任晨春,郭東花,梁玥宏,王文靖,田秀英,崔洪艷,陳成彬,王玲紅,楊微微,張海霞,李曉旭
脊肌萎縮癥(spinal muscular atrophy,SMA)作為最常見的一種常染色體隱性遺傳的致死性神經(jīng)、肌肉疾病,以發(fā)展性、成對稱性的肌肉無力和萎縮作為主要的臨床特點(diǎn),近側(cè)端肌肉受累嚴(yán)重于遠(yuǎn)端肌肉,下肢肌肉累及較上肢嚴(yán)重[1-3]。在常染色體隱性疾病中,SMA作為最為常見的致死性疾病之一,在新生兒中的發(fā)病率高達(dá)1/10 000~1/6 000,且人群致病基因的攜帶水平約為1/60~1/40[4-5]。據(jù)報道,我國SMA攜帶水平在不同檢測人群中也存在差異,約在1/72~1/39之間[6-10]?;純杭彝ヒ话銢]有此類疾病的患者,所以患兒一經(jīng)出生就給家庭和社會帶來沉重的精神負(fù)擔(dān)和經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。在超過95%的SMA患者中,存在SMN1基因的純合性缺失[11],以SMN1的第7和第8外顯子(exon7、8,E7、E8)同時缺失或僅有SMN1 E7缺失為其具體表現(xiàn),約5%的患者是由SMN1發(fā)生其他微小突變后雜合缺失引起。研究表明,造成SMA的首要原因是SMN1基因的缺失,因此檢測SMN1基因的缺失成為SMA分子檢測的首選方法[12]。本研究對孕婦進(jìn)行SMA無癥狀攜帶者的篩查,對篩查陽性孕婦的胎兒進(jìn)行產(chǎn)前診斷,尋求篩查和診斷SMA胎兒的新途徑,預(yù)防SMA患兒的出生。
1.1 研究對象選擇2014年12月—2017年10月就診于天津市中心婦產(chǎn)科醫(yī)院產(chǎn)科門診、接受常規(guī)產(chǎn)前檢查孕中期孕婦162例作為研究對象。年齡22~34歲,平均年齡(28.8±2.6)歲;孕周 16~18 周,平均(17.2±0.3)周。夫婦雙方均體健,無SMA相關(guān)臨床表現(xiàn)。夫婦雙方簽署知情同意書。
1.2 方法
1.2.1 外周血DNA的提取 取孕婦乙二胺四乙酸(EDTA)抗凝外周血4 mL,利用離心柱法提取DNA,用分光光度儀測定DNA模板質(zhì)量,-20℃保存以防DNA降解。
1.2.2 熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)法(QF-PCR)進(jìn)行SMN1 E7和E8測定 依據(jù)孟英韜等[13]的設(shè)計方案,針對SMN1和SMN2高度相似存在反向重復(fù)且僅有的5個特異性堿基差異的特點(diǎn),設(shè)計出2種特異性引物分別為應(yīng)用于檢測存在于SMN1和SMN2第6內(nèi)含子到第7內(nèi)含子之間的4個堿基差異的引物1和應(yīng)用于檢測位于E8堿基差異的引物2。引物序列如下:引物1,上游5’-AGACTATCAACTTAATTTCTGATC-3’,下游 5’-CTGGTCTGCCTACTAGATAT-3’;引物 2,上游 5’-GTAATAACCAATGCATGTGAA-3’,下游 5’-CTACAACACCCTTCTCACAG-3’。
PCR反應(yīng)條件為95℃預(yù)變性10 min,40個循環(huán)(以95℃變性15 s、58℃退火60 s為每個循環(huán)條件)。選擇羧基熒光素(FAM)通道和綠色熒光蛋白(VIC)通道用于信號采集。PCR反應(yīng)后數(shù)據(jù)處理,ΔCT的計算方法:ΔCT=CT_FAM-CT_VIC,ΔΔCT=ΔCT_Sample-ΔCT_Standard(樣本 ΔCT減去 3個標(biāo)準(zhǔn)品ΔCT的平均值)。
SMN1 E7數(shù)據(jù)結(jié)果判讀依據(jù):E7ΔΔCT≤-0.55為未檢出SMN1 E7缺失;-0.55<E7ΔΔCT≤-0.45為臨界值;-0.45<E7ΔΔCT≤0.45 為 SMN1 E7 雜合缺失型;0.45<E7ΔΔCT≤0.80為臨界值;0.8<E7ΔΔCT為 SMN1 E7純合缺失型。SMN1 E8數(shù)據(jù)結(jié)果判讀依據(jù):E8ΔΔCT≤-0.55為未檢出SMN1 E8缺失;-0.55<E8ΔΔCT ≤-0.45為臨界值;-0.45<E8ΔΔCT≤0.45為 SMN1 E8雜合缺失型;0.45<E8ΔΔCT≤1.5為臨界值;1.5<E8ΔΔCT為SMN1 E8純合缺失型。
1.2.3 對篩查陽性攜帶者孕婦配偶進(jìn)行SMN1 E7、E8檢測對經(jīng)QF-PCR篩查,基因型為SMN1 E7雜合缺失伴或不伴E8缺失孕婦定為陽性攜帶者,對其配偶進(jìn)行SMN1 E7及E8檢測。
1.2.4 采用QF-PCR對羊水標(biāo)本進(jìn)行SMN1缺失測定 對夫婦雙方均為陽性攜帶者的孕婦進(jìn)行羊水穿刺,抽取羊水10 mL,采用常規(guī)方法提取胎兒羊水DNA,采用QF-PCR對DNA模板SMN1 E7、E8缺失情況進(jìn)行診斷。同時采用多重連接探針擴(kuò)增技術(shù)(MLPA)對胎兒的基因缺失情況進(jìn)行驗(yàn)證(本部分實(shí)驗(yàn)由金域醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所檢測)。
2.1 DNA提取的質(zhì)量用離心柱法提取外周血DNA,濃度為 22.7~61.4 ng/μL,平均(36.8±12.1)ng/μL,OD260/OD280 在 1.75~1.89 之間。
2.2 QF-PCR對孕中期孕婦外周血DNA檢測結(jié)果在162例孕婦中不存在SMN1 E7、E8同時純合缺失情況。SMN1 E7雜合缺失6例,參照SMN1 E8的檢測情況,這6例E7雜合缺失病例中孕婦編號分別為No.81、No.128、No.130的3例表現(xiàn)為合并E8雜合缺失,孕婦編號分別為No.18、No.89、No.91未發(fā)現(xiàn)E8缺失。故162例孕婦共檢測出6例SMA致病基因攜帶者,攜帶者占樣本總?cè)藬?shù)的3.70%(6/162)。在6例攜帶者中,編號為No.128和No.130的孕婦配偶同樣為SMN1缺失的陽性攜帶者,E7和E8都表現(xiàn)為雜合缺失。編號為No.18、No.81、No.89和No.91的4例孕婦配偶全部表現(xiàn)E7、E8正常型。孕婦中陽性攜帶者以及其配偶的基因型檢出結(jié)果見表1。No.89孕婦的QF-PCR曲線圖見圖1。
對父母均為SMN1 E7雜合缺失的高危胎兒DNA采用QF-PCR進(jìn)行基因診斷,顯示2名胎兒中No.128孕婦胎兒為純合型患者(即SMN1 E7、E8均顯示為純合缺失),No.130孕婦胎兒基因型表現(xiàn)為與父母相同的SMN1 E7雜合缺失同時伴E8雜合缺失(即SMA致病基因攜帶者)。對上述2名胎兒同時采用MLPA方法進(jìn)行胎兒基因型的驗(yàn)證,結(jié)果表明2名胎兒中No.128孕婦家庭的胎兒基因型為SMN1 E7、E8均為純合缺失;No.130孕婦家庭的胎兒的基因型為SMN1 E7、E8均雜合缺失,其MLPA結(jié)果見圖2。兩種方法結(jié)果一致。
我國是出生缺陷高發(fā)國家,據(jù)2017年衛(wèi)生部統(tǒng)計,我國每年出生缺陷率高達(dá)5.6%,其中單基因遺傳病占出生缺陷的22.3%,是嬰兒致死致殘的重要原因。因此對單基因遺傳病攜帶者的產(chǎn)前篩查及診斷具有重要的意義。SMA作為一種常見的常染色體隱性遺傳病,給患兒家庭帶來極其嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)和精神負(fù)擔(dān)。本研究對162例孕婦進(jìn)行SMN1缺失檢測,發(fā)現(xiàn)SMN1缺失的攜帶率約為1/27,高于文獻(xiàn)報道的1/72~1/39[6-10],可能與檢測樣本量有限有關(guān),也可能與天津地區(qū)高攜帶率有關(guān),故對于天津地區(qū)的人群攜帶率需要進(jìn)一步增加樣本量進(jìn)行研究。
表1 篩查SMA攜帶者及其配偶的基因型表現(xiàn)
SMN1基因缺失是造成SMA的主要原因,對SMN1缺失的檢測方法主要有聚合酶鏈?zhǔn)较拗菩云伍L度多態(tài)性分析技術(shù)(PCR-RFLP)、PCR結(jié)合變性高效液相色譜技術(shù)(PCR-DHPLC)和MLPA等。PCR-RFLP方法雖較為簡單易行,但對檢測SMN1雜合缺失尚存在局限性,僅能對SMN1基因純合缺失的SMA患兒進(jìn)行分子診斷[14],因而不能應(yīng)用于人群中進(jìn)行SMA致病基因攜帶者的篩查;PCRDHPLC存在實(shí)驗(yàn)引物設(shè)計較為復(fù)雜、實(shí)驗(yàn)背景受重復(fù)片段干擾較大、結(jié)果判讀困難等缺點(diǎn),并且對實(shí)驗(yàn)檢測條件要求高。MLPA技術(shù)是目前檢測SMN1基因缺失的金標(biāo)準(zhǔn),有準(zhǔn)確度高、特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn)[15],不僅能檢出SMN1基因的純合缺失,還可對SMN1基因拷貝數(shù)進(jìn)行定量分析[16],但對DNA樣本質(zhì)量要求高、實(shí)驗(yàn)耗費(fèi)時間較長、實(shí)驗(yàn)結(jié)果判讀相對復(fù)雜,商品化試劑價格也相對高昂[6],暫難以作為篩查方式在基層衛(wèi)生機(jī)構(gòu)及大規(guī)模人群中普及。QF-PCR因其簡便、快速等優(yōu)點(diǎn)成為檢測基因缺失的又一重要方法,本課題組曾對5個SMA家系分別采用QFPCR和MLPA方法檢測SMN1基因缺失情況,兩種方法結(jié)果一致。本研究應(yīng)用QF-PCR法對孕中期婦女SMN1 E7、E8的缺失情況進(jìn)行篩查,在保持QFPCR法檢測本身的成本低廉、實(shí)驗(yàn)快速準(zhǔn)確、操作步驟簡便、實(shí)驗(yàn)流程不易被污染、可對反應(yīng)進(jìn)行實(shí)時監(jiān)控、結(jié)果判讀較為直觀等傳統(tǒng)優(yōu)勢的同時[17],依靠其完備的實(shí)驗(yàn)方案以及詳盡的數(shù)據(jù)解讀方法,使實(shí)驗(yàn)試劑各異、操作平臺不同、實(shí)驗(yàn)優(yōu)化不同等因素造成實(shí)驗(yàn)重復(fù)性差、實(shí)驗(yàn)結(jié)果難以通用識別的缺點(diǎn)得到基本克服,但本研究樣本有限,我們將通過增加病例的數(shù)量以進(jìn)一步研究該方法的敏感度和特異度,評估在人群中篩查的價值以及對產(chǎn)前診斷SMA胎兒的意義。該方法的局限性在于只能檢測基因的缺失,對有SMN1基因突變的攜帶者無法識別,故對有SMA家族史的孕婦應(yīng)采用QF-PCR法以及基因測序的方法聯(lián)合篩查效果更好。
圖1 No.89孕婦SMN1基因E7和E8的PCR曲線
圖2 No.130孕婦胎兒MLPA圖
本研究建立了SMA攜帶者篩查及對夫婦雙方攜帶者家庭進(jìn)行產(chǎn)前診斷的流程,采用QF-PCR方法先對孕婦SMN1 E7、E8的缺失情況進(jìn)行篩查。對篩查出陽性的孕婦定義為攜帶者,然后對其配偶進(jìn)行SMN1 E7、E8的檢測,若其配偶是陰性的,征詢父母的意見是否做產(chǎn)前診斷,對出生后的嬰兒進(jìn)行隨訪。若其配偶是陽性的定義為夫婦雙攜帶者,對其胎兒進(jìn)行羊水穿刺,采用QF-PCR方法診斷胎兒的基因型。本研究162例孕婦共篩查出6例SMA攜帶者,攜帶者占樣本總?cè)藬?shù)的3.70%,對其配偶進(jìn)行檢測,有2例為夫婦雙攜帶者。對這2例胎兒進(jìn)行產(chǎn)前診斷,1例為純合缺失,診斷為SMA患者,經(jīng)遺傳咨詢父母決定終止妊娠。另1例診斷為攜帶者,經(jīng)遺傳咨詢父母決定繼續(xù)妊娠,孕婦于孕39周順產(chǎn),對嬰兒進(jìn)行體格檢查未見明顯異常。由此可見,采用規(guī)范的產(chǎn)前篩查及診斷流程對于SMA攜帶者夫婦做出適當(dāng)?shù)倪x擇以及減少SMA患兒的出生都具有重要的意義。