凌潛龍,管佳佳,紀 凱,朱爽秋,朱 冰
(1.蚌埠醫(yī)學院第一附屬醫(yī)院胃腸外科,安徽 蚌埠 233000;2.蚌埠醫(yī)學院第一附屬醫(yī)院腫瘤放療科,安徽 蚌埠 233000)
胃癌(gastric cancer,GC)是常見的消化道惡性腫瘤之一,一直是南美、東歐和中國癌癥相關(guān)死亡的重要原因[1-3]。雖然有些高發(fā)地區(qū)進行篩查,已經(jīng)降低了胃癌相關(guān)死亡率和發(fā)病率,但總體5 年生存率仍然很低[4]。盡管腹腔鏡手術(shù)和藥物治療取得了一系列進展,但晚期GC 患者仍然預后較差[5,6]。因此,為確定GC 發(fā)生進展的主要分子機理,尋找預后生物標志物和基因調(diào)控靶點將有助于進行個體化治療。
鞘氨醇激酶1(sphingosine kinase 1,SPHK1)作為體內(nèi)一種脂質(zhì)活性激酶,可將鞘氨醇磷酸化生成鞘氨醇-1-磷酸(S1P)[7,8],已被證明可以在癌癥進展的不同階段中的發(fā)揮各種功能[9,10]。SPHK1 通過上調(diào)癌細胞中的S1P 受體表達,參與疾病進程[11]。越來越多的研究發(fā)現(xiàn)SPHK1 在胃癌中起著至關(guān)重要的作用[12]?,F(xiàn)在,許多研究表明 SPHK1 與胃癌診斷及預后生物標志物可能存在關(guān)聯(lián)[13]。然而,SPHK1 在胃癌進展中作用和具體機制尚不清楚,本研究利用生物信息學分析預測SPHK1 在胃癌中的表達。通過分析SPHK1 在胃癌組織中與免疫細胞浸潤的作用、與臨床病理特征及預后的關(guān)系,以期為胃癌患者的診斷、治療提供依據(jù)。
臨床樣本收集于蚌埠醫(yī)學院第一附屬醫(yī)院胃腸外科2020 年1 月~2022 年12 月手術(shù)切除的所需樣本組織和臨床病理數(shù)據(jù)。蛋白濃度BCA 試劑盒與凝膠PAGE 試劑盒均購自碧云天生物技術(shù)公司。Omni-ECLTM 顯影試劑盒購自上海雅酶生物科技有限公司。小鼠多克隆抗體SPHK1、GAPDH 均購自武漢三鷹(Proteintech)公司。PVDF 膜購自Millipore 公司。其他試劑均為進口。
從HPA(https://www.proteinatlas.org)下載胃癌與癌旁組織數(shù)據(jù)。使用 TIMER2.0(http://timer.cistrome.org)數(shù)據(jù)庫分析SPHK1mRNA 在不同惡性腫瘤中的表達水平情況。GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn)數(shù)據(jù)庫分析SPHK1 與腫瘤生長因子MKI67 在胃癌組織中的表達。Kaplan-Meier Plotter(http//:Kmplot.com)數(shù) 據(jù) 庫 在 線 分 析SPHK1mRNA 的表達水平與胃癌患者生存預后的關(guān) 系。cBioPortal(https://www.cbioportal.org)數(shù)據(jù)庫下載與SPHK1 在胃癌中共表達的潛在靶基因。DAVID(https://david.ncifcrf.gov)數(shù)據(jù)庫分析下載富集相關(guān)數(shù)據(jù)。使用微生信網(wǎng)站(http://www.bioinformatics.com.cn)在線編輯處理下載數(shù)據(jù)?;赥ISCH(http://tisch.comp-genomics.org/home)給定的數(shù)據(jù),探討SPHK1 與TME 之間的關(guān)聯(lián),其中網(wǎng)站提供的胃癌芯片為GSE134520。
50 例胃癌組織和34 例匹配的相鄰正常組織按標準程序進行包埋。具體操作參考Deng 等[14]。由2 名病理科醫(yī)師獨立進行盲審評分。染色百分率評分:0(<5%陽性細胞);1 個(5%~24%陽性細胞);2 個(25%~49%陽性細胞);3 個(50%~74%)和4個(≥75%)。染色強度評分為:0(未染色)、1(弱)、2(中等)、3(強)。聯(lián)合染色評分等同于染色百分比score×staining 強度評分,聯(lián)合評分≥4 為陽性表達,聯(lián)合評分<4 為陰性表達。
將胃癌與癌旁組織進行蛋白提取,使用BCA 法對獲取的蛋白進行定量。取適量蛋白樣品進行SDS-PAGE 電泳,在電泳試驗完畢后將蛋白凝膠轉(zhuǎn)移至0.45 μm 的PVDF 薄膜上進行轉(zhuǎn)膜。之后將膜浸入封閉液中封閉60 min。封閉完成3 次洗膜后,稀釋相應一抗將 PVDF 薄膜放至4℃冰箱過夜孵育。次日洗膜,與二抗室溫搖床孵育90 min 為宜。ECL-plus 檢測 PVDF 膜上的蛋白信號,然后曝光并顯影。
采用數(shù)據(jù)庫默認的統(tǒng)計學方法。用Person 相關(guān)分析SPHK1 與相關(guān)基因表達的關(guān)系;采用Kaplan-Meier Plotter 統(tǒng)計患者生存率,并用Log-rank 檢驗方法分析SPHK1 的表達與患者生存預后的關(guān)系;用χ2檢驗分析SPHK1 的陽、陰性表達與患者臨床病理特征的關(guān)系;胃癌與癌旁組織的WB 結(jié)果采用wilcoxon 檢驗。以雙側(cè)P<0.05 為差異有統(tǒng)計學意義。
基于HPA 數(shù)據(jù)庫檢索,SPHK1 可能在細胞模型中的胞質(zhì)內(nèi)表達,見圖1A。為進一步定位,利用HPA 數(shù)據(jù)庫分析細胞表達SPHK1 的免疫熒光,表明SPHK1 在人體正常細胞胞質(zhì)中高表達,見圖1B。
圖1 SPHK1 在細胞中的定位檢測Fig 1 Localization detection of SPHK1 in cells
HPA 數(shù)據(jù)庫解析,表明SPHK1 廣泛分布于身體各組織。在人體多種組織中SPHK1 低表達,且在人正常胃組織中表達也不高,見圖2A。此外,SPHK1 在正常胃組織細胞中也廣泛表達,如基質(zhì)細胞、纖維細胞、T 細胞等,見圖2B。
圖2 SPHK1 在人體正常組織和細胞中的表達Fig 2 Expression of SPHK1 in normal human tissues and cells.
TCGA 數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)顯示,SPHK1 在多種癌癥中呈現(xiàn)高表達趨勢,如乳腺浸潤癌(BRCA)、膽管癌(CHOL)、結(jié)腸癌(COAD)、肝細胞癌(LIHC)、肺腺癌(LUAD)等(P<0.05)。其中SPHK1 在胃癌組織中的表達水平遠高于癌旁組織,P<0.001,差異有統(tǒng)計學意義,見圖3A。同時,根據(jù)HPA 數(shù)據(jù)庫下載胃癌組織與正常組織中SPHK1 表達的免疫組化染色結(jié)果,表明SPHK1 在胃癌組織中高表達,見圖3B。
圖3 SPHK1 在各種腫瘤組織中的表達情況Fig 3 Expression of SPHK1 in various tumor tissues
為深入探究SPHK1 與胃癌患者預后的關(guān)聯(lián)。首先,采用GEPIA 數(shù)據(jù)庫分析SPHK1 與腫瘤生長因子MKI67 在胃癌組織中的表達[15]。結(jié)果顯示,見圖4A,SPHK1 在胃癌組織中的表達量高于癌旁組織,差異有統(tǒng)計學意義(P<0.05)。其次,見圖4B,胃癌組織中MKI67 表達水平也高于癌旁組織,P<0.05,差異有統(tǒng)計學意義。此外兩者表達呈正相關(guān),差異有統(tǒng)計學意義(P=0.000 49),見圖4C??赡芴崾維PHK1 高表達與胃癌患者不良預后有關(guān)。另外,利用Kaplan-Meier Plotter 數(shù)據(jù)庫,在線評價SPHK1mRNA 的表達狀況與胃癌患者生存預后的關(guān)系。結(jié)果表明,高表達的SPHK1 在胃癌中預示了較差的總生存期,log rankP=0.002,見圖4D。同時,也預示了更差的進展后生成期,log rankP=0.001 9,見圖4E,差異有統(tǒng)計學意義。
圖4 SPHK1 表達水平與胃癌患者預后的關(guān)系Fig 4 Relationship between SPHK1 expression levels and prognosis of gastric cancer patients
在本研究中,首先利用cBioportal 數(shù)據(jù)庫下載與SPHK1 在胃癌中共表達的前500 個潛在靶基因,再利用DAVID 數(shù)據(jù)庫分析下載與SPHK1mRNA富集相關(guān)數(shù)據(jù)。包括生物過程(biological process,BP)、細胞組成(cellular component,CC)、分子功能(molecular function,MF)和KEGG 通路。利用微生信網(wǎng)站對數(shù)據(jù)進行分析并得出結(jié)果。見圖5A~C,發(fā)現(xiàn)在由BP、CC 和 MF 構(gòu)成的GO 分析中,富集到包括細胞內(nèi)受體(intracellular receptor)、ATP 酶激活(ATP enzymes activation)、生 長 結(jié) 合 因 子(growth binding factor)等癌癥相關(guān)信號通路(P<0.05)。而在KEGG 富集通路中,SPHK1 潛在靶基因也富集了已被廣泛研究并證實與胃癌發(fā)展有關(guān)的信息通路,如Hedgehog signaling pathway、Relaxin signaling pathway 和cAMP signaling pathway 等,見圖5D,差異有統(tǒng)計學意義(P<0.05)。
腫瘤微環(huán)境(tumour microenvironment,TME)非常復雜。TME 內(nèi)的各種免疫基質(zhì)細胞與癌細胞相互作用,調(diào)節(jié)腫瘤細胞增殖、侵襲等過程[16-18]。因此,深入研究SPHK1 與TME 關(guān)系十分必要。利用TIMER 數(shù)據(jù)庫研究發(fā)現(xiàn),在胃癌免疫微環(huán)境中,SPHK1mRNA 的表達水平與腫瘤純度呈負相關(guān)(偏相關(guān)系數(shù)=-0.148),P<0.001。另一方面,SPHK1 在免疫微環(huán)境中與B 細胞也呈負相關(guān)(偏相關(guān)系數(shù)=-0.291)(P<0.001),存在統(tǒng)計學意義。此外,在免疫微環(huán)境中SPHK1 與中性粒細胞、樹突狀細胞呈正相關(guān)(偏相關(guān)系數(shù)均為正值),而與CD8+T 細胞、CD4+T 細胞和巨噬細胞的表達無確切關(guān)聯(lián)(P>0.05),見圖6A?;赥ISCH 給定的數(shù)據(jù),探討SPHK1 與TME 之間的關(guān)聯(lián)。網(wǎng)站提供的胃癌芯片為GSE134520,收錄TME 相關(guān)細胞包括腫瘤細胞、免疫細胞( 如CD8+T 細胞、漿細胞等) 、間質(zhì)細胞(如黏液細胞、成纖維細胞等),SPHK1基因與TME 相關(guān)性分析結(jié)果如下:SPHK1基因在腫瘤細胞中的表達量最高( Malignant cells:log(TPM/10+1) =0.39),見圖6B。此外,在巨噬細胞中,低SPHK1 表達組胃癌患者的進展后生存期優(yōu)于SPHK1 高表達組,log rank P=0.002,差異有統(tǒng)計學意義,見圖6C。而在中性粒細胞、樹突狀細胞、CD8+T 細胞、CD4+T 細胞 和B細胞中,SPHKmRNA 低表達對胃癌患者生存期無顯著差異(P>0.05)。
圖6 SPHK1 對胃癌免疫微環(huán)境的影響Fig 6 Impact of SPHK1 on the immune microenvironment of gastric cancer
收集臨床胃癌組織樣本50 例和鄰近非腫瘤組織34 例。經(jīng)統(tǒng)計分析,SPHK1 表達與胃癌患者性別(χ2=0.277,P=0.610)、年 齡(χ2=1.054,P=0.267)不 相 關(guān),與 病 理 分 期(χ2=9.141,P=0.003 5)、TNM 分期(χ2=7.257,P=0.007 3)、N 分期(χ2=4.957,P=0.025 1)相關(guān),且存在統(tǒng)計學意義,見表1。
表1 SPHK1 表達與臨床病理特點的關(guān)系Tab1 Analysis of SPHK1 expression and clinicopathological characteristics
為進一步探討SPHK1 在胃癌組織中的表達情況,將對臨床組織樣本進行免疫組織化學染色。IHC 結(jié)果顯示,見圖7A,SPHK1 在胃癌組織中的染色強度和染色陽性面積均高于鄰近非腫瘤組織,并且TNM 分期中胃癌組織染色強度TNMI、Ⅱ期弱于Ⅲ、Ⅳ期,提示SPHK1 表達可能與胃癌進展相關(guān)。通過IHC 染色評分,表明SPHK1 在胃癌組織中高表達,見圖7C,差異具有統(tǒng)計學意義(P<0.001)。此外,經(jīng)過Western Blot 檢測,在9 例胃癌組織及配對的癌旁組織中,SPHK1 在胃癌組織和癌旁組織的表達中位數(shù)分別為0.903 和0.615,其蛋白水平表達在胃癌組織中高于癌旁組織,見圖7B、D,差異具有統(tǒng)計學意義(P=0.026 5)。同時,驗證了生信數(shù)據(jù)分析部分結(jié)果。基于此,以上數(shù)據(jù)進一步提示了SPHK1 在胃癌組織中高表達,可能與胃癌進展不良預后相關(guān)。
胃癌一般起病較隱匿,大部分病例在初步診斷時就已達到局部發(fā)展階段,因而死亡率較高[19]。經(jīng)過傳統(tǒng)的手術(shù)與藥物治療的胃癌患者仍然有不良預后[20]。SPHK1基因在細胞生長和信號轉(zhuǎn)導中起著至關(guān)重要的作用[21]。胃癌腹膜播散已被公認為晚期胃癌最常見的轉(zhuǎn)移形式,SPHK1 驅(qū)動的人腹膜間皮細胞自噬加速了胃癌腹膜播散在體外和體內(nèi)的發(fā)生[13]。Xia 等[22]研究發(fā)現(xiàn),SPHK1 在胃癌中表達升高,而下調(diào)SPHK1 可抑制胃癌細胞增殖,并且與患者的生存時間縮短有關(guān)。通過紫外線照射人MGC-803 胃 癌 細 胞,SPHK1 通 過AKT/FoxO3a/Bim 途徑賦予胃癌細胞凋亡抵抗力[23]。而SPHK1轉(zhuǎn)錄的ERK1 依賴性上調(diào)刺激胃癌細胞增殖[24]。這些結(jié)果預示SPHK1 將在胃癌診斷、治療和預后預測過程中起著重要意義,進而為胃癌的精確診斷、治療指明了新走向。在Qin 等[25]的研究中發(fā)現(xiàn),SPHK1 通過NONO/STAT3 軸促進膀胱癌細胞中的順鉑抵抗,從而使腫瘤細胞產(chǎn)生免疫逃逸。在一項非酒精性脂肪性肝炎相關(guān)肝細胞癌臨床病理分析研究中,通過免疫組化染色發(fā)現(xiàn)SPHK1 較正常組織具有高水平表達[26]。此外,Peng 等[27]研究表明高水平表達的SPHK1 在肺腺癌的發(fā)展進程中具有重要作用。與靶向治療耐藥相關(guān)的SPHK1 在預測腎細胞癌預后不良方面也呈過表達狀態(tài)[28]。因此,胃癌進展中的靶基因研究更具有重要的臨床意義[29]。這也為本研究提供了研究基礎(chǔ)和方向。
在本研究中,基于TCGA 和HPA 數(shù)據(jù)庫,SPHK1 在胃癌組織和癌旁組織中表達存在顯著差異。IHC 和Western Blot 結(jié)果表明SPHK1 在胃癌組織中呈高表達趨勢,這與生物學信息分析結(jié)果一致。通過進一步生物學信息檢索,SPHK1 與腫瘤生長因子MKI67 表達呈現(xiàn)正向相關(guān)性。Kaplan-Meier Plotter 數(shù)據(jù)庫還提示高表達的SPHK1 在胃癌中預示更差的生存期。而富集通路分析結(jié)果同樣提示SPHK1 參與多種通路影響胃癌的發(fā)生、發(fā)展。腫瘤微環(huán)境中各種免疫細胞在癌癥中的確切作用十分復雜[30,31]。淋巴細胞浸潤可以通過樹突狀細胞免疫療法誘導腫瘤浸潤,這可能對臨床結(jié)果產(chǎn)生積極影響[32]。本研究表明,SPHK1 的表達可能與3 種免疫細胞類型的浸潤顯著相關(guān),提示SPHK1 不僅可以反映癌癥患者預后,還反映免疫狀態(tài)。此外,SPHK1基因在腫瘤細胞中的表達量最高,繼而調(diào)節(jié)腫瘤進展。
綜上所述,SPHK1 在胃癌中的作用顯著,它可能是一個潛在的胃癌預后標志物。但本研究仍有一定的局限性,因而將進一步收集臨床胃癌患者數(shù)據(jù),隨訪分析5 年生存率。同時干擾SPHK1基因表達,從細胞層面探討SPHK1 對胃癌細胞生物學行為的影響,繼而深入研究胃癌發(fā)生、發(fā)展的分子機制。
作者貢獻度說明:
凌潛龍:實驗設(shè)計執(zhí)行、數(shù)據(jù)庫檢索和論文撰寫;管佳佳:參與部分數(shù)據(jù)庫檢索;紀凱與朱爽秋:參與部分基礎(chǔ)實驗;朱冰:參與實驗設(shè)計、論文撰寫指導。
所有作者聲明不存在利益沖突關(guān)系。
道德倫理:蚌埠醫(yī)學院人體倫理審批號[2023]第311號、405 號。