曹浩然,梁懿婷,黃金晨,張希成,施嘉怡,黃奕,何金波,李曼,余滋中,李國(guó)義
[1.湖北醫(yī)藥學(xué)院,湖北 十堰 442000;2.十堰市太和醫(yī)院(湖北醫(yī)藥學(xué)院附屬醫(yī)院) 麻醉科,湖北 十堰 442000;3.十堰市太和醫(yī)院(湖北醫(yī)藥學(xué)院附屬醫(yī)院) 耳鼻咽喉科,湖北 十堰 442000]
COVID-19 的出現(xiàn)導(dǎo)致全球范圍內(nèi)持續(xù)性腫瘤患者照護(hù)減少?gòu)亩豢杀苊獾某霈F(xiàn)患者死亡率增高。但是,我們可以采取更具創(chuàng)新性的解決辦法來(lái)加強(qiáng)公共衛(wèi)生和預(yù)防措施,輔助治療的手段可以從傳統(tǒng)的方法邁向基因靶向治療與預(yù)測(cè)的階段,因此對(duì)目標(biāo)腫瘤診斷標(biāo)志物的篩選與分析相關(guān)腫瘤患者的預(yù)后情況有著重要的研究目的。
CPEB4 是CPEB 家族的成員之一,定位于人染色體5q21,相對(duì)分子質(zhì)量為80021,長(zhǎng)度為7 769 bp,編碼一段含729 個(gè)氨基酸殘基的多肽[1]。有研究證明CPEB4通過(guò)正向調(diào)節(jié)t-纖溶酶原激活劑/PLAT的翻譯,可作為促進(jìn)腫瘤生長(zhǎng)和進(jìn)展的癌基因發(fā)揮作用[2]。CPEB4既可激活蛋白質(zhì)翻譯也可以抑制一些靶基因的翻譯,CPEB4 蛋白具有促進(jìn)mRNA 的翻譯,影響細(xì)胞周期蛋白、細(xì)胞分裂、腫瘤細(xì)胞遷移和侵襲能力[3-4]。CPEB4結(jié)合的mRNA主要包括Ras信號(hào)通路中的相關(guān)分子、染色質(zhì)重塑相關(guān)蛋白、細(xì)胞周期蛋白、凋亡相關(guān)分子、壓力和炎癥相關(guān)因子、代謝酶及侵襲轉(zhuǎn)移相關(guān)基因等[5]。在如今越來(lái)越多的研究證明CPEB4與腫瘤的發(fā)生有著顯著的相關(guān)性,CPEB4的過(guò)表達(dá)存在于許多種類的腫瘤中,例如膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(GBM)、胰腺癌(PAAD)、皮膚黑色素瘤(SKCM)、結(jié)直腸癌(CRC)、腎透明細(xì)胞癌(KIRC)、子宮內(nèi)膜癌(UCEC)等均存在過(guò)表達(dá)現(xiàn)象[6]。研究發(fā)現(xiàn)GBM 中CPEB4 表達(dá)與晚期和較短的總生存期相關(guān)且CPEB4表達(dá)上調(diào)與世界健康組織(WHO)分級(jí)、卡氏功能狀態(tài)評(píng)分標(biāo)準(zhǔn)(KPS)顯著相關(guān),CPEB4 過(guò)表達(dá)促進(jìn)了GBM 的進(jìn)展,其高表達(dá)可促進(jìn)GBM 細(xì)胞的侵襲和轉(zhuǎn)移,而低表達(dá)可抑制細(xì)胞的轉(zhuǎn)移,故CPEB4 可能是一種更具侵襲性的GBM 表型的生物標(biāo)志物[7-9]。研究發(fā)現(xiàn)胃腺癌(STAD)中CPEB4 低表達(dá)患者預(yù)后差于高表達(dá)患者,CPEB4還可以通過(guò)激活zeb1 介導(dǎo)的EMT 促進(jìn)STAD 細(xì)胞的生長(zhǎng)、侵襲和轉(zhuǎn)移,從而可能為癌癥患者的臨床新靶點(diǎn)的開(kāi)發(fā)提供依據(jù)[10-11]。萬(wàn)仁輝等[12]研究發(fā)現(xiàn)CPEB4 蛋白在多數(shù)CRC組織中呈陽(yáng)性表達(dá),其陽(yáng)性表達(dá)可能與CRC的發(fā)生發(fā)展有一定相關(guān)性且陽(yáng)性表達(dá)的CRC 患者預(yù)后較差。CPEB4在多種腫瘤中異常高表達(dá),作為致癌因子在腫瘤生長(zhǎng)、侵襲及血管生成中發(fā)揮作用,然而在肝癌和非小細(xì)胞肺癌中則相反[13-15]。因此需要整合33種腫瘤的突變數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)等,對(duì)其一一進(jìn)行精細(xì)分析并觀察CPEB4 蛋白在哪些腫瘤中有相關(guān)性亦或起正負(fù)反饋的作用。
筆者基于各領(lǐng)域腫瘤研究的基礎(chǔ)上,探究CPEB4 在各個(gè)腫瘤中的臨床病理特征與臨床預(yù)后價(jià)值,使用Meta分析共納入5類癌癥(1種GBM、1種STAD、2 種非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)、2 種CRC、1 種KIRC癌)分別對(duì)其臨床數(shù)據(jù)進(jìn)行整合,根據(jù)差異性摘選出有意義的結(jié)果并判斷結(jié)局指標(biāo)是否具有參考價(jià)值;在泛癌差異分析中,拓展出更多的腫瘤中CPEB4 表達(dá)含量與其之間的深層關(guān)系并判斷在哪些腫瘤中與正常組織表達(dá)具有顯著差異,在哪些癌癥患者中具有較高的預(yù)后價(jià)值并探究是否可發(fā)展為臨床腫瘤病理分級(jí)診斷指標(biāo)。
1.1.1 文獻(xiàn)檢索途徑 綜合檢索在PubMed、知網(wǎng)、萬(wàn)方、維普等數(shù)據(jù)庫(kù)中的文獻(xiàn),選擇”CPEB4”AND “cancer”O(jiān)R “tumor”O(jiān)R“neoplasm”O(jiān)R“phyma”遵循《系統(tǒng)綜述和薈萃分析優(yōu)先報(bào)告條目》(PRISMA)[2]系統(tǒng)回顧,并手動(dòng)查閱了相關(guān)的參考文獻(xiàn)以便精確化納入研究。
1.1.2 納入與排除標(biāo)準(zhǔn) 納入CPEB4 與癌癥相關(guān)的研究,根據(jù)文章是否有足夠的臨床患者病理情況的數(shù)據(jù)并遵循隨機(jī)對(duì)照試驗(yàn)作為標(biāo)準(zhǔn),導(dǎo)入文獻(xiàn)管理器篩選并刪除各數(shù)據(jù)庫(kù)的重復(fù)與缺失臨床相關(guān)數(shù)據(jù)的文獻(xiàn)。
1.1.3 數(shù)據(jù)提取與質(zhì)量評(píng)價(jià) 由兩人對(duì)16 篇文章提取出文章第一作者、國(guó)籍、發(fā)表年限、腫瘤類型、患者性別、患者數(shù)量、腫瘤分化程度、腫瘤情況、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移程度以及具體的TNM 分期進(jìn)行篩選統(tǒng)計(jì),如果出現(xiàn)分歧由第三方仲裁決定。為實(shí)現(xiàn)Meta 生存分析,對(duì)生存資料提取,獲取95%CI 的上下限和LogHR 值,計(jì)算出SE 標(biāo)準(zhǔn)值匯入表中。使用Engauge Digitizer10.8 軟件匯總相關(guān)腫瘤患者的生存(KM)曲線,直觀檢測(cè)出CPEB4 是否為一個(gè)良好的預(yù)后因素。采用Cochrane 評(píng)估工具從以下六個(gè)維度評(píng)估每個(gè)RCT的偏倚風(fēng)險(xiǎn):隨機(jī)序列的產(chǎn)生、分布隱藏、盲性、結(jié)果數(shù)據(jù)不完整、選擇性報(bào)告和其他偏倚[16]。
1.1.4 文獻(xiàn)篩選流程及納入結(jié)果 在數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索出194 篇與CPEB4 和腫瘤相關(guān)的文獻(xiàn),篩重后共排除132 篇重復(fù)文獻(xiàn),對(duì)摘要、文章內(nèi)容、臨床數(shù)據(jù)進(jìn)行審查后通過(guò)定性定量合成最后獲得16 篇文章納入Meta分析(圖1),包括1 949例腫瘤患者進(jìn)行薈萃分析,研究的癌癥類型包括:KIRC、NSCLC、肺鱗狀細(xì)胞癌(LUSC)、GBM、CRC、結(jié)腸腺癌(COAD)、STAD。
圖1 文獻(xiàn)納入流程圖
1.2.1 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析 采用干預(yù)性系統(tǒng)評(píng)價(jià)中二分類變量對(duì)患者的腫瘤分化程度(圖2A)、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移情況(圖2B)、腫瘤直徑(圖2C)、TNM 分期(圖2D)與CPEB4 表達(dá)的關(guān)系進(jìn)行定量合成,四組分析中控制組與對(duì)照組差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),均以(比值比)作為效應(yīng)量。用Review Manager 5.4 對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行薈萃分析,結(jié)果以森林圖進(jìn)行展現(xiàn),使用I2統(tǒng)計(jì)量和卡方檢驗(yàn)[5]評(píng)估異質(zhì)性作為異質(zhì)性評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn),采用固定效應(yīng)模型對(duì)單項(xiàng)研究合并效應(yīng)量及其相應(yīng)可信區(qū)間,若存在明顯異質(zhì)性(I2>50%且P<0.05),則采用隨機(jī)效應(yīng)模型。結(jié)果以P-value<0.05 為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。為了評(píng)判是否具有發(fā)表偏倚,對(duì)納入10 篇文獻(xiàn)以上的研究[6]采用Begg's 和Egger's 檢驗(yàn)對(duì)漏斗圖的對(duì)稱性進(jìn)行定量分析。
圖2 CPEB4 與腫瘤分化程度、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、腫瘤大小、TMN 分期的Meta 分析
1.2.2 CPEB4 表達(dá)與預(yù)后的關(guān)系 結(jié)果顯示CPEB4 在腫瘤高分化和中分化、同側(cè)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、腫瘤最大徑>5 并侵襲任一器官、TNM 分期為Ⅲ或Ⅳ分期表達(dá)含量較高,且結(jié)果屬于低異質(zhì)性(I2<30%)具有較強(qiáng)可靠性。研究結(jié)果均為總體生存期(OS),利用Engauge Digitizer10.8 軟件從圖形中提取出七篇原始數(shù)據(jù)并繪制出KM 總生存曲線,以風(fēng)險(xiǎn)比值()作為時(shí)間事件結(jié)局指標(biāo),可觀測(cè)120 月內(nèi)CPEB4 高表達(dá)患者較低表達(dá)患者生存人數(shù)較少(圖3),CPEB4 為不良預(yù)后因素,但相關(guān)的研究臨床指標(biāo)較少、文獻(xiàn)數(shù)量有限,結(jié)果還有待驗(yàn)證。
圖3 CPEB4 表達(dá)與患者總生存的Meta 分析(HR)與生存曲線(OS)
提取癌癥基因組圖譜(TCGA)數(shù)據(jù)庫(kù)中的KIRC、CRC、GBM、STAD、NSCLC的臨床樣本,觀察CPEB4 表達(dá)含量在正常組樣本和腫瘤組樣本中的差異情況,驗(yàn)證Meta分析的結(jié)果,5類數(shù)據(jù)皆顯示在正常樣本中基因表達(dá)含量呈上調(diào)趨勢(shì)(含量高)且差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)(圖4)。
圖4 CPEB4 在腫瘤組與相應(yīng)癌旁組中差異對(duì)比情況
綜上所述,薈萃分析結(jié)果顯示CPEB4 呈高表達(dá)是不利于晚期的KIRC、CRC、GBM、STAD、NSCLC 患者預(yù)后的因素(=3.35;95%CI:2.69~4.18;P<0.0001);提取出文章中五個(gè)腫瘤信息,進(jìn)行單個(gè)腫瘤差異分析(圖4),結(jié)果顯示在所有正常樣本中CPEB4 都呈高表達(dá)而腫瘤樣本中表達(dá)含量較少,但是對(duì)CPEB4于患者不同臨床分級(jí)和與免疫相關(guān)的表達(dá)尚且未知。為更深入的研究,我們從TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)中提取33 種癌癥的樣本對(duì)CPEB4 進(jìn)行泛癌分析,對(duì)CPEB4 在不同腫瘤中的微觀分析與相關(guān)性比較。
2.1.1 對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)信息進(jìn)行提取與整理 以33 種類型癌癥為實(shí)驗(yàn)對(duì)象,提取TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)與UCSC Xena 數(shù)據(jù)庫(kù)中臨床生存數(shù)據(jù)、腫瘤樣本中轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)數(shù)據(jù)和突變的數(shù)據(jù),篩選掉不符合規(guī)定和缺失的數(shù)據(jù),匯總出33 種腫瘤樣本與正常樣本的對(duì)照數(shù)據(jù),接著從各腫瘤表達(dá)中將目標(biāo)基因表達(dá)含量提取出,為后期分析做準(zhǔn)備。
2.2.1 CPEB4 泛癌差異分析 通過(guò)提取的基因表達(dá)數(shù)據(jù)對(duì)33 個(gè)腫瘤樣本與正常樣本中CPEB4 表達(dá)量繪制出差異圖(圖5)。其中膀胱移行細(xì)胞癌(BLCA)、乳腺浸潤(rùn)性癌(BRCA)、膽管癌(CHOL)、COAD、食管癌(ESCA)、GBM、頭頸部鱗狀細(xì)胞癌(HNSC)、KIRC、腎乳頭狀細(xì)胞癌(KIRP)、肝細(xì)胞癌(LIHC)、LUAD、LUSC、前列腺腺癌(PRAD)、直腸腺癌(READ)、STAD、甲狀腺癌(THCA)、UCEC組織中CPEB4 呈下調(diào)趨勢(shì),表達(dá)低于正常組織;此外與正常組織相比,腎嫌色細(xì)胞癌(KICH)中CPEB4 在腫瘤組織中呈上調(diào)趨勢(shì),表達(dá)含量較高。以上結(jié)果表明,CPEB4在腫瘤組織與正常組織中表達(dá)含量差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。初步證實(shí)CPEB4 既可成為部分腫瘤的抑癌因子也可成為部分腫瘤的癌因子。
圖5 CPEB4 在泛癌中表達(dá)狀況與生存曲線
2.2.2 泛癌中CPEB4 表達(dá)與生存分析 對(duì)33 類癌癥臨床生存數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選,剔除掉生存數(shù)據(jù)信息缺失的患者,以中位基因表達(dá)為界限將患者劃分為高表達(dá)、低表達(dá)兩組,根據(jù)已有的隨訪總生存數(shù)據(jù)進(jìn)行生存分析,篩選出高低表達(dá)差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)的癌癥患者數(shù)據(jù)。如圖5,在KIRC、肉瘤(SARC)、皮膚黑色素瘤(SKCM)中CPEB4 低表達(dá)的患者較低生存率較短;而葡萄膜黑素瘤(UVM)中CPEB4 高表達(dá)患者有著較低的生存率。
為確定數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性,在Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫(kù)中,對(duì)泛癌進(jìn)行生存數(shù)據(jù)繪圖。挑選出CPEB4高低表達(dá)差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)的癌癥患者的生存曲線(圖6)。BLCA、LUSC、ESCA、THCA中CPEB4 高表達(dá)不利于患者生存;卵巢癌(OV)、KIRC中CPEB4低表達(dá)不利于患者生存。
圖6 Kaplan-Meier Plotter 數(shù)據(jù)庫(kù)中生存曲線
為進(jìn)一步驗(yàn)證基因表達(dá)與患者生存相關(guān)的準(zhǔn)確性,用Cox 分析觀測(cè)CPEB4 與患者生存狀態(tài)、較低生存率的相關(guān)性,森林圖對(duì)值可視化。CPEB4 在UVM、LUSC 中為高風(fēng)險(xiǎn)基因(>1);SKCM、SARC、KIRC、腎上腺皮質(zhì)癌(ACC)為低風(fēng)險(xiǎn)基因(<1)。綜上所述,在UVM、BLCA、LUSC、ESCA、THCA的患者中CPEB4高表達(dá)為一不利預(yù)后因素;CPEB4高表達(dá)于OV、KIRC、SARC、SKCM患者為一良好的預(yù)后因素(圖7)。
圖7 Cox 分析(OS)
2.2.3 泛癌中CPEB4 表達(dá)與臨床相關(guān)性分析 從TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)提取納入研究的臨床數(shù)據(jù),包括患者的年齡、性別、臨床分期、腫瘤大小、淋巴管浸潤(rùn)程度,進(jìn)行臨床相關(guān)性分析,設(shè)定P<0.05 為有意義的觀測(cè)數(shù)據(jù)??砂l(fā)現(xiàn)女性的CPEB4 表達(dá)量在HNSC、胸腺瘤(THYM)顯著比男性高(圖8A);BLCA、BRCA、HNSC、KIRC、THCA 中的StageⅠ患者的基因表達(dá)量大多高于其他分期且差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),CPEB4 大量存在于早期患者腫瘤細(xì)胞中(圖8B)。
圖8 CPEB4 表達(dá)與臨床相關(guān)性分析
2.2.4 泛癌中CPEB4 表達(dá)與腫瘤突變負(fù)荷(TMB)的關(guān)系 TMB定義為腫瘤基因組編碼區(qū)體細(xì)胞突變的總數(shù),從幾個(gè)到成千上萬(wàn)[17]。近年來(lái)發(fā)現(xiàn)TMB 可用于預(yù)測(cè)免疫治療療效的獨(dú)立生物標(biāo)記物,在免疫治療中的預(yù)測(cè)能力不僅限于NSCLC、SKCM 等“熱點(diǎn)腫瘤”,還能作為其它癌癥的生物標(biāo)志物[18]。本研究旨在泛癌中分析CPEB4 表達(dá)與腫瘤突變的關(guān)系,結(jié)果以雷達(dá)圖顯示(圖9A)。其中以BLCA、BRCA、HNSC、LUAD、LUSC、胰腺癌(PAAD)、STAD、THYM 腫瘤中堿基數(shù)顯著突變,僅THYM 中基因表達(dá)與腫瘤突變負(fù)荷呈正相關(guān),對(duì)免疫檢查點(diǎn)抑制的應(yīng)答反應(yīng)較好,可更好的預(yù)測(cè)免疫治療的療效。
圖9 腫瘤突變負(fù)荷與腫瘤MSI 微衛(wèi)星不穩(wěn)定分析
2.2.5 泛癌中CPEB4 表達(dá)與微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)相關(guān)性分析 MSI 在大多實(shí)體瘤中為一個(gè)重要的分子生物標(biāo)志物,有研究表明MSI 腫瘤微環(huán)境中淋巴細(xì)胞的浸潤(rùn)增多,MSI 腫瘤患者能夠獲得更好的臨床緩解,延長(zhǎng)較低生存率[19-20]。MSI腫瘤因存在高度突變的潛質(zhì),突變基因編碼翻譯的蛋白可以成為有潛力的腫瘤抗原而被免疫系統(tǒng)識(shí)別并清除[21],故推測(cè)MSI 可能與腫瘤微環(huán)境中免疫細(xì)胞相關(guān)并可預(yù)測(cè)免疫治療療效。如圖9B,在ACC、COAD、READ 中CPEB4 表達(dá)與MSI 呈正相關(guān),說(shuō)明在這些實(shí)體瘤中CPEB4 表達(dá)量越高腫瘤基因越有利于突變成腫瘤抗原基因;在BLCA、BRCA、DLBC、HNSC、LUSC、PRAD、SARC、STAD 中CPEB4 呈高表達(dá)不利于腫瘤的抗原突變。
2.2.6 泛癌中CPEB4 表達(dá)與腫瘤微環(huán)境的相關(guān)性分析 腫瘤微環(huán)境在腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)中具有促進(jìn)的作用但腫瘤微環(huán)境中也存在免疫細(xì)胞影響著癌細(xì)胞的增殖與擴(kuò)散[22]。腫瘤細(xì)胞可以調(diào)控免疫細(xì)胞的代謝,進(jìn)一步影響免疫細(xì)胞發(fā)育、分化與功能發(fā)揮,使其往促腫瘤型轉(zhuǎn)化,極大限制了抗腫瘤免疫活性。因此對(duì)腫瘤微環(huán)境的探究顯得十分重要。通過(guò)分析免疫細(xì)胞和基質(zhì)細(xì)胞的含量可預(yù)測(cè)非腫瘤細(xì)胞的浸潤(rùn)。驗(yàn)證腫瘤微衛(wèi)星不穩(wěn)定是否易被免疫系統(tǒng)識(shí)別,對(duì)22 種免疫細(xì)胞與基因表達(dá)關(guān)系進(jìn)行分析,篩選出與基因表達(dá)相關(guān)的免疫細(xì)胞(圖10)。
圖10 免疫細(xì)胞相關(guān)性分析
因此驗(yàn)證出CPEB4 在腫瘤中與免疫細(xì)胞相關(guān)性,BRCA、COAD、LIHC、LUAD、STAD、THCA、THYM、GBM等在CPEB4高表達(dá)時(shí)易被免疫系統(tǒng)識(shí)別,證明CPEB4在上述腫瘤中對(duì)腫瘤生長(zhǎng)擴(kuò)散有抑制作用;UVM、SKCM、TGCT、PRAD、ACC、BLCA、CHOL、CESC、LUSC、KIRC、HNSC 等在CPEB4 低表達(dá)時(shí)易被免疫細(xì)胞識(shí)別并抑制腫瘤生長(zhǎng)擴(kuò)散。
2.2.7 泛癌中CPEB4 與免疫和腫瘤基因的共表達(dá)分析 為更確切的說(shuō)明CPEB4 在腫瘤中的表達(dá)量與免疫相關(guān),篩選出47 個(gè)免疫相關(guān)基因,對(duì)其共表達(dá)分析(如圖11)。在UVM、THYM、UCEC、TGCT、SKCM、READ、PRAD、LUSC、LUAD、LAML、DLBC、COAD 中CPEB4 與免疫基因表達(dá)量呈正向調(diào)控;THCA、STAD、THCA、STAD、SARC、PCPG、PAAD、LIHC、LGG、KIRC、KICH、HNSC、GBM、BRCA、BLCA中CPEB4與免疫基因呈負(fù)向調(diào)控關(guān)系,不利于機(jī)體對(duì)腫瘤的免疫。進(jìn)一步證明CPEB4 參與腫瘤免疫系統(tǒng)的調(diào)控。
2.2.8 GSEA 富集分析結(jié)果 運(yùn)用R 語(yǔ)言包提取GSEA 數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)于GO 富集的數(shù)據(jù),篩選出GO 富集功能相近的前5 個(gè)通路,對(duì)差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)的通路進(jìn)行可視化且校正FDP(P<0.25),因此CPEB4 通過(guò)五個(gè)通路功能調(diào)節(jié)每個(gè)腫瘤的發(fā)生。在STAD、OV、SKCM、LUAD、COAD、BRCA中與CPEB4 表達(dá)正相關(guān)的基因較活躍,通路峰值向上,說(shuō)明基因表達(dá)越高功能越活越;GBM、LGG、ACC 中與基因表達(dá)負(fù)相關(guān)的差異基因富集在通路上,故CPEB4高表達(dá)時(shí)功能通路越沉默(圖12)。
圖12 CPEB4 泛癌GSEA 富集通路
通過(guò)HPA 數(shù)據(jù)庫(kù)中特異性抗體與細(xì)胞中CPEB4 蛋白的免疫熒光染色,檢測(cè)到CPEB4 蛋白主要定位于核質(zhì)體、高爾基體,其次定位于囊泡中(圖13),故猜測(cè)CPEB4 在正常組織的細(xì)胞中可能參與細(xì)胞基因表達(dá)、蛋白質(zhì)的加工運(yùn)輸,調(diào)控細(xì)胞內(nèi)蛋白正常表達(dá)。
圖13 對(duì)抗體、細(xì)胞核、微管、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)進(jìn)行免疫熒光染色并觀察
通過(guò)以上對(duì)CPEB4相關(guān)臨床、基因突變等數(shù)據(jù)的整理與Meta 泛癌聯(lián)合分析。Meta 分析中發(fā)現(xiàn)CPEB4上調(diào)表達(dá)在KIRC、NSCLC、GBM、CRC、STAD的患者中,并且成為一個(gè)不利的預(yù)后因素。由于CPEB4在癌癥中扮演矛盾的角色,例如胰腺導(dǎo)管腺癌(PDAC)和GBM 中的致癌啟動(dòng)子,但HCC 中的腫瘤抑制因子[23]。為驗(yàn)證CPEB4 表達(dá)在早期樣本上調(diào),但在晚期癌癥中降低的結(jié)論,筆者采用單個(gè)腫瘤差異分析強(qiáng)化薈萃分析的結(jié)果,都顯示在早期樣本CPEB4 蛋白含量高于晚期腫瘤樣本。為了更進(jìn)一步探究CPEB4在腫瘤中的臨床價(jià)值,筆者實(shí)施泛癌腫瘤突變負(fù)荷與免疫相關(guān)的分析并與免疫相關(guān)基因共表達(dá)分析,結(jié)果統(tǒng)計(jì)僅在ACC、READ、THYM、BRCA、COAD、LIHC、LUAD、STAD、THCA、GBM、UVM、UCEC、睪丸生殖細(xì)胞腫瘤(TGCT)、SKCM、PRAD、LUSC、急性髓性白血病(AML)、彌漫性細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)中CPEB4 蛋白高表達(dá)有助于增高免疫細(xì)胞的數(shù)量(尤在THYM、COAD、LUAD、READ 中最為顯著)。在腫瘤分級(jí)系統(tǒng)中顯示CPEB4低表達(dá)會(huì)伴隨著腫瘤分級(jí)越高,意味著患者的危險(xiǎn)因素隨之上升。綜上所述CPEB4 可作為上述腫瘤患者良好的預(yù)后因素。