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環(huán)狀RNA與癌癥關(guān)系的研究進展

2018-03-31 10:57房樹志房遠
生物技術(shù)通訊 2018年1期
關(guān)鍵詞:環(huán)狀危組鱗狀

房樹志,房遠

中國人民解放軍第264醫(yī)院,山西 太原 030001

RNA家族可分為編碼RNA和非編碼RNA兩大類,而其中非編碼RNA包括長鏈非編碼RNA(lncRNA)、核 糖 體 RNA(rRNA)、轉(zhuǎn) 運 RNA(tRNA)、核小RNA(snRNA)及微小RNA(miRNA)等。有一類特殊的非編碼RNA,不存在5′和3′端,呈閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu),這就是環(huán)狀RNA(circular RNA,circRNA)[1]。20世紀 70年代,環(huán)狀 RNA 在病毒中首次被發(fā)現(xiàn),隨后在真核細胞中也發(fā)現(xiàn)環(huán)狀RNA的存在,但由于技術(shù)水平限制,環(huán)狀RNA被認為是垃圾分子、“暗物質(zhì)”[2]。隨著科學技術(shù)的發(fā)展,尤其是二代測序技術(shù)的應用,人們發(fā)現(xiàn)環(huán)狀RNA在真核細胞中廣泛存在,并具有一定的生物學功能。

1 環(huán)狀RNA的特點

由于其特殊的環(huán)狀結(jié)構(gòu),環(huán)狀RNA不具有5′端帽子結(jié)構(gòu)和3′端polyA尾,不易被核酸外切酶RNaseR降解,與其他非編碼RNA相比可以更穩(wěn)定地存在[1,3]。大部分環(huán)狀RNA由外顯子形成,少數(shù)來源于內(nèi)含子或內(nèi)含子片段,然而同一個基因序列既可以轉(zhuǎn)錄成線性RNA,又可以轉(zhuǎn)錄成環(huán)狀RNA。大部分環(huán)狀RNA定位于細胞質(zhì)中,少數(shù)定位于細胞核內(nèi),具有很強的組織、時序和疾病特異性[1,4]。如ciRS-7在腦組織中高表達,而在其他組織中表達量很低。多數(shù)環(huán)狀RNA為高度保守序列,僅有少數(shù)在進化上不保守[5]。

2 環(huán)狀RNA的功能

多數(shù)環(huán)狀RNA能在轉(zhuǎn)錄或轉(zhuǎn)錄后水平發(fā)揮調(diào)控作用,少數(shù)只能在轉(zhuǎn)錄水平發(fā)揮作用[1]。環(huán)狀RNA可以充當miRNA分子海綿,與miRNA相互作用。2014年,發(fā)表在《Nature》上的一篇文章首次證實了環(huán)狀RNA具有特異性結(jié)合miRNA的功 能[2]。 環(huán) 狀 miRNA ciRS-7(circularRNA sponge for miR-7)上有超過70個miR-7的結(jié)合位點;進一步功能研究發(fā)現(xiàn)ciRS-7能夠強烈抑制miR-7的活性,進而激活miR-7的下游基因;并且,還發(fā)現(xiàn)環(huán)狀RNA SRY-9可以作為miR-138的分子海綿[6]。這表明環(huán)狀RNA作為miRNA的分子海綿可能是一個普遍現(xiàn)象。此外,環(huán)狀RNA還可以通過競爭性調(diào)控經(jīng)典RNA剪接、與snRNA或RNA合成酶Ⅱ相互作用等功能,參與轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后調(diào)控[7-8]。

3 環(huán)狀RNA與癌癥

研究顯示,在多種癌癥組織與癌旁正常組織中,環(huán)狀RNA的表達存在差異,說明環(huán)狀RNA可作為新興腫瘤生物標志物,并可能參與腫瘤發(fā)生發(fā)展過程中的基因調(diào)控。

3.1 環(huán)狀RNA可作為新興癌癥生物標志物

Fu等[9]采用高通量測序技術(shù)獲得環(huán)狀RNA在肝細胞癌中的表達譜,并通過q-PCR技術(shù)證實環(huán)狀RNA hsa_circ_0004018在肝細胞癌中的表達量明顯低于癌旁正常組織;并且,hsa_circ_0004018的低表達與一些臨床指標存在相關(guān)性,如血漿AFP、腫瘤直徑、分化和TNM分期等;更為重要的是,從肝炎組織到肝硬化組織再到肝癌組織,hsa_circ_0004018的表達量呈梯度降低,在肝癌組織中的表達量明顯低于前兩者,說明hsa_circ_0004018存在肝細胞癌階段特異性表達特征。

Li等[10]通過對比101對胃癌組織與癌旁正常組織中環(huán)狀RNA水平,發(fā)現(xiàn)hsa_circ_002059的表達量在胃癌組織中明顯降低(P<0.001)。在36對術(shù)前術(shù)后胃癌患者血漿中,環(huán)狀RNA hsa_circ_002059的表達水平也明顯不同,ROC曲線下面積可達到0.73。更重要的是,hsa_circ_002059的表達與胃癌關(guān)鍵臨床指標有很強的相關(guān)性,如遠處轉(zhuǎn)移(P=0.036)和TNM分級(P=0.042)。因此,Li等指出環(huán)狀RNA has_circ_002059可作為一種新型的穩(wěn)定的生物標志物,并在胃癌的臨床診斷中得到應用。

Xuan[11]通過基因芯片分析技術(shù),對比了4對食管鱗狀細胞癌組織及癌旁正常組織中環(huán)狀RNA的表達,發(fā)現(xiàn)在698個被檢測到的環(huán)狀RNA中,302個在癌癥組織中呈上調(diào)趨勢,396個在癌組織中呈下調(diào)趨勢。隨后,作者通過qRT-PCR技術(shù)進一步檢測明顯上調(diào)的環(huán)狀RNA hsa_circ_100855,結(jié)果顯示hsa_circ_100855在癌癥組織與癌旁正常組織中的表達存在明顯差異,并且在TNM 3~4期和頸淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移或分化差的病人中的表達量更高,說明hsa_circ_100855可以作為預測、診斷食管鱗狀上皮癌生物標志物。

三期胃癌根治性術(shù)后常有復發(fā),因此Zhang等[12]希望通過研究環(huán)狀RNA這種新型的生物標志物,預測三期胃癌根治術(shù)后的復發(fā)情況。作者從3071個環(huán)狀RNA中挑選46個在胃癌組織和癌旁正常組織中存在差異的環(huán)狀RNA,其中8個在復發(fā)病人癌灶和癌旁正常組織中存在明顯差異。在隨后的隊列研究中,通過單因素及多因素cox回歸分析,發(fā)現(xiàn)4個環(huán)狀RNA,即hsa_circ_101308、hsa_circ_104423、hsa_circ_104916、hsa_circ_100269的表達差異最為明顯。作者依據(jù)此4個環(huán)狀RNA,將胃癌病人分為高危組和低危組。在測試隊列和驗證隊列中,高危組術(shù)后復發(fā)率明顯高于低危組。因此,作者認為以這4個環(huán)狀RNA為基礎建立的分類方法,對于三期胃癌術(shù)后復發(fā)的早期預測有一定的指導意義。

3.2 環(huán)狀RNA在癌癥發(fā)生、發(fā)展中的作用

環(huán)狀RNA可以作為分子海綿結(jié)合miRNA,從而在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)節(jié)基因的表達,參與癌癥的發(fā)生發(fā)展。

Li等[13]證實circ-ITCH作為miRNA分子海綿,具有多個miRNA結(jié)合位點,包括miR-7結(jié)合位點、miR-17結(jié)合位點和miR-214結(jié)合位點等。并且,這些miRNA常常與癌癥有關(guān),如miR-7表達水平的升高與食管鱗狀上皮癌相關(guān),miR-17可以作為診斷食管鱗狀上皮癌的生物標志物,miR-214在卵巢癌和胃癌中表達升高,miR-216b在鼻咽癌發(fā)生中起抑制作用。此外,circ-ITCH可提高ITCH的水平,激發(fā)泛素介導的磷酸化Dvl2降解,從而抑制在癌癥中發(fā)揮重要作用的Wnt/βcatenin通路。致癌基因c-Myc是Wnt信號通路的下游靶點,作者證實環(huán)狀RNA circ-ITCH可以影響c-Myc的表達。

Xie[14]等發(fā)現(xiàn),環(huán)狀RNA circ_001569雖然不能影響miR-145的表達,但可影響其轉(zhuǎn)錄,從而提高miR-145下游靶點(E2F5、BAG4、FMNL2)的表達水平。E2F5、BAG4、FMNL2在結(jié)直腸癌癌組織中高表達,并在結(jié)直腸癌的發(fā)生發(fā)展中起重要作用。這些靶點通過抑制細胞周期停滯及細胞凋亡,從而至少部分上促進結(jié)直腸癌癌細胞的生長,并可以提高結(jié)直腸癌癌細胞的侵襲能力。

Zhong等[15]通過基因芯片技術(shù),發(fā)現(xiàn)環(huán)狀RNA circTCF25在膀胱癌中的表達與癌旁組織存在明顯差異。并且circTCF25可成為miR-103a-3p、miR-107的分子海綿,而 miR-103a-3p、miR-107與13個增殖、轉(zhuǎn)移及侵襲相關(guān)的靶點功能上調(diào)有關(guān)。隨后,作者證實circTCF25的過表達能夠下調(diào)miR-103a-3p及miR-107,提高CDK6表達,從而促進體內(nèi)、外癌細胞的增殖和轉(zhuǎn)移。此研究為探討環(huán)狀RNA在膀胱癌中的作用打下了基礎。

Zhang等[16]發(fā)現(xiàn),hsa_circ_100269在胃癌組織中的表達量明顯降低(P<0.01)。隨后,作者通過使用Target-Scan和miRanda預測到miRNA-630可與hsa_circ_100269結(jié)合,并發(fā)現(xiàn)miR-630在胃癌組織中高表達(P=0.006),與hsa_circ_100269的表達量明顯負相關(guān)(r=-0.688)。Zhang等通過雙螢光素酶報告系統(tǒng)證實miR-630是hsa_circ_100269作用的直接靶點。并且,在hsa_circ_100269表達的細胞中,miR-630表達量降低,胃癌細胞的增殖受到抑制。說明環(huán)狀RNA hsa_circ_100269可通過與mi630相互作用,參與胃癌的發(fā)生發(fā)展。為環(huán)狀RNA參與疾病過程機制提供了新思路。

4 結(jié)語

目前,環(huán)狀RNA的研究仍處于起步階段,而癌癥是一種復雜疾病,其發(fā)生發(fā)展與多種因素相關(guān)?,F(xiàn)階段研究表明環(huán)狀RNA具有成為癌癥生物標志物的潛能,并參與癌癥調(diào)控。更加深入的機制研究可為癌癥的診斷與治療打開新局面。

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