 測序顯示,該患者存在1 處純合突變,WRN 基因在第24 號外顯子2 959 位發(fā)生c.2959C>T 突變,造成所編碼的WRN 蛋白在第987 位氨基酸處提前出現(xiàn)終止密碼子?;颊叩母绺绾徒憬憔鶠榇送蛔兊碾s合攜帶者,見圖2。在人群基因組突變頻率數(shù)據(jù)庫ExAC(http://exac.broadinstitute.org) 及 gnomAD (http://gnomad ? old.broadinstitute.org)中該突變的發(fā)生頻率分別為0.000 024 76和0.000 025 27,且為HGMD 數(shù)據(jù)庫中收錄的導致WS 的致病突變之一。200 例健康對照未發(fā)現(xiàn)相同突變。根據(jù)ACMG 遺傳變異分類標準分析,該突變位點致病性(http://wintervar.wglab.org),顯示該變異滿足1 個非常強(PVS1)和1個中等(PM2)、1個支持(PP3)證據(jù),可認為該變異為致病變異。實時定量PCR 表明,患者突變所在外顯子處基因序列拷貝數(shù)與健康對照一致(圖3),排除基因組在此區(qū)域內(nèi)存在重復或缺失。
針對患者WRN基因mRNA的實時定量PCR顯示,患者的WRN 基因表達量明顯降低,以健康對照基因表達量1.00±0.07 為參照,患者的WRN 基因相對表達量為0.27±0.04;患者姐姐為WRN c.2959C>T(p.R987*)突變雜合攜帶者,WRN 基因相對表達量為0.62±0.03,表明此突變將導致WRN基因mRNA部分降解。
本文患者以雙足第1跖趾關(guān)節(jié)疼痛伴四肢皮膚變硬為主訴,逐漸出現(xiàn)身體多系統(tǒng)病變。根據(jù)WS國際注冊網(wǎng)站提供的診斷標準[1],本例患者臨床表現(xiàn)上包括前3 項主征(白內(nèi)障、典型皮膚病變及身材矮?。饧庸琴|(zhì)疏松和聲音改變2項次征,滿足臨床擬診WS要求,為了明確患者診斷,采用WES測序法對患者基因組DNA進行突變篩查,并鑒定出患者在WRN基因上存在一處純合無義突變,且為文獻報道的導致WS 的致病突變之一[2]。結(jié)合本例臨床與基因檢測結(jié)果,確診為WS。
WRN 基因是WS 唯一已知致病基因,僅以常染色體隱性遺傳方式遺傳[3]。WRN基因編碼的WRN蛋白屬于RecQ型解旋酶家族,包含5個功能結(jié)構(gòu)域[4?9]。曾報道的WRN基因突變類型主要有移碼突變、剪接位點突變、錯義突變以及提前終止密碼突變(premature termination codon,PTC),PTC突變占WRN 所有突變的10%以上[9],可導致蛋白質(zhì)翻譯終止甚至降解,使其不能在細胞核中發(fā)揮功能[10]。
引物名稱WRN?24 WRN?q?24 WRN?q正向引物(5′→3′)GAAGCAGTTGGCACATTTGA CGCCTAAGATGTCCACAGCAG ATGGCCAAAATGAGACCAACT反向引物(5′→3′)TGAGCTGCAGAGCTGAACAT GCCTTTGCTAAGCTTTCTTCA GCTACCAGACTCGTCTTCTGT退火溫度(℃)59.9 61.0 60.0產(chǎn)物長度(bp)493 140 185
本文WRN c.2959C>T(p.R987*)突變?yōu)楹币娮儺?,是已報道的WRN 基因致病突變之一[2],也屬于PTC 突變,位于WRN基因第24號外顯子?;颊叻裾J其父母近親婚配,且均已去世,其姐姐與哥哥均為此突變的雜合攜帶者,該突變位點所在區(qū)域的基因組DNA 定量分析結(jié)果排除了患者在此處存在外顯子雜合性缺失的可能,根據(jù)ACMG 遺傳變異分類聯(lián)合標準規(guī)則,該變異為“致病”突變。該PTC 突變造成WRN 蛋白C端NLS區(qū)域缺失,而迄今鑒定出的大部分突變都是因為形成缺乏NLS 區(qū)域的截短蛋白而致病,且通常在WS 患者來源的細胞系中檢測不到這些截短的WRN 蛋白,這也表明截短的蛋白質(zhì)在細胞質(zhì)中不穩(wěn)定并快速降解[11]。而針對WRN 基因mRNA 進行的實時熒光定量PCR 顯示患者WRN基因表達水平較健康對照明顯降低,表明此突變通過無義介導的mRNA 部分降解(nonsense mediated mRNA decay)而致病。由于無法獲得患者父母外周血樣本,我們只能根據(jù)實驗結(jié)果做出以下3 種推測:①患者父母均為此突變的攜帶者,雖3代以內(nèi)非近親,但有可能為同一祖先來源;②父母僅一方為此突變的攜帶者,患者屬于單親源二體(uniparental diosmy),兩條8號染色體在突變所在的部分區(qū)域都來自攜帶者一方;③父母僅一方為此突變攜帶者,而患者在遺傳了帶有突變的一條等位基因的基礎上,在另一條等位基因同一處自發(fā)產(chǎn)生了相同的突變,這種情況極為罕見。
綜上,我們通過WES 檢測到本文患者WRN 基因存在c.2959C>T(p.R987*)突變,實現(xiàn)了疾病的精準診斷。確診后應建議患者定期檢查,防治可能發(fā)生的并發(fā)癥,如糖尿病、早發(fā)動脈硬化以及惡性腫瘤等。
利益沖突所有作者均聲明不存在利益沖突