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不同類型甘薯品種遺傳多樣性的ISSR分析

2022-07-13 09:03崔晨珂林濤安艷波崔鵬
關(guān)鍵詞:親本多態(tài)性鮮食

崔晨珂, 林濤, 安艷波, 崔鵬

(浙江農(nóng)林大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)學(xué)院,杭州 311300)

甘 薯(Ipomoea batatasL.)屬 旋 花 科(Convolvulaceae),其不僅是重要的糧食,也是重要的飼料工業(yè)原料及新型能源作物。我國是甘薯生產(chǎn)大國,產(chǎn)量占世界總產(chǎn)量的67.3%[1]。中國甘薯品種審定專業(yè)委員會按照用途將甘薯品種劃分為5個類型:食用型、淀粉型、兼用型、特用型和葉菜型。食用型品種注重外觀、食味和營養(yǎng)價值,主要用于蒸煮和烘烤加工;淀粉型品種的干率和淀粉含量較高,主要用于淀粉加工;兼用型是指其既可以食用,也可進行淀粉加工和飼料加工;特用型主要是類胡蘿卜素和花青素含量較高的品種,主要用于天然色素提?。蝗~菜型主要以莖尖和幼嫩葉片為蔬菜進行食用和種植[2];而觀賞型是近年來新增加的甘薯分類類型,側(cè)重于其地上部分的顏色和形狀,主要用于觀賞。隨著甘薯產(chǎn)業(yè)發(fā)展,甘薯分類逐步趨于細化,例如觀賞型又可分為觀葉型、觀花型、觀根型、藥用觀賞型等[3];鮮食型又可分為鮮食、烘烤、蒸煮和水果型以及薯脯加工型。目前,我國甘薯育種取得了較大進步,已經(jīng)育成徐薯18、煙薯25、廣薯87和心香等優(yōu)良品種,包括淀粉型、鮮食型、兼用型等類型。但甘薯遺傳基礎(chǔ)仍非常狹窄,沖繩100和南瑞苕多次作為親本被應(yīng)用于雜交育種[4],這極大地限制了品種遺傳改良的發(fā)展。因此,利用分子標(biāo)記研究甘薯品種間的遺傳差異,對提高雜種優(yōu)勢利用率具有十分重要的意義。

目前,分析品種遺傳多樣性常用的分子標(biāo)記在主要包括 AFLP(amplified fragment length polymorphism)、RAPD(random amplified polymorphic DNA)、SSR(simple sequence repeat)、SRAP(sequencerelated amplified polymorphism)、SNP(single nucleotide polymorphism)和 ISSR(inter-simple sequence repeat)等。Wadl等[5]通過SNP技術(shù)對來自8個不同地區(qū)419個甘薯品種進行了分析,結(jié)果表明,樣品遺傳多樣性與地區(qū)差異有關(guān),而地區(qū)差異又與種群結(jié)構(gòu)密切相關(guān)。Yada等[6]采用405對SSR引物對New Kawogo×Beauregard親本及其后代采集到133個有效多態(tài)性位點,表明SSR適宜甘薯遺傳多樣性鑒定。Wang等[7]采用EST-SSR標(biāo)記豐富了甘薯數(shù)量和質(zhì)量性狀特性。劉中華等[8]采用SRAP標(biāo)記在遺傳距離為0.18處較好的區(qū)分了野生種、地方種和育成品種。此外,還有學(xué)者對不同菜用、觀賞以及食用甘薯品種進行了遺傳多樣性分析,均能較好地區(qū)分品種間的遺傳差異[9-11]。

ISSR具有穩(wěn)定性好、多態(tài)性高、精確度高、通用性強等較多優(yōu)點。李強等[4]利用ISSR標(biāo)記對中國甘薯的親本進行了遺傳差異分析,Huang等[12]利用ISSR標(biāo)記同時分辨了甘薯種間和種內(nèi)的遺傳多樣性,表明該標(biāo)記技術(shù)在植物的親緣關(guān)系、甘薯遺傳多樣性以及系譜關(guān)系等方面有很高的分辨力。本研究擬利用ISSR分子標(biāo)記方法,從品種類型特性角度對來自全國各地的37個不同類型的優(yōu)良甘薯品種遺傳多樣性進行分析,判定其親緣關(guān)系的遠近,優(yōu)先選擇遺傳距離較遠的育種親本可以提高遺傳變異的程度,該結(jié)果為甘薯雜交育種提供更多的理論基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 試驗材料

37份甘薯品種(表1)的薯塊購自相關(guān)育種單位,鮮食型品種可溶性糖接近40%;淀粉型品種淀粉含量接近30%;兼用型品種風(fēng)味口感一般,可溶性糖含量在20%左右,硬度較高。所有材料于2020年3月10日在浙江農(nóng)林大學(xué)平山溫室大棚進行常規(guī)種植,4月22日采摘新鮮幼嫩甘薯葉片,液氮速凍后于-80℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

表1 37份供試材料的特點和來源Table 1 Characteristics and geographic origins of 37 sweetpotato varieties 續(xù)表Continued

表1 37份供試材料的特點和來源Table 1 Characteristics and geographic origins of 37 sweetpotato varieties

1.2 試驗方法

1.2.1 DNA提取和PCR擴增 采用植物基因組提取試劑盒(Cat.No.3201050,Simgen)提取甘薯葉片DNA。

PCR反應(yīng)體系:Taq酶Mix(Takara公司)10 μL,ISSR 引 物(10 μmol·L-1)和 模 板 DNA(100 ng·μL-1)分別添加1 μL。PCR反應(yīng)程序:94 ℃ 5 min;94 ℃ 45 s,50~60 ℃ 1 min,72 ℃1.5 min,40個循環(huán);72℃ 7 min,4℃保存。100條ISSR引物[13]由Invitrogen公司合成,其他所用生化試劑購自上海生工生物公司。擴增產(chǎn)物用2%瓊脂糖凝膠分離,利用TANON凝膠電泳圖象軟件拍攝,并分析電泳結(jié)果。

1.2.2 數(shù)據(jù)統(tǒng)計 根據(jù)每條引物擴增產(chǎn)物片段的大小進行統(tǒng)計。用數(shù)字“1”和“0”分別表示供試材料某一等位基因的有和無,有記為“1”,無記為“0”,用Excel對37份材料的擴增結(jié)果建立“1/0”數(shù)據(jù)庫。利用NTsys2.10e軟件進行Jaccard(J)遺傳相似性系數(shù)分析,利用非加權(quán)類平均法(unweight pairgroup method using arithmetic averages,UPGMA)構(gòu)建37個甘薯品種的遺傳關(guān)系聚類圖。

2 結(jié)果與分析

2.1 ISSR標(biāo)記擴增結(jié)果分析

引物篩選結(jié)果(圖1)表明,甘薯品種親緣關(guān)系較近,100條ISSR引物中篩選出19條具有多態(tài)性引物。篩選的引物擴增條帶清晰,多態(tài)性明顯,表明ISSR方法能有效的應(yīng)用于甘薯遺傳多樣性分析。

圖1 引物UBC850對37個品種的擴增帶型Fig.1 ISSR-PCR profiles of 37 sweetpotato variety with UBC850 primer

2.2 ISSR標(biāo)記多態(tài)性分析

經(jīng)統(tǒng)計分析(表2),利用篩選獲得的19條引物共擴增出118條帶,其中多態(tài)性條帶115條,多態(tài)性位點頻率為97.5%。引物UBC821擴增條帶數(shù)最少,為3條;引物UBC850擴增條帶數(shù)最多,達8條。19條引物擴增的平均多態(tài)性帶數(shù)為6條,其分子量一般在200~2 000 bp之間。多態(tài)性位點頻率最低的引物是UBC811和UBC848,為80%,其次是UBC842(83%),其他引物的多態(tài)性位點頻率均達100%,表明每個品種之間均有多態(tài)性差異。

表2 引物序列及擴增結(jié)果Table 2 Amplification efficiency of different primers

2.3 聚類結(jié)果分析

37份不同甘薯品種中涉及鮮食、淀粉和菜用等共9個類型。雖然薯脯加工型和水果型從廣義分類均屬于鮮食型,但隨著薯類產(chǎn)業(yè)分工不斷細化,這2種類型已經(jīng)逐漸成為獨立類型。根據(jù)ISSR分子標(biāo)記統(tǒng)計結(jié)果,試驗涉及甘薯品種的遺傳距離介于0.04~0.36之間,平均遺傳距離為0.14(圖2)。遺傳距離0.36處,劃分為2類,第1類包含紫羅蘭、徐紫薯8號和徐紫薯2號等31個品種,第2類包含秦薯5號和廣薯87等6個品種。其中第1類在0.32處,以紅東和冀紫薯2號為分界點又分為2個亞類,分別包含紫羅蘭等17個和冀紫薯2號等14個鮮食品種。其中,臺薯66和紅東的遺傳距離最近,僅為0.04,二者均屬薯脯加工型,商薯19和商薯8號的遺傳距離為0.05,均屬于淀粉型,紅香蕉和煙薯25屬于典型的鮮食型甘薯品種,遺傳距離也較近,為0.06。觀賞型甘薯品種紫羅蘭,與花青素加工型徐紫薯8號聚為一類(0.08),二者薯肉均呈紫色,由此可見,ISSR能很好地區(qū)分不同類型的甘薯品種。

圖2 基于ISSR數(shù)據(jù)的37份甘薯品種聚類分析結(jié)果Fig.2 Clustering analysis of 37 sweetpotato varieties based on the results of ISSR data

2.4 遺傳距離分析

根據(jù)ISSR聚類分析得出9種類型甘薯的遺傳距離(圖3),可以看出,花青素加工型與菜用型和水果型的遺傳距離最遠,分別為0.434和0.401,與觀賞型遺傳關(guān)系最近,距離為0.077,水果型與其他8種類型的遺傳關(guān)系較遠,遺傳距離均大于0.300,而鮮食型品種大多適用于蒸煮或烘烤,除與菜用型和水果型的遺傳關(guān)系稍遠之外(分別為0.346和0.368),與其他6種類型的遺傳距離均較近。表明鮮食型品種數(shù)量較多,其親本來源類型相對廣泛,而菜用型、觀賞型和花青素加工型品種數(shù)量少,品種親本類型狹窄。

表3 不同類型甘薯品種間的平均遺傳距離Table 3 Mean genetic distances among different types of sweetpotato varieties

3 討論

甘薯既可以作為糧食作物,也可以是能源和飼料加工原料,使用目的不同,對其品質(zhì)要求也不同。結(jié)合經(jīng)濟性狀和營養(yǎng)成分等數(shù)據(jù)對甘薯品種進行系統(tǒng)分類[14-15],可以作為親本選擇的依據(jù),但同一類型的不同品種之間還是存在一些差異,不能很好地按用途分類來指導(dǎo)親本選擇。ISSR分子標(biāo)記進行擴增時不需要知道DNA序列,在引物設(shè)計上也比SSR標(biāo)記更簡單[16],且能揭示比AFLP、RAPD和SSR分子標(biāo)記更豐富的多態(tài)性,現(xiàn)已廣泛應(yīng)用于遺傳作圖、基因定位、遺傳多樣性及系統(tǒng)發(fā)育等研究領(lǐng)域[1,17]。本研究從甘薯類型分析,37份材料中有鮮食型16份、水果型4份、淀粉型和兼用型各5份、薯脯加工型4份、菜用型和花青素加工型和觀賞型各1份,由聚類結(jié)果可知,不同類型的甘薯品種均能夠各自聚為一類,不同類型甘薯可以明顯被區(qū)分(圖2),表明ISSR分子標(biāo)記是適用于甘薯資源遺傳多樣性分析的理想分子標(biāo)記。

本研究中菜用型和觀賞型的遺傳距離較遠,為0.379,與蘇一鈞等[3]的研究結(jié)果一致。季志仙等[9]通過ISSR分子標(biāo)記,說明甘薯食用品種間遺傳多樣性是比較豐富的,本研究中的16個鮮食型品種聚為一類,其遺傳距離與其他類型較近,表明其他類型甘薯品種為鮮食型甘薯品種遺傳改良與育種創(chuàng)新提供了較好的背景材料。同時,同一類型下的不同品種間遺傳距離也較遠,表明這些品種資源間存在豐富的遺傳多樣性[18-20]。此外,本研究中的觀賞型品種紫羅蘭與花青素加工型品種徐紫薯8號遺傳關(guān)系最近,且紫羅蘭的的親本不詳,推測其二者的親本來源相似[21]。

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