莊燕燕
福建省晉江市中西醫(yī)結合醫(yī)院 362000
胃癌是全球最常見的惡性腫瘤之一,預后差,死亡率高,而我國是胃癌高發(fā)的國家,發(fā)病人數(shù)和死亡人數(shù)均約占世界的50%,因此,胃癌是我國重點防控的癌癥之一[1]。盡管胃癌死因順位在所有惡性腫瘤中有所下降,但胃癌死亡人數(shù)每年仍高達30萬,約占全國總癌癥死亡的15%[2],防控胃癌任重道遠。隨著基因芯片技術和生物信息學的快速發(fā)展,目前已經發(fā)現(xiàn)多種基因參與胃癌的發(fā)生發(fā)展,并且與胃癌的預后高度相關[3]。Warburg首次發(fā)現(xiàn),與正常細胞不同,腫瘤細胞采用糖酵解作為主要的產能方式,以滿足其快速增殖的能量需求,即瓦伯格效應[4]。隨后人們發(fā)現(xiàn),糖酵解代謝模式與丙酮酸脫氫酶復合物(Pyruvate dehydrogenase complex,PDC)的活性抑制有關,而這種活性抑制腫瘤發(fā)生與發(fā)展的重要分子事件[5]。
在人體內,PDC的活性主要受丙酮酸脫氫酶激酶(Pyruvate dehydrogenase kinase,PDK)調控,PDK是PDC的重要負性調節(jié)因子,其活性域可使PDC的關鍵蛋白發(fā)生磷酸化而抑制其活性,PDK蛋白的異常表達與多種惡性腫瘤的惡性行為相關[6-8]。PDK存在4種異構體,即PDK1、PDK2、PDK3、PDK4,其中PDK4是最重要的PDC調控因子。目前,國內外尚無學者探討PDK4在胃癌組織中的表達及其與胃癌臨床預后關系,因此PDK4在胃癌中的作用尚不明確。因此,本文采用生物信息學分析和大數(shù)據(jù)分析,探討PDK4 mRNA在胃癌組織及癌旁組織中的表達情況,分析PDK4對胃癌總生存和無進展生存的影響,初步探討PDK4的臨床意義。
1.1 PKD4基因表達的數(shù)據(jù)收集 收集TCGA數(shù)據(jù)庫(https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg /research/structural-genomics/tcga)中375例胃癌組織和45例癌旁組織的mRNA表達矩陣,然后采用R語言篩選PDK4的mRNA數(shù)據(jù),并記錄其表達水平。
1.2 生存數(shù)據(jù)來源 采用Kaplan-Meier plotter在線數(shù)據(jù)庫收集不同PDK4表達水平生存曲線,其官方網(wǎng)址是http://kmplot.com/analysis[9]。本文提取基因是PDK4,對應的基因編碼是205960_at。根據(jù)數(shù)據(jù)庫提供的參數(shù)條件,設置以下篩選條件:(1)數(shù)據(jù)模塊:Start KM plotter for Gastric cancer;(2)基因符號(Gene symbol):PDK4;(3)人群分組:采用自動分組(Auto select best cutoff);(4)生存結局:總生存和無進展生存。
1.3 研究指標及統(tǒng)計學方法 本文主要的研究指標是胃癌組織和癌旁組織中PDK4的表達差異以及不同PDK4基因表達水平下的生存結果?;虮磉_差異采用t檢驗,利用R語言統(tǒng)計。生存比較采用Kaplan-Meier生存曲線圖表示,采用Kaplan-Meier plotter在線分析。主要效應指標為風險比(HR)及其95%置信區(qū)間、P值。P<0.05組間差別有統(tǒng)計學意義。
2.1 胃癌組織及癌旁組織中PDK4的表達情況 共有420個樣本納入分析,其中癌旁組織45個樣本,PDK4中位表達水平為4 211(2 897~6 245);而胃癌組織375個樣本,PDK4中位表達水平為6 777(2 799~9 374),差異具有統(tǒng)計學意義(P<0.001)。見圖1。
圖1 胃癌組織及癌旁組織中PDK4的表達情況
2.2 不同PDK4表達水平下的總生存(OS)結果 共875例胃癌患者納入總生存分析,其中646例患者屬于PDK4高表達組,229例患者為低表達組。PDK4基因低表達組患者中位OS為53.43個月,而PDK4基因高表達組OS為27.8個月;風險比HR=1.46,95% CI 1.18~1.79,差異具有統(tǒng)計學意義(P=0.000 36)。相應的OS曲線見圖2。
圖2 不同PDK4基因表達狀態(tài)的總生存和無進展生存曲線圖
2.3 不同PDK4表達水平下的無進展生存(PFS)結果 共有640例胃癌患者被納入PFS分析。其中479例患者為PDK4高表達組,161例為低表達組。PDK4基因低表達組患者中位PFS為30.00個月,高表達組為17.3個月;風險比HR=1.37,95% CI 1.06~1.75,差異具有統(tǒng)計學意義(P=0.014)。PFS生存曲線見圖2。
胃癌是一種常見的消化道腫瘤,手術是其最重要的治療手段,然而對于多數(shù)胃癌患者,即使接受手術治療,其5年生存率也只有15%~20%。如何提高胃癌的長期生存是目前腫瘤防控的重要任務[10]。既往研究表明,腫瘤細胞獲取能量的主要途徑是糖酵解,而這一現(xiàn)象也被稱為Warburg效應[4]。研究發(fā)現(xiàn),通過抑制糖酵解,可以抑制Warburg效應,并切斷腫瘤細胞的能量供應,繼而誘導腫瘤細胞死亡,是一種潛在的治療措施[8]。PDK介導的PDC可能參與Warburg效應[11],因此越來越多學者關注PDK在惡性腫瘤中的表達及預后價值。
童晶濤等人發(fā)現(xiàn),PDK1基因在結腸癌組織中高表達,而在癌旁組織中則是低表達,進一步采用PDK抑制劑來抑制PDK1的活性時,發(fā)現(xiàn)結腸癌細胞增殖活性被明顯抑制[8]。陳艷榮等人發(fā)現(xiàn),結腸癌組織中PDK4蛋白的表達率顯著高于癌旁組織,且PDK4蛋白的表達水平與腫瘤的分化程度、臨床分期、淋巴結轉移、預后等密切相關,提示PDK4可能參與結腸癌的發(fā)生、發(fā)展,是重要的促癌基因[6]。
胃癌同樣屬于消化道腫瘤,但目前尚無學者探索PDK4在胃癌中的預后價值。筆者通過TCGA數(shù)據(jù)庫下載mRNA表達數(shù)據(jù),結果發(fā)現(xiàn)胃癌組織PDK4中位表達水平為6 777(2 799~9 374),而癌旁組織中位表達水平為4 211(2 897~6 245),差異具有統(tǒng)計學意義(P<0.001),說明與結腸癌相似,PDK4同樣可能參與腫瘤的發(fā)生發(fā)展。在本研究中,基于Kaplan-Meier plotter在線分析顯示,PDK4基因低表達組患者中位OS和PFS均顯著優(yōu)于PDK4基因高表達組,說明PDK4基因是一種促癌基因,明顯影響胃癌患者的預后。
目前,PDK4基因發(fā)揮促癌的機制尚未形成共識。一種觀點認為,PDK4基因高表達,顯著提高了腫瘤細胞的糖酵解能力,改善了腫瘤細胞的能量供應,從而促進腫瘤的發(fā)生發(fā)展。PDK4表達的調控還可以改變并促進人乳腺癌細胞、膀胱癌細胞耐藥性,影響腫瘤內分泌治療或化療的療效[12-13]。因此,PDK4可望成為惡性腫瘤有效的治療靶點。
總之,根據(jù)TCGA數(shù)據(jù)分析和Kaplan-Meier plotter在線分析,筆者發(fā)現(xiàn)PDK4的表達水平與胃癌的預后存在相關性,或許PDK4可成為改善胃癌預后的新靶標,為今后對胃癌的基礎研究和臨床靶向治療提供參考。需要注意的是,本文僅基于生物信息學分析,需要在實際病人群眾進行驗證,因此需要開展相關的臨床和基礎實驗,以確認PDK4的價值。