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春尺蠖嗅覺受體基因的鑒定與差異分析

2022-03-29 04:42娜仁格日樂郝則明
關(guān)鍵詞:尺蠖嗅覺成蟲

王 霞,查 干,娜仁格日樂,郝則明,王 建,陳 龍

(1.河套學(xué)院,內(nèi)蒙古 巴彥淖爾 015000;2.內(nèi)蒙古巴彥淖爾市草原工作站,內(nèi)蒙古 巴彥淖爾 015000;3.內(nèi)蒙古巴彥淖爾市農(nóng)牧業(yè)技術(shù)推廣中心,內(nèi)蒙古 巴彥淖爾 015000;4.內(nèi)蒙古烏拉特前旗草原工作站,內(nèi)蒙古烏拉特前旗 014407)

昆蟲在長期的進(jìn)化過程中,聽覺和視覺系統(tǒng)逐漸退化,其捕食、交流和求偶等生命活動主要依賴嗅覺系統(tǒng),因此,昆蟲的嗅覺系統(tǒng)尤為發(fā)達(dá),以便適應(yīng)多變的外界環(huán)境[1]。昆蟲對氣味分子識別是一個復(fù)雜的過程,同時(shí)需要多個蛋白參與其中,首先與特異性的氣味結(jié)合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)結(jié)合,經(jīng)過昆蟲細(xì)胞間的淋巴液,進(jìn)而到達(dá)嗅覺感受器的神經(jīng)元,被嗅覺受體(olfactory receptors,ORs)識別后,同時(shí)激活嗅覺受體,使其產(chǎn)生嗅覺神經(jīng)沖動,從而做出一系列生理反應(yīng)行為[2-5]。因此,嗅覺受體在氣味的識別過程中發(fā)揮極其重要的作用。

近年來,高通量測序技術(shù)的應(yīng)用,極大地促進(jìn)了昆蟲,尤其是無參昆蟲的基因組、轉(zhuǎn)錄組等相關(guān)研究的發(fā)展。目前,轉(zhuǎn)錄組測序在非模式昆蟲的基因鑒定、功能研究和遺傳多樣性分析等方面有廣泛應(yīng)用。國內(nèi)外許多學(xué)者通過轉(zhuǎn)錄組測序分析鑒定了大量昆蟲受體基因[6-11]。這些受體分為傳統(tǒng)型嗅覺受體(conventional,ORs)和嗅覺受體共受體(olfactory receptor co-receptor,Orco)[12-13]。在不同昆蟲中傳統(tǒng)受體基因變異較大,導(dǎo)致序列一致性較低,而嗅覺受體共受體則具有較高的保守性。Orco的作用不是獨(dú)立的,而是與ORs形成異質(zhì)二聚復(fù)合體,從而共同發(fā)揮作用。Orco的作用在于促進(jìn)ORs在神經(jīng)元樹突上的定位,同時(shí)維持其穩(wěn)定性,進(jìn)而使ORs對氣味分子的反應(yīng)效率提高[14-17]。

春尺蠖(Apocheima cinerarius)作為內(nèi)蒙古草原上近年來爆發(fā)成災(zāi)的新害蟲,其取食寄主范圍廣,嚴(yán)重危害當(dāng)?shù)厣鷳B(tài)環(huán)境,給農(nóng)牧民生產(chǎn)生活和畜牧業(yè)可持續(xù)發(fā)展造成了嚴(yán)重?fù)p失。春尺蠖的繁殖、求偶、避害等一系列生命活動均離不開嗅覺,為挖掘春尺蠖嗅覺受體基因,明確雌雄成蟲差異表達(dá)受體基因在氣味分子識別中的作用,本研究基于實(shí)驗(yàn)室前期已完成的春尺蠖成蟲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),通過生物信息學(xué)方法鑒定得到氣味受體蛋白,并進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析,同時(shí)分析春尺蠖ORs在雌雄成蟲中的差異表達(dá)情況,旨在為春尺蠖對嗅覺受體基因的功能研究奠定基礎(chǔ),同時(shí)為該蟲生物防治提供新思路。

1 研究內(nèi)容與方法

1.1 春尺蠖嗅覺受體ORs基因的鑒定

根據(jù)已完成的春尺蠖成蟲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中提供Unigenes的注釋轉(zhuǎn)錄本信息,以嗅覺受體(odorant receptor,OR)作為關(guān)鍵詞對數(shù)據(jù)庫中的轉(zhuǎn)錄本信息進(jìn)行篩選,找到含有關(guān)鍵詞所對應(yīng)的所有Unigenes,將它們作為候選基因。為進(jìn)一步驗(yàn)證候選基因,利用NCBI網(wǎng)站中的BlastP在線工具對NR數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對,參數(shù)為e值<10-5。利用在線預(yù)測工具SignalIP5.0(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)對上述鑒定到的候選嗅覺受體蛋白ORs蛋白的信號肽進(jìn)行預(yù)測。使用軟件DNAMAN V6.0(Lynnon Biosoft,加拿大)預(yù)測春尺蠖ORs的分子量和等電點(diǎn),同時(shí)進(jìn)行序列對比分析。

1.2 春尺蠖嗅覺受體蛋白ORs進(jìn)化樹構(gòu)建

為明確春尺蠖嗅覺受體蛋白與其他昆蟲的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系,利用MEGA 6.0軟件,采用鄰接法(Neighbour-joining)構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹,其參數(shù)選擇模型采用p距離(P-distance),重復(fù)運(yùn)行1 000次。

1.3 春尺蠖ORs基因在雌雄成蟲差異表達(dá)

轉(zhuǎn)錄組(未發(fā)表)測序昆蟲來源于內(nèi)蒙古烏拉特前旗人工檸條草場(E:108°45′23.63″;N:40°46′4.19″),2019年冬季將春尺蠖越冬蛹置于恒溫(22±1)℃、光周期L∶D=18 h∶6 h、相對濕度55%~59%條件下的人工氣候箱中培養(yǎng),待春尺蠖羽化后,分別選取羽化第3 d大小相同、活力充沛的雌、雄蛾成蟲各5頭,用液氮速凍后置于-80℃冰箱中備用。

本研究旨在初步比較春尺蠖雌雄成蟲的基因表達(dá)差異,特別是二者間嗅覺相關(guān)基因的差異表達(dá)情況。由于本試驗(yàn)轉(zhuǎn)錄組無生物學(xué)重復(fù)(后續(xù)將利用qPCR技術(shù)對差異基因進(jìn)行進(jìn)一步驗(yàn)證分析),故根據(jù)轉(zhuǎn)錄組雌、雄成蟲差異表達(dá)結(jié)果,使用EBseq進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組間的差異分析。將FDR(False discovery rate)<0.05且差異倍數(shù)FC(Fold change)>2作為篩選標(biāo)準(zhǔn)。

2 結(jié)果與分析

2.1 春尺蠖嗅覺受體蛋白ORs基因鑒定

共鑒定到13個潛在的春尺蠖嗅覺蛋白受體ORs蛋白基因,分別命名為AcinOR1~AcinOR13。等電點(diǎn)預(yù)測結(jié)果范圍在4.42~10.03之間,等電點(diǎn)小于7.00的氨基酸分別為AcinOR2、AcinOR9和AcinOR11,顯酸性,其他基因氨基酸的等電點(diǎn)均大于7.00,且大多數(shù)氨基酸的等電點(diǎn)在9.00左右,顯堿性;分子量范圍為7.91~47.32 kDa,其中,AcinOR2、AcinOR5、AcinOR10、AcinOR11和AcinOR12這5個基因氨基酸的分子量小于20.00 kDa,其他基因分子量都在40.00 kDa左右;預(yù)測得知AcinOR在N端均無信號肽(表1)。

表1ORs基本信息統(tǒng)計(jì)表Tab.1 Statistical table of basic information of ORs

2.2 春尺蠖嗅覺受體ORs序列比對與系統(tǒng)發(fā)育分析

春尺蠖嗅覺受體蛋白之間的相似度較低,但所有基因均含有一段保守的區(qū)域,其序列一致性為13.45%(圖1)。

圖1 春尺蠖嗅覺受體蛋白ORs基因氨基酸的序列比對Fig.1 Sequence alignment of amino acids of olfactory receptor protein ORs gene of Apocheima cinerarius

構(gòu)建了由國槐尺蠖(Semiothisa cinerearia)、茶尺蠖(Ectropis obliqua)、二化螟(Chilo suppressalis)、家蠶(Bombyx mori)和棉鈴蟲(Helicoverpa armigera)等5種鱗翅目昆蟲的98個ORs構(gòu)成的春尺蠖嗅覺受體蛋白ORs基因的系統(tǒng)進(jìn)化樹。這些基因在進(jìn)化上存在較大差異,其中,同源性較高的基因被聚類在一起,共有2對ORs聚集到同一分支上,分別為AcinOR2/AcinOR5/AcinOR13、AcinOR13/AcinOR7,同時(shí)AcinOR1/BmorOR10、AcinOR4/HarmOrco、AcinOR10/EoblOR4、AcinOR3/EoblOR29和AcinOR8/ScinOR5聚在一支上(圖2)。

圖2 春尺蠖嗅覺受體蛋白ORs基因系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系Fig.2 Phylogenetic tree relationship of olfactory receptor protein ORs gene in Apocheima cinerarius

2.3 春尺蠖ORs基因在雌雄成蟲的差異表達(dá)分析

在本實(shí)驗(yàn)室前期已測轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中共篩選鑒定獲得13個普通受體,經(jīng)差異分析得到3個表達(dá)差異受體基因。這3個差異受體基因ORs均呈偏向性表達(dá),總體來看ORs在雌蟲中的表達(dá)量高于雄蟲,3個受體基因中AcinOR6和AcinOR9在雌性個體的表達(dá)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于雄性個體,只有AcinOR1在雄蟲中的表達(dá)量略高于雌蟲(圖3)。

圖3 春尺蠖嗅覺受體性別差異表達(dá)量Fig.3 Sex difference expression levels of olfactory receptors in Apocheima cinerarius

3 討論與結(jié)論

近年來,轉(zhuǎn)錄組測序廣泛應(yīng)用于植物、動物以及真菌等各項(xiàng)研究[8,18-19]。筆者對前期已測春尺蠖成蟲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索,共獲取13個潛在ORs基因,分別命名為AcinOR1~AcinOR13。13個嗅覺受體基因的序列一致性為13.45%,序列一致性較低的原因可能由于除AcinOR3外,其余受體基因均不是全長。通過在線信號肽預(yù)測,13個受體基因均未發(fā)現(xiàn)信號肽,這可能與受體基因?yàn)榉欠置诘鞍子嘘P(guān),同時(shí)還需要進(jìn)一步確定其受體基因的身份。

為明確春尺蠖嗅覺受體蛋白的進(jìn)化關(guān)系,構(gòu)建了由茶尺蠖、國槐尺蠖、家蠶、二化螟和棉鈴蟲5種同鱗翅目的98個ORs構(gòu)成的春尺蠖嗅覺受體蛋白ORs的系統(tǒng)進(jìn)化樹,進(jìn)化結(jié)果發(fā)現(xiàn),AcinOR2/AcinOR5/AcinOR13、AcinOR13/AcinOR7分別聚在一支上,同時(shí)AcinOR1/BmorOR10、AcinOR4/HarmOrco、AcinOR10/EoblOR4、AcinOR3/EoblOR29和AcinOR8/ScinOR5聚在一支上,說明嗅覺受體基因不僅具有保守性,同時(shí)具有物種的特異性[20]。

嗅覺系統(tǒng)在昆蟲的交配、定位寄主、尋找產(chǎn)卵地點(diǎn)、避免有害因素等行為中起著至關(guān)重要的作用[21]。昆蟲雌性個體因其生理差異,嗅覺相關(guān)基因也會出現(xiàn)性別差異性表達(dá),即偏向性表達(dá)。筆者在鑒定得到的13個普通受體基因中共發(fā)現(xiàn)3個差異嗅覺受體差異基因,且均呈現(xiàn)偏向性表達(dá),其中,AcinOR6和AcinOR9呈現(xiàn)雌性高表達(dá),說明它們可能在識別產(chǎn)卵位點(diǎn)中具有作用,而AcinOR1呈現(xiàn)雄性高表達(dá),表明它們在識別雌性信息素和交配行為中具有一定作用[22-23]。

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