馬梁,王保福,王顯,2
心律失常屬于中醫(yī)“心悸”的范疇,指心臟電生理沖動在產(chǎn)生或傳導(dǎo)過程中發(fā)生異常,以心慌、胸悶、乏力,甚至?xí)炟蕿榕R床表現(xiàn)的心律、心率異常的疾病。長期心律失??梢鹦牧λソ?、心肌梗死、腦卒中等疾病,嚴(yán)重危害個人生存質(zhì)量[1]。因此,如何發(fā)揮中醫(yī)藥對心律失常的防治作用一直是中醫(yī)藥研究亟待解決的問題。王顯教授結(jié)合絡(luò)病學(xué)理論[2]認(rèn)為,“絡(luò)風(fēng)內(nèi)動”為心律失常重要發(fā)病機制之一,多因內(nèi)外風(fēng)邪擾動心之絡(luò)脈,進(jìn)而氣血紊亂,導(dǎo)致心悸發(fā)作;且心悸起病急驟、發(fā)病時間不定、病情變化迅速等臨床表現(xiàn)與中醫(yī)“風(fēng)邪”的致病特征類似,故創(chuàng)立絡(luò)風(fēng)寧3號方從風(fēng)論治心律失常。課題組前期研究發(fā)現(xiàn),絡(luò)風(fēng)寧3號方可顯著降低心律失常發(fā)生率[3,4],其中治療房顫總體有效率達(dá)81%[4],治療室早總體有效率達(dá)77.5%[3],但其作用機制尚未闡明。本文通過“網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)”,分析絡(luò)風(fēng)寧3號方治療心律失常的有效成分和相關(guān)靶點通路,為絡(luò)風(fēng)寧3號方的臨床應(yīng)用和后續(xù)基礎(chǔ)研究提供理論依據(jù)。
1.1 絡(luò)風(fēng)寧3號方化學(xué)成分的篩選在中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺(TCMSP)數(shù)據(jù)庫(http://tcmspw.com/tcmsp.php)中搜索絡(luò)風(fēng)寧3號方部分中藥的有效成分(徐長卿、柴胡、黃芩、半夏、人參、五味子、三七、茯苓)。TCMSP數(shù)據(jù)庫未收錄的藥物,則在ETCM數(shù)據(jù)庫(http://www.tcmip.cn/ETCM/)(麥冬、石菖蒲)和DrugBank數(shù)據(jù)庫(https://go.drugbank.com/)(生龍齒)進(jìn)行檢索。以上三種數(shù)據(jù)庫均未收集茯神,查閱文獻(xiàn)[5]發(fā)現(xiàn)茯神與茯苓在相關(guān)成分上并無明顯差異,兩者之間存在的差異主要為有效成分含量不同,故在TCMSP數(shù)據(jù)庫中以“茯苓”代替“茯神”進(jìn)行檢索。參照藥代動力學(xué)(ADME),以口服生物利用度(OB)≥30%,類藥性(DL)≥0.18為篩選標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行篩選。將得到的有效成分統(tǒng)一在TCMSP數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行靶點基因預(yù)測,并通過UniProt數(shù)據(jù)庫(https://www.uniprot.org/)對獲得的靶點名稱進(jìn)行規(guī)范校正。將“藥物”、“化合物”、“靶點”相關(guān)信息導(dǎo)入Excel,整合重復(fù)的有效成分。
1.2 心律失常潛在靶點預(yù)測以“Arrhythmia”作為關(guān)鍵詞,在GeneCards數(shù)據(jù)庫(https://www.genecards.org/)中對“心律失常”發(fā)病相關(guān)的靶基因進(jìn)行檢索并根據(jù)相關(guān)性進(jìn)行篩選。用 R語言獲取疾病靶點基因與絡(luò)風(fēng)寧3號方作用靶點的交集,并繪制韋恩圖。
1.3 絡(luò)風(fēng)寧3號方中核心成分與核心靶點篩選通過Cytoscape3.7.2[6]軟件繪制“藥物-靶點”網(wǎng)絡(luò),將篩選出來的中藥化合物所對應(yīng)靶點與心律失常相關(guān)靶點進(jìn)行映射;使用Network Analyze插件分析網(wǎng)絡(luò)圖,比較網(wǎng)絡(luò)中各節(jié)點度值(Degree Centrality)、緊密中心性(Closeness Centrality),篩選出核心成分與靶點基因。
1.4 蛋白互作(PPI)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析以絡(luò)風(fēng)寧3號方與心律失常的交集靶點為輸入內(nèi)容,在STRING11.0數(shù)據(jù)庫(https://www.string-db.org/)中進(jìn)行蛋白互作分析,選擇“種屬”為“Homo Sapiens”,設(shè)定相互作用評分(minimum required interaction score)為0.4,得到PPI網(wǎng)絡(luò)圖,并導(dǎo)入Cytoscape3.7.2軟件中,利用Network Analyze進(jìn)行分析,篩選出核心靶點蛋白。
1.5 基因功能富集(GO)分析及生物通路(KEGG)分析利用DAVID數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/)將1.2得到的交集靶點進(jìn)行GO和KEGG富集分析,分別從細(xì)胞組分(cellular component,CC)、分子功能(molecular function,MF)、生物過程(biological process,BP)對這些交集靶點的功能進(jìn)行GO富集分析并利用R語言ggplot2繪制柱狀圖。KEGG富集分析結(jié)果根據(jù)P(Pvalue)值與基因比例(GeneRatio)值,利用R語言ggplot2繪制前20位柱狀圖及氣泡圖,進(jìn)行可視化研究。
2.1 絡(luò)風(fēng)寧3號方中化學(xué)成分的篩選共獲得絡(luò)風(fēng)寧3號方有效活性成分1257種。其中,TCMSP數(shù)據(jù)庫中檢索到徐長卿有效成分68種、石菖蒲17種、柴胡349種、黃芩143種、半夏116種、人參190種、五味子130種、三七119種、茯神34種。在ETCM數(shù)據(jù)庫中檢索到石菖蒲有效成分17種、麥冬52種。在DrugBank數(shù)據(jù)庫中檢索到生龍齒有效成分22種。將這些化學(xué)成分進(jìn)行整合分析,按照OB和DL值進(jìn)行篩選,刪除重復(fù)值,共得到120種有效成分,其中徐長卿6種,石菖蒲4種,柴胡17種,黃芩36種,半夏13種,人參17種,麥冬4種,五味子8種,三七8種,茯神6種,生龍齒1種。部分有效成分的基本信息見表1。
表1 絡(luò)風(fēng)寧3號方中部分有效成分的基本信息
2.2 預(yù)測絡(luò)風(fēng)寧3號方治療心律失常的核心作用靶點在TCMSP數(shù)據(jù)庫中獲得絡(luò)風(fēng)寧3號方共239個靶點基因。GeneCard數(shù)據(jù)庫獲得“心律失?!睗撛诎悬c4035個,根據(jù)相關(guān)性(Relevance score),兩次取中位數(shù)后共篩選出1091個潛在靶點。如圖1所示,共獲得“絡(luò)風(fēng)寧3號方”和“心律失?!苯患悬c82個。
圖1 絡(luò)風(fēng)寧3號方治療心律失常靶點Venn圖
2.3 絡(luò)風(fēng)寧3號方“成分-靶點-疾病”網(wǎng)絡(luò)繪制和分析通過Cytoscape3.7.2軟件繪制“成分-靶點-疾病”網(wǎng)絡(luò)圖,共有157個節(jié)點(82個基因靶點,75個有效成分節(jié)點),495條連線,結(jié)果見圖2。利用Network Analyze工具進(jìn)行拓?fù)浞治?,篩選出核心靶點基因與主要活性成分。網(wǎng)絡(luò)中平均每個活性成分和7個核心靶點相互關(guān)聯(lián);平均每個核心靶點基因與6個活性化合物相互作用,表明絡(luò)風(fēng)寧3號方中各個有效成分之間存在協(xié)同調(diào)控,相互關(guān)聯(lián)的作用。根據(jù)Closeness Centrality及Degree Centrality值,選取前10位活性成分與靶點基因,結(jié)果見圖3、表2,其中活性成分為MOL000098-槲皮素(quercetin;CAS號:117-39-5)、MOL000422-山奈酚(kaempferol;CAS號:520-18-3)、MOL000173-漢黃芩素(Wogonin;CAS號:632-85-9)、MOL000358 -β-谷甾醇(b e t a-s i t o s t e r o l;C A S 號:83-46-5)、MOL004624 -Longikaurin A(CAS號:75207-67-9)等,這些主要活性成分平均作用于20個靶標(biāo)基因。圖3中靶點基因包含有PTGS2、PTGS1、HSP90AA1、SCN5A等,這些靶點基因平均影響29種活性化合物。
表2 “成分-靶點-靶點”網(wǎng)絡(luò)關(guān)鍵節(jié)點拓?fù)鋵W(xué)信息
圖2 絡(luò)風(fēng)寧3號方“成分-靶點-疾病”網(wǎng)絡(luò)圖
圖3 主要有效成分-核心靶點基因網(wǎng)絡(luò)圖
2.4 絡(luò)風(fēng)寧3號方治療心律失常PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析通過STRING11.0數(shù)據(jù)庫與Cytoscape3.7.2軟件得到PPI網(wǎng)絡(luò)圖(圖4),圖中共有80個節(jié)點,1287條邊,平均度值為47,Degree值≥47的靶點共19個,如IL-6、 VEGFA 、AKT1 、TNF、 MMP9等(表3)。
表3 絡(luò)風(fēng)寧3號方治療心律失常的部分靶點
圖4 絡(luò)風(fēng)寧3號方治療心律失常PPI網(wǎng)絡(luò)
2.5 絡(luò)風(fēng)寧3號方治療心律失常富集分析通過DAVID數(shù)據(jù)庫,對絡(luò)風(fēng)寧3號方治療心律失常的交集靶點進(jìn)行富集分析,輸出富集條目一共489條,其中含有45種CC、424條BP、20類MF。通過R語言將按照富集基因數(shù)目排名前十條目進(jìn)行可視化分析(圖5)。MF方面主要涉及:蛋白結(jié)合(protein binding)、酶結(jié)合(enzyme binding)、細(xì)胞因子活性(cytokine activity)、蛋白質(zhì)激酶結(jié)合(protein kinase binding)等。BP主要涉及從炎癥反應(yīng)(inflammatory response)、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)(signal transduction)、抑制細(xì)胞凋亡(negative regulation of apoptotic process)、缺氧反應(yīng)(response to hypoxia)、血管生成(angiogenesis)等。CC方面主要富集于質(zhì)膜(plasma membrane)、細(xì)胞質(zhì)(cytoplasm)、細(xì)胞膜(membrane)、線粒體(mitochondrion)等。KEGG富集分析得到共116條通路,主要包括有:PI3K-Akt信號通路(PI3K-Akt signaling pathway)、TNF信號通路(TNF signaling pathway)、MAPK信號通路(MAPK signaling pathway)、Toll樣受體信號通路(Toll-like receptor signaling pathway),根據(jù)通路包含基因數(shù)及校正后Pvalue值選取前20進(jìn)行可視化分析(圖6)。
圖5 絡(luò)風(fēng)寧3號方主要活性成分的GO富集分析
圖6 絡(luò)風(fēng)寧3號方治療心律失常KEGG富集分析氣泡圖
現(xiàn)代醫(yī)學(xué)視角下,炎癥、氧化應(yīng)激、離子通道異常等通常為心律失常發(fā)生的主要機制[7]。而在中醫(yī)學(xué)理論體系中,心律失常發(fā)作則與內(nèi)外風(fēng)邪擾動心之絡(luò)脈,繼而絡(luò)脈不寧、氣血紊亂,這一病機密切相關(guān)[2]。從心律失常發(fā)生機制來看,炎癥、氧化應(yīng)激、離子通道的致病機制與中醫(yī)體系中“風(fēng)邪致病”有著內(nèi)在聯(lián)系。各種理化生物刺激均會引起心肌組織炎癥反應(yīng),炎癥因子被大量釋放,通過促心肌纖維化損傷心肌結(jié)構(gòu)[8],或引起機體產(chǎn)熱誘發(fā)心率增快,心肌缺血;或促進(jìn)氧化應(yīng)激引起鈉離子(Na+),鈣離子(Ca2+)等離子通路紊亂[9,10]導(dǎo)致心臟電傳導(dǎo)異常,引起動風(fēng)征象。絡(luò)風(fēng)寧3號方由王顯教授基于絡(luò)風(fēng)內(nèi)動理論并結(jié)合其臨床經(jīng)驗創(chuàng)立,全方以徐長卿為君藥,石菖蒲、柴胡、黃芩、半夏為臣,佐藥選用麥冬、五味子、人參、三七,使藥選用茯神、生龍齒,臨床應(yīng)用療效顯著。而本研究則通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)對絡(luò)風(fēng)寧3號治療心律失常的作用機制進(jìn)行進(jìn)一步探討。
研究發(fā)現(xiàn),絡(luò)風(fēng)寧3號方治療心律失常的主要活性成分包括槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、漢黃芩素、(E)-11-二十烯酸、5,7,8-三羥基黃酮等。這些活性成分可通過減輕炎癥與氧化應(yīng)激損傷,調(diào)節(jié)離子通道等多種方式來達(dá)到抗心律失常作用。槲皮素可通過降低低密度脂蛋白(LDL)氧化、減少粘附分子(CAMs)和其他炎癥因子產(chǎn)生、保護內(nèi)皮功能等途徑改善心律失常[11]。山奈酚可以抑制血管細(xì)胞粘附分子1(VCAM-1)、細(xì)胞間粘附分子-1(ICAM-1)、內(nèi)皮細(xì)胞選擇素(E-selectin)、誘導(dǎo)型一氧化氮合酶(iNOS)和環(huán)氧合酶-2(COX-2)及核轉(zhuǎn)錄因子κB(NFκB)和轉(zhuǎn)錄激活因子1(AP-1)通路,發(fā)揮抗心律失常的作用[12]。此外,山奈酚、槲皮素、β-谷甾醇等活性成分還對鈉鉀氯轉(zhuǎn)運、Ca2+內(nèi)流等離子通道具有調(diào)節(jié)作用[13,14],其中,山奈酚可抑制L型鈣通道Ca2+內(nèi)流[14];而槲皮素可以利用鈉鉀ATP酶(Na+/K+ATPase)產(chǎn)生的電化學(xué)勢能,調(diào)節(jié)細(xì)胞質(zhì)攝取氯離子(Cl-),從而刺激1型鈉鉀氯同工轉(zhuǎn)運蛋白(NKCC1)的表達(dá),達(dá)到改善心律失常的作用[15]。
此外,本研究共篩選出82個靶點因子,如IL6、VEGFA、AKT1、TNF、MMP9等,涉及炎癥反應(yīng)、氧化應(yīng)激和調(diào)節(jié)離子通道等途徑。作為促炎因子,TNF不僅可以降低心肌細(xì)胞的T型Ca2+電流密度,抑制離子通道,下調(diào)離子調(diào)通道蛋白表達(dá)[16],也可通過激活蛋白激酶Cα(PKCα+),抑制超快速延遲整流鉀通道(Ikur)導(dǎo)致心律失常[17]。此外,TNF可增加內(nèi)皮細(xì)胞通透性和細(xì)胞間粘附分子1(ICAM-1)的表達(dá),影響正常心肌細(xì)胞結(jié)構(gòu),誘發(fā)心律失常[18,19]。VEGF、MMP9等作為參與血管生成的重要因素,同樣參與心律失常的病理過程[20,21]。其中VEGF除具有促進(jìn)新生血管的作用外,還能直接調(diào)控心肌細(xì)胞收縮性[20]。Wolfgang Rottbauer等[22]研究發(fā)現(xiàn)VEGF可以通過激活心室心肌細(xì)胞中的磷脂酶C-γ1(PLCγ1),特別是血管內(nèi)皮生長因子受體-1(FLT-1)受體來調(diào)節(jié)大鼠心室心肌細(xì)胞中的鈣循環(huán),導(dǎo)致心肌收縮異常。Mezach等[23]研究發(fā)現(xiàn)VEGF可破壞NaV1.5-rich ID納米組織并減慢心房傳導(dǎo),誘發(fā)心律失常。
KEGG富集分析進(jìn)一步獲得絡(luò)風(fēng)寧三號方涉及到的116條通路,主要包括有:PI3K-Akt信號通路、TNF信號通路、MAPK信號通路、Toll樣受體信號通路、HIF-1信號通路等。ShiXin等[24]研究發(fā)現(xiàn),與房顫預(yù)測相關(guān)的長鏈非編碼RNA(lncRNA)主要富集于炎癥通路中,且大多與TNF信號通路相關(guān)。TNF信號通路可使內(nèi)皮細(xì)胞通透性的升高,加速Na+、Ca2+等離子內(nèi)流,及炎癥因子的釋放,從而影響正常心肌細(xì)胞結(jié)構(gòu),改變電生理特點[18]。鄭旭穎等[25]發(fā)現(xiàn)通過調(diào)控PI3K-Akt通路可以降低心律失常發(fā)作時間與發(fā)生率,原因在于PI3K-Akt通路啟動下游靶蛋白哺乳動物雷帕霉素靶蛋白(mTOR),降低Beclin1,微管相關(guān)蛋白輕鏈3(LC3)的表達(dá),防止心肌細(xì)胞過度自噬,保護心肌細(xì)胞從而減少心律失常發(fā)生[26]。此外,MAPK、Toll樣受體、HIF1受體等信號通路還涉及對心臟電傳導(dǎo)的調(diào)節(jié)[27-29]。連接蛋白43(Cx43)是心肌細(xì)胞中表達(dá)最豐富的連接蛋白,可在心肌細(xì)胞質(zhì)膜上形成縫隙連接,用以調(diào)節(jié)細(xì)胞間的電生理和代謝耦合,因此對正常的心臟脈沖傳導(dǎo)至關(guān)重要[30]。心肌損傷時升高的MMP9可水解N-鈣粘蛋白(CDH2),降低心肌細(xì)胞Cx43,導(dǎo)致心室傳導(dǎo)速度降低,激發(fā)波長降低發(fā)生心律失常[31];而MAPK信號通路則可增加Cx43的磷酸化水平來降低心律失常的發(fā)生率[32]。Toll樣受體信號同樣參與調(diào)節(jié)心臟電沖動,其機制在于抑制內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中Kv4.2/4.3,進(jìn)而調(diào)節(jié)QT間期,維持心臟復(fù)極化[28]。
綜上,絡(luò)風(fēng)寧3號方的主要成分有槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、漢黃芩素等。這些活性成分可能作用于IL6、VEGFA、AKT1、TNF、MMP9等靶標(biāo),調(diào)節(jié)PI3K-Akt信號通路、TNF信號通路、MAPK信號通路、TLR信號通路、HIF-1等信號通路,從而發(fā)抗炎、抗氧化應(yīng)激、調(diào)節(jié)離子通路等作用,降低心律失常的發(fā)生。本研究促進(jìn)了絡(luò)風(fēng)寧3號方從經(jīng)驗醫(yī)學(xué)到循證醫(yī)學(xué)的轉(zhuǎn)化,為進(jìn)一步藥物實驗提供思路。但由于各個數(shù)據(jù)庫計算方法不同,收集到的資料存在一定的偏倚,僅能盡可能接近真實全部的網(wǎng)絡(luò)藥理數(shù)據(jù)。此外藥物之間相互作用情況尚未完全探明,需進(jìn)一步深入的實驗驗證。