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彎曲菌是主要的食源性病原菌,主要導(dǎo)致人類細(xì)菌性腸炎[1-2]。在歐美等發(fā)達(dá)國(guó)家,彎曲菌病是報(bào)道最多的食源性胃腸道疾病,其發(fā)病率甚至超過(guò)了沙門菌、志賀氏菌以及大腸桿菌O157∶H7[3-5]。彎曲菌病通常是自限性疾病,但是對(duì)于免疫力低下及病程遷延不愈的患者進(jìn)行抗生素的治療是必須且有效的[6]。氟喹諾酮類藥物(如環(huán)丙沙星)和大環(huán)內(nèi)酯類藥物(如紅霉素)是臨床上治療彎曲菌病的首選藥物[7]。但是目前彎曲菌對(duì)氟喹諾酮類抗生素耐藥嚴(yán)重。2013年,美國(guó)CDC將耐氟喹諾酮類和大環(huán)內(nèi)酯類彎曲菌列為影響公共衛(wèi)生的耐藥威脅之一[8]。2017年,WHO將氟喹諾酮耐藥彎曲菌列為優(yōu)先2級(jí)(高度耐藥)[9]。
研究發(fā)現(xiàn)在編碼DNA回旋酶的gyrA基因內(nèi)有一個(gè)被稱之為熱點(diǎn)的喹諾酮類耐藥決定區(qū)(QRDR)[10]。在這個(gè)區(qū)域內(nèi)發(fā)生突變是彎曲菌產(chǎn)生喹諾酮耐藥的主要原因。另外研究發(fā)現(xiàn),主動(dòng)外排系統(tǒng)與多種抗生素的耐藥相關(guān),可以造成彎曲菌的多重耐藥,也是導(dǎo)致彎曲菌對(duì)氟喹諾酮類抗生素耐藥的另一個(gè)重要的機(jī)制[11]。為進(jìn)一步了解近年我國(guó)不同宿主來(lái)源分離菌株喹諾酮類耐藥現(xiàn)狀及耐藥機(jī)理機(jī)制,本研究通過(guò)對(duì)近期分離菌株萘啶酸、環(huán)丙沙星敏感性的分析以及耐藥菌株gyrA基因,gyrB基因的DNA序列分析,獲得我國(guó)近期分離菌株喹諾酮類抗生素耐藥現(xiàn)狀及主要耐藥機(jī)理。
1.1材料
1.1.1實(shí)驗(yàn)菌株分離于2015-2017年不同宿主來(lái)源234株空腸彎曲菌菌株,其中98株來(lái)源于腹瀉病人,20株來(lái)源于雞糞,59株來(lái)源于牛糞,46株來(lái)源于食品動(dòng)物(雞肉,雞胗,雞腎,雞肝,豬肉),11株來(lái)源于鴨糞。質(zhì)控菌株C.jejuni(ATCC33560)為本研究室保存。
1.1.2試劑CAMPYLOBACTER AGAR BASE (Karmali) (CM0935)購(gòu)自O(shè)XOID公司,脫纖維羊血購(gòu)自北京蘭博瑞生物制品有限公司,DNA提取試劑盒QIAamp DNA Mini Kit (250)購(gòu)自QIAGEN(北京)公司,Gelred 10 000×染料(Cat: 41003, Lot: 11G0127) 購(gòu)自美國(guó)BIOTIUM公司,2×EsayTaq PCR SurperMix(CAT:AS111)購(gòu)自全式金生物技術(shù)有限公司,Trans2K DNA Marker(BM101)購(gòu)自全氏金生物技術(shù)有限公司,Regular Agarose G-10 (LOT:111860)購(gòu)自法國(guó)BIOWEST公司,彎曲菌瓊脂稀釋法抗生素最低抑菌濃度(MIC)檢測(cè)試劑盒(ZC-CAMPY-013)購(gòu)自青島中創(chuàng)生物科技有限公司。
1.2方法
1.2.1細(xì)菌培養(yǎng)及藥敏試驗(yàn)將菌株接種于含有 5%脫纖維羊血的Karmali培養(yǎng)基上,置于37 ℃微需氧(5%O2、10%CO2、85%N2)條件下培養(yǎng)48 h,挑取3代單克隆后增菌[12]。
根據(jù)CLSI推薦的彎曲菌瓊脂稀釋法(Agar Dilution Method)對(duì)菌株進(jìn)行藥敏試驗(yàn)。ATCC33560作為質(zhì)控菌株。37 ℃微需氧培養(yǎng)48 h后讀取結(jié)果。根據(jù)NARMS-2014規(guī)定,萘啶酸≤16 μg/mL為敏感,32 μg/mL為中介,≥64 μg/mL為耐藥;環(huán)丙沙星≤1 μg/mL為敏感,2 μg/mL為中介,≥4 μg/mL為耐藥。
1.2.2gyrA和gyrB基因篩查gyrA基因篩查所用的引物:上游引物:5′-ATAGGTCGTGCTTTGCC-3′,下游引物:5′-GCTCTCATCTCTTACTTCAGA-3′,產(chǎn)物長(zhǎng)度為700 bp;gyrB基因篩查所用的引物:上游引物5′-ATGGCAGCTAGAGGAAGAGA-3′,下游引物5′-GTGATCCATCAACATCCGCA-3′,產(chǎn)物長(zhǎng)度為650 bp。50 μL PCR反應(yīng)體系:2×EsayTaq PCR SurperMix 25 μL,上游引物(10 μmol/L)2.0 μL, 下游引物(10 μmol/L)2.0 μL,模板200 ng。按照以下程序:94 ℃ 5 min;94 ℃ 30 s,55 ℃ 30 s,72 ℃ 45 s,共30個(gè)循環(huán);72 ℃ 10 min。使用1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)擴(kuò)增產(chǎn)物,并送天一輝遠(yuǎn)生物科技有限公司測(cè)序。
1.2.3統(tǒng)計(jì)學(xué)分析采用SAS9.4軟件對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行導(dǎo)入、整理和分析。對(duì)不同宿主來(lái)源菌株耐藥情況進(jìn)行卡方檢驗(yàn)分析,檢驗(yàn)水準(zhǔn)α=0.05。
2.1藥敏試驗(yàn)結(jié)果234株空腸彎曲菌中共篩查到218株(93.16%)萘啶酸耐藥菌株,其中雞糞來(lái)源菌株耐藥率是100.00%,鴨糞來(lái)源菌株耐藥率是100.00%,腹瀉病人糞便來(lái)源菌株耐藥率是97.96%,食品動(dòng)物來(lái)源菌株耐藥率是97.83%,牛糞來(lái)源菌株耐藥率是77.97%,耐藥率差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),鴨糞和雞糞來(lái)源菌株耐藥率最高;211株(90.17%)環(huán)丙沙星耐藥菌株,其中雞糞和鴨糞來(lái)源菌株耐藥率均為100%,食品動(dòng)物來(lái)源菌株耐藥率是95.65%,腹瀉病人糞便來(lái)源菌株耐藥率是91.84%,牛糞來(lái)源菌株耐藥率是77.97%,耐藥率差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),雞糞和鴨糞來(lái)源菌株耐藥率最高。結(jié)果見(jiàn)表1。
表1空腸彎曲菌對(duì)萘啶酸和環(huán)丙沙星的耐藥情況
Tab.1Resistance for nalidixic acid and ciprofloxacin of Campylobacter jejuni
AntibioticsResistantisolates(%)Total(n/T)Humanfeaces(n/T)Chickenfeaces(n/T)Cowfeaces(n/T)Duckfeaces(n/T)Foodanimal(n/T)Nalidixicacid93.16(218/234)97.96(96/98)100.00(20/20)77.97(46/59)100(11/11)97.83(45/46)Ciprofloxacin90.17(211/234)91.84(90/98)100.00(20/20)77.97(46/59)100(11/11)95.65(44/46)
n, 耐藥菌株的數(shù)量;T, 檢測(cè)菌株的總數(shù)量
2.2基因測(cè)序分析結(jié)果選擇對(duì)萘啶酸(MIC≥64 μg/mL)或環(huán)丙沙星(MIC≥4 μg/mL)其中一種藥物耐藥或者是同時(shí)耐藥的菌株共102株進(jìn)行g(shù)yrA基因和gyrB基因測(cè)序;選取空腸彎曲菌敏感菌株(萘啶酸MIC≤16 μg/mL并且環(huán)丙沙星MIC≤1 μg/mL)共27株進(jìn)行g(shù)yrA基因測(cè)序。測(cè)序結(jié)果發(fā)現(xiàn):
2.2.1耐藥菌株gyrA基因相關(guān)區(qū)域測(cè)序共發(fā)現(xiàn)23個(gè)突變位點(diǎn),其中有義突變5個(gè),分別是Thr-86-Ile,Val-149-Ile,Ser-203-Asn,Thr-206-Ala,Lys-285-Arg。所有耐藥菌株都存在Thr-86-Ile點(diǎn)突變,但所有敏感菌株不存在該點(diǎn)突變。除Thr-86-Ile突變外,耐藥菌株在Val-149-Ile,Ser-203-Asn,Thr-206-Ala,Lys-285-Arg位點(diǎn)也存在有義突變,但這些突變位點(diǎn)均不在喹諾酮類耐藥決定區(qū)范圍內(nèi)(區(qū)間:69-120)[13]。并且與耐藥菌株相比,敏感菌株在Ser-203-Asn,Thr-206-Ala,Lys-285-Arg 3個(gè)點(diǎn)也存在有義突變,表明這3個(gè)點(diǎn)的突變均可能與耐藥無(wú)關(guān)。gyrA基因突變的詳細(xì)結(jié)果見(jiàn)表2。
2.2.2耐藥菌株gyrB基因相關(guān)區(qū)域測(cè)序顯示不存在有義突變,92.16%(94/102)的耐藥菌株存在Arg-389-Arg突變,89.22%(91/102)的耐藥菌株存在Leu-403-Leu突變,但都屬于無(wú)義突變。
表2耐藥及敏感空腸彎曲菌gyrA基因突變特征
Tab.2Mutations in the gyrA for both the resistant and sensitive C.jejuni
MutationResistantisolatesSensitiveisolatesThr?86?IleVal?149?IleSer?203?AsnThr?206?AlaLys?285?ArgSer?203?AsnThr?206?AlaLys?285?ArgIsolatesNo.102628997162710Proportion/%1005.8813.5997.066.867.771009.80
研究發(fā)現(xiàn)在臨床和獸醫(yī)藥中的不規(guī)范使用是導(dǎo)致彎曲菌喹諾酮類抗生素耐藥率升高的最主要原因[7]。歐美等發(fā)達(dá)國(guó)家彎曲菌對(duì)喹諾酮類抗生素的耐藥率要低于發(fā)展中國(guó)家。美國(guó)耐環(huán)丙沙星彎曲菌在1990年開(kāi)始出現(xiàn),1997年開(kāi)始呈現(xiàn)增加趨勢(shì)[14],2001-2002年美國(guó)腹瀉病人糞便源彎曲菌環(huán)丙沙星的耐藥率為13.5%,雞來(lái)源環(huán)丙沙星耐藥率為19%[15]。2011-2013年加拿大對(duì)腹瀉病人源空腸彎曲菌的耐藥率為30.8%,對(duì)結(jié)腸彎曲菌的耐藥率是41%[16]。印度在上個(gè)世紀(jì)90年代開(kāi)始出現(xiàn)耐氟喹諾酮類彎曲菌[17],在1994年未有對(duì)氟喹諾酮類耐藥彎曲菌的相關(guān)報(bào)道,2001-2006年升高到79%[17-18]2008-2010年高達(dá)到97%,耐藥情況非常嚴(yán)重[19]。
我國(guó)空腸彎曲菌對(duì)喹諾酮類抗生素的耐藥情況非常嚴(yán)重。1995-2010年腹瀉病人來(lái)源的空腸彎曲菌對(duì)環(huán)丙沙星的耐藥率為80.2%,對(duì)萘啶酸的耐藥率為79.3%,且隨著時(shí)間的推移,萘啶酸和環(huán)丙沙星的MIC有明顯增高的趨勢(shì)[20]。858株不同宿主來(lái)源的空、結(jié)腸彎曲菌對(duì)喹諾酮類抗生素的耐藥率接近95%[21]。2011年我國(guó)寧夏和山東兩個(gè)地區(qū)豬來(lái)源的結(jié)腸彎曲菌對(duì)環(huán)丙沙星的耐藥率高達(dá)95%以上[22]。最近研究表明,耐喹諾酮類彎曲菌在17年內(nèi)增長(zhǎng)迅速,在2000年就增長(zhǎng)到93.7%-100%[23]。本研究中,234株空腸彎曲菌中共篩查到218株(93.16%)萘啶酸耐藥菌株,211株(90.17%)環(huán)丙沙星耐藥菌株,兩者都是鴨糞和雞糞來(lái)源菌株耐藥率最高為100.00%,是和在家禽的養(yǎng)殖過(guò)程中萘啶酸和環(huán)丙沙星作為飼料添加劑用于預(yù)防和治療細(xì)菌性疾病有關(guān)系。
空腸彎曲菌對(duì)喹諾酮類抗生素的耐藥與gyrA基因上QRDR特異性點(diǎn)突變密切相關(guān)[24-26],且最重要最常見(jiàn)的是gyrA基因發(fā)生的Thr-86-Ile突變[27-30]。本研究中所有的耐喹諾酮類空腸彎曲菌均有Thr-86-Ile突變,且1株菌只發(fā)生Thr-86-Ile突變,其萘啶酸的MIC可達(dá)到512 ug/mL,環(huán)丙沙星MIC達(dá)到32 ug/mL,說(shuō)明Thr-86-Ile突變是導(dǎo)致空腸彎曲菌對(duì)氟喹諾酮類抗生素的高水平耐藥的主要原因。
與喹諾酮類敏感菌株相比,耐喹諾酮類空腸彎曲菌除Thr-86-Ile突變外,Val-149-Ile也是特異性突變,雖然Val-149-Ile突變已有報(bào)道,但并未描述該突變是否可導(dǎo)致空腸彎曲菌對(duì)喹諾酮類抗生素高水平耐藥[29]。本研究中發(fā)生Val-149-Ile協(xié)同突變的菌株和未發(fā)生協(xié)同突變菌株相比,MIC值沒(méi)有增高。本研究測(cè)序結(jié)果顯示:菌株萘啶酸MIC值大于等于64 μg/mL,環(huán)丙沙星MIC值大于等于4 μg/mL時(shí)Thr-86-Ile已經(jīng)發(fā)生突變;而菌株的萘啶酸MIC值大于64 μg/mL,環(huán)丙沙星MIC值為2 μg/mL時(shí),也發(fā)生Thr-86-Ile突變,提示菌株gyrA基因發(fā)生Thr-86-Ile突變就可以導(dǎo)致萘啶酸和/或環(huán)丙沙星耐藥。
本研究中,未發(fā)現(xiàn)耐藥菌株存在gyrB基因的有義突變。研究結(jié)果與目前耐喹諾酮類空腸彎曲菌gyrB基因不存在有意義突變的報(bào)道一致[28]。
本研究通過(guò)對(duì)不同宿主來(lái)源空腸彎曲菌萘啶酸及環(huán)丙沙星的耐藥現(xiàn)狀及遺傳特點(diǎn)分析,確定所有耐藥菌株均存在gyrA基因QRDR的熱點(diǎn)突變Thr-86-Ile,該突變能引起空腸彎曲菌對(duì)喹諾酮類抗生素產(chǎn)生高水平耐藥。
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