北京大學醫(yī)學部創(chuàng)建于1912年，初創(chuàng)時名稱為“國立北京醫(yī)學專門學?！?，1923年改稱“國立北京醫(yī)科大學?！?，1927年與北京大學等八校合并為“京師大學校”，此后校名幾經(jīng)更迭。1952年，全國進行院系調(diào)整，北京大學醫(yī)學院脫離北京大學獨立建院，改稱“北京醫(yī)學院”。

自1955年后，學校開始招收培養(yǎng)研究生，此后科研成果日益增多，遂于1959年1月創(chuàng)辦了《北京醫(yī)學院學報》，為季刊。后因文革開始，于1966年第2期后?？?。為使我校科研成果得以及時報道，70年代初期，學校曾出版了不定期綜合性刊物《北醫(yī)通訊》進行內(nèi)部交流，先后陸續(xù)報道了一些創(chuàng)新性研究，如“針刺陣痛原理研究”“抗生素臨床藥理研究”“成功搶救重度燒傷工人王世芬”及“干板照相診斷乳腺癌”等。

1973年底，國務院科教組(現(xiàn)教育部)決定9所重點高校(北京大學、清華大學、復旦大學、北京師范大學、北京醫(yī)學院等)首先復刊學報，我校學報于1974年第一季度率先復刊，仍為季刊。1979年始，學報堅持以提高為主的辦刊宗旨，強調(diào)內(nèi)容的學術性，將創(chuàng)造性和嚴格嚴謹?shù)膶W風融于辦刊過程中。

1985年5月，北京醫(yī)學院更名為北京醫(yī)科大學，同年，學報隨學校更名，改稱《北京醫(yī)科大學學報》， 為使大量的醫(yī)教研成果得以及時報道，1987年9月，學報改為雙月刊。

2000年4月，北京大學與北京醫(yī)科大學合并，學報也于2001年隨學校再度更名為《北京大學學報(醫(yī)學版)》。