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呼吸道感染住院患兒Merkel細(xì)胞多瘤病毒檢測(cè)及臨床研究

2017-11-06 01:24:56魏田力鄭文芝麻粉蓮姚立紅陳愛珺崔紅鄭麗舒
生物技術(shù)通訊 2017年4期
關(guān)鍵詞:探針質(zhì)粒混合

魏田力,鄭文芝,麻粉蓮,姚立紅,陳愛珺,崔紅,鄭麗舒

1.首都醫(yī)科大學(xué) 附屬北京友誼醫(yī)院兒科,北京 100050;2.中國(guó)疾病預(yù)防控制中心 病毒病預(yù)防控制所,北京 100052

呼吸道感染住院患兒Merkel細(xì)胞多瘤病毒檢測(cè)及臨床研究

魏田力1,鄭文芝2,麻粉蓮2,姚立紅2,陳愛珺2,崔紅1,鄭麗舒2

1.首都醫(yī)科大學(xué) 附屬北京友誼醫(yī)院兒科,北京 100050;2.中國(guó)疾病預(yù)防控制中心 病毒病預(yù)防控制所,北京 100052

目的:了解北京地區(qū)Merkel細(xì)胞多瘤病毒(MCPyV)在呼吸道感染住院兒童中的流行情況和臨床特點(diǎn)。方法:采集北京友誼醫(yī)院兒科呼吸道感染住院患兒的鼻咽抽吸物樣本200份,并收集相應(yīng)的患兒臨床資料,采用Taq?Man real-time PCR方法檢測(cè)MCPyV LTAg基因,并經(jīng)測(cè)序確認(rèn);MCPyV陽(yáng)性樣本同時(shí)檢測(cè)常見的人呼吸道病毒混合感染情況。結(jié)果:200份標(biāo)本中共檢出MCPyV陽(yáng)性6例,檢出率3%;感染兒童年齡從6月到5歲,其中年齡≤3歲的占83.3%(5/6)。診斷包括支氣管肺炎和急性支氣管炎,臨床表現(xiàn)包括發(fā)熱、咳嗽、喘息。6例陽(yáng)性樣本均與其他呼吸道病毒混合感染,A型流感病毒和呼吸道合胞病毒混合感染最常見,6例陽(yáng)性樣本MCPyV載量均低于10拷貝/μL。結(jié)論:real-time PCR方法檢測(cè)呼吸道感染住院患兒中MCPyV的感染率為3%,6例MCPyV陽(yáng)性樣本均與其他呼吸道病毒混合感染且MCPyV載量較低,不能認(rèn)為MCPyV是兒童呼吸道感染的病因。

Merkel細(xì)胞多瘤病毒;TaqMan探針實(shí)時(shí)熒光定量PCR;呼吸道感染

人多瘤病毒(huamn polyomavirus,HPyV)為閉合環(huán)狀雙鏈DNA病毒,因其能誘導(dǎo)機(jī)體產(chǎn)生多種腫瘤而得名,包括1971年發(fā)現(xiàn)的BKPyV、JCPyV,以及2007年以來發(fā)現(xiàn)的WUPyV、KIPyV、MCPyV、TSPyV、HPyV6、HPyV7、HPyV9、HPyV10、STLPyV、HPyV12和NJPyV等[1],不同的多瘤病毒感染不同的靶器官并導(dǎo)致神經(jīng)系統(tǒng)、呼吸系統(tǒng)、泌尿生殖系統(tǒng)及消化系統(tǒng)等疾病[2]。Merkel細(xì)胞癌(Merkel cell carcinoma,MCC)是一種罕見的、侵襲性的神經(jīng)內(nèi)分泌來源的皮膚腫瘤,主要發(fā)生于老年人和免疫缺陷病人。2008年,F(xiàn)eng等應(yīng)用數(shù)字轉(zhuǎn)錄消減技術(shù),在MCC組織中檢測(cè)到Merkel細(xì)胞多瘤病毒(Merkel cell polyomavirus,MCPyV),并證明MCPyV與MCC相關(guān)[3]。 隨后,在各種樣本中均檢出MVPyV的基因片段,包括皮膚、呼吸道分泌物、腸道和腫瘤組織,在免疫抑制病人的血液中也存在[4-7]。雖然對(duì)MCPyV的分子生物學(xué)特征已有所了解,但是其與宿主之間的相互影響還不是很清楚,需要研究更多的關(guān)于人多瘤病毒的生物學(xué)和流行病學(xué)資料。TaqMan探針實(shí)時(shí)定量PCR檢測(cè)方法有較好的靈敏度和特異性,可以直接對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行定量,且操作簡(jiǎn)單自動(dòng)化程度高。本研究建立了MVPyV LTAg基因的核酸Taq?Man探針實(shí)時(shí)定量PCR檢測(cè)方法,對(duì)200份呼吸道感染住院兒童的鼻咽抽吸物樣本進(jìn)行了檢測(cè)和MCPyV的流行病學(xué)分析。

1 材料與方法

1.1 采樣對(duì)象

2014年1~4月于北京友誼醫(yī)院兒科采集200例[男112例,女88例,性別比例1.44∶1,中間年齡為24個(gè)月(3d~14歲)]14歲以下呼吸道感染住院患兒的鼻咽抽吸物(NPA)樣本200份,并收集相應(yīng)的患兒臨床資料,所有收集的樣本經(jīng)過患兒父母的知情同意。NPA樣本采集后送到中國(guó)疾病預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所,-80℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2 檢測(cè)方法的建立與評(píng)價(jià)

1.2.1 核酸提取 常規(guī)處理收集的NPA樣本,用QIAamp MinElute Virus Spin Kit提取200份NPA中的病毒總核酸。

1.2.2 TaqMan real-time PCR方法的建立 利用在線軟件(http://sg.idtdna.com/scitools/Applications/RealTimePCR/)設(shè)計(jì)引物和探針,McPyV LTAg為靶基因。上游引物為McPyV-F(5′-TCTGGGTAT GGGTCCTTCTC-3′),下游引物為 McPyV-R(5′-C ATGGTGTTCGGGAGGTATATC-3′),熒光探針為McPyV-P(FAM-ACTGGGAGTCTGAAGCCTGGGATAMRA),擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度為79bp。GenBank BLAST評(píng)價(jià)引物和探針的特異性。引物和探針均由Invitrogen公司合成。采用ABI公司的熒光定量檢測(cè)試劑盒(TaqMan Gene Expression)進(jìn)行擴(kuò)增,20μL 反應(yīng)體系包括 2×TaqMan Gene Expres?sion Master Mix 10μL,上、下游引物(10 pmol/μL)各 1.8μL,探針(10 pmol/μL)0.2μL,模板2μL,無 RNA 酶雙蒸水 4.2μL。反應(yīng)條件:50℃2min,95℃ 10min,95℃ 15s,60℃ 1min,40個(gè)循環(huán)。實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀型號(hào)為MX3005P(Agilent Stratagene)。

1.2.3 TaqMan real-time PCR方法的靈敏性、特異性和可重復(fù)性評(píng)價(jià) 反應(yīng)產(chǎn)物與pMD18-T載體連接為pMD18-T/MC,提取質(zhì)粒測(cè)序正確后測(cè)定質(zhì)粒濃度,計(jì)算拷貝數(shù)。1/10梯度稀釋質(zhì)粒pMD18-T/MC,分別以 1010~100拷貝/μL 為模板進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng),檢測(cè)方法的靈敏性。將本科室保存的其他多瘤病毒(HPyV6、WUPyV、KIPyV、JCPyV)陽(yáng)性核酸樣本作為待檢樣本,用MCPyV的引物探針在相同反應(yīng)條件下進(jìn)行擴(kuò)增,同時(shí)設(shè)陰性(無RNA酶雙蒸水)和陽(yáng)性(pMD18-T/MC質(zhì)粒)對(duì)照,評(píng)價(jià)檢測(cè)方法的特異性。用5個(gè)濃度(107~103拷貝/μL)的pMD18-T/MC質(zhì)粒為模板進(jìn)行擴(kuò)增,每個(gè)濃度重復(fù)4次,分別計(jì)算Ct值的均數(shù)、標(biāo)準(zhǔn)差和變異系數(shù)(CV),評(píng)價(jià)檢測(cè)方法的可重復(fù)性。

1.3 臨床樣本NPA的檢測(cè)和流行病學(xué)分析

用上述建立的TaqMan實(shí)時(shí)熒光定量PCR方法檢測(cè)200份NPA樣本核酸,對(duì)陽(yáng)性樣本進(jìn)行測(cè)序鑒定。用普通PCR方法檢測(cè)確認(rèn)的MCPyV陽(yáng)性樣本與常見呼吸道病毒如呼吸道合胞病毒(RSV),人 偏 肺 病 毒(HMPV),人 博 卡 病 毒(HBoV),流感病毒(Flu)A、B、C,副流感病毒1~4(PIV1~4),人 冠 狀 病 毒(HCoV-229E、HCoVOC43、HCoV-NL63、HCoV-HKU1)的共感染性,以及與WUPyV和KIPyV的共感染情況[8]。對(duì)收集的臨床資料進(jìn)行分析。

2 結(jié)果

2.1 TaqMan real-time PCR方法的靈敏性、特異性和可重復(fù)性分析

以不同濃度梯度的質(zhì)粒pMD18-T/MC為模板進(jìn)行real-time PCR,獲得擴(kuò)增曲線,檢測(cè)靈敏度為 1 拷貝/μL,檢測(cè)線性范圍為 1010~100拷貝/μL,陰性對(duì)照無擴(kuò)增信號(hào)(圖1A);標(biāo)準(zhǔn)曲線R2=0.997,表明線性關(guān)系較好(圖1B)。用建立的方法對(duì)本科室保存的其他多瘤病毒(HPyV6、WUPyV、KIPyV、JCPyV)陽(yáng)性樣本進(jìn)行PCR擴(kuò)增,僅陽(yáng)性對(duì)照pMD18-T/MC質(zhì)粒出現(xiàn)擴(kuò)增曲線,其他樣本及陰性對(duì)照均未出現(xiàn)陽(yáng)性擴(kuò)增曲線(圖2),表明本方法具有較好的核酸擴(kuò)增特異性。對(duì)5個(gè)不同濃度梯度(107~103拷貝/μL)的pMD18-T/MC質(zhì)粒模板重復(fù)擴(kuò)增檢測(cè)4次,Ct值變異系數(shù)均小于1.5%,證明該方法穩(wěn)定性和可重復(fù)性較好(表1)。

圖1 MCPyV TaqMan real-time檢測(cè)的靈敏性分析和標(biāo)準(zhǔn)曲線

2.2 NPA樣本的MCPyV檢測(cè)和流行病學(xué)分析

200份NPA樣本共檢出MCPyV陽(yáng)性樣本6例(3%),包括2名男性患兒(2/112,1.8%)和4名女性患兒(4/88,4.5%),感染兒童年齡從6個(gè)月到5歲,大部分為嬰幼兒,年齡≤3歲的占83.3%(5/6)。陽(yáng)性嬰幼兒主要診斷為支氣管肺炎和急性支氣管炎,癥狀包括發(fā)熱、咳嗽、喘息。6例MCPyV陽(yáng)性樣本在NPA中的病毒載量均小于10拷貝/μL,結(jié)果見表2。

2.3 MCPyV陽(yáng)性樣本與其他呼吸道病毒混合感染情況

6例MCPyV陽(yáng)性樣本均與其他呼吸道病毒混合感染,混合感染率為100%。其中A型流感病毒和RSV是最常見的混合感染,混合感染率分別為66.7%(4/6)和50%(3/6)。在混合感染中,最常見兩重混合感染,占50%(3/6),三重和四重混合感染分別為33.3%(2/6)、16.7%(1/6),結(jié)果見表3。

圖2 MCPyV TaqMan real-time檢測(cè)的特異性

表1 MCPyV TaqMan探針實(shí)時(shí)定量PCR方法可重復(fù)性分析

3 討論

多瘤病毒科的病毒是感染人類的最小病毒之一,基因組長(zhǎng)度和粒徑大小均相似,直徑40~45nm,無包膜的二十面體病毒粒子包括5000bp大小的環(huán)形雙鏈DNA基因組。基因組分為3個(gè)區(qū)域,即非編碼控制區(qū)(NCCR),編碼大T和小T抗原的早期基因和編碼衣殼蛋白VP1、VP2、VP3的晚期基因[9]。目前,HPyV家族有13個(gè)成員,包括1971年分離到的BKPyV和JCPyV,以及2007年以來檢測(cè)到的KIPyV、WUPyV等11種人多瘤病毒。發(fā)現(xiàn)WUPyV和KIPyV以來,世界各地的呼吸道樣本中都檢測(cè)到病毒序列,表明這2種病毒在呼吸道疾病人群中廣泛傳播[10]。人多瘤病毒中只有2種與人類特異性疾病相關(guān):MCPyV與MCC相關(guān)[3],MCC為罕見的皮膚病,在老年人和免疫抑制人群中常見;TSPyV與罕見的免疫缺陷病人的濾泡性皮膚病trichodysplasia spinulosa相關(guān)[11]。因?yàn)槎嗔霾《緮?shù)量在增加,因此其在疾病中的作用受到廣泛關(guān)注。

血清學(xué)研究表明,非MCC的健康成人MCPyV血清抗體陽(yáng)性率為88%和57.9%,小于10歲的兒童MCPyV血清抗體陽(yáng)性率為25%[12-13],表明兒童期就已暴露于MCPyV。由于很多HPyV的初次感染發(fā)生在嬰幼兒時(shí)期,作為探討MCPyV對(duì)呼吸道致病性的第一步,我們用基于TaqMan探針的實(shí)時(shí)熒光定量方法檢測(cè)了呼吸道感染住院兒童NPA中的MCPyV感染情況。住院患兒200份NPA的MCPyV檢測(cè)率為3%,與另外2項(xiàng)NPA中的檢測(cè)結(jié)果類似(3/140,2.1%[14];27/635,4.25%[15]),但低于意大利研究者對(duì)下呼吸道感染住院病人的呼吸道樣本的檢出率(15/87,17.24%)[16]。本研究顯示MCPyV主要在3歲以內(nèi)的兒童中檢出,最常見的癥狀是咳嗽和發(fā)熱。6名MCPyV陽(yáng)性患兒均與其他常見的呼吸道病毒共感染,A型流感病毒和RSV最常見。其中2名MCPyV感染兒童與另一種呼吸道感染較為常見的多瘤病毒W(wǎng)UPyV共感染。在本研究中,MCPyV的病毒載量較低,均低于10拷貝/μL,且均與其他呼吸道病毒共感染,還不能表明MCPyV的是住院兒童呼吸道感染的病因。雖然不能肯定MCPyV是通過呼吸道傳播,但間接表明呼吸道是其可能的傳播途徑。關(guān)于MCPyV可能的分泌和傳播途徑,最近的研究表明環(huán)境樣本(門把手、自動(dòng)售票機(jī))中75%能檢測(cè)到病毒DNA。用DNA酶處理后進(jìn)行病毒載量檢測(cè),5%的MCPyV DNA被保護(hù),可導(dǎo)致MCPyV潛在感染[17]。此外,TSPyV、HPyV6、HPyV7和MCPyV在健康人的皮膚上可被檢出,在采集呼吸道樣本時(shí)要防止樣本污染。

盡管MCPyV在NPA的檢出率較低為3%,但本研究表明了其有可能的傳播模式。核酸擴(kuò)增和檢測(cè)技術(shù)的快速發(fā)展導(dǎo)致了病毒發(fā)現(xiàn)的革命性改變,在過去的幾年中發(fā)現(xiàn)了多種新的多瘤病毒,這一趨勢(shì)在未來幾年內(nèi)是否會(huì)延續(xù)尚待分曉,這些新發(fā)現(xiàn)的多瘤病毒對(duì)人的致病性也需要進(jìn)一步的研究。

表2 MCPyV陽(yáng)性呼吸道感染兒童的臨床特點(diǎn)

表3 MCPyV與其他常見呼吸道病毒混合感染情況

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Clinical Study and Detection of Merkel Cell Polyomavirus in Hospitalized Children with Respiratory Tract Infection

WEI Tian-Li1,ZHENG Wen-Zhi2,MA Fen-Lian2,YAO Li-Hong2,CHEN Ai-Jun2,CUI Hong1*,ZHENG Li-Shu2*
1.Department of Pediatrics,Beijing Friendship Hospital,Capital Medical University,Beijing 100050;2.National Institute for Viral Disease Control and Prevention,China CDC,Beijing 100052;China
*Co-corresponding authors,ZHENG Li-Shu,E-mail:zhenglishu2000@sina.com;CUI Hong,E-mail:cuihong100@sina.com

Objective:To investigate the prevalence and clinical features of Merkel cell polyomavirus(MCPyV)in hospitalized children with respiratory tract infection(RTI) in Beijing.Methods:A total of 200 nasopharyngeal aspirates(NPA) were collected from hospitalized children with RTI in Beijing Friendship Hospital.LTAg gene of MCPyV was detected with an established TaqMan real-time PCR and confirmed by sequencing.All the MCPyV-positive specimens were screened for other common respiratory viruses.Results:The prevalence of MCPyV was 3%(6/200),the infected children ranged in age from 6 month to 5 years and children ≤3 years of age accounted for 83.3%(5/6) of cases.6 MCPyV-positive patients were diagnosed with bronchopneumonia and acute bronchitis.The most common symptoms were cough,fever and asthma.All 6 MCPyV-positive patients were coinfected with other respiratory viruses,of which influenza virus A and respiratory syncytial virus were most common.Additional?ly,their viral loads were lower than 10 copies/μL NPA specimen.Conclusion:The prevalence of MCPyV was 3%in NPA specimens from hospitalized children with RTI,measured by real-time PCR.Regarding the 100%coin?fection rate and the low viral load,MCPyV is not considered to be the cause of respiratory diseases.

Merkel cell polyomavirus(MCPyV);TaqMan real-time PCR;respiratory infection

R373;Q78

A

1009-0002(2017)04-0510-05

2017-02-11

魏田力(1973- ),女,主治醫(yī)師,(E-mail)denysu2003@163.com

鄭麗舒,(E-mail)zhenglishu2000@sina.com;崔紅,(E-mail)cuihong100@sina.com

10.3969/j.issn.1009-0002.2017.04.021

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