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檉柳過氧化物酶基因的序列分析及山新楊遺傳轉(zhuǎn)化研究

2012-04-29 09:46:57郭曉紅洪艷華韓文革鄭桂萍呂艷東
湖北農(nóng)業(yè)科學(xué) 2012年3期
關(guān)鍵詞:遺傳轉(zhuǎn)化檉柳

郭曉紅 洪艷華 韓文革 鄭桂萍 呂艷東

摘要:對剛毛檉柳(Tamarix hispida)的過氧化物酶基因(ThPOD)全長序列進(jìn)行分析,結(jié)果表明,該基因全長為1 376 bp,包含一個(gè)1 086 bp的開放閱讀框,可編碼361個(gè)氨基酸殘基,蛋白分子質(zhì)量為39.3 ku。根據(jù)ThPOD基因保守序列設(shè)計(jì)特異引物克隆該基因,并成功構(gòu)建了pROKⅡ-ThPOD植物過表達(dá)載體,利用農(nóng)桿菌介導(dǎo)法轉(zhuǎn)化山新楊(Populus davidiana × P. bolleana),經(jīng)PCR和Northern blot鑒定,初步證明外源基因ThPOD已整合到山新楊的基因組中并在轉(zhuǎn)錄水平上進(jìn)行了表達(dá)。

關(guān)鍵詞:檉柳(Tamarix hispida);過氧化物酶基因(ThPOD);山新楊(Populus davidiana × P. bolleana);遺傳轉(zhuǎn)化

中圖分類號:S793.5;Q554+.6文獻(xiàn)標(biāo)識碼:A文章編號:0439-8114(2012)03-0615-05

Sequence Analysis of Peroxidase Gene from Tamarix hispida and Its Transformation Into Populus davidiana ×P. bolleana

GUO Xiao-hong,HONG Yan-hua,HAN Wen-ge,ZHENG Gui-ping,L?譈 Yan-dong

(College of Agricultural Sciences, Heilongjiang Bayi Agricultural University,Daqing 163319,Heilongjiang, China)

Abstract: The sequence of ThPOD gene isolated from Tamarix hispida root cDNA library was analyzed and it was showed that the sequence length of ThPOD was 1 376 kb containing a 1 086 bp ORF. The protein molecular quality of ThPOD was 39.3 ku with 361 amino acids. The gene was cloned from the specific primers designed according to the conserved sequences of ThPOD. Plant over-expression vector pROKⅡ-ThPOD was constructed; And the ThPOD gene was transformed into Populus davidiana × P. bolleana through Agrobacterium-mediated genetic transformation. PCR and Northern blot results showed that ThPOD was integrated into the genome and the transformed gene was expressed at the transcription level.

Key words: Tamarix hispida; ThPOD; Populus davidiana × P. bolleana; transformation

過氧化物酶(Peroxidase,POD,EC1.11.1.7)是廣泛存在于動(dòng)物、植物和微生物體內(nèi)的一類氧化還原類酶,主要與過氧化氫的清除有關(guān)[1]。該酶參與眾多的植物生理過程,在植物的生長發(fā)育、抵御生物和非生物脅迫方面起著一定作用[2-6]。目前,已對模式植物如擬南芥、水稻、煙草等的過氧化物酶的基因序列、表達(dá)模式、酶學(xué)性質(zhì)及生理功能等方面進(jìn)行了研究[7-9],但在木本植物中鮮有報(bào)道。

剛毛檉柳(Tamarix hispida)屬檉柳科檉柳屬,廣泛分布于礫石戈壁、粘土、沙土、流沙及各種不同程度的鹽漬化土壤,具有抗旱、耐鹽堿、耐沙埋、耐貧瘠的特點(diǎn),是荒漠地區(qū)鹽漬化沙地上良好的固沙造林樹種,也是進(jìn)行植物抗干旱和耐鹽堿基因克隆的理想材料之一。ThPOD是從NaCl脅迫條件下剛毛檉柳根的cDNA文庫中分離到的編碼過氧化物酶的基因,屬于植物過氧化物酶基因家族成員之一,能夠被干旱、鹽和冷及重金屬(CdCl2)等非生物脅迫因子所誘導(dǎo),且能保護(hù)大腸桿菌細(xì)胞免于非生物脅迫[10-12]。本研究對前期研究獲得的ThPOD序列進(jìn)行了生物信息學(xué)分析,并利用農(nóng)桿菌葉盤法將該基因轉(zhuǎn)入山新楊(Populus davidiana × P. bolleana),以期為進(jìn)一步研究過氧化物酶在植物對逆境的響應(yīng)等的分子調(diào)控機(jī)理以及利用基因工程技術(shù)改良林木品種奠定基礎(chǔ)。

1材料與方法

1.1材料和試劑

根癌農(nóng)桿菌(Agrobacterium tumefaciens)EHA105、大腸桿菌(Escherichia coli)JM109菌株為東北林業(yè)大學(xué)林木遺傳育種國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室保存;植物表達(dá)載體pROKⅡ由山東農(nóng)業(yè)大學(xué)張慧教授惠贈(zèng);pMD18T- ThPOD質(zhì)粒、pET32a-ThPOD質(zhì)粒由東北林業(yè)大學(xué)林木遺傳育種國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室姜靜教授惠贈(zèng);限制性內(nèi)切酶BamHⅠ和SacⅠ、Ex Taq、T4 DNA Ligase等購自MBI,質(zhì)粒(小量)提取試劑盒、膠回收試劑盒購自上海華舜生物工程有限公司,DNA Marker DL 2000購自寶生物工程(大連)有限公司??敲顾兀ǎ耍幔睿幔恚悖椋?Sulfate,Km)購自Sigma公司,其他化學(xué)試劑等購自國內(nèi)生產(chǎn)廠家,均為分析純。

1.2方法

1.2.1ThPOD序列生物信息學(xué)分析用NCBI的ORF(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)軟件尋找ThPOD的開放閱讀框;采用ExPASy的ProtParam Tool(http://www.expasy.ch/tools/protparam.html)分析ThPOD的理化性質(zhì);用Prosite軟件(http://au.expasy.org/pro-site)預(yù)測編碼蛋白的特定功能位點(diǎn);Predictprotein預(yù)測ThPOD氨基酸序列的二級結(jié)構(gòu)(http://www.predictprotein.org);用Signal P 3.0 Server(http://www.cbs.dtu.dk/services/Signal P)進(jìn)行蛋白質(zhì)序列中信號肽的預(yù)測分析。

1.2.2ThPOD基因的分離根據(jù)已獲得的ThPOD基因保守序列,利用Oligo6.0軟件設(shè)計(jì)一對PCR特異擴(kuò)增引物擴(kuò)增ThPOD的開放閱讀框,由上海英駿生物技術(shù)有限公司合成。上下游引物序列分別為:上游引物5′-ATCGGGATCCATGGCCTTCAAGATCA

TCAGCAGT-3′,下游引物5′-GAGCTCTTAGTATTC

TGACCGCCTTCCATAC-3′(劃線部分分別為Bam HⅠ和SacⅠ的酶切位點(diǎn))。PCR反應(yīng)體系為20 μL,包括10×PCR Buffer 2 μL、2.5 mmol/L dNTPs、10 U/μL ExTaq、上下游引物各5 mol/L、模板pMD18T-ThPOD 60 ng。PCR擴(kuò)增條件為:94 ℃預(yù)變性3 min;94 ℃變性30 s,56 ℃退火45 s,72 ℃延伸60 s,30個(gè)循環(huán);72 ℃,7 min。

1.2.3植物表達(dá)載體的構(gòu)建及鑒定質(zhì)粒pMD18T-ThPOD經(jīng)限制性內(nèi)切酶BamHⅠ和SacⅠ消化后回收小片段,植物表達(dá)載體pROKⅡ經(jīng)BamHⅠ和SacⅠ消化后回收大片段,將兩個(gè)片段經(jīng)T4連接酶連接。連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化大腸桿菌JM109感受態(tài)細(xì)胞,在含50 mg/L Km的LB平板上篩選陽性菌落,堿裂解法提取質(zhì)粒,利用PCR、酶切及測序進(jìn)一步確認(rèn)目的片段是否連接到pROKⅡ載體上。將PCR擴(kuò)增、酶切鑒定均為陽性及測序正確的質(zhì)粒命名為pROKⅡ-ThPOD。重組質(zhì)粒pROKⅡ-ThPOD通過電擊法轉(zhuǎn)入根癌農(nóng)桿菌EHA105感受態(tài)細(xì)胞,在含有50 mg/L Rif和50 mg/L Km的YEB平板上篩選陽性克隆,使用堿裂解法提取質(zhì)粒并進(jìn)行酶切鑒定。

1.2.4農(nóng)桿菌介導(dǎo)的山新楊遺傳轉(zhuǎn)化菌種的活化和工程菌液的制備按文獻(xiàn)[13]所述方法進(jìn)行,參照文獻(xiàn)[14,15]的方法進(jìn)行遺傳轉(zhuǎn)化。

1.2.5轉(zhuǎn)基因山新楊植株的檢測①DNA提取及PCR的檢測。取轉(zhuǎn)化的山新楊植株幼嫩葉片,CTAB法提取總DNA。10 μL PCR反應(yīng)體系包括:10×PCR Buffer 1.0 μL,MgCl2 0.6 μL,上下游引物(5 mmoL/L)各1.0 μL,dNTPs(2.5 mmoL/L)0.8 μL,Ex Taq(10 U/μL)0.2 μL,模板DNA(50 ng)1.0 μL。PCR反應(yīng)程序?yàn)椋海梗?℃預(yù)變性5 min;94 ℃變性40 s,56 ℃退火40 s,72 ℃延伸1 min,30個(gè)循環(huán);72 ℃保溫7 min。PCR 產(chǎn)物用1.5%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,以pROKⅡ-ThPOD質(zhì)粒為陽性對照,以未經(jīng)轉(zhuǎn)化的山新楊植株試管苗總DNA為陰性對照,同時(shí)設(shè)純水對照,對轉(zhuǎn)化再生植株進(jìn)行PCR擴(kuò)增檢測。②Northern印跡雜交檢測。采用SDS法[16]提取轉(zhuǎn)基因和非轉(zhuǎn)基因?qū)φ丈叫聴畹目偅遥危?,在0.8%的甲醛變性膠上進(jìn)行電泳,采用虹吸法將RNA轉(zhuǎn)移到尼龍膜上,按標(biāo)準(zhǔn)的Northern印跡法進(jìn)行雜交和檢測[17]。

2結(jié)果與分析

2.1檉柳ThPOD基因生物信息學(xué)分析

2.1.1cDNA及氨基酸序列分析ThPOD全長為1 376 bp,其中5端非翻譯區(qū)163 bp,3端非翻譯區(qū)96 bp,1 347-1 376位為Poly(A)尾(圖1)。開放閱讀框編碼由361個(gè)氨基酸殘基組成的多肽。氨基酸序列的分子量為39.3 ku,理論等電點(diǎn)為6.59。編碼的蛋白為酸性蛋白質(zhì)。負(fù)電荷殘基(Asp+Glu)數(shù)為35,正電荷殘基(Arg+Lys)數(shù)為34個(gè),不穩(wěn)定系數(shù)為37.17,為穩(wěn)定的蛋白質(zhì)。

2.1.2ThPOD二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測和分析用SOPMA預(yù)測ThPOD氨基酸序列的二級結(jié)構(gòu)(圖2),α-螺旋和不規(guī)則卷曲是ThPOD主要的結(jié)構(gòu)元件,而β-轉(zhuǎn)角和延伸鏈則散布于整個(gè)蛋白質(zhì)中。統(tǒng)計(jì)表明,ThPOD的二級結(jié)構(gòu)由39.61%的α-螺旋、39.34%的不規(guī)則卷曲、16.07%的延伸鏈和4.99%的β-轉(zhuǎn)角組成。與豇豆、菠菜、煙草、大戟屬和擬南芥POD的二級結(jié)構(gòu)相同,這說明POD的二級結(jié)構(gòu)是高度保守的,與劉穩(wěn)等[18]報(bào)道的結(jié)果一致。

2.1.3其他預(yù)測結(jié)果SMART和ScanProsite分析結(jié)果表明,ThPOD還具有過氧化物酶超家族的其他特征基序,如4個(gè)保守的二硫化物橋(51-132,84-89,138-333,218-245)和2個(gè)保守的鈣綁定位點(diǎn)(212,265)。除此之外,該基因包含4個(gè)N-糖基化位點(diǎn)(110-113,NLTL;186-189,NATT;252-255,NTTV;301-304:NQSL),4個(gè)蛋白激酶C磷酸化位點(diǎn)(112-114,TLR; 233-235,TDK; 290-292,TTK; 340-342,SFK),6個(gè)酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位點(diǎn)(137-140,SCAD; 254-257, TVLD; 280-283, TSDE; 281-284,SDED; 325-328,TQQE; 345-348,SVVD),2個(gè)氨基化位點(diǎn)(162-165,LGRR;355-358,YGRR),一個(gè)依賴于cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位點(diǎn)(164-167,RRDS)和5個(gè)肉豆蔻?;稽c(diǎn)(41-46,GLSWSF;71-76,GQAAGL;88-93,GCDGSV;219-224,GSFTNW;277-282,GLFTSD)。此外,該基因所編碼的蛋白為分泌型蛋白且有信號肽。

2.2ThPOD基因開放閱讀框的獲得

以質(zhì)粒pMD18T-ThPOD為模板,用設(shè)計(jì)的特異引物進(jìn)行PCR,擴(kuò)增出長約1 086 bp的DNA片段(圖3),與預(yù)期的片段長度相符,陰性對照沒有擴(kuò)增出條帶,初步確定獲得的片段為ThPOD基因的開放閱讀框。

2.3ThPOD基因植物表達(dá)載體的構(gòu)建及鑒定

PCR產(chǎn)物及pROKⅡ載體經(jīng)BamHⅠ和SacⅠ進(jìn)行雙酶切后,連接并轉(zhuǎn)化E. coli JM109,在含有50 μg/mL Km的平板上挑取陽性菌落,LB液體培養(yǎng)基培養(yǎng)并抽提質(zhì)粒,利用特異引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,質(zhì)粒擴(kuò)增結(jié)果與以pMD18T-ThPOD質(zhì)粒為模板擴(kuò)增得到的片段大小一致(圖略);同時(shí)利用BamHⅠ和SacⅠ對質(zhì)粒進(jìn)行雙酶切,結(jié)果顯示在1 086 bp處有一特異片段(圖4),表明目的片段已成功地插入表達(dá)載體。經(jīng)序列測定證實(shí)插入片段為ThPOD開放閱讀框序列,且序列完全、正確。

2.4農(nóng)桿菌介導(dǎo)的山新楊遺傳轉(zhuǎn)化

采用電轉(zhuǎn)化法將pROKⅡ-ThPOD載體直接轉(zhuǎn)化農(nóng)桿菌EHA105,用ThPOD基因的特異引物PCR擴(kuò)增鑒定農(nóng)桿菌質(zhì)粒中目的基因的存在。從圖5可知農(nóng)桿菌質(zhì)粒與大腸桿菌質(zhì)粒PCR結(jié)果相一致,說明植物表達(dá)載體pROKⅡ-ThPOD已轉(zhuǎn)化到農(nóng)桿菌中。經(jīng)愈傷誘導(dǎo)、共培養(yǎng)、篩選、預(yù)分化、分化得到17株轉(zhuǎn)基因山新楊苗。

2.5轉(zhuǎn)基因山新楊的檢測

用CTAB法提取17株轉(zhuǎn)基因植株及非轉(zhuǎn)基因?qū)φ罩仓甑幕蚪MDNA,以此為模板,用ThPOD基因開放閱讀框的特異引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,檢測ThPOD是否整合到了山新楊基因組中。以非轉(zhuǎn)化植株和純水做陰性對照,所得瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果見圖6。從圖6可以看出,17個(gè)卡那霉素抗性植株中有14株可以擴(kuò)增出目的條帶,而非轉(zhuǎn)化植株和純水陰性對照中均沒有擴(kuò)增出產(chǎn)物,結(jié)果初步證明已獲得14株含外源ThPOD基因的山新楊轉(zhuǎn)化植株,將其分別命名為TL1-TL14。

為檢測陽性轉(zhuǎn)基因植株在轉(zhuǎn)錄水平的表達(dá),以非轉(zhuǎn)基因山新楊植株為陰性對照,對陽性轉(zhuǎn)基因植株進(jìn)行Northern blot分析。采用CTAB法提取轉(zhuǎn)基因(TL1,TL3,TL5,TL8,TL12)和非轉(zhuǎn)基因山新楊葉片總RNA,用DNaseⅠ消化后經(jīng)凝膠電泳檢測符合實(shí)驗(yàn)要求(圖7)。采用DIG標(biāo)記的ThPOD的特異性探針進(jìn)行Northern blot,結(jié)果表明檉柳ThPOD在轉(zhuǎn)基因山新楊植株的葉片中進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄,非轉(zhuǎn)基因植株未出現(xiàn)雜交信號。

3結(jié)論與討論

過氧化物酶目前已在棉花[19]、小麥[20]、甘薯[21]、針葉樹[22]等植物中分離。在高等植物中,過氧化物酶是被多基因家族編碼的,過氧化物酶超家族的所有成員均參與以過氧化氫作為電子受體的多步氧化反應(yīng),該類酶主要存在于植物的細(xì)胞外和液泡膜空間,參與過氧化氫的脫毒、植物激素代謝、木質(zhì)素的生物合成和脅迫反應(yīng)[1]。研究表明ThPOD響應(yīng)于鹽、冷、干旱、重金屬脅迫及ABA處理,與植物抗逆性的調(diào)控相關(guān)。因此可以推斷ThPOD是一個(gè)與逆境脅迫相關(guān)的基因[11,12]。生物信息學(xué)分析表明,ThPOD基因具有過氧化物酶超家族的特征基序,其二級結(jié)構(gòu)也是高度保守的。

對過氧化物酶基因進(jìn)行基因工程研究已經(jīng)取得了一定的成果。Kim等[23]通過農(nóng)桿菌介導(dǎo)法將甜薯過氧化物酶基因(swpa4)轉(zhuǎn)入煙草植株中,轉(zhuǎn)基因植株過氧化物酶活性是對照植株酶活的50倍,該基因的過表達(dá)能夠提高煙草對鹽脅迫、氧化脅迫以及干旱脅迫的耐性,并推測該基因在過氧化氫調(diào)控的脅迫響應(yīng)信號通路中可能起到一個(gè)有利的防御信號的作用。可見采用基因工程手段,通過過量表達(dá)可清除活性氧自由基的抗氧化解毒酶,可以提高植物抗氧化脅迫的能力,繼而提高植物耐性。本研究將克隆獲得的ThPOD基因開放閱讀框構(gòu)建到植物表達(dá)載體pROKⅡ中CaMV35S啟動(dòng)子的下游,構(gòu)建了ThPOD基因過表達(dá)載體,通過農(nóng)桿菌介導(dǎo)法轉(zhuǎn)化山新楊,共獲得17個(gè)卡那霉素抗性植株,PCR檢測結(jié)果顯示其中14個(gè)轉(zhuǎn)化植株為陽性,從中選?。祩€(gè)轉(zhuǎn)化子進(jìn)行Northern blot鑒定,結(jié)果證實(shí)ThPOD基因已經(jīng)整合到山新楊基因組中并能夠轉(zhuǎn)錄出mRNA。本研究為進(jìn)一步研究該基因的生物學(xué)功能,并深入了解過氧化物酶在植物對逆境的響應(yīng)等方面的分子調(diào)控機(jī)理以及利用基因工程技術(shù)改良林木品種奠定了基礎(chǔ)。

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(責(zé)任編輯向闈)

收稿日期:2011-08-12

基金項(xiàng)目:黑龍江省教育廳科學(xué)技術(shù)研究面上項(xiàng)目(11551318);黑龍江八一農(nóng)墾大學(xué)博士啟動(dòng)基金(B2010-5)

作者簡介:郭曉紅(1980-),女,黑龍江寧安人,講師,博士,主要從事植物分子生物學(xué)研究,(電子信箱)dongjingcheng2002@yahoo.com.cn;

通訊作者,呂艷東,副研究員,博士,主要從事植物基因工程及水稻節(jié)水灌溉研究,(電子信箱)luyandong336@sohu.com。

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高削坡高陡坡檉柳扦插生態(tài)實(shí)驗(yàn)研究
轉(zhuǎn)檉柳冷適應(yīng)蛋白基因水稻的獲得及抗冷性分析
HPLC法測定蒙藥材檉柳中綠原酸的含量
多毛番茄冷誘導(dǎo)轉(zhuǎn)錄因子CBF1轉(zhuǎn)化番茄的研究
番茄黃化曲葉病毒Rep基因植物表達(dá)載體的構(gòu)建及對番茄的遺傳轉(zhuǎn)化
蘸花法在植物遺傳轉(zhuǎn)化上的應(yīng)用研究進(jìn)展
農(nóng)桿菌介導(dǎo)的旱稻遺傳轉(zhuǎn)化主要影響因素
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