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自噬相關(guān)基因ATG4A rs807185位點單核苷酸多態(tài)性與重慶地區(qū)人群肺癌的相關(guān)性研究*

2020-02-26 03:56:30陳維賢
檢驗醫(yī)學(xué)與臨床 2020年4期
關(guān)鍵詞:校正多態(tài)性基因型

陳 姝,賀 巧,胡 琴,陳維賢,胡 銳

1.重慶醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院檢驗科,重慶 400010;2.重慶市中醫(yī)骨科醫(yī)院檢驗科,重慶 400012

肺癌是中國癌癥人群死亡的主要原因,其致病因素包括重金屬中毒、吸煙、遺傳和其他環(huán)境因素。越來越多的證據(jù)表明,遺傳多態(tài)性與肺癌的易感性有關(guān)[1]。

細胞自噬是一個高度保守的過程,對維持細胞內(nèi)環(huán)境平衡至關(guān)重要,與人類許多疾病相關(guān)。自噬相關(guān)基因(ATGs)是調(diào)節(jié)自噬通路的基因,迄今已發(fā)現(xiàn)超過30種ATGs。ATG4基因編碼的蛋白酶在解偶聯(lián)復(fù)合物ATG8-PE和促進自噬體成熟方面有著重要的作用[2]。據(jù)報道,ATG4A是乳腺癌細胞致瘤性所必需[3],對卵巢癌的預(yù)后判斷也有重要意義[4]。然而,ATG4A在肺癌的作用仍不清楚。本文擬通過病例對照研究,探討ATG4A基因單核苷酸多態(tài)性(SNP)和肺癌風(fēng)險的關(guān)系。

1 資料與方法

1.1一般資料 選擇2012年10月至2013年9月在重慶醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院就診的225例肺癌患者作為病例組,其中男180例,女45例;平均年齡(62.8±9.6)歲;36例患者接受過手術(shù)切除,189例患者接受過纖維支氣管鏡活檢,這些患者均按照臨床標準、放射學(xué)和組織病理學(xué)報告確診為肺癌;腺癌81例,鱗狀細胞癌89例,小細胞肺癌22例,其他非鱗狀細胞癌33例。對照組選擇重慶醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院體檢中心同時段內(nèi)的健康體檢者,共257例,其中男203例、女54例,平均年齡(61.7±8.5)歲,性別與年齡分布與病例組相仿,排除惡性腫瘤患者或有任何其他嚴重慢性疾病病史者。所有受試對象均自愿參與本研究,并簽署了知情同意書。本研究經(jīng)重慶醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院倫理委員會批準。

1.2方法

1.2.1DNA提取 每例受試者抽取2 mL靜脈血,采用乙二胺四乙酸二鉀(EDTA-K2)抗凝,離心后將上層血漿與下層中上部分血細胞分裝,-80 ℃冰箱保存。用天根血液基因組DNA提取試劑盒提取外周血基因組DNA,即蛋白酶K消化-飽和氯化鈉鹽析法。并采用紫外分光光度儀測量提取出的DNA濃度及260 nm處吸光度(A值)與A280比值,若DNA A260/A280比值在1.7~2.0則為標本純度合格,低于1.8則考慮可能為蛋白污染,高于2.0可能存在RNA污染,不合格標本須重新抽提DNA。合格標本稀釋至工作濃度后存于-80 ℃冰箱備用。

1.2.2聚合酶鏈式反應(yīng)-限制性片段長度多態(tài)性(PCR-RFLP) 采用PCR-RFLP進行基因組分型[5]。PCR擴增引物為5′-GAGCAGTGCTGTCCAGTAGAA-3′和5′-GGGGGAAATGATCTCTCTCTG-3′,擴增產(chǎn)物為222 bp。該片段含有Alu Ⅰ酶切位點,取產(chǎn)物4 μL,采用限制性內(nèi)切酶AluⅠ(酶切序列為5′-AGCT-3′)針對rs807185位點進行酶切,在A等位基因存在情況下,產(chǎn)物可被消化成88 bp和134 bp,而具有T等位基因的產(chǎn)物不能被消化。為進一步確認基因型,選擇對照組和病例組中不同基因型別的PCR擴增產(chǎn)物送至上海生工公司測序,分析測序結(jié)果并與酶切分型結(jié)果進行比對,以確認酶切分型結(jié)果準確性。

2 結(jié) 果

2.1病例組和對照組的臨床特征 如表1所示,病例組男女比為80∶20,對照組男女比為79∶21,兩組之間在性別上差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.822);納入研究的兩組研究對象均以年齡超過55歲的人群為主,約占80%,兩組之間年齡差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.169)。病例組中吸煙者的比例較對照組高,分別為70.2%和41.2%,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.001)。病例組中有腫瘤家族史的比例較對照組高,分別為13.3%和7.0%。

表1 病例組與對照組肺癌的臨床特征

注:a小細胞肺癌和Ⅰ~ⅢB期非鱗狀細胞癌;b小細胞肺癌和Ⅳ期非鱗狀細胞癌。

2.2ATG4A rs807185多態(tài)性與肺癌的相關(guān)性

2.2.1ATG4A rs807185位點的基因型分析及測序結(jié)果 純合突變基因型(AA)PCR產(chǎn)物可被切割為88 bp和134 bp兩個片段,野生基因型(TT)不能被切開,仍然為222 bp的一個片段,而雜合突變基因型(AT)則被部分切開,出現(xiàn)88、134 bp和222 bp 3個片段(圖1)。測序結(jié)果證實了PCR-RFLP分析結(jié)果的正確性。

2.2.2ATG4A基因多態(tài)性分析 對照組中突變等位基因A的頻率高于病例組中的頻率(37.7%vs.24.9%,P=0.006),校正OR為1.989(95%CI:1.223~3.236)。與TT基因型相比,AA基因型攜帶者患肺癌的風(fēng)險顯著降低(校正OR=0.317,95%CI:0.174~0.575,P<0.001),而在AT基因型的攜帶者中未發(fā)現(xiàn)顯著關(guān)聯(lián)。此外,SNP位點rs807185 多態(tài)性在隱性模型(校正OR=0.315,95%CI:0.178~0.556,P<0.001)和加性模型(校正OR=1.612,95%CI:1.228~2.115,P=0.001)中均顯示與肺癌風(fēng)險顯著相關(guān)。非條件Logistic回歸分析表明rs807185的等位基因與肺癌風(fēng)險降低相關(guān)(校正OR=0.605,95%CI:0.456~0.803,P<0.001)。見表2。

注:A圖為PCR-RFLP產(chǎn)物分析,泳道1、5、6、7、9、10、14和15顯示TT基因型(222 bp),泳道2、8、11、12和13顯示AA基因型(134 bp和88 bp),泳道3和4顯示AT基因型(222、134、88 bp)。B圖中不同基因型的部分序列顯示在該色譜圖和等位基因上,rs807185標有箭頭,每個波代表色譜圖中的一種核苷酸(A,T,G或C),TT和AA具有一個波,然而,AT具有兩個波,其中一個(較高波)代表T,另一個代表A。

圖1采用PCR-RFLP和DNA測序?qū)NPrs807185進行基因分型

表2 病例組和對照組中ATG4A內(nèi)含子SNP rs807185與肺癌風(fēng)險的關(guān)聯(lián)

注:a校正后的非條件Logistic回歸模型,校正因素包括年齡、性別、吸煙史、飲酒狀況、腫瘤家族史以及肺癌組織病理學(xué)分型和轉(zhuǎn)移程度。

注:ATG4A SNP基因型與隱性模型不同亞組間肺癌風(fēng)險的分層分析,不同亞組具有不同的校正后的年齡、性別、吸煙史、飲酒狀況、腫瘤家族史,肺癌的組織病理學(xué)分型和轉(zhuǎn)移程度。 *表示重要的OR。AC為腺癌;NSCLC為非鱗狀細胞癌;SCC為鱗狀細胞癌;SCLC為小細胞肺癌。

圖2分層組中rs807185的校正優(yōu)勢比(OR)森林圖

2.3分層分析 為了排除其他因素對結(jié)果的影響,本研究進一步進行了分層分析以評估rs807185的AA基因型對隱性模型中不同亞組肺癌風(fēng)險的影響,結(jié)果如圖2。在分別調(diào)整年齡、性別、吸煙史、飲酒狀況、腫瘤家族史、肺癌組織病理學(xué)分類和轉(zhuǎn)移程度后,rs807185位點的AA基因型與不同亞組肺癌發(fā)病風(fēng)險的降低存在相關(guān)性,但在本研究的女性中沒有觀察到相關(guān)性。

3 討 論

目前,自噬機制在癌癥發(fā)生和發(fā)展中的作用尚未明確,部分研究者認為在不同的腫瘤類型和微環(huán)境中可能有著不同的作用。有報道認為在肺癌中自噬可能發(fā)揮抑制腫瘤的作用[6]。然而,一些研究仍支持自噬能夠提高癌細胞存活率的觀點[7]。自噬相關(guān)基因ATG4的表達增加與腫瘤發(fā)展和抑制以及癌癥治療抗性相關(guān)。因此,相關(guān)研究認為這些蛋白質(zhì)可能在癌癥治療中發(fā)揮潛在或新靶點的作用[8]。至今,已經(jīng)在哺乳動物中鑒定出4種自噬相關(guān)基因ATG4亞型(A~D)。ATG4B在結(jié)直腸癌細胞中的表達明顯增加,ATG4B的抑制可降低自噬活性,從而使癌細胞對治療劑敏感[9]。ATG4C與營養(yǎng)應(yīng)激條件下自噬的減少相關(guān),并最終導(dǎo)致對纖維肉瘤的易感性增加[10]。ATG4C過表達可阻止由共濟失調(diào)-毛細血管擴張癥突變基因(ATM)下調(diào)引起的乳腺癌干細胞微球體缺陷的發(fā)生[11]。ATG4D可作為結(jié)直腸癌發(fā)生中的癌抑制因子,有研究發(fā)現(xiàn)結(jié)直腸癌細胞中ATG4D的表達水平較癌旁組織明顯下調(diào)[12]。WOLF等[3]曾報道過乳腺癌與自噬調(diào)節(jié)因子ATG4A之間的相關(guān)性。但ATG4A在自噬和致瘤性中的具體作用仍有待研究。以往研究報道ATG4A自噬基因突變(rs5973822)與克羅恩病中的肉芽腫有關(guān)(OR=4.13,95%CI:0.97~17.63,P=0.03),但在比利時和以色列患者的病例對照研究中卻未發(fā)現(xiàn)rs807185位點的差異[13]。ATG4A SNP的相互作用可能影響中國西南地區(qū)人群的HPV感染,由此ATG4A可能是宮頸癌的致病因子[14]。本研究結(jié)果表明,在AA基因型或A等位基因的攜帶者中,肺癌發(fā)展的風(fēng)險顯著降低。rs807185位點位于Xq22.1染色體ATG4A基因的內(nèi)含子區(qū)上。有研究表明,內(nèi)含子多態(tài)性處于連鎖不平衡狀態(tài),具有一些功能多態(tài)性或一些與癌癥或其他疾病風(fēng)險相關(guān)的遺傳轉(zhuǎn)錄[15]。因此,自噬相關(guān)基因ATG4A rs807185位點的突變,等位基因A或AA基因型可能對某些功能多態(tài)性或與肺癌患病風(fēng)險相關(guān)的一些遺傳轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生影響。rs807185位點突變體可能調(diào)節(jié)ATG4A的表達水平,也可能影響其他一些蛋白質(zhì)的表達與功能,并反過來影響自噬機制。究竟該位點如何發(fā)揮作用從而降低肺癌患病風(fēng)險的具體機制尚不清楚,還需更多研究來闡明此現(xiàn)象。并且由于本研究是自噬相關(guān)基因ATG4A rs807185位點與肺癌易感性關(guān)聯(lián)的初步研究,雖然發(fā)現(xiàn)了此現(xiàn)象,但樣本量不夠大,因此其結(jié)果仍需進一步擴大樣本深入研究。

癌癥與基因多態(tài)性的相關(guān)性研究日益受到重視,并且自噬也成為近年來癌癥研究中的熱點。但是目前,自噬通路中的自噬相關(guān)基因ATG4A rs807185位點與癌癥易感性的相關(guān)研究仍較少。本文就自噬相關(guān)基因ATG4A rs807185位點SNP與重慶地區(qū)人群肺癌風(fēng)險的相關(guān)性進行研究,結(jié)果顯示,在重慶地區(qū)人群中,rs807185位點SNP與肺癌易感性降低存在相關(guān)性。因此筆者認為rs807185位點突變可能是肺癌的保護因子,其具體機制有待進一步研究。

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