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染色體微陣列分析技術(shù)在馬蹄足內(nèi)翻胎兒中的應(yīng)用價(jià)值

2022-10-10 06:45羅曉輝周偉寧李怡任叢勉黃演林盧建
關(guān)鍵詞:復(fù)雜性隊(duì)列陽(yáng)性率

羅曉輝,周偉寧,李怡,任叢勉,黃演林,盧建

馬蹄足內(nèi)翻(talipes equinovarus,TE)是常見(jiàn)的出生缺陷,活產(chǎn)兒中發(fā)病率為1‰~3‰,男女比為2∶1[1]。TE發(fā)病原因不明確,與神經(jīng)肌肉病變、骨骼發(fā)育異常和遺傳因素等有關(guān),約20%的TE與染色體非整倍體、微缺失/微重復(fù)綜合征相關(guān)??截悢?shù)變異(copy number variation,CNV)通常指>1 kb的DNA片段的拷貝數(shù)增加或減少,染色體微陣列分析(chromosome microarray analysis,CMA)技術(shù)可以檢測(cè)大于100 kb的CNV。本研究對(duì)157例超聲提示為T(mén)E的胎兒進(jìn)行CMA檢測(cè),旨在探討CMA技術(shù)在產(chǎn)前TE胎兒中的臨床應(yīng)用價(jià)值。

1 對(duì)象與方法

1.1 研究對(duì)象收集2016年1月—2020年7月在廣東省婦幼保健院(我院)產(chǎn)前診斷中心就診的孕婦因胎兒超聲提示TE接受介入性產(chǎn)前診斷并行CMA者157例。由我院產(chǎn)前診斷系統(tǒng)獲取病例的臨床資料。①一般資料:年齡、介入性產(chǎn)前診斷穿刺孕周、孕產(chǎn)史和臨床診斷等。②相關(guān)檢查資料:超聲檢查、CMA檢測(cè)結(jié)果等。所有孕婦均接受檢測(cè)前遺傳咨詢(xún)并簽署《CMA檢測(cè)知情同意書(shū)》,本研究已經(jīng)過(guò)院倫理委員會(huì)審核同意(倫理審批號(hào):202201124),并且已經(jīng)取得患者的臨床資料用于科學(xué)研究的知情同意書(shū)。納入研究的TE胎兒根據(jù)是否合并其他系統(tǒng)異常,分為孤立性TE組(107例)和復(fù)雜性TE組(50例)2組,孤立性TE組孕婦年齡(28.29±4.41)歲,穿刺孕周(24.58±3.06)周;復(fù)雜性TE組孕婦年齡(29.37±4.58)歲,穿刺孕周(24.04±4.05)周,2組的年齡、穿刺孕周比較,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(t分別為1.41和0.93,P>0.05)。

1.2 方法

1.2.1 標(biāo)本采集根據(jù)孕周在超聲定位下進(jìn)行胎兒產(chǎn)前標(biāo)本取材。孕16~24周的孕婦行羊膜腔穿刺取羊水30 mL,孕24周以后的孕婦行臍血穿刺取3 mL,行CMA檢測(cè)。

1.2.2 CMA檢測(cè)和CNV的判斷采用美國(guó)Thermo Fisher Scientific公司CytoScan 750K芯片平臺(tái)進(jìn)行檢測(cè)。胎兒樣本DNA排除母源性污染后,按照標(biāo)準(zhǔn)試驗(yàn)操作進(jìn)行實(shí)驗(yàn),數(shù)據(jù)分析使用芯片平臺(tái)配套的ChAS軟件。CMA技術(shù)敏感度、分辨率高,可檢出>100 kb的CNV,無(wú)法檢測(cè)染色體平衡易位、點(diǎn)突變等。分析過(guò)程參照本實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部數(shù)據(jù)庫(kù)以及在線(xiàn)公共數(shù)據(jù)庫(kù),如DECIPHER,Databaseof Genomic Variants(DGV),Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM),UCSC Genome Browser,參照美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)會(huì)(American College of Medical Genetics,ACMG)指南[2]對(duì)CNV進(jìn)行判定。CNV分為五類(lèi):致病性CNV(pathogenic CNVs,pCNV)、可能致病CNV(likely pathogenic CNVs,lpCNV)、臨床意義不明CNV(variants of uncertain clinical significance,VUS)、可能良性CNV(likely benign CNV)及良性CNV(benign CNV)。產(chǎn)前診斷CMA報(bào)告pCNV、lpCNV和符合實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)的VUS(缺失>500 kb,重復(fù)>1 Mb),而對(duì)于良性CNV、可能良性CNV和不符合報(bào)告標(biāo)準(zhǔn)的VUS不予報(bào)告。本研究將CMA檢出的染色體變異分為染色體非整倍體和CNV兩類(lèi),有臨床意義的CNV包括lpCNV和pCNV。

1.2.3 胎兒TE有臨床意義的CNV陽(yáng)性率與低風(fēng)險(xiǎn)妊娠人群風(fēng)險(xiǎn)值比較根據(jù)文獻(xiàn)[3]中高齡/焦慮孕婦妊娠的胎兒有臨床意義的CNV發(fā)生率并不隨年齡增長(zhǎng)而升高及文獻(xiàn)[4]胎兒產(chǎn)前超聲異常孕婦相較于超聲無(wú)異常者有臨床意義CNV的發(fā)生率顯著增高的結(jié)論,將高齡/焦慮孕婦、產(chǎn)前超聲無(wú)異常妊娠人群定義為低風(fēng)險(xiǎn)妊娠人群,分別選取超聲無(wú)異常妊娠人群和高齡/焦慮妊娠人群兩個(gè)隊(duì)列的有臨床意義CNV的陽(yáng)性率作為低風(fēng)險(xiǎn)妊娠人群的背景風(fēng)險(xiǎn)值。①超聲無(wú)異常妊娠隊(duì)列的背景風(fēng)險(xiǎn)值確定。本研究將Sagi-Dain等[5]無(wú)明顯超聲異常胎兒的CMA結(jié)果中有臨床意義的CNV陽(yáng)性率0.84%(47/5 541)作為超聲無(wú)異常妊娠隊(duì)列中有臨床意義的CNV的背景風(fēng)險(xiǎn)值。②高齡/焦慮隊(duì)列的背景風(fēng)險(xiǎn)值確定。本研究將文獻(xiàn)薈萃中高齡/焦慮孕婦有臨床意義的CNV陽(yáng)性率0.84%(106/12 546)[6]確定為高齡/焦慮妊娠人群中有臨床意義的CNV背景風(fēng)險(xiǎn)值。

1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法應(yīng)用SPSS 19.0統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。定量資料用均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差(±s)表示,組間比較采用兩獨(dú)立樣本t檢驗(yàn);定性資料用頻數(shù)/構(gòu)成比(%)表示,組間比較采用χ2檢驗(yàn)或Fisher確切概率法。P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 CMA在TE胎兒中染色體變異檢出情況本研究157例TE胎兒中,染色體變異陽(yáng)性率為12.10%(19/157),非整倍體陽(yáng)性率為5.73%(9/157),以21-三體、18-三體和性染色體非整倍體為主;CNV陽(yáng)性率為6.37%(10/157),包括6例pCNV、1例lpCNV和3例VUS(臨床資料見(jiàn)表1),有臨床意義的CNV陽(yáng)性率為4.46%(7/157),以微缺失/微重復(fù)綜合征為主。孤立性TE組和復(fù)雜性TE組有臨床意義的染色體變異陽(yáng)性率、染色體非整倍體陽(yáng)性率、有臨床意義的CNV陽(yáng)性率比較差異均無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),見(jiàn)表2。

表1 CMA檢出的10例CNV的TE胎兒的臨床資料及分析結(jié)果

表2 CMA在TE胎兒檢出有臨床意義的染色體變異情況

2.2 TE胎兒中有臨床意義的CNV陽(yáng)性率與低風(fēng)險(xiǎn)妊娠人群背景風(fēng)險(xiǎn)值比較157例TE胎兒中有臨床意義的CNV陽(yáng)性率(16/157)顯著高于超聲無(wú)異常妊娠隊(duì)列(47/5 541)和高齡/焦慮妊娠隊(duì)列(106/12 546),差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義[OR=13.26,95%CI:7.34~23.96,χ2=121.881,P<0.001;OR=13.32,95%CI:7.67~23.11,χ2=142.399,P<0.001]。孤立性TE組有臨床意義的CNV陽(yáng)性率(5/107)顯著高于超聲無(wú)異常妊娠隊(duì)列(47/5 541)[OR=5.73,95%CI:2.23~14.70,χ2=16.834,P<0.001]和高齡/焦慮妊娠隊(duì)列(106/12 546)[OR=5.75,95%CI:2.29~14.40,χ2=17.879,P=0.002]。復(fù)雜性TE組有臨床意義的CNV陽(yáng)性率(2/50)與超聲無(wú)異常妊娠隊(duì)列(47/5 541)[OR=4.87,95%CI:1.15~20.63,χ2=5.666,P=0.071]和高齡/焦慮妊娠隊(duì)列(106/12 546)[OR=4.89,95%CI:1.17~20.38,χ2=5.832,P=0.068]比較,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

3 討論

染色體微缺失/微重復(fù)是胎兒先天性畸形的重要遺傳學(xué)病因,而CMA作為產(chǎn)前超聲異常的首選臨床遺傳學(xué)分析工具,不僅可以檢測(cè)染色體結(jié)構(gòu)變異、染色體嵌合體(嵌合比例>20%)和染色體純合狀態(tài)(absence of heterozygosity,AOH),還可以檢測(cè)全基因組水平的CNV。

3.1 TE胎兒染色體非整倍體陽(yáng)性率及其臨床意義染色體非整倍體是胎兒TE的重要遺傳學(xué)病因,本研究中染色體非整倍體陽(yáng)性率為5.73%(9/157),以21-三體、18-三體和性染色體非整倍體為主,與既往文獻(xiàn)報(bào)道基本一致。既往研究認(rèn)為,胎兒復(fù)雜性TE與染色體非整倍體高度相關(guān),復(fù)雜性TE需要介入性產(chǎn)前診斷排除非整倍體,而對(duì)于孤立性TE是否需要介入性產(chǎn)前診斷存在爭(zhēng)議[7-8]。本研究中孤立性TE與復(fù)雜性TE組相比,染色體非整倍體陽(yáng)性率差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,但均有較高的陽(yáng)性率,因此,筆者認(rèn)為,對(duì)于孤立性TE仍需要介入性產(chǎn)前診斷。

3.2 TE胎兒有臨床意義的CNV陽(yáng)性率及其臨床意義本研究TE胎兒中CMA檢出CNV陽(yáng)性率為6.37%(10/157)。既往文獻(xiàn)報(bào)道CNV是復(fù)雜性TE的重要病因[8],有文獻(xiàn)報(bào)道孤立性TE、復(fù)雜性TE組中檢出有臨床意義的CNV陽(yáng)性率分別為3.06%(7/229)和5.00%(2/40)[9]。郭喬麗等[10]研究報(bào)道CMA在孤立性TE、復(fù)雜性TE組中有臨床意義CNV的陽(yáng)性率分別為5.26%(2/38)、26.67%(4/15),以上兩項(xiàng)研究數(shù)據(jù)存在差異,但是復(fù)雜性TE組中有臨床意義的CNV均高于孤立性TE組。本研究中孤立性TE組、復(fù)雜性TE組的有臨床意義的CNV陽(yáng)性率相近,分別為4.67%(5/107)和4.00%(2/50),差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),因此對(duì)孤立性TE胎兒不能忽視CNV的檢測(cè)。本研究與上述兩項(xiàng)研究的數(shù)據(jù)存在差異,后續(xù)尚需聯(lián)合多中心,積累大樣本量臨床數(shù)據(jù),為產(chǎn)前遺傳咨詢(xún)提供參考依據(jù)。此外,對(duì)于攜帶CNV的TE胎兒,應(yīng)驗(yàn)證CNV的遺傳學(xué)來(lái)源,結(jié)合影像學(xué)檢查以及雙親表型,為胎兒父母提供詳細(xì)的遺傳咨詢(xún),并對(duì)出生兒進(jìn)行長(zhǎng)期追蹤隨訪(fǎng)。后續(xù)我們可以通過(guò)多中心合作不斷積累數(shù)據(jù),完善出生后病例的隨訪(fǎng),建立本地人群CNV數(shù)據(jù)庫(kù),以便對(duì)攜帶CNV的胎兒評(píng)估積累臨床證據(jù)。

3.3 TE胎兒相對(duì)低風(fēng)險(xiǎn)妊娠人群發(fā)生有臨床意義CNV的風(fēng)險(xiǎn)既往有研究發(fā)現(xiàn),胎兒有臨床意義的CNV發(fā)生率不隨年齡增長(zhǎng)而升高,CMA檢測(cè)不應(yīng)局限于35歲或以上[3,11]。本研究提示TE胎兒發(fā)生有臨床意義的CNV陽(yáng)性率(4.46%)顯著高于低風(fēng)險(xiǎn)妊娠人群(0.84%),其中孤立性TE胎兒發(fā)生有臨床意義的CNV陽(yáng)性率顯著高于低風(fēng)險(xiǎn)妊娠人群,而復(fù)雜性TE胎兒組發(fā)生有臨床意義的CNV陽(yáng)性率與低風(fēng)險(xiǎn)妊娠人群相比差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),可能與本研究復(fù)雜性TE樣本量偏小有關(guān)。此外,值得注意的是復(fù)雜性TE胎兒中有臨床意義的CNV的陽(yáng)性率(4.00%)約為低風(fēng)險(xiǎn)妊娠人群(0.84%)的5倍,因此認(rèn)為對(duì)于TE胎兒,無(wú)論是否合并其他系統(tǒng)結(jié)構(gòu)畸形,均要考慮發(fā)生CNV的高風(fēng)險(xiǎn)性。

3.4 本研究中檢出有臨床意義的CNV的TE病例的分析TE是一些常見(jiàn)的微缺失/微重復(fù)綜合征的常見(jiàn)表型[12],本研究有臨床意義的CNV,4例(4/7)為微缺失/微重復(fù)綜合征,以22q11.2微缺失綜合征(22q11.2 deletion syndrome,22q11.2 DS)(3/7)最為常見(jiàn),既往研究發(fā)現(xiàn)22q11.2 DS多與心臟畸形、腭裂和免疫系統(tǒng)功能低下等表型相關(guān),目前普遍認(rèn)為單倍劑量敏感基因T-box1轉(zhuǎn)錄因子(TBX1)缺失是22q11.2 DS的重要致病原因。本研究例1右側(cè)TE,左側(cè)腦室臨界增寬(10 mm),例2雙側(cè)TE,例3右側(cè)TE,CMA檢測(cè)發(fā)現(xiàn)分 別 缺 失3.25 Mb、2.88 Mb和2.9 Mb,均 提 示 為22q11.2 DS。Homans等[13]研究顯示22q11.2 DS患者中TE的發(fā)生率(3.3%,48/1 466)是普通人群(約1‰)的30倍,提示TE與22q11.2 DS具有極高相關(guān)性。目前僅檢索到一篇文獻(xiàn)報(bào)道TBX1缺失的新生小鼠的頭枕骨軟骨間加速礦化導(dǎo)致融合[14],目前足內(nèi)翻與22q11.2 DS相關(guān)性機(jī)制待進(jìn)一步研究。

例4胎兒雙側(cè)TE,CMA檢出16p13.11區(qū)段缺失1.5 Mb,CMA提示為16p13.11微缺失綜合征,主要表現(xiàn)為顱面部異常,神經(jīng)認(rèn)知異常等,其表現(xiàn)度和外顯率存在差異[15],目前尚未見(jiàn)16p13.11缺失與TE相關(guān)的文獻(xiàn)報(bào)道,該例可能為產(chǎn)前診斷中的偶然發(fā)現(xiàn)。例5雙側(cè)TE,雙腎盂分離,羊水過(guò)多,檢出Xp22.31缺失1.7 Mb,該缺失包含STS基因,涉及X染色體性連鎖魚(yú)鱗病,再發(fā)風(fēng)險(xiǎn)高,目前尚無(wú)研究提示該基因與肢體解剖結(jié)構(gòu)畸形相關(guān),為產(chǎn)前診斷中的意外發(fā)現(xiàn)。例6右側(cè)TE,羊水過(guò)少,CMA結(jié)果發(fā)現(xiàn)14q24.3-q32.33重復(fù)29.9 Mb,可導(dǎo)致14q三體綜合征,主要表現(xiàn)為智力低下、發(fā)育遲緩和特殊面容等先天異常。例7雙側(cè)TE,CMA檢出5q31.1區(qū)域發(fā)生2.7 Mb缺失,遺傳自母親,該區(qū)段包含的PITX1基因,屬于同源異型結(jié)構(gòu)域蛋白轉(zhuǎn)錄因子家族,主要在胚胎中胚層分化后半期表達(dá),參與下肢發(fā)育。有研究提示PITX1變異或缺失致使膝蓋以下的肌肉和骨骼量減少[16]。另有動(dòng)物研究提示小鼠PITX1與小鼠足內(nèi)翻樣表型高度有關(guān)[17],其具體致病機(jī)制還在進(jìn)一步研究中。目前研究提示TE與染色體非整倍體、CNV相關(guān)外,基因變異也是TE的重要遺傳學(xué)病因[18],因此對(duì)核型分析和CMA均陰性的TE胎兒進(jìn)行基因檢測(cè)有助于明確病因。

綜上所述,TE胎兒有臨床意義的CNV發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)顯著高于低風(fēng)險(xiǎn)妊娠人群,染色體非整倍體和CNV是產(chǎn)前TE重要的遺傳學(xué)病因,CMA技術(shù)在TE胎兒中可以提高約6%(10/157)的CNV檢出率,CMA在檢測(cè)TE胎兒染色體微缺失/微重復(fù)具有重要的臨床價(jià)值。

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