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轉(zhuǎn)mapk雙鏈RNA 表達(dá)載體黃瓜對(duì)土壤線蟲多樣性的影響

2019-12-13 10:48趙曉曼趙松宇孫婷婷田雪亮弭寶彬
中國蔬菜 2019年12期
關(guān)鍵詞:類群根際線蟲

趙曉曼 趙松宇 孫婷婷 田雪亮* 弭寶彬

(1 河南科技學(xué)院資源與環(huán)境學(xué)院,河南新鄉(xiāng) 453003;2 湖南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜研究所,湖南長沙 410125)

據(jù)統(tǒng)計(jì),1996 年全球轉(zhuǎn)基因農(nóng)作物種植面積為170 萬hm2,到2000 年增至4 420 萬hm2,2016年全球轉(zhuǎn)基因作物種植面積就達(dá)1.851 億hm2,比1996 年增加了110 倍。2016 年耐除草劑作物種植面積為8 650 萬hm2,約占全球轉(zhuǎn)基因作物種植面積的47%,抗蟲轉(zhuǎn)基因作物約占12%(Clive,2016)。隨著轉(zhuǎn)基因作物大面積種植,人們對(duì)轉(zhuǎn)基因作物的農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境和人類健康的潛在安全性問題日益關(guān)注(劉迎哲,2017;黃錦華 等,2018),開展了眾多研究。目前,大量研究集中在轉(zhuǎn)Bt 蛋白基因作物的環(huán)境安全性,也就是轉(zhuǎn)基因作物對(duì)天敵昆蟲和土壤微生物的影響,如細(xì)菌、真菌、土壤線蟲等(陳彥君,2017;梁晉剛和張秀杰,2017;邱良妙 等,2018;周霞 等,2018)。土壤線蟲種類多樣,數(shù)量豐富,廣泛分布于各類土壤中,是土壤生物中十分重要的類群。據(jù)估計(jì)目前已知土壤線蟲數(shù)量占地球線蟲總數(shù)量的35%(Andrassy,1992),它們?cè)谕寥郎鷳B(tài)系統(tǒng)中占有多個(gè)營養(yǎng)級(jí),與其他土壤生物構(gòu)成食物網(wǎng),對(duì)土壤物質(zhì)循環(huán)和能量流動(dòng)起著重要的作用,因此土壤線蟲在指示土壤食物網(wǎng)總體情況及土壤生態(tài)功能方面具備較強(qiáng)的優(yōu)勢(shì)(Bongers,1990),在評(píng)價(jià)轉(zhuǎn)基因作物環(huán)境安全性方面也被廣泛應(yīng)用。Griffiths 等(2005)研究發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)Bt基因玉米土壤線蟲數(shù)量與親本玉米相比表現(xiàn)出顯著的短暫降低。李修強(qiáng)等(2012)研究發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)Bt基因水稻土壤線蟲數(shù)量與親本相比無明顯差異。風(fēng)春等(2015)研究發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)Bt基因棉花對(duì)土壤線蟲群落結(jié)構(gòu)和種類組成的影響不顯著。上述研究主要針對(duì)轉(zhuǎn)Bt基因作物對(duì)土壤線蟲的安全性進(jìn)行評(píng)價(jià),而對(duì)其他類型的轉(zhuǎn)基因作物安全性的研究較少。

促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein,MAPK)廣泛存在于真核生物中,是一類高度保守的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)路徑,在病原物誘導(dǎo)的抗病反應(yīng)中發(fā)揮著重要的作用(馬曼莉,2018)。根結(jié)線蟲是嚴(yán)重危害番茄、黃瓜等蔬菜作物的土傳性病害,其防治方法包括抗性品種利用、化學(xué)防控、物理防控及生物防控等。轉(zhuǎn)mapk雙鏈RNA表達(dá)載體黃瓜能夠抑制根結(jié)線蟲對(duì)黃瓜根系的侵染,對(duì)土壤真菌、古菌、細(xì)菌未產(chǎn)生顯著影響(陳國華 等,2013;弭寶彬 等,2013;弭寶彬,2013)。但轉(zhuǎn)mapk雙鏈RNA 表達(dá)載體作用靶標(biāo)為根結(jié)線蟲的MAPK 激酶,而土壤線蟲也存在類似基因,轉(zhuǎn)mapk基因是否對(duì)土壤線蟲具有影響有待研究。

鑒于此,本試驗(yàn)以轉(zhuǎn)mapk雙鏈RNA 表達(dá)載體黃瓜為對(duì)象,分析轉(zhuǎn)基因黃瓜對(duì)土壤線蟲多樣性的影響,以期為評(píng)價(jià)轉(zhuǎn)基因黃瓜的生態(tài)安全性奠定基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)地點(diǎn)及供試材料

試驗(yàn)田位于北京順義溫室基地。轉(zhuǎn)基因黃瓜材料來自中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所,含有Mi mpk1基因片段的雙鏈RNA 表達(dá)載體。該基因片段來自南方根結(jié)線蟲,GenBank 登錄號(hào)為DQ923592。以非轉(zhuǎn)基因黃瓜(Cucumis sativusL.)材料(品種代號(hào)9930)為對(duì)照。轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜材料在同一溫室連續(xù)種植3 a(2015~2018年),每年種植兩茬,春茬黃瓜生長期為4~6 月;秋茬黃瓜生長期為8~10 月。轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜材料按壟間隔種植,各材料種植50 壟,每壟40 株,兩種材料的種植面積分別為200 m2。每種材料3 次重復(fù)。黃瓜生長期間按正常農(nóng)事操作管理。為了防止轉(zhuǎn)基因材料擴(kuò)散,溫室設(shè)置防蟲網(wǎng),專人管理。

1.2 土壤取樣方法

于第3 年6 月中旬取黃瓜根際土壤樣品,轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜材料分別選5 壟作為5 個(gè)取樣點(diǎn)。每個(gè)取樣點(diǎn)選擇10 株黃瓜,用土壤采樣器采集距離根部5 cm 處土壤,取樣深度 0~15 cm。10 株黃瓜根際土壤混入一個(gè)密封袋,作為一個(gè)樣點(diǎn)的土壤樣品。每個(gè)材料共計(jì)取5 個(gè)樣點(diǎn),即5 次重復(fù),帶回實(shí)驗(yàn)室,分離土壤線蟲。

1.3 土壤線蟲收集

土壤線蟲收集采用淺盤法:將塑料筐放入平底托盤,單層面巾紙平鋪于塑料筐底。稱取200 g 土壤樣品置于面巾紙上,在平底托盤中加入自來水,確保水面浸沒土壤,靜置過夜16 h 以上,然后收集平底托盤水中的土壤線蟲,離心棄上清液,富集土壤線蟲后置于4 ℃冰箱保存。

1.4 土壤線蟲DNA 的提取

為了排除土壤腐殖酸對(duì)下游試驗(yàn)的影響,采用土壤微生物DNA 提取試劑盒(MP Biomedicals FastDNA kit,American)提取土壤線蟲DNA,具體流程參考說明書。提取的土壤線蟲DNA 經(jīng)檢測(cè)合格后,保存于-20 ℃ 冰箱。

1.5 線蟲18S rDNA 基因克隆文庫構(gòu)建

以18S rDNA 基因片段作為土壤線蟲的marker 基因,引物為MN18F(5′-CGCG AATRGCTCATTACAACAGC-3′)和22R(5′-GCCT GCTGCCTTCCTTGGA-3′)(Waite et al.,2003),目的片段約900 bp。PCR 反應(yīng)體系25 μL:1.5 μL DNA 模板,1 μmol·L-1上下游引物,0.5 mmol·L-1dNTPs,2 μL EasyTaqDNA 聚合酶、1×反應(yīng)緩沖液,20 μL ddH2O。PCR 程序:95 ℃預(yù)變性4 min;95 ℃ 變性30 s,58 ℃退火30 s,72 ℃延伸1 min,30 個(gè)循環(huán);72 ℃ 延伸5 min。PCR 產(chǎn)物經(jīng)電泳檢測(cè),純化,連接入pEASY-T5 載體(北京百邁克生物技術(shù)有限公司),轉(zhuǎn)化Trans5α 感受態(tài)細(xì)胞(北京百邁克生物技術(shù)有限公司),涂布LB 平板(氨芐青霉素50 μg·mL-1),過夜后隨機(jī)挑取200 個(gè)陽性克隆培養(yǎng)于LB 液體培養(yǎng)基(氨芐青霉素50 μg·mL-1)中振蕩培養(yǎng)8 h,將克隆送北京六合華大基因科技有限公司測(cè)序。轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲各構(gòu)建3 個(gè)文庫。

1.6 數(shù)據(jù)分析

采用Chimera Check 軟件對(duì)土壤線蟲18S rDNA 基因序列進(jìn)行過濾去雜,去除嵌合體序列。用DOTUR 軟件包對(duì)土壤線蟲18S rDNA 序列劃分操作分類單元(operational taxonomic unit,OTU),設(shè)定閾值為97%。將每個(gè)OTU 代表序列在NCBI進(jìn)行BLAST 比對(duì),鑒定土壤線蟲的物種信息。依據(jù)各線蟲比例,計(jì)算Shannon 和Simpson 指數(shù)(海棠 等,2008)。

Shannon 指數(shù)H=-∑PilnPi

Simpson 指數(shù)D=1-∑Pi2

Pi是樣本中第i個(gè)線蟲分類單元個(gè)體數(shù)占土壤線蟲分類單元總體數(shù)量的比例。土壤線蟲種類數(shù)目是描述土壤線蟲群落的重要指標(biāo),文庫OTU 數(shù)目(S)代表土壤線蟲種類數(shù)目。

為了分析轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲群落的差異,采用SPSS 軟件對(duì)Shannon、Simpson 指數(shù)和S 進(jìn)行方差分析。

1.7 土壤線蟲群落指數(shù)分析

根據(jù)土壤線蟲物種信息劃分營養(yǎng)類群:食細(xì)菌線蟲(bacterivores,Ba)、植食性線蟲(plant parasitic nematodes,PP)、食真菌線蟲(fungivores,F(xiàn)u)、雜食-捕食性線蟲(omnivores-predatores,Om),將分離得到的每個(gè)屬線蟲賦予c-p 值(colonize-persister),并計(jì)算各線蟲營養(yǎng)類群相對(duì)豐度和群落指數(shù)(Shannon et al.,1950;Ferris et al.,2001)。

富集指數(shù)EI=100×〔e/(e+b)〕

式中,b包括Ba2 和Fu2 類群,e包括Ba1 和Fu2 類群。

結(jié)構(gòu)指數(shù)SI=100×〔s/(s+b)〕

式中,s包括 Ba3-Ba5(c-p 值為3~5 的食細(xì)菌線蟲比例)、Fu3-Fu5(c-p 值為3~5 的食真菌線蟲比例)、Om3-Om5(c-p 值為3~5 的雜食-捕食線蟲比例)類群。

線蟲通路指數(shù) NCR=NBa/(NBa+NFu)

式中NBa指食細(xì)菌性線蟲的數(shù)量,NFu指食真菌性線蟲的數(shù)量。

為了分析轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲群落的差異,采用SPSS 軟件對(duì)EI、SI 和NCR 進(jìn)行方差分析。

2 結(jié)果與分析

2.1 土壤線蟲類群分析

非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲文庫分別獲得73、75 和78 個(gè)有效克隆子。轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲文庫分別獲得74、75 和76 個(gè)有效克隆子。以97%閾值劃分OTU,非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲文庫分別獲得22、23、23 個(gè)OTU;轉(zhuǎn)基因黃瓜土壤線蟲文庫獲得23、25、22 個(gè)OTU。

在線蟲屬分類水平上,轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤獲得13 個(gè)線蟲屬,分別為:小桿線蟲屬(Rhabditis)、頭葉線蟲屬(Cephalobus)、擬麗突線蟲屬(Acrobelodies)、根結(jié)線蟲屬(Meloidogyne)、原桿線蟲屬(Protorhabditis)、孢囊線蟲屬(Heteroder)、矮化線蟲屬(Tylenchorhycbus)、短體線蟲屬(Pratylenchus)、莖線蟲屬(Ditylenehus)、滑刃線蟲屬(Aphelenchoides)、胼眂擬毛刺線蟲屬(Paratrichodorus)、棱咽線蟲屬(Prismatolaimus)、遍宮線蟲屬(Ecumenicus)。非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤獲得除原桿線蟲屬、棱咽線蟲屬、胼眂擬毛刺線蟲屬以外的10 個(gè)線蟲屬。轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲優(yōu)勢(shì)屬都為:小桿線蟲屬、頭葉線蟲屬、擬麗突線蟲屬。小桿線蟲屬線蟲在轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤中所占比例較高且相近,分別為44.0%和36.0%。頭葉線蟲屬在轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤中占第2 位,分別為22.9%和23.3%。擬麗突線蟲屬在轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤中所占比例分別為8.6%和9.6%(圖1-A 和1-B)。

圖1 轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲各屬比例

2.2 土壤線蟲營養(yǎng)類群分析

轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤中食細(xì)菌線蟲為優(yōu)勢(shì)營養(yǎng)類群,所占比例分別為77.1%和73.2%,無顯著差別(圖2)。植食性線蟲居第二位,所占比例分別為20.0%和25.4%差異顯著(P=0.003),其中非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤中植食性線蟲比例高于轉(zhuǎn)基因黃瓜,主要源于非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤中根結(jié)線蟲數(shù)量較多,這也證實(shí)轉(zhuǎn)基因黃瓜對(duì)根結(jié)線蟲具有一定的抑制作用。食真菌線蟲和捕食性線蟲在轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤中均為稀有類群,所占比例較小。

圖2 轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲營養(yǎng)類群

2.3 土壤線蟲多樣性指數(shù)分析

從多樣性指數(shù)來看(表1),轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲的Shannon 指數(shù)、Simpson 指數(shù)以及土壤線蟲的物種數(shù)目(S)均與非轉(zhuǎn)基因黃瓜無顯著差異。總體來看,轉(zhuǎn)基因黃瓜土壤線蟲的多樣指數(shù)與非轉(zhuǎn)基因黃瓜無顯著差異。

表1 轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲多樣性指數(shù)

2.4 土壤線蟲群落指數(shù)分析

從土壤線蟲群落指數(shù)來看(表2),轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲的富集指數(shù)(EI)、結(jié)構(gòu)指數(shù)(SI)以及土壤線蟲的線蟲通路指數(shù)(NCR)與轉(zhuǎn)非基因黃瓜均無顯著差異。

表2 轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲生態(tài)指數(shù)

3 結(jié)論與討論

本試驗(yàn)發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)mapk基因黃瓜根際土壤線蟲優(yōu)勢(shì)類群與非轉(zhuǎn)基因黃瓜基本一致,均為小桿線蟲屬、頭葉線蟲屬和擬麗突線蟲屬。研究表明,小桿線蟲屬線蟲對(duì)土壤環(huán)境適應(yīng)性強(qiáng),生活史短,世代交替快,繁殖迅速,因此種群數(shù)量多,在各類型土壤中均為優(yōu)勢(shì)類群,這與本試驗(yàn)結(jié)果一致(曾四滿,2016;趙婉婷 等,2019)??自频龋?018)研究發(fā)現(xiàn)玉米田土壤中頭葉線蟲屬線蟲為優(yōu)勢(shì)類群,也表明該屬線蟲具有較強(qiáng)的適應(yīng)能力,與本試驗(yàn)結(jié)果較為一致。擬麗突線蟲屬線蟲具有很寬的生態(tài)幅(12~35 ℃),對(duì)溫度要求較低,環(huán)境適應(yīng)能力較強(qiáng)(Anderson &Coleman,1982;Bakonyi &Nagy,2000;郭佳惠 等,2018)。本試驗(yàn)中擬麗突線蟲屬線蟲的比例相對(duì)較高,也表明該線蟲適應(yīng)大棚土壤溫度環(huán)境。轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲的線蟲通路指數(shù)均較高,表明溫室土壤有機(jī)質(zhì)分解過程以細(xì)菌通道為主,細(xì)菌豐度高,為食細(xì)菌線蟲提供豐富食物來源,這也是食細(xì)菌線蟲成為優(yōu)勢(shì)類群的主要原因。

從土壤線蟲多樣性指數(shù)和生態(tài)指數(shù)來看,轉(zhuǎn)基因黃瓜和非轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲群落的Shannon、Simpson、EI、SI 和NCR 指數(shù)無顯著差異,表明轉(zhuǎn)mapk基因黃瓜并未對(duì)根際土壤線蟲產(chǎn)生顯著的影響,其原因可能有兩方面:一方面,土壤線蟲包括食細(xì)菌線蟲、食真菌線蟲和雜食-捕食性線蟲,主要取食土壤細(xì)菌、真菌或其他線蟲,不取食植物。因此,轉(zhuǎn)基因黃瓜表達(dá)的mapk雙鏈RNA 不會(huì)對(duì)這幾類線蟲產(chǎn)生直接作用(閆小梅,2015)。另一方面,轉(zhuǎn)基因黃瓜表達(dá)的mapk雙鏈RNA 隨根系分泌物進(jìn)入土壤,可能被土壤中的RNA 酶所降解,失去生物活性(王艷艷 等,2015),不能發(fā)揮對(duì)土壤線蟲的抑制作用。此外,本試驗(yàn)發(fā)現(xiàn)土壤線蟲中也有一定數(shù)量的根結(jié)線蟲,并且根結(jié)線蟲在轉(zhuǎn)基因黃瓜根際土壤線蟲中所占比例較低,表明轉(zhuǎn)基因黃瓜對(duì)根結(jié)線蟲有一定的抑制作用。本試驗(yàn)中選用的轉(zhuǎn)基因黃瓜植株能夠表達(dá)的mapk雙鏈 RNA,對(duì)侵入黃瓜根內(nèi)的根結(jié)線蟲進(jìn)行RNA 干擾,從而殺死根結(jié)線蟲(陳國華,2008)。

總體來看,轉(zhuǎn)mapk雙鏈RNA 表達(dá)載體黃瓜并未對(duì)土壤線蟲多樣性有顯著影響,但后續(xù)需繼續(xù)觀察長期的累積效應(yīng),其對(duì)根際土壤真核生物群落的影響還需深入研討。

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