蔡銳娜 陳 乾 趙 哲 胡仕祥△
(1.河南中醫(yī)藥大學,河南 鄭州 450008;2.河南省中醫(yī)院,河南中醫(yī)藥大學第二附屬醫(yī)院,河南 鄭州 450002)
急性胰腺炎(AP)是臨床常見急腹癥[1],AP 發(fā)病急,進展快,常呈自限性,但仍有約20%~30%的患者雖積極治療發(fā)展為單個或多臟器功能障礙,其中死亡率可高達30%~50%[2-3],嚴重威脅人類的健康。近年來的臨床實踐與基礎(chǔ)研究發(fā)現(xiàn)[4-6],中醫(yī)藥對AP 的治療具有獨特優(yōu)勢,西醫(yī)常規(guī)治療與中醫(yī)藥并用的中西醫(yī)結(jié)合治療能取得滿意的臨床療效。
課題組根據(jù)臨床治療AP的經(jīng)驗,總結(jié)出中藥復(fù)方清胰化瘀通腑湯,組方:生大黃10 g(后下),茵陳蒿15 g,芒硝10 g(沖),桃仁10 g,柴胡10 g,厚樸10 g,木香5 g,丹參10 g,紅花10 g,延胡索15 g,金銀花10 g,連翹10 g。以清熱利濕、化瘀通腑為法,應(yīng)用于臨床能有效減輕AP患者不同嚴重程度的炎癥反應(yīng),促進患者臨床癥狀恢復(fù)。但其治療AP 的機制因復(fù)方成分復(fù)雜無法全面闡述,本研究運用網(wǎng)絡(luò)藥理學來探討清胰化瘀通腑方治療AP的主要成分及靶點,并利用分子對接技術(shù)進行驗證,為后續(xù)更深層次地探討清胰化瘀通腑方的主要調(diào)控靶點及作用機制提供一定的理論基礎(chǔ)。現(xiàn)報告如下。
1.1 清胰化瘀通腑方活性成分的篩選和靶點預(yù)測 將清胰化瘀通腑方中的藥物輸入到中醫(yī)藥系統(tǒng)藥理學數(shù)據(jù)庫分析平臺TCMSP[7]中,篩選條件設(shè)置為口服生物利用度(OB)≥30%且類藥性(DL)≥0.18[8],從而獲得藥物活性成分,并根據(jù)已有文獻報道對篩選結(jié)果進行補充,避免遺漏。將藥物活性成分導入Pubchem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)數(shù)據(jù)庫中得到對應(yīng)的SMILES,再通過SwissTargetPrediction[9]數(shù)據(jù)庫將物種限定為“Homo sapiens”,對清胰化瘀通腑方活性成分進行潛在靶點預(yù)測(因TCMSP 中沒有礦石類中藥,故用BATMAN-TCM[10]數(shù)據(jù)庫補充篩選芒硝的活性成分及靶點)。對上述結(jié)果匯總?cè)ブ夭⑼ㄟ^UniProt(https://www.uniprot.org/)數(shù)據(jù)庫對靶點信息進行規(guī)范,獲得清胰化瘀通腑方活性成分的潛在靶點。
1.2 AP 疾病靶基因的篩選 以“AcutePancreatitis”為關(guān)鍵詞在GeneCards[11]、DrugBank[12]、OMIM[13]、TTD[14]疾病數(shù)據(jù)中檢索AP 的潛在靶點,將4 個疾病數(shù)據(jù)庫得到的靶點匯總?cè)ブ睾蟮玫紸P 靶點。將清胰化瘀通腑方潛在靶點與AP 靶點輸入Venny 在線軟件,繪制韋恩圖獲取清胰化瘀通腑方-AP 交集靶點,得到的交集靶點即為清胰化瘀通腑方治療AP的作用靶點。
1.3 PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與關(guān)鍵靶點的篩選 將清胰化瘀通腑方—急性胰腺炎交集靶點導入STRING 數(shù)據(jù)庫,按物種為“Homo sapiens”,最小互相作用閾值“highest confidence”(>0.9)[15]為檢測條件,剔除游離靶點后得到蛋白互作信息,通過Cytoscape3.7.2 軟件的Network Analyzer 工具分析其網(wǎng)絡(luò)拓撲參數(shù),并繪制PPI網(wǎng)絡(luò)模型。運用CytoNCA[16]拓撲分析各個節(jié)點的屬性值,包括中介中心性(BC)、接近中心性(CC)、度中心性(DC)、網(wǎng)絡(luò)中心性(NC)和局部邊連通性(LAC),選出同時滿足BC、CC、DC、NC、LAC>中位數(shù)的所有節(jié)點作為關(guān)鍵靶點。
1.4 清胰化瘀通腑方治療AP 的富集分析 將清胰化瘀通腑方治療AP 的作用靶點的基因Symbol 通過Uniprot 數(shù)據(jù)庫轉(zhuǎn)換為基因ID,利用R 語言以P≤0.05為篩選條件進行GO和KEGG通路富集分析,并將結(jié)果繪制成條形圖和氣泡圖。
1.5 建立清胰化瘀通腑方“藥物-活性成分-作用靶點”調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 通過Cytoscape3.7.2 構(gòu)建“藥物-活性成分-作用靶點”網(wǎng)絡(luò)圖,運用Network Analyzer 工具拓撲分析活性成分和作用靶點,篩選出發(fā)揮藥效的核心成分,可供使用的篩選條件包括連接度(Degree)、BC 及CC等。
1.6 分子對接 從PubChem 中下載“藥物-有效成分-作用靶點”拓撲分析排名前5 的核心成分的小分子結(jié)構(gòu),應(yīng)用Chem3D 軟件進行優(yōu)化,并轉(zhuǎn)換為3D 格式。在PDB 數(shù)據(jù)庫(http://www.rcsb.org/)中篩選PPI網(wǎng)絡(luò)中拓撲分析排名前5 的核心靶點的蛋白結(jié)構(gòu),用PyMOL軟件對其脫水并剔除原配體,利用AutoDockTools1.5.6和AutoDock Vina 完成分子對接,對部分對接結(jié)果用PyMOL軟件進行可視化。
2.1 清胰化瘀通腑方有效活性成分篩選及靶點獲取 見表1。從TCMSP 中下載大黃、茵陳蒿、桃仁、柴胡、厚樸、木香、丹參、紅花、延胡索、金銀花、連翹中符合OB 值及DL 值篩選條件的所有活性成分,從BATMAN-TCM 數(shù)據(jù)庫篩選芒硝活性成分,剔除重復(fù)值后剩余230 個活性成分。將柴胡、丹參、紅花成分標記為A,柴胡、紅花、延胡索、金銀花、木香共有成分標記為B,柴胡、紅花、延胡索、連翹、茵陳蒿、金銀花共有成分標記為C,柴胡、紅花、連翹、金銀花共有成分標記為D,柴胡、茵陳蒿共有成分標記為E,大黃、紅花、連翹、桃仁、茵陳蒿、金銀花共有成分標記為F,丹參、紅花共有成分標記為G,丹參、紅花、連翹、金銀花共有成分標記為H,紅花、金銀花共有成分標記為I,連翹、木香共有成分標記為J,連翹、延胡索共有成分標記為K,木香、延胡索共有成分標記為L。通過Swiss Target Prediction預(yù)測活性成分的相關(guān)靶點(芒硝1 個活性成分的相關(guān)靶點通過BATMAN-TCM 數(shù)據(jù)庫補充),對結(jié)果匯總?cè)ブ睾笫S?34個靶點。
表1 藥物中存在的共有活性成分
2.2 AP 相關(guān)靶點的預(yù)測 見圖1。從Genecards、DrugBank、OMIM、TTD 疾病數(shù)據(jù)庫得到AP 靶點個數(shù)分別為9 072、6、185、6,匯總?cè)ブ睾蟮玫紸P 相關(guān)靶點1 269 個。將2.1 得到的清胰化瘀通腑方潛在靶點與AP 靶點輸入Venny 在線工具,繪制韋恩圖,并獲取清胰化瘀通腑方-AP交集靶點179個。
圖1 清胰化瘀方通腑方-AP交集靶點韋恩圖
2.3 PPI 的構(gòu)建與核心靶點的篩選 見圖2、表2。將清胰化瘀通腑方-AP交集靶點輸入STRING數(shù)據(jù)庫,剔除25個游離靶點后得到蛋白互作信息,將其導入Cytoscape3.7.2 軟件,PPI 網(wǎng)絡(luò)模型見圖2A,圖中共154 個節(jié)點,723 條邊,節(jié)點面積越大、顏色越深Degree 值越高,邊越粗相關(guān)性越強。經(jīng)CytoNCA 計算網(wǎng)絡(luò)中各個節(jié)點的屬性值,并按中位數(shù)進行2 次篩選,得到包括STAT3、PIK3R1、PIK3CA、RHOA、RAC1 等14 個靶點,見圖2B,靶點的拓撲分析參數(shù)見表2。這些靶點節(jié)點大、顏色深,相關(guān)性強,可能在清胰化瘀通腑方治療AP中發(fā)揮關(guān)鍵作用。
圖2 PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)和核心靶點
表2 清胰化瘀通腑方作用AP核心靶點的網(wǎng)絡(luò)節(jié)點特征參數(shù)
2.4 GO和KEGG通路富集分析 見圖3、圖4。將179個作用靶點的Uniprot 號通過Uniprot 數(shù)據(jù)庫轉(zhuǎn)換為entrez 號,然后利用R 語言根據(jù)P≤0.05 對GO 的BP(biological process)、CC(celluar component)、MF(molecular function)及KEGG 通路進行富集分析。清胰化瘀通腑方參與的BP 條目主要包含肽基-酪氨酸磷酸化、肽基-酪氨酸修飾和激酶活性的正向調(diào)節(jié)等2 398 個;CC 條目主要包含膜筏、膜微區(qū)、黏著斑等89 個;MF 條目主要包含蛋白絲氨酸/蘇氨酸激酶活性、內(nèi)肽酶活性、跨膜受體蛋白激酶活性等184 個。根據(jù)P 值分別選取BP、CC、MF 排名前10 的生物過程繪制條形圖。清胰化瘀通腑方參與的通路主要包括PI3K-Akt、脂質(zhì)和動脈粥樣硬化、癌癥中蛋白多糖等169 條,選取P 值排名前20的通路繪制氣泡圖。
圖3 清胰化瘀通腑方治療AP的GO分析
圖4 清胰化瘀通腑方治療AP的KEGG分析
2.5 清胰化瘀通腑方“藥物-活性成分-作用靶點”調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 見表3、圖5。將藥物、活性成分及清胰化瘀通腑方治療AP 的作用靶點輸入CytoScape3.7.2中,得到“藥物-活性成分-作用靶點”網(wǎng)絡(luò)圖,并用內(nèi)置的NetworkAnalyzer 插件分析清胰化瘀通腑方治療AP的網(wǎng)絡(luò)拓撲學參數(shù),網(wǎng)絡(luò)圖見圖5。圖5由345個節(jié)點和2280 條邊組成,其中藥物用圓形節(jié)點表示,活性成分以六邊形表示,靶點以菱形表示;面積越大、顏色越深說明Degree 值越大,提示該節(jié)點越重要。分析結(jié)果表明,槲皮素(quercetin)的Degree 值為32,且為柴胡、紅花、延胡索、連翹、茵陳蒿、金銀花共有成分;山柰酚(kaempferol)的Degree 值為31,且為柴胡、紅花、連翹、金銀花共有成分;木樨草素(luteolin)的Degree值為30,且為丹參、紅花、連翹、金銀花共有成分;氧雜蒽酮(Onjixanthone I)的Degree 值為30;異鼠李素(isorhamnetin)的Degree 值為29,且為柴胡、茵陳蒿共有成分,所以預(yù)測這5 種藥物成分可能為清胰化瘀通腑方治療AP的核心成分。
圖5 藥物-活性成分-作用靶點網(wǎng)絡(luò)圖
表3 清胰化瘀通腑方核心成分網(wǎng)絡(luò)節(jié)點特征參數(shù)
2.6 分子對接 見圖6、圖7。將清胰化瘀通腑方核心成分quercetin、kaempferol、luteolin、Onjixanthone I 及isorhamnetin 分別與2.3 中PPI 網(wǎng)絡(luò)拓撲分析排名前5的核心靶點STAT3、PIK3R1、PIK3CA、RHOA、RAC1 進行分子對接,結(jié)合自由能<-5 kcal/mol,表明受體與配體之間具有良好的結(jié)合活性,結(jié)合活性結(jié)果統(tǒng)計如圖6 所示,熱圖中顏色越紅,代表結(jié)合活性越高。并用PyMOL軟件對部分對接結(jié)果進行圖片展示。
圖6 核心成分-核心靶點分子對接熱圖
圖7 核心活性成分與核心靶點部分對接
中醫(yī)學并無AP之名,但根據(jù)其臨床表現(xiàn)及疼痛部位,將其歸屬于“腹痛”“脾心痛”“胰癉”等范疇[17],胰腺根據(jù)其部位,當屬中醫(yī)六腑范圍,按照“六腑以通為用,以降為順”的理論,將通里攻下法貫穿本病治療的始終,采用清熱通腑、祛瘀通腑、通腑祛濕等治法,不局限于胰腺局部,而是注重于整體功能的調(diào)節(jié),不僅可以針對AP 的病因進行治療,同時可以有效緩解AP 引起的一系列并發(fā)癥。近年來的臨床實踐與基礎(chǔ)研究發(fā)現(xiàn),西醫(yī)常規(guī)治療與中醫(yī)藥并用的中西醫(yī)結(jié)合治療AP能取得滿意的臨床療效[18-20]。
課題組總結(jié)多年臨床經(jīng)驗,綜合各醫(yī)家所長,認為AP患者雖然癥狀各異,但其病機相同,皆由飲食不節(jié)、外感六淫之邪等,導致脾胃健運失司,氣機升降失常,腑氣不暢,進而逐漸演變成為以熱、濕、瘀、毒等蘊結(jié)中焦的病變,因此,在疾病早中晚期,毒瘀互結(jié)是其主要病機,“毒”為病機,“瘀”為演變。清胰化瘀通腑方清熱利濕、化瘀通腑,以大黃、芒硝、茵陳蒿、桃仁為君,大黃、芒硝具有瀉熱存陰之功,茵陳蒿清利濕熱、桃仁活血化瘀,四藥共奏通腑泄熱、利濕化瘀、釜底抽薪之效;柴胡、厚樸、木香理氣并助硝黃通腑,丹參、紅花活血化瘀助桃仁解瘀滯共為臣藥;金銀花、連翹助大黃、芒硝清熱解毒、透邪外出,延胡索助桃仁、柴胡活血理氣止痛共為佐使藥。
本研究中網(wǎng)絡(luò)藥理學初步篩選出清胰化瘀通腑方治療AP 的活性成分主要包括槲皮素、山柰酚、木樨草素、氧雜蒽酮、異鼠李素等,且部分活性成分多味藥物的重復(fù)成分,如槲皮素重復(fù)6 次,山柰酚、木犀草素重復(fù)4 次,異鼠李素重復(fù)2 次。研究顯示,槲皮素是一類對炎癥預(yù)防有積極作用的黃酮化合物,調(diào)節(jié)各種參與致癌和信號轉(zhuǎn)導途徑的蛋白,可通過上調(diào)miR-216b來抑制腫瘤壞死因子-α(TNF-α)及p38/MAPK 信號通路從而對AP 具有保護作用[21],并抑制表皮生長因子誘導的胰腺癌細胞的遷移活性[22]。山柰酚可抑制NFκB 信號通路的激活來減少炎癥因子的產(chǎn)生,減輕AP的炎癥反應(yīng),改善AP 預(yù)后[23],也以劑量依賴的方式抑制人胰腺癌細胞(PANC-1)增值及NF-κB、血管內(nèi)皮細胞生長因子(VEGF)蛋白表達水平而誘導胰腺癌細胞凋亡并抑制其侵襲[24]。木樨草素通過誘導血紅素加氧酶(HO-1)介導的抗炎和抗氧化作用來抑制NFκB 通路的活性、降低脂質(zhì)過氧化作用、降低TNF-α、丙二醛(MDA)的表達來保護胰腺組織[25-26],也可通過抑制白細胞介素-6(IL-6)、STAT3 通路、EGFR-ras 通路和SOX9 蛋白,從而抑制因AP 誘導的與胰腺癌關(guān)系密切的腺泡導管化生、細胞增殖和上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化,減緩胰腺炎進展為胰腺癌的過程[27]。異鼠李素可抑制NF-κB 信號通路的活性、減少炎癥因子的釋放來發(fā)揮抗炎作用[28],并可降低Ras/MAPK 通路中MEK 和ERK的磷酸化水平,阻滯胰腺癌細胞系PANC-1 中的細胞生長,從而預(yù)防胰腺癌的發(fā)生[29]。由此可見,以槲皮素、山柰酚、木樨草素、異鼠李素為代表的活性成分在清胰化瘀通腑方治療AP中發(fā)揮了重要作用。
在PPI 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)中,篩選出清胰化瘀通腑方治療AP的核心靶點主要包括STAT3、PIK3R1、PIK3CA等。胰腺組織中STAT3 的活化與AP 的病變危重程度密切相關(guān)[30],STAT3 在包括胰腺癌在內(nèi)的多種癌癥中呈現(xiàn)出過表達,并導致腫瘤細胞的生長、侵襲和轉(zhuǎn)移[31],且AP 可激活I(lǐng)L-6 和TNF-α 誘導的STAT3 信號通路,促進炎癥反應(yīng)、胰腺纖維化和細胞凋亡[32],導致肺損傷甚至多器官功能障礙[33-35],抑制STAT3 活性是緩解AP 進展的潛在靶標[35]。PI3K 所參與的PI3K/Akt信號通路可通過調(diào)控腺泡細胞的炎癥反應(yīng)、凋亡、自噬、氧化應(yīng)激等,對AP 的發(fā)生發(fā)展及治療起重要作用[36],而分別編碼PI3K 催化亞基p110α、調(diào)節(jié)亞基p85α 的PIK3CA 和PIK3R1 均參與PI3K/Akt 通路,兩個基因的功能缺陷均可導致PI3K/Akt 通路異常[37-38]。富集分析作用靶點的結(jié)果顯示,清胰化瘀通腑方治療AP 可能通過PI3K/Akt、脂質(zhì)和動脈粥樣硬化、癌癥中蛋白多糖等信號通路。PI3K/Akt控制著多種信號傳導通路,以往的許多實驗中已證實了其在炎癥反應(yīng)中的作用,而且它與NF-κB、IL-6 也密切相關(guān)[39],是AP 發(fā)生發(fā)展過程中的重要信息通路。PI3K 通過影響AP 疾病過程中胰蛋白酶原激活、鈣超載和NF-κB 通路,從而對胰腺腺泡細胞的病理反應(yīng)進行調(diào)控[40],并通過調(diào)節(jié)促炎細胞因子密切影響著AP 的嚴重程度[41]。激活PI3K/Akt 下游通路NF-κB 可引起腺泡細胞發(fā)生氧化應(yīng)激反應(yīng),并誘導細胞自噬[42],加強胰腺損傷和壞死程度[43-44]。而抑制PI3K/Akt 信號通路的激活可抑制NF-κB 通路,阻止細胞凋亡,減輕炎癥反應(yīng)[45-46],同時阻止活性氧(ROS)的產(chǎn)生,減輕AP 中甲狀腺的損傷[47]。故推測清胰化瘀通腑方可能通過抑制PI3K/Akt 信號通路來治療AP。本研究分子對接結(jié)果顯示,槲皮素、山柰酚、木樨草素、異鼠李素與STAT3、PIK3R1、PIK3CA等均具有良好的結(jié)合活性。
本研究發(fā)現(xiàn),清胰化瘀通腑方可能通過槲皮素、山柰酚、木樨草素等多種活性成分,調(diào)控STAT3、PIK3R1、PIK3CA 等多個靶點,干預(yù)PI3K/Akt 等多條信號通路,從抗炎、抗細胞凋亡、抗氧化應(yīng)激等方面來治療AP,為臨床應(yīng)用清胰化瘀通腑方治療AP 提供了科學依據(jù)。后續(xù)將在此基礎(chǔ)上繼續(xù)深入研究,進行動物或細胞實驗驗證,更深層次地探討清胰化瘀通腑方的主要調(diào)控靶點及作用機制,以期為開發(fā)利用中醫(yī)藥治療AP提供新思路。