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藥用植物學資源數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建與實踐

2013-09-14 06:21:14程博琳朱宗成王小娟王小剛
中國醫(yī)藥導報 2013年22期
關(guān)鍵詞:植物學藥用植物數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)

吳 江 程博琳 朱宗成 王小娟 陳 希 王小剛

1.華中科技大學同濟藥學院,湖北武漢 430030;2.華中科技大學同濟基礎(chǔ)醫(yī)學院,湖北武漢 430030

藥用植物學是中藥學和藥學的專業(yè)基礎(chǔ)課程,是一門實踐性很強的學科[1-2]。與其他學科相比,藥用植物學教學內(nèi)容多,信息量大,抽象的概念和形態(tài)學術(shù)語多,理論知識難于理解和難以記憶[3-4]。其大量的數(shù)據(jù)信息的查詢使用是一個棘手的問題,將現(xiàn)代的數(shù)據(jù)庫技術(shù)引入植物資源數(shù)據(jù)庫的管理無疑是一種很好的解決辦法,眾多的用戶通過網(wǎng)絡(luò)就可使用數(shù)據(jù)庫信息[5-6]。為滿足藥用植物學理論課、實驗課和野外實習的教學要求,有必要構(gòu)建了一個藥用植物學資源數(shù)據(jù)庫,以圖像、地圖等形式表現(xiàn)教學內(nèi)容,使學生獲得對藥用植物直觀感性的認識,從而更好地掌握專業(yè)知識。

1 藥用植物學資源數(shù)據(jù)庫的特點

國家級大型植物資源數(shù)據(jù)庫如“中國植物物種信息數(shù)據(jù)庫”,主要是為科研人員提供專業(yè)的植物信息檢索,而藥用植物學資源數(shù)據(jù)庫主要是為老師教學和學生學習提供輔助作用。兩者不同的定位決定了相對小型的藥用植物學資源數(shù)據(jù)庫有以下特點:

1.1 植物物種以涵蓋教學大綱要求掌握的植物為主

大型植物資源數(shù)據(jù)庫主要是提供專業(yè)的植物信息檢索,力圖涵蓋全國各地發(fā)現(xiàn)的植物,具有植物物種數(shù)量多而全的特點。而藥用植物學資源數(shù)據(jù)庫,一方面受老師和學生的能力、精力和時間等條件所限,主要是涵蓋校園和野外實習地區(qū)的植物;另一方面要求學生以掌握植物學學習和研究方法為主,因此其資源數(shù)據(jù)庫物種數(shù)量少,以教學大綱要求掌握的植物為主,輔以其他常見植物。

1.2 植物信息增加藥用功效的介紹

大型植物資源數(shù)據(jù)庫所展示的植物信息以植物形態(tài)、組織特征、分類鑒定為主。而藥用植物學資源數(shù)據(jù)庫所展示的植物信息不僅有植物形態(tài),更包括藥用部位和藥用功效的介紹,形成自己的特色。

1.3 二次開發(fā)以直觀形象靈活的方式提高學生的學習興趣

大型植物資源數(shù)據(jù)庫因為主要是提供植物信息的專業(yè)檢索,注重基礎(chǔ)。而藥用植物學資源數(shù)據(jù)庫不僅注重基礎(chǔ),還注重二次開發(fā),通過野外實習專題、校園地圖等多種靈活方式提高學生的參與度以及興趣,直觀形象地引導學生掌握植物知識,以便更好地促進學生學習。

2 藥用植物資源數(shù)據(jù)庫的設(shè)計與實現(xiàn)

2.1 前期準備工作

在進行數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建之前需要對專業(yè)知識進行學習,包括植物形態(tài)解剖基礎(chǔ)理論知識和系統(tǒng)分類基礎(chǔ)理論知識。還需充分利用學校的植物資源,對其分布進行較為詳細的調(diào)查,將校園中的植物進行掛牌標識,同時采集植物分布的圖片,最后繪制植物資源分布草圖。此外,利用去廬山進行野外實習的機會,對廬山地區(qū)的植物資料進行搜集整理,在數(shù)據(jù)庫中設(shè)立廬山地區(qū)野外實習專題,充分展示廬山植物風貌,更利于標本精確地辨識,同時編寫了《廬山野外實習手冊》,極大地方便了野外實習的教學工作,提高了學生學習興趣和野外實習教學的效果。

2.2 開發(fā)平臺

目前,中小型網(wǎng)站的快速開發(fā)廣泛采用WAMP開發(fā)平臺[7-8],即Windows+Apache+MySQL+PHP組合。Windows是操作系統(tǒng);Apache是通用的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器;mySQL是帶有基于網(wǎng)絡(luò)管理附加工具的關(guān)系數(shù)據(jù)庫;PHP是流行的對象腳本語言。

WAMP平臺采用B/S三層體系結(jié)構(gòu),即表現(xiàn)層、應(yīng)用層和數(shù)據(jù)層,其工作原理如圖1所示[9-10]。在實際運行過程中,用戶在表現(xiàn)層(客戶端)瀏覽器中以提交表單的方式向應(yīng)用層提出請求,Web服務(wù)器(即Apache服務(wù)器)接到請求并通過服務(wù)器端PHP程序處理相關(guān)請求,若接到數(shù)據(jù)請求,則通過MySQL數(shù)據(jù)庫服務(wù)器在數(shù)據(jù)庫中查詢數(shù)據(jù),并將查詢結(jié)果處理返回給客戶端瀏覽器。

圖1 B/S三層結(jié)構(gòu)體系

2.3 數(shù)據(jù)模型的建立

現(xiàn)有的數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)均是基于某種數(shù)據(jù)模型的。由于WAMP開發(fā)平臺采用MySQL數(shù)據(jù)庫,該數(shù)據(jù)庫采用的數(shù)據(jù)模型是關(guān)系模型。關(guān)系模型是將數(shù)據(jù)看成一張規(guī)范化的二維關(guān)系表,關(guān)系模型具有數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)簡單、清晰,易于掌握等特點,成為目前重要的一種數(shù)據(jù)模型[11]。因此,藥用植物學資源數(shù)據(jù)庫采用關(guān)系模型作為數(shù)據(jù)模型。

2.4 數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的設(shè)計與實現(xiàn)

建立植物數(shù)據(jù)庫首先要分析植物有哪些信息應(yīng)該被包含在數(shù)據(jù)庫中[12],關(guān)系型數(shù)據(jù)記錄的是各類實體以及實體間的聯(lián)系。在植物學中,對植物有科學的等級分類,由大到小主要有:門、綱、目、科、屬、種[13],具有明顯的層次關(guān)系。

在目前的植物信息系統(tǒng)中,一般將植物作為實體[14]。這種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)存在兩個問題,一是對于分類的層次關(guān)系表達不明確;二是數(shù)據(jù)存在潛在的不一致的隱患,每種植物都有它所屬門、綱、目、科、屬等分級信息的記錄,而有些植物的分類相同,那它們的分類信息必然相同,而這種數(shù)據(jù)的重復記錄就會帶來潛在的數(shù)據(jù)不一致,造成數(shù)據(jù)的不穩(wěn)定。

在目前的植物信息系統(tǒng)中,還存在另外一種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),就是將門、綱、目、科、屬、種等各個分類作為不同的實體[15]。這種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)解決了上面的層次關(guān)系表達不明確和數(shù)據(jù)重復記錄的兩個問題,但存在自身的缺點:一是代價增加,功能越強大所需的花銷也越大,網(wǎng)頁程序編寫量也大大增加,這與院系學生有限的精力、數(shù)據(jù)庫需求相沖突;二是數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)太細致化,同時導致數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)龐大,不靈活,而院系的實際教學過程中,考慮各方面情況,不需要諸如亞門、亞綱等分類,數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)無需太細致。

綜合起來,為解決這些問題,在數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中,采用一種折中的方法,即設(shè)計兩種實體類型,將門、綱、目、科、屬、種等分類與物種相區(qū)別。分類的屬性主要有中文名和拉丁名;物種的屬性主要包括種的名稱信息(包括種的拉丁名、中文名和別名)、形態(tài)特征、藥用部位和藥用功效等。這些屬性在實際應(yīng)用中還可以進行不同的取舍。

對于實體之間的層次關(guān)系,需要設(shè)計一個字段來記錄。改進后的植物信息數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)最終實現(xiàn)見表1、2。

表1 植物分類信息

表2 植物物種信息

3 基于藥用植物資源數(shù)據(jù)庫的二次開發(fā)

建立藥用植物資源數(shù)據(jù)庫不是終極目的,而是為了促進教學。為了更大限度的利用資源,采用網(wǎng)絡(luò)的豐富形式調(diào)動學生興趣,以藥用植物資源為基礎(chǔ),針對藥用植物學的教學實際以及校園植物資源的分布情況,通過二次開發(fā),分別建立野外實習專題和以校園地圖直觀形式的校園植物檢索,與植物資源數(shù)據(jù)庫相連通,最終建立起藥用植物學資源數(shù)據(jù)庫,網(wǎng)址為www.tjflora.com。

網(wǎng)站有四個主功能,分別由“植物檢索”、“廬山實習”、“校園植物”和“課外實踐”四個欄目板塊實現(xiàn)。輔之以“首頁”和“我們”兩個欄目板塊,完成網(wǎng)站簡介及引導使用、團隊介紹和留言反饋等輔助功能。見圖2。

圖2 網(wǎng)站功能框架

網(wǎng)站6個板塊的具體功能如下所述:①“首頁”板塊主要是對網(wǎng)站和各個板塊的內(nèi)容功能進行介紹,引導用戶使用網(wǎng)站。②“植物檢索”板塊提供三種檢索植物信息的方式,分別是字母檢索、系統(tǒng)檢索和文字搜索,不同需求的用戶可以根據(jù)自己的情況選擇合適的檢索方式,快速地檢索到植物信息。在該數(shù)據(jù)庫中,錄入了收集整理四百余種藥用植物,可以在線瀏覽藥用植物所屬植物系統(tǒng)分類、藥用部位、藥材名稱、中藥功效和校園分布等內(nèi)容。③“廬山實習”板塊可以檢索關(guān)于廬山野外實習的植物,涵蓋藥用植物學野外實習所要求掌握的植物,適應(yīng)野外實習的要求。針對野外實習,一方面加入學生實習活動照片和實習地區(qū)風光,另一方面添加野外實習安全、標本制作等方面的指導文章,還可以根據(jù)院校的特點加入學生的實習心得,形成野外實習專題,借助網(wǎng)頁技術(shù)營造實習的氣氛,讓學生在熟悉的實習氛圍中學習,提高學生的學習興趣。④“校園植物”板塊以三級地圖的形式形象地展示校園植物。首先,以3D的一級校園整體地圖對校園進行優(yōu)美宏觀展示,用戶可以根據(jù)對校園位置的熟悉快速點擊想要查看的區(qū)域;之后,進入更細致的2D平面校園地圖進行更清晰的定位查找;進入具體的區(qū)域后,可以看到實物照片形成的地圖,用戶可以很直觀便捷地看到想要查看的植物;點擊植物后,鏈接到該藥用植物的信息網(wǎng)頁,每一種藥用植物的網(wǎng)頁中包括其形態(tài)特征的描述、產(chǎn)地分布的介紹、校園位置的標注以及藥用價值的說明,并附有多張該種藥用植物不同部位形態(tài)特征的數(shù)碼照片。以校園地圖的形式形象直觀地展示校園植物物種分布,幫助學生了解學校植物物種分布,并可以快速檢索植物,提高檢索和學習植物的效率。⑤“課外實踐”板塊可以查看文章,并可以下載附件,老師和學生可以發(fā)布活動情況或活動經(jīng)驗,增加與學生的聯(lián)系,為學生提供更多的電子信息。⑥“我們”板塊分兩個二級欄目,分別是:“關(guān)于我們”欄目介紹了院系的相關(guān)情況;“留言”欄目主要是讓網(wǎng)站使用者發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)存在問題時可以留言反饋,幫助提高數(shù)據(jù)的準確性。

4 結(jié)束語

結(jié)合院校的教學要求實際情況,運用植物學知識對藥用植物學資源數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)進行分析,明確數(shù)據(jù)庫的實用性和教學性等特點,使之更好地與數(shù)據(jù)相結(jié)合,從而建立起藥用植物學資源數(shù)據(jù)庫。應(yīng)用校園藥用植物資源數(shù)據(jù)庫,實現(xiàn)了傳統(tǒng)分類資料的數(shù)字化、網(wǎng)絡(luò)化,極大地提高了植物信息查詢效率,并實現(xiàn)了數(shù)據(jù)資源的網(wǎng)絡(luò)共享。同時,以校園藥用植物資源數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ)進行拓展,利用現(xiàn)代網(wǎng)絡(luò)技術(shù),建立野外實習專題頁面和以校園地圖形式等多種方式,提高學生的學習興趣,從而促進對植物學知識的掌握,給藥用植物學教學帶來積極推動作用。

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