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長牡蠣殼橙性狀遺傳參數(shù)評估及與生長性狀的關(guān)聯(lián)性

2024-01-22 05:36:44陳雨露徐成勛劉士凱孔令鋒
水產(chǎn)學(xué)報 2024年1期
關(guān)鍵詞:遺傳力家系牡蠣

陳雨露, 徐成勛, 劉士凱, 孔令鋒, 李 琪,2*

(1. 中國海洋大學(xué),海水養(yǎng)殖教育部重點實驗室,山東 青島 266003;2. 青島海洋科學(xué)與技術(shù)試點國家實驗室,海洋漁業(yè)科學(xué)與食物產(chǎn)出過程功能實驗室,山東 青島 266237)

長牡蠣(Crassostrea gigas)又稱太平洋牡蠣,因其繁殖力高、環(huán)境適應(yīng)能力強、養(yǎng)殖周期短、營養(yǎng)豐富等特點,已成為世界上最為重要的海產(chǎn)經(jīng)濟貝類,其產(chǎn)量連續(xù)多年高居世界之首。作為我國商業(yè)化利用程度高的貝類養(yǎng)殖品種,2020年牡蠣全國海水養(yǎng)殖產(chǎn)量約為542萬t[1]。目前,我國長牡蠣養(yǎng)殖所用苗種主要來源于人工育苗,培育生產(chǎn)性能優(yōu)良、品質(zhì)與品相兼?zhèn)涞男缕贩N,對進一步提升牡蠣的產(chǎn)值,促進牡蠣產(chǎn)業(yè)的高質(zhì)量發(fā)展尤為重要。

殼色作為海產(chǎn)經(jīng)濟貝類的外觀性狀,影響著消費者的喜好,在提升貝類附加值方面發(fā)揮著重要的作用。殼色性狀的選擇育種和遺傳學(xué)研究一直受到育種工作者的關(guān)注[2-4],國內(nèi)已相繼培育出長牡蠣、櫛孔扇貝(Azumapecten farreri)、菲律賓蛤仔(Ruditapes philippinarum)和文蛤(Meretrix meretrix)等[5-8]殼色新品種,推動了我國貝類養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)的良種化。在長期的牡蠣育種實踐中,已獲得了長牡蠣橙色殼色突變體品系,通過品系間雜交和群體選育開發(fā)出長牡蠣殼橙快速生長優(yōu)良品系,為長牡蠣新品種培育提供了重要素材。

經(jīng)濟性狀的遺傳參數(shù)評估是水產(chǎn)動物遺傳改良過程中的一項基礎(chǔ)工作。其中,狹義遺傳力是加性方差在表型方差中所占的比例,有助于判斷親本性狀遺傳給后代大小的程度,性狀間的遺傳相關(guān)性則是多性狀選育方案的制定依據(jù)[9]。在長牡蠣的育種中,與經(jīng)濟價值緊密相關(guān)的生長性狀、存活率、抗逆性、殼型、顏色等遺傳參數(shù)評估相繼報道,并以目標性狀遺傳力和不同性狀間的關(guān)聯(lián)性為依據(jù),制定了育種計劃[10-14]。同一性狀的遺傳參數(shù)因生長環(huán)境、品系而異,因此,在新品系的繼代選育過程,對特定性狀的遺傳參數(shù)進行評估,探索其作為目標性狀的選育潛力,是確保后續(xù)選育工作取得改良效果的重要前提。

本研究以長牡蠣殼橙快速生長品系為素材,通過巢式交配設(shè)計建立了48個全同胞混養(yǎng)家系,利用微衛(wèi)星親子鑒定技術(shù)獲取系譜信息,采用計算機視覺系統(tǒng)和Lab顏色模型獲取殼色數(shù)據(jù),估算殼橙性狀遺傳力及其與生長性狀的關(guān)聯(lián)性,以期為長牡蠣殼橙快速生長品系選育提供基礎(chǔ)資料。

1 材料與方法

1.1 實驗設(shè)計

實驗所用的親本是經(jīng)過連續(xù)3代選育、生長性狀得到改良的橙殼色長牡蠣個體,即第1代長牡蠣殼橙快速生長品系(G1)。2020年4月從山東乳山海區(qū)養(yǎng)殖的第1代長牡蠣殼橙快速生長品系(G1)中選取生長性狀優(yōu)良個體作為親貝,轉(zhuǎn)移至室內(nèi)進行人工促熟。2020年5月,長牡蠣親本性腺發(fā)育成熟,辨別雌雄后,利用平衡巢式設(shè)計法進行人工授精,1雄配3雌,共建立48個全同胞家系、16個半同胞家系。獲取所有親本的閉殼肌,保存于70%酒精中。

1.2 孵化、苗種培育和養(yǎng)成

人工授精完成后,所有家系幼蟲在100 L聚乙烯桶內(nèi)進行孵化,孵化過程中幼蟲密度需保持在20~40個/mL,水溫控制在24oC左右。孵化過程持續(xù)22 h,受精卵發(fā)育至D形幼蟲期時進行選優(yōu),從48個家系中分別取幼蟲密度為30~40個/mL的2 L養(yǎng)殖水體并轉(zhuǎn)移至2個500 L塑料桶中混合培育。苗種培育與養(yǎng)成參照王慶志等[15]的方法,幼蟲密度控制在8~10個/mL,至投放附著基時調(diào)整至2~3個/mL。每日換水1次,每次1/3換水量;每日投喂4次,根據(jù)不同生長階段調(diào)整等鞭金藻(Isochrysis galbana)和扁藻(Platymonassp.)的投喂比例及投喂量。兩個聚乙烯桶的管理操作基本保持一致。當眼點幼蟲比例達30%左右時,投放扇貝殼附著基采苗,幼蟲完成附著和變態(tài)后,轉(zhuǎn)移至室外沉淀池暫養(yǎng)2周。待自然海區(qū)野生牡蠣減少時,將稚貝置于扇貝籠中轉(zhuǎn)移至山東榮成桑溝灣海區(qū)進行養(yǎng)成。養(yǎng)成期間各籠內(nèi)的放養(yǎng)密度和所處水層均保持一致。2021年4月從長牡蠣家系混養(yǎng)群體中共收獲863個個體。本研究按照中國海洋大學(xué)《實驗動物使用指南》的標準操作程序進行。所有動物護理和使用程序均經(jīng)中國海洋大學(xué)動物機構(gòu)護理和使用委員會批準。

1.3 指標測定

生長性狀測定 對所有個體的殼高(SH)、殼長(SL)、殼寬(SW)、總重量(TW)等生長性狀指標進行測定。用電子游標卡尺測量殼高、殼長和殼寬(精確度0.01 mm),總重量用電子天平測量(精確度為0.01 g)。

殼色性狀測量 采用計算機視覺系統(tǒng)(CVS, computer vision system)和均勻顏色空間L*a*b*采集、量化殼色數(shù)據(jù)。CVS系統(tǒng)包括標準光源、數(shù)碼相機和圖像處理軟件。殼色圖像采集過程、相機參數(shù)設(shè)置以及顏色參數(shù)L、a、b值的讀取參照Wan等[16]的方法。L*、a*、b*和ΔE通過以下公式計算[17-18]:

式中,L*表示明度,a*為紅綠軸色品指數(shù),b*為黃藍軸色品指數(shù),L、a、b分別為所測牡蠣殼的顏色參數(shù),L*1、a*1、和b*1是子代中某一標準殼橙個體的顏色指標,ΔE為色差值。

1.4 家系鑒定

所有雌雄親本以及子代的閉殼肌使用苯酚-氯仿法[19]提取DNA。利用4組多重PCR共12個微衛(wèi)星位點對所有樣品的DNA進行擴增,多重PCR擴增的組合、引物序列和PCR擴增條件見表1。所得的擴增產(chǎn)物用ABI3730xl (Applied Biosystems)測序儀進行基因分型。經(jīng)GeneMapper v4.0軟件處理得到相應(yīng)位點的片段大小,使用CERVUS 3.0軟件[20],基于最大似然法,結(jié)合巢式設(shè)計的原則和12個微衛(wèi)星位點提供的信息,鑒定親緣關(guān)系。

表1 長牡蠣微衛(wèi)星多重PCR引物組合及特征Tab. 1 Multiplexes of microsatellite markers for C. gigas

1.5 數(shù)據(jù)分析

使用SPSS 18.0和Excel軟件對長牡蠣子代生長性狀和殼色性狀的表型參數(shù)進行初步處理,檢測正態(tài)性和方差齊性。采用ASREML 3.0程序包中約束極大似然法(REML)進行遺傳參數(shù)評估,建立個體動物模型:

式中,i、j、k依次為父本編號、母本編號、家系中第k個體的編號,Yijk為個體性狀觀測值,μ為總體平均值,αijk為加性遺傳效應(yīng),Iij為家系遺傳效應(yīng),eijk為隨機殘差。

殼色指標和生長性狀的遺傳相關(guān)和表型相關(guān)的計算,使用ASREML 3.0軟件以及雙變量模型。

2 結(jié)果

2.1 系譜鑒定及描述性統(tǒng)計

12個微衛(wèi)星位點的平均等位基因數(shù)為10.6,平均觀測雜合度為0.62,平均期望雜合度為0.67,多態(tài)性信息含量(PIC)的平均值為0.62,表現(xiàn)出高多態(tài)性。進行10 000次親本已知情況下的模擬測試,鑒定準確率為99.98%。在95%的置信度標準下,863個個體中有851個個體鑒定到其父母本,實際親子鑒定成功率為98.61%。家系重建結(jié)果顯示,48個家系之間的子代個體數(shù)存在較大差異(表2),介于6~48。親本貢獻率最高的是2號父本和4號母本,共繁育了48個子代。

表2 基于微衛(wèi)星分型的系譜鑒定結(jié)果Tab. 2 Number of progenies assigned to each of the 48 full-sib families based on microsatellite genotyping

家系重建后,統(tǒng)計了48個家系的殼色相關(guān)指標L*、a*、b*和ΔE。由12號母本和4號父本繁育的全同胞家系b*值的平均數(shù)最大為?85.93,而由47號母本和16號父本產(chǎn)生的后代的ΔE值平均數(shù)最小,為4.21 (圖1)。描述性統(tǒng)計結(jié)果包括長牡蠣殼色參數(shù)和生長性狀的平均值、標準差和變異系數(shù)(表3)。在生長性狀參數(shù)中,總重量的變異系數(shù)最高,為39.62%,相比之下,殼高、殼長和殼寬的變異系數(shù)較低,為16.51%~21.10%,說明個體間總重量的差異更為明顯。在4個顏色參數(shù)中,L*和ΔE的變異系數(shù)較大,說明子代個體間顏色參數(shù)中L*和ΔE的差異更為明顯,L*的差異可能是個體間ΔE差異的來源;a*和b*的變異系數(shù)較小,為3.70%~5.70%。

圖1 長牡蠣殼色性狀表型值(a)~(d)依次為L*、ΔE、a*和b*的參數(shù)值;每個全同胞家系的表型值用平均值±標準差表示,并用其母本編號命名。Fig. 1 Shell color-related trait performance in terms of L*, a*, b*, and ΔE of C. gigasParameter values of L*, ΔE, a* and b* are showed in figures (a)-(d), respectively; the shell color-related trait performances are represented by mean±SD.Each family is coded by its dam number.

表3 長牡蠣殼色性狀和生長性狀參數(shù)的描述性統(tǒng)計結(jié)果Tab. 3 Descriptive statistics of the orange shell color-related parameters (L*, a*, b* and ΔE) and the growth-related traits of C. gigas

2.2 長牡蠣殼橙性狀遺傳力和遺傳相關(guān)

基于家系重建后的系譜關(guān)系,利用動物模型和限制性最大似然法進行遺傳力的估算。在4個顏色參數(shù)中,L*的遺傳力估計值最低,為0.17±0.07。a*、b*和ΔE的遺傳力估計值較高,依次為0.47±0.23、0.42±0.21和0.56±0.29 (表4)。殼色性狀顏色參數(shù)內(nèi)部之間相關(guān)性的差異既體現(xiàn)在相關(guān)性的正負上,也體現(xiàn)在相關(guān)性的大小上,L*和ΔE的遺傳相關(guān)和表型相關(guān)為正相關(guān),遺傳相關(guān)和表型相關(guān)依次為0.51±0.30和0.08±0.04,表型相關(guān)值遠小于遺傳相關(guān)值;b*與L*、a*、ΔE均具有較大的負遺傳相關(guān),分別為?0.79±0.24、?0.64±0.31和?0.68±0.52。

表4 長牡蠣殼色參數(shù)L*、a*、b*和ΔE的遺傳力(對角線),遺傳相關(guān)(對角線上方)和表型相關(guān)(對角線下方)Tab. 4 Heritabilies (in the diagonal), genetic correlations(above the diagonal) and phenotypic correlation (below the diagonal) of shell color parameters of C. gigas

2.3 長牡蠣殼橙性狀與生長性狀的遺傳相關(guān)和表型相關(guān)

長牡蠣殼色性狀和生長性狀的表型和遺傳相關(guān)參數(shù)列于表5。ΔE和生長性狀的遺傳相關(guān)和表型相關(guān)均為負值。其中,與殼高、殼長的負遺傳相關(guān)程度高于其他顏色參數(shù),為?0.29~?0.23。在L*和生長性狀、a*和生長性狀的遺傳相關(guān)中,除L*和總重量的相關(guān)性以外,其余均具較低的相關(guān)性。在遺傳相關(guān)方面,L*和總重量的負相關(guān)性最高為?0.33±0.25。在表型相關(guān)方面,a*與殼寬的相關(guān)估計值最高,為0.11±0.04;b*與總重量的相關(guān)估計值最低,為0.01±0.03。

表5 長牡蠣殼橙快速生長品系殼色與生長性狀的表型(rp)和遺傳相關(guān)(rg)Tab. 5 Phenotypic and genetic correlation between the shell color and growth traits of the improved orange shell line C. gigas

3 討論

3.1 長牡蠣系譜鑒定結(jié)果分析

遺傳力作為水產(chǎn)動物選擇育種中的重要遺傳參數(shù),在育種值估計、選擇方法的比較、育種計劃的制定等方面具有重要作用,而使用正確的系譜信息是準確評估遺傳參數(shù)的前提?;谖⑿l(wèi)星分型技術(shù)的家系重建方法,憑借其精確的鑒別力、檢測的高穩(wěn)定性等優(yōu)點,已廣泛應(yīng)用到了尖吻鱸(Lates calcarifer)、鰱(Hypophthalmichthys molitrix)、鯉(Cyprinus carpio)等魚類[21-23],以及長牡蠣[16]、耳鮑(Haliotis asinine)[24]等貝類混養(yǎng)家系的系譜關(guān)系鑒定中。這種將分屬于不同全同胞和半同胞家系的個體養(yǎng)殖在共同環(huán)境中的方式,不僅降低了育種和管理成本,還排除了傳統(tǒng)的家系分養(yǎng)過程引入的環(huán)境組分干擾,提升了遺傳參數(shù)估測的準確性[25]。本研究運用12對微衛(wèi)星位點鑒定了長牡蠣殼橙快速生長品系G1的子代,收獲的863個個體中有851個鑒定到其父母本,成功率達98.61%,高于時嘉賡等[26]在皺紋盤鮑(H. discus hannai)中使用8個微衛(wèi)星位點和邢德等[13]在長牡蠣中使用11個微衛(wèi)星位點所得的親子鑒定成功率,表明本研究選用的微衛(wèi)星位點,其數(shù)量和多態(tài)性信息含量可以實現(xiàn)對大樣本的家系重建。此外,在實驗設(shè)計上,巢式交配設(shè)計嚴格控制了每一個雄性個體只能與特定的3個雌性交配,這也是提高家系鑒定成功率的原因。值得注意的是,根據(jù)家系重建的結(jié)果可以發(fā)現(xiàn),混養(yǎng)群體中不同家系間的親本貢獻率差異較大,可能會導(dǎo)致選育群體有效種群大小的下降,進而產(chǎn)生近交。因此,在選育過程中利用分子標記監(jiān)測群體的系譜信息及遺傳變化,對于選育群體的種質(zhì)管理有重要意義。

3.2 長牡蠣殼橙性狀遺傳力分析

隨著長牡蠣活體、半殼等銷售狀態(tài)在消費市場的興起,長牡蠣外殼的顏色、形狀等殼性狀開始影響消費者的消費偏好[27]。培育長牡蠣殼橙快速生長品系,不但可以滿足市場多樣化的需求,還可以為長牡蠣殼色性狀遺傳模式的研究提供材料。目前,關(guān)于長牡蠣橙殼色性狀的遺傳模式及相關(guān)QTL定位等研究已取得了一系列進展[28-29]。本研究通過結(jié)合使用系譜鑒定技術(shù)和計算機視覺顏色量化系統(tǒng)估算了10月齡長牡蠣橙殼色性狀的遺傳力,顏色參數(shù)L*、a*、b*、ΔE的遺傳力分別為0.17、0.47、0.42和0.56。在以前的研究中,研究者將遺傳力(h2)<0.15劃分為低遺傳力水平,0.15<h2<0.30劃分為中等遺傳力,h2>0.30劃分為高遺傳力[30]??梢?,與殼色明暗程度相關(guān)的L*為低遺傳力,該顏色參數(shù)可能受海區(qū)環(huán)境因素的影響較大。a*、b*、ΔE等顏色參數(shù)均為高遺傳力,這表明長牡蠣橙殼色性狀受遺傳因素控制程度較高,以橙殼色為目標性狀的選育具有較大的潛力。此外,通過家系混養(yǎng)的方式排除了環(huán)境效應(yīng),將非遺傳方差從表型總方差去除,也可能會導(dǎo)致加性遺傳方差增高。Xu等[14]和Evans等[4]對長牡蠣殼色遺傳參數(shù)的評估中也得到了較高的遺傳力。在其他貝類中,王照旗等[31]評估的三角帆蚌紫色選育系1齡階段內(nèi)殼色顏色參數(shù)L*、a*、b*、ΔE的遺傳力也是中高等水平,均證明了以殼色為選育目標可以取得較好的選育效果。

3.3 長牡蠣殼橙性狀與生長性狀的關(guān)聯(lián)性分析

選擇育種是指通過挑選表型性狀優(yōu)良的個體繁育子代,并進行多代反復(fù)地選擇與淘汰,從而選育出新品系或品種的方法。在水產(chǎn)動物選育過程中,需要量化表型性狀以篩選最佳親本,而有些性狀的量化過程會致使個體機械損傷,導(dǎo)致其喪失作為親本的有利條件,倘若容易測量的性狀與不易測量的性狀間具相關(guān)性,則可對后者進行間接選育。因此,在連續(xù)多代選育的過程中,需要開展目標性狀關(guān)聯(lián)分析以提高育種效率。表型相關(guān)主要分為遺傳相關(guān)和環(huán)境相關(guān)兩部分,其中,遺傳相關(guān)是由基因間連鎖不平衡性和基因多效性形成的[9]。通常,性狀間的正遺傳相關(guān)值與間接選育的效果成正比。

在海產(chǎn)經(jīng)濟貝類中,已有研究報道殼色性狀和生長性狀的相關(guān)程度因殼色而異。例如,邢德等[13]發(fā)現(xiàn)長牡蠣殼黑品系L*與生長參數(shù)遺傳相關(guān)值為0.49~0.91,兩性狀間可進行互相選擇。而Wan等[16]估測殼金長牡蠣顏色參數(shù)與各生長性狀之間的遺傳相關(guān)范圍為?0.04~0.26,表型相關(guān)范圍為?0.10~0.13,無法利用生長性狀實現(xiàn)對殼金性狀的間接選育,在三角帆蚌內(nèi)殼色與生長性狀的關(guān)聯(lián)性分析中也得到了相同的結(jié)果[31]。本研究中,長牡蠣殼橙快速生長品系殼色性狀與生長性狀之間的遺傳相關(guān)和表型相關(guān)普遍較低,范圍介于?0.33~0.17,不同研究中長牡蠣殼色和生長性狀的遺傳相關(guān)存在較大的差異可能是生長環(huán)境和生長時期的不同所導(dǎo)致。不同養(yǎng)殖海區(qū)溫度、鹽度、海流和餌料組成不同,生物間資源分配存在差異。在不同的生長時期,母本效應(yīng)大小對遺傳參數(shù)的評估結(jié)果也有影響[32]。此外,不同殼色選育群體的殼色遺傳模式不同,這也可能是引起不同殼色品系顏色性狀的關(guān)聯(lián)分析出現(xiàn)差異的原因。橙殼色性狀與生長性狀間的關(guān)聯(lián)性結(jié)果說明,在長牡蠣殼橙快速生長品系的育種實踐中,可通過將殼色性狀和生長性狀作為目標性狀協(xié)同選育的方法,取得遺傳進展,提高育種效率。

4 結(jié)論

本研究分析了10月齡長牡蠣殼橙快速生長品系殼色性狀的表型變異、遺傳力及與生長性狀的關(guān)聯(lián)性,進一步確定了在共同的養(yǎng)殖環(huán)境中以分子標記系譜鑒定為基礎(chǔ)的家系重建方法的可行性。長牡蠣殼色性狀顏色參數(shù)多具中高遺傳力,以其作為選育的目標性狀,有望達到良好的改良效果。長牡蠣殼色性狀與生長性狀沒有明顯的相關(guān)性,無法單一地通過殼色性狀的選育來實現(xiàn)對生長性狀的改良,將這兩種性狀視為目標性狀協(xié)同選育是可行的措施。本研究結(jié)果為長牡蠣殼橙快速生長品系的選育提供了重要參考。

(作者聲明本文無實際或潛在的利益沖突)

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