孫玉章,何 彪,許運斌,叢彥龍,Karl-Klaus Conzelmann
(1.中國動物衛(wèi)生與流行病學(xué)中心,青島 266032;2.軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院軍事獸醫(yī)研究所,長春 130122;3.浙江大學(xué)動物科學(xué)學(xué)院,杭州 310020;4.吉林大學(xué)動物醫(yī)學(xué)學(xué)院,長春 130062;5.慕尼黑大學(xué)基因中心,慕尼黑81377)
狂犬?。╮abies)是由狂犬病病毒(rabies virus,RABV)引起的以侵犯中樞神經(jīng)系統(tǒng)為主的急性人獸共患傳染病,病死率幾乎高達100%。據(jù)世界衛(wèi)生組織(World Health Organization,WHO)報道全球每年有約55000人死于狂犬病,其中絕大多數(shù)發(fā)生在亞洲、非洲等發(fā)展中國家[1]。狂犬病病毒是彈狀病毒科(Rhabdoviridae)狂犬病病毒屬(Lyssavirus)成員,其基因組為不分節(jié)段的負鏈RNA病毒。RABV基因組編碼5種結(jié)構(gòu)蛋白,依次為核蛋白(nucleoprotein,N)、磷酸化蛋白 (phosphoprotein,P)、基質(zhì)蛋白(matrix protein,M)、糖蛋白(glycoprotein,G)和RNA依賴的RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp/L)[2]。目前,學(xué)術(shù)界一般將狂犬病病毒屬劃分為7個基因型,其中6個基因型的RABV均以蝙蝠為宿主和媒介生物(基因III型,即MOKV的確切宿主尚未確定),另外還有一些新近分離出的RABV毒株尚待分型[3]。
狂犬病病毒基因組RNA只有與核蛋白形成核糖核蛋白復(fù)合物(ribonucleoprotein,RNP)才能在磷蛋白的催化下被RNA依賴的RNA聚合酶蛋白識別并作為轉(zhuǎn)錄和復(fù)制的模板[4]。因此,經(jīng)典的RABV的反向遺傳操作系統(tǒng)除了構(gòu)建具有精確末端序列的全長基因組cDNA克隆外,還需要構(gòu)建表達核蛋白、磷蛋白和聚合酶大蛋白的真核表達質(zhì)粒共同轉(zhuǎn)染適當?shù)募毎挡趴赡塬@得具有感染性的病毒顆粒[5]。
本研究在已建立SAD L16株高效拯救的反向遺傳操作平臺基礎(chǔ)上[6],以SAD L16株全長基因組cDNA克隆為骨架,利用內(nèi)部核糖體進入位點(internal ribosome entry site,IRES)分別構(gòu)建了5個全長cDNA克隆[7]并直接轉(zhuǎn)染BSR T7/5細胞系,獲得了2株重組病毒。通過進一步鑒定和分析重組狂犬病病毒株的生物學(xué)特性,本研究首次建立起RABV的單質(zhì)粒拯救系統(tǒng),并以此為平臺開展了一系列研究。
BSR T7/5細胞系由本室保存,以含10%胎牛血清的GMEM培養(yǎng)。狂犬病病毒SAD L16株由本室保存,其全長cDNA克隆質(zhì)粒pSAD-L16由本室構(gòu)建并保存。分別克隆有腦心肌炎病毒(encephalomyocarditis virus,EMCV)IRES 序列、脊髓灰質(zhì)炎病毒(polivirus,PV)IRES序列和明脈扁刺蛾病毒(Thosea asigna virus,TaV)2A序列的pRLCMV載體質(zhì)粒均由本室構(gòu)建并保存。
Phusion DNA聚合酶購自Finnzymes公司,反轉(zhuǎn)錄聚合酶購自Roche公司,T4DNA連接酶購自NEB公司,質(zhì)??焖俪樘嵩噭┖泻湍z快速回收試劑盒均購自QIAGEN公司,轉(zhuǎn)染試劑Lipofectamine 2000購自Invitrogen公司,CaPO4轉(zhuǎn)染試劑盒購自Stratagene公司,其他限制性內(nèi)切酶主要購自NEB或Fermentas公司,細胞培養(yǎng)血清及相關(guān)試劑均購自Invitrogen公司,其他試劑或化學(xué)藥品均購自Invitrogen、Roche或Sigma公司。
根據(jù)全長cDNA感染性克隆pSAD-L16 N、P和L基因上游序列的不同分別設(shè)計多對引物擴增EMCVIRES 序列(e)、PVIRES 序列(p)和 TaV 2A序列(t),將其分別克隆入pSAD-L16載體的對應(yīng)位置中,構(gòu)建成5個全長cDNA克隆:pSAD-eNePeL(Ⅰ)、pSAD-eNtPeL(Ⅱ)、pSAD-NeNePeL(Ⅲ )、pSAD-NeNpPeL (Ⅳ )和 pSAD-NeNtPeL(Ⅴ)。所有構(gòu)建的cDNA克隆經(jīng)測序正確后大量制備并純化。5個全長cDNA克隆的構(gòu)建策略如圖1所示。
圖1 重組全長cDNA克隆構(gòu)建模式Fig.1 Construction of 5full-length cDNA clones based on pSAD-L16
轉(zhuǎn)染前16h將BSR T7/5細胞分鋪到6孔板,用含10%胎牛血清的GMEM培養(yǎng)。轉(zhuǎn)染前1h更換為不含血清的GMEM培養(yǎng)。CaPO4法分別轉(zhuǎn)染10μg全長cDNA克隆質(zhì)粒至每孔細胞中,輕晃混勻。同時設(shè)單質(zhì)粒組(分別單獨輔助轉(zhuǎn)染pTiT-N、pTiT-P或pTiT-L質(zhì)粒)和常規(guī)組(同時轉(zhuǎn)染pTiTN、pTiT-P和pTiT-L 3個輔助質(zhì)粒)4個對照組。37℃培養(yǎng)6h,PBS清洗3次后更換含10%胎牛血清的GMEM繼續(xù)培養(yǎng)。轉(zhuǎn)染后每3d取培養(yǎng)液感染新的BSR T7/5細胞并以FITC標記的鼠抗狂犬病病毒N蛋白單克隆抗體進行檢測,直到第12天。獲救的每一代次的重組狂犬病病毒首先進行RTPCR并測序,序列完全正確的病毒測定滴度后以MOI=0.01接種于T75細胞培養(yǎng)瓶,每72h收獲一次培養(yǎng)液,連續(xù)收獲3次,并儲存于-80℃超低溫冰箱。
重組狂犬病病毒的滴度測定:將收獲的細胞培養(yǎng)上清液以不含胎牛血清的GMEM連續(xù)做10倍梯度稀釋后取100μL接種于96孔板中的單層BSR T7/5細胞,于37℃培養(yǎng)48h,棄細胞上清液,PBS清洗后用80%丙酮冷藏固定20min,洗棄冷丙酮后以FITC標記的鼠抗狂犬病病毒N蛋白單克隆抗體37℃染色2h,PBS清洗3次后置于熒光顯微鏡下觀察并計數(shù),計算病毒終釋滴度。
生長動力學(xué)曲線的測定:拯救重組病毒以MOI=0.01接種于T25細胞培養(yǎng)瓶,6h后收集細胞培養(yǎng)液并更換新鮮GMEM培養(yǎng)液,每24h收獲一次,直到96h。收獲的細胞培養(yǎng)液梯度稀釋后接種于96孔板,37℃培養(yǎng)48h后以FITC標記的鼠抗狂犬病病毒N蛋白單克隆抗體進行檢測,計算終釋病毒滴度并繪制多步生長曲線。
重組狂犬病病毒的遺傳穩(wěn)定性:拯救重組病毒以MOI=1接種于BSR T7/5細胞,每96~120h收獲細胞培養(yǎng)上清液,分別進行轉(zhuǎn)移到新BSR T7/5細胞中繼續(xù)傳代和轉(zhuǎn)染96孔板測定病毒滴度,連續(xù)傳代20次,每5代收集一次細胞培養(yǎng)上清液進行RT-PCR并測序。
在完全不依靠轉(zhuǎn)染輔助質(zhì)粒的情況下,只有pSAD-NeNePeL(Ⅲ)和pSAD-NeNtPeL(Ⅴ)能夠成功拯救出重組狂犬病病毒,pSAD-NeNePeL直接轉(zhuǎn)染成功率較高(12/12),pSAD-NeNtPeL 成功率較低(8/14),單獨轉(zhuǎn)染任何一種輔助質(zhì)粒pTiT-N、pTiT-P或pTiT-L對拯救效率均無顯著影響,轉(zhuǎn)染后第6天均可在細胞培養(yǎng)上清液中檢測到病毒顆粒(圖2)。
圖2 重組狂犬病病毒的DFA檢測Fig.2 Identification of recombinant RABVs with FITC-antiN-Mab
初代獲救的重組狂犬病病毒的多步生長曲線如圖3所示,重組狂犬病病毒SAD-NeNePeL和SADNeNtPeL均高度致弱且增殖緩慢。
圖3 重組狂犬病病毒多步生長曲線Fig.3 Multistep growth curves of recombinant RABVs
SAD-NeNePeL和 SAD-NeNtPeL 2株重組狂犬病病毒在終釋滴度均能形成與野生型親本毒株SAD-L16株大小形態(tài)不同的熒光灶(圖4)。
圖4 重組狂犬病病毒的熒光灶形態(tài)Fig.4 Different phenotypes in foci size of recombinant RABVs
重組狂犬病病毒SAD-NeNePeL在BSR T7/5細胞中僅能傳3~5代,RT-PCR結(jié)果顯示在第3代的細胞培養(yǎng)液上清中就已經(jīng)存在不同水平的重組株,且表現(xiàn)出不同的生長動力學(xué)特性(未發(fā)表數(shù)據(jù))。重組狂犬病病毒SAD-NeNtPeL在BSR T7/5細胞中則能穩(wěn)定傳代20次,且RT-PCR結(jié)果顯示序列高度穩(wěn)定。
經(jīng)典狂犬病病毒反向遺傳系統(tǒng)的建立除需精確構(gòu)建病毒基因組的全長cDNA克隆外,還需提供分別表達N、P和L 3種蛋白質(zhì)的輔助質(zhì)粒,才可能形成RNP復(fù)合物并起始病毒基因組的轉(zhuǎn)錄和翻譯。順式作用元件IRES序列的發(fā)現(xiàn)[8-9]給我們的研究提供了另外一種可能:通過在狂犬病病毒基因組全長cDNA克隆中N、P和L基因上游克隆入相應(yīng)序列以實現(xiàn)單一質(zhì)粒同時表達多種mRNA。因此,我們分別設(shè)計了包含EMCVIRES序列、PVIRES序列或TaV 2A序列的多個全長cDNA克隆,并先后建立起了三質(zhì)粒拯救系統(tǒng)和二質(zhì)粒拯救系統(tǒng),最終有2個單質(zhì)粒拯救系統(tǒng)成功拯救出重組狂犬病病毒株。
單質(zhì)粒拯救系統(tǒng)在負鏈分節(jié)段的流感病毒已有報道[10],但其采用的方法并不適用于負鏈不分節(jié)段的狂犬病病毒。通過引入順式作用元件IRES序列建立的單質(zhì)粒拯救系統(tǒng)獲救的SAD-NeNePeL株具有較高的拯救成功率,但基因組間的重配概率較高,進一步的研究發(fā)現(xiàn)在細胞培養(yǎng)上清液中至少存在3種基因重組株且呈現(xiàn)不同的生長動力學(xué)特性;而SAD-NeNtPeL則可以穩(wěn)定的表達多順反子mRNA且具有相當?shù)倪z傳穩(wěn)定性。值得注意的是在N基因上游引入IRES序列構(gòu)建的多個全長cDNA克隆無一拯救成功,進一步的研究發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致拯救失敗的原因是在N基因氨基端存在一個此前未曾報道過的順式調(diào)控元件(數(shù)據(jù)未發(fā)表),因此本研究通過引入表達更高效的EMCVIRES序列串聯(lián)起2個N基因,最終無需提供輔助質(zhì)粒pTiT-N即可拯救出重組狂犬病病毒。
利用建立的狂犬病病毒單質(zhì)粒拯救系統(tǒng),本室先后開展了基于Pol-II聚合酶拯救系統(tǒng)的建立以及更高效的二質(zhì)粒拯救系統(tǒng)的建立等研究。這些反向遺傳操作系統(tǒng)的建立為深入研究狂犬病病毒基因組結(jié)構(gòu)與功能、狂犬病病毒分子致病機制、狂犬病病毒與宿主相互作用以及新型嗜神經(jīng)性病毒載體和轉(zhuǎn)基因動物模型等提供了一個有力的研究工具和基礎(chǔ)的技術(shù)平臺。
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