顧海英,鄭紅霞,路陽(yáng)陽(yáng),胡海群,李玥玥,張 麗,賀亞男,吳奇涵
(華東師范大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院,上海 200062)
皮膚癌是一種比較常見(jiàn)的腫瘤[1].近年來(lái),皮膚癌的發(fā)病率有不斷上升的趨勢(shì),人的皮膚、頭發(fā),眼睛顏色及皮膚對(duì)于陽(yáng)光的敏感度等表型特征與皮膚癌的易感性相關(guān)[2].個(gè)體皮膚、頭發(fā)和眼睛顏色差異主要由黑色素生成量、黑色素的類型及在體表的分布決定[3].研究表明,黑色素生成通路中的相關(guān)基因的多態(tài)性(包括MC1R,OCA2,MATP,ASIP和TYR)可能會(huì)影響個(gè)體皮膚、頭發(fā)、眼睛顏色特征及對(duì)皮膚癌的易感性[4].
黑色素有兩種,真黑素和棕黑色素,后者比例高會(huì)使皮膚呈較淺膚色,對(duì)陽(yáng)光較為敏感,皮膚癌的易感性也會(huì)增加[5].MC1R基因(黑素皮質(zhì)素受體1)在黑色素生成網(wǎng)絡(luò)中具有關(guān)鍵性調(diào)節(jié)作用[6].該基因只有一個(gè)外顯子,高度多態(tài),約100多個(gè)多態(tài)位點(diǎn),其編碼區(qū)的多個(gè)位點(diǎn)的多態(tài)性與皮膚對(duì)于陽(yáng)光照射的敏感性表型(紅發(fā)、白皙皮膚和雀斑)及皮膚癌的易感性有關(guān)[7].西方人群紅發(fā)、白皙皮膚、雀斑和藍(lán)色眼睛等表型明顯,皮膚對(duì)于陽(yáng)光照射敏感,皮膚癌的發(fā)病率比亞洲和非洲高,目前對(duì)該基因研究主要集中在歐美及澳洲人群,在亞洲人群類似研究較少.除本實(shí)驗(yàn)室外,在中國(guó)人群中關(guān)于該基因多態(tài)的報(bào)道僅有兩篇[8,9],并且尚無(wú)與色素表型的關(guān)聯(lián)分析研究.
基于該基因在黑色素合成過(guò)程中的關(guān)鍵性調(diào)節(jié)作用,有必要在中國(guó)人群中研究該基因多態(tài)性及其與膚色、頭發(fā)顏色、雀斑、對(duì)陽(yáng)光的敏感性方面的關(guān)聯(lián)性.本實(shí)驗(yàn)室自2009年開始該項(xiàng)研究,鄭紅霞等人以MC1R為研究對(duì)象,通過(guò)非條件邏輯回歸(Unconditional logistic regression)對(duì)MC1R基因與發(fā)色及皮膚表型特征的關(guān)聯(lián)度進(jìn)行定量研究[10],本文在此基礎(chǔ)上對(duì)樣本統(tǒng)計(jì)及數(shù)據(jù)分析方法進(jìn)行了改進(jìn),并結(jié)合國(guó)內(nèi)外最新的研究成果,為后續(xù)皮膚癌檢測(cè)及診療手段研究提供參考.
本研究包括251名皮膚健康的正常人群,他們是無(wú)任何血緣關(guān)系的漢族人群,來(lái)自全國(guó)各地,在上海生活至少一年以上.樣本收集周期是2009年9月至2010年3月.參與研究人員同意參加此次研究并簽署知情同意書,填寫皮膚等級(jí)評(píng)定表,樣本收集的反饋率是96.5%(251/260).所有參與者都是在校大學(xué)生,年齡在18~25周歲,以室內(nèi)工作生活為主,無(wú)皮膚病史,無(wú)吸煙、酗酒等不良生活習(xí)慣.
皮膚顏色評(píng)定采用雅芳化妝品公司提供的肌膚顏色測(cè)試卡(見(jiàn)圖1A),評(píng)定工作由3人獨(dú)立完成,結(jié)果一致方采納,不一致則去除該樣本.頭發(fā)顏色評(píng)定采用頭發(fā)顏色樣板卡(見(jiàn)圖1B),評(píng)定工作同樣由3人獨(dú)立完成.同時(shí)參與者根據(jù)自己的實(shí)際情況填寫問(wèn)卷.訪問(wèn)完成后,個(gè)體提供口腔脫落細(xì)胞作為進(jìn)一步提取基因組DNA分析的樣本.
圖1 皮膚(A)和頭發(fā)(B)顏色測(cè)試卡Fig.1 Frameworks of skin(A)and hair(B)colour test card
根據(jù)調(diào)查問(wèn)卷信息對(duì)環(huán)境因素(包括居住地,雀斑情況,戶外活動(dòng)情況,電腦使用情況,熬夜情況)整理劃分.根據(jù)樣本信息問(wèn)卷,同時(shí)參照Fitzpatrick皮膚分類[11,12],對(duì)樣本的皮膚表型特征分類.皮膚顏色按等級(jí)分為兩大類:一類為皮膚顏色較淺組(包括前1—3級(jí));一類為皮膚顏色較深組(包括4—8級(jí)).皮膚對(duì)陽(yáng)光的敏感性評(píng)定參照Fitzpatrick[11],皮膚對(duì)陽(yáng)光的敏感性分為兩類:一類為較敏感型(評(píng)分為1—6分);一類為不敏感型(評(píng)分為7—10).雀斑情況分為兩大類:一類為無(wú)雀斑,一類為有雀斑(輕微雀斑和很多雀斑).頭發(fā)顏色分類中,由于自然黑占整個(gè)樣本人群的61.9%(86/139),因此對(duì)頭發(fā)顏色分兩種情況進(jìn)行討論:一種是頭發(fā)顏色較淺組(包括自然黑和淺黑)和頭發(fā)顏色較深組(濃黑);一種是頭發(fā)顏色較深組(包括自然黑和濃黑)和頭發(fā)顏色較淺組(淺黑).
個(gè)體提供的口腔脫落細(xì)胞作為進(jìn)一步提取基因組DNA分析的樣本,采用改進(jìn)的酚氯仿法提取基因組[13],以基因組DNA為模板擴(kuò)增MC1R基因編碼區(qū)片段并對(duì)其進(jìn)行測(cè)序(由華大基因公司完成).MC1R基因擴(kuò)增引物采用文獻(xiàn)[14]中的MC1R基因擴(kuò)增引物MC1R-F:5′-GGAAGAACTGTGGGGACCTGGAG-3′;MC1R-R:5′-TAAGGAACTGCCCAGGGTCACAC-3′.
將割膠回收得到的純PCR產(chǎn)物測(cè)序,測(cè)序引物為F:5′-CACTCACCCATGTACTGC-3′.將測(cè)序得到的序列通過(guò)在線Blast2sequence初步篩出多態(tài)位點(diǎn),通過(guò)Chromas軟件打開序列峰圖,確定多態(tài)位點(diǎn)的基因型.通過(guò)序列比對(duì)及測(cè)序結(jié)果峰圖判斷,在MC1R基因的編碼區(qū)共得到7個(gè)SNP位點(diǎn).這7個(gè)核酸位點(diǎn)在MC1R基因編碼區(qū)的位置分別為200、274、359、421、488、497及942.
利用SPSS軟件(SPSS v16.0)以非條件邏輯回歸模型(Unconditional logistic regression)分析各個(gè)位點(diǎn)多態(tài)性與皮膚顏色、皮膚對(duì)陽(yáng)光的敏感性、雀斑情況以及頭發(fā)顏色關(guān)聯(lián)度,以所得的比值比(Odds ratios,ORs)及其95%的置信區(qū)間(Confidence intervals,CIs)表示結(jié)果.P<0.05表示差異顯著,具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義.
在最初參與實(shí)驗(yàn)的251人中,樣本信息完整,發(fā)色及皮膚顏色評(píng)定結(jié)果一致的共149人,成功進(jìn)行SNP分型的為139例樣本,成功率95.5%.樣本的基本信息及各因素與表型特征的關(guān)聯(lián)程度見(jiàn)表1.在性別因素與各種表型的關(guān)聯(lián)分析中,與女性相比,男性皮膚更容易合成黑色素(P<0.001,OR=9.05,95%CI:3.75~21.83),男性不易形成雀斑(P=0.001,OR=0.26,95%CI:0.12~0.59).環(huán)境因素與各種表型的關(guān)聯(lián)分析中,戶外活動(dòng)情況與皮膚顏色具有顯著相關(guān)性(P<0.05).皮膚對(duì)于陽(yáng)光敏感性和頭發(fā)顏色表型與性別及環(huán)境因素沒(méi)有相關(guān)性.
表1 性別及環(huán)境因素與表型特征的關(guān)聯(lián)程度表Tab.1 Association between the phenotypic characteristics and the gender and environmental factors
本實(shí)驗(yàn)中,在MC1R基因的編碼區(qū)發(fā)現(xiàn)7個(gè)SNP位點(diǎn)(見(jiàn)表2).在MC1R基因編碼區(qū)的位置分別為200、274、359、421、488、497及942,第421位SNP在SNP數(shù)據(jù)庫(kù)中沒(méi)有報(bào)道.第497位SNP在數(shù)據(jù)庫(kù)中雖有報(bào)道,在中國(guó)漢族人群中首次發(fā)現(xiàn)其具有多態(tài)性.
表2 MC1R基因SNP點(diǎn)統(tǒng)計(jì)表Tab.2 Information of SNPs in MC1Rcoding region in our research
對(duì)較小等位基因頻率較高的4個(gè)位點(diǎn)(c.274G>A,c.359T>C,c.488G>A,c.942A>G)與皮膚顏色、皮膚對(duì)陽(yáng)光的敏感性、雀斑情況以及頭發(fā)顏色進(jìn)行關(guān)聯(lián)性分析,結(jié)合表1的結(jié)論,選擇影響表型的其它因素納入校正,頭發(fā)顏色關(guān)聯(lián)度分析中需加入性別及戶外活動(dòng)時(shí)間校正因素,雀斑情況關(guān)聯(lián)度分析中需加入性別校正因素,其余的無(wú)校正因素.結(jié)果如表3所示.
結(jié)合環(huán)境因素對(duì)皮膚顏色及雀斑情況與SNP關(guān)聯(lián)度情況進(jìn)行多因素分析,c.942A>G與皮膚顏色具有相關(guān)性,與野生基因型AA相比,其突變純合基因型GG與較淺膚色顯著相關(guān)(P=0.044,OR=0.16,95%CI:0.03~0.95).而c.488G>A與頭發(fā)顏色具有相關(guān)性,與野生型純合子GG相比,其突變雜合基因型AG能顯著加深發(fā)色(P=0.049,OR=2.68,95%CI:1.01~7.12).另外,c.359T>C測(cè)序結(jié)果僅有兩種基因型(TT,TC),與野生基因型TT相比,其雜合基因型TC雀斑發(fā)生機(jī)率提高了5.76倍(P=0.040,OR=5.76,95%CI:1.05~31.53)
表3 SNP與皮膚表型特征及頭發(fā)顏色關(guān)聯(lián)性分析Tab.3 Association between the phenotypic characteristics and SNP of MC1R
續(xù)表3
本研究首次在中國(guó)漢族人群中選擇MC1R基因編碼區(qū)的多態(tài)位點(diǎn)為研究對(duì)象,分析其與中國(guó)漢族人群的皮膚顏色、皮膚對(duì)陽(yáng)光的敏感性、雀斑情況及頭發(fā)顏色的關(guān)聯(lián)性.在歐洲人群(包括英國(guó)、荷蘭、意大利、德國(guó)、希臘、西班牙、愛(ài)爾蘭和波蘭等)[15,16]、美國(guó)人群[17]及澳大利亞[18]人群中,該基因與皮膚表型的關(guān)聯(lián)性已進(jìn)行過(guò)分析.研究位點(diǎn)主要集中在以下9個(gè):c.178G>T,c.252C>A,c.274G>A,c.425G>A,c.451C>G,c.464T>C,c.478C>T,c.488G>A和c.880G>C.2008年Sara Raimondi的meta分析[19]中總結(jié)得出:c.252C>A,c.425G>A,c.451C>G,c.478C>T和c.880G>C,這5個(gè)位點(diǎn)與紅色頭發(fā)(Red hair colour,RHC表型)顯著相關(guān),被定義為RHC多態(tài)位點(diǎn),其中后3個(gè)為強(qiáng)RHC位點(diǎn),前兩個(gè)較弱.強(qiáng)RHC位點(diǎn)(c.451C>G,c.478C>T和c.880G>C)除與紅色頭發(fā)有關(guān),也與白皙皮膚有關(guān),它們與黑色素瘤的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān).c.252C>A和c.425G>A這兩個(gè)位點(diǎn)與黑素瘤的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)性的相關(guān)性存在爭(zhēng)議.在NCBI(美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心)dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)中,不同種族人群中這5個(gè)RHC位點(diǎn)的較小等位基因的頻率(MAF)相差較大.但總體而言,西方人群中RHC表型位點(diǎn)MAF遠(yuǎn)高于亞洲人群.亞洲人群體表特征的色素差異較小,皮膚癌發(fā)病率比西方人群低,可能與RHC位點(diǎn)的頻率低有關(guān).
共有251人(中國(guó),漢族)參與此次研究,139例樣成功進(jìn)行SNP分型,在中國(guó)漢族人群的MC1R基因編碼區(qū)中發(fā)現(xiàn)了7個(gè)SNP位點(diǎn)(c.200G>A,c.274G>A,c.359T>C,c.421G>A,c.488G>A,c.497C>G,c.942A>G),對(duì)較小等位基因頻率較高的四個(gè)位點(diǎn)(c.274G>A,c.359T>C,c.488G>A,c.942A>G)與皮膚顏色、皮膚對(duì)陽(yáng)光的敏感性、雀斑情況及頭發(fā)顏色之間的關(guān)聯(lián)度進(jìn)行了多因素非條件邏輯回歸分析.研究表明,除了c.274G>A位點(diǎn),其余3個(gè)位點(diǎn)都與色素表型顯著相關(guān).c.274G>A與c.488G>A是高度多態(tài)的位點(diǎn),頻繁出現(xiàn)在西方及亞洲人群中,與RHC表型沒(méi)有絕對(duì)關(guān)聯(lián)性.2009年,Perez Oliver等人[20]總結(jié)了已發(fā)現(xiàn)的MC1R基因編碼區(qū)的一些SNP位點(diǎn)的功能特點(diǎn),c.274G>A的突變會(huì)導(dǎo)致棕黑色素合成增加,使皮膚呈現(xiàn)較淺膚色,降低黑素細(xì)胞對(duì)于紫外線的防御作用,增加皮膚對(duì)于陽(yáng)光的敏感性,它與黑素瘤的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)關(guān)聯(lián)性仍存在爭(zhēng)議.在我們的統(tǒng)計(jì)結(jié)果中,雖然該位點(diǎn)突變純合子在淺膚色人群比例比野生純合子要多兩倍多,但沒(méi)有顯著相關(guān)性(P>0.05),需進(jìn)一步擴(kuò)大樣本驗(yàn)證.與野生基因型GG相比,c.488G>A的突變純合子AA與非RHC表型相關(guān),并可增加黑素瘤及其它皮膚癌的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)[7,19,20].本研究中,c.488G>A的突變雜合基因型AG與較深發(fā)色(自然黑+濃黑)顯著相關(guān)(P<0.05),但野生純合子GG并未表現(xiàn)出陽(yáng)性結(jié)果,從OR值可以看出,與野生純合子GG相比,該位點(diǎn)的突變純合子AA在較深發(fā)色(自然黑+濃黑)組中也多了近一倍,這與前人的研究結(jié)果相符合.c.359T>C,c.942A>G是研究較少的位點(diǎn),幾乎沒(méi)有文章涉及到其功能研究.MC1R蛋白是一個(gè)多功能蛋白,其編碼區(qū)的多態(tài)位點(diǎn)與皮膚癌發(fā)生相關(guān),并不僅僅是通過(guò)黑色素合成通路實(shí)現(xiàn)的,也有可能通過(guò)MC1R蛋白的其它功能途徑如DNA修復(fù)等實(shí)現(xiàn),由此可能與其他疾病發(fā)生相關(guān)[21].Wu GS等人在研究MC1R基因編碼區(qū)的多態(tài)位點(diǎn)與抑郁癥的關(guān)聯(lián)性時(shí)發(fā)現(xiàn),c.942A>G和c.274G>A均與抑郁癥的藥物治療反應(yīng)有關(guān),基因芯片功能分析結(jié)果表明,這兩個(gè)位點(diǎn)能夠影響MC1R蛋白功能.此外,他們還發(fā)現(xiàn)c.488G>A與抑郁癥發(fā)生顯著相關(guān)[22](P=0.040).
本研究中發(fā)現(xiàn)的7個(gè)SNP位點(diǎn)中,c.200G>A,c.274G>A,c.359T>C,c.488G>A,c.942A>G這5個(gè)位點(diǎn)已有報(bào)道[23],發(fā)現(xiàn)一個(gè)新SNP:c.421G>A,首次在中國(guó)漢族人群中發(fā)現(xiàn)c.497C>G.這兩個(gè)位點(diǎn)的突變均為異義突變,由此可能會(huì)影響MC1R蛋白的功能及結(jié)構(gòu).在本實(shí)驗(yàn)中,由于兩個(gè)位點(diǎn)的MAF較低,未對(duì)其功能進(jìn)行進(jìn)一步的分析,其后續(xù)的功能論證還有待進(jìn)一步論證.
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華東師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版)2013年2期