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基于超聲特征構(gòu)建機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測浸潤性乳腺癌Luminal分型

2022-11-10 05:43孫芳許永波崔廣和李鑫焱董景云焦玉婷唐麗瑋
實(shí)用醫(yī)學(xué)雜志 2022年18期
關(guān)鍵詞:浸潤性分型隊(duì)列

孫芳 許永波 崔廣和 李鑫焱 董景云 焦玉婷 唐麗瑋

濱州醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院超聲醫(yī)學(xué)科(山東濱州 256600)

乳腺癌是女性發(fā)病率、死亡率最高的惡性腫瘤,近年來其發(fā)病率逐年增加[1]。乳腺癌屬于高度異質(zhì)性疾病,不同分子亞型的乳腺癌具有不同的生物學(xué)行為、治療方法及預(yù)后[2]。根據(jù)2019年《St.Gallen 國際乳腺癌治療專家共識(shí)》與《中國抗癌協(xié)會(huì)乳腺癌診治指南與規(guī)范(2019年版)》[3],以雌激素受體(estrogen receptor,ER)、孕激素受體(progesterone receptor,PR)、人表皮生長因子受體-2(human epidermal growth factor receptor-2,HER-2)和Ki-67 表達(dá)情況為依據(jù),將乳腺癌分為四種分子亞型:Luminal A 型、Luminal B 型、HER-2 過表達(dá)型和三陰型[4],其中前兩型為Luminal 型,對(duì)內(nèi)分泌治療有效,總體預(yù)后良好,后兩型為非Luminal 型,對(duì)內(nèi)分泌治療無效且分化級(jí)別高、總體預(yù)后差[5],臨床醫(yī)師會(huì)依據(jù)患者具體的分子亞型來確定治療方法。

目前臨床上對(duì)浸潤性乳腺癌的分子分型主要是通過病理學(xué)檢查、免疫組織化學(xué)和焚光原位雜交檢測分析,均為有創(chuàng)性檢查,且由于腫瘤的異質(zhì)性,對(duì)取材標(biāo)本進(jìn)行的分子亞型評(píng)估可能不能代表整個(gè)腫瘤[6]。因此,目前需要一種無創(chuàng)的方法預(yù)測浸潤性乳腺癌的Luminal 分型。機(jī)器學(xué)習(xí)作為人工智能的一個(gè)分支,能處理大量和多維數(shù)據(jù),越來越多地被應(yīng)用于醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,用于疾病的診斷、治療及預(yù)后,已在一定程度上超越了傳統(tǒng)統(tǒng)計(jì)學(xué)[7]。既往研究[8]顯示,機(jī)器學(xué)習(xí)在疾病的預(yù)測方面具有顯著優(yōu)勢。本文基于超聲特征構(gòu)建機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測浸潤性乳腺癌Luminal 分型,從而為臨床治療及預(yù)后評(píng)估提供參考依據(jù)。

1 資料與方法

1.1 研究對(duì)象回顧性分析2015年1月至2020年12月于濱州醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院乳腺外科529 例經(jīng)術(shù)后病理證實(shí)為浸潤性乳腺癌患者的超聲聲像圖特征及免疫組化特征,根據(jù)免疫組化特征將患者分為Luminal組356例和非Luminal 組173例。平均發(fā)病年齡(40.33±8.01)歲,絕經(jīng)前患者343 例(343/529,64.7%)。記錄患者的發(fā)病年齡和月經(jīng)狀態(tài)。納入標(biāo)準(zhǔn):(1)術(shù)前1 周均行超聲檢查,圖像清晰可查;(2)術(shù)后病理均為浸潤性乳腺癌,并行免疫組化檢查;(3)首發(fā)單發(fā)患者,術(shù)前未行化療和放療等治療;(4)無其他惡性腫瘤病史。本研究已獲本院倫理委員會(huì)批準(zhǔn),患者均知情同意。

1.2 超聲儀器與圖像分析所有患者術(shù)前一周均行超聲檢查,超聲儀器包括LOGIQ E9、RS80A、Mylab Twice、SuperSonic Imagine AixPlorer 等,探頭頻率為4~15 MHz。由工作十年以上的超聲醫(yī)師分析結(jié)節(jié)特征,根據(jù)第五版乳腺影像報(bào)告和數(shù)據(jù)系統(tǒng)(Breast Imaging Reporting and Data System,BIRADS)超聲影像詞典[9]記錄結(jié)節(jié)的超聲特征,包括大小、位置、形狀、方向、邊緣、內(nèi)部回聲、后方回聲、鈣化類型等。大小根據(jù)腫物的最大徑線分為0 ~2 cm、2 ~4 cm、>4 cm;位置分為內(nèi)上象限、外上象限、內(nèi)下象限、外下象限、乳暈區(qū)五類;形狀分為圓形、橢圓形、不規(guī)則形三類;根據(jù)與皮膚的關(guān)系,方向分為平行生長、垂直生長兩類;邊緣分為光整、不光整(模糊、毛刺、成角、微分葉);內(nèi)部回聲分為無回聲、低回聲、等回聲或高回聲、混合性回聲;后方回聲分為無變化、增強(qiáng)、衰減、混合型四類;鈣化類型分為無鈣化、結(jié)節(jié)內(nèi)鈣化、結(jié)節(jié)外鈣化和導(dǎo)管內(nèi)鈣化四類。

1.3 免疫組化特征所有術(shù)后標(biāo)本均進(jìn)行HE 染色和免疫組化檢查,根據(jù)美國臨床腫瘤學(xué)會(huì)/美國病理學(xué)家學(xué)會(huì)指南[10]進(jìn)行檢測,檢測指標(biāo)包括ER、PR、HER-2 及Ki-67。ER、PR 表達(dá)情況根據(jù)腫瘤細(xì)胞核著色情況進(jìn)行判定,陽性定義為至少≥1%的腫瘤細(xì)胞染色[11]。根據(jù)免疫組織化學(xué)及熒光原位雜交技術(shù)檢測對(duì)HER-2 表達(dá)情況進(jìn)行判定,結(jié)果分為-、+、++、+++,-、+為陰性,++、+++為陽性。Ki-67 表達(dá)以細(xì)胞核內(nèi)出現(xiàn)棕黃色顆粒百分?jǐn)?shù)進(jìn)行計(jì)數(shù),將Ki-67 陽性細(xì)胞數(shù)≤14%視為低表達(dá)。按照2013年St.Gallen 乳腺癌會(huì)議[12]對(duì)乳腺癌分子亞型的定義如下:Luminal A 型為ER 陽性/PR 陽性,HER-2 陽性,Ki-67 <14%;Luminal B 型為ER 陽性/PR 陽性,HER-2 陰性,Ki-67 ≥14%或者ER 陽性/PR 陽性,HER-2 陽性,Ki-67 任何水平;HER-2 過渡表達(dá)型為ER 陰性、PR 陰性、HER-2 陽性,Ki-67 任何水平;三陰型為ER 陰性、PR 陰性、HER-2 陰性,Ki-67 任何水平。

1.4 模型建立與驗(yàn)證SPSS Modeler18.0統(tǒng)計(jì)軟件,由軟件自動(dòng)隨機(jī)選擇所有樣本的70%(共370 例)作為訓(xùn)練隊(duì)列,分別使用logistic 回歸分析、支持向量機(jī)(support vector machine,SVM)、貝葉斯網(wǎng)絡(luò)、隨機(jī)森林、決策樹等5 個(gè)分類器構(gòu)建模型,將剩余30%的樣本(共159 例)作為驗(yàn)證隊(duì)列對(duì)模型進(jìn)行驗(yàn)證。采用模型原始傾向評(píng)分的受試者工作特征曲線(receiver operating characteristics,ROC)曲線下的面積(area under the curve,AUC)來評(píng)估不同模型的診斷效能。以SVM 為例,篩選預(yù)測重要變量,對(duì)各個(gè)變量重要性進(jìn)行定量評(píng)分。

1.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法應(yīng)用SPSS Statistics 25.0 軟件,計(jì)量資料以均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差描述,使用Kolmogorov-Smirnov 檢驗(yàn)正態(tài)性分布,使用獨(dú)立樣本t檢驗(yàn)比較組間差異;計(jì)數(shù)資料以例(%)表示,采用χ2檢驗(yàn)比較組間差異。應(yīng)用MedCalc 軟件,采用模型原始傾向評(píng)分的ROC 的AUC,比較5 種模型訓(xùn)練隊(duì)列和驗(yàn)證隊(duì)列的預(yù)測效能,并使用De-long 方法對(duì)5 種模型的預(yù)測效能進(jìn)行對(duì)比。

2 結(jié)果

2.1 訓(xùn)練隊(duì)列及驗(yàn)證隊(duì)列的臨床特征及超聲特征訓(xùn)練隊(duì)列包括Luminal 型249 例和非Luminal型121 例,臨床特征如下:平均發(fā)病年齡(42.48 ±10.21)歲,絕經(jīng)前患者248 例(248/370,66.8%);驗(yàn)證隊(duì)列包括Luminal 型107 例和非Luminal 型52例,臨床特征如下:平均發(fā)病年齡(41.90 ± 10.33)歲,絕經(jīng)前患者95 例(95/159,59.7%)。比較總隊(duì)列、訓(xùn)練隊(duì)列和驗(yàn)證隊(duì)列患者一般信息及超聲特征,差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(均P>0.05)。

2.2 5 種機(jī)器學(xué)習(xí)模型的預(yù)測能力在訓(xùn)練隊(duì)列中,logistic 回歸分析、SVM、貝葉斯網(wǎng)絡(luò)、隨機(jī)森林、決策樹預(yù)測能力比較,logistic 回歸分析與SVM有較高的預(yù)測能力,使用De-long 方法與其他模型對(duì)比,logistic 回歸分析與SVM 的預(yù)測能力高于其他模型,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(均P<0.05)。同樣,在驗(yàn)證隊(duì)列中,5 種模型預(yù)測能力比較,logistic 回歸分析與SVM 預(yù)測能力最高,與其他模型相比,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(均P<0.05,圖1、表1)。

表1 5 種模型在訓(xùn)練隊(duì)列和驗(yàn)證隊(duì)列中預(yù)測能力的AUC 比較Tab.1 AUC comparison of the predictive abilitity of the five models in the training cohort and the validation cohort ±s

表1 5 種模型在訓(xùn)練隊(duì)列和驗(yàn)證隊(duì)列中預(yù)測能力的AUC 比較Tab.1 AUC comparison of the predictive abilitity of the five models in the training cohort and the validation cohort ±s

模型決策樹貝葉斯網(wǎng)絡(luò)SVM Logistic隨機(jī)森林訓(xùn)練隊(duì)列AUC±SE 0.717±0.037 0.765±0.034 0.843±0.025 0.854±0.024 0.721±0.035 95%CI 0.668 ~0.762 0.718 ~0.807 0.802 ~0.878 0.814 ~0.888 0.673 ~0.766驗(yàn)證隊(duì)列AUC±SE 0.720±0.048 0.671±0.051 0.865±0.039 0.846±0.036 0.790±0.040 95%CI 0.643 ~0.788 0.592 ~0.743 0.802 ~0.914 0.781 ~0.899 0.718 ~0.850

圖1 5 種模型對(duì)浸潤性乳腺癌Luminal 分型預(yù)測能力的ROC 比較Fig.1 5 models for Luminal type in the training cohort and the validation cohort,respectively

2.3 預(yù)測變量的重要性使用SVM 模型進(jìn)行預(yù)測變量重要性分析,在所有預(yù)測變量中,影響Luminal分型的最重要的三個(gè)因素分別為結(jié)節(jié)大小、邊緣、鈣化,變量相對(duì)重要性見圖2。使用SVM 建模示例:圖3 所示患者,女,年齡39 歲,絕經(jīng)前,左乳外上象限單發(fā)病灶,最大直徑1.5 cm,形狀不規(guī)則,邊緣呈毛刺征,結(jié)節(jié)內(nèi)見微鈣化,后方回聲衰減。Moderler SVM 建模,Luminal 型概率為0.867,術(shù)后免疫組化為Luminal A 型。

圖2 使用SVM 分析各預(yù)測變量重要性Fig.2 Analyze the importance of predictive variables using SVM

圖3 使用SVM 建模舉例Fig.3 An example using SVM to construt the predictive modle

3 討論

乳腺癌的高度異質(zhì)性決定了其分子分型在乳腺癌診斷及治療中的作用[13],因此通過無創(chuàng)的方法盡可能準(zhǔn)確地判斷乳腺癌的Luminal 分型對(duì)于臨床醫(yī)師的診療具有至關(guān)重要的意義。機(jī)器學(xué)習(xí)作為人工智能的分支,主要包括logistic 回歸分析、SVM、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、貝葉斯網(wǎng)絡(luò)、決策樹、隨機(jī)森林等分類器,通過大量高維復(fù)雜數(shù)據(jù)建立模型,可以消除觀察者的主觀差異[14],近幾年在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用越來越廣泛[15],很多學(xué)者研究[16]表明機(jī)器學(xué)習(xí)可以用來研究疾病的診斷及治療預(yù)后。目前尚未有研究基于原發(fā)灶超聲特征建立機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測浸潤性乳腺癌Luminal 分型。本研究回顧性分析了529 例浸潤性乳腺癌患者的原發(fā)灶超聲聲像圖特征,基于logistic 回歸分析、SVM、貝葉斯網(wǎng)絡(luò)、決策樹、隨機(jī)森林等建立機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測浸潤性乳腺癌的Luminal 分型,得出SVM 與logistic 回歸分析具有較高的預(yù)測價(jià)值,影響Luminal 分型的最重要的三個(gè)因素分別為結(jié)節(jié)大小、邊緣、鈣化。

本研究選取了logistic 回歸分析、SVM、貝葉斯網(wǎng)絡(luò)、決策樹、隨機(jī)森林等5 種機(jī)器學(xué)習(xí)模型,結(jié)果顯示,在訓(xùn)練隊(duì)列和驗(yàn)證隊(duì)列中,SVM 與logistic回歸分析均具有較高的預(yù)測能力。SHE 等[16]建立機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測孤立性肺結(jié)節(jié)的良惡性,同樣得出SVM 與logistic 回歸分析均具有較高的預(yù)測能力。logistic 回歸模型是一種廣義的線性模型,屬于數(shù)據(jù)挖掘中最基本的模型,已廣泛用于疾病的病因診斷、預(yù)后及危險(xiǎn)因素分析[17-18]。SVM作為典型的機(jī)器學(xué)習(xí)模型,與logistic 回歸分析原理不同,logistic 回歸分析使用加權(quán)最小二乘算法,而SVM 使用結(jié)構(gòu)風(fēng)險(xiǎn)最小化準(zhǔn)則,可直接找到最佳截?cái)嗥矫?,最大程度地減少常見的分類錯(cuò)誤[19]。因此,在分類問題中,SVM 通常表現(xiàn)出與logistic 回歸分析具有相同或更高的性能。而其他模型,決策樹通過“是”與“否”進(jìn)行數(shù)據(jù)分類,僅適用于小規(guī)模數(shù)據(jù);而神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)主要處理非線性數(shù)據(jù),且需要大量的參數(shù)。

使用SVM 模型分析各預(yù)測變量重要性,得出影響Luminal 分型的最重要的三個(gè)因素分別為結(jié)節(jié)大小、邊緣、鈣化。根據(jù)腫瘤TNM 分期,癌灶越大,惡性程度越高,Luminal 型乳腺癌的腫瘤體積一般較非Luminal 型的體積小,預(yù)后及分化情況良好。既往研究表明Luminal 型乳腺癌多出現(xiàn)形狀不規(guī)則、邊緣毛刺、縱向生長等特征[20-21],與本研究結(jié)果基本一致。腫瘤邊緣不光整(微分葉、成角或毛刺)代表腫瘤侵襲性生長及快速增長,此外,腫瘤邊緣的不光整可能會(huì)使腫瘤細(xì)胞以不同的生長速率侵犯周圍組織,導(dǎo)致高基質(zhì)反應(yīng)和纖維結(jié)締組織增生,這是一種早期保護(hù)機(jī)制,可以在一定程度上限制癌細(xì)胞的擴(kuò)散。三陰性乳腺癌多形狀規(guī)則、邊緣規(guī)整[21],不伴有微鈣化,可能與其呈擠壓式生長,周圍組織增生反應(yīng)較輕有關(guān)。

本研究尚存在一定的局限性,所選取的患者為單中心沿海地區(qū)患者,有一定的選擇偏倚,且相對(duì)于以往數(shù)據(jù)挖掘研究,本研究樣本量較少,下一步需擴(kuò)大樣本量,同時(shí)進(jìn)行多中心研究;其次,本研究的超聲特征由超聲醫(yī)師讀取,未來的研究可使用機(jī)器學(xué)習(xí)模型直接從超聲影像中提取特征進(jìn)行研究。

綜上所述,本研究結(jié)果顯示機(jī)器學(xué)習(xí)模型可用來預(yù)測浸潤性乳腺癌Luminal 分型,SVM 與logistic回歸分析具有較高的預(yù)測性能,影響Luminal 分型的最重要的三個(gè)因素分別為結(jié)節(jié)大小、邊緣、鈣化,從而為臨床乳腺癌Luminal 分型提供診斷依據(jù)。對(duì)于大量高維數(shù)據(jù),期望SVM 數(shù)據(jù)挖掘方法可以作為傳統(tǒng)的logistic 回歸分析有效替代方法,以更準(zhǔn)確和及時(shí)的方式識(shí)別關(guān)鍵變量,從而為臨床治療提供指導(dǎo)。

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