呂少茵 江西省上饒市廣豐區(qū)衛(wèi)生監(jiān)督所 (江西 上饒 334600)
熒光定量PCR儀檢測瘧原蟲的研究分析
呂少茵 江西省上饒市廣豐區(qū)衛(wèi)生監(jiān)督所 (江西 上饒 334600)
目的:探討熒光定量PCR儀檢測瘧原蟲的應用價值。方法:選取我省出入境單位收集到的已經(jīng)鏡檢法證實為惡性瘧疾的全血樣本32例、鏡檢為陰性的全血樣本13例作為研究對象,所有樣本中均提取DNA并加入RT-PCR檢測試劑進行熒光定量PCR儀檢測,觀察分析檢測結(jié)果。結(jié)果:熒光定量PCR儀檢測結(jié)果顯示:惡性瘧疾全血樣本23例、間日瘧疾全血樣本11例,陰性全血樣本11例,診斷符合率95.6%。復檢結(jié)果顯示:2例標本通過PCR擴增、序列對照,發(fā)現(xiàn)其測序結(jié)果與公布的瘧原蟲序列一致,確定均含有瘧原蟲。結(jié)論:熒光定量PCR儀檢測瘧原蟲的應用價值高,能夠敏感、可靠的檢出瘧原蟲DNA。
熒光定量PCR儀 瘧原蟲 瘧疾診斷
瘧疾是由瘧原蟲所致的蟲媒傳染病,屬于全球性流行傳染病,尤其是在非洲、中南美洲、東南亞的一些國家,惡性瘧死亡率極高,因此加強瘧疾診斷至關重要。當前鏡檢仍然是瘧疾診斷的主要方法,但是由于國外瘧區(qū)人群普遍服用抗瘧藥物在一定程度改變了原蟲的正常形態(tài),因此對鏡檢要求也逐漸提高,耗費的人力物力也明顯增長[1,2]。近年來,瘧原蟲檢測手段更加多樣,本研究中主要探討實時熒光定量PCR儀檢測瘧原蟲的應用價值,現(xiàn)將結(jié)果報道如下:
1.1 一般資料
選取我省出入境單位2014年1月~2015年10月收集到的已經(jīng)鏡檢法證實為惡性瘧疾的全血樣本32例(其中惡性瘧疾全血樣本23例,間日瘧疾全血樣本9例)、鏡檢為陰性的全血樣本13例作為研究對象,將標本放置于抗凝管中,在4°C冰箱保存。
儀器和試劑:①儀器:熒光定量PCR儀(北京線上生物科技有限公司生產(chǎn),美國ABI-2720 PCR儀),測量范圍:4°C-99°C適用范圍:2.7°C/s |品牌:ABI |溫度范圍:4°C-99°C,由熒光定量系統(tǒng)和計算機組成。②試劑:核酸釋放劑(湖南圣湘生物科技有限公司研發(fā)),可提取樣本中的瘧原蟲DNA,采用熒光定量PCR儀器進行瘧原蟲核酸檢測。采用該試劑進行瘧原蟲DNA內(nèi)標設置,于內(nèi)標TaqMan探針處末端進行HEX熒光素標記,檢測內(nèi)標是否正常、標本中是否有PCR抑制物,有助于提高檢測精確性,避免假陰性;設置防污染措施UNG+dutp,排除假陽性。
1.2 方法
制備瘧原蟲DNA模板:將全血樣本進行離心處理,首先取200μL血液置于1.5mL離心管中,在其中添加中800μL紅細胞裂解液,手動劇烈振蕩管體15s至出現(xiàn)顏色清亮,4°C下離心1min(轉(zhuǎn)速12000rpm/min)后可見白色沉淀;添加800μL核酸釋放劑添加在沉淀中混合搖勻,離心后去上清,每1mLTRIZOL試劑裂解的樣品中加入至少1mL的75%乙醇(75%乙醇用DEPCH2O配制),去除沉淀,混勻后在4°C下7000rpm離心5min,小心吸去大部分乙醇溶液,使RNA沉淀在室溫空氣中干燥5~10min,將最終的沉淀物進行分離得到的核酸,取5μL作為待測樣本。
引物、探針的設計:引物、探針的設計需參照惡性瘧原蟲、間日瘧原蟲的18sRNA基因共有保守序列,并采用Clustal version2.1進行多序列比對,最終確定引物、探針序列:P.falciparum:FAL-5︱-GCTTTTGAGAG GTTTTGTTACTTTGAGT;FAL-5︱-TGTTATTCCATGCT GTAGTATTCAAACAC;FAL paobe(FAM)-5︱-TGTT CATAACAGACGGGTAGTCATGATTGAGTTCA。P.vivax: VIV-F5︱-ACGCTTCTAGCTTAATCCACATAACT;VIV-F5︱-CTCAAACTAACAAGGACTTCCAAGC;VIV paobe (TET)-5︱-TTCGTATCGACTTTGTGCGCATTTTGC。特異性比對后進行生物合成。
表1. 不符樣本的復核情況
PCR擴增:在熒光定量PCR儀放置熒光反應管,將參數(shù)設置為:94°C/5min,94°C/15s,57°C/91s,共45個循環(huán);25°C/30s;單點檢測在57°C;反應體系設置為50μL,上機后進行擴增。
1.3 結(jié)果判定
陰性:標本FAM通道Ct欄顯示UNDET或者40,表明<400copis/mL(最低檢測限);陽性:標本FAM通道Ct欄顯示≤38.如果樣本FAM通道Ct欄數(shù)值顯示38~40,需重復檢測,如果兩次結(jié)果相同,則為陰性。
2.1 熒光RT-PCR檢測與鏡檢法的一致性
本研究中共有全血樣本45例,其中惡性瘧疾全血樣本23例,間日瘧疾全血樣本9例,陰性全血樣本13例。熒光定量PCR儀檢測結(jié)果顯示:惡性瘧疾全血樣本23例、間日瘧疾全血樣本11例,陰性全血樣本11例。診斷符合率95.6%。
2.2 不符樣本的復核情況
研究中有2例標本初次熒光定量PCR儀檢測結(jié)果均為陽性,但是鏡檢為陰性,因此對2例標本進行復檢,通過PCR擴增、引物及探針序列對照,發(fā)現(xiàn)其測序結(jié)果與公布的瘧原蟲序列一致沒確定均含有瘧原蟲。見表1。
瘧疾是危害人類健康的重要傳染病,據(jù)資料顯示流行于102個國家和地區(qū),每年發(fā)病人數(shù)約有2.5億,死亡患者約有10萬人,因此探索科學有效的方法進行疾病診斷具有重要的臨床價值,有助于分析瘧原蟲感染疾病發(fā)展進程以及進行臨床療效評估。
傳統(tǒng)的鏡檢法在瘧原蟲DNA載體量較低的情況下難以檢出,且難以反映瘧原蟲的真實水平。采用熒光定量PCR儀進行檢測是新型的瘧疾診斷方法,主要是指在PCR反應體系中加入熒光基因,利用熒光信號累積實現(xiàn)對整個PCR進程實時監(jiān)測,最后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法,簡化了定量檢測的過程,真正實現(xiàn)了絕對定量,工作效率高。當前國內(nèi)生產(chǎn)的PCR試劑較為多樣,但是這些試劑對不同類型的樣本、瘧原蟲DNA病毒各型檢測陽性率存在差異,最根本的原因在于核酸提取及其純化方法存在漏洞[3]。本研究結(jié)果顯示:熒光定量PCR儀檢測與鏡檢法結(jié)果的診斷符合率為95.6%,且通過PCR擴增、序列對照發(fā)現(xiàn)其測序結(jié)果與公布的瘧原蟲序列一致,確定血液標本中均含有瘧原蟲,可見熒光定量PCR儀檢測方法對全血樣本的檢測更為全面細致,能夠有效減少假陰性結(jié)果的發(fā)生機率。另外本研究還存在一定的不足,例如全血樣本數(shù)量搜集過少,未能嚴格評價熒光PCR試劑的線性范圍,未來研究中仍需進一步探討。
綜上所述,熒光定量PCR儀檢測瘧原蟲的應用價值高能夠敏感、可靠的檢出瘧原蟲DNA。
[1] 魯少平, 鄧中平, 龍妍嬌, 等. 運用實時熒光RT-PCR方法檢測瘧原蟲的研究[J]. 實用預防醫(yī)學, 2015,22(10):1171-1173,1170.
[2] 陳玉鳳, 王艷艷, 姜杰, 等. 應用巢式PCR評價低流行區(qū)瘧疾診斷結(jié)果[J]. 國際醫(yī)學寄生蟲病雜志, 2013,40(6):311-316.
[3] 王艷艷. 影響約氏瘧原蟲在按蚊體內(nèi)發(fā)育的因素及機制的初步研究[D]. 重慶:第三軍醫(yī)大學, 2011.
1006-6586(2016)09-0034-02
R382.3+1
A