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Rayyan:一種新型在線文獻(xiàn)管理軟件在系統(tǒng)評(píng)價(jià)中的應(yīng)用

2018-07-05 07:39李潔莉李勝徐暢張超黃靜宇阮曉嵐李卓
關(guān)鍵詞:菜單頁面文獻(xiàn)

李潔莉,李勝,徐暢,張超,黃靜宇,阮曉嵐,李卓

文獻(xiàn)篩選是系統(tǒng)評(píng)價(jià)/Meta分析中重要的一個(gè)步驟,篩選過程在一定程度上能反映系統(tǒng)評(píng)價(jià)/Meta分析的質(zhì)量[1]。當(dāng)前較為常用的文獻(xiàn)管理軟件有Endnote、Note Express、Reference Manager等[2]。其中,Endnote、Reference為國外軟件,而Note Express為國內(nèi)軟件,均具有強(qiáng)大的文獻(xiàn)管理功能。這些軟件給系統(tǒng)評(píng)價(jià)/Meta分析的制作帶來了極大便利[3]。與此同時(shí),這些軟件均為收費(fèi)軟件,在一定程度上限制了其應(yīng)用。

卡塔爾計(jì)算機(jī)研究所(Qatar Computer Research Institute)于2015年推出了一款在線文獻(xiàn)管理軟件,Rayyan,通過網(wǎng)頁操作即可實(shí)現(xiàn)文獻(xiàn)管理的功能[4]。該軟件完全免費(fèi),用戶通過郵箱注冊(cè)后即可使用。并且該軟件可對(duì)文獻(xiàn)篩選者實(shí)施盲法處理,為規(guī)范文獻(xiàn)篩選流程提供了很好的解決方案。相對(duì)于傳統(tǒng)文獻(xiàn)篩選軟件,Rayyan具

備一些特殊功能,比如根據(jù)關(guān)鍵詞對(duì)納入文獻(xiàn)進(jìn)行自動(dòng)評(píng)級(jí)。本文對(duì)Rayyan軟件進(jìn)行詳細(xì)介紹,以期為循證實(shí)踐提供相關(guān)理論參考。

1 軟件的獲取及注冊(cè)

1.1 軟件的獲取 Rayyan在線網(wǎng)頁應(yīng)用程序可通過其官方網(wǎng)站直接訪問:https://rayyan.qcri.org。同時(shí),Rayyan還發(fā)布了手機(jī)應(yīng)用程序——Rayyan QCRI,在蘋果應(yīng)用商店下載相關(guān)應(yīng)用程序(app)后安裝即可免費(fèi)使用[4]。

1.2 軟件的注冊(cè) Rayyan默認(rèn)的注冊(cè)(Sign Up)方式為郵箱注冊(cè),在官方網(wǎng)頁點(diǎn)擊Sign up菜單后,填寫郵箱、頭銜、姓、名、職位、單位、所在國家、注冊(cè)理由等信息后,即可注冊(cè)(圖1)。Rayyan也支持“訪客賬戶”,即無需注冊(cè)通過Access as guest(訪客形式使用)可直接進(jìn)入功能頁面。

2 軟件的功能介紹

2.1 軟件主要頁面介紹 注冊(cè)成功(或以訪客形式使用)后,即進(jìn)入主要界面(圖2)。主界面存在四個(gè)菜單分別為:My Reviews(我的系統(tǒng)評(píng)價(jià))、Collaboration Reviews(合作的系統(tǒng)評(píng)價(jià))、Translation only Reviews(僅翻譯的系統(tǒng)評(píng)價(jià))、Other Reviews(其他系統(tǒng)評(píng)價(jià))。其中使用最多的為My Reviews和Collaboration Reviews。

圖1 Rayyan注冊(cè)界面

圖2 Rayyan主要功能界面

在My Reviews菜單下,點(diǎn)擊“New review”新建一個(gè)系統(tǒng)評(píng)價(jià),依次輸入系統(tǒng)評(píng)價(jià)標(biāo)題、描述(可選)、并導(dǎo)入相關(guān)文獻(xiàn)后即可進(jìn)行相關(guān)操作(圖3);而Collaboration Reviews需收到其他作者邀請(qǐng)后可進(jìn)入該系統(tǒng)評(píng)價(jià)小組參與文獻(xiàn)管理工作。Other Reviews菜單下為系統(tǒng)放置的示例。在主菜單下面,還有個(gè)獨(dú)立菜單:Show archived reviews,作用為顯示歸檔的系統(tǒng)評(píng)價(jià)。在系統(tǒng)評(píng)級(jí)完成或放棄制作后,可進(jìn)行歸檔處理。

2.2 軟件主要功能介紹 Rayyan主要有四種功能:新建系統(tǒng)評(píng)價(jià)、導(dǎo)入文獻(xiàn)、篩選文獻(xiàn)、導(dǎo)出文獻(xiàn)。新建系統(tǒng)評(píng)價(jià)的實(shí)現(xiàn)如前所述。Rayyan同時(shí)具有兼容性較強(qiáng)的文獻(xiàn)導(dǎo)入功能,可直接導(dǎo)入Endnote或其他文獻(xiàn)管理軟件導(dǎo)出的格式,也支持?jǐn)?shù)據(jù)庫導(dǎo)出的格式。在新建系統(tǒng)評(píng)價(jià)后,會(huì)進(jìn)入U(xiǎn)pload References(上傳文獻(xiàn))頁面(圖4),頁面右側(cè)列出了支持文獻(xiàn)的格式。支持的主要格式有:Endnote Export格式(.enw)、Refman/RIS格式(.ris)、BibTex格式(.bib)、CSV格式(.csv)、PubMed XML格式(.xml)、Web of Science/CIW格式(.ciw)。另外,Rayyan還支持一些其他格式,如Txt、docx。

選擇(Select files)對(duì)應(yīng)格式的文件后,點(diǎn)擊“Continue”上傳文件(圖4)。在My Reviews或受邀請(qǐng)的Collaboration Reviews下找到新建的系統(tǒng)評(píng)價(jià)題目(圖5),即可進(jìn)行文獻(xiàn)篩選操作。界面下有四個(gè)子菜單:Show(顯示)、Invite(邀請(qǐng))、Archive(歸檔)、Delete(刪除),分別對(duì)應(yīng)顯示文獻(xiàn)管理主頁面、邀請(qǐng)系統(tǒng)評(píng)價(jià)員參與文獻(xiàn)管理或篩選、對(duì)系統(tǒng)評(píng)價(jià)進(jìn)行歸檔、刪除系統(tǒng)評(píng)價(jià)。文獻(xiàn)篩選在點(diǎn)擊“Show”菜單后進(jìn)入的文獻(xiàn)管理主頁面進(jìn)行。

圖3 新建系統(tǒng)評(píng)價(jià)界面

圖4 文獻(xiàn)導(dǎo)入

原則上文獻(xiàn)篩選要求由2名評(píng)價(jià)員分別單獨(dú)篩選,因此至少需要另邀請(qǐng)1名評(píng)價(jià)員進(jìn)行文獻(xiàn)篩選[5]。Rayyan文獻(xiàn)篩選功能支持對(duì)2名(或多名)評(píng)價(jià)員實(shí)施盲法處理,通過“Blind on”(打開盲法)菜單實(shí)現(xiàn),由第3位評(píng)價(jià)員設(shè)置盲法后,所有被邀請(qǐng)作者,特別是進(jìn)行文獻(xiàn)篩選的2名作者無法看到對(duì)方進(jìn)度和對(duì)文獻(xiàn)的決定。該功能有效保證了文獻(xiàn)篩選過程的規(guī)范性。當(dāng)然,通過點(diǎn)擊“Blind off”(關(guān)閉盲法)菜單,也可不對(duì)篩選過程實(shí)施盲法,即所有被邀請(qǐng)作者可以看到篩選過程、進(jìn)度以及文獻(xiàn)篩選員的判斷。原則上需待2名文獻(xiàn)篩選員完成篩選后,再關(guān)閉盲法功能,用以了解不一致的判斷,計(jì)算一致程度(通常使用Kappa檢驗(yàn)),并進(jìn)一步通過討論解決不一致的判斷。文獻(xiàn)導(dǎo)出功能則由Export選項(xiàng)實(shí)現(xiàn),將在后文中進(jìn)行介紹。

3 文獻(xiàn)篩選

3.1 文獻(xiàn)篩選窗口 本處以軟件自帶的示例對(duì)相關(guān)操作進(jìn)行演示。在Other Reviews頁面下找到自帶的系統(tǒng)評(píng)價(jià)題目“ [Public]2014-04-15:EMOLLIENTS 4984(4936 articles)”并點(diǎn)擊“Show”菜單進(jìn)入文獻(xiàn)篩選頁面(圖6)。文獻(xiàn)篩選界面有3個(gè)窗口。

最左側(cè)的窗口顯示“EMOLLIENTS 4984”這項(xiàng)系統(tǒng)評(píng)價(jià)文獻(xiàn)情況。包括重復(fù)文獻(xiàn)(266篇)及相關(guān)處理(刪除、已解決等)、文獻(xiàn)狀態(tài)(納入、排除、待定)、文獻(xiàn)判定作者列表(Prof ZbysFedorowicz等)、關(guān)鍵詞納入列表(如:randmoized)、關(guān)鍵詞排除列表(如:this review)。其中文獻(xiàn)狀態(tài)欄顯示納入文獻(xiàn)(128篇)、排除文獻(xiàn)(4936篇)、待定文獻(xiàn)(109篇)、決定不一致的文獻(xiàn)(1篇)。關(guān)鍵詞納入列表,可通過在相應(yīng)菜單(Keywords for inclusion)添加相關(guān)關(guān)鍵詞,表示文獻(xiàn)題目和摘要中包含詞關(guān)鍵詞時(shí),有可能被納入;同樣,對(duì)于關(guān)鍵詞排除列表,可通過在相應(yīng)菜單(Keywords for exclusion)添加關(guān)鍵詞,表示文獻(xiàn)題目和或摘要包含該關(guān)鍵詞時(shí),有可能被排除。并且系統(tǒng)會(huì)根據(jù)作者添加的關(guān)鍵詞,對(duì)所有文獻(xiàn)進(jìn)行初步判定,并給出可能納入(排除)的等級(jí),以5顆星表示。當(dāng)文獻(xiàn)獲得5顆綠顏色星時(shí)(對(duì)應(yīng)0顆紅星),表明該文獻(xiàn)有很大可能性被納入,反之,當(dāng)文獻(xiàn)僅獲得半顆綠色星時(shí)(對(duì)應(yīng)4顆半紅星),表明該文獻(xiàn)有很大可能被排除。

位于右上的窗口,顯示該系統(tǒng)評(píng)價(jià)新建日期(2014-04-15)、題目及導(dǎo)入文獻(xiàn)數(shù)量(4936個(gè))。并給出對(duì)應(yīng)文獻(xiàn)列表。例如,在左側(cè)窗口

圖5 新建的系統(tǒng)評(píng)價(jià)

點(diǎn)擊Undecided后,頁面就列出這109篇待定文獻(xiàn)的列表。在列表中選擇任一文獻(xiàn)題目“Efficacy and safety of tacrolimus ointment compared with hydrocortisone treatment in adults with moderate-tosevere atopic dermatitis Abstract”,該文獻(xiàn)的題目、摘要及其他信息就會(huì)顯示在右下側(cè)的窗口,如圖6所示。

3.2 文獻(xiàn)篩選 由示例(圖6)所示,在“EMOLLIENTS 4984(4936 articles)”這篇系統(tǒng)評(píng)價(jià)下,經(jīng)過Ranyan自動(dòng)識(shí)別,有266篇重復(fù)文獻(xiàn)。共4698篇文獻(xiàn)被排除,128篇被納入,1篇存在爭(zhēng)議,109篇待定。我們從待定的109篇列表中選擇其中1篇,點(diǎn)擊題目后可看到頁面中部有三個(gè)選項(xiàng):Include(納入)、Undecide(待定)、Exclude(排除)。并且選項(xiàng)旁邊有兩個(gè)附加功能:Reason和Lable。Reason用于給出排除理由,可自行添加。Lable則對(duì)該文獻(xiàn)進(jìn)行進(jìn)一步標(biāo)識(shí)。根據(jù)文獻(xiàn)題目和摘要,判斷是否納入或排除。并選擇相關(guān)選項(xiàng),即可完成該文獻(xiàn)的篩選。本篇文獻(xiàn)我們選擇排除后,該文獻(xiàn)即被移至左側(cè)窗口Exclude欄目,且該欄目數(shù)字會(huì)增加1,而Undecide欄目數(shù)字則會(huì)減少1。

3.3 其他功能 頁面右上角(圖6)有個(gè)Rating選項(xiàng),也即系統(tǒng)對(duì)每篇文獻(xiàn)的評(píng)價(jià)。如我們選擇的文獻(xiàn)評(píng)級(jí)為2星半(綠色),表明系統(tǒng)認(rèn)為,該文獻(xiàn)納入和排除的幾率接近。點(diǎn)擊Rating后,系統(tǒng)會(huì)對(duì)所有文獻(xiàn)按照評(píng)級(jí)進(jìn)行排序。用戶通過Rating上方的Search功能可根據(jù)關(guān)鍵詞等搜索相應(yīng)文獻(xiàn)。Search搜索框上方則又有幾個(gè)選項(xiàng)(訪客形式進(jìn)入顯示3個(gè)、新建的系統(tǒng)評(píng)價(jià)顯示4個(gè)),分別為Display mode(顯示模式)、Export(數(shù)據(jù)導(dǎo)出)、Copy(復(fù)制)、All reviews(返回所有系統(tǒng)評(píng)價(jià)列表)。其中Display mode可用于選擇顯示的模式,系統(tǒng)默認(rèn)為列表(List)形式,還可根據(jù)個(gè)人愛好,選擇相似圖(Similarity graph)形式呈現(xiàn)所有結(jié)果。Export用于導(dǎo)出數(shù)據(jù),導(dǎo)出格式主要以.enw及.ris為主。值得注意的是,導(dǎo)出的文件是以壓縮文件導(dǎo)出,導(dǎo)出后需先進(jìn)行解壓后再進(jìn)行其他操作。

圖6 Rayyan文獻(xiàn)篩選界面

4 與Endnote軟件的比較

我們將Rayyan與當(dāng)前最常用的Endnote軟件進(jìn)行相關(guān)比較。Rayyan在功能上與Endnote存在許多類似的地方,但與Endnote仍有一些差別[3]。比如,前者為在線應(yīng)用程序,而后者為桌面應(yīng)用程序;前者為免費(fèi)軟件,后者為收費(fèi)軟件等。表1列出了部分Rayyan和Endnote的異同點(diǎn)。

表1 Rayyan與EndNote軟件的比較

5 討論

本文對(duì)一款新型在線文獻(xiàn)管理軟件Rayyan進(jìn)行了詳細(xì)介紹,通過實(shí)例演示了如何使用Rayyan進(jìn)行文獻(xiàn)篩選,并比較了Rayyan與傳統(tǒng)Endnote軟件的異同點(diǎn)。Rayyan是一款操作簡(jiǎn)單,使用便利的文獻(xiàn)管理軟件。同時(shí),我們發(fā)現(xiàn)Rayyan在部分功能上優(yōu)于Endnote,如Rayyan為免費(fèi)軟件,支持評(píng)價(jià)者盲法,支持關(guān)鍵詞評(píng)級(jí)功能,這些都是Endnote所不具備的。但不可否認(rèn),Endnote很多功能Rayyan是不支持的,如文獻(xiàn)檢索功能。

從文獻(xiàn)篩選功能上,Rayyan相對(duì)于傳統(tǒng)文獻(xiàn)篩選軟件有著較大的優(yōu)勢(shì)。首先,其在線應(yīng)用環(huán)境,方便于系統(tǒng)評(píng)價(jià)作者進(jìn)行國際性質(zhì)的合作,增加了合作效率;其次,Rayyan的關(guān)鍵詞排除、關(guān)鍵詞納入功能,配合使用關(guān)鍵詞評(píng)級(jí)功能,能顯著增加文獻(xiàn)篩選效率,減少系統(tǒng)評(píng)價(jià)整體制作時(shí)間,降低發(fā)表延遲帶來的偏倚風(fēng)險(xiǎn);再次,Rayyan的評(píng)價(jià)者盲法功能,有效規(guī)范文獻(xiàn)篩選流程,保證文獻(xiàn)篩選質(zhì)量,同時(shí)Rayyan的文獻(xiàn)篩選歸類方式,對(duì)計(jì)算一致性(Kappa)十分便利[6]。

但Rayyan存在一些缺陷。最主要的缺陷在于Rayyan依賴于網(wǎng)絡(luò)連接。僅在網(wǎng)絡(luò)連接成功的情況下Rayyan才能被使用,若無網(wǎng)絡(luò)連接,則無法使用,對(duì)于Endnote這類桌面應(yīng)用程序則不存在此種情況;同時(shí),Rayyan的文獻(xiàn)篩選效率,取決于網(wǎng)絡(luò)連接速度。當(dāng)網(wǎng)絡(luò)連接速度較慢時(shí),文獻(xiàn)篩選速度則相應(yīng)降低;其次,Rayyan不支持全文查找功能,只能通過手動(dòng)下載全文后進(jìn)行上傳,而Endnote等經(jīng)典文獻(xiàn)篩選軟件支持自動(dòng)查找并下載全文的功能。

總之,Rayyan是一款較為方便的文獻(xiàn)管理軟件,能提高文獻(xiàn)篩選效率,對(duì)于系統(tǒng)評(píng)價(jià)/Meta分析的制作效率及流程有非常積極的意義。

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